野生型和人工选育全蓝型七彩神仙鱼群体的遗传多样性分析

【目的】研究七彩神仙鱼（Symphysodon aequifasciatus）的遗传多样性,分析野生型和两种人工选育蓝色群体的亲缘关系和遗传差异,获得与体色形成相关的候选基因组区域及位点,同时为七彩神仙鱼分类系统的制订提供参考。【方法】对 9 尾野生型（WF）、8 尾全蓝型（BF）和 10 尾白化蓝型（ABF）七彩神仙鱼个体进行全基因组重测序,获得单核苷酸多态性（SNP）位点,计算群体遗传多样性指标,分析群体遗传结构,进行群体间的选择消除分析。考虑 SNP 注释和突变率,结合 PCR 和 Sanger 测序,验证候选 SNP。【结果】在 3 个七彩神仙鱼群体中共鉴定出 1 360 293 个 SNP,PIC、Pi、Ho、He 表明,野生型、全蓝型和白化蓝型的遗传多样性递减,选育群体的杂合度很低。系统发育进化树、群体结构分析和多态性位点主成分分析结果均显示,3 个群体之间相互独立,且群体内部聚集明显。连锁不平衡衰减分析结果表明,白化蓝型群体承受着巨大的选择压力,其次是全蓝型群体。基于群体分化指数 FST 和 Pi 进行选择消除分析,结果表明,全蓝型群体的第 3、12、13、18、20 号染色体和白化蓝型群体的第 1、16、18、 19 号染色体的较大区域内存在强烈的选择信号。在全蓝型群体和白化蓝型群体中分别鉴定出 13 个和 9 个候选 SNP。【结论】3 个七彩神仙鱼群体的遗传多样性较低,遗传关系显示出与人工选育进程的一致性。USP43、FGFR2、DENND4、MLL1 基因可能与七彩神仙鱼体色形成密切相关。     

基于RAD-seq简化基因组测序的西藏黄牛遗传多样性研究

为在基因组水平研究西藏黄牛的遗传多样性,并通过选择信号分析发掘重要种质特性基因,利用RAD-seq简化基因组测序鉴定拉萨黄牛、阿沛甲咂牛、日喀则驼峰牛和樟木黄牛的SNP标记,计算群体遗传结构和遗传进化,鉴定基因组受选择区域和受选择基因.结果表明,共鉴定出1355274个SNP标记.阿沛甲咂牛和樟木黄牛遗传多样性最为丰富,观察杂合度分别为0.1856、0.1644,核苷酸多样性分别为0.2022、0.2026,拉萨黄牛和日喀则驼峰牛的遗传多样性相对低些.近交系数最高的为阿沛甲咂牛,而日喀则驼峰牛的近交系数最低.拉萨黄牛与日喀则驼峰牛之间的遗传分化系数最高(0.0927),而樟木黄牛和阿沛甲咂牛之间的遗传分化系数最低(-0.0011).聚类分析结果表明,日喀则驼峰牛和阿沛甲咂牛之间的亲缘关系最近,而与樟木黄牛的亲缘关系最远.通过选择信号分析,在西藏黄牛群体中检测出22个基因组区域受到选择,包含96个受选择基因.GO富集分析表明,这些受选择基因显著富集在心血管系统发育、炎症反应、细胞间连接、染色质结合等生物学通路.本研究从基因组水平揭示西藏黄牛的种质特性,为进一步开展西藏黄牛种质资源保护及利用提供了重要理论依据.     

蒙古羊的群体遗传研究

本研究用Markov随机过程模型解释、模拟和预测了蒙古羊的起源、演变 ，主要品种特征的形成，若干突变在世代交替过程中的随机波动规律，遗传漂变特征，自然选择压力与人工选择压力的随机变化对若干目标基因频率的影响。结合Wright提出的移动平衡理论与随机微分方程的数值解，提出了蒙古羊Homeobox基因在定向与非定向选择条件下，最终可能消失或固定的概率，及其在任意世代时的频率求值问题和解法。本研究的主要数学工具是Markov随机过程理论与方法，其中包括Feller提出的扩散方程，Kolmogorov的前向方程与后向方程，Wright的移动平衡理论，Kimula的扩散近似方程。此外地也吸收了Haldane,Malecot,Fisher等的有关论点与方法。在实验方面，利用了蒙古羊历史久，分布广，群体大，亚群多，变异广泛，特点突出等优点，为理论分析和模拟研究提供了最好的实验材料和佐证。     

基于全基因组重测序分析中国地方鸡的群体结构和保护优先权

[目的]旨在对中国本土鸡品种群体结构和保护优先权进行分析,促进畜牧业的可持续健康发展。[方法]收集了8个品种、共96个个体的重测序数据。通过主成分PCA分析、构建系统进化树及近交和遗传距离分析来了解群体结构,计算去除每个品种后总体基因和等位基因多样性的增减、模拟计算品种对具有最大基因多样性和最大等位基因多样性合成群体的贡献占比,进而系统评估品种保护优先权。[结果]所研究的品种可分为4个集群,其中藏鸡与其他品种分化最高,其自身分为2个亚群,其他品种则分为南北2个集群。藏鸡对遗传多样性的贡献最大;其次是文昌鸡和瑶鸡,此三者应考虑作为优先保护的品种。[结论]该研究结果将可为地方鸡品种保护与开发利用提供参考。     

藏鸡群体遗传关系和遗传多样性分析

通过19对微卫星引物对西藏不同地区的藏鸡群体(拉萨、林芝、山南和日喀则)进行遗传多样性分析,统计了藏鸡群体多态信息含量(PIC)、遗传杂合度(H)、F-统计量和群体内遗传距离,并采用UPGMA法构建群体的聚类图,比较藏鸡不同地方鸡群体间的遗传变异。试验结果表明:藏鸡群体多态等位基因数为2～8个,平均有效等位基因数为3.9个,藏鸡群体PIC值分布在0.223 2～0.823 1之间,H值在0.256 8～0.846 0之间,PIC和H平均值分别为0.615 1和0.694 3。在所检测的4个地方群体中,各群体均有较高的遗传多态性和遗传杂合度。哈代-温伯平衡检测结果表明:藏鸡群体大部分微卫星标记均处在不平衡状态。UPGMA法聚类分析显示,拉萨群体和日喀则群体之间的遗传距离较近,林芝群体则与山南群体之间的遗传距离较近,这说明不同地区间藏鸡群体有一定程度的遗传分化。     

中国大蒜种质资源遗传多样性和群体遗传结构分析

【目的】从分子水平了解中国大蒜种质资源的群体遗传结构和遗传背景。【方法】利用AFLP、SSR和InDel这3种分子标记对国家无性繁殖蔬菜资源圃保存的212份大蒜资源进行检测,通过Mega软件进行最大相似性聚类分析,Structure 2.1软件进行群体遗传结构分析,SSPS软件进行分子标记与大蒜辣素含量和21个数量性状进行一元线性模型检测,考察两者之间的关联性及群体遗传结构的影响。【结果】3种分子标记在212份种质中扩增出502个位点,多态性位点为492个。群体遗传结构与聚类分析均将所有资源划分为5个群体,划分的类别基本一致。然而,群体遗传结构分析划分的5个群体,群内遗传信息多样性指数较小。对212份种质的22个数量性状与分子标记的线型模型分析表明,包括大蒜辣素含量在内的多个数量性状受群体遗传结构的影响较小。【结论】中国大蒜种质资源遗传背景丰富,群体遗传结构对数量性状的分布影响较小,适合进一步进行性状与分子标记之间关联分析研究。     

云南红豆杉天然群体的遗传多样性和群体分化

利用云南红豆杉Taxus yunnanensis种子的单倍体胚乳，采用水平淀粉凝胶电泳技术，对分布于金沙江流域的云南红豆杉天然群体的遗传多样性和群体分化进行了研究。对8个酶系统15个酶位点的分析结果表明：该地区的云南红豆杉天然群体遗传变异水平较高，多态位点比率P＝0．933，等位基因平均数A＝2．90，平均期望杂合度He=0.290；4个小群是遗传分化很小，基因分化系数GST＝0．071。云南红豆杉天然群体具有明显丰富的遗传变异和较小的群体间分化，其原因是云南红豆杉寿命长、风媒异花授粉、种子传播、基因交流频繁。     

云南、西藏与新疆小麦高分子量谷蛋白亚基组成及遗传多样性分析

 用SDS-PAGE法分析了64份中国西部特有小麦征集材料的高分子量谷蛋白亚基组成及遗传多样性。从34份云南小麦中，发现2种高分子量谷蛋白谱带（null、7+8、2+12和null、7、2+12）；从24份西藏小麦中，发现3种高分子量谷蛋白谱带（null、7+8、2+12, null、6+8、2+12和null、7+8、2），其中西藏小麦TB18的Glu-D1位点仅编码亚基2；从6份新疆小麦中，观察到1种高分子量谷蛋白谱带（null、7、2+12）。在云南、西藏和新疆这3种中国西部特有的小麦材料中，Glu-1位点分别出现4（Glu-A1c、Glu-B1a、Glu-B1b和Glu-D1a）、5（Glu-A1c、Glu-B1d、Glu-B1b、Glu-D1a和Glu-D1？）和3个（Glu-A1c、Glu-B1a和Glu-D1a）等位基因。云南小麦、西藏小麦和新疆小麦材料内的Nei's平均遗传变异系数分别为0.1574、0.1366和0，表明云南小麦和西藏小麦材料内的高分子量谷蛋白位点的遗传变异要高于新疆小麦。云南小麦、西藏小麦和新疆小麦A、B和D基因组的Nei's平均遗传变异系数分别为0、0.2674和0.0270，这说明在遗传多样性方面，Glu-B1位点最高，其次为Glu-D1位点，Glu-A1位点最低。     

川中黑山羊基因组近交系数和选择信号分析

【目的】旨在利用高密度SNPs评估川中黑山羊的近交水平并鉴定选择信号。【方法】基于41个川中黑山羊全基因组重测序数据筛选全基因组SNPs,分析连锁不平衡、估计有效群体大小并检测长纯合片段(runs of homozygosity,ROH)。使用5种方法(F_ROH、F_UNI、F_HOM、F_VR1和F_VR2)估计个体基因组近交系数并进行比较。采用ROH岛、iHH12和XP-EHH 3种方法,鉴定川中黑山羊中正选择基因。【结果】连锁不平衡分析表明,SNPs之间的物理距离为10 bp时r²为0.51,当此距离增加到1 000 bp时r²为0.2。在999世代前川中黑山羊有效群体大小为5 696只,而13世代前则降低到190只。基于ROH,川中黑山羊群体的近交主要发生在250～500世代(F_{ROH 0.1-0.2 Mb})和100～250世代(F_{ROH 0.2–0.5 Mb})。另外,F_ROH     

红棕杜鹃根系真菌群落组成与多样性分析

【目的】根系真菌能够显著影响植物的养分利用效率,继而影响植物的生长状态,针对广泛分布于中国云南、四川和西藏高海拔地区的红棕杜鹃,本研究开展了大理马耳山红棕杜鹃群落的根系真菌多样性研究,以期深入了解作为群落建群种或优势种的红棕杜鹃在高海拔区域的生态优势。【方法】本研究采集了大理马耳山30 m×30 m样方内的10株红棕杜鹃成年植株的须根,通过高通量测序检测样本内的真菌多样性。并基于操作分类单元(Operational taxonomic unit, OTU)实现真菌群落分类学注释,同时开展了根系真菌群落的多样性、功能型与关联网络分析。【结果】试验共获得有效序列587 644条,132个OTU,分属于3门11纲22目37科42属。主要隶属于子囊菌门(73.71%)、担子菌门(17.81%)和球囊菌门(0.119%);优势纲、目、科分别为锤舌菌纲(60.52%)、伞菌纲(17.77%)、座囊菌纲(5.87%)、柔膜菌目(58.02%)、伞菌目(13.94%)、煤炱目(5.79%)、水盘菌科(27.95%)、晶杯菌科(16.18%)、口蘑科(9.96%);在属的水平上,瓶头霉属(27.95%)...     

西藏小麦地方品种醇溶蛋白的遗传多样性分析

为了从资源角度评价丰富的西藏地方小麦品种资源,以促进西藏丰富的小麦资源在西藏小麦的遗传育种与改良中的合理有效利用。采用酸性聚丙烯酰胺凝胶电泳(A-PAGE)技术,对571份西藏地方小麦品种的醇溶蛋白遗传多样性进行了分析。结果分析表明:共产生104条相对迁移率不同的带纹,变异范围为0.1751%～89.14%,多样性指数的变异范围为0.0111～0.3679。每份材料谱带数目在9～23之间,平均每一份材料可分离出16.18条谱带;ω区存在34种变异类型,γ区存在20种变异类型,β区存在22种变异类型以及α区存在28种变异类型。ω、γ、β和α四个分区遗传多样性指数分0.1920、0.2432、0.2470、0.2100。不同生态区的遗传多样性指数从大到小依次为Ⅲ>Ⅰ>Ⅱ>Ⅳ>Ⅴ。在不同生态区内ω、γ、β和α四个分区也存在差异,均是ω区和α区变异类型多,均高于β区和γ区,但ω区、α区遗传多样性指数低于β区和γ区,也表明了在不同生态区内β区和γ区为遗传多样性丰度高,均匀度好。571份材料经聚类分析在遗传相似系数为0.17水平上时全部聚为一类。聚类分析表明,若以所有材料的平均遗传相似系数0.24(L)为阈值,可将571...     

中国美国白蛾种群遗传多样性的AFLP分析

利用AFLP分子标记技术分析我国重大外来入侵害虫美国白蛾8个群体的遗传多样性及遗传分化。结果表明:5对AFLP引物共扩增出564个位点,其中多态位点为548个,多态位点百分率（P）为97.16%,Neis遗传多样性指数（h）为0291 0,在物种水平上美国白蛾具较高的遗传多样性;AMOVA显示美国白蛾有较高的遗传分化,群体间变异占31.05%,群体内变异占68.95%,遗传分化指数（Fst）为0.310 5;美国白蛾8个群体平均遗传相似度为0.892 7,平均遗传距离为0.114 7。聚类分析结果表明,沈阳、济南、烟台和寿光群体亲缘关系较近,天津、济宁群体聚为一类,而廊坊、北京群体分别独立分支。进而对美国白蛾遗传多样性与其适应机制和扩散传播模式之间的关系进行了讨论。      

鹌鹑的遗传多样性研究

采用同工酶电泳技术 ,对陕西省大规模饲养的 2个蛋用品系鹌鹑群体的遗传多样性进行了分析。结果表明 ,两个群体中每个位点的等位基因平均数为 1.87,多态位点比率为 6 0 % ;引用国外同类研究结果 ,对国内外 2 1个鹌鹑群体用 7个多态位点的基因频率计算标准遗传距离并进行系统聚类 ,结果在 0 .12 5 2 6 7水平上 2 1个群体聚为 2类——野生群体和家养群体 ,家养群体中大体重鹌鹑与一般体重鹌鹑遗传距离较远 ;且 Mpi- IC,Mpi- ID和α- Gpd B基因为野生鹌鹑特有的基因 ,野生鹌鹑群体的基因多样度低于家养鹌鹑 ,在中性位点家养群体比现存同种野生群体保持着更高的基因杂合度。     

木荷种群遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR分子标记技术,对木荷种群的遗传多样性和遗传分化进行分析.用12个引物对9个木荷种群共180个个体的样品进行扩增,共测到245个位点,其中多态位点221个,多态位点百分率(P)为90.20%.9个种群的P平均为53.02%.木荷种水平的Shannon信息指数(Ⅰ)为0.4548,Nei指数(h)为0.3016.各种群Ⅰ平均为0.2914,h平均为0.1974.表明木荷物种以及种群水平均具有较高的遗传多样性.AMOVA分子差异分析表明木荷种群的遗传变异34.37%存在于种群间,65.63%存在于种群内,种群间的基因分化系数(Gst)为0.3454.木荷种群间的基因流(Nm)为0.9476.木荷9个种群间的遗传距离平均为0.1547.利用算术加权平均数法(UPGMA)对木荷9个种群进行聚类,结果可分为3大类群.     

3类苹果资源遗传多样性的SSR对比分析

以18个新疆野苹果优系、23个鲜食苹果品种和7个苹果砧木品种为材料,对3类苹果资源的遗传多样性及亲缘关系进行分析,并对不同SSR引物的效率值进行对比分析,同时应用定位到17条染色体的80对SSR引物对3类苹果进行分析。总计扩增出254个位点,多态性位点百分率为99.61%,平均每对引物扩增位点8.47个。3类苹果多态位点百分比高低关系为新疆野苹果砧木苹果鲜食苹果;Neis基因多样性、Shannons指数和有效等位基因的高低关系为砧木苹果新疆野苹果鲜食苹果。聚类结果显示,48个品种分为鲜食苹果、新疆野苹果和苹果砧木3类,在0.68处,鲜食苹果和新疆野苹果聚到一起,说明二者有相对较近的遗传关系。新疆野苹果遗传多样性较高,鲜食苹果最低;鲜食苹果起源于新疆野苹果;不同引物的遗传参数差异较大,选择的引物效率值不同,说明引物选择的重要性。     

基于SNP分子标记的宁夏4个野生枣种群遗传多样性对比分析

在实地勘察的基础上,以宁夏不同生态立地分布的野生酸枣为材料,对宁夏境内4个野生酸枣种群的遗传多样性进行分析,为宁夏野生酸枣资源可持续原位保存及创新利用提供理论依据。在宁夏选取4个地域代表性的不同野生酸枣种群,从中分别随机选取植株30棵树,采集其叶片,采用新型的基因组及分子标记SNP（单核苷酸多态性）技术,从分子水平上揭示宁夏4个野生酸枣的遗传结构和进化关系。主要研究结果如下：通过SNP标记评价宁夏野生酸枣种群的遗传特性,地理分布上可分为两个主要地理类群,分别代表宁夏中部和北部地区,中部地区包括吴忠红寺堡种群,北部地区包括中卫日照山、灵武白芨滩与贺兰山滚钟口种群;野生酸枣种群之间的亲缘关系表现为贺兰山滚钟口种群与灵武白芨滩种群更接近,而中卫日照山种群和吴忠红寺堡种群各自单独成一类。中卫日照山种群与灵武白芨滩种群遗传分化程度最高,其F_st值为0.191,分化程度较大,分化程度最低的是宁夏贺兰山滚钟口种群与灵武白芨滩种群,其F_st为0.084,属中等分化程度。     

广西不同地区克氏原螯虾群体遗传多样性微卫星分析

[目的]了解当前广西克氏原螯虾(Procambarus clarkii)群体的遗传背景,为其人工养殖及种质资源保护提供参考依据.[方法]选取广西5个地区(南宁、大塘、融水、柳州和来宾)的克氏原螯虾群体作为研究对象,利用8对微卫星引物对各克氏原螯虾群体基因组DNA进行PCR检测,然后通过PopGene32和NTSYSpc 2.1等在线软件分析广西克氏原螯虾群体的遗传多样性.[结果]南宁(NN)、大塘(DT)、融水(RS)、柳州(LZ)和来宾(LB)5个克氏原螯虾群体的平均有效等位基因数(Ne)为2.5142~3.0574,平均期望杂合度(He)为0.5708~0.6489,平均多态信息含量(PIC)为0.4899~0.5843,存在中度至高度的遗传多样性,其中南宁群体和大塘群体的遗传多样性略低于融水群体、柳州群体和来宾群体.5个克氏原螯虾群体的平衡偏离指数(D)均为负值,且发生一定程度的Hardy-Weinberg平衡偏离,杂合子缺失现象普遍存在.5个克氏原螯虾群体间的基因流(Nm)为2.3898~6.0284,遗传分化指数(Fst)为0.0398~0.0947,表明各群体间存在广泛的基因交流,仅存在低度至中度的遗传分化;各克氏原螯虾群体间的遗传相似系数和遗传距离分别为0.6861~0.8583和0.1528~0.3768,其中,遗传距离趋势与Fst趋势一致,而遗传相似系数与Nm趋势一致,均表明柳州群体与来宾群体具有高度的相似性,遗传距离较近.UPGMA聚类分析结果也显示,南宁群体和大塘群体聚类为一支,而柳州群体先与来宾群体聚类再与融水群体聚类成另一支.[结论]广西不同地区克氏原螯虾群体具有一定的遗传多样性,但其杂合子缺失现象普遍存在,应通过适当引种及加强不同地区群体间的遗传交流,保护好克氏原螯虾的优良种质资源.     

基于EST同工酶的苜蓿盲蝽12个种群遗传多样性分析

在苜蓿盲蝽(Adel phocoris lineolatus Goeze)形态研究的基础上,利用同工酶电泳技术,对苜蓿盲蝽12个不同种群的酯酶同工酶(EST)进行分析,以揭示该种昆虫的遗传多样性及遗传结构的共性,并分析造成种群遗传多样性的原因.     

山蜡梅复合体的遗传多样性和居群遗传分化研究

将山蜡梅、浙江蜡梅、突托蜡梅统称为山蜡梅复合体,应用RAPD和ISSR标记分别对来自7个不同居群共201个山蜡梅复合体单株进行DNA多样性检验。结果显示:从38个ISSR引物中筛选出12个条带清晰、重现性好、多态性高的引物,扩增出总条带数142条,大小在300～2800bp,多态率达94.37%,PIC0.31,MI3.33。在80个RAPD引物中,选出了12条合适的引物,扩增出条带数226条,大小在150～2200bp,多态率达95.13%,PIC0.37,MI4.91。两种分子标记计算出山蜡梅复合体居群的Nei’s基因多样性指数为0.2952,Shannon信息指数为0.4884,反映出山蜡梅复合体丰富的遗传多样性。进一步的AMOVA分析显示,山蜡梅复合体遗传变异大部分来自居群内变异,并且都达到极显著水平,这表明7个地理居群间存在着比较明显的遗传分化。UPMGA聚类分析发现,7个山蜡梅复合体居群被归为明显的3大支,且地理距离相邻的居群遗传距离也近,说明居群的聚类和地理距离有关。同时分析结果还为解决存在争议的新种的分类工作提供分子水平的有力证据。     

勃氏甜龙竹6个云南地理种群的ISSR多样性分析

为了保护云南分布的勃氏甜龙竹种质资源,应用ISSR标记对勃氏甜龙竹6个云南代表性地理种群的遗传多样性和变异进行了研究。从80个引物中筛选出7个用于正式扩增,在调查的6个种群共84个样丛中检测到73个多态位点。研究结果表明:1)云南分布的勃氏甜龙竹遗传多样性较高,在种群水平上,平均多态位点百分率PPB=13.38%,有效等位标记数Ne=1.0906,平均Nei's等位标记多样性指数H=0.0507,平均Shannon信息指数I=0.0742;在物种水平上,PPB=96.05%,Ne=1.5304,H=0.3130,I=0.4714。2)种群间遗传分化水平高,种群间的遗传分化系数(Gst)为0.8427。3)Mantel检测结果显示种群间遗传距离和地理距离之间没有显著的正相关性(r=0.0244,P=0.5740)。推断人类活动的干扰、生境的片段化以及结实率低的生物学特性是导致勃氏甜龙竹种群稀少的主要因素。考虑到云南分布的勃氏甜龙竹遗传多样性和种群间遗传分化水平较高,但种群的个体数量较少,因此应该对勃氏甜龙竹所有种群以及个体实施及时的就地保护,在迁地保护时应在各种群内大量采样。