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相似文献
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1.
以低温处理的耐盐水稻辽盐241植株叶片总RNA为模板,用OsCDPK7基因特异引物通过RT-PCR扩增出1 700 bp的片段,并将该片段克隆至pUC18上。序列分析结果表明,该序列与GenBank上的OsCDPK7基因序列相比,缺失了CDS序列中157 ̄234处的78个核苷酸,其编码的蛋白序列缺失了53 ̄78的26个氨基酸。但是缺失部分位于丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶活性中心和钙结合基序等结构域之外,因此预计该基因产物应具备钙依赖的蛋白激酶活性。进一步将OsCDPK7基因分别克隆至植物表达载体卡盒pBE12和pB29A上,构建了分别由E12启动子、rd29A启动子调控的OsCDPK7基因植物表达载体pBC7E12和pBC729A。通过冻融法将重组质粒导入根癌农杆菌LBA4404中,为农杆菌介导法转化植物,分析OsCDPK7基因的功能奠定了基础。  相似文献   

2.
研究构建人基质金属蛋白酶7(MMP-7)的原核表达载体,并进行原核表达获得重组蛋白MMP-7。以人肾肿瘤组织总RNA为模板,PCR方法获得MMP-7成熟蛋白的基因序列,构建含10xhis标签的原核表达载体,转化大肠杆菌BL21(DE3),并经异丙基-β-D-硫代吡喃半乳糖苷(IPTG)诱导表达,获得重组蛋白,并经十二烷基磺酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE),检测其表达情况。最终得到pET24a(+)-MMP-7-10his重组质粒,诱导表达后重组蛋白占总蛋白的41%左右,获得21.2kD大小蛋白,与目的蛋白大小一致,纯度大于90%,为进一步研究奠定基础。  相似文献   

3.
为了解奶牛S100A12基因序列的特征及其在乳腺和生殖系统中的表达情况,采用RT-PCR技术从奶牛外周血液中扩增S100A12基因,重组到pMD19-T Simple载体中,进行了测序和序列分析,并应用RT-PCR技术检测了奶牛乳腺和生殖系统(卵巢、输卵管、子宫颈、子宫体、阴道等组织)中S100A12 mRNA的表达分布。结果显示,克隆的S100A12基因包含一个279 bp的完整开放阅读框(ORF),与GenBank中的奶牛S100A12基因(NM174651)编码区序列100%相同,该ORF编码的92个氨基酸含有一个EF手型结构(位于49-84氨基酸残基);另外,还预测到3个蛋白激酶C磷酸化位点,分别位于19-21、44-46和70-73氨基酸残基。S100A12基因在奶牛乳腺和生殖系统上皮组织中均有表达。推测S100A12基因在奶牛乳腺和生殖系统中具有一定作用。  相似文献   

4.
为白斑狗鱼(Esox lucius)性别发育机制和功能分析研究提供基础资料,通过克隆FOXL2基因cDNA序列,对其进行相关生物信息学分析,并进行荧光定量PCR检测FOXL2基因在白斑狗鱼不同时期各组织的表达情况。结果表明:以白斑狗鱼卵巢cDNA为模板克隆得1 483bp的FOXL2基因序列,其编码292个氨基酸与鲑形目鱼类的FOXL2氨基酸序列同源性较高;FOXL2基因在白斑狗鱼性腺、鳃和脑中均有不同程度的表达,在其他组织中基本无表达,卵巢表达量是精巢表达量的12倍,呈明显的性别二态性。推测FOXL2基因可能与白斑狗鱼卵巢发育和功能维持相关。  相似文献   

5.
6.
为探究let-7b在鸡不同生长时期和不同组织中的表达规律及生物信息学特点,以苏禽3号肉鸡为试验材料,检测鸡let-7b在不同时期和不同组织中的表达变化,通过生物信息学工具对常见脊椎动物的let-7b序列特点及基因组定位进行分析,构建系统进化树,并对靶基因进行预测。结果表明,在鸡大脑、心、胸肌和腿肌中,let-7b的相对表达量较高,且90日龄相对表达量显著高于3日龄。let-7b位于1号染色体基因间隔区,不同物种let-7b的成熟序列同源性较高,进化树分析结果表明,鸡let-7b与鸟类聚为一类。靶基因预测分析共获得263个靶基因,对获得的靶基因进行基因本体(GO)功能富集分析,发现靶基因主要富集到蛋白质泛素化、miRNA介导的翻译抑制和mRNA 3′-非翻译区(3′-UTR)结合等方面。KEGG通路分析发现,靶基因主要富集到丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)、转化生长因子β(TGF-β)通路和卵母细胞减数分裂等通路。总之,鸡let-7b在组织中广泛表达,物种间较为保守;结合靶基因富集分析结果,推测let-7b可能通过靶向MAPK和TGF-β等信号通路参与调控鸡肌肉生长及细胞增殖分化。  相似文献   

7.
以葡萄风信子‘亚美尼亚’的根、茎、叶、花为材料,采用RT-PCR技术克隆得到一条FLS基因,命名为MaFLS2。生物信息学分析表明,该基因cDNA全长为1 152 bp,含有完整的开放读码框1 056 bp,编码353个氨基酸,MaFLS2蛋白是一种亲水性蛋白,氨基酸序列含有典型的DIOX_N结构域(2-酮戊二酸-双加氧酶活性的N端区域)和2OG-FeII_Oxy超家族结构域,属于2-酮戊二酸-双加氧酶(2-ODDs)蛋白家族。实时定量PCR结果显示,MaFLS2基因在蓝白葡萄风信子中的表达存在组织特异性,蓝色品种‘亚美尼亚’中在花蕾未着色时表达量最高,而白色品种‘白丽人’在根中表达量最高, 在花发育的不同阶段,MaFLS2基因在‘亚美尼亚’中的表达峰值出现在花蕾未着色时期,基因表达总体呈现出先降低后升高再降低的趋势,而在‘白丽人’中的表达峰值出现在转色中期,总体呈现出先升后降的趋势。研究结果为开展单子叶植物花色育种提供了理论依据。  相似文献   

8.
花生侧枝发育决定株型的建成,但有关花生侧枝发育的基因尚知之甚少。为探究AhbZIP4基因序列特征及在2种株型花生品种的组织器官中的表达模式,本研究从侧枝直立型花生‘冀花5号’(JH5)中克隆获得AhbZIP4基因(Arahy.CS824N.1)序列,并对其进行序列特征分析、亚细胞定位和不同株型品种组织器官表达分析。序列分析表明,该基因编码序列全长1 182 bp,编码393个氨基酸,预测蛋白质分子质量为42.10 kD,蛋白质二、三级结构具典型的bZIP拉链,无跨膜域和信号肽;系统进化分析发现,AhbZIP4与大豆GBF2和GBF2A同源性最高;亚细胞定位显示,AhbZIP4位于细胞核和细胞膜中;表达量分析说明,JH5和匍匐型花生M130除在结荚期时的花中表达差异不显著,在其他生育期的不同组织中均呈现显著或极显著表达差异。其中,2个品种在侧枝发育的15~25 d之间,AhbZIP4表达差异极显著,推测该基因可能间接影响花生株型的分化。研究结果将为进一步揭示花生侧枝发育及株型建成的分子机制提供理论基础。  相似文献   

9.
[目的]克隆水牛波形蛋白(VIM)基因,并明确VIM基因在水牛成熟卵母细胞(MII期)和早期胚胎(2-细胞阶段)中的表达情况,为研究VIM在卵母细胞成熟及附植前胚胎发育中的作用机理打下基础.[方法]根据GenBank上已公布的水牛VIM基因mRNA序列设计引物,采用RT-PCR克隆水牛VIM基因,利用在线软件程序对克隆获得的水牛VIM基因进行生物信息学分析,同时以细胞免疫荧光试验检测VIM在水牛成熟卵母细胞(MII期)及早期胚胎(2-细胞阶段)中的表达情况.[结果]水牛VIM基因长度为1469 bp,其编码区长度1401 bp,编码466个氨基酸.水牛VIM基因序列与人类、黑猩猩、食蟹猴、家犬、马和牛的VIM基因序列具有高度的同源性,分别为93%、93%、93%、94%、94%和99%;基于VIM基因序列构建的系统发育进化树也显示水牛与牛的亲缘关系最近.水牛VIM的分子量为53.73 kD,理论等电点(pI)5.05,主要在线粒体中表达,稳定性差(不稳定系数53.65),具有较强的亲水性,无跨膜结构,不属于分泌型蛋白,其蛋白结构以α-螺旋为主.VIM在水牛成熟卵母细胞(MII期)及早期胚胎(2-细胞阶段)中均有表达,且在成熟卵母细胞中的表达量明显高于早期胚胎.[结论]水牛VIM基因编码序列具有较高的保守性,且在水牛成熟卵母细胞(MII期)中的表达量明显高于早期胚胎(2-细胞阶段).  相似文献   

10.
[目的]克隆木薯热激转录因子(HSF)基因MeHSF7并分析其在抗逆响应和采后生理性变质(PPD)过程中的表达情况,为研究MeHSF7基因在响应干旱胁迫及延缓生理性变质的调控机制提供理论参考.[方法]通过同源克隆从木薯叶片克隆MeHSF7基因,对其生物信息学和组织表达特性进行分析,并明确其在干旱和脱落酸(ABA)处理下及PPD过程中的表达模式.[结果]克隆获得的MeHSF7基因开放阅读框(ORF)为1206 bp,编码401个氨基酸残基,与参考序列(Manes.02G087400.1)仅存在2个碱基差异,位于第2染色体上,含有1个内含子和2个外显子.MeHSF7蛋白理论分子量46.1 kD,理论等电点(pI)5.95,为不稳定蛋白,定位于细胞核,无跨膜区域,含有HSF蛋白的保守结构域DBD(DNA结合功能域)、HR-A Core和HR-B Core,属于HSFA亚家族,与橡胶树和麻疯树HSF蛋白的氨基酸序列同源性最高,分别为79.20%和64.95%,在系统发育进化树上与橡胶树HSF蛋白聚在同一小分支,表明二者亲缘关系较近.MeHSF7基因在不同组织中的表达量均较低,但不同组织间存在明显差异,在松散性胚性愈伤组织、分化胚组织、须根和根顶端分生组织中的表达量相对较高,在叶柄中的表达水平最低.MeHSF7基因启动子区域含有ABA响应元件(ABRE)、干旱诱导元件(MBS)和光响应元件(ACE、Box 4)等.干旱处理下,MeHSF7基因表达量随处理时间的增加整体上呈升高趋势,在处理7 d后达峰值;在ABA处理下,处理5和7 d后MeHSF7基因表达量较处理0和3 d后明显上调,尤其在处理5 d后达峰值,表明MeHSF7基因表达受干旱和ABA处理的诱导.在木薯块根的PPD过程中,MeHSF7基因表达量随暗培养时间的增加而升高,处理6、12和48 h的表达量分别是处理0 h的2.1、2.2和3.2倍.[结论]MeHSF7基因可能在转录水平通过依赖于ABA信号通路的途径响应干旱胁迫及木薯块根的氧化胁迫,可作为候选基因用于研究其在木薯抗逆和采后储存中的调控功能.  相似文献   

11.
采用超高压液相色谱-四极杆串联质谱法建立了腹泻性贝毒(diarrhetic shellfish poisoning,DSP)、大田软海绵酸(okadaicacid,OA)和鳍藻毒素1(dinophysistoxin-1,DTX1)的检测方法。样品经80%甲醇提取后,经正己烷脱脂和C18固相萃取柱净化,采用Hypersil GOLD C18色谱柱分离,以50%(体积分数)乙腈水(0.2%甲酸)溶液为流动相等度洗脱,电喷雾电离,在选择反应监测(SRM)模式下进行定性与定量分析。OA和DTX1在25~400μg/kg范围内线性关系良好,OA和DTX1最低定量限(LOQ,S/N>10)分别为5μg/kg和1μg/kg。样品平均回收率大于80%,相对标准偏差小于10%(n=6)。应用该检测方法研究了利玛原甲藻(Pivrocentrurn lima)产生的DSP毒素在文蛤(Meretrixmeretrix)体内累积与排出规律。结果表明,DSP在文蛤体内积累迅速,摄食48 h,贝类肌肉中和消化腺中的DTX1含量即超过了食用安全限量。文蛤消化腺中的毒素含量大约是肌肉中的10倍。经96 h排出实验,贝体内的DSP毒素排除量大于80%。  相似文献   

12.
【目的】了解群体选育过程中红壳色文蛤(Meretrix meretrix)选育群体的遗传多样性变化及世代遗传分化情况,为文蛤育种计划的可持续性提供理论依据。【方法】以江苏黄文蛤原种(SY)、江苏红文蛤原种(SR)及5个红壳色文蛤选育群体(SRF1~SR5F5)为研究对象,利用15对微卫星引物对各文蛤群体基因组DNA进行PCR扩增,然后通过Gel-Pro32 4.0、PopGen 32和MEGA 6.0等在线软件分析7个文蛤群体的遗传多样性。【结果】从7个文蛤群体中共检测出766个等位基因,每个微卫星位点在每个群体中检测出3~18个等位基因,且等位基因数(Na)随选育世代增加呈下降趋势。15个微卫星位点的平均多态信息含量(PIC)在0.575~0.630,均属于高度多态性位点。7个文蛤群体的平均观测杂合度(Ho)为0.442~0.502,平均期望杂合度(He)为0.629~0.680,群体中63.81%的微卫星位点偏离Hardy-Weinberg平衡,表明各微卫星位点存在一定程度的杂合子缺失;群体内近交系数(Fis)范围为-0.0157~0.7409,平均为0.2777,表明文蛤群体内存在一定程度的近交水平;群体间遗传分化系数(Fst)平均为0.0455,即文蛤群体变异中仅有4.55%是由不同群体间的基因差异所产生,而95.45%的变异来源于群体内部;各群体的基因流(Nm)为0.9002~18.9478,平均为8.8065,说明7个文蛤群体间的遗传分化较低。UPMGA聚类分析发现7个文蛤群体聚类呈两大支,江苏红文蛤原种及其选育群体聚为一支,而江苏黄文蛤原种(SY)独自聚为一支。【结论】经过5代人工选育的红壳色文蛤选育群体虽然较基础群体其遗传多样性指数略有下降,但并未导致各选育群体的遗传结构发生改变,仍具有较高的遗传多样性。在连续的选择育种计划中,应增加亲本养殖环境多样化,避免因人工繁育的亲本和养殖群体规模较小引起遗传漂移或近交衰退而致使某些等位基因缺失,导致后代的遗传结构发生改变。  相似文献   

13.
【目的】明确斜带石斑鱼(Epinephelu coioides)BAG-1基因(EcBAG-1)的结构特征、组织表达分布及在脂多糖(LPS)和聚肌胞苷酸(PolyI:C)刺激后的表达变化,进一步揭示鱼类BAG-1在病原感染中的作用机制,也为了解鱼类的抗病免疫提供参考依据。【方法】依据EcBAG-1基因EST序列设计特异...  相似文献   

14.
为进一步了解WNT4在三角帆蚌性别决定过程中的作用,通过RACE(Rapid-amplification of cDNA ends)技术克隆获得了三角帆蚌WNT4基因的全长cDNA,共1560 bp,其中5’-UTR 396 bp、3’-UTR 24 bp,开放阅读框(ORF)为1140 bp,可以编码379个氨基酸,且该序列含有Wnt家族特有结构域。对WNT4的氨基酸序列进行同源性分析后,发现该基因在物种间的进化关系和结构功能具保守性。通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)分析发现WNT4基因在三角帆蚌雌雄多个组织中(外套膜、闭壳肌、鳃、性腺、斧足和肝)均有表达,表明其参与了多样的生物学过程,在腮、斧足、肝中表达量较高,在性腺、闭壳肌、斧足中雌雄间有显著性差异,且雌性三角帆蚌的性腺、闭壳肌表达量显著高于雄性。原位杂交结果显示,WNT4在雌性三角帆蚌的卵母细胞上有明显的杂交信号,推测WNT4基因与性别决定相关。  相似文献   

15.
【目的】分析组蛋白去乙酰基酶1基因(HDAC1)在不同淡水生长特性家系凡纳滨对虾中的表达情况,明确HDAC1基因在对虾淡水养殖过程中的功能作用,为揭示凡纳滨对虾生长调控的分子机制提供参考依据。【方法】通过RACE克隆凡纳滨对虾HADC1基因cDNA序列,利用DNAMAN、ProtParam、ProtScale、PSOR...  相似文献   

16.
【目的】克隆茶树CsMAPKK3基因,并进行表达分析,为探究CsMAPKK3基因的生物学功能及其抗逆分子机制提供理论支持。【方法】以铁观音为材料,采用RT-PCR克隆其CsMAPKK3基因的全长cDNA序列,对其进行生物信息学分析,并采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测其在不同组织及逆境胁迫下的表达情况。【结果】克隆获得的CsMAPKK3基因(GenBank登录号:AUD40506.1)cDNA序列全长1941 bp,包含完整开放阅读框(ORF),长度为1557 bp,编码518个氨基酸残基,蛋白相对分子量为57.52 kD,理论等电点(pI)为5.39,为无跨膜螺旋结构和信号肽的不稳定蛋白,含有多个磷酸化位点,定位于细胞质和细胞核中,属于PKc类型的MAPKK,且具有SPS1、S_TKc等催化结构域,以及D(I/L/V)K激活域和S/T-X3-5-S/T保守域,与中华猕猴桃PSS35243.1亲缘关系最近,且与拟南芥B亚家族聚为一类。CsMAPKK3基因起始密码子上游1714 bp的启动子区序列含有光响应、逆境响应、植物激素和厌氧诱导等相关的顺式作用元件。CsMAPKK3基因在根、茎、叶、花和果中均有表达,其中在茎和果的表达量较高,显著高于在花中的表达量(P<0.05),但与根和叶中的表达量均无显著差异(P>0.05)。低温胁迫抑制CsMAPKK3基因表达,而脱落酸(ABA)、高盐和干旱胁迫均能诱导CsMAPKK3基因上调表达。【结论】CsMAPKK3基因表达具有组织表达特异性,且参与茶树ABA、高盐、低温和干旱胁迫响应等逆境胁迫的分子调控。  相似文献   

17.
【目的】探究细胞周期蛋白B (CyclinB)基因在光裸星虫(Sipunculus nudus)卵母细胞发育成熟过程中的作用,为揭示光裸星虫卵母细胞发育的分子机制提供理论依据。【方法】利用RACE克隆光裸星虫CyclinB(Sn-CyclinB)基因cDNA序列,通过ProtParam、DNAMAN 9.0、COBALT、SOPMA、Phyer2、Pfam及BLAST等在线软件进行生物信息学分析,并以实时荧光定量PCR检测分析Sn-CyclinB基因在光裸星虫卵母细胞不同发育时期的表达情况。【结果】Sn-CyclinB基因cDNA序列全长2468 bp,包括141 bp的5'端非翻码区(5'-UTR)、1097 bp的3'端非翻码区(3'-UTR)及1230 bp的开放阅读框(ORF),编码409个氨基酸残基,在3'-UTR中存在3个胞质多聚腺苷酸化元件(CPE)、1个翻译调控元件(TCE)和1个K-box翻译调控元件。Sn-CyclinB蛋白分子量为46.304 kD,理论等电点(pI)为8.68,具有CyclinB特征序列(FLRRxSK)和Cyclin降解框(RxALGxIxN),属于亲水性蛋白,含有周期蛋白框(Cyclin box);其二级结构中α-螺旋、延伸链、β-转角和无规则卷曲分别占56.72%、3.91%、0.73%和38.63%;CyclinB蛋白C端的保守性较N端高;与其他物种相比,光裸星虫Cyclin降解框(RALGTISN)的位置前移了13个氨基酸;光裸星虫与小头虫和欧洲帽贝的CyclinB蛋白三级结构高度相似。基于CyclinB氨基酸序列相似性构建的系统发育进化树分为无脊椎动物和脊椎动物两大支,其中光裸星虫与小头虫及水蛭等无脊椎动物聚为一支。Sn-CyclinB基因在光裸星虫卵母细胞不同发育时期均有表达,且整体上呈双峰型变化趋势,其相对表达量的峰值分别出现在卵黄旺盛合成后期(O3)和肾管发育时期(O5)。【结论】Sn-CyclinB蛋白具有CyclinB特征序列,其3'-UTR含有多种与翻译调控相关的调控元件,参与光裸星虫卵母细胞减数分裂G1/S期和G2/M期的转换,对促进卵母细胞减数分裂有序进行起重要作用。  相似文献   

18.
为探究枸杞查耳酮异构酶CHI1基因在不同组织中的表达模式和功能,利用同源克隆的方法获得1个枸杞(Lycium chinenseLcCHI1基因(Genbank No. OR026273),通过生物信息学方法分析其理化性质、结构及进化关系,利用荧光定量PCR(qRT-PCR)技术对其组织表达的特异性进行分析,并进行原核表达分析。结果表明:1)枸杞查耳酮异构酶LcCHI1基因的cDNA序列全长695 bp,开放阅读框为633 bp,编码210个氨基酸,含有1个保守的Chalcone_3 family结构域。2)氨基酸序列比对显示,LcCHI1蛋白符合Chalcone蛋白结构特征且与其他物种Chalcone蛋白具有高度的相似性。聚类分析表明,LcCHI1蛋白与茄科的CHI蛋白单独聚成一支。3)LcCHI1在枸杞花、嫩叶与嫩枝中表达量较高,在根中表达量较低。随着枸杞果实的发育,LcCHI1表达呈先升高后降低趋势,在变色果中表达量最高。4)在原核表达载体中构建LcCHI1重组蛋白,经SDS-PAGE电泳分析在63 ku处出现表达蛋白。综上,LcCHI1基因在枸杞花和变色果中表达较高,并能进行原核蛋白表达,研究结果为枸杞类黄酮合成途径中CHI基因的功能验证奠定基础。  相似文献   

19.
以野生型拟南芥为材料,采用PCR技术克隆得到了拟南芥AtWRKY33基因起始密码子ATG上游1 629 bp启动子序列,并利用该启动子驱动GUS基因在野生型拟南芥中表达,对获得的转基因拟南芥采用重金属Cd处理不同时间,进行GUS染色及定量分析。结果表明:AtWRKY33基因启动子与GUS融合表达载体成功构建并正常启动GUS基因表达;拟南芥植株中的AtWRKY33基因在根中大量表达;定性与定量实验均显示经重金属Cd处理后的拟南芥幼苗中AtWRKY33基因随着时间增加而被显著诱导表达。说明该基因响应重金属Cd胁迫。  相似文献   

20.
【目的】从抗逆植物盐芥中分离GRP7(glycine-rich RNA-binding protein7,GRP7)基因,为进一步揭示GRPs基因在盐芥逆境应答中的作用机制及生物学功能奠定基础。【方法】利用盐芥GRP7基因的EST序列设计特异引物,克隆GRP7基因的全长序列,对其保守结构域和系统进化树进行分析,并对TsGRP7基因的启动子区进行预测;利用qRT-PCR技术,检测GRP7基因在不同逆境胁迫、不同组织中的表达情况。【结果】TsGRP7基因编码区全长522bp,编码173个氨基酸;TsGRP7蛋白的N端第9~82位氨基酸之间有1个RNA识别基序(RRM),RRM中含有保守的RNP-1和RNP-2亚结构域;多重序列比对和系统进化树分析表明,盐芥和拟南芥亲缘关系较近;启动子序列分析表明,盐芥GRP7启动子区含有HSE热激响应元件、LTR低温应答元件等多个逆境相关的顺式作用元件,表明盐芥GRP7基因参与逆境响应。qRT-PCR分析表明,盐芥GRP7基因在不同逆境胁迫条件及不同组织中表达不同。【结论】盐芥GRP7基因参与低温、高盐、PEG等逆境响应。  相似文献   

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