不同菌剂处理青贮甘蔗尾叶对努比亚山羊瘤胃微生物群落的影响

【目的】明确不同菌剂处理青贮甘蔗尾叶对山羊瘤胃微生物多样性的影响,为青贮甘蔗尾叶在山羊养殖生产中的应用提供参考依据。【方法】选取72只平均体重24.5 kg的努比亚山羊,随机分为对照组（CK）及3个试验组（T1～T3）,每组2个重复,每个重复9只。CK组饲喂自然青贮甘蔗尾叶的全混合日粮（TMR）,T1组饲喂经植物乳杆菌、干酪乳杆菌、发酵乳杆菌及鼠李糖乳杆菌处理青贮甘蔗尾叶的TMR,T2组饲喂经黑曲霉、枯草芽胞杆菌及米曲霉处理青贮甘蔗尾叶的TMR,T3组饲喂经枯草芽胞杆菌和乳酸片球菌处理青贮甘蔗尾叶的TMR。预试期7 d,试验期42 d。饲喂结束后基于Illumina高通量测序技术探究不同菌剂处理青贮甘蔗尾叶对努比亚山羊瘤胃微生物多样性的影响。【结果】从4个处理组努比亚山羊瘤胃液中最终获得的OUT数量排序为T3组（1637个）> T2组（1603个）> CK组（1576个）> T1组（1560个）;各处理组间的Chao1指数排序为T3组> T2组> T1组> CK组,但差异不显著（P> 0.05,下同）;Shannon指数排序为T3组> T2组> T1组> CK组,其中T3组显著高于CK组和T1组（P< 0.05,下同）;Simpson指数排序为T1组> CK组> T2组> T3组,各组间差异也不显著。在门分类水平上,拟杆菌门（Bacteroidetes）和厚壁菌门（Firmicutes）是努比亚山羊瘤胃液中的绝对优势菌门,拟杆菌门相对丰度为57.50%～65.40%,以T1组的相对丰度最高;厚壁菌门相对丰度为14.39%～24.38%,T3组的相对丰度显著高于其他处理组;蓝藻菌门（Cyanobacteria）也表现为T3组的相对丰度最高。在属分类水平上,普雷沃氏菌属-1（Prevotella-1）是努比亚山羊瘤胃液中的绝对优势菌属,其对应的相对丰度排序为T3组> T1组> T2组> CK组,但组间差异不显著;未知属f型拟杆菌目RF16菌（Bacteroidales RF16 group_norank）、普雷沃氏菌科UCG-001（Prevotellaceae UCG-001）和解琥珀酸菌属（Succiniclasticum）的相对丰度均表现为T3组显著高于其他处理组。【结论】经枯草芽孢杆菌+乳酸片球菌处理的甘蔗尾叶青贮效果最佳,以其饲喂努比亚山羊可增加瘤胃微生物种群数量及多样性水平,进而提高努比亚山羊瘤胃降解粗纤维的能力及机体对非纤维性碳水化合物的消化能力。     

广西地方山羊品种遗传资源保护和利用研究进展

广西积极开展隆林山羊、都安山羊等地方优良山羊品种的保护与利用,并取得一定成果。该文主要阐述隆林山羊和都安山羊的品种来源与遗传资源保护利用相关进展,归纳了品种种质研究方面取得的成果,并提出品种保护与利用的建议,旨在为隆林山羊、都安山羊遗传资源的保护和利用提供科学参考。     

福清山羊与努比亚黑山羊发情期卵巢组织RNA-Seq分析

【目的】 研究福清山羊与努比亚黑山羊发情期卵巢组织转录组差异表达水平,一方面为山羊繁殖性状形成的分子机制提供理论依据,另一方面为利用努比亚黑山羊杂交改良福清山羊提供可加快遗传进展的分子标记。【方法】 利用转录组测序方法对福清山羊和努比亚黑山羊发情期卵巢组织进行研究,筛选品种间的差异表达基因（differentially expressed genes,DEGs）,并对DEGs功能进行注释和若干基因荧光定量PCR（quantitative real-time PCR,qRT-PCR）验证;同时通过与参考基因组比对,分析和筛选测序样品中存在的SNP/InDel。【结果】 6个样品共得到46.68Gb Clean Data,DESeq分析发现了福清山羊和努比亚黑山羊发情期卵巢组织的DEGs149个（包含25个新转录本）,其中表达上调53个,表达下调96个;初步认为输卵管素基因（oviductin,OVN）、类固醇合成快速调节蛋白基因(steroidogenic acute regulatory protein,STAR)、早期生长应答1基因(early growth response 1,EGR1)可作为福清山羊繁殖性能的候选基因。149个DEGs中的108个基因能被GO（gene ontology）数据库注释,30个DEGs能够被COG（Cluster of Orthologous Groups of proteins）数据库注释,91个DEGs能够被KEGG（kyoto encyclopediaof genes and genomes）数据库注释。KEGG通路分析表明DEGs共富集到21条信号通路中,6条通路显著富集。经过进一步的与参考基因组序列比对分析,共发掘1 506个新转录本。经qRT-PCR验证,所选基因（转录本）表达变化模式与转录组测序结果一致,表明测序结果可靠。【结论】 在转录组水平上筛选出了福清山羊和努比亚黑山羊发情期卵巢组织的149个DEGs,发掘了1 506个新转录本,初步揭示了OVN、STAR和EGR1在山羊繁殖过程中可能发挥重要作用,为进一步探索山羊繁殖性状相关机理提供参考依据。     

努比亚山羊KISS1基因多态性与繁殖性状的关联分析

【目的】明确转移抑制素基因（KISS1）多态性与努比亚山羊繁殖性状（产羔数、初生重和断奶重）的关联,为进一步展开山羊分子标记辅助选择育种提供参考依据。【方法】利用DNA混合池结合Sanger测序筛选出努比亚山羊KISS1基因SNP位点,再通过MTA-Seq测序对355只努比亚山羊群体进行SNP位点的基因分型,并采用SAS 9.2的一般线性模型（GLM）对KISS1基因SNP位点与努比亚山羊的产羔表型性状进行关联分析。【结果】在努比亚山羊KISS1基因内含子1发现2个SNP位点（g.1341600A>G和g.1341674C>G）。其中,g.1341600A>G位点处于中度多态（0.25P_HWE>0.05）;而g.1341674C>G位点处于低度多态（PIC<0.25）,已偏离Hardy-Weinberg平衡状态（P_HWE<0.05）。g.1341600A>G位点GG和AG基因型个体的第一胎、第二胎及三胎联合产羔数均高于AA基因型个体,且在第一胎达显著水平（P<0.05,下同）;g.1341674C>G位点CC基因型个体则表现为第一胎、第三胎及三胎联合产羔数均高于GG基因型个体,同样在第一胎达显著水平。g.1341674C>G位点GG基因型个体的第一胎、第三胎及三胎联合羔羊初生重均高于CC基因型个体,且在第三胎达显著水平;g.1341600A>G位点不同基因型与努比亚山羊各胎次羔羊初生重无显著关联（P>0.05,下同）。在羔羊断奶重方面,2个SNP位点不同基因型与努比亚山羊各胎次断奶重也无显著关联。g.1341600A>G位点和g.1341674C>G位点可形成连锁不平衡单倍型模块,其中GC、AC、AG单倍型的频率分别为0.645、0.265和0.090;单倍型模块与第一胎产羔数显著关联,AACC组合型产羔数显著低于其他组合型。【结论】努比亚山羊KISS1基因内含子1存在2个SNP位点（g.1341600A>G和g.1341674C>G）与其繁殖性状相关,其中g.1341600A>G位点的A等位基因和g.1341674C>G位点的C等位基因可作为努比亚山羊选育的潜在分子标记,且在今后的育种过程中应淘汰KISS1基因AACC组合型母羊。     

都安山羊常见疫病症状及防治措施

对都安山羊常见疫病传染性角膜结膜炎、口炎与口疮、肺炎、痢疾、羊痘、螨病、肝片吸虫病、瘤胃积食、炭疽病等症状进行介绍,并提出防治措施,以期为都安山羊的养殖提供参考。     

山羊FN1基因InDel位点鉴定及其与生长性状的关联性分析

【目的】转录组候选基因纤维连接蛋白1(Fibronectin 1,FN1)对于骨分化、骨形成和骨细胞迁移起关键作用。对FN1基因预测突变位点进行DNA池检测，并与山羊生长性状进行关联分析，以期为山羊的遗传育种和性状改良提供分子标记。【方法】利用DNA池检测和PCR-RFLP技术，分析福清山羊、努比亚黑山羊和简阳大耳羊中FN1基因的7个预测突变位点的遗传多态性，并与其生长性状进行关联分析。【结果】通过DNA池检测和PCRRFLP发现，7个预测位点中只有Del66652位点存在多态性，且在3个山羊群体中都只存在Ⅱ和ID基因型，都不处于哈迪温伯格平衡（P>0.05），多态性信息含量小于0.25。关联分析发现，努比亚黑山羊ID基因型个体的管围显著优于Ⅱ基因型（P<0.05）,ID基因型的胸围指数极显著优于Ⅱ基因型（P<0.01）。简阳大耳羊ID基因型个体的胸围指数和管围指数显著优于Ⅱ基因型（P<0.05）。【结论】Del66652位点与努比亚山羊和简阳大耳羊的生长性状显著相关，且ID基因型为优势基因型。Del66652位点可作为影响山羊生长性状的分子标记位点，为提高山羊...     

青蒿素对山羊瘤胃发酵和微生物氮素微循环的影响

【目的】青蒿素是天然青蒿属植物的提取物,它很早就在中国传统中药中被用作抗疟疾、抗肿瘤和驱虫等药物。为探讨青蒿素对反刍动物瘤胃发酵、瘤胃内环境及其瘤胃微生物蛋白质循环的影响,确定青蒿素的对瘤胃发酵调控的效果和适宜添加量,为青蒿素作为一种新的瘤胃调控剂在反刍动物生产中应用提供依据。【方法】采用4只带有瘤胃瘘管的徐淮白山羊为试验动物,饲喂以玉米、豆粕和羊草为主组成的基础日粮,在基础日粮中分别添加占日粮干物质0,0.2%,0.4%和0.6%的青蒿素,进行4×4拉丁方设计试验,研究对山羊瘤胃发酵参数、瘤胃微生物种群变化;采用DTAF荧光染料标记细菌（FLB）的一种新方法测定瘤胃原虫吞噬细菌速率和吞噬量的影响。【结果】山羊瘤胃液中pH值平均值的范围在6.85-7.16,在瘤胃的正常范围内;青蒿素能够降低NH₃-N浓度,其中0.4%和0.6%两个处理组的瘤胃液中NH₃-N浓度与对照组差异显著。青蒿素能够提高乙酸、丙酸及、总挥发性脂肪酸（TVFA）的摩尔浓度及丙酸的摩尔浓度百分比,能降低乙酸/丙酸比,各添加组的乙酸/丙酸比显著或极显著低于对照组(P＜0.05);随着青蒿素添加量的增加,细菌蛋白产量增加,其中,以0.6%添加组最高,与对照组差异极显著(P＜0.01);0.4%和0.6%添加组的原虫蛋白产量极显著低于对照组(P＜0.01);青蒿素对瘤胃液肽浓度的均值没有显著影响。同时,添加青蒿素后,瘤胃中细菌总数增加而原虫总数减少,使瘤胃原虫种属结构变化。添加青蒿素能显著影响原虫对细菌的吞噬速率,对照组和添加0.2%,0.4%和0.6%青蒿素处理组的吞噬速率分别为：320.11cells/（cell h）、313.94cells/（cell h）、305.00cells/（cell h）、278.14cells/（cell h）。【结论】添加青蒿素能显著影响瘤胃发酵类型,具有降低瘤胃中氨态氮浓度的趋势;同时可显著降低瘤胃中原虫密度,增加了细菌密度,改变瘤胃中原虫的种属构成比例;使瘤胃内毛虫比例显著降低,使双毛虫和等毛虫比例显著提高。添加0.6%青蒿素能显著降低山羊瘤胃内菌体蛋白的微循环,使山羊瘤胃原虫吞噬速率和微生物氮循环量减少而提高饲料蛋白质的潜在利用效率。     

隆林山羊CIDEc基因的克隆及组织表达分析

【目的】明确隆林山羊诱导细胞凋亡DFF45样效应因子c基因（CIDEc）的生物学特性及其表达规律,为揭示CIDEc基因对山羊脂肪代谢的调控机制提供理论依据。【方法】提取隆林山羊背最长肌、心脏、肝脏、脾脏、肾脏、腹脂和皮下脂肪及努比亚山羊腹脂和皮下脂肪的总RNA,PCR扩增隆林山羊CIDEc基因编码区（CDS）序列,使用Ex-PASy、TMHMM Server v.2.0、ProtScale、NPS@SOPMA和SWISS-MODEL等在线软件进行生物信息学分析,并利用实时荧光定量PCR检测CIDEc基因在隆林山羊和努比亚山羊不同组织器官中的表达情况。【结果】隆林山羊CIDEc基因CDS序列全长为741 bp,共编码244个氨基酸残基,其编码蛋白分子量26.09 kD,不稳定系数48.44,脂肪指数100.7,理论等电点（pI）5.28,属于酸性蛋白,不存在跨膜结构,亲水性较强。隆林山羊CIDEc基因CDS序列与NCBI已公布的山羊CIDEc基因（XM_018038446.1）CDS序列相对比仅有1处碱基发生突变,即第560位点G突变为T,属于同义突变。隆林山羊与绵羊的CIDEc基因CDS序列相似性最高（99.0%）,与小鼠的相似性较低（79.6%）;基于CIDEc基因CDS序列相似性构建的系统发育进化树也显示隆林山羊与绵羊的亲缘关系最近,与小鼠的亲缘关系较远。在隆林山羊CIDEc蛋白的二级结构中:α-螺旋占32.38%,β-转角占12.70%,延伸链占13.11%,无规则卷曲占41.80%。CIDEc基因在隆林山羊7个组织器官中均有表达,且在腹脂和皮下脂肪中高表达,极显著高于在其他器官组织的相对表达量（P<0.01）;CIDEc基因在努比亚山羊脂肪组织（皮下脂肪和腹脂）中的相对表达量显著高于在隆林山羊脂肪组织中的相对表达量（P<0.05）。【结论】CIDEc基因在隆林山羊各器官组织中均有表达,以在脂肪组织中的表达水平较高,且其在努比亚山羊脂肪组织（皮下脂肪和腹脂）中的表达水平显著高于在隆林山羊中的表达水平。可见,CIDEc蛋白是脂肪代谢的重要调节剂,与动物体内脂质存储密切相关。     

中国部分山羊品种POU1F1基因的分子遗传特征分析

【目的】探讨中国部分山羊品种POU1F1基因的分子遗传特征,为山羊品种鉴定提供科学资料。【方法】以内蒙古白绒山羊(IMWC)、西农萨能奶山羊(Sa)、崂山奶山羊(LS)、关中奶山羊(GZ)、贵州黑山羊(GB)、马头山羊(MT)、板角山羊(BJ)、贵州白山羊(GW)和雷州山羊(LZ)为材料,利用分子群体遗传学方法,研究中国部分山羊品种POU1F1基因DdeⅠ位点的分子遗传特征。【结果】PCR扩增到450 bp的POU1F1基因(包括Exon 6和3′UTR),经限制性内切酶DdeⅠ酶切后获得D1D1和D1D22种基因型,各山羊品种D1等位基因频率为0.600~1.000,D2为0.000~0.400,纯合度(Ho)为0.520~1.000,杂合度(He)为0.000~0.480,有效等位基因数(Ne)为1.000~1.923,多态信息含量(PIC)为0.000~0.365。独立2χ分析显示,POU1F1-DdeⅠ位点的基因型和等位基因分布在不同山羊品种之间存在显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)差异。【结论】POU1F1-DdeⅠ位点的基因型分布和等位基因分布与山羊品种显著相关,品种对山羊该位点的分子遗传特征有显著影响(P<0.05)。     

日粮不同NFC/NDF比对山羊瘤胃发酵与瘤胃微生物区系结构的影响

【目的】探讨日粮中非纤维性碳水化合物/中性洗涤纤维（NFC/NDF）比对山羊瘤胃发酵、瘤胃细菌与瘤胃产乳酸菌菌群结构组成,以及瘤胃产乳酸菌、总细菌与大肠杆菌数量的影响。【方法】试验选用4只装有永久性瘤胃瘘管、健康阉割的长江珠三角白山羊,采用自身对照试验设计,共分3期进行,每期15 d,依次饲喂 NFC/NDF比值分别为0.42（Ⅰ期）、1.04（Ⅱ期）、2.73（Ⅲ期）的3期日粮,分别于第13、14和15天采集瘤胃内容物。采用PCR/DGGE（denaturing gradient gel electrophoresis）分析瘤胃微生物区系结构,采用real-time PCR定量瘤胃内容物中总菌、乳酸杆菌、牛链球菌与大肠杆菌数量。【结果】随日粮中NFC/NDF比值提高,瘤胃pH显著降低（P＜0.05）;瘤胃液中乳酸、乙酸、丙酸、丁酸、异丁酸、戊酸、异戊酸和总挥发性脂肪酸（total violate fatty acid,TVFA）浓度均显著增加（P＜0.05）,而乙酸与丙酸比显著降低（P＜0.05）;DGGE图谱分析表明,来自NFC/NDF比值不同的瘤胃样品分别聚成一族;real-time PCR测定表明,随NFC/NDF比值提高,乳酸杆菌数量显著增加（P＜0.05）,总细菌数量显著下降（P＜0.05）,牛链球菌及大肠杆菌数量未发生显著变化（P＞0.05）。【结论】瘤胃发酵模式受日粮NFC/NDF比值的影响,随NFC/NDF比值增加,瘤胃发酵从乙酸型发酵转向丙酸型发酵;同时,瘤胃微生物区系组成发生改变,瘤胃细菌总量下降。     

徐淮白山羊瘤胃细菌和原虫的类群结构研究

 【目的】研究以稻草为主的日粮条件下徐淮白山羊瘤胃细菌和原虫的类群结构。【方法】以4只安装瘤胃瘘管的徐淮山羊为试验动物,PCR扩增瘤胃细菌16S rDNA序列,利用分子克隆与测序分析、细胞计数等技术,解析瘤胃细菌和原虫群体的类群组成。【结果】获得的细菌克隆基本归为两簇：与瘤胃球菌R.bromii YE282相似性为95%的XHGR1、与瘤胃R-7菌相似性为98%的XHGR3,XHGR2位于另立的R. flavefaciens簇。瘤胃球菌属细菌占细菌克隆总数的比例较高（33.33%）,原虫生物量略低于细菌,占瘤胃生物总量的44.83%。群体主要有内毛属、双毛亚科、前毛属、头毛属和等毛科等原虫,其中内毛属原虫比例最高为74.25%。【结论】以稻草为主的日粮条件下,徐淮白山羊瘤胃中细菌和原虫生物量相近,瘤胃球菌属细菌和内毛属原虫分别是瘤胃细菌和原虫区系的优势类群。     

日粮精粗比对山羊瘤胃内微生物蛋白微循环的影响

 【目的】以4只装有瘤胃瘘管的山羊为试验动物,研究不同精粗比日粮对山羊瘤胃微生态中原虫和细菌区系以及微生物蛋白微循环的影响规律。【方法】试验设精（玉米-豆饼）粗（稻草）比分别为10﹕90、30﹕70、50﹕50和70﹕30的4种日粮（A、B、C、D）,采用4×4拉丁方设计进行饲喂试验,采用荧光染色细菌技术测定瘤胃原虫对细菌的吞噬速率。【结果】日粮精粗比显著影响微生物细胞的密度。原虫密度C组最高;细菌和原虫的密度A组最低;日粮精粗比显著影响原虫吞噬的速率,A、B、C、D 4组的吞噬速率分别为：429.5、366.74、389.48、402.2 cells?cell-1?h-1,换算为对细菌N的吞噬速率分别为：2.319、1.98、2.103、2.172 pg N?cell-1?h-1。【结论】每天每头羊由于原虫的吞噬而造成的细菌N的循环损失估算分别为：136.49;369.02;485.99;440.56 mgN/（d?头）,即菌体蛋白损失为0.853、2.306、3.370和2.754 g/（d?头）,其中以C组菌体蛋白循环损失量最大,细菌周转率最高（3.07%）。     

山羊生长分化因子9基因外显子2 的PCR-SSCP分析

【目的】寻找与产羔数相关的遗传标记，为山羊高繁殖力的标记辅助选择提供科学依据。【方法】以控制Belclare绵羊和Cambridge绵羊高繁殖力的生长分化因子9（growth differentiation factor 9, GDF9）基因为候选基因，根据绵羊GDF9基因序列设计4对引物，采用PCR-SSCP技术检测GDF9基因外显子2在高繁殖力山羊品种(济宁青山羊)以及低繁殖力山羊品种(波尔山羊、文登奶山羊、辽宁绒山羊、北京本地山羊)中的单核苷酸多态性，同时研究该基因对济宁青山羊高繁殖力的影响。【结果】山羊与绵羊的GDF9基因外显子2核苷酸序列同源性为99%(955/965)。引物1和引物4存在多态性。对于引物1扩增片段，5个山羊品种均检测到AA、AB和BB 3种基因型，测序分析发现外显子2第26 bp处有1个G→A的单碱基突变，但没有引起氨基酸改变；济宁青山羊A等位基因频率为0.9128，B等位基因频率为0.0872；AA基因型济宁青山羊产羔数最小二乘均值比AB基因型的多0.54只(P<0.01)，比BB基因型的多0.63只(P<0.01)。对于引物4扩增片段，5个山羊品种均检测到CC、CD和DD 3种基因型，测序分析发现外显子2第792 bp处有1个G→A的单碱基突变并且导致缬氨酸改变为异亮氨酸；济宁青山羊C等位基因频率为0.9266，D等位基因频率为0.0734；CC基因型济宁青山羊产羔数最小二乘均值比CD基因型的多0.57只(P<0.01)，比DD基因型的多0.62只(P<0.01)。【结论】初步表明GDF9基因可能是控制济宁青山羊多胎性能的一个主效基因或是与之存在紧密遗传连锁的分子标记。     

基于高通量测序的有机种植蔬菜地土壤微生物多样性分析

【目的】从微生物角度探究有机种植方式的优越性,揭示影响微生物群落多样性的环境因子,为建立合理的种植制度提供理论依据。【方法】以有机种植与常规种植方式的0~15和15~30 cm土壤为研究对象,采用高通量测序技术分析土壤微生物群落结构的差异,基于db RDA分析明确影响微生物群落结构的关键土壤环境因子。【结果】2种种植方式下土壤微生物的丰富度指数和多样性指数均以细菌高于真菌。有机种植表层0~15 cm土壤细菌和真菌群落的多样性、丰富度和物种的均匀度均较高,且与其他土层有显著差异(P<0.05,下同)。2种种植方式均表现为细菌以变形菌门、真菌以子囊菌门为优势菌门。有机种植方式显著提高细菌群落中放线菌门和绿弯菌门、真菌群落中担子菌门和球囊菌门的相对丰度,其中15~30 cm土层中放线菌门的相对丰度显著高于0~15 cm,而真菌2个菌门的相对丰度在不同土层间未表现出明显差别;常规种植则明显增加细菌中变形菌门和酸杆菌门及真菌中被胞菌门、壶菌门和捕虫霉门的相对丰度。有机种植能增加土壤中Haliangium和Mortierella等有益微生物类群的数量,常规种植则显著提升土传病害致病菌Ralstonia及植物病原菌Fusarium、Colletotrichum的数量和丰度。dbRDA分析表明,土壤环境因子对细菌群落的影响依次为全氮>全磷>有机质>pH>全钾,土壤环境因子对真菌群落的影响依次为全氮>全磷>pH>有机质>全钾。pH、有机质、全氮和全磷是显著影响土壤微生物群落结构的关键因子。【结论】不同土层起核心作用的微生物群落存在明显差异;有机种植能增加土壤中有益微生物菌群的丰度,降低土传病害及致病微生物的丰度。土壤全氮、全磷、有机质和p H是影响微生物群落结构的主要驱动因子。     

复合益生菌对超早期断奶杜藏乳仔猪肠道微生物群落结构的影响

【目的】探究复合益生菌对超早期断奶（7 d）杜藏乳仔猪肠道微生物多样性及物种丰度的影响,以减轻乳仔猪断奶应激,为微生物饲料添加剂的研发提供科学依据。【方法】选取7日龄杜藏乳仔猪30头,随机分为3组,每组10头。对照组（ZM组）随母猪哺乳,试验I组（ZD组）哺喂代乳粉,试验II组（ZY组）哺喂代乳粉+复合益生菌,试验周期21 d。试验结束当天（28日龄）收集乳仔猪粪便,采用Illumina高通量测序分析粪便样品的菌群结构组成。【结果】Illumina高通量测序获得ZM组、ZY组和ZD组杜藏乳仔猪粪便样品共有OTU为327个,ZM组的特有OTU为247个,ZD组的特有OTU为84个,ZY组的特有OTU为96个。在门分类水平上,ZM组杜藏乳仔猪粪便样品中相对丰度最高的菌门为厚壁菌门,ZY组和ZD组为拟杆菌门;ZY组和ZD组的厚壁菌门/拟杆菌门比值分别为0.77和0.92,较ZM组（1.76）分别下降56.25%和47.73%。在属分类水平上,ZD组和ZY组杜藏乳仔猪粪便样品中的优势菌属为普氏菌属_9,ZM组则为乳杆菌属;ZD组杜藏乳仔猪粪便中布劳特氏菌属、肠球菌属和吉氏副拟杆菌属的相对丰度较其他2个处理组显著上升（P<0.05,下同）;而ZY组杜藏乳仔猪粪便中普雷沃氏菌科_NK3B31群、普雷沃氏菌科_UCG-003、厌氧弧菌属、罕见小球菌属、瘤胃菌科_NK4A214群、瘤胃菌科_UCG-005、未明确普雷沃氏菌科及Family_XIII_AD3011_group的相对丰度显著高于ZD组。【结论】在杜藏超早期断奶仔猪代乳粉中添加复合益生菌能有效提高其肠道菌群结构多样性,同时提高与碳水化合物代谢和产短链脂肪酸相关菌群的相对丰度,即复合益生菌具有潜在促进营养物质代谢和抗炎症的功能,可缩短消化道微生物区系由哺乳型向饲料型的转变历程。     

基于分子生态学网络分析松嫩退化草地土壤微生物群落对施氮的响应

【目的】 氮素输入影响着全球草地生态系统的可持续性,关注施氮对土壤微生物群落的影响及其分子生态网络,为草地退化修复提供理论依据。【方法】 以松嫩退化羊草草地为研究对象,通过施氮和未施氮处理,利用高通量测序和随机矩阵网络构建理论构建土壤微生物群落分子生态网络。探讨氮素管理对退化羊草草地土壤微生物群落结构及网络的影响,氮添加条件下微生物网络结构中的关键微生物变化规律,以及该过程中微生物之间的互作关系,解析外源氮素添加条件下土壤细菌动态变化的关键结点和规律。【结果】 在门分类水平上施氮处理草地有细菌门22个,未施氮处理23个。7个菌门是施氮和未施氮处理草地的优势菌门,其中变形菌门（Proteobacteria）是含有OTU数量最多的门类,约占总序列的30.46%,酸杆菌门（Acidobacteria）是含有OTU数量次之的门类,约占总序列的30.15%,芽单胞菌门（Gemmatimonadetes）是含有OTU数量第3的门类,约占总序列的8.14%,放线菌（Actinomycete）约占总序列的6.15%,绿弯菌门（Chloroflexi）、拟杆菌门（Bacteroidetes）和硝化螺旋菌门（Nitrospirae）三者约占总序列的17.16%。施氮处理草地土壤微生物中的变形菌门、放线菌门、拟杆菌门的相对丰度均显著高于未施氮处理草地土壤（P<0.01）;未施氮草地土壤中绿弯菌门、酸杆菌门、芽单胞菌门相对丰度显著高于施氮草地土壤（P<0.01）,其他各门细菌施氮与未施氮处理间未呈现出显著差异。表征网络的正向连接比、平均路径长度、平均聚类系数和模块性均为施氮处理显著低于未施氮处理（P<0.001）。在土壤的分子生态网络中,未施氮处理有16个模块枢纽（Zi>2.5,Pi≤0.62）,施氮处理有6个模块枢纽,均属于酸杆菌门、芽单胞菌门和放线菌门。施氮导致土壤微生物种间关系改变,进而改变土壤整体生态网络。【结论】 施氮降低了退化草地土壤网络结构的复杂程度和紧密性;降低了退化草地土壤中的酸杆菌门和绿弯菌门相对丰度,提高了变形菌门、放线菌门和芽单胞菌门相对丰度。土壤中微生物关键物种（OTU）由16个（未施氮）减少为6个,且二者土壤中均没有重叠OTU,这表明施氮调控微生物群落网络的关键物种,进而改变其分子生态网络结构。     

蒙古绵羊瘤胃固、液相附着微生物的RT-PCR检测

 【目的】应用Real-time PCR（RT-PCR）对蒙古绵羊瘤胃内容物固、液相附着微生物的生态分布进行定量研究。【方法】采集3只蒙古绵羊瘤胃内容物,固液分离后对各相中所附着的微生物进行定量检测,包括总细菌、总厌氧真菌和3种主要纤维降解菌－白色瘤胃球菌Ruminococcus albus、黄色瘤胃球菌Ruminococcus flavefaciens、产琥珀酸拟杆菌Fibrobacter succinogenes。【结果】固相中总细菌、总厌氧真菌和3种纤维降解菌的16S或18S rRNA 基因考贝数显著高于液相,分别是液相附着微生物的7.22倍（P＜0.05）、56.85倍（P＜0.01）、2.69倍（P＜0.05）、4.19倍（P＜0.01）和7.59倍（P＜0.01）。瘤胃固相中F.succinogenes 菌的丰度为0.55%,高于R.flavefaciens 菌（0.53%）和R.albus菌（0.09%）。瘤胃液相中R.flavefaciens菌的丰度最高,为0.91%,高于F.succinogenes菌（0.52%）和R.albus 菌（0.24%）。【结论】RT-PCR方法能够准确对瘤胃固、液相附着微生物进行定量分析。