不同凡纳滨对虾养殖群体的微卫星遗传多样性分析

【目的】明确不同凡纳滨对虾（Litopenaeus vannamei）养殖群体间的遗传信息丰富度和遗传分化程度,为构建适应上海独特气候对虾品种繁育计划中的交配系谱分析提供参考依据。【方法】选用13对微卫星引物对来自厄瓜多尔恒兴对虾养殖公司2个养殖场（Pesquera和San Alfonso）共9个凡纳滨对虾养殖群体进行遗传多样性分析,探究不同群体间的遗传信息丰富度和遗传分化程度。【结果】13个微卫星位点在9个凡纳滨对虾养殖群体中检测到的等位基因数（Na）为2～6个,共有37个等位基因,多态信息含量（PIC）为0.1292～0.6799,平均为0.3326。在13个微卫星位点中,仅有1个微卫星位点（TUMXLV9.116）呈高度多态性,有4个微卫星位点（TUMXLV10.147、TUMXLV5.45c、TUMXLV10.191c和TUMXLV10.96）呈低度多态性,其余8个微卫星位点呈中度多态性。9个凡纳滨对虾养殖群体的观测杂合度（Ho）为0.2225～0.3662,平均为0. 2915;期望杂合度（He）为0.3317～0.4539,平均为0. 3974;Hardy-Weinberg平衡指数（D）为0.0214～0.4214,其中San Alfonso P23群体和Pesquera P23群体的D相对更接近于0,其基因型分布接近于Hardy-Weinberg平衡状态。9个凡纳滨对虾养殖群体的F_st平均值为0.1259,说明有12.59%的遗传分化来源于群体间,而87.41%的遗传分化来自群体内部;群体间的平均基因流（Nm）为1.7356,表明遗传漂变未能主导种群遗传结构的变化。在9个凡纳滨对虾养殖群体间,以Pesquera 29群体与Pesquera 15群体的遗传距离最大（0.2426）,San Alfonso 23群体与Pesquera 23群体的遗传距离最小（0.0215）;基于遗传距离的UPGMA聚类分析结果表明,9个凡纳滨对虾养殖群体可分为两大类,其中Pesquera 29群体和San Alfonso 12群体独立聚为一类。【结论】在9个凡纳滨对虾养殖群体中存在观测等位基因丢失现象,且遗传多样性较低,群体间分化程度为中等水平。因此,可通过引进不同地区拥有不同遗传背景且亲缘关系较远的群体作为亲本,以丰富子代群体的遗传多样性。     

以2b-RAD技术构建凡纳滨对虾遗传连锁图谱及生长性状QTL定位

【目的】构建凡纳滨对虾高密度遗传连锁图谱,并对生长相关性状进行QTL定位,筛选出生长性状相关候选基因,为后续开展凡纳滨对虾分子标记辅助育种、生长相关功能基因精细定位研究等提供理论依据。【方法】以耐低盐选育凡纳滨对虾为父本,厄瓜多尔野生凡纳滨对虾为母本,单尾交配,以2个亲本及150个F₁代个体为作图群体,通过2b-RAD测序挖掘SNP分子标记并构建遗传连锁图谱;结合生长性状表型数据,使用MapQTL 6.0在构建的遗传连锁图谱上对体质量、全长、体长、头胸甲长、头胸甲宽、头胸甲高等13个生长相关性状进行QTL定位。筛选QTL区间SNP分子标记附近的基因,经GO功能注释及KEGG信号通路富集分析,挖掘生长相关候选基因;并采用实时荧光定量PCR检测候选基因在凡纳滨对虾不同组织及不同群体间的表达情况。【结果】构建的凡纳滨对虾遗传连锁图谱包括3136个SNPs标记,分布在44个连锁群上;总图谱全长为5430.54 cM,平均图距为1.73 cM。生长性状QTL定位共产生79个生长性状相关QTLs,LOD范围为3.00~11.04,可解释的表型变异范围为9.0%~28.8%。根据GO功能注释及KEGG信号通路富集分析结果,最终筛选出4个生长相关候选基因（TOB2、CRAT、CCT6、KLF4）。4个候选基因在凡纳滨对虾各组织中均普遍表达,且CCT6、KLF4和TOB2基因在耐低盐选育家系群体中的相对表达量均高于常规的凡纳滨对虾群体,其中CCT6基因表达差异达显著水平（P<0.05）。【结论】基于2b-RAD技术构建的凡纳滨对虾遗传连锁图谱鉴定出79个与生长性状相关的QTLs,并筛选出4个与凡纳滨对虾生长性状相关的候选基因（CCT6、KLF4、TOB2和CRAT）。可见,以2b-RAD技术结合QTL定位能高效、快捷挖掘出凡纳滨对虾生长性状相关候选基因,为开展分子标记辅助育种、生长相关功能基因精细定位研究等提供技术支持。     

基于环境DNA的进口凡纳滨对虾携带水传播虾肝肠胞虫风险评估

【目的】基于环境DNA（eDNA）分析进口凡纳滨对虾携带水传播和运输虾肝肠胞虫（EHP）的风险性,为环境水中疫病监测和风险评估提供参考依据。【方法】取60批进口亲虾携带水用0.45 μm硝酸纤维素膜过滤并提取eDNA,挑取10个携带水样滤膜eDNA用于凡纳滨对虾物种特异性鉴定,采用实时荧光定量PCR对所有携带水样滤膜进行EHP检测;同时以EHP阳性进口亲虾携带水开展人工感染试验,感染10 d后分别取养殖水样及虾体进行EHP检测;对进口亲虾携带水EHP阳性滤膜进行宏基因组测序分析,采用Krona对物种注释结果进行可视化展示,并将宏基因组测序分析结果与NCBI已公布的EHP氨基酸序列进行BLAST比对分析。【结果】进口亲虾携带水检测结果显示,成功从10个携带水滤膜eDNA扩增出凡纳滨对虾347 bp的特异目的片段,与原始序列片段的相似性达100%;在60批进口亲虾携带水样品中有2批携带水呈EHP阳性。EHP阳性进口亲虾携带水能成功感染虾苗组,且在虾苗肝胰腺组织分离获得成熟的EHP孢子,但亲虾组的虾体EHP检测呈阴性。宏基因组测序得到EHP的物种相对丰度值占真核动物物种的0.7%;与NCBI已公布的EHP氨基酸序列进行BLAST比对,结果获得213个同源EHP氨基酸序列;从进口亲虾携带水样品中分离鉴定获得的EHP与已报道物种黄道蟹肠孢虫（Enterospora canceri）和毕氏肠胞虫（Enterocytozoon bieneusi）的亲缘关系较近,对应的氨基酸序列相似性为别为83%和81%。【结论】进口凡纳滨对虾亲虾携带水具有传播EHP的可能性,即仅针对亲虾虾体进行EHP检测具有不完全性。eDNA检测可用来补充传统的虾体疫病监测方法,作为水环境疫病检测和风险评估的重要手段。     

凡纳滨对虾连续3个世代选育群体的遗传多样性分析

[目的]明确凡纳滨对虾连续3个世代选育群体的遗传变异情况及近亲繁殖对个体生长速度和抗病性的影响,为凡纳滨对虾种质改良提供理论依据.[方法]从GenBank收录的微卫星(SSR)引物序列中筛选11对能有效扩增的SSR引物,对2016—2018年桂海1号凡纳滨对虾连续3个世代选育群体(合计853个样品)进行遗传多样性分析,监测相邻2个世代选育群体间的遗传变异情况.[结果]11对SSR引物在凡纳滨对虾连续3个世代选育群体中共检测到103个等位基因,各SSR位点的等位基因数(Na)平均为9.3636个,有效等位基因数(Ne)平均为3.8355个,观测杂合度(Ho)平均为0.4794,期望杂合度(He)平均为0.7074,多态信息含量(PIC)平均为0.6708;除TUMXLv10.33位点呈中度多态性(0.250.50);对应的平均Na为8.7272、7.3636和8.0000个,平均Ne为3.8676、3.7654和3.8010个,平均Ho为0.3975、0.5224和0.4876,平均He为0.7057、0.7057和0.7029.Hardy-Weinberg平衡检测结果显示,绝大部分SSR位点偏离Hardy-Weinberg平衡.凡纳滨对虾连续3个世代选育群体在11个SSR位点上的遗传分化系数(Fst)均小于0.0500,即凡纳滨对虾群体的遗传分化很小;凡纳滨对虾群体内近交系数(Fis)介于-0.0101~0.8098,平均为0.3543,且除C11654位点为负值外,其余SSR位点均为正值,表明凡纳滨对虾连续3个世代选育群体的近交程度较高.分子方差分析(AMOVA)结果显示,69.78%的遗传变异来源于凡纳滨对虾个体内,而29.96%的变异来源于凡纳滨对虾个体间.[结论]桂海1号凡纳滨对虾各世代选育群体尚具有较丰富的遗传变异,但群体遗传结构处于不稳定状态.因此,今后应通过人工选育方式保留有利突变、淘汰有害突变,同时避免近亲繁殖,或引进优质品种进行杂交以扩充基因库,保护凡纳滨对虾的遗传多样性,防止种质退化.     

基于AFLP技术的凡纳滨对虾遗传多样性研究

【目的】对凡纳滨对虾(Lito penaeus vannamei)人工繁育养殖群体进行遗传多样性评价,获得家系间和家系内的差异,为凡纳滨对虾遗传育种工作提供技术支持。【方法】采用AFLP分子标记技术,对抽查的凡纳滨对虾35个家系共计350个样品进行遗传多样性分析,统计多态性条带,应用Popgene Version 1.31、Arlequin Version 3.1、Mega 3.1软件,计算各家系的Shannon指数、遗传分化系数Fst及基因流Nm等遗传参数,采用UPGMA法,根据Nei’s遗传距离绘制家系间的聚类分析图。【结果】筛选的10对选择性引物共扩增出312个可用于分析的位点,其中多态性位点162个,占总标记数的51.92%;凡纳滨对虾各个家系的多态位点百分率和Shannon指数分别为12.50%～32.69%和0.0683～0.1817。所有家系中,有36.38%的变异存在于家系间,有63.62%的变异为家系内的遗传变异,遗传分化系数Fst为0.3638,基因流Nm为0.9372。【结论】凡纳滨对虾群体遗传多样性较为丰富,具备一定的选择潜力,在传代过程中已经形成了各自相对独立的遗传体系,可以根据亲缘关系,选择利用其中的个体作为育种材料。     

淡水养殖凡纳滨对虾生长相关基因HDAC1克隆及其表达分析

【目的】分析组蛋白去乙酰基酶1基因（HDAC1）在不同淡水生长特性家系凡纳滨对虾中的表达情况,明确HDAC1基因在对虾淡水养殖过程中的功能作用,为揭示凡纳滨对虾生长调控的分子机制提供参考依据。【方法】通过RACE克隆凡纳滨对虾HADC1基因cDNA序列,利用DNAMAN、ProtParam、ProtScale、PSOR...     

基于生长和抗逆功能基因SNP分子标记的凡纳滨对虾野生及选育群体遗传多样性分析

[目的]分析凡纳滨对虾野生群体与选育群体的遗传多样性及遗传差异,为进一步改良优化凡纳滨对虾种质提供参考依据.[方法]通过凡纳滨对虾转录组测序数据挖掘候选SNP位点,设计扩增引物,采用10尾野生凡纳滨对虾进行直接测序验证,筛选获得11对有效引物及24个位于生长和抗逆功能基因上的SNPs位点,并用于分析2个野生群体(Y1和Y2)和2个选育群体(F1和F2)的遗传多样性.[结果]凡纳滨对虾野生群体的观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)及多态信息含量(PIC)等遗传参数平均值明显高于选育群体.在2个野生群体中,Y2的各项遗传参数平均值均高于Y1;在2个选育群体中,F2的各项遗传参数平均值均高于F1,且在CATL、ANT、Tryptase、Crustin-like和Penaeidin4c等功能基因的某些SNP位点上,2个选育群体的各项遗传参数平均值为0.4个凡纳滨对虾群体中均存在SNP位点不同程度偏离Hardy-Weinberg平衡现象.野生群体Y1与选育群体F1间的近交系数(Fis)最高(0.0875),且基因流(Nm)也较高(4.2728);野生群体Y2与选育群体F1间的遗传分化指数(Fst)最高(0.0947),但Nm最低(2.3886),表明二者间的遗传背景较远.4个凡纳滨对虾群体的遗传变异主要来源于群体内(85.15%),仅有14.85%变异来源于群体间.4个凡纳滨对虾群体的遗传相似性系数为0.9351~0.9747,遗传距离为0.0256~0.0671;基于凡纳滨对虾群体遗传距离的UPG-MA聚类分析结果显示,Y1、F1和F2聚为一支,而Y2单独聚为一支.[结论]凡纳滨对虾野生群体在抗逆功能基因SNP分子标记中的遗传多样性显著高于选育群体,且野生群体与选育群体间的遗传距离较远,具有较高的遗传改良潜力.在实际生产中,可通过杂交措施将野生群体的优良抗逆基因引入选育群体,提高凡纳滨对虾选育群体的免疫及抗病能力.     

广西凡纳滨对虾IHHNV感染情况的调查与分析

【目的】了解凡纳滨对虾传染性皮下及造血组织坏死病毒（IHHNV）在广西的分布、流行特点及趋势,为研究制定广西对虾IHHN的综合防控措施提供参考。【方法】根据广西凡纳滨对虾养殖情况,分别在北海市、钦州市、防城港市设立监测区,每个监测区设3-5个监测点,2010-2012年每年5月和9月进行两次采样,应用PCR对采集样品进行IHHNV检测,阳性产物送至宝生物工程（大连）有限公司测序,并与NCBI数据库中的IHHNV序列进行比对。【结果】2010年共检测凡纳滨对虾298份,IHHNV阳性率62.1%;2011年共检测凡纳滨对虾300份,IHHNV阳性率44.3%;2012年共检测凡纳滨对虾299份,IHHNV阳性率32.1%;3年的检测结果均以北海市的IHHNV感染率最高。2010、2011和2012年虾苗和中成虾的IHHNV阳性率分别为49.6%和72.1%、35.5%和49.2%、27.3%和36.9%。2010、2011和2012年5月和9月的IHHNV阳性率分别为53.2%和71.8%、35.2%和50.6%、21.6%和37.0 %。【结论】2010-2012年IHHNV在广西凡纳滨对虾主要养殖地区均有不同程度的流行,且中成虾IHHNV阳性率高于虾苗,每年9月的IHHNV阳性率高于5月,但广西近年通过严格控制亲虾品质及引进无病毒感染种苗,凡纳滨对虾品质已得到提升,IHHNV感染呈逐年下降的趋势。     

慢性氨氮胁迫对凡纳滨对虾生理生化指标及血蓝蛋白基因表达的影响

【目的】探究慢性氨氮胁迫对凡纳滨对虾（Litopenaeus vannamei）生理生化和血蓝蛋白基因表达的影响,明确氨氮胁迫的毒性作用,为养殖户在对虾中后期健康养殖管理上提供技术参考,同时丰富凡纳滨对虾的毒理研究资料。【方法】挑选540尾平均初始湿体重9.92±0.24 g/尾的健康凡纳滨对虾,随机分成6个组,每组设3个重复,暴露于不同氨氮浓度［0（对照）、4、6、8、12和16 mg/L］的曝气自来水中,分别于胁迫16、17、18、19和20 d时取样测定凡纳滨对虾的血淋巴氨氮、尿素氮及血蓝蛋白含量,胁迫结束后统计凡纳滨对虾的体长增长率、体重增长率和存活率,同时取鳃组织和肝胰腺制作石蜡切片。【结果】慢性氨氮胁迫16～20 d,各胁迫处理组凡纳滨对虾的存活率、体重增长率和体长增长率均随氨氮浓度的增加而依次降低,且显著低于对照组凡纳滨对虾（P<0.05,下同）。随着氨氮胁迫时间的延长,各胁迫处理组凡纳滨对虾血淋巴氨氮和尿素氮含量均明显高于对照组凡纳滨对虾,且二者的变化趋势基本一致;各胁迫处理组凡纳滨对虾血蓝蛋白含量均显著低于对照组凡纳滨对虾,且血蓝蛋白含量的变化趋势总体上与水体氨氮浓度呈负相关,血蓝蛋白基因的表达水平与血蓝蛋白含量变化趋势基本相符,总体上表现为氨氮胁迫时间越长,凡纳滨对虾血蓝蛋白基因的相对表达量越低。经慢性氨氮胁迫后凡纳滨对虾鳃组织和肝胰腺严重受损,鳃丝肿胀,核固缩,血淋巴细胞增多,局部空泡化、结构不完整,鳃呼吸上皮细胞大面积脱落;胰腺管肿大,空泡化严重,肝小管排列紊乱,管腔扩大,边界模糊,肝小管间隙和管腔中可观察到破碎的细胞组织。【结论】慢性氨氮胁迫对凡纳滨对虾的生长及生存有明显影响,造成血淋巴氨氮和尿素氮含量增加,并下调血蓝蛋白基因表达及阻碍血蓝蛋白合成,凡纳滨对虾的鳃组织和肝胰腺严重受损。即慢性氨氮胁迫引起的呼吸功能障碍及肝胰腺代谢功能紊乱,是导致凡纳滨对虾应激死亡的主要原因。     

凡纳滨对虾遗传多样性的微卫星DNA分析

通过对5个微卫星座位的聚合酶链式反应(PCR)扩增、聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染色检测,探究凡纳滨对虾群体的遗传多样性。结果表明,供试的凡纳滨对虾群体在5个微卫星位点上有2~4个等位基因,平均等位基因数3个,平均杂合度0.5755,平均多态信息量0.4864,平均有效等位基因数2.5053。全群基因纯合度0~0.8,平均0.3917。显示凡纳滨对虾群体遗传多样性水平处于中度多态。     

淡水养殖条件下急性缺氧对凡纳滨对虾表观特征、相关酶活性与基因表达的影响

【目的】深入挖掘凡纳滨对虾应答缺氧胁迫的生理调控机制,为凡纳滨对虾抗缺氧应激新品种的选育提供理论依据,也为营养素调控缺氧应激提供新的作用靶点。【方法】根据水体溶解氧（DO）含量,分别设对照组（5.00 mg/L DO）、低氧组（2.00 mg/L DO）和缺氧组（0.75 mg/L DO）,观测急性缺氧胁迫下凡纳滨对虾的表观特征,于胁迫0、2、6、10和14 h采集凡纳滨对虾肝胰腺组织样品,通过ELISA试剂盒检测LDH、GCK、PK、Cyt c、SOD和CS活性,利用RT-PCR扩增HIF1-α、GLUT、BNIP3、p53、c-fos、Kv1.2、PTEN和VEGF等8个基因,并采用实时荧光定量PCR检测缺氧胁迫下的基因表达变化。【结果】急性缺氧胁迫下,凡纳滨对虾频繁游动,摄食量慢或不进食、蜕壳不遂,虾壳呈黄色或红色,生长速度缓慢并逐渐出现死亡。凡纳滨对虾肝胰腺中HIF1-α、GLUT、BNIP3和VEGF基因相对表达量随缺氧时间的延长呈显著上升趋势（P<0.05,下同）,Kv1.2和PTEN基因相对表达量呈显著下降趋势,c-fos和p53基因相对表达量则表现为先升高后降低。...     

中国矮马群体mtDNA Cytb基因遗传多样性及系统进化研究

【目的】利用线粒体细胞色素 b（mtDNA Cytb）基因为标记,从分子水平探讨中国5个矮马136个样本的遗传多样性和系统进化研究,为中国矮马的开发利用以及生物多样性保护提供基础资料。【方法】对矮马样本mtDNA Cytb基因进行PCR扩增和测序,运用现代生物信息学方法进行数据处理。【结果】共检测到27个单倍型,40个多态位点,约占分析位点总数的3.51%。云南矮马具有最高的单倍型多样度（Hd）（0.869）,最低的为四川矮马（0.740）,核苷酸多样度（Pi）最高的为贵州矮马（0.00435）,最低的为宁强矮马（0.00227）,各群体间的遗传多样性相差不大。系统发育树和NETwork图中每一分支均含有5个矮马群体的信息。【结论】5个矮马群体总体上具有较高的遗传多样性,其中云南、贵州及德保矮马的遗传多样性相对较高,四川和宁强矮马相对较低;系统发生关系分析说明中国5个矮马群体存在基因交流,具有多重母系起源。     

大麦种质资源表型性状遗传差异分析

【目的】研究大麦种质资源遗传多样性,提高大麦种质资源利用效率,为新疆大麦品种选育和品种改良提供参考依据。【方法】以157份国内外大麦品种(系)为材料,分析14个主要农艺性状进行遗传多样性。【结果】6个质量性状的遗传多样性指数变幅为0.18~0.65,平均值为0.41,穗姿和株型多样性较丰富;8个数量性状的遗传多样性指数变幅为1.37~2.04,变异系数差为4.07％~24.69％,平均值为1.89,表型多样性丰富;8个质量性状之间相互影响,彼此关联;前3个特征值的主成分,累计贡献率达73.351％。【结论】157份材料分成4大类群,第Ⅰ类为高千粒重型资源,第Ⅱ类为矮杆大粒型资源,第Ⅲ类高秆多穗长穗型资源,第Ⅳ类表现为少穗多粒型资源。     

抗螨蜂种第一代蜂王适应性和繁殖能力研究

【目的】饲养观察抗螨蜂种第一代蜂王在云南的适应性和蜂群繁殖能力,为成功培育抗螨性能和生产性能双优的蜜蜂品种寻找突破点,为抗螨蜂种育种工作奠定基础。【方法】2010年8月上旬~2011年6月上旬,对抗螨蜂种第一代蜂王蜂群饲养适应性进行观察,秋季和春季蜂群繁殖时与浙大蜜浆高产蜂种第一代蜂王群的群势增殖能力进行测定比较。【结果】抗螨蜂种第一代蜂王适应性强,采集积极性高,蜂群最大群势可维持16.4脾（成蜂、幼虫、蛹的总和）。两个蜂种第一代蜂王繁殖后总数（成蜂、卵、幼虫、蛹）的增长分别达到极显著水平（P<0.01）和显著水平（P<0.05）。抗螨蜂种第一代蜂王繁殖前后总数净增长高于浙大蜜浆高产蜂种第一代蜂王,但差异不显著（P>0.05）,只有成蜂量的净增长差异显著（P<0.05）;抗螨蜂种第一代蜂王繁殖期间平均增长率整体上高于浙大蜜浆高产蜂种第一代蜂王（P>0.05）。【结论】抗螨蜂种第一代蜂王的适应性强,秋繁和春繁繁殖能力强,比浙大蜜浆高产蜂种第一代蜂王繁殖稍好,可为全国进行抗螨蜂种的育种工作提供借鉴。     

3个尖塘鳢引进群体繁育后代的遗传多样性分析

【目的】分析3个尖塘鳢引进群体繁育后代的遗传多样性和遗传结构,为尖塘鳢亲本管理和资源可持续利用提供基础资料,同时为尖塘鳢的遗传改良及新品种培育打下基础。【方法】采用微卫星分子标记分析2000年引进的线纹尖塘鳢群体繁育后代（AZ1）、2005年引进的线纹尖塘鳢群体繁育后代（AZ2）及1986年引进的云斑尖塘鳢群体繁育后代（TG）的遗传多样性,运用PopGene32、CERVUS 3.0、Arlequin 3.1计算3个尖塘鳢群体的等位基因数（Na）、期望杂合度（He）、多态信息含量（PIC）及遗传分化系数（F_st）等遗传参数,基于Nei氏遗传距离利用MEGA 7.0中的非加权组平均法（UPGMA）构建系统发育进化树,并以Structure 2.3分析群体间的遗传结构。【结果】12个微卫星分子标记在3个尖塘鳢群体中扩增得到32个等位基因。AZ1群体、AZ2群体和TG群体的平均Na分别为1.33、1.92和2.33,平均He分别为0.034、0.180和0.214,平均PIC分别为0.031、0.155和0.191。3个尖塘鳢群体间的F_st为0.077～0.384、遗传相似度为0.926～0.950、遗传距离为0.052～0.077。3个尖塘鳢群体有22.54%的变异来自于群体间,77.46%的遗传变异来自群体内。基于Nei氏遗传距离构建的UPGM系统发育进化树显示,AZ1群体和AZ2群体先聚类为一支,然后与TG群体聚类在一起。【结论】3个尖塘鳢引进群体繁殖后代遗传多样性水平较低,尤其是AZ1群体近交程度较高,因此相关引种单位或繁殖场需尽快采取相应的选育手段提高现有杂交鳢群体遗传多样性,避免近交衰退带来的风险,也可通过引进新的种质资源提高杂交鳢遗传多样性。此外,3个杂交鳢群体尚未出现种质混杂和杂交情况,仍可作为杂交鳢遗传育种奠基种群。     

200份陆地棉种质资源农艺性状遗传多样性分析

【目的】 研究本地棉花种质基因库,筛选出适于作杂交亲本的种质资源。【方法】 以200份棉花种质资源为材料,研究其形态指标的变异情况和遗传多样性,并以形态指标对 200 份种质进行聚类分析。【结果】 21个形态指标遗传多样性指数(H′)变幅范围在0~1.02。所有材料可划分成6大类,其中第1大类30份材料,茎色紫红色,种子短绒颜色灰褐色材料为主,可以作为彩色棉花育种资源;以170177为主的20份材料种子短绒着生稀毛,种子短绒颜色绿褐色可以作为早熟、无酚、耐高温的育种材料;第6大类50份,所占比例较大。【结论】 200份种质资源的遗传多样性丰富,第6大类50份,可以作为目前新疆育种材料亲本,主要特征为株型塔型,无茎毛,叶色深绿色,叶片大小中,无叶基斑,有限果枝类型,黄色花冠,黄色花药,种子短绒着生情况多毛,种子短绒颜色灰绿色,有种仁色素腺体,吐絮颜色白色。     

基于线粒体Cyt b基因的南海北部金钱鱼种群遗传结构分析

【目的】分析南海北部金钱鱼（Scatophagus argus）遗传多样性,明确其群体演化历史和分布动态,为金钱鱼养殖育种及其种质资源的合理开发利用提供科学依据。【方法】以采自福建东山（DS）、广东阳江（YJ）、海南海口（HK）、广西北海涠洲岛（BH）、广西钦州（QZ）、广西防城港（FC）及越南清化（TH）等南海北部的7个金钱鱼地理群体为研究对象,基于线粒体DNA细胞色素b基因（Cyt b）序列分析,利用DnaSP 5.10统计南海北部金钱鱼群体的单倍型、单倍型多样性指数（H_d）和遗传多样性指数（π）,通过邻接法（NJ）构建单倍型的系统发育进化树,以Network 4.6中的中介连接网络法构建单倍型网络图,并综合Tajima’s D检验、Fu’s Fs检验及核苷酸错配分布等方法分析金钱鱼群体的历史动态。【结果】7个金钱鱼地理群体的291条Cyt b基因序列定义为33个单倍型（Hap1~Hap33）,其中单倍型Hap1、Hap2和Hap7是南海北部金钱鱼在长期进化过程中形成的稳定优势基因型。7个金钱鱼地理群体的H_d为0.54103~0.77436,π为0.00112~0.00171,群体内遗传距离为0.00113~0.00171,遗传分化系数（F_st）为-0.01734~0.00364,基因流（Nm）为137.03888~inf。不同地理群体的单倍型均无规律地散布在单倍型系统发育进化树上,不存在与地理群体明显对应的系统分支,也未表现出明显的地理聚群分布特征。金钱鱼群体内个体间的遗传变异为100.74%,说明遗传变异全部来源于群体内个体间,即南海北部金钱鱼群体既无群体分化,也无以琼州海峡分隔的组群分化。Tajima’s D检验和Fu’s Fs检验结果均为显著负值,且核苷酸错配分布呈单峰分布,推测南海北部金钱鱼群体发生过群体扩张,且扩张事件约发生在3.4万年前,属于更新世晚期。【结论】南海北部7个金钱鱼地理群体的遗传多样性符合高单倍型多样性低核苷酸多样性类型,群体间遗传距离较小,亲缘关系较近,遗传分化不明显,且群体间存在频繁的基因交流,具有高度的遗传同质性,符合南海北部金钱鱼是一个随机交配种群的假设。