牦牛PPARδ基因多态性与生长性状的相关性

【目的】揭示牦牛PPARδ基因的遗传变异特征,发现与牦牛生长性状显著相关的候选分子标记,为牦牛分子育种积累基础资料.【方法】以96头牦牛血样为材料,运用DNA池测序和PCR-HRM等技术检测PPARδ基因的序列变异.【结果】检测到牦牛PPARδ基因内含子中2个SNPs.遗传变异特征分析显示,SNP1(g.10045A/G)和SNP2(g.10226A/G)位点属于中度多态性.连锁不平衡和单倍型分析表明,牦牛PPARδ基因2个多态位点之间为弱连锁,单倍型AA属于优势单倍型(频率为42.2%).方差分析表明,单个的SNP与牦牛生长性状有着显著或极显著的关联.【结论】牦牛PPARδ基因的2个SNPs与其生长性状显著相关,此结果可以应用于牦牛的分子育种实践.     

牦牛SMAD1基因第1外显子SNPs检测及与生长性状的关联分析

研究牦牛 SMAD1基因第1外显子SNPs与生长性状的关系,寻找与牦牛生长性状相关的分子标记。采用DNA测序和单倍型分型技术,对青海牦牛 SMAD1基因进行SNPs检测及其基因分型、连锁不平衡和单倍型分析,并对多态位点的基因型及组合单倍型与牦牛生长性状的关联性进行分析。结果发现, SMAD1在第1外显子上存在5个突变位点,其中,g.35084C>T、g.35111C>T和g.35333G>A均存在2种基因型,g.35171G>A和g.35312C>T均存在3种基因型。连锁不平衡分析发现5个位点间不存在强的连锁不平衡效应,单倍型分析发现存在6种不同的单倍型,其中单倍型Hap3的发生频率最高。关联性分析表明,g.35084C>T位点与胸围显著相关,g.35111C>T位点与体斜长、胸围显著相关,g.35171G>A和g.35312C>T位点与体质量、体高、体斜长和胸围显著相关,g.35333G>A位点与胸围、体高显著相关。通过基因型组合发现,4种组合单倍型均与牦牛生长性状有着显著或极显著相关,且H3H6可能是影响牦牛生长性状的最优...     

麦洼牦牛PRL基因多态与产奶性状的关联分析

研究旨在了解麦洼牦牛催乳素(PRL)基因的单核苷酸多态性(SNP),探究与牦牛产奶性能相关的分子标记。通过对PCR产物进行直接测序筛选麦洼牦牛PRL基因的SNP位点,运用DNAMAN和SPSS等软件对PRL基因型与产奶性状进行了统计分析。结果表明,位于PRL基因996 bp处发现一个疑似SNP位点,该位点T碱基缺失突变;对比麦洼牦牛不同PRL基因型的产奶性状,突变型个体的153 d产奶量、乳蛋白质率、乳糖率和乳中的体细胞数均下降(P>0.05),而乳脂率则显著升高(P<0.05),暗示该处碱基T碱基缺失对乳中脂肪含量有显著影响。     

牦牛SMAD4基因SNPs检测及其与生长性状的关联分析

【目的】研究牦牛SMAD4基因SNPs与生长性状的关系,探寻与牦牛生长性状相关的分子标记。【方法】采用DNA测序和单倍型分型技术,对青海牦牛SMAD4基因进行SNPs检测及其基因分型、连锁不平衡和单倍型分析,并对多态位点的基因型及组合单倍型与牦牛生长性状的关联性进行分析。【结果】牦牛SMAD4基因在内含子区域存在6个突变位点,其中g.393A>G、g.555A>G、g.6525A>G和g.18360C>T均存在3种基因型,g.582A>T和g.6492C>T均存在2种基因型。连锁不平衡分析发现,6个位点间不存在强连锁不平衡效应。单倍型分析发现,在14种不同的单倍型中,单倍型H₁的发生频率最高。关联性分析表明,g.393A>G位点与体斜长、胸围和管围均显著相关（P<0.05）,g.555A>G位点与体斜长显著相关（P<0.05）,g.582A>T位点与体质量和体高均显著相关（P<0.05）,g.6492C>T位点与体高显著相关（P<0.05）,g.6525A>G位点与体质量显著相关（P<0.05）,g.18360C>T位点与胸围显著相关（P<0.05）。基因型组合发现,单倍型H₁H₁₄可能是影响牦牛生长性状的最优组合。【结论】牦牛SMAD4基因内含子区域上的6个位点与生长性状显著关联,可作为牦牛分子标记辅助选择的候选基因。     

麦洼牦牛SMPX基因多态性及其与生长性状的关联分析

[目的]本研究旨在探讨SMPX基因在麦洼牦牛中的遗传多态性,并筛选其SNP位点,分析突变位点不同基因型与其生长性状的相关性,为牦牛优良性状定向选育提供依据.[方法]以89头健康成年的麦洼牦牛为试验材料,采用DNA混合池技术辅以直接测序法筛选候选基因的SNPs,同时利用SPSS 19.0软件对不同基因型与牦牛生长性状进行...     

甘南牦牛H-FABP基因CDS区多态性及生物信息学分析

应用PCR产物混合样本DNA池法检测甘南牦牛心脏型脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因CDS区多态性,并应用生物信息学方法分析甘南牦牛H-FABP蛋白质特性.结果表明:甘南牦牛H-FABP基因CDS区序列与九龙牦牛相同,而与普通牛对比在第3外显子存在*76G>A的同义突变;甘南牦牛H-FABP氨基酸序列没有明显的疏水性区域,也未形成跨膜螺旋区及信号肽,推测其主要在细胞质中发挥生物学作用;甘南牦牛H-FABP基因编码产物二级结构是以α-螺旋和β-折叠为主的mixed型;氨基酸序列与普通牛、山羊、马、人、小鼠、大鼠、鸡、草雀及绿鸭9个物种间同源性较高,与其实际亲缘关系远近一致.     

无角牦牛Hesx1基因多态性及其与生长性状的关联分析

为了研究Hesx1(Homeobox expressed in ES cells)基因单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphisms,SNP)对无角牦牛各时期生长性状的影响,采用PCR-SSCP(Polymerase chain reaction-single strand conformation polymorphism)和DNA测序技术,对364头无角牦牛Hesx1基因hⅠ与hⅡ基因座的遗传多态性进行研究,并进一步分析Hesx1基因多态性对无角牦牛生长性状的遗传效应。结果表明,在hⅠ基因座(5′UTR)第-618位发生单个碱基突变(G→C),出现GG与GC共2种基因型;在hⅡ基因座(Intron1)第+226位发生单个碱基突变(T→C),出现TT与TC共2种基因型。通过与6、12、18月龄无角牦牛的生长性状(体质量、体高、体斜长、胸围)进行关联分析发现,hⅠ基因座对6月龄无角牦牛的体质量、体高、胸围均有极显著影响(P0.01),但对体斜长影响不显著(P0.05);对12月龄无角牦牛的体质量有显著影响(P0.05),对体斜长、胸围均有极显著影响(P0.01),但对体高影响不显著(P0.05);对18月龄无角牦牛的体质量有显著影响(P0.05),对体高、体斜长、胸围均无显著影响(P0.05)。hⅡ基因座对6月龄无角牦牛的体质量、体高、体斜长、胸围均无显著影响(P0.05);对12月龄无角牦牛的体质量有极显著影响(P0.01),对体高、胸围均有显著影响(P0.05),对体斜长无显著影响(P0.05);对18月龄无角牦牛的体质量、体高、体斜长、胸围均无显著影响(P0.05)。与此同时,hⅠ与hⅡ基因座的突变杂合型GC与TC是无角牦牛生长的优势基因型。卡方适合性检验表明,牦牛群体显著偏离哈代-温伯格平衡(P0.05)。综上,可初步判定hⅠ与hⅡ多态基因座可以作为牦牛辅助育种的分子标记。     

甘南牦牛CYGB基因第4外显子的多态性分析

为研究甘南牦牛CYGB基因第4外显子的遗传多态性及变异特征,本实验采用PCR-SSCP方法检测了300头甘南牦牛的CYGB基因。结果显示,甘南牦牛CYGB基因第4外显子存在AA、AB和AC 3种基因型,其基因型频率分别为0.800、0.100和0.100,由A、B和C 3个等位基因控制。序列分析表明,甘南牦牛CYGB基因第4外显子3'UTR区的等位基因B处发生了A→C突变;在外显子4的第25bp的等位基因C处发生了A→G突变,但该突变发生并未引起氨基酸水平的变化。统计结果表明,甘南牦牛CYGB基因呈低度多态,该牦牛群体处于平衡状态。     

猪PRLR基因AluⅠ多态与繁殖性状相关性的研究

采用PCR-Alu Ⅰ-RFLP技术检测长白猪、大白猪以及长大杂种的PRLR基因位点多态性,并分析了PRLR各基因型与繁殖性状的相关性。结果表明,3个猪群中均有A和B两个等位基因存在,其中B等位基因频率占有优势。利用最小二乘分析研究了该多态位点对初产、经产和所有胎次母猪的繁殖性状的影响,结果表明不同基因型母猪的总产仔数、产活仔数和初生窝重的差异均未达显著水平,但呈BB相似文献   

牦牛MSTN基因内含子2多态性及与生长性状的相关性

采用PCR-SSCP技术对大通牦牛、甘南牦牛和天祝白牦牛(共277头)肌肉抑制素基因(MSTN)内含子2的部分序列进行了多态性研究,分析该基因与牦牛生长性状的相关性.结果表明,牦牛MSTN基因内含子2存在2个等位基因和3种基因型.在该基因座上,甘南牦牛、天祝白牦牛呈Hardy-Weinberg平衡状态,大通牦牛呈不平衡...     

麦洼牦牛H-FABP、HSL基因多态性及与生长性状的相关分析

【目的】探讨心脏脂肪酸结合蛋白（heart fatty acid-binding protein,H-FABP）、激素敏感脂肪酶（hormone-sensitive lipase,HSL）基因在牦牛中的遗传多态性,进一步揭示牦牛各品系间的遗传分化以及候选基因与牦牛生长性状间的关联性,同时为2个候选基因在牦牛中的表达调控等研究提供理论依据,寻找可用于辅助选择的分子标记。【方法】采用PCR-SSCP技术和DNA测序技术对共100头麦洼牦牛个体的H-FABP、HSL基因的外显子部分进行遗传多态性分析,统计基因和基因型频率,进行Hardy-Weinberg平衡性检测,计算纯合度、杂合度、多态信息含量和有效等位基因数等遗传多态指标,分析候选基因不同基因型与体高、体重、体斜长、胸围、管围等生长性状的关联性。【结果】①麦洼牦牛H-FABP、HSL基因外显子部分均存在多态性,多态性检验均存在3种基因型;②适合性检验表明仅HSL基因外显子8上多态位点处于Hardy-Weinberg平衡状态,其余多态位点均偏离;③测序分析表明,H-FABP基因外显子4第7 339位（与原序列相比）发生单碱基突变（T→C）,该突变属同义突变;HSL基因外显子7第6 883位发生G→C转换,以及第6816处发生碱基A→G突变,并导致编码氨基酸由天冬氨酸（D）转变为甘氨酸（G）;外显子8第10 183 bp处发生A→G碱基突变,编码氨基酸由半胱氨酸（C）变为甘氨酸（G）;④对各标记基因型生长发育指标（体高、体斜长、胸围、管围、体重）进行差异显著性检验,仅HSL基因外显子7上A6816G基因座差异极显著（P﹤0.01）。【结论】麦洼牦牛H-FABP、HSL基因存在遗传多态性,且HSL基因外显子7上A6816G基因座表现的多态有可能作为一种遗传标记。     

牦牛DGAT1基因多态性及其与乳质性状关联分析

【目的】检测牦牛DGAT1基因多态性,评估基因突变对牦牛乳品质性状的影响,以期丰富牦牛重要经济性状的分子遗传研究基础。【方法】采用PCR-SSCP方法,检测甘南牦牛、天祝白牦牛、青海牦牛及野血牦牛DGAT1基因intron5-exon7和intron15-exon17区突变,分析基因突变对乳品质性状的影响。【结果】牦牛DGAT1基因intron5-exon7区发现c.562+32_c.562+33ins CCGCCC的插入/缺失,等位基因M、基因型MM频率最高为优势等位基因和基因型,各类群牦牛PIC0.5属中度或低度多态;intron15-exon17区检测到c.1249-23CT和c.1336CT的突变,其中exon17发现的c.1336CT突变导致编码氨基酸p.Arg447Cys转变,等位基因A频率最高为优势等位基因,甘南牦牛、天祝白牦牛和青海牦牛中基因型AA为优势基因型,野血牦牛基因型AB为优势基因型,各类群牦牛0.25PIC0.5属中度多态;两区域3处突变位点构建出6种单倍型和11种单倍型组合,突变位点间存在连锁关系且接近于连锁平衡。关联分析表明,甘南牦牛intron5-exon7区基因型与乳质性状无显著相关;intron15-exon17区基因型BB个体乳品质性状最低,且乳蛋白率、乳脂率、总固体物质含量中显著低于其他基因型个体(P0.05);携带等位基因A的个体乳蛋白率、乳脂率、总固体物质含量及无脂固体含量显著高于未携带者(P0.05),携带等位基因C的个体乳脂率也显著高于未携带者(P0.05),而携带等位基因B的个体乳脂率、总固体物质含量显著低于未携带者(P0.05);单倍型组合H1H3个体的乳蛋白率、乳脂率、总固体物质含量和无脂固体物质含量均较高,且乳脂率及总固体物质含量显著高于其他单倍型组合(P0.05),而H2H2单倍型组合个体则较低,除乳糖率以外的其他乳品质性状均显著低于其他7种单倍型组合(P0.05)。【结论】牦牛DGAT1基因intron5-exon7和intron15-exon17区为低度和中度多态,intron6存在c.562+32_c.562+33ins CCGCCC的插入/缺失,intron15和exon17分别检测到c.1249-23CT突变和c.1336CT的非同义突变。intron15-exon17区突变影响甘南牦牛乳品质性状,选留携带等位基因A的个体和淘汰携带等位基因B的个体、或选留H1H3单倍型组合及淘汰H2H2单倍型组合个体,均可显著改善后代群体的乳品质。     

麦洼牦牛MC4R基因多态性及与生长性状的相关分析

为探究黑皮质素4受体基因(MC4R)在麦洼牦牛群体中的遗传多态性,开展其与生长性状间的关联分析,采用PCR-SSCP技术和DNA测序技术对100头麦洼牦牛MC4R基因外显子区域进行多态性分析,并运用最小二乘方差分析法,对各基因型间体高、体质量、体斜长、胸围、管围等生长性状指标进行差异显著性检验。结果表明:MC4R基因引物P6上存在EE和EF 2种基因型,其中,粉嘴群只有EF基因型,存在严重偏态,EF型在2个群体中占绝对优势,E等位基因为优势基因;2个群体均处于中度多态(0.25相似文献   

绵羊KAP6.1基因多态性及其与毛性状的相关性分析

【目的】通过分析KAP6.1基因的多态性,研究KAP6.1基因与绵羊羊毛性状的相关性,为进一步研究KAP6.1基因功能及细毛羊分子育种提供基础。【方法】以693只中国美利奴羊(新疆军垦型)为实验材料,采用PCR技术、SSCP技术和克隆测序的方法分析KAP6.1基因的多态性,并开展与毛性状的关联性分析。【结果】KAP6.1基因存在C159T碱基突变,经最小二乘拟合线性模型分析,C159T位点AA、BB和AB基因型间的平均毛纤维直径、卷曲度、毛长、净毛率和密度差异不显著(P>0.05),而BB基因型平均污毛产量显著高于AA和AB基因型(P<0.05)。【结论】KAP6.1基因可作为绵羊污毛产量的候选基因之一,BB基因型可作为分子标记用于选择污毛产量高的个体。     

伊犁马LPL基因多态性及其与肉质性状关联性分析

【目的】研究伊犁马脂蛋白脂酶(lipoprotein lipase,LPL)基因多态性及其对肉质性状的影响,为专门化肉用马选种提供技术支撑。【方法】以41匹成年伊犁马为研究对象,采集颈静脉血液样本及其三角肌、背阔肌、臂三头肌、腹外斜肌和臀中肌5个部位肌肉样本,提取伊犁马DNA样本并测定肉质性状,利用PCR测序法筛选LPL基因突变位点并进行多态性分析,结合伊犁马肉质性状数据与LPL基因多态性进行关联性分析。【结果】所选马匹中共检测出2个突变位点(g.715T>C和g.12074C>A),均为内含子突变,2个位点均只检测出2种基因型,为低度多态位点。g.715T>C位点TT基因型马匹背阔肌和臀中肌失水率显著高于TC基因型马匹(P<0.05),背阔肌剪切力极显著大于TC基因型马匹(P<0.01),腹外斜肌剪切力极显著小于TC基因型马匹(P<0.05),三角肌和臀中肌剪切力显著大于TC基因型马匹(P<0.05);g.12074C>A突变位点CC基因型马匹臂三头肌和臀中肌失水率极显著低于CA基因型马匹(P<0.01),背阔肌和腹外斜肌失水率显著低于CA基因型马匹(P<0.05),臂三头肌熟肉率极显著高于CA基因型马匹(P<0.01),三角肌和腹外斜肌熟肉率与CA基因型马匹呈显著差异(P<0.05),臂三头肌和腹外斜肌剪切力极显著高于CA基因型马匹(P<0.01)。【结论】LPL基因g.715T>C和g.12074C>A位点是影响伊犁马肉质性状的潜在位点。     

鸡催乳素受体基因多态性与就巢及产蛋性状的关联分析

【目的】揭示与繁殖性状关系密切的催乳素受体（prolactin receptor,PRLR）基因与中国地方鸡种的就巢性及产蛋性能的关系。【方法】本试验采用PCR-SSCP方法,以576只宁都黄鸡为材料,检测PRLR基因的多态性,并进行多态性与就巢和产蛋性状间的关联分析。【结果】证实了前人研究过的SNP1（T10862C,外显子3）和SNP2（T25670C,外显子6）均与就巢性状无显著关联（P＞0.05）;SNP2对300 d产蛋量影响显著（P＜0.05）;新发现的SNP3（G30716A,内含子8）显著影响开产日龄（P＜0.05）;新发现的SNP4（A31900G,外显子10）极显著地影响就巢率（P＜0.01）,显著影响就巢天数和300 d产蛋量（P＜0.05）。由4个SNPs构建的不同单倍型在开产日龄上的差异达到极显著水平（P＜0.01）,在其它性状上的差异不显著（P＞0.05）。【结论】PRLR基因的多态性与就巢和产蛋性状相关,SNP4的效应更为突出。     

牦牛DKK1基因多态性及其与生长性状的相关性

选取麦洼牦牛、类乌齐牦牛、申扎牦牛、帕里牦牛和斯布牦牛5个群体共287头个体,采用直接测序法检测牦牛DKK1基因的SNP位点,分析其与生长性状的相关性。结果表明,牦牛DKK1基因存在2个突变位点,g.983A→G位点和g.1075C→G位点;位点g.983A→G在斯布牦牛中处于Hardy-Weinberg不平衡状态,其余位点处于平衡状态。在遗传多态性研究中,2个SNP位点均为中度多态。2个位点不同基因型与体高、体斜长、胸围、管围和体质量的相关分析结果显示,位点g.983A→G与体高、体斜长、胸围和体质量均具有相关性;位点g.1075C→G与生长性状不相关。     

猪MBF1基因的多态性及与生产性状的关联分析

分离克隆了猪MBF1基因第4外显子的序列,测序发现在18 bp处存在T/C突变,引起Taq I酶切多态。利用PCR-RFLP方法对国内外4个猪种MBF1基因第4外显子的多态性进行分析发现,在国外猪种中等位基因T的的频率占优势;在中国猪种中C等位基因的频率占优势;在437头大梅F2代资源家系中进行性状关联分析发现该多态与瘦肉率、板油重、肩部背膘厚、眼肌高、眼肌宽、眼肌面积显著相关(P0.05)。     

猪RTL1基因多态性及其与胴体、肉质性状的关联分析

旨在研究反转录转座子1基因(retrotransposon-like-1,RTL1)潜在的变异与猪胴体和肉质性状的相关性。测序发现在猪RTL1基因编码区1 209 bp处存在G/A突变,利用PCR-Fnu4H I-RFLP方法在9个猪种中进行了基因分型,并且在360头大白猪×梅山猪F2代群体中进行性状关联分析。结果表明,该位点与皮率、内脂率、6-7腰椎间膘厚、胸腰椎间膘厚、背最长肌pH、股二头肌肌肉色值呈显著相关(P0.05),与骨率、肩部膘厚、臀部膘厚、平均背膘厚、背最长肌失水率、背最长肌系水力、背最长肌肌肉色值呈极显著相关(P0.01)。