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水稻基因组测序和分析的研究进展 总被引:5,自引:1,他引:5
综述了水稻基因组测序的工作进展和水稻基因组信息。至2002年,籼、粳稻两个亚种基因组工作“框架图”的测定及粳稻基因组全长序列的精确测定已相继完成。初步得到了水稻非冗余序列389.81~409.76 Mb;预测水稻基因总数达32 000~56 000个,少于30%的基因被功能分类;基因内GC含量梯度明显;外显子变异少、内含子变化大;籼稻和粳稻的序列差异达22%以上;水稻与其他禾谷类基因之间有广泛的共线性,但与拟南芥的共线性是有限的。基因组测序不仅开辟了基因组学这一生命科学的新兴学科,而且带动了生物信息学、蛋白质组学等一批新兴学科和技术的发展。 相似文献
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为探究白化茶树遗传变异信息及mSNP液相芯片在茶树种质资源鉴定中的可行性,利用全基因组重测序对18份白化茶树资源进行遗传多样性分析和突变位点检测。结果表明,基于全基因组水平的SNP标记可将18份白化茶树资源分为3类,且基本呈现出具有亲缘关系或地理位置接近的资源聚在一起的趋势;对重测序数据进行功能注释后发现,在18份白化茶树资源中存在17 056个共有非同义突变基因,其中14个叶绿素合成相关基因中存在98个错义突变位点。随后,基于前期获得的基因组变异信息开发了一套包含59个mSNP、222个SNP位点的液相芯片,利用该液相芯片检测13份茶树资源的基因型信息。结果表明,同一品种两两之间的遗传相似度在92%~98%,不同品种间的遗传相似度则在84%以下,表明该芯片可对18份白化茶树资源进行准确鉴别,研究结果可为mSNP液相芯片在茶树种质资源鉴定、分子标记辅助育种等方面的应用奠定基础。 相似文献
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小麦及其近缘种基因组测序研究进展与发展趋势 总被引:1,自引:0,他引:1
近年来,随着测序和基因组序列组装技术的深入发展,小麦基因组测序研究不断取得了新的进展和突破,为小麦育种研究带来了新的发展机遇。本文简要介绍了小麦基因组测序的背景及其重要性,概要综述了小麦基因组测序研究的最新进展,展望了小麦基因组测序研究的发展动态和趋势,并讨论了基因组学发展对未来小麦育种的影响。 相似文献
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叶绿体基因组在物种鉴定、系统进化分析及亲缘关系研究等领域应用前景广阔。本文应用Illumina高通量测序技术对龙井43(Camellia sinensis cv. Longjing 43)的叶绿体全基因组进行测序;利用叶绿体trnL-trnF序列研究茶树及其近缘植物的亲缘关系。结果表明,龙井43叶绿体基因组全长为157 096 bp,反向互补重复区(Inverted repeat, IR)为26 080 bp,小单拷贝区(Small single copy region, SSC)、大单拷贝区(Large single copy region, LSC)分别为18 283 bp、86 653 bp。共注释叶绿体基因133个,其中蛋白编码基因86个,rRNA基因8个,tRNA基因39个。对所选植物的trnL-trnF序列进行比对,序列长度变异范围为481~501 bp,序列最长为岔河大茶,最短为金花茶,基于此序列构建亲缘关系树,山茶属茶组植物聚成一个组。研究结果对茶树优良品种培育及山茶属植物亲缘关系的研究具有重要价值。 相似文献
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茶树基因组DNA提纯与鉴定 总被引:44,自引:10,他引:44
采用在细胞核被裂解之前去除细胞质中的茶多酚和蛋白质,而后用SDS裂解细胞核,异丙醇和乙醇沉淀基因组DNA的方法,分别从不同茶树品种新梢、干梢及冰冻新梢中成功地提取和纯化基因组DNA,并对其DNA的得率和质量进行了鉴定。DNA的得率在205~963ng/mg鲜重之间,所得到的DNA样品片段均大于21kb,适宜于进行限制性酶切和RAPD反应。实践证明,上述提取富含酚类物质植物基因组DNA的方法,不仅迅速简单,而且经济有效。 相似文献
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利用玉米自交系齐319与郑58杂交衍生的重组自交系群体,通过筛选剩余杂合体(RHL)以达到快速构建CSSLs的目的。在接近纯合的重组自交系群体中,结合基因组重测序信息扫描玉米第5染色体上的In Del位点,定点开发分子标记,筛选剩余杂合体进行自交快速获得了多个位点的染色体片段代换系。在玉米5号染色体的19 130 718 bp~214 379 898 bp区间内,共获得41个染色体片段代换系。两个染色体片段代换系位点间的间距为0.2~26.4 Mb,平均为2.5 Mb。其中8个染色体片段代换系群体中只含有1个多态位点,为单片段代换系。本研究所建立的CSSLs可为玉米第5染色体上QTL的精细定位及功能分析提供支撑,并为玉米育种提供中间材料。 相似文献
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茶树S-腺苷甲硫氨酸合成酶基因的克隆和序列分析 总被引:26,自引:6,他引:20
从茶树叶片中提取总RNA ,经反转录合成cDNA第一链。以cDNA第一链为模板 ,分别用三对PCR引物扩增SAM合成酶基因的中间主片段、 3 端和 5 端片段 ,最后经BLAST比较及重叠区域拼接得到完整的SAM基因序列。所得序列长 130 3bp ,编码 394个氨基酸。与中华猕猴桃、番茄、长春花SAM合成酶基因的核苷酸序列的同源性分别为 87% ,83 %和 83%。氨基酸序列与三角杨、猕猴桃、番茄、长春花等的SAM氨基酸序列的同源性为 92 %~ 90 %。证实所获得的基因序列为茶树SAM合成酶基因 相似文献
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花青素是由类黄酮合成途径产生的次生代谢产物,含量高时会使茶树新梢呈现红色或紫色。同时,花青素相比儿茶素等具有更明显的抗氧化、预防肿瘤等药理保健作用。文章就茶树花青素合成途径、转录及转录后调控等方面进行综述,以期更好地为高花青素茶树的育种研究提供理论依据。 相似文献
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茶是目前世界上消费量最大的饮料作物之一。然而,由于茶园长期依赖化学农药进行病虫害防治,使得茶叶农药残留问题对消费者的健康安全造成了隐患,同时化学农药的使用还带来了害虫抗药性、环境污染等负面影响。昆虫性信息素作为上世纪60年代化学生态学的重要发现,因其具有高效、环保、专一性强等优点,受到各国科学家的肯定,被认为是生物合理农药。在过去的研究中,茶园许多昆虫的性信息素被相继鉴定和应用,如茶小卷叶蛾的性信息素防治已经成为昆虫性信息素应用的典范。本文将从茶树昆虫性信息素的化学结构鉴定、性信息素微量成分的作用、性信息素手性异构、性信息素多态性、性信息素抗性、性信息素生物合成路径及调控机制,以及性信息素的其他生态学功能等方面综述近年来的研究与应用进展。 相似文献
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基于全基因组测序结果,探讨了包括热带水果香蕉(Musa spp.)、龙眼(Dimocarpus longan)、番木瓜(Carica papaya)、菠萝(Ananas comosus)、椰子(Cocos nucifera)、榴莲(Durio zibethinus),经济作物橡胶(Hevea brasiliensis)、木薯(Manihot esculenta)、枣椰(Phoenix dactylifera)、可可(Theobroma cacao)、油棕(Elaeis guineensis)、咖啡(Coffea canephora)以及药用植物铁皮石斛(Dendrobium officinale)在内的13种热带植物的全基因组测序的发展历程,并对热带植物基因组研究进行了概述。 相似文献