木本油料文冠果APETALA2基因全长cDNA序列与生物信息学分析

文冠果是我国北方特有的木本油料树种。AP2是植物种子发育调控的重要转录因子。根据已获得的文冠果转录组数据搜索文冠果AP2基因序列(XsAP2),并对XsAP2基因全长cDNA序列进行生物信息学分析。结果表明,XsAP2基因cDNA序列包含1个长度为1 548 bp的完整ORF,编码515个氨基酸。XsAP2蛋白大部分区域为亲水区,由136个ɑ螺旋、89个延伸链、43个β-转角、247个无规则卷曲构成。依据2gcc.1.A同源建模法,获得1个三级结构模型,该模型从第153个氨基酸开始到第213个氨基酸结束。XsAP2蛋白与9种其他植物AP2蛋白的同源性分析显示,文冠果AP2与可可AP2的同源性最高(71%)。该结果可为解析文冠果种子生长发育的分子调控机制提供理论依据,并有助于文冠果油品质改良和文冠果分子育种工作。     

文冠果ABI3转录因子全长cDNA序列与生物信息学分析

文冠果是我国北方特有的优良木本食用油料树种。ABI3是种子发育过程中重要的转录调控因子。根据文冠果转录组数据获得ABI3基因序列(XsABI3),并对XsABI3基因的cDNA进行生物信息学分析。结果表明,XsABI3基因cDNA序列含有一个长度为1 977 bp的完整ORF,可编码658个氨基酸。XsABI3转录因子中的氨基酸大部分表现亲水性,由200个α螺旋、39个延伸链、14个β-转角、405个无规则卷曲构成。通过5yzy.1.C同源建模法,得到1个三级结构模型,该模型从第576个氨基酸开始到第650个氨基酸结束。XsABI3氨基酸序列与其他11种植物的ABI3氨基酸序列进行同源性比较表明,文冠果ABI3与甜橙的ABI3同源性最高(67%)。该研究结果将为研究文冠果种子生长发育及其油脂合成积累的调控机制提供新的理论基础,也为文冠果高油种质的分子育种工作提供重要参考。     

刺五加GAPDH 基因全长cDNA 的克隆与生物信息学分析

采用cDNA末端RACE技术,从刺五加叶片中克隆到GAPDH基因cDNA的全长序列,并运用生物信息学方法对该基因的cDNA序列、保守区、氨基酸序列、亲缘关系等特征进行分析,并预测其编码蛋白质的结构和功能.研究结果表明,刺五加GA PGH基因的cDNA全长为1 437 bp,开放阅读框全长为1 023 bp,编码一个具有340个氨基酸残基的蛋白,蛋白分子质量为37.070 ku,理论等电点(pI)为7.71.刺五加GAPDH蛋白不存在跨膜结构域,定位于细胞质中,属于亲水蛋白.     

苎麻CCoAOMT基因全长cDNA克隆与序列分析

【目的】试图分离和克隆苎麻内源咖啡酰辅酶A甲基转移酶基因。【方法】采用RACE技术克隆基因，对序列应用ClustaW 1.82软件进行在线分析，将苎麻mRNA序列、mRNA编码区序列以及氨基酸序列与已报道的其它植物的相应序列进行多重序列排列比较并构建系统树。【结果】获得了苎麻CCoAOMT cDNA全长序列(GenBank注册号：AY651026)；苎麻咖啡酰辅酶A甲基转移酶是氧甲基转移酶类；苎麻CCoAOMT基因mRNA序列与已报道的其他植物的相应序列不能聚为一类，其差异明显大于其它植物间的差异。苎麻CCoAOMT基因mRNA编码区序列与玉米（Zea mays：ZMA242980、ZMA242981）的同源性高于其他植物。推导的苎麻CCoAOMT酶蛋白氨基酸序列与杨树（Populus balsamifera：AJ224894、AJ224896）、美洲山杨（Populus tremuloides：PTU27116）的同源性高于其他植物。【结论】苎麻CCoAOMT基因cDNA与其它植物的相应序列具有同源性。     

小麦肉桂醇脱氢酶基因（TaCAD1）全长cDNA序列及生物信息学分析

小麦（Triticum aestivum）是世界三大主粮之一,倒伏严重制约了小麦产量的提高。小麦肉桂醇脱氢酶基因（TaCAD1）是小麦木质素合成的关键基因,小麦体内木质素含量越高,茎秆强度越高,抗倒伏能力随之增强。为了探明小麦肉桂醇脱氢酶基因的生物学功能,对TaCAD1基因编码的氨基酸序列进行生物信息学分析。结果表明：TaCAD1基因cDNA序列全长1311bp,包含1个长度为1083bp的开放阅读框（ORF）,编码360个氨基酸。TaCAD1蛋白等电点（pⅠ）为5.74,分子量为38625.45 Da,其不稳定系数为23.91,属于稳定蛋白质。推导的TaCAD1蛋白为疏水性蛋白,不存在跨膜区,可能位于细胞质内,该蛋白的二级结构元件主要为无规卷曲。TaCAD1蛋白在进化过程中较为保守,与节节麦、大麦、高羊茅、黑麦草、短花药野生稻CAD蛋白的一致性达94.81%。研究结果为进一步探究TaCAD1在小麦抗倒伏过程中的作用及小麦抗倒伏的分子育种提供参考。     

叶子花花色DOD基因全长cDNA克隆与序列分析

以叶子花花苞为材料,运用RACE技术克隆出了叶子花苞片中的多巴双加氧酶基因cDNA全长,探讨叶子花花色变化机理和甜菜色素代谢途径。该序列长度为1 059 bp,开放阅读框位于56-802 bp之间,共编码249个氨基酸残基。对该氨基酸序列进行生物信息学分析,结果表明该氨基酸序列具有多巴双加氧酶保守结构域,所组成的蛋白分子量为27.94 kD,等电点为5.48,是稳定蛋白。对其二级结构进行预测:该序列具有8个α螺旋、8个β转角、20个β折叠,其序列大多是由亲水性氨基酸残基组成,不具有跨膜结构和信号肽。对该氨基酸序列进一步的Blast比对,发现组成多巴双加氧酶的氨基酸序列因植物种类而异,且亲缘关系越远,差异越大,结合花青素与甜菜色素代谢途径的不同和在自然界中不能共存的现象,表明多巴双加氧酶基因在生成甜菜色素植物中具有独特的保守性。     

人参BBM基因全长cDNA的克隆及生物信息学分析

BBM(BABY BOOM)基因是属于植物AP2/EREBP基因家族的AP2亚族的转录因子,已有很多研究表明,过量表达BBM基因能够诱导植物体细胞胚,是植物体细胞胚诱导研究中应用潜力大的重要基因之一。为利用BBM基因诱导人参体细胞胚,该试验采用RACE方法克隆了2 291 bp的人参BBM基因全长cDNA,包含1 998 bp的开放阅读框(ORF),编码665个氨基酸。用其推测的编码蛋白序列与拟南芥等植物的BBM基因序列比对结果,人参BBM基因中包含euANT2-euANT6、bbm-1等基序,还包含由Linker连起来的2个AP2结构域(AP2-R1和AP2-R2),说明PgBBM是属于AP2亚族的转录因子。与其它植物已知BBM基因构建的系统发育树显示,人参BBM基因与烟草、大豆、苜蓿的BBM基因亲缘关系较近,与其它植物的BBM基因的亲缘关系较远。     

美洲水貂DQA基因全长cDNA克隆及其生物信息学分析

参考NCBIGenBank中上传的雪貂、海獭DQA基因序列设计出RT-PCR扩增引物,克隆了美洲水貂DQA基因全长cDNA序列;利用生物信息学软件构建了 DQA基因系统进化树,预测了 DQA蛋白结构与功能.结果表明:DQA基因全长cDNA序列大小为1 147 bp,ORF序列为768 bp,编码255个氨基酸,存在23...     

绵羊YAP1基因全长cDNA克隆及生物信息学分析

【目的】克隆绵羊YAP1基因cDNA并分析其序列及其蛋白的遗传特性及其在不同组织中不同程度的表达情况。【方法】以湖羊为研究对象,利用RT-PCR和RACE技术获得绵羊YAP1序列,并结合生物信息学方法对绵羊YAP1的序列进行深入分析。【结果】从湖羊背最长肌中克隆YAP1基因的全长cDNA序列;利用生物信息学技术,对绵羊YAP1基因与其它物种的同源性,蛋白质序列的跨膜区,亚细胞定位,亲水性,潜在信号肽剪切位点,糖基化位点,磷酸化位点,编码产物进行功能预测分析,及其编码蛋白的二级结构,三级结构等进行分析。【结论】克隆获得绵羊YAP1基因序列全长为1 712 bp,包括1 212 bp的编码区序列,编码403个氨基酸。同源性分析发现,绵羊YAP1核苷酸序列与推测氨基酸序列与灰仓鼠的同源性最高,分别达到78.77%和92.51%,而与人、黑猩猩的一致性差异较小。氨基酸序列分析发现该基因编码蛋白为水溶性蛋白,相对分子量为44079.0Da,理论等电点为4.91,无信号肽序列和跨膜区;亚细胞定位主要在细胞核,不属于分泌蛋白;预测含有33个磷酸化位点,7个糖基化位点,具有两个WW结构域,二级结构以无规则卷曲为主,三级结构显示,YAP1结构域区构成弯曲状螺旋结构。预测YAP1蛋白主要在调节功能过程中有着关键作用。以上研究为进一步探讨YAP1基因在肌肉生长过程中的功能研究奠定了遗传信息基础。     

雪花梨S16-RNase基因全长cDNA克隆及序列分析（英文）

    通过逆转录PCR(RT-PCR及快速扩增cDNA末端(RACE)技术从中国白梨品种'雪花'梨中克隆到S16-RNase基因的全长cDNA序列(GenBank接受号为DQ991388)该cDNA克隆总长1101 bp,包含1个完整的开放阅读框,编码228个氨基酸S16-RNase表现出梨S-RNase基因的基本结构特征,即其具有5个保守区(C1,C2,C3,RC4及C5)和1个高变区在推导氨基酸水平上,S16-RNase与梨其他S-RNase基因的相似性为63%至74%,但与苹果S9-RNase的相似性高达95%通过多序列比对构建进化树,分析梨S16-RNase与蔷薇科植物其他S-RNase基因的遗传进化关系结果表明,S16-RNase与苹果亚科S-RNase基因形成一个亚科特异而非种特异的S-RNase基因类群;且不同S-RNase基因间存在属内种间遗传距离远于属间种问遗传距离现象     

山葡萄DFR基因全长cDNA的克隆与序列分析

应用RT-PCR和SMART RACE等技术克隆山葡萄二氢黄酮醇4-还原酶基因的全长c DNA序列,结果表明,该基因全长1 362 bp,包括1 014 bp的完整开放阅读框,推测其编码337个氨基酸。该基因表达产物相对分子质量为37.50 ku,等电点为5.95,是稳定蛋白,不包含信号肽。蛋白质疏水性分析结果表明,DFR疏水性最大值为2.511,最小值为-2.267,平均值为-0.146,整体表现为亲水性。二级结构分析结果表明,DFR的二级结构主要以α-螺旋(35.31%)和不规则卷曲(46.29%)为蛋白最大量的结构元件。对不同植物DFR氨基酸序列进行多重比对发现,同源性较高,DFR与NADPH结合区域和底物结合区域都表现出高度保守。用推导的氨基酸序列与蛋白质数据库进行同源性比较,其氨基酸序列与欧亚种葡萄、大豆、矮牵牛等植物的DFR氨基酸序列两两比对的相似性系数分别为98%、76%、74%。     

梨小食心虫actin基因全长cDNA克隆与序列分析

为梨小食心虫其他基因表达调控研究提供内参基因以及actin基因的研究,运用RT-PCR和RACE技术,克隆获得梨小食心虫actin基因全长cDNA序列,并对其进行生物信息学分析。结果表明,该基因cDNA序列全长为1 451bp,其中包括67bp的5′非编码区、253bp的3′非编码区和1 131bp的开放性阅读框,编码376个氨基酸。该蛋白预测分子质量为41.776 8ku,等电点为5.22,氨基酸序列中有6类功能位点,具有actin家族典型特征,与其他昆虫actin氨基酸序列高度同源,达97%~99%。成功克隆梨小食心虫actin基因全长cDNA,该序列已提交GenBank,登录号为KF022227。     

虹鳟Ndufb2基因全长cDNA序列的克隆与分析

从虹鳟鱼(Oncorhynchus mykiss)的脑组织中提取RNA,经逆转录-聚合酶链反应及cDNA末端快速扩增技术克隆出Ndufb2基因全长cDNA序列(GenBank登录号:FJ534641),并对其序列进行分析.扩增结果表明:Ndufb2基因的cDNA序列全长899bp,其中5′端非翻译区长152bp,3′端非翻译区长441bp,开放阅读框长306bp,编码101个氨基酸;其N端前50个氨基酸为线粒体靶序列.将翻译的虹鳟Ndufb2蛋白序列与大西洋鲑(Salmo salar)的Ndufb2蛋白序列比对发现,其同源性高达98%,且虹鳟Ndufb2蛋白序列与已报道的哺乳动物的Ndufb2蛋白序列同源性均在55%以上.表明Ndufb2基因在进化过程中是高度保守的,推测其在线粒体呼吸链组成中发挥着重要作用.     

樱桃谷鸭OASL基因全长cDNA的克隆及其生物信息学分析

为了获得樱桃谷鸭寡腺苷酸合成酶样蛋白质基因(OASL)全长cDNA,并且初步了解其生物学特性,采用RT-PCR和RACE方法从鸭脾脏组织总RNA中扩增OASL基因cDNA片段,应用生物信息学方法,系统分析鸭OASL的遗传进化以及蛋白质的理化性质、二级结构和亚细胞定位。结果表明,樱桃谷鸭OASL基因(Gen Bank登录号:KX255654)全长1 630 bp,其中包含19 bp的5'UTR(Untranslated region,UTR)、99 bp的3'UTR(Untranslated region,UTR)和PolyA尾巴、1 512 bp的编码区(Coding region,CDS),翻译编码504个氨基酸多肽。鸭OASL蛋白具有寡腺苷酸合成酶(OAS)蛋白家族的典型特征,即N端为寡腺苷酸合成酶样结构域(OAS-like domain,OLD),C端为2个串联的泛素化样结构域(Ubiquitin-like domains,Ub LDs),不具有信号肽和跨膜区。序列比对和系统进化分析结果表明,OASL氨基酸序列在同种之间比较保守,与已报道的鸭OASL的同源性高达100%,与鹅同源性为78%,与人、鼠和猪等哺乳动物的同源性仅为43%~45%。     

油茶FBPase基因的全长cDNA克隆及序列分析

FBPase是调控Clavin循环的关键酶之一,加速Clavin循环有利于提高植物的光合效率.在油茶cDNA文库和EST文库构建的基础上,以油茶“湘林1号”的近成熟种子为材料,采用5'RACE和3'RACE技术克隆油茶FBPase基因的全长cDNA序列;该基因全长cDNA序列为1 356 bp,其中开放读码框为1 02...     

鸡Mx基因全长cDNA序列的克隆及分析

以Poly(I)-Poly(C)诱导鸡成纤维细胞Mx基因的表达,提取总RNA,RT-PCR扩增出全长Mx cDNA,扩增产物克隆入pMD19-T Simple载体中进行序列测定。结果表明:与GenBank公布的鸡Mx cDNA序列相比,其同源性达99.9%,为进一步研究鸡Mx基因的抗病毒活性和作用机理奠定了基础。     

杜仲肉桂醇脱氢酶基因全长cDNA克隆及序列分析

以杜仲(Eucommia ulmoides Olive)4、5月份新长成的杜仲幼嫩叶片为材料,在克隆一段肉桂醇脱氢酶(cin-namyl alcohol dehydrogenase,CAD)基因的基础上,以杜仲cDNA为模板,采用cDNA末端快速扩增法(Rapid ampli-fication of cDNA Ends,RACE)克隆了5’端828 bp和3’端798 bp cDNA序列,经5’RACE产物和3’RACE产物序列拼接,获得全长为1243bp的杜仲CAD cDNA序列,开放阅读框编码243个氨基酸,命名为EuCAD(GenBank登录号:DQ142643)。与GenBank中序列比对分析发现,该cDNA序列与苹果树、桉树、红橡树中的CAD基因序列同源性均为81%,预测编码的氨基酸序列与苹果树、桉树、红橡树的同源性分别为73%、70%和70%,因此认为是杜仲肉桂醇脱氢酶基因。该基因为首次从杜仲中克隆,为探索木质素的合成调控机理奠定基础。     

风信子DFR基因全长cDNA的克隆及序列分析

以蓝色风信子完全露出蓝色的花蕾为材料,利用RT-PCR和RACE技术，获得风信子DFR基因的全长cDNA。该cDNA全长1252 bp ,开放阅读框为1098 bp ,编码366个氨基酸。 Blast搜索结果显示,风信子DFR基因核苷酸序列与其它植物已报道的DFR基因具有66 %～77 % 的相似性,氨基酸序列有62 %～73 %的相似性。聚类分析表明, 最先与风信子聚类合并的是鸢尾，其次与其它单子叶植物聚类，最后与双子叶植物聚类。     

猪MAPK12基因cDNA的克隆及序列分析

目的克隆新的猪MAPK12基因全长ORF,分析其生物特性,为进一步研究该酶的功能提供信息资料。方法:以已报道的人及小鼠MAPK12基因cDNA序列为依据,利用电脑克隆策略获得的ESTs设计引物,RT-PCR技术扩增新的猪MAPK12基因ORF序列,将PCR产物直接进行序列测定。分析此蛋白的特性并预测其结构。结果分离的ORF全长1101bp,编码367个氨基酸,与人鼠氨基酸序列92%同源;利用生物信息学软件分析出此蛋白的理化特性并预测了其一级、二级和高级结构。结论研究分离的基因片段可命名为猪ERK6,通过分析,获取了该酶的基本信息特征,并与现有的报道结果进行对比分析,为进一步开展猪MAPK12基因的结构功能、表达调控的相关研究奠定了基础。     

虹鳟脑型肌酸激酶基因cDNA全长的克隆与序列分析

肌酸激酶(Creatine kinase, CK)能够催化磷酸基团在二磷酸腺苷(ADP)和磷酸肌酸间的可逆性转移, 在细胞能量代谢过程中发挥重要作用.以虹鳟(Oncorhynchus mykiss)为研究材料, 使用RT-PCR和RACE法分离和克隆了虹鳟脑型肌酸激酶(CKB)基因cDNA的全长序列(GenBank登录号:FJ548753). 序列全长1 493 bp,其中5′端非翻译区81 bp, 3′端非翻译区266 bp, 开放性阅读框1 146 bp, 编码381个氨基酸.虹鳟鱼CKB蛋白存在两个重要功能结构域,分别为EF-hand结构域和ATP:guanido 磷酸转移酶结构域.构建的系统进化树证实所克隆的肌酸激酶CK基因属于脑型肌酸激酶基因CKB.虹鳟鱼CKB蛋白序列与大西洋鲑(Salmo salar)的CKB在进化树上最先聚为一支,这与两者同属鲑科鱼类这一事实是一致的.虹鳟鱼CKB蛋白序列与大西洋鲑的CKB蛋白同源性高达99%,与已报道的哺乳动物的CKB蛋白同源性均在80%以上相符,表明CKB基因在进化过程中是高度保守的,在细胞能量发生与转移过程中发挥着重要作用.