冷藏对虾中腐败希瓦氏菌活菌EMA-qPCR检测方法的建立

【目的】将叠氮溴乙锭(EMA)与实时荧光PCR技术相结合,建立快速检测腐败希瓦氏菌活菌的方法。【方法】用不同浓度的EMA和作用时间优化对腐败希瓦氏菌活菌的EMA-qPCR检测方法。研究该方法对活菌的最低检出限及能抑制死菌DNA扩增的最高浓度。研究该检测方法对不同比例死、活腐败希瓦氏菌的检测效果。用10株不同细菌验证该方法的特异性。检测101尾冷藏南美对虾中的腐败希瓦氏菌,并用平板培养法和qPCR方法对结果进行验证。【结果】EMA-qPCR检测最优方法为用终浓度20μg/mL的EMA处理细菌20 min。建立的EMA-qPCR法能够最低检测活菌的浓度为1 CFU/反应,能有效抑制1.0×10~7CFU/反应腐败希瓦氏菌死菌细胞DNA的扩增。对于死活混合菌,EMA-qPCR能够选择性扩增活菌DNA。该检测方法特异性良好。EMA-qPCR、平板培养和qPCR分别在16、12和19尾对虾中检测到腐败希瓦氏菌。【结论】EMA-qPCR检测技术能够快速、准确的区分腐败希瓦氏菌死菌和活菌,可作为水产品中腐败希瓦氏菌活菌的新检测方法。     

东风螺海藻希瓦氏菌和鲍鱼希瓦氏菌的生物学特性与致病性研究（英文）

[目的]研究东风螺体内希瓦氏菌的生物学特性及致病性。[方法]该试验利用血液琼脂平板从吻肿病东风螺的肝胰脏中分离溶血性细菌,经16S r DNA序列分析,鉴定病螺体内的优势菌群,并以优势菌株进行了培养特性、生化反应特性和人工感染动物试验。[结果]希瓦氏菌为病螺体内的优势菌群,其中包括海藻希瓦氏菌和鲍鱼希瓦氏菌。海藻希瓦氏菌和鲍鱼希瓦氏菌在营养琼脂、TCBS琼脂和科玛嘉弧菌显色培养基上的菌落特征基本相似;在血液琼脂培养基上,海藻希瓦氏菌β呈溶血、鲍鱼希瓦氏菌呈α溶血;二者的生化反应类型均属非发酵菌群。人工感染动物试验结果显示,海藻希瓦氏菌供试菌株的LD50为10-5.50/0.1 ml,具有较强毒性,能够引起小鼠和雏鸡以败血症死亡,死亡率100%,感染东风螺的死亡率10%,未死亡的感染螺表现为运动和采食行为的长时间丧失,但没有出现吻管肿胀症状;鲍鱼希瓦氏菌感染小鼠和雏鸡无死亡现象,仅见肝脏和脾脏轻微充血、肿大;感染东风螺无死亡,呈现一过性运动性能和采食性能降低。[结论]海藻希瓦氏菌和鲍鱼希瓦氏菌虽然是吻肿病东风螺体内的优势菌,但不是东风螺吻管肿胀病的主要病原菌;海藻希瓦氏菌对小鼠、雏鸡和东风螺均具有较强的致病性,鲍鱼希瓦氏菌对上述试验动物无明显致病作用。     

鲍鱼希瓦氏菌发酵条件的优化

鲍鱼希瓦氏菌有望用于对虾养殖和海水石油污染的治理。为探索鲍鱼希瓦氏菌的最优培养基和培养条件,运用单因素实验和正交实验对发酵条件进行优化,并在70 L发酵罐上进行扩大培养。最优培养基为蔗糖6%,蛋白胨2.5%,碳酸钙0.7%,初始p H 6.8。最优摇瓶培养条件为温度30℃,转速130 r/min,装液量100 m L/500 m L,接种量6%,收获时间24 h。70 L发酵罐生物量达到1.14×1011cfu/m L。鲍鱼希瓦氏菌发酵条件的优化为其工业生产提供了实验数据支持。     

应用双抗体夹心酶联免疫方法检测仿刺参病原菌——黄海希瓦氏菌AP629

“化皮病”是当前仿刺参养殖的最严重的疾病,导致大量死亡,严重影响我国水产养殖的经济效益。以仿刺参病原菌--黄海希瓦氏菌(Shewanella smarflavi)AP629兔源多克隆抗体和鼠源单克隆抗体3D9分别作为包被抗体和检测抗体,建立了黄海希瓦氏菌AP629的双抗体夹心ELISA快速检测方法。多克隆抗体和单抗3D9的最佳稀释倍数分别为1∶400和1∶80,该方法特异性强,与弧菌、气单胞菌、爱德华氏菌、大肠杆菌等均无交叉反应,检测灵敏度高。以PBS和仿刺参体壁匀浆上清液为悬菌介质的最低检出限分别为104 cells/mL和106 cells/mL。对人工感染黄海希瓦氏菌的10头仿刺参进行检测,其检测结果均为阳性,稳定性和重复性良好。该方法的建立有助于快速准确地诊断由黄海希瓦氏菌AP629引起的仿刺参疾病。     

黄海希瓦氏菌单抗介导间接ELISA快速检测技术的建立

应用农业部海洋水产增养殖学重点实验室制备的特异性抗黄海希瓦氏菌Shewanella smarisflavi AP629单克隆抗体3D9作为一抗,以碱性磷酸酶(AP)标记的羊抗鼠Ig作为酶标二抗,建立了仿刺参Apostichopusjaponicus化皮病病原菌——黄海希瓦氏菌AP629的间接ELISA快速检测方法,并进行了条件优化。结果表明:抗原的最佳包被浓度为107个/mL,一抗工作的最佳稀释度为1∶32,病原菌的检测灵敏度为5×105个/mL。该方法特异性强,与希瓦氏菌属其它种类、弧菌和气单胞菌等均无交叉反应。该方法的建立有助于快速准确地诊断由黄海希瓦氏菌AP629引起的仿刺参疾病。     

黄海希瓦氏菌单抗介导间接ELISA快速检测技术的建立

应用农业部海洋水产增养殖学重点实验室制备的特异性抗黄海希瓦氏菌Shewanella smarisflavi AP629单克隆抗体3D9作为一抗,以碱性磷酸酶（AP）标记的羊抗鼠Ig作为酶标二抗,建立了仿刺参Apostichopusjaponicus＂化皮病＂病原菌——黄海希瓦氏菌AP629的间接ELISA快速检测方法,并进行了条件优化。结果表明：抗原的最佳包被浓度为107个/mL,一抗工作的最佳稀释度为1∶32,病原菌的检测灵敏度为5×105个/mL。该方法特异性强,与希瓦氏菌属其它种类、弧菌和气单胞菌等均无交叉反应。该方法的建立有助于快速准确地诊断由黄海希瓦氏菌AP629引起的仿刺参疾病。     

黄海希瓦氏菌多克隆抗体部分特性的分析

采用免疫学方法,以仿刺参Apostichopus japonicus化皮病病原菌——黄海希瓦氏菌Shewanella marisflavi AP629福尔马林灭活疫苗作为免疫原,对新西兰大白兔进行免疫,制备了高效价的多克隆抗体。通过间接酶联免疫、间接免疫荧光和免疫印迹等技术对多克隆抗体的部分特性进行了分析。结果表明:获得的多克隆抗体的效价为1∶32768;多抗与黄海希瓦氏菌标准菌株存在很强的阳性反应,与弧菌和气单胞菌、链球菌和大肠杆菌交叉反应很弱或不存在交叉反应;多抗不仅与菌体本身反应,与菌株表面的分泌物也发生特异性结合。免疫印迹结果显示,多克隆抗体与黄海希瓦氏菌AP629结合的抗原决定簇主要蛋白带有6条,相对分子质量分别为131 000、128 000、113 000、62 000、38 000和33 000,其中38 000和33 000蛋白条带的抗原性最强;与胞外产物结合的抗原决定簇清楚的蛋白条带主要有3条,相对分子质量分别为62 000、38 000和33 000,其中62 000蛋白条带的信号最强。     

黄海希瓦氏菌多克隆抗体部分特性的分析

采用免疫学方法,以仿刺参Apostichopus japonicus＂化皮病＂病原菌——黄海希瓦氏菌Shewanella marisflavi AP629福尔马林灭活疫苗作为免疫原,对新西兰大白兔进行免疫,制备了高效价的多克隆抗体。通过间接酶联免疫、间接免疫荧光和免疫印迹等技术对多克隆抗体的部分特性进行了分析。结果表明：获得的多克隆抗体的效价为1∶32768;多抗与黄海希瓦氏菌标准菌株存在很强的阳性反应,与弧菌和气单胞菌、链球菌和大肠杆菌交叉反应很弱或不存在交叉反应;多抗不仅与菌体本身反应,与菌株表面的分泌物也发生特异性结合。免疫印迹结果显示,多克隆抗体与黄海希瓦氏菌AP629结合的抗原决定簇主要蛋白带有6条,相对分子质量分别为131 000、128 000、113 000、62 000、38 000和33 000,其中38 000和33 000蛋白条带的抗原性最强;与胞外产物结合的抗原决定簇清楚的蛋白条带主要有3条,相对分子质量分别为62 000、38 000和33 000,其中62 000蛋白条带的信号最强。     

希瓦氏菌合成并协同纳米钯还原氯硝基苯的研究

研究了异化金属还原细菌Shewanella oneidensis MR-1合成金属钯纳米颗粒,用于还原2-氯硝基苯的还原机制、过程和动力学。结果表明,S.oneidensis MR-1可将氯钯酸钠还原成零价钯纳米颗粒(Bio Pd)。S.oneidensis MR-1和Bio Pd协同能催化2-氯硝基苯的还原,且S.oneidensis MR-1的醌脱氢酶Cym A在还原中发挥重要作用。2-氯硝基苯的还原产物包括2-氯苯胺、硝基苯和苯胺,而苯胺是还原最终产物,说明该体系可同时实现脱氯和硝基还原。动力学分析显示,Bio Pd-Shewanella协同催化体系还原2-氯硝基苯的过程符合二级反应动力学过程。     

大鲵希瓦氏菌的分离鉴定及其病理学观察

为确定引起大鲵患病的细菌病原,采用平板划线法从患病大鲵中分离细菌后,利用革兰氏染色镜检、透射电镜观察及16S rDNA序列分析对分离细菌进行鉴定,然后选择代表株进行人工感染试验以确定其致病性,并利用药敏试验(K-B法)测定9种水产西药和3种水产中药制剂的抑菌效果。综合鉴定结果表明,从患病大鲵中分离出的5株病原菌均为希瓦氏菌(Shewanella xiamenensis),属于革兰氏阴性杆菌;选择的代表株LY3在人工感染大鲵后与自然感染症状一致,确定其为大鲵的致病菌。对患病大鲵进行剖检发现,其组织器官具有明显的病理变化,主要表现为肝脏空泡化降解、脾脏实质弥漫性坏死、肾脏间质性坏死、肾小管裂解以及肺组织纤维化。药敏试验结果显示,代表株LY3对恩诺沙星极度敏感,对氟苯尼考、对磺胺间甲氧嘧啶钠、乳酸诺氟沙星、硫氰酸红霉素高度敏感,对复方磺胺甲噁唑粉等6种药物中度敏感,对盐酸黄连素有耐药性。综上所述,希瓦氏菌引起的同批次大鲵疾病可用恩诺沙星进行治疗。     

虾夷马粪海胆致病菌强壮弧菌的PCR检测方法

强壮弧菌Vibrio fortis是虾夷马粪海胆Strongylocentrotus intermedius的一种致病菌.为建立强壮弧菌的PCR检测方法,根据强壮弧菌gyrB基因的高度变异区序列设计引物,筛选出特异性强的3对引物VF-6、VF-7及VF-8,分别对强壮弧菌S0907及20株参比菌株进行PCR扩增,结果显示,3对引物均对强壮弧菌扩增出与预期大小一致的目的基因片段且参考菌株无扩增条带.以不同稀释度的菌悬液制备的DNA模板进行PCR扩增,结果显示,3对引物VF-6、VF-7及VF-8可检测的最低细菌浓度分别为4.1×104、4.1×103、4.1 ×102cfu/mL;对不同稀释度的细菌DNA模板进行PCR扩增,结果显示,3对引物VF-6、VF-7及VF-8可检测的最低DNA含量分别为1.4、0.14、0.014 pg/μL.试验结果表明:3对引物的特异性均较好,但灵敏度存在差异,其中以VF-8为引物的PCR检测方法最佳;使用以VF-8为引物的PCR检测方法对实验室养殖海胆及其生境样品进行初步检测,健康海胆、养殖海水及投喂的海带均为阴性,而自然海域海水中带有一定量的强壮弧菌.     

转基因玉米的定性PCR检测

根据玉米内参照基因zSSIIb和转基因玉米中常见的CaMV35S、NOS、Bt、hpt等基因的特异性结构,设计5对定性PCR引物,经定性PCR检测,可以准确地将转基因玉米的目的基因检出,说明这5对引物具有较高的特异性和准确性。由此建立了一套转基因玉米定性PCR检测方法,用于转基因玉米及其产品的筛查、抽检。     

鹦鹉热衣原体real-time quantitative PCR检测方法的研究

[目的]为鹦鹉热衣原体的快速、准确检测奠定基础。[方法]根据鹦鹉热衣原体主要外膜蛋白(MOMP)基因序列设计一对特异性引物,以SYBR GreenⅠ为荧光染料,建立了鹦鹉热衣原体Real-time quantitative PCR检测方法。根据检测结果,计算样品的批内和批间变异系数(CV)。[结果]以提取的鹦鹉热衣原体DNA为模板,用引物Cps-1和Cps-2进行PCR扩增,得到长100 bp的片段。扩增产物回收纯化后,连接到pGEM-T Easy载体上并转化到大肠杆菌DH5α,菌落PCR检测筛选阳性克隆,培养后提取质粒DNA。当模板浓度范围为1.78×102~1.78×108拷贝/μl时,标准曲线相关系数达0.998;批内和批间变异系数(CV%)分别为1.30%~4.59%和5.72%~9.87%。[结论]为鹦鹉热衣原体的感染、流行调查等提供了重要的技术参考。     

鹅细小病毒PCR诊断方法的初步建立

根据GeneBank上已发表的鹅细小病毒(GPV)基因序列,设计合成1对引物,以GPV阳性毒株鹅胚尿囊液及攻毒后死亡的雏鹅组织,提取DNA并进行PCR,结果产物扩增出的片段与预期片段440 bp大小相符,测定序列与GeneBank上GPV B株同源性达99%。试验结果显示用该方法可以特异性地诊断出GPV,比琼脂扩散试验(AGP)敏感性高,可检测最低浓度为102.5GELD50/0.2mL;检测攻毒后死亡的雏鹅组织,在脑、肝、肺、肾、肠等组织中均有GPV的存在,可以用于临床可疑病毒的分离鉴定。所建立的PCR方法具有高度的特异性、敏感性和可重复性。     

应用PCR方法检测鹅细小病毒感染

根据GenBank中发表的GPVB株全基因序列,应用生物学软件Primer5.0设计了针对鹅细小病毒VP3(574bp)的特异性引物,建立了小鹅瘟PCR诊断方法。对鹅细小病毒疫苗株和临床病料样品进行了PCR检测,结果从疫苗株和临床病料样品(7/9)中扩增到与预计大小一致的目的片段,而对照的鹅副粘病毒、新城疫病毒和鸭瘟病毒PCR结果均为阴性,敏感性检测结果表明,该PCR可以检测到0.124ng/L的GPV的核酸模板,因此,所建立的PCR方法特异性强,可用于临床病料的快速诊断。来源于黑龙江不同地区的送检样品检测结果表明,小鹅瘟分布广泛,仍是危害雏鹅的重要病毒性传染病。     

鸡毒支原体实时荧光定量PCR检测方法的建立

 【目的】建立基于鸡毒支原体种特异性粘附蛋白编码基因pvpA的实时荧光定量PCR检测方法。【方法】根据GenBank公布的不同国家和地区鸡毒支原体pvpA基因序列,在高度保守区域设计一对引物。以临床分离鸡毒支原体RC1为模板扩增pvpA基因,将其连接到PMD19-T载体,转化至大肠杆菌DH5α中,经PCR和酶切鉴定并测序验证后得到阳性重组质粒rPvpA90。以rPvpA90为模板建立SYBR Green I荧光定量的标准曲线和溶点曲线,并进行特异性,灵敏性,重复性及临床样本检测试验,评价该方法的可行性。【结果】所建立的荧光定量PCR标准曲线循环阈值与模板浓度呈良好的线性关系,溶点曲线特异,相关系数为0.990。最低检测限为72拷贝/20 μL ,其敏感性比常规PCR至少高100倍;无论是对不同病原DNA单模板还是几种病原DNA混合模板进行扩增,该方法都呈现很好的特异性;重复性试验中,批内和批间变异系数均小于2%,表明该方法重现性好;临床样本的检测结果表明所建立的荧光定量PCR检测方法的检测率明显高于常规PCR方法。【结论】本研究初步建立了基于种特异性基因pvpA的鸡毒支原体荧光定量PCR方法,为养禽场诊断和监测鸡毒支原体病原提供一种新的特异、灵敏的方法。     

一种适宜拟南芥PCR检测的DNA提取方法

[目的]介绍一种适于拟南芥PCR检测的DNA快速提取方法。[方法]通过对常规DNA提取方法的改进,获得可以快速大批量地提取拟南芥DNA样品的方法,并以随机抽取的拟南芥转基因株系和突变株系为样品进行验证。[结果]经过琼脂糖凝胶电泳及紫外吸收检测,DNA样品完整且污染少,PCR扩增目的片段结果良好,适于作为PCR反应的模板。经过对随机抽取的拟南芥转基因株系和突变株系的PCR检测,阳性植株目的基因扩增条带清晰,无假阳性,试验结果理想。[结论]该方法适用于拟南芥DNA样品的快速提取、PCR检测及拟南芥突变体筛选工作。     

一种适宜PCR检测的番茄DNA微量提取方法

通过比较DNA微量提取方法和3种常规提取方法得到的DNA质量和PCR扩增结果,找到一种适用于番茄PCR技术的快速、简单、成本低的DNA提取方法。该方法的材料不用液氮,避免使用酚类、氯仿等有毒试剂,可以单人大批量提取,并在番茄分子标记辅助育种中能稳定而准确的规模化PCR检测。     

一种适宜拟南芥PCR检测的DNA提取方法（摘要）（英文）

[目的]介绍一种适于拟南芥PCR检测的DNA快速提取方法。[方法]通过对常规DNA提取方法的改进（省去液氮研磨和苯酚提取的步骤）,获得可以快速大批量地提取拟南芥DNA样品的方法。于1.5ml Eppendorf管内加入400μl DNA提取液[内含200 mmol/LTri（pH值7.5）,25 mmol/LEDTA（pH值8.0）,250 mmol/LNaCl,0.5% SDS（W/V）],剪取拟南芥叶片材料少许（1片以下）加入400μl DNA提取液,用微型研磨棒将叶片捣碎至溶液成绿色,放置3 ～5 min;加入400μl氯仿/异戊醇（体积比24：1）,混合均匀,12 000 r/min离心5 min;取上清液至另一1.5 ml Eppendorf管内,加入300μl异丙醇,颠倒混合均匀,室温下放置5 min,12 000 r/min离心5 min;弃去上清液,以70%乙醇漂洗,放置晾干,加入100μl灭菌超纯水溶解,4℃放置备用。以随机抽取的拟南芥转基因株系和突变株系为样品进行验证。[结果]经过琼脂糖凝胶电泳及紫外吸收检测,DNA样品完整且污染少,PCR扩增目的片段结果良好,适于作为PCR反应的模板。经过对随机抽取的拟南芥转基因株系和突变株系的PCR检测,阳性植株目的基因扩增条带清晰,无假阳性,试验结果理想。[结论]该方法适用于拟南芥DNA样品的快速提取、PCR检测及拟南芥突变体筛选工作。     

双重 PC R检测罗非鱼源无乳链球菌方法的建立

根据罗非鱼源无乳链球菌16S rRNA 基因和sip基因序列,设计、合成2对特异性引物,通过对反应体系和反应条件优化,建立快速检测无乳链球菌的双重PCR方法。该方法扩增无乳链球菌可获得1305 bp和121 bp 2个特异性片段;对6株链球菌属的菌株进行特异性分析,仅无乳链球菌能扩增出16S rRNA 基因和sip基因2条特异性条带,而海豚链球菌无条带检出;经灵敏度试验,可检测到无乳链球菌菌株070717LL的最小量为1.05＆#215;10^2 CFU ;同时,双重PCR可以检测出无乳链球菌菌株070717LL人工感染的罗非鱼脾、脑、肾组织中细菌DNA ,特别是脾脏和肾脏组织的样品检测效果好。结果证明所建立的方法具有快速、特异性强、灵敏度高等优点,适用于对罗非鱼源无乳链球菌病的流行病学调查。