中国荷斯坦奶牛FASN基因部分序列多态性分析

利用PCR-SSCP技术,对中国荷斯坦奶牛脂肪酸合成酶(fatty acid synthase,FASN)基因第34外显子进行多态性分析。结果显示:该区域存在A、B两种等位基因和AA、BB、AB三种基因型,其中等位基因A和B的频率分别为0.890 8和0.109 2,基因型AA、BB和AB的频率分别为0.908 0、0.011 5和0.195 4。A为优势等位基因,AA为优势基因型。群体遗传学分析发现,荷斯坦奶牛FASN基因的有效等位基因数(Ne)、遗传杂合度(He)、遗传纯合度(Ho)和多态信息含量(PIC)分别为0.184 5、0.195 7、0.804 3和0.175 6。卡方检验表明,该群体已经极显著地偏离了Hardy-Weinberg平衡状态(P0.01)。说明中国荷斯坦奶牛FASN基因exon34区存在遗传多态性。     

STAT1基因单核苷酸多态性与中国荷斯坦奶牛产奶性状的相关性研究

采用PCR-SSCP方法检测199头中国荷斯坦奶牛STAT1基因内含子11、19、25及3-′UTR 4个位点的单核苷酸多态性,并将其与3个胎次的产奶性状进行相关性分析。结果在内含子11和3-′UTR 2个位点发现多态性,在内含子11中发现2个单核苷酸连锁突变,分别为28739碱基处发生的G→A转换,28873碱基处发生的G→C颠换;在3-′UTR 141930碱基处发现C→T突变。利用最小二乘分析研究3个位点不同基因型对中国荷斯坦奶牛3个胎次305天产奶量,乳脂率及乳蛋白率的影响。结果表明,在内含子11中,BB基因型个体第一、二胎次乳蛋白率均显著高于AA和AB基因型个体（P〈0.05）;3种基因型对各胎次产奶量及乳脂率的影响均未达到显著水平（P〉0.05）,但呈现出BB〉AB〉AA的趋势。在3-′UTR中,CC、CT基因型个体的第一、二胎次产奶量均显著高于TT基因型个体（P〈0.05）;CC基因型个体的第一、三胎次乳蛋白率均显著高于TT基因型个体（P〈0.05）,3种基因型对3个胎次乳脂率的影响差异均不显著（P〉0.05）,但呈现出CC〉CT〉TT的趋势。     

中国荷斯坦奶牛OPN基因内含子4多态性及其与产奶性状的相关分析

研究采用PCR产物直接测序的方法,对278头中国荷斯坦奶牛的OPN基因内含子4进行单核苷酸多态性分析,并研究了不同基因型与产奶性状的相关关系。结果表明:OPN基因内含子4有TT、CT和CC 3种基因型,基因型频率分别为0.3309、0.5108和0.1583;该位点突变处于Hardy-Weinberg平衡状态,且PIC为0.3676;CC基因型与中国荷斯坦奶牛的乳脂率和乳蛋白率呈显著相关。说明C等位基因对泌乳性状具有加性效应,OPN基因可以作为中国荷斯坦奶牛泌乳性状的候选基因。     

中国荷斯坦奶牛FASN基因遗传多样性及其与泌乳性能的相关性分析

哺乳动物脂肪酸合成酶(FASN)基因在脂肪酸合成中起至关重要的作用。研究利用PCR-SSCP方法检测109头中国荷斯坦奶牛FASN基因第2、4、26、34外显子遗传多态性,并对多态性与泌乳性状进行相关性分析。结果表明:仅第34外显子(g.16009)存在A/G多态性,其余3个外显子均未发现多态性;第34外显子有2个等位基因为A(突变点为G)/B(突变点为A),基因频率0.8802/0.1198;最小二乘分析表明,第34外显子不同基因型对乳脂率、体细胞评分(SCS)效应显著(P0.05)。为进一步探索牛奶中乳脂率调控机制奠定一定基础。     

贵州荷斯坦奶牛甘油二酯酰基转移酶基因多态性及其与产奶性状的关联分析

甘油二酯酰基转移酶（diacylglycerol acyl-transferase 1,DGAT1）是控制甘油三脂合成的关键酶。近年来DGAT1基因被鉴定出来,被认为是奶牛乳脂率的一个重要功能候选基因。该研究以贵州荷斯坦奶牛为试验动物,利用奶牛DGAT1基因序列设计引物,以RCR-单链构象多态性（PCR-SSCP）方法检测了奶牛DGAT1基因第8外显子的碱基突变。结果共检测到AA、AB和BB 3种基因型,基因型频率分别为0.5588、0.3824和0.0588,等位基因A和B的频率分别为0.7549和0.2451;该碱基突变对305 d校正产奶量和乳脂率的影响均达到显著水平（P<0.05）,乳蛋白率影响不显著（P>0.05）;多重比较结果表明,AA和AB型对305 d校正产奶量和乳脂率均显著高于BB型（P<0.05）。结果显示,DGAT1基因突变对贵州荷斯坦奶牛泌乳性状有较大的遗传效应,可用于其泌乳性状的分子标记辅助选择。     

草原红牛与中国荷斯坦牛GHR基因多态性及与产奶性状相关性分析

研究旨在分析生长激素受体(GHR)基因外显子10的多态性及其与奶牛产奶性状的相关性。选用30头草原红牛与145头中国荷斯坦牛为材料,采用PCR-RFLP的方法对该基因外显子多态性进行分析,并对突变位点用SPSS软件分析其与产奶性状的相关性。结果表明:GHR基因外显子10的扩增产物被限制性酶BsaH I酶切消化后表现出多态性,经电泳检测显现AA、AB、BB 3种不同的基因型。使用SPSS软件对所得基因型与产奶性状进行相关性分析发现,在中国荷斯坦牛群体中,AA型个体乳脂率显著高于BB型(P<0.05),AA型个体的体细胞数显著低于AB型个体(P<0.05),AA型为优势基因型,等位基因A可显著提高个体的乳脂率,降低个体体细胞数,为中国荷斯坦牛的早期选种选育、改善乳品质提供依据。     

中国荷斯坦奶牛ITGB2基因多态性及其与乳房炎抗性和产奶性状的相关分析

牛整合素β-2(ITGB2)基因D128G突变能引起牛白细胞粘附综合征(BLAD),是牛乳房炎抗性的研究热点之一,但ITGB2基因其他突变在中国荷斯坦牛中的分布及其与乳房炎抗性和产奶性状是否有关尚不清楚。本研究选取ITGB2基因389CT(rs108953545)和774CT(rs209411752)2个SNP位点,利用SNaPshot技术检测其在1 212头荷斯坦母牛的基因型,并与体细胞评分(SCS)和5个产奶性状(305 d产奶量、乳脂和乳脂率、乳蛋白和乳蛋白率)进行相关性分析。结果表明:389位点CC、CT、TT基因型的频率分别是0.29、0.49和0.22,774位点相应的基因型频率为0.69、0.27、0.04;2个位点与SCS和5个产奶性状相关性分析显示,仅774位点CT和TT型个体乳蛋白率显著低于CC基因型(P0.05);2个位点6种复合基因型相关分析发现,CTCC和TTCC基因型具有高的乳脂率和乳蛋白率(P0.01),而TTCC基因型个体的SCS更低(P0.05)。总体而言,TTCC基因型是中国荷斯坦奶牛乳房炎抗性和乳品质潜在的分子标记。     

贵州荷斯坦奶牛嗜乳脂蛋白基因多态性及与产奶性状的关联分析

为了解贵州荷斯坦奶牛嗜乳脂蛋白基因的多态性,采用PCR-RFLP法对100头贵州荷斯坦奶牛的嗜乳脂蛋白基因进行了等位基因多态性分析。在此基础上,利用实验奶牛的乳蛋白率、乳脂率及产奶量数据,应用统计学方法对贵州荷斯坦奶牛嗜乳脂蛋白基因多态性与产奶性状的关联进行了分析。结果显示,共获得A、B 2种等位基因,其中A基因频率为0.680 0、B基因频率为0.320 0。共发现3种等位基因型,其中AA基因型频率最高,为0.630 0;其次为BB基因型,频率为0.250 0;AB基因型频率最低,为0.120 0。群体多态信息含量为0.336 3,纯合度为0.572 1,杂合度为0.427 8。BB型个体的305 d产奶量极显著高于AB型和AA型（P〈0.01）。结果提示,嗜乳脂蛋白基因的BB基因型可以作为选择高产奶牛的分子标记。     

中国荷斯坦奶牛EEF1D基因的SNPs检测及其与产奶性状的关联分析

试验旨在研究中国荷斯坦奶牛真核生物翻译延伸因子1 D(eukaryotic translation elongation factor 1delta,EEF1D)基因的多态性及其与产奶性状的相关性。利用Sequenom MassARRAY SNP分型技术对宁夏地区1 252头中国荷斯坦奶牛EEF1 D基因的多态性进行了检测,并对其多态位点不同基因型和组合基因型与产奶性状进行了关联分析。结果显示,EEF1 D基因的5′侧翼区存在2个SNPs位点,即EEF1D-1和EEF1D-3;经检测发现,EEF1D-1存在2种基因型,EEF1D-3存在3种基因型。χ2检验表明,中国荷斯坦奶牛在EEF1D-1位点偏离Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05),在EEF1D-3位点未偏离Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05);EEF1D-1和EEF1D-3位点多态信息含量(PIC)分别为0.10和0.28,分别呈现低度多态和中度多态。在试验群体中,EEF1D-1位点对乳脂率和乳蛋白率性状的效应均达到极显著水平(P0.01),对305d产奶量性状的效应达到显著水平(P0.05);EEF1D-3位点对305d产奶量、乳脂率和乳蛋白率性状的效应均达到极显著水平(P0.01);EEF1 D基因的优势基因型组合GG-AG和GG-GG个体乳脂率均显著高于GG-AA组合个体(P0.05)。说明EEF1 D基因可以作为影响中国荷斯坦奶牛产奶性状的候选基因用于标记辅助选择。     

中国荷斯坦牛DGAT1基因与产奶性状关联分析

以北京地区来自17个公牛家系的1222头中国荷斯坦母牛为试验材料,采用PCR—RFLP技术对DGAT1基因进行了遗传多态性分析,共检测到KK、KA和AA3种基因型,频率分别为0．1432、0．6097和0．2471;采用混合动物模型对数据进行拟合,通过SAS（8．02）软件对5个产奶性状与DGAT1基因的关联程度进行了统计分析。结果表明,DGAT1不同基因型间的305d产奶量、乳脂量、乳蛋白量差异极显著（P〈0．01）;多重比较结果显示：AA基因型的305d产奶量和乳蛋白量显著高于KK基因型（P〈0．01）,其乳脂量显著低于KK基因型（P〈0．01）。结果提示DGAT1基因对奶牛产奶性状具有较大遗传效应,可以用于中国荷斯坦牛产奶性状的分子标记辅助选择。     

中国荷斯坦奶牛EEF1D基因的SNPs检测及其与产奶性状的关联分析

试验旨在研究中国荷斯坦奶牛真核生物翻译延伸因子1D（eukaryotic translation elongation factor 1 delta,EEF1D）基因的多态性及其与产奶性状的相关性。利用Sequenom MassARRAY SNP分型技术对宁夏地区1 252头中国荷斯坦奶牛EEF1D基因的多态性进行了检测,并对其多态位点不同基因型和组合基因型与产奶性状进行了关联分析。结果显示,EEF1D基因的5'侧翼区存在2个SNPs位点,即EEF1D-1和EEF1D-3;经检测发现,EEF1D-1存在2种基因型,EEF1D-3存在3种基因型。χ²检验表明,中国荷斯坦奶牛在EEF1D-1位点偏离Hardy-Weinberg平衡状态（P < 0.05）,在EEF1D-3位点未偏离Hardy-Weinberg平衡状态（P > 0.05）;EEF1D-1和EEF1D-3位点多态信息含量（PIC）分别为0.10和0.28,分别呈现低度多态和中度多态。在试验群体中,EEF1D-1位点对乳脂率和乳蛋白率性状的效应均达到极显著水平（P<0.01）,对305 d产奶量性状的效应达到显著水平（P<0.05）;EEF1D-3位点对305 d产奶量、乳脂率和乳蛋白率性状的效应均达到极显著水平（P<0.01）;EEF1D基因的优势基因型组合GG-AG和GG-GG个体乳脂率均显著高于GG-AA组合个体（P<0.05）。说明EEF1D基因可以作为影响中国荷斯坦奶牛产奶性状的候选基因用于标记辅助选择。     

中国荷斯坦牛PIK3CB基因多态性及其与繁殖和产奶性状的关联分析

【目的】 探究磷脂酰肌醇-4,5-二磷酸3-激酶催化亚单位β（PIK3CB）基因多态性及其与中国荷斯坦牛繁殖和产奶性状的关系。【方法】 通过混池测序对中国荷斯坦牛PIK3CB基因进行单核苷酸多态性（SNP）位点筛选,采用竞争性等位基因特异性PCR （KASP）技术在1 160头健康泌乳中国荷斯坦牛中进行SNP分型并进行群体遗传学分析,采用线性模型进行SNP与11个繁殖和产奶性状基于单位点和单倍型组合的关联分析。【结果】 在PIK3CB基因中共检测到了17个SNPs,筛选出7个SNPs用于后续分析。关联分析发现,7个SNPs与多个目标性状存在显著或极显著的关联（P<0.05;P<0.01）;位于外显子区域的g.130433743 A>G位点AA基因型个体和位于可变剪接区域的g.130448069 G>A位点GG基因型个体,其经产牛首末次配种间隔、产奶量、乳蛋白量和乳脂量最低,体细胞评分最高,上述基因型个体具有较短的首末次配种间隔,而产奶性能相对较差;g.130387717 G>A位点AA基因型个体,其初配日龄和青年牛首末次配种间隔最低,产奶量、乳蛋白量和乳脂量最高,该基因型个体的繁殖和产奶性能均较好,上述3个SNPs位点可作为中国荷斯坦牛繁殖和产奶性状的候选位点重点关注。单倍型分析发现,PIK3CB基因的g.130387717 G>A、g.130430832 A>－、g.130433743 A>G、g.130433982 C>T、g.130446073 C>T和g.130448069 G>A 6个SNPs紧密连锁形成一个单倍型块,且与多个目标性状存在显著或极显著关联（P<0.05;P<0.01）,其中H2H3和H2H4单倍型组合个体的繁殖和产奶性能较好,为优势单倍型组合。【结论】 中国荷斯坦牛PIK3CB基因存在丰富的遗传变异,其多态性与繁殖和产奶性状存在关联,g.130433743 A>G、g.130448069 G>A和g.130387717 G>A位点可作为潜在分子标记,为中国荷斯坦牛的平衡育种提供理论依据。     

中国荷斯坦牛乳蛋白分子遗传多态性和产奶性状相关性的研究

从北京两个主要牛场共采得１８７头中国荷斯坦奶牛的血样,提取基因组ＤＮＡ,通过ＰＣＲ－ＲＦＬＰ方法对Ｋａｐｐａ酪蛋白、Ｂｅｔａ乳球蛋白（βｌｇ）和Ａｌｐｈａ乳白蛋白（α－ｌａ）进行了基因型的鉴定,并结合产奶性状进行统计分析,结果表明,牛群中上述３种乳蛋白基因的基因频率分别为Ｋ－ｃｎＡ７９％,Ｋ－ｃａＢ２１％,β－ｌｇＡ４３％,β－ｌｇＢ５７％,α－ｌｇＢ１００％,Ｋ－ＣＮ和β－ｌｇ基因位眯对产奶量没     

奶牛催乳素基因多态性及其与产奶性状的关联分析

催乳素(PRL)基因是影响奶牛泌乳性状的重要候选基因。通过PCR-RFLP结合测序方法检测了荷斯坦奶牛PRL基因5'侧翼区调控序列的多态性,并利用最小二乘法分析其与泌乳性状的关联性。结果显示:在PRL基因5'侧翼序列的906位点处发现A/G突变。共发现AA、AG和GG三种基因型,基因型频率分别为0.239 3、0.522 8和0.177 9,A和G的等位基因频率为0.530 7和0.469 3。多态信息含量检测结果显示该位点处于中度多态,卡方检验显示该位点处于Hardy-Weinberg不平衡状态(P0.05)。关联分析结果表明,该位点多态对产奶量、乳脂率均有影响。     

荷斯坦奶牛STAT5A基因的SNPs检测及其与产奶性状的关联分析

根据GenBank公布的牛STAT5A基因的2个SNPs（AJ237937和AF079568）的引物序列,采用PCR-SS-CP方法对758头中国荷斯坦奶牛进行了STAT5A基因多态性检测,并将其与5个产奶性状进行了关联分析。在SNP1的9501碱基处发现A→G突变;SNP2中发现2个连锁点突变,即12 440位T→C和12 550位的CCT插入/缺失;方差分析结果表明：SNP1对乳蛋白率有显著影响（P〈0.05）;SNP2对产奶量有极显著影响（P〈0.01）,对乳脂量、乳蛋白量有显著影响（P〈0.05）;单倍型组合对产奶量和乳蛋白量有极显著影响（P〈0.01）,对乳脂量有显著影响（P〈0.05）。多重比较分析表明SNP2的AB基因型的产奶量、乳脂量和乳蛋白量的最小二乘均数极显著（P〈0.01）或显著（P〈0.05）高于基因型AA;而单倍型组合H1H2的产奶量、乳脂量和乳蛋白量的最小二乘均数显著（P〈0.05）或极显著（P〈0.01）高于其它4种单倍型组合;H3H4对产奶量和乳蛋白量的效应极显著高于其它4种单倍型组合（P〈0.01）。结果提示：STAT5A基因可以作为奶牛产奶性状的候选分子遗传标记。     

荷斯坦牛GHR基因多态与产奶性状关联分析

本研究采用PIRA-PCR和RFLP方法检测了1 145头中国荷斯坦牛生长激素受体基因(GHR)外显子8的F279Y多态位点及其与产奶性状的关联性.关联分析结果表明该突变位点与305天产奶量(P<0.01)、乳脂率(P<0.05)和乳蛋白率(P<0.01)关联显著.Bonferroni t检验多重比较结果显示:基因型TT和AT在305天产奶量和乳脂率上差异显著(P<0.05);基因型TT和AT在乳蛋白率上差异极显著(P<0.01);基因型TT和AA在乳蛋白率上差异显著(P<0.05).A等位基因对乳蛋白率的加性效应为-0.025 8%(P<0.01);产奶量和乳蛋白量的显性效应分别为-214.005(P<0.01)和-5.515 kg(P<0.05);乳脂率和乳蛋白率的等位基因替代效应分别为-0.047 5%(P<0.05)和-0.029%(P<0.01).因此,T等位基因是提高乳成份的优势等位基因,A等位基因是提高产奶量的优势等位基因.本研究表明GHR基因的F279Y突变可望应用于我国荷斯坦牛产奶性状的标记辅助选择育种.     

中国荷斯坦奶牛k-CN基因第5外显子对产奶性状的遗传效应分析

为了研究中国荷斯坦奶牛k-CN基因第5外显子对产奶性状的遗传效应,试验以宁夏地区8个公牛家系的各8头女儿(共计64头)为研究对象,采用PCR-RFLP检测k-CN基因第5外显子,检测出3种基因型(TT型、TC型、CC型),基因型频率分别为0.641,0.328,0.031,采用SAS 8.02软件对4个产奶性状与k-CN基因第5外显子进行关联分析。结果表明:3种基因型与中国荷斯坦奶牛乳脂率(F)、乳蛋白率(P)、体细胞数(SCC)均有显著的相关性(P<0.05),其中P极显著相关(P<0.01),对校正305天产奶量的影响不显著(P>0.05)。     

牦牛FASN基因多态性及其与肉质性状的相关性研究

利用PCR-SSCP技术,对甘南牦牛、大通牦牛和天祝白牦牛的FASN基因第3内含子进行SNPs筛选,并将筛选到的突变位点与牦牛部分肉质性状进行相关性分析.结果发现,3个牦牛群体在第3内含子检测到g.5477 C→T的突变,由此产生3种基因型：HH、HG、GG.相关性分析表明,HH基因型和HG基因型个体的脂肪含量显著高于GG基因型个体（P＜0.05）.HH、HG、GG 3种基因型对失水率、熟肉率、pH24值和剪切力的影响差异不显著（P＞0.05）.     

中国荷斯坦牛FASN基因单核苷酸多态性对脂肪酸含量的影响

奶牛脂肪酸合成酶（FASN）在乳脂肪酸合成中起至关重要的作用。本研究利用PCR—SSCP方法检测了318头中国荷斯坦牛FASN基因第2、4、26、34外显子的单核苷酸多态性（SNP）,并对FASN基因SNP对脂肪酸含量的影响进行分析。结果表明仅第34外显子（g．16009）存在A／G多态性,基因频率分别为0．4481和0．5519．其基因型分布符合Hardy—Weinberg平衡。方差分析表明,FASN基因SNP对短链脂肪酸相对含量有显著影响（P〈0．05）。AA和AB基因型短链脂肪酸相对含量显著高于BB型。该结果为奶牛脂肪酸合成的调控和选种、选育提供了理论基础。     

中国荷斯坦奶牛SERPINE2基因多态性及与乳品质性状关系的分析

为了研究中国荷斯坦奶牛丝氨酸蛋白酶抑制剂E2(serpin peptidase inhibitor, clade E, member 2,SERPINE2)基因的多态性及与乳品质性状的关系,试验采用PCR扩增及DNA测序的方法检测了128头中国荷斯坦奶牛SERPINE2基因的多态性,分析了单核苷酸多态性(SNPs)位点的连锁不平衡情况,探讨了各基因型、单倍型与乳品质性状的关系。结果表明：中国荷斯坦奶牛SERPINE2基因的外显子2和内含子2上共存在4个SNPs位点,分别为E2-203 G>A、I2-166 A>G、I2-170 T>C、I2-377 G>A,这4个SNPs位点的基因杂合度(H)和多态信息含量(PIC)均在0.25～0.50之间,处于哈代温伯格平衡状态(P>0.05)。E2-203 G>A位点AA基因型个体305 d校正产奶量显著高于GG、GA基因型(P<0.05);I2-166 A>G位点AA基因型个体乳糖含量显著高于GA基因型(P<0.05),GG基因型个体305 d校正产奶量显著高于GA基因型(P<0.05...