安徽省太和县中国南瓜曲叶病毒自然侵染南瓜的检测分析

中国南瓜曲叶病毒(squash leaf curl China virus, SLCCNV)是一种植物单链DNA病毒, 属于双生病毒科Geminiviridae菜豆金色花叶病毒属Begomovirus?在自然条件下该病毒可以侵染多种葫芦科作物, 如南瓜?甜瓜等?该病毒由烟粉虱进行持久性传播, 是影响瓜类产量和品质的重要病害?2021年4月-5月, 安徽省太和县温室大棚中的南瓜叶片出现斑驳?皱缩?卷曲以及植株矮化等现象, 我们采集了具有典型病毒病症状的南瓜病叶样品以及烟粉虱虫体进行RT-PCR鉴定, 结合测序结果鉴定危害南瓜的病毒为SLCCNV?为了进一步明确安徽太和地区SLCCNV的系统进化特征, 我们测定了SLCCNV的外壳蛋白基因(coat protein, CP)序列并进行系统发育分析, 结果表明安徽太和县所检测到的SLCCNV分离物与中国广东和海南地区的分离物亲缘关系较近, 并且与越南?菲律宾?柬埔寨?泰国等一些国家的分离物处于同一个大分支, 存在较小的地域差异性, 而与印度和孟加拉国地区的分离物亲缘关系相对较远, 处于不同的大分支?本研究是安徽省SLCCNV侵染南瓜的首次报道, 期望为该病害的预警和防控提供理论依据?     

侵染西葫芦的中国南瓜曲叶病毒的检测及序列分析

2019年山东种植的西葫芦上广泛发生病毒病,症状与之前常发症状有差异,发病植株叶片向下卷曲、黄化,植株矮化。为明确引起此次西葫芦病毒病的病原,我们以田间采集的10份西葫芦病叶为材料,进行PCR扩增并测序。测序结果显示扩增片段核苷酸序列与我国广东的中国南瓜曲叶病毒(SLCCNV)南瓜分离物(MW389917.1)一致性最高。根据同源序列设计引物,经PCR扩增获得SLCCNV全长序列,DNA-A 全长为2 730 bp(OM692270.1)、DNA-B 全长为2 711 bp(OM692269.1),经序列比对发现DNA-A序列与已登录的SLCCNV一致性为89.65%~99.42%,其中与我国广东的SLCCNV-GDHY南瓜分离物(MW389917.1)一致性最高,为99.42%;DNA-B序列与已登录的SLCCNV一致性范围为81.82%~97.29%,其中与我国广东的SLCCNV-GDHY南瓜分离物(MW389918.1)一致性最高,为97.29%。因此推测引发山东西葫芦病毒病的病原物是SLCCNV,由于该病毒是在山东西葫芦上首次发现,将其命名为SLCCNV-SD。前人已报道SLCCNV可侵染南瓜、甜瓜、烟草、番茄等作物,但SLCCNV可侵染西葫芦在国内未见报道。     

侵染中国河北大豆的大豆花叶病毒的鉴定和全基因组序列分析

本研究利用小RNA深度测序技术在河北卢龙大豆叶片上检测到6株大豆花叶病毒(soybean mosaic virus, SMV), 命名为SMV-Gm1~SMV-Gm6。根据小RNA深度测序结果和参考基因组序列设计引物克隆了SMV河北分离物的基因组序列。测序结果经拼接后获得了6个SMV基因组全长序列, 大小分别为9 588 nt(SMV-Gm1、SMV-Gm3和SMV-Gm5)和9 584 nt(SMV-Gm2、SMV-Gm4和SMV-Gm6)。开放阅读框位于基因组第132位至第9 332位核苷酸, 编码一个多聚蛋白(分子量约为350 kD)。BLAST比对和系统发育分析发现, SMV-Gm1、SMV-Gm3和SMV-Gm5与江苏SMV分离物(登录号:MH919386)的基因组核苷酸序列相似性最高, 为98.06%~98.07%, 且遗传距离较近, 并与江苏、浙江和山西SMV分离物聚为一小簇;SMV-Gm2、SMV-Gm4和SMV-Gm6与韩国SMV分离物(登录号:FJ640954)的基因组核苷酸序列相似性最高, 为98.48%~98.51%, 且遗传距离较近。     

侵染一品红的一品红曲叶病毒山东分离物的全基因组克隆和序列分析

2012年,在山东青州花卉市场采集一品红样品,利用双生病毒通用引物PA/PB对样品进行扩增并测序。所得序列经NCBI BLAST比对,发现是一种新的双生病毒,为一品红曲叶病毒（Euphorbia leaf curl virus, ELCV）。随后对该分离物（ELCV-Shandong）进行全基因组序列扩增和测序（GenBank登录号：KC852148）,经分子比对和进化分析,发现其与广西报道的一品红曲叶病毒G35 (AJ558121) 的相似性最高为99%,同处于一个小分支,并且中国报道的所有一品红曲叶病毒分离物都处于一个分支内,从而进一步确定了山东青州一品红病毒分离物为一品红曲叶病毒。这是一品红曲叶病毒在北方地区发生的首次报道。     

侵染广东甘薯的甘薯曲叶病毒分子检测与鉴定

甘薯曲叶病是广东甘薯的一种新病害,病株表现为叶片皱缩,向上卷曲,叶脉肿大等症状.PCR检测结果显示,所有病样中均存在菜豆金色花叶病毒属病毒.通过滚环扩增方法获得了3个病毒分离物的全基因组.扩增产物克隆及序列分析结果表明,这3个病毒分离物基因组均仅含有DNA-A,具有菜豆金色花叶病毒属单组分病毒基因组典型特征;其大小分别为2 829 nt (JX286653、JX286654)和2 828 nt(JX286655).三者核苷酸序列同源率为96.0％～98.4％;与已报道的甘薯曲叶病毒19个分离物的同源率均大于89.0％.因此,引起广东甘薯曲叶病的病原被鉴定为甘薯曲叶病毒.本研究是首次在广东发现甘薯曲叶病毒.     

复合侵染水茄的两种菜豆金色花叶病毒属病毒基因组结构特征分析

为明确水茄Solanum torvum植株叶片邹缩、褪绿是否由菜豆金色花叶病毒属病毒侵染引起,从云南省西双版纳傣族自治州田间采集具有疑似感染症状的水茄植株叶片样品,应用菜豆金色花叶病毒属病毒简并引物和特异性引物进行PCR扩增、克隆和测序,通过生物信息软件分析比较其核苷酸序列特征,并对其进行系统发育分析。结果显示,从采集的疑似病叶中共克隆获得了5条菜豆金色花叶病毒属病毒DNA-A全序列和3条DNA-B全序列,经全序列分析发现,侵染水茄的2种菜豆金色花叶病毒属病毒分离物分别属于中国南瓜曲叶病毒(squash leaf curl China virus,SLCCNV)和野茼蒿黄脉病毒(Crassocephalum yellow vein virus,CraYVV)。SLCCNV水茄分离物的基因组具有典型的菜豆金色花叶病毒属病毒双组分结构特征,与来自泰国的SLCCNV分离物(AB330078)亲缘关系最近,相似性最高达到99.0%;CraYVV水茄分离物的基因组具有典型的菜豆金色花叶病毒属病毒单组分结构特征,与来自云南省景洪市的CraYVV分离物(EF165536)亲缘关系最近,相似性最高达到97.6%。表明水茄是这2种菜豆金色花叶病毒属病毒的新寄主,并首次发现双组分和单组分菜豆金色花叶病毒属病毒可复合侵染水茄。     

中国番木瓜曲叶病毒南宁分离物的基因组结构特征

 从广西南宁田间表现曲叶症状的番木瓜植株上分离到病毒分离物G4,经三抗体夹心ELISA (TAS-ELISA)检测,G4与粉虱传双生病毒的抗体呈阳性反应。对G4 DNA-A全序列测定和分析表明,G4 DNA-A全长2 748个核苷酸,共编码6个ORFs。同源性比较及系统进化关系分析表明,G4 DNA-A与在亚洲发现的粉虱传双生病毒关系较近,其中与我国报道的中国番木瓜曲叶病毒(PaLCuCNV)同源性最高,达到98.0%。进一步比较发现,G4 DNA-A编码的AV1、AV2、AC1、AC2、AC3和AC4与PaLCuCNV相应ORFs的氨基酸同源性分别为98.4%、95.7%、97.5%、97.8%、94.1%和94.6%,表明G4应属于PaLCuCNV的一个分离物。G4编码的ORFs与中国胜红蓟黄脉病毒(AYVCNV)、辣椒曲叶病毒(PepLCV)及烟草曲茎病毒(TbCSV)有较高的氨基酸同源性,可能起源于共同的祖先。利用DNA-B及卫星DNAβ的保守引物均未能从G4分离物中扩增出相应的组分。     

在中国广东侵染胜红蓟的中国胜红蓟黄脉病毒的鉴定和全基因组分析

2022年9月在广东省罗定市发现了叶片表现为黄色网状症状的胜红蓟病株。为了明确胜红蓟叶片的黄脉症状是否由双生病毒感染引起, 本研究使用检测双生病毒的简并引物PA/PB进行PCR扩增, 获得约500 bp的片段。根据该序列设计特异性引物扩增并且克隆得到了病毒DNA-A的全基因组序列。通过BLAST比对发现, 获得的DNA-A与中国胜红蓟黄脉病毒(ageratum yellow vein China virus, AYVCNV)海南分离物(OQ421190)的DNA-A的相似性最高, 相似度为98.11%。系统进化树分析显示, 获得的病毒DNA-A与海南分离物(OQ421190)在同一分支, 说明具有较近的亲缘关系。以上研究结果表明侵染胜红蓟的病毒是AYVCNV的分离物。这是关于AYVCNV在广东地区侵染胜红蓟的首次报道, 可为当地病毒病的防控提供参考。     

侵染广西西番莲的双生病毒基因组克隆与序列分析

 2018—2020年,从南宁市武鸣区、宾阳县的西番莲果园中采集疑似感染双生病毒的西番莲叶片样品,利用PCR、RCA、基因克隆、序列比对和进化树分析等方法,明确了其感染的病毒及系统进化关系。结果显示:采集的23份西番莲样本中有19份扩增出一条570 bp的目的条带,证实受到双生病毒侵染;从部分阳性样品中共获得11条病毒全长基因组序列,其中10条序列与已报道的广东番木瓜曲叶病毒(papaya leaf curl Guangdong virus,PaLCuGdV)各分离物的核苷酸相似性达92%以上;1条序列与已报道的一品红曲叶病毒(euphorbia leaf curl virus,EuLCV)各分离物的相似性达92%以上;依据双生病毒分类标准,确定侵染广西西番莲的双生病毒为PaLCuGdV和EuLCV的分离物;进化树分析发现,PaLCuGdV广西西番莲分离物与PaLCuGdV韩国各西番莲分离物和中国台湾西番莲分离物处于同一大分支,说明PaLCuGdV广西西番莲各分离物与PaLCuGdV韩国各西番莲分离物和中国台湾西番莲分离物具有较近的亲缘关系;EuLCV广西西番莲分离物与EuLCV韩国分离物、中国山东一品红分离物和福建一品红分离物等处于一个大分支,但广西分离物却又独处一个小的分支,说明广西分离物虽然与上述几个分离物亲缘较近,但可能存在较为独立的进化。这是PaLCuGdV和EuLCV侵染广西西番莲的首次报道。     

侵染假酸浆的泰国番茄黄化曲叶病毒全基因组结构特征

为明确假酸浆Nicandra physalodes叶片黄化、皱缩症状是否由菜豆金色花叶病毒属病毒侵染引起,本研究利用分子检测方法和生物信息学技术鉴定了假酸浆样品中的病毒种类。从采集的病样中克隆并获得了2条菜豆金色花叶病毒属病毒DNA-A全序列和1条beta卫星全序列,经全序列分析发现,该双生病毒的两条DNA-A全序列与泰国番茄黄化曲叶病毒(tomato yellow leaf curl Thailand virus, TYLCTHV)云南分离物TYLCTHV-YN1732一致性最高,达99.3%,亲缘关系较近;beta卫星的全序列与云南番茄曲叶beta卫星(tomato leaf curl Yunnan betasatellite, TLCYnB)的分离物YN5230一致性最高,达99.3%,亲缘关系较近。重组分析显示,假酸浆上分离的TYLCTHV-YN5735-12是一个重组病毒,有两个重组事件,一个主要发生在AV1的编码区,由中国番茄黄化曲叶病毒(tomato yellow leaf curl China virus, TYLCCNV)和广西大戟曲叶病毒(euphorbia lea...     

广东省番茄黄化曲叶病毒的分子鉴定及序列分析

番茄黄化曲叶病毒病是世界番茄生产上一种毁灭性病害,番茄黄化曲叶病毒Tomato yellow leaf curl virus(TYLCV)是引起该病害的主要病原病毒之一。本文采用滚环扩增及基因克隆方法,获得了侵染广东佛山和肇庆番茄的TYLCV 4个分离物全基因组;它们均为2 781 nt,编码6个ORF,其中病毒链上编码AV1和AV2,互补链上编码AC1、AC2、AC3和AC4。同源性比较结果表明,4个广东分离物基因组序列两两间同源性为99%以上;与已报道的TYLCV各分离物同源性在90%以上,而与来自中国不同地区的TYLCV分离物的同源率均在98%以上。系统进化分析显示,广东分离物与来自中国不同地区的TYLCV分离物亲缘关系较近,并聚类在一个分支。因此,侵染引起广东佛山和肇庆番茄黄化曲叶病的病毒应来自国内其他地区。本研究是对TYLCV广东分离物分子特征的首次报道。     

侵染新疆加工番茄的中国番茄黄化曲叶病毒 DNA-A的基因组特征

 从新疆加工番茄上分离到病毒分离物XJ26-4,对其基因组DNA-A 全序列测定表明,XJ26-4 DNA-A 全长2 737 个核苷酸(GenBank 登录号:FN985163),具有典型的双生病毒基因组特征。进一步序列比较发现,XJ26-4 DNA-A 与中国番茄黄化曲叶病毒(Tomato yellow leaf curl China virus, TYLCCNV)各分离物的同源性最高,达到91. 2% ~ 99. 5% ,而与其他双生病毒的序列相似性均在79. 5% 以下,表明XJ26-4 是TYLCCNV 的一个分离物。这是首次明确新疆加工番茄受到粉虱传双生病毒的侵染。     

北京地区番茄黄化曲叶病毒病的鉴定及防治对策

番茄黄化曲叶病毒病是一种由烟粉虱传播的病毒病,给番茄生产造成严重威胁。2009年在北京郊区调查时发现部分保护地种植的番茄植株表现典型黄化曲叶症状。通过提取典型症状样品总DNA利用粉虱传双生病毒检测简并引物PA/PB,进行PCR扩增到541bp的特异条带。通过测序和核苷酸序列比对表明该序列与番茄黄化曲叶病毒序列相似性最高为99%。分子检测结果表明北京郊区部分保护地种植的番茄已被烟粉虱传播的番茄黄化曲叶病毒侵染危害。     

侵染垂花悬铃花的木尔坦棉花曲叶病毒分子特征研究

 垂花悬铃花曲叶病是近期在广东发现的一种新病害,病株表现为叶片向上卷曲,叶脉肿大,叶脉变深绿色等症状。PCR检测结果显示, 该病样中均存在菜豆金色花叶病毒属病毒。基因克隆及序列分析结果表明,该病毒分离物（GD11）DNA-A全长为2 737 nt,具有菜豆金色花叶病毒属病毒基因组典型特征,为闭合环状单链DNA,编码6个ORFs;该序列与木尔坦棉花曲叶病毒(CLCuMV)各分离物序列的相似性均大于89.0%,其中与G6、Okra06及GX1等分离物序列的相似性大于99.0%。该病毒分离物也伴有卫星DNA β分子,其全长为1 348 nt,与CLCuMV各分离物的DNA β序列相似性大于85.0%,其中与G6、Okra06及GX1等DNA β的序列相似性均大于99.0%。因此,侵染广东垂花悬铃花的病毒分离物属于CLCuMV,且与入侵我国的朱槿分离物G6、黄秋葵分离物Okra06及棉花分离物GX1亲缘关系很近。本文首次报道了CLCuMV及其卫星β复合侵染垂花悬铃花。