山东省稻瘟病病菌无毒基因鉴定及分析

为了明确山东省稻瘟病病菌无毒基因类型及在不同地区分布情况,根据已经公布的AVR1-CO39、AVR-Pita、ACE1、AvrPia、AvrPii、AvrPik、AvrPiz-t、AvrPi9 8个无毒基因引物,通过PCR扩增的方法 ,对2018年在山东水稻主产区收集分离的123个稻瘟病菌单孢菌株进行了无毒基因类型鉴定和分析。试验结果表明,无毒基因ACE1、AvrPiz-t、AvrPi9出现频率都为100%;无毒基因AVR1-CO39、AVR-Pita、AvrPia出现频率分别为87.80%、90.24%、10.57%;无毒基因AvrPii、AvrPik出现频率都为0。根据基因对基因假说,可以在山东稻区选育和推广携带抗病基因Pi-33、Piz-t、Pi-9、Pi-CO39、Pi-ta的水稻品种来减轻稻瘟病为害,而抗病基因Pi-a、Pi-i、Pi-k不适合在山东稻区使用。     

黑龙江省稻瘟病菌育性及其交配型分析

为明确黑龙江省采集自不同年份、不同地区的稻瘟病菌Magnaporthe oryzae的育性能力和交配型分布,采用2株标准菌株GUY11(MAT1-2)和KA3(MAT1-1)对2016—2017年黑龙江省西部、东部、中部3个地区经单孢分离的241株稻瘟病菌进行育性测定,并利用PCR技术对其交配型进行检测。结果表明,黑龙江省西部、东部、中部的241株稻瘟病菌中可育性菌株比例为11.62%,其中雌性菌株、雄性菌株、两性菌株分别占1.66%、4.56%和1.25%,不能判断其性别的未知菌株占4.15%。采集自不同地区、不同年份的稻瘟病菌可育性差异均较大,西部、东部、中部地区可育性菌株出现频率分别为13.25%、7.27%和12.62%;2016年采集的稻瘟病菌可育性较高,可育性菌株出现频率为25.30%。黑龙江省稻瘟病菌群体中同时存在MAT1-1和MAT1-2两种交配型,主要以交配型MAT1-1占优势,出现频率为58.92%,交配型为MAT1-2的菌株出现频率为8.30%。不同地区稻瘟病菌的交配型亦有差异,交配型为MAT1-1的菌株在黑龙江省东部地区出现频率最高,为72.73%,在中部、西部地区的出现频率次之,分别为61.17%和46.99%。表明黑龙江省水稻种植区的稻瘟病菌同时存在2种交配型菌株,其交配型存在丰富的多态性,但其可育性及交配型分布不均衡。     

云南省水稻稻瘟病菌无毒基因AVR-Pia变异及水稻抗性基因Pia的有效性

为进一步了解田间稻瘟病菌Magnaporthe oryzae群体中AVR-Pia基因的分布及变异,利用水稻单基因系IRBLa-C水稻品种对自云南省13个市(州)采集分离得到的471株稻瘟病菌菌株进行抗性基因Pia有效性测定;利用无毒基因AVR-Pia特异性标记对471株稻瘟病菌菌株进行PCR检测和测序,并分析稻瘟病菌群体中无毒基因AVR-Pia的分布及DNA结构变异;利用有效性结果和PCR检测结果对471株菌株进行反应型划分,筛选鉴定菌株;利用鉴定菌株对云南省112份地方稻种进行Pia基因鉴定。结果表明,在471株稻瘟病菌菌株中,对含有Pia基因的水稻单基因系IRBLa-C表现为抗病和感病的菌株数分别为139株和332株,所占比例分别为29.5%和70.5%;在471株稻瘟病菌菌株中,分别有244株和227株菌株含有无毒基因AVR-Pia和不含有无毒基因AVR-Pia,所占比例分别为51.8%和48.2%,无毒基因AVR-Pia主要为完全缺失变异;在471株稻瘟病菌菌株中,A-和V+反应型菌株数分别为56株和161株,共217株,占总菌株数的46.1%,在13个市(州)稻瘟病菌群体中,A-和V+反应型菌株所占比例差异较大,其中在普洱市、红河哈尼族彝族自治州、昭通市、玉溪市4个市(州)的比例较大,分别为77.8%、57.1%、52.1%和50.0%;在112份云南省地方稻种质资源中,有20份地方稻品种含有抗性基因Pia,主要分布在9个市(州)中。表明云南省13个市(州)绝大部分水稻产区水稻Pia基因已丧抗性,含Pia基因的水稻种质在云南省分布较广。     

云南省元阳县籼/粳型稻瘟病菌无毒基因Avr-Pia、Avr-Pita1和Avr-Pii多样性分析

为明确云南省元阳县籼/粳型稻瘟病菌中无毒基因的多样性及差异,采用接种鉴别品种方法和PCR技术对9株粳型菌株和21株籼型菌株中无毒基因Avr-Pia、Avr-Pita1和Avr-Pii的多样性进行分析。结果显示,30株稻瘟病菌菌株中无毒基因Avr-Pia、Avr-Pita1和Avr-Pii的平均出现频率分别为33.3%、76.7%和0,Avr-Pia、Avr-Pita1在籼型菌株和粳型菌株中的出现频率分别为4.8%和100.0%、66.7%和100.0%。Avr-Pia主要为存在/缺失的多样性,籼/粳型菌株对水稻品种Achiasahi(Pia)的致病率分别为100.0%和11.1%;Avr-Pita1可划分为3个类群,除菌株CH1195属于PO类群外,籼型菌株均属于J1类群,粳型菌株则属于J2/J3类群;籼/粳型菌株对水稻品种K1(Pita)的致病率分别为100.0%和0,且籼/粳型菌株Avr-Pita1蛋白序列在第83位和第192位氨基酸差异明显。Avr-Pii在30株稻瘟病菌菌株中均未检出,籼/粳型菌株对水稻品种Fujisaka No. 5(Pii)的致病率分别为100.0%和0。表明Avr-Pia和Avr-Pita1在粳型菌株中的出现频率高于籼型菌株且变异程度低,粳型菌株中可能存在其它无毒基因使其不能侵染Fujisaka No. 5。     

辽宁省稻瘟病菌对稻瘟灵的抗性监测及其对稻瘟病的田间防治效果

为明确辽宁省水稻稻瘟病菌Magnaporthe oryzae对稻瘟灵的抗性水平及变化动态,本研究于2017—2019年自辽宁省6个市的6个稻区采集并分离获得187株稻瘟病菌,利用菌丝生长速率法测定这187株稻瘟病菌菌株对稻瘟灵的敏感性及抗性,并采用茎叶喷雾法测定稻瘟灵对水稻稻瘟病的田间防治效果以及该药剂与其它药剂的交互抗性。结果表明：供试187株稻瘟病菌菌株对稻瘟灵的EC₅₀范围为0.94~34.96 μg/mL,左侧正态分布峰内EC₅₀平均值为5.05 μg/mL,稻瘟病菌对稻瘟灵的敏感性分布频率不符合正态分布,表明菌群中已经出现对稻瘟灵敏感性下降的亚群体。187株稻瘟病菌菌株对稻瘟灵的平均抗性倍数为3.70,抗性菌株出现频率为55.61%,平均抗性指数为0.40,抗性水平呈逐年增加趋势。2017—2019年稻瘟灵对水稻叶瘟病的防治效果分别为82.97%、78.86%和81.36%,对水稻穗颈瘟的防治效果分别为79.81%、77.68%和80.20%,说明在现有防控手段下未产生高水平抗性群体。稻瘟灵与肟菌酯、戊唑醇之间无交互抗性。与不同药剂轮换使用的前提下,稻瘟灵仍可作为主要药剂防治稻瘟病。     

基于SSR序列的江西省不同生态地区稻瘟病菌遗传多样性分析

为明确江西省稻瘟病菌Magnaporthe oryzae群体遗传结构及其多样性水平,选用13对SSR引物对分离自5个不同生态地理县(市)水稻穗颈瘟标样的稻瘟病菌单孢菌株的全基因组进行PCR扩增,利用最长距离法和POPGENE 32生物学软件对其进行聚类分析和群体遗传多样性分析。结果显示,共分离获得189株稻瘟病菌菌株,13对SSR引物对其均能扩增出1条大小相同且清晰的条带,多态性位点百分率高达100.00%。供试189株稻瘟病菌菌株在相似系数为0.74时可划分为15个遗传宗谱,其中宗谱JXL01包含71株菌株,占总菌株数的37.57%,为优势宗谱;宗谱JXL02、JXL14为亚优势宗谱,分别包含31、26株菌株,占总菌株数的16.40%和13.76%;宗谱JXL03、JXL08、JXL10为次要宗谱,包含10～17株菌株;其它9个宗谱为小宗谱,包含菌株都在5株以下。在群体水平上,来源于不同生态型地区的5个稻瘟病菌群体的Nei’s基因多样性指数为0.375,Shannon信息指数为0.558,具有丰富的遗传多样性,且群体间差异较大;这5个种群基于非加权配对平均法大多聚为一类,种群遗传谱系与地理区域分布呈一定相关性,群体遗传多样性均值为0.373,存在一定的遗传分化,且群体内多样性大于群体间多样性,总遗传变异的64.56%存在于群体内。表明江西省稻瘟病菌群体结构既包含明显的优势宗谱,又存在复杂多变的特异性小宗谱,遗传多样性丰富,且与地理分布有一定的相关性。     

广东省不同稻区稻瘟病菌生理小种鉴定及无毒基因分析

为明确广东省不同稻区稻瘟病菌Magnaporthe oryzae生理小种与无毒基因的类型与分布,利用7个中国鉴别品种、11个抗稻瘟病单基因系及3个广东省优质抗源稻种三黄占2号、青六矮和珍桂矮,采用苗期喷雾接种方法对2018—2019年分别从广东省不同稻区感染稻瘟病的不同栽培稻品种上分离获得的368株稻瘟病菌单孢菌株进行生理小种鉴定与无毒基因分析。结果显示,利用中国鉴别品种共鉴定出 6 群 30 个生理小种,其中优势种群为 ZB 和 ZC,出现频率分别为 44.29% 和43.48%,优势生理小种为ZB13和ZC13,出现频率分别为26.90%和29.35%。利用11个水稻抗稻瘟病单基因系鉴定出测试菌株对含有Pi9、Pi1、Pik-h和Pi50这4个水稻抗稻瘟病单基因系的无毒性频率均大于80.00%;来自粤北、粤西和珠三角3个稻区的稻瘟病菌对抗源稻种三黄占2号的毒性频率低于11.76%,对珍桂矮的毒性频率大于69.41%。表明2018—2019年广东省稻瘟病菌群体生理小种结构复杂,多样性丰富,在粤北、粤西和珠三角稻区可利用的抗性基因一致,可推广使用含抗性基因Pi9、Pi50、Pik-h和Pi1的水稻品种;三黄占2号抗性好,抗谱较宽,可作为广东省抗稻瘟病种质资源加以利用。     

PWL基因家族在黑龙江省水稻稻瘟病菌中的分布与变异

根据已公布的PWL家族基因序列设计4对特异性引物, 对329个采自2016年及2017年黑龙江省各稻区的水稻稻瘟病菌单孢菌株DNA进行PCR扩增与序列分析, 研究了水稻稻瘟病菌中PWL家族基因的组成及变异特征?结果显示, PWL2与PWL4在黑龙江省各稻区稻瘟菌中均有分布且稳定存在, 出现频率分别为73.86%与73.25%; PWL3出现频率为40.73%; PWL1在329个菌株DNA中均未扩增出目的条带, 再次验证了PWL1在水稻的稻瘟病菌中显示为完全缺失?对部分菌株的PCR产物进行测序分析发现, PWL2?PWL3和PWL4基因编码区在黑龙江省水稻稻瘟病菌株中的主要变异为点突变, 且引起氨基酸的突变?     

稻瘟病菌对稻瘟灵、异稻瘟净和三环唑的敏感性

采用菌丝生长速率法分别测定了57株稻瘟病菌对稻瘟灵和79株稻瘟病菌对异稻瘟净的敏感性,分别建立了敏感基线,并检测了141株大田稻瘟病菌对稻瘟灵和异稻瘟净的抗药性水平;采用活体植株法测定了223株稻瘟病菌对三环唑的敏感性。57株稻瘟病菌对稻瘟灵的平均EC50值为1.4312±0.0867μg/mL,其敏感性频率分布呈连续性单峰曲线,1.4312μg/mL可作为稻瘟病菌对稻瘟灵的敏感基线,在141株大田稻瘟病菌中敏感、低抗和中抗菌株出现的频率分别为21.99%、73.76%和4.26%;79株稻瘟病菌对异稻瘟净的平均EC50值为6.6393±0.2662μg/mL,其敏感性频率分布也呈连续性单峰曲线,6.6393μg/mL可作为稻瘟病菌对异稻瘟净的敏感基线,141株大田稻瘟病菌中敏感、低抗和中抗菌株出现的频率分别为90.07%、7.80%和2.13%。稻瘟病菌对三环唑的EC50值最大为47.6144μg/mL,最小为1.0850μg/mL,供试菌株的EC50值呈近似正态分布,未出现敏感性下降的抗药性亚群体。     

云南省六个水稻产区稻瘟病菌三个无毒基因的组成及其致病型

为明确水稻抗性基因Piz-t、Pib和Pii的有效性,利用无毒基因AvrPiz-t、AvrPib和Avr-Pii的特异性引物对自云南省6个水稻产区采集并分离获得的348株稻瘟病菌Magnaporthe oryzae菌株进行PCR扩增检测,并测定其对仅含Piz-t、Pib和Pii基因的水稻抗性单基因系IRBLzt-T、IRBLb-B和IRBLi-F5品种的致病性,明确这3个无毒基因在云南省水稻产区组成及分布。结果表明,在348株稻瘟病菌菌株中,分别有51.7%、46.8%和15.8%的菌株含有无毒基因AvrPiz-t、AvrPib和Avr-Pii,GT8、GT2、GT5、GT6、GT1、GT3、GT4和GT7基因型菌株检测频率分别为24.7%、21.8%、21.0%、16.7%、4.9%、4.0%、3.4%和3.4%;分别有4.9%、29.2%、41.1%和24.7%的菌株含有3、2、1和0个无毒基因;云南省稻瘟病菌群体总多样性指数水平较高,为2.81,其中滇中水稻产区的最高,为2.97;在348株稻瘟病菌菌株中,分别有89.1%、63.2%和38.5%的菌株对单基因系IRBLzt-T、...     

生物农药在稻瘟病防治中的应用及前景分析

稻瘟病是一种世界性稻作病害,是影响高产、稳产的重要因素。目前利用抗病品种和化学农药是防治稻瘟病的主要措施,但是稻瘟病菌生理小种易变异,抗病品种选育时间较长,化学农药的残留污染环境,寻找有效的生物防治途径对于水稻产业可持续发展迫在眉睫。生物农药具有低残留、高效、对环境无污染、病原菌不易产生抗药性等优点,是防治稻瘟病的重要杀菌剂。在稻瘟病防治中常用的生物农药包括微生物源农药、植物源农药和植保素。本文主要综述了生物农药在稻瘟病防治中的生防机制与应用研究现状,分析生物农药在稻瘟病防治中的前景。     

251份水稻品种(系)对稻瘟病的抗性鉴定及抗性多样性分析

 采用稻瘟病菌22个鉴别菌株对251份水稻品种（系）进行了抗病性测定,并进行了聚类分析和基因型推导。抗病性测定结果表明,251份品种（系）对鉴别菌株表现出的抗谱类型存在明显的多样性。根据供试品种（系）对鉴别菌株的抗感反应型,可将其划分为12个组,各组的品种（系）对鉴别菌株的反应型和抗性频率存在明显差异。基因型推导结果表明,在251份品种（系）中,70份品种涉及14个抗瘟基因,181份品种（系）不含有待测基因中的任何一个,但都含有其他抗瘟基因。聚类分析结果与基因型推导结果不存在简单的一一对应关系。珍科等10份品种（系）可作为田间抗瘟性筛选的候选材料。     

禾谷丝核菌(Rhizoctonia cerealis)原生质体制备与再生的研究

禾谷丝核菌(Rhizoctonia cerealis)是引起我国小麦纹枯病的主要致病菌。为了建立高效稳定的禾谷丝核菌遗传转化体系,本试验比较研究了不同细胞壁降解酶、酶液浓度、酶处理温度和时间等因素对禾谷丝核菌原生质体制备的影响,利用正交设计试验优化了原生质体再生条件。结果表明,液体培养6d的菌丝,采用15mg/mL溶壁酶+10mg/mL蜗牛酶组成的混合酶液,30℃下酶解4h,可以获得较高的原生质体释放量,可达到3.0×106个/mL;禾谷丝核菌原生质体再生的最佳条件是以SuTC缓冲液作为渗透压稳定剂悬浮原生质体,采用单层混菌法接种于TB3再生培养基,原生质体再生率可达到58.6%。禾谷丝核菌原生质体制备和原生质体再生条件的优化,为深入研究禾谷丝核菌生长发育的分子遗传学基础和进一步探索小麦纹枯病的致病机理奠定了基础。     

水稻生理抗病的研究:稻株淀粉与稻瘟病发生的关系

稻株淀粉含量与稻瘟病的发生规律是明显的,有密切相关的。水稻一生,有二个时期稻株淀粉含量较少,一个是分蘖期,一个是抽穗期,而这二个时期又是最易感染稻瘟病的时期。因此,稻瘟病的发生与水稻生理有着内在的特殊关系,总的规律是稻株淀粉(在这二个时期)含量高,稻瘟病轻,反之则重。稻株淀粉含量与水稻品种的抗性有关,而且,对于气候、栽培等因素也有相互关系,而这些因素与稻瘟病的发生又有密切的关系,在几个因素中,品种的抗性是内因,而气候、栽培对于水稻属外因。然而,外因可以促使品种的抗性产生变化。因此,品种的抗性应该有两个含义,一是品种本身的(基因)抗病,另一种是外界因素给予的抗病能力,而了解稻株淀粉,掌握水稻的生理规律,对于预测预报和加强综合防治都是有实践意义的。     

已知抗瘟基因在黑龙江省寒地稻区的评价与利用

 利用12个日本鉴别品种、7个中国鉴别品种、24个抗稻瘟病单基因系及6个当地主栽品种,对2006年采自该省主要积温区不同水稻品种的178个稻瘟病菌株进行了致病性测定。结果表明：2006年黑龙江省稻瘟病菌生理小种划分为104个日本小种,077.7号生理小种比例最高为4.49%,017.1号、017.5号、037.5号生理小种出现频率为3.93%。就抗性基因而言,抗瘟基因Pi9(t)在全省抗谱为97.75%,是较好的抗源可以在全省内广泛利用;Piz-5、Pi12(t)抗瘟基因抗谱分别为78.09%和78.65%,根据品种种植区域可以有选择地利用。就品种而言,抗瘟基因Pi9(t)、Piz-5是空育131;Pi5(t)、Pita-2是垦稻10号;Pi9（t）、Pita是上育397;Piz-5、Pi12(t)是垦稻12号等品种抗瘟改良的有利基因;在研究中同时加强对稻瘟病菌种群的监测和新抗源的发掘,有针对性地向主栽品种导入新的抗性基因。     

云南省水稻细菌性条斑病菌的致病型划分和水稻抗性资源的鉴定

 为明确云南省水稻细菌性条斑病菌(Xanthomonas oryzae pv. oryzicola, Xoc)的致病力分化以及不同类型水稻品种对Xoc的抗感特性,通过针刺接种法将云南省8个稻区采集的86株Xoc菌株,接种于6个携带不同抗性基因的水稻鉴别品种(IRBB4、IRBB5、IRBB14、IRBB18、IRBB21和IR24)。根据这些菌株在鉴别品种上的毒力差异进行了UPGMA聚类分析,将其划分为9个致病型(Ⅰ型 ~ Ⅸ 型)。其中,Ⅰ型为优势菌群,分布频率为50.5%。对不同稻区的优势菌群进行分析,发现云南省各稻区Xoc的致病型呈多样性分布,以强毒力的Ⅰ型为高频率致病型。选用 Ⅰ 型、Ⅱ 型和 Ⅵ 型代表菌株对云南省的80个主栽和区试水稻品种进行抗性评价,对3个致病型表现抗性的材料比例分别为30.0%、35.0%和57.5%。筛选出9个对3种致病型都表现为抗性的品种,其中“Deyou16”和“Changgui2”表现为高抗。研究结果可为云南省防治水稻细菌性条斑病的水稻区域性布局和抗性品种的利用提供理论依据。     

水稻品种抗瘟遗传多样性分析及其应用

以水稻的Xa21基因中富含亮氨酸重复区域（leucine-rich repeat regions）设计的XLRR for（CCGTTGGACAGGAAGGAG）与XLRR rev（CCCATAGACCGGACTGTT）为引物,通过PCR扩增、聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染检测,进行了江西省水稻主栽品种和地方资源品种的抗病基因类似序列（resistance gene analogue,RGA）分析.结果表明,水稻抗病基因类似序列类型丰富,供试的23个品种的RGA-PCR指纹聚类后,当以欧氏距离4.5划分时,可分为6个遗传相似组.同一遗传相似组内的品种,在品种的特性上,有较强的相似性,如第二组,由两个品种大禾谷和长粒糯组成,它们均为高秆的地方优质老品种,生产上均较感稻瘟病.烂蔸糯和流稻糯两个糯稻品种,属同一遗传相似组.当以欧氏距离5.0划分时,可分为2个遗传相似组,其中一组包括圆粒糯、大禾谷、长粒糯等江西三个地方老品种和巴西陆稻.主栽品种汕优63、两优培九等与烂蔸糯、圆粒糯等优质地方老品种,遗传距离较远.田间试验表明,遗传背景差异较大的品种混合间栽,对稻瘟病平均防效达91.98%～95.68%.     

Races of <Emphasis Type="Italic">Magnaporthe oryzae</Emphasis> in Australia and genes with resistance to these races revealed through host resistance screening in monogenic lines of <Emphasis Type="Italic">Oryza sativa</Emphasis>

Rice blast is the most serious disease threat to rice production worldwide. It is difficult to control due to the complex diversity and wide geographic distribution of the causal pathogen Magnaporthe oryzae. In Australia, rice blast occurs in northern Australia but remains exotic to the main south-eastern rice growing area; however, there is the potential for rice blast to threaten this area; in addition, rice production is currently expanding from south-eastern Australia into northern Australia, which makes rice blast a major concern and challenge to rice industry in Australia. Prior to this study, there was lack of information on the race status of M. oryzae present in Australia and on how to manage the disease through host resistance. The races of rice blast isolates collected in northern Australia was characterised based on the disease reactions of eight standard rice differentials used in an international race differential system. The following studies revealed genes conferring resistance to these races through investigating the responses of 25 monogenic rice lines with targeted resistance gene against different races. The rice blast isolates were characterised into five races: IA-1, IA-3, IA-63, IB-3 and IB-59. Genes Pi40, Piz-t, Pi9, Pi5(t) and Pi12(t) exhibited resistance to all the isolates belonging to five races. In addition, two genes showed complete resistance to multiple races, viz. Pi9 that showed complete resistance to races IA-1, IA-3, IA-63 and IB-3 and Pita2 that had complete resistance to races IA-3, IB-3 and IB-59. This study provides information about the races of M. oryzae in Australia. Genes identified conferring resistance to multiple races will not only streamline the identification via molecular markers of imported rice varieties with resistance to rice blast in Australia, but will also allow the Australian rice breeding program to develop new varieties with broad-spectrum resistance to rice blast and pyramid multi-gene resistance into Australian rice varieties.     

AtEDR1介导拟南芥对稻瘟菌的抗性(英文)

 稻瘟菌(Magnaporthe oryzae)是一种半腐生病原菌,该病原菌可以侵染水稻,产生稻瘟病。对于水稻与稻瘟菌的互作机制,人们已经进行了大量的研究。然而,鉴于水稻基因组相对较大且稻瘟菌生理小种众多,致使研究进展缓慢。本研究通过将稻瘟菌生理小种Y34侵染拟南芥生态型Col-0,发现Y34可以感染Col-0,从而建立Y34-拟南芥互作模型,用以探究Y34与抗白粉突变体edr1的关系。结果显示,edr1比Col-0对于稻瘟菌更敏感。之前有研究表明,降低SA含量的突变体(pad4,sid2,nim1)均可抑制edr1相关表型。接种Y34于edr1与pad4、sid2、nim1形成的双基因突变体发现,所有双突变体的感病性比edr1单突均明显降低。推测EDR1可能在拟南芥抗稻瘟菌方面起一定正调控作用,且其作用依赖于SA途径的相关基因。     

Mining of rice blast resistance gene Pi54 shows effect of single nucleotide polymorphisms on phenotypic expression of the alleles

The rice blast resistance gene Pi54 (formerly Pi-k ^h ) isolated from indica rice line Tetep confers broad spectrum resistance to different strains of Magnaporthe oryzae in India. In this study, we performed PCR based allele mining for blast resistance gene Pi54 from six cultivated rice lines and eight wild rice species to understand its structural variation and its impact on the phenotypes. Sequence analysis indicates presence of more variation between cultivated and wild species (35–90 %) than variation found among cultivated species (1–20 %). Structural analysis of alleles showed presence of variable number of Open Reading Frames (0–2) principally having point mutations in the leucine rich repeats (LRR) regions. The Ka/Ks ratio of LRR region was >1, which shows the effect of selection pressure at this domain. The Pi54 alleles have 142 polymorphic sites with average nucleotide diversity of 0.04522. The K_a/K_s ratio of coding region ranged from 0 to >1 and Tajima’s D test showed negative as well as Darwinian selection within the alleles, which corresponded well with their phenotypic reaction to M. oryzae. The results obtained in this study shows divergent nature of Pi54 allele in wild species and land races of rice. The resistance alleles identified in this study can be used in effective management of rice blast disease through gene pyramiding.