基于网络药理学和分子对接探究莱菔子的抗菌作用机制

本研究旨在通过网络药理学方法来探讨莱菔子的抗菌作用机制。利用中药系统药理学数据库、分析平台TCMSP以及GeneCards数据库获得莱菔子发挥抗菌作用的有效成分以及潜在抗菌靶点;利用Cytoscape3.8.0软件构建药物-成分-靶点-疾病网络图,并使用STRING数据库以及Cytoscape3.8.0软件构建蛋白质相互作用网络图;利用DAVID数据库对靶点进行基因本体（GO）富集分析和KEGG通路富集分析;使用AutoDock软件对关键靶点与活性成分进行分子对接,选择最佳的结合靶点。结果显示：莱菔子14个活性成分作用于36个抗菌靶点。GO功能富集分析得到185个条目,KEGG通路富集分析得到48条信号通路。分子对接显示,芥子酸、邻苯二甲酸二丁酯、亚麻子油酸等成分与细胞肌动蛋白基因（ACTB）、一氧化氮合酶基因（NOS3）等关键靶点有较强亲和能力。本试验结果表明,莱菔子可能通过参与调节磷脂酰肌醇3激酶（Phosphatidylinositol 3-Kinase,PI3K）/蛋白激酶B(Akt)信号通路（PI3K-Akt）、钙离子信号通路等发挥其抗菌作用,体现了莱菔子多成分、多靶点、多通...     

基于网络药理学和分子对接探究马齿苋治疗溃疡性结肠的作用机制

为探究马齿苋治疗溃疡性结肠炎的作用机制,本试验采用网络药理学联合分子对接技术对其作用机制进行初步预测。利用TCMSP数据库,寻找马齿苋的活性成分及其作用靶点,使用Uniprot对靶点名称进行规范。溃疡性结肠炎的相关靶点来自Genecard、OMIM、Malacards疾病数据库,随后与马齿苋的靶点取交集,得到马齿苋治疗溃疡性结肠炎的关键靶点。网络药理学分析结果显示,马齿苋可能通过槲皮素、山萘酚、β-谷甾醇等10个活性成分作用于IL-1β、IL-6、VEGF等76个核心靶点发挥作用。通过对上述76个核心靶点进行富集分析后,发现癌症通路(Pathway in cancer)、PI3K-Akt通路及MAPK通路参与了马齿苋的治疗。分子对接结果也显示,马齿苋的活性成分与关键靶点均具有良好的连接活性,证明了网络药理学预测结果的准确性。本试验结果初步表明,马齿苋可以通过多成分、多靶点、多通路发挥治疗溃疡性结肠炎的作用。     

基于网络药理学和分子对接探究山楂调节氧化应激的作用机制

【目的】运用网络药理学和分子对接方法研究山楂调节氧化应激的活性成分及潜在作用机制。【方法】通过TCMSP数据库检索山楂的化学成分及其作用靶点;在Uniprot数据库中对所得靶点进行标准基因名转化。利用GeneCards和OMIM数据库筛选氧化应激相关靶点。通过Venny 2.1.0软件获得山楂和氧化应激的交集靶点;借助STRING数据库和Cytoscape 3.8.0软件构建山楂-主要活性成分-靶点网络和蛋白-蛋白互作网络,筛选核心靶点,随后利用AutoDockTools 1.5.7和AutoDock Vina 1.1.2软件进行分子对接。应用DAVID数据库进行GO功能富集和KEGG通路注释分析,结果由Pymol软件进行可视化作图。【结果】筛选获得槲皮素、山奈酚、异鼠李素、豆甾醇、谷甾醇、表儿茶素等山楂的主要活性成分。基于主要活性成分和氧化应激分别筛选获得185和9 647个靶点,其中山楂与氧化应激交集靶点共171个,如丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶AKT(serine/threonine-protein kinase AKT,AKT1)、细胞肿瘤抗原p53(cellular tumor a...     

基于网络药理学和分子对接探究黄连解毒散治疗猪传染性胃肠炎的作用机制

为探究黄连解毒散(HLJDS)治疗猪传染性胃肠炎(TGE)的作用靶点及作用机制,本研究通过中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)检索HLJDS中的所有化学成分,以口服生物利用度(OB≥30%)、类药性(DL≥0.18)为条件筛选HLJDS的活性化合物及HLJDS活性化合物潜在靶点的数量和名称。利用Gene cards数据库和CTD数据库检索与筛选TGE的相关靶点和HLJDS作用于TGE的相关靶点。采用微生信在线Venn图制作工具分析HLJDS活性化合物和TGE的共同靶点。将上述数据采用Cytoscape 3.9.1软件构建中药-活性化合物-靶点的网络,其中度值>32的化合物可能是关键的化合物或者作用靶点。将HLJDS作用于TGE的相关靶点上传至STRING数据库,获得HLJDS作用于TGE的PPI网络。利用Cytoscape软件中的相关工具分析靶点的网络拓扑学参数,并通过这些参数筛选HLJDS作用于TGE的关键靶点。结果显示,从HLJDS共筛选到77个活性成分和825个药物作用靶点,并筛选到950个TGE相关靶点,其中HLJDS的活性成分与TGE交集的靶点有202个。中药-...     

基于网络药理学和分子对接探究连参止痢颗粒治疗猪腹泻的作用机制

【目的】利用网络药理学和分子对接方法研究连参止痢颗粒治疗猪腹泻的作用机制。【方法】运用中药系统药理学分析平台（TCMSP）、中医药百科全书（ETCM）平台搜索连参止痢颗粒中黄连、白头翁、苦参、诃子、甘草的有效活性成分和作用靶点,利用Cytoscape 3.7.2软件绘制药物有效成分-靶点网络图;从NCBI、OMIM、GeneCards、MalaCards平台获取猪腹泻靶点,将疾病和药物交集蛋白靶点上传至STRING 11.5数据库,利用Cytoscape 3.7.2软件构建蛋白-蛋白互作（PPI）网络图,并利用微生信平台对核心靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析。通过分子对接技术对关键有效活性成分和核心靶点进行对接验证。【结果】经筛选获得连参止痢颗粒药物的有效活性成分96个,药物作用靶点208个,疾病靶点1 785个。PPI结果显示,连参止痢颗粒作用于猪腹泻的关键靶点为Jun原癌基因（JUN）、丝裂原活化蛋白激酶14（MAPK14）、MYC原癌基因（MYC）、NFKB抑制剂α（NFKBIA）、原癌基因RELA（RELA）、胱天蛋白酶3（CASP3）、肿瘤坏死因子（TNF）、MAPK1、白细胞介素6（IL6）、雌激素受体1（ESR1）等。GO功能筛选得到生物过程6个条目,细胞组分和分子功能各2个条目。生物过程主要富集在RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录正调控、正调控IL8的产生、正调控序列特异性DNA结合转录因子活性、细胞对脂多糖的反应、凋亡过程的负调控和RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录调控;细胞组分主要富集在细胞核和细胞质;分子功能主要富集在RNA聚合酶Ⅱ核心启动子近端区域序列特异性DNA结合和DNA结合。KEGG通路富集分析获得53条通路,其中2条信号通路与猪腹泻密切相关。分子对接结果显示,连参止痢颗粒的关键有效活性成分与猪腹泻靶点具有良好的结合活性。【结论】连参止痢颗粒可能主要通过芒柄花黄素、芳香膜菊素、3,3'-二甲基槲皮素、松香素、硫酸奎尼丁、高丽槐素、1-甲氧基菜豆素、异甘草素等有效成分靶向JUN、RELA、MYC、NFKBIA、MAPK14、CASP3、TNF、MAPK1、IL6等靶点分子,调控沙门氏菌感染和IL17等信号通路,从而达到治疗猪腹泻的目的。     

基于网络药理学和分子对接分析赤芍抗氧化应激作用的活性成分及其机制

【目的】利用网络药理学及分子对接技术分析赤芍抗氧化应激作用的有效活性成分及其分子机制。【方法】运用TCMSP数据库搜集赤芍的活性成分和靶点,借助UniProt数据库对靶点进行基因名转化;通过GeneCards和OMIM数据库检索氧化应激的相关基因,利用Veeny在线平台获得赤芍与氧化应激的交集靶点,将交集靶点上传至STRING数据库和Cytoscape 3.8.0软件建立蛋白互作(PPI)网络图和赤芍-靶点-氧化应激可视化网络并进行拓扑学分析,筛选关键靶点;运用Metascape数据库对关键靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析,确定赤芍发挥抗氧化应激作用的活性成分和信号通路;运用AutoDock和PyMol软件对赤芍发挥抗氧化应激作用的核心靶点进行分子对接验证。【结果】共筛选到12个赤芍活性成分,包括黄芩素、β-谷甾醇、鞣花酸、豆甾醇、(+)-儿茶素等;赤芍活性成分与氧化应激靶点分别有76和4 873个,其中赤芍与氧化应激交集靶点共69个,包括蛋白激酶B(AKT1)、转录因子AP-1(JUN)、细胞肿瘤抗原p53(TP53)、肿瘤坏死因子(TNF)和半胱氨酸蛋白酶-3(CASP3)等...     

基于网络药理学和分子对接探究归芪益母口服液治疗猪气虚血瘀证的作用机制

【目的】运用网络药理学和分子对接技术探讨归芪益母口服液治疗猪气虚血瘀证的有效活性成分及其作用机理。【方法】通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、中医药综合数据库(TCMID)获取归芪益母口服液主要活性成分及其靶点,通过GeneCards、OMIM和Malacards数据库获得母猪气虚血瘀证的作用靶点。使用Cytoscape 3.9.0软件构建药物-成分-靶点网络图,利用STRING数据库和Cytoscape 3.9.0软件构建靶点蛋白-蛋白互作(PPI)网络图,采用DAVID数据库对共同作用靶点进行GO功能和KEGG信号通路富集分析。通过Autodock Tools 1.5.7软件对其核心成分与核心靶点进行分子对接。【结果】归芪益母口服液筛选得到主要的有效活性成分为槲皮素、山奈酚和异鼠李素,其对应76个关键作用靶点,6 335个疾病靶点,41个交集靶点;PPI网络显示肿瘤坏死因子(TNF)、白介素-6(IL6)和IL10为关键靶点。GO功能富集分析共筛选出12条目,其中生物过程7条目,包括免疫应答、STAT蛋白酪氨酸磷酸化的正向调节、对糖皮质激素的反应等;细胞组分2条目,包括细胞外组分和细胞外空隙;分子功能3条目,包括细胞因子、生长因子活性和IL2受体结合。KEGG信号通路富集分析显示,归芪益母口服液主要通过细胞因子受体互作、JAK-STAT信号通路、PI3K-Akt信号通路发挥作用。分子对接结果显示,槲皮素、山奈酚、异鼠李素等核心成分与母猪气虚血瘀证关键靶点的结合能均＜0 kJ/mol。【结论】归芪益母口服液可能通过槲皮素、山奈酚、异鼠李素等主要活性成分作用于核糖体结合蛋白(RPN1)、胰核糖核酸酶(RNASE1)、血管生成蛋白抑制因子1(RNH1)等靶点,通过参与细胞因子受体互作、JAK-STAT信号通路、PI3K-Akt信号通路等治疗猪气虚血瘀证。     

基于网络药理学和转录组学方法探究博普总碱散改善蛋鸡肠道炎症的机制

为探究博普总碱散改善蛋鸡肠道炎症的作用机制,将试验鸡分为对照（Control）组和博普总碱散（BP）组,结合q RT-PCR检测十二指肠、空肠和回肠的TNF-α、IL-1β、NF-κB、IL-8和IL-10基因相对表达量,并结合网络药理学和转录组学联合分析。试验发现：BP组产蛋率显著升高（P<0.05）,料蛋比显著下降（P<0.05）;BP组十二指肠IL-8相对表达量显著下降（P<0.05）,TNF-α、IL-1β、和NF-κB基因相对表达量极显著下降（P<0.01）,IL-10基因相对表达量显著升高（P<0.05）,空肠NF-κB基因相对表达量显著下降（P<0.05）,TNF-α、IL-1β和IL-8基因相对表达量极显著下降（P<0.01）,回肠IL-1β基因相对表达量显著下降（P<0.05）,TNF-α、IL-8基因相对表达量极显著下降（P<0.01）;十二指肠网络药理学和转录组学的KEGG通路富集结果均包含PI3K-Akt信号通路。结果表明：博普总碱散可通过抑制PI3K-Akt信号通路,改变肠道炎症因子的表达量从而改善蛋鸡肠道...     

基于网络药理学及分子对接技术研究黄芪调控仔猪肠道菌群失调性腹泻的作用

【目的】基于网络药理学及分子对接技术研究黄芪调控仔猪肠道菌群失调性腹泻的有效活性成分及其作用机制。【方法】从TCMSP数据库搜集黄芪中药化合物成分,并获取其潜在靶点。利用GeneCards和OMIM数据库搜集肠道菌群失调性腹泻(flora imbalance diarrhea)的作用靶点,将两者预测的潜在作用靶点进行映射,获得共同作用靶点。运用STRING数据库构建靶点蛋白-蛋白相互作用(PPI)关系,用Cytoscape_3.8.0软件对其网络进行拓扑分析,用DAVID数据库对共同作用靶点进行富集分析,用AutoDuck_4.2.6软件对其核心成分与核心靶点进行分子对接。【结果】黄芪含有11个调控仔猪肠道菌群失调性腹泻核心成分,其对应靶点基因65个,疾病靶点854个,交集靶点25个。PPI网络中显示肿瘤坏死因子(TNF)、转录因子AP-1(JUN)、半胱氨酸蛋白酶-3(CASP3)、白细胞介素-6(IL6)、NF-κB抑制剂α(NFKBIA)、IL1B、IL10、细胞肿瘤抗原p53(TP53)、过氧化物酶体增殖物激活受体γ(PPARG)、C-C基序趋化因子2(CCL2)为关键靶点。GO功能和KEGG通路富集分析发现,黄芪有效成分主要通过美国锥虫病、炎症性肠病、阿米巴病、细胞因子-细胞因子受体相互作用、A型流感、疟疾、T细胞受体信号通路、沙门菌感染等信号通路参与转录调控、免疫反应、细胞对脂多糖的反应等生物过程。分子对接结果显示,槲皮素、山奈酚、芒柄花素等核心成分与TNF、IL1B等关键靶点结合紧密,亲和力较好。【结论】黄芪可能通过槲皮素、山奈酚、芒柄花素等主要活性成分作用于TNF、IL1B等靶点,通过参与美国锥虫病、炎症性肠病、疟疾、T细胞受体信号通路、沙门菌感染等信号通路进而治疗仔猪肠道菌群失调性腹泻。     

基于网络药理学与分子对接探究青蒿增强鹅免疫功能的作用机制

研究旨在基于网络药理学研究日粮中添加青蒿提高鹅免疫功能的作用机制。通过Symmap数据库对青蒿的有效成分与作用靶点进行收集,通过Gene Card数据库搜寻免疫抑制的相关靶点,对两者交集靶点进行蛋白质互作分析(Protein-Protein Interaction Networks,PPI)、基因本体论(Gene Ontology,GO)、京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)途径富集分析;同时进行动物试验,对鹅生长性能及免疫相关指标进行检测。结果显示：通过数据库搜集获得179个青蒿提高鹅免疫功能的关键靶点,蛋白质互作分析显示CASP3、EGFR、IL-6、CCND1、JUN、ESR1、MAPK1、MDM2、VEGFA、GSK3B等核心靶点可能在青蒿提高鹅免疫功能的过程中起到关键作用;GO与KEGG富集分析结果显示,青蒿可能参与环加氧酶途径、DNA损伤诱导的蛋白磷酸化、肥大细胞趋化性的正向调节、一氧化氮的生物合成过程,通过p53信号通路、细胞凋亡、C型凝集素受体信号通路、VEGF信号通路、细胞衰老Toll样受...     

基于网络药理学和分子对接探讨郁金散加减方治疗猪传染性胃肠炎的作用机制

【目的】基于网络药理学和分子对接技术探讨郁金散加减方治疗猪传染性胃肠炎(TGE)的作用靶点及机制。【方法】在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)搜索郁金散加减方的活性成分及靶点并经UniProt平台转换,在比较毒理基因组学数据库(CTD)中搜索TGE相关靶点,将两者交集靶点导入Cytoscape 3.9.1软件中构建郁金散加减方-成分-靶点-疾病网络关系图,在STRING数据库和Cytoscape 3.9.1软件中进行蛋白互作(PPI)网络分析,在DAVID数据库中进行GO功能和KEGG信号通路富集分析,用AutoDock软件进行分子对接。【结果】共收集到郁金散加减方包括槲皮素、芒柄花黄素在内的126个活性成分,得到郁金散加减方治疗TGE的相关靶点74个。郁金散加减方-成分-靶点-疾病网络关系图结果显示,郁金散加减方治疗TGE的核心成分为槲皮素、山奈酚等;PPI结果表明,郁金散加减方治疗TGE的核心靶点为抑癌基因P53(TP53)、癌基因FOS、肿瘤坏死因子(TNF)、基质金属蛋白酶9(MMP9)及胱天蛋白酶3(CASP3)等;GO功能和KEGG信号通路分析结果显示,郁金散加减...     

基于网络药理与分子对接研究桑叶活性成分抗炎的作用机制

本文通过网络药理和分子对接方法,探索桑叶在禽类抗炎中的功效及其机制。利用网络药理学获取桑叶与家禽炎症的共同靶点,使用David数据库进行基因本体（GO）和KEGG分析确定桑叶的有效成分。利用分子对接技术对桑叶有效成分与关键靶点进行对接验证。结果表明：桑叶中具有抗炎活性的活性成分有12种,如槲皮素、β-谷甾醇、山奈酚、叶酸等;抗炎靶点共87个,包括核内转录因子基因（JUN）、白介素6基因（IL6）、肿瘤坏死因子α(TNF-α)、酪氨酸蛋白激酶基因（SRC）、干扰素基因（IFNG）等,涉及MAPK信号通路、C型凝集素受体通路、Toll样受体信号通路等与禽类抗炎相关的信号通路。分子对接结果显示,桑叶中的有效成分槲皮素、β-谷甾醇、山奈酚等与受体蛋白IL-6、TNF-α等具有较强的结合能。由此可见,桑叶中多种有效成分通过多靶点、多通络协同作用于禽类炎症,体现了桑叶良好的抗炎效果,可为今后的研究提供一定的科学依据。     

基于网络药理学和分子对接探究芪芝口服液提高家禽免疫功能的作用机制

试验旨在探究芪芝口服液提高家禽免疫功能的作用机制。采用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）收集该复方中黄芪和灵芝2味药材的活性成分及其作用靶点,并与OMIM、TTD和GeneCards数据库收集免疫的靶点进行交集,获得芪芝口服液作用于家禽免疫的潜在靶点。运用Cytoscape 3.9.1软件构建中药-成分-靶点-通路-疾病网络图和蛋白质相互作用（PPI）网络,并对靶点进行GO富集和KEGG通路分析。使用分子对接技术进行活性成分和核心靶点的分子对接验证。结果显示,芪芝口服液30个成分对应66个靶点,家禽免疫329个靶点,其中交集靶点17个,PPI核心靶点包括核因子κB抑制因子α (NFKBIA)、白细胞介素-6 (IL-6)和干扰素-γ(IFNG)等。GO功能富集共有38条结果,包括33个生物过程条目、4个分子功能条目和1个细胞成分条目;KEGG通路分析显示交集基因主要富集于C型凝集素受体信号通路、FoxO信号通路和Toll样受体等信号通路。分子对接结果显示,关键成分与核心蛋白靶点有较好的结合活性,证明了网络药理学预测结果的可靠性。研究表明,芪芝口服液可通过多成分、多靶点、多通路...     

基于网络药理学和分子对接探究诃子鞣酸防治奶牛子宫内膜炎的作用机制

【目的】基于网络药理学结合分子对接技术探究诃子鞣酸防治奶牛子宫内膜炎的作用,并阐明其潜在机制。【方法】通过SwissTargetPrediction和PharmMapper数据库收集和预测诃子鞣酸的作用靶点,通过UniProt数据库标准化并去重。从OMIM和DRUGBANK数据库中获取奶牛子宫内膜炎相关基因并去重,绘制Venn图获取诃子鞣酸和奶牛子宫内膜炎交集靶点。使用STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,使用DAVID数据库进行GO功能和KEGG通路富集分析。利用分子对接技术对KEGG通路富集分析后得到的关键通路靶点进行分子对接,以验证网络药理学分析结果的准确性。【结果】通过多个数据库检索及筛选获得诃子鞣酸潜在靶点基因333个,奶牛子宫内膜炎相关靶点基因342个,共有18个交集靶点。PPI结果显示,诃子鞣酸可能作用于前列腺素-内过氧化物酶合酶1(prostaglandin G/H synthase 1,PTGS1)、PTGS2、花生四烯酸12-脂氧合酶(arachidonate 12-lipoxygenase, ALOX12)、ALOX15等18个关键靶点。GO功能...     

基于网络药理学与分子对接探究中兽药复方乳康颗粒治疗奶牛乳房炎的作用机制

【目的】探究中兽药复方乳康颗粒(RKG)治疗奶牛乳房炎的作用机制。【方法】通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)、中医药百科全书(ETCM)平台获取中兽药复方乳康颗粒中黄芪、王不留行、益母草的有效成分及靶点,利用Cytoscape v 3.7.2构建中兽药复方乳康颗粒中药-成分-靶点网络图,从NCBI、OMIM、GeneCards、MalaCards平台获取奶牛乳房炎靶点,使用Cytoscape v 3.7.2中的Bisogenet插件对中兽药复方乳康颗粒成分靶点及奶牛乳房炎的靶点进行综合分析,构建蛋白互作(PPI)网络图,并使用DAVID进行GO功能和KEGG通路富集分析,探讨其治疗奶牛乳房炎的作用机制。采用分子对接对网络药理学预测结果进行初步验证。【结果】通过网络药理学筛选出槲皮素、山奈酚、异鼠李素等23个中兽药复方乳康颗粒相关的活性成分,文献检索得到奶牛乳房炎相关靶点有肿瘤坏死因子(TNF)、Toll样受体4(TLR4)、白细胞介素17A(IL17A)等49个,通过Bisogenet插件对其进行PPI分析后得到中兽药复方乳康颗粒作用于奶牛乳房炎的关键靶点77个,涉及到靶点肿瘤蛋...     

基于网络药理学和分子对接探究白杨素和柚皮素抗PEDV的作用机制及试验验证

【目的】探讨白杨素和柚皮素抗猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus, PEDV)的作用靶点和机制,为进一步以白杨素和柚皮素开发新型抗PEDV的治疗药物提供理论依据。【方法】利用PharmMapper、TCMSP、SEA Search Server和STITCH在线数据库获得白杨素和柚皮素的潜在作用靶点,同时检索GeneCards数据库获得PEDV对宿主的作用靶点,利用在线程序Draw Venny Diagram获取白杨素、柚皮素与疾病的交集靶点。通过STRING数据库和Cytoscape 3.9.1软件构建靶蛋白互作(PPI)网络并筛选关键靶点,对靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析。通过AutoDock Vina v 1.2.0软件对核心靶点及小分子进行分子对接,并分析白杨素和柚皮素与靶蛋白的结合能和结合模式,利用PyMOL v 2.5实现对接结果的可视化。采用实时荧光定量PCR和Western blotting检测白杨素和柚皮素对核心靶蛋白表达的影响。【结果】白杨素潜在抗PEDV的靶点有12个,其中白蛋白(ALB)、雌激素受体1(ESR1...     

基于网络药理学探讨苦白石颗粒治疗仔猪细菌性腹泻的作用机制

[摘要]: 目的 基于网络药理学研究苦白石颗粒治疗仔猪细菌性腹泻的主要化学成分及其作用机理,利用分子对接技术进行初步验证。方法 通过TCMSP和BATMAN数据库检索苦白石颗粒中苦参、白头翁、石榴皮、仙鹤草、肉桂和木香的化学成分,TCMSP数据库获取其潜在靶点,在GEO数据库使用R语言获得仔猪细菌性腹泻的疾病靶点,映射后得到苦白石颗粒治疗仔猪细菌性腹泻的交集靶点,String构建PPI网络并可视化,Cytoscape构建药物-活性成分-交集靶点-疾病网络图,通过Metascape 对交集靶点基因进行GO 富集以及KEGG 通路分析,并对主要活性成分和关键蛋白进行了分子对接。结果 通过数据库检索和文献补充,获得苦白石颗粒88个活性成分以及269个相对应靶点,仔猪细菌性腹泻相关的基因479个,经过映射获得靶点32个。其中潜在活性成分为槲皮素、木犀草素、山奈酚等,关键仔猪腹泻蛋白是肿瘤坏死因子、白介素6和8、金属蛋白酶和表皮生长因子等。KEGG 通路显示苦白石颗粒主要富集在IL-17、 HIF-1等信号通路。分子对接结果显示苦白石颗粒中的主要活性成分与关键蛋白有较好的亲和作用。结论 苦白石颗粒可能主要通过抑制炎症反应,调节免疫细胞因子和直接的抗感染等对仔猪细菌性腹泻发挥潜在的防治作用。     

基于网络药理学探究中药黄连抗菌作用机制

试验旨在基于网络药理学方法探究中药黄连主要活性成分的抗菌作用机制。从TCMSP数据库筛选黄连有效成分及作用靶点,利用Uniprot数据库转化成相应靶点基因,将活性成分和靶点基因导入Cytoscape 3.6.1软件,构建活性成分-靶点网络图。再结合GeneCards数据库检索黄连抗菌相关靶点,将核心靶点基因上传至STRING平台,构建蛋白相互作用网络,最后,利用DAVID数据库对关键靶点进行GO生物学过程分析和KEGG通路富集分析。结果显示,黄连9种有效成分作用于105个抗菌靶点参与22条生物学过程（生物过程18条、分子功能3条、细胞组成1条）和19条相关信号通路。其中黄连的主要有效成分为槲皮素、氢化小檗碱、氧化小檗碱、小檗碱和巴马汀等;抗菌作用靶点为IL2、VCAM1、STAT1、NOS2、TGFB1、CASP9、MMP1、NFKBIA和CXCL10等;参与的生物学过程主要包括炎症反应、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调节、对脂多糖的反应、凋亡过程的负调节、细胞黏附等;主要作用于Toll样受体信号通路、肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、NF-κB信号通路等。本试验结果表明,黄连可能通过槲皮素、小檗碱、巴马汀等活性成分作用于IL2、VCAM1、STAT1等关键靶标参与Toll样受体信号通路、TNF信号通路联合发挥抗菌作用,充分体现了黄连多成分、多靶点、多通路的抗菌作用机制,为进一步深入阐明黄连抗菌机制提供理论参考。     

基于网络药理学探讨麻黄甘草汤治疗肺水肿的作用机制

【目的】预测麻黄甘草汤治疗肺水肿的潜在作用靶点及作用机制,并通过动物体内试验加以验证,为深入研究麻黄甘草汤的药理作用提供参考依据。【方法】通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库获取麻黄、甘草的活性成分及其作用靶点,利用GeneCards数据库收集肺水肿疾病的作用靶点,将麻黄甘草汤的成分作用靶点和肺水肿疾病靶点取交集,基于STRING数据库构建蛋白相互作用网络(PPI),使用Cytoscape 3.6软件构建成分-靶点网络图。利用DAVID数据库进行GO功能和KEGG通路富集分析。对获得的关键成分和核心靶点通过AutoDock Vina进行分子对接,用以佐证网络药理学预测结果。选用2%氯化铵构建小鼠肺水肿模型,分为空白对照组、氯化铵模型组及麻黄甘草汤治疗组;空白对照组每日上午腹腔注射200μL生理盐水,氯化铵模型组和麻黄甘草汤治疗组腹腔注射200μL 2%的氯化铵溶液;氯化铵模型组和空白对照组每晚灌胃200μL生理盐水,麻黄甘草汤治疗组灌胃200μL 1 g/mL麻黄甘草汤,连续处理5 d后采用实时荧光定量PCR检测白细胞介素-6(IL6)、诱导型一氧化氮合酶(NOS2)、丝裂原...