湖南省怀化地区白纹伊蚊核糖体18S rRNA和线粒体cox1基因的序列测定及分析

为探究湖南省怀化地区白纹伊蚊的基因变异、遗传多样性及其遗传进化关系,本试验以收集于怀化地区的30只白纹伊蚊为研究对象,利用PCR技术扩增其核糖体18S rRNA及细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(cox1)基因序列,并对其基因变异、遗传多样性及遗传进化关系进行分析。结果显示,所获全部样品的18S rRNA和cox1基因序列长度均为489和1 004 bp;基于18S rRNA基因序列,怀化地区白纹伊蚊的种内差异为0～2.9%,种间差异为28.74%～61.46%;基于cox1基因序列,怀化地区白纹伊蚊的种内差异为0～0.2%,种间差异为6.08%～12.65%。基于18S rRNA、cox1基因序列所构建的进化树发现,来自于怀化市的白纹伊蚊全部位于同一分支上。结果表明,怀化地区白纹伊蚊之间存在一定程度的基因变异和遗传多样性,但它们之间的亲缘关系较近,且其18S rRNA、cox1基因序列的种内差异小、种间差异大,可作为白纹伊蚊鉴定的理想遗传标记。     

陕西榆林地区鸡蛔虫的单倍型多态性、遗传分化及种系发育关系分析

为探究陕西榆林地区鸡蛔虫单倍型多态性及遗传分化情况，并阐明其种系发育关系，试验以分离于榆林不同地区的30条鸡蛔虫为样品，采用PCR扩增其线粒体cox1与nad4基因，进行单倍型多态性、遗传分化与种系发育关系分析。结果显示：在所有的cox1基因（953 bp）序列中，共含30个变异位点（4个转换、26个颠换），17个单倍型（h=17,Hd=0.936），其基因分化系数（Gst）为-0.012 85，遗传分化系数（Fst）为-0.029 95，基因流（Nm）为11.53；在所有的nad4基因（876 bp）序列中，共含29个变异位点（2个转换、27个颠换），16个单倍型（h=16,Hd=0.935 6），其Gst为-0.012 38,Fst为-0.040 9,Nm为17.05；在所有的cox1+nad4基因（1 829 bp）序列中，共含59个变异位点（6个转换、53个颠换），24个单倍型（h=24,Hd=0.977），其Gst为-0.003 9,Fst为-0.036 5,Nm为14.77；在所有cox1、nad4及cox1+nad4基因的Network图中，均未发现有单倍型聚集成簇的现象...     

云南省不同蚕区桑园中桑粉虱种群的遗传分化初步研究

桑粉虱(Pealius mori)是云南蚕区主要的桑树害虫之一。对滇南至滇西沿线3个蚕桑区7个采样点的桑粉虱种群进行线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因(mt DNA COⅠ)序列分析,应用Dna SP5.0、Arlequin3.1.1.1、Network4.6软件进行桑粉虱样本的单倍型、遗传多样性、遗传分化分析。在35个样本的mt DNA COⅠ序列中,检测到23种单倍型,其中20种单倍型分别为7个种群独有;总群体的mt DNA COⅠ序列单倍型多样度(Hd)为0.966,各种群单倍型Hd介于0.700~1.000间;总群体遗传分化指数(FST)为0.747 98,基因流(Nm)为0.17。AMOVA分子变异分析表明桑粉虱的遗传变异主要来自种群间,种群内变异小于种群间变异;总群体及各种群间Tajima's D中性检验差异不显著,表明桑粉虱群体在近历史时期无群体扩张。构建的单倍型UPGMA聚类树与单倍型网络图显示,桑粉虱单倍型呈明显种群分布格局。依据研究结果初步认为:滇南至滇西沿线7个采样点的桑粉虱种群因遗传漂变产生了较大遗传分化;桑粉虱mt DNA COⅠ序列单倍型呈现明显的地理区域种群分布格局。     

湖南湘西地区鸡蛔虫遗传多样性及种系发育关系研究

为研究湖南省湘西地区鸡蛔虫的遗传多样性及种系发育关系,试验以采集于湖南省湘西自治州20条鸡蛔虫为研究对象,采用PCR扩增其线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅲ(Cytochrome c oxidase subunit Ⅲ,cox3)和核糖体18S rRNA的部分序列。结果显示:PCR扩增获得的鸡蛔虫cox3、18S rRNA基因序列的长度分别为399 bp、637 bp,种内差异分别为0～1.5%、0～1.6%,种间差异分别为13.0%～40.1%、5.18%～61.38%;构建了基于cox3、18S rRNA基因序列的种系发育树,来自于湖南省湘西地区的鸡蛔虫均处于发育树的同一分支上。研究表明来自于湖南湘西地区的鸡蛔虫间尽管存在一定程度的基因变异和遗传多样性,但它们之间的亲缘关系较近。     

猪囊尾蚴西昌分离株线粒体cox1和nad1基因的序列测定与种系发育分析

应用PCR技术对3个猪囊尾蚴西昌分离株的线粒体细胞色素C氧化酶第Ⅰ亚基(cox1)基因全序列和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸还原酶第一亚基(nad1)基因部分序列进行扩增,分析其遗传变异,并用Mega 5.0程序NJ法绘制种系发育树,探讨不同地区来源的猪囊尾蚴种系发育关系。测序结果显示,猪囊尾蚴的cox1基因全序列长度为1 620bp,nad1基因部分序列长度为796bp。cox1和nad1基因序列均存在一定的遗传变异,且cox1基因序列的变异高于nad1序列。种系发育分析结果显示,所有猪囊尾蚴分离株构成一个分支,3个西昌分离株均属于猪带绦虫亚洲基因型。结果表明,cox1和nad1基因均可用于猪带绦虫的分子分类,为猪带绦虫病/猪囊尾蚴病的分子诊断奠定了基础。     

基于线粒体12S基因分析四川地区鸡异刺线虫的种群遗传多态性

为探讨四川地区鸡异刺线虫的遗传变异特点和种群遗传结构特征,利用PCR技术扩增了四川7个地区共58株鸡源鸡异刺线虫分离株的线粒体12S基因全序列,经测序后分析其遗传多样性。结果显示,58条鸡异刺线虫12S基因全序列均为699bp,序列中共有38个变异位点和34个单倍型(HS1-HS34);单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)分别为0.822和0.003 95。进一步分析表明,7个地理种群遗传分化不明显(Fst=0.007 87),种群间基因交流较频繁(Nm=31.52);分子方差分析(AMOVA)表明,四川地区鸡异刺线虫的遗传分化主要来自于种群内部(99.21%),种群间遗传变异水平较低(0.79%);单倍型网络图和NJ系统发育树显示,鸡异刺线虫7个地理种群的34个单倍型散在分布于不同种群内,分布格局较为混杂,未形成明显的地理分布格局。结果表明,四川地区的鸡异刺线虫遗传多样性较低,遗传分化不明显,还未形成显著的地理遗传结构。     

根据cpDNA trnT-trnF序列变异分析中国互花米草种群的遗传结构

采用直接测序法,测定了中国沿海互花米草8个种群80个样本的叶绿体trnT-trnF序列。结果显示,2个单碱基的插入/缺失将80个序列分为3种单倍型,3种单倍型在美国东海岸均有分布,且属于美国分布最广泛的C单倍型;中国种群的单倍型多样性Hd为0.379,远低于美国原产地;种群间基因分化系数Gst为0.103、固定指数Fst为0.092;AMOVA分析揭示种群间仅有9%的遗传差异。研究结果表明,中国互花米草种群受瓶颈效应影响明显,种群间遗传变异较低,种群内多样性相对较高。     

基于cox1基因对中国青藏高原地区细粒棘球绦虫遗传多态性的研究

通过对中国青藏高原地区细粒棘球绦虫的遗传多态性分析,了解该地区细粒棘球绦虫的遗传变异情况,为细粒棘球蚴病的防治提供基础材料。基于线粒体cox1基因全序列(1 609bp)分析中国青藏高原地区47个细粒棘球绦虫分离株的序列变异情况,并结合NCBI数据库中已公布的中国青藏高原和中东地区所有细粒棘球绦虫cox1基因全长序列,对比分析两个种群的遗传多态性特征。结果显示,47个样品均被确定为G1基因型,分为10个单倍型(C1~C10),其中优势单倍型C1与中东优势单倍型相同,且该单倍型呈世界性分布。中国青藏高原地区细粒棘球绦虫的单倍型多样性(Hd)与核苷酸多样性(π)较低,明显低于中东种群,两个地区Tajima’s D和Fu’s Fs检验值均为负值,遗传结构差异不显著。研究结果表明:中国青藏高原细粒棘球绦虫可能是由一个起源于中东的有效种群进入该地区后,经历了近期群体扩张或遗传瓶颈,在高原地区天然的地理隔离作用下,逐渐发展成了现在的种群。     

苏姜猪mtDNA D-loop序列的遗传多样性分析

【目的】通过对苏姜猪线粒体DNA(mtDNA) D-loop高变区Ⅰ的序列扩增测序,探究苏姜猪种群的种质资源特性和遗传多样性。【方法】采集苏姜猪核心群100头经产母猪耳组织,提取DNA后扩增苏姜猪核心群母猪mtDNA D-loop高变区Ⅰ的基因片段并测序,运用NCBI在线BLAST对测序序列与参考序列进行比对、校正并寻找同源序列,确定mtDNA D-loop高变区Ⅰ序列的长度和位置;使用DnaSP v.5.10.1软件统计获得群体中核苷酸多态位点和变异位点数量,分析单倍型多样度(Hd)、核苷酸多样性(Pi)、平均核苷酸差异度(K)等参数;使用Mega 7.0软件对不同单倍型进行基于Kimura’s 2-prarmetermodel的遗传距离计算,采用邻接法(Neighbor-Joining, NJ)对苏姜猪的4个单倍型、17个中国地方猪种、欧洲家猪(登录号：AF034253.1)的mtDNA D-loop高变区Ⅰ序列构建系统发育树。【结果】对100头苏姜猪的mtDNA D-loop序列高变区Ⅰ进行扩增测序,获得长度为429 bp的有效序列,获得的序列中,AT含量为63.1%,GC含量为...     

怀化地区犬瘟热病毒H、F基因遗传多样性及其遗传进化分析

【目的】探究怀化地区犬瘟热病毒的基因变异与遗传多样性情况,阐明其遗传进化关系。【方法】从怀化地区收集30株犬源犬瘟热病毒样本,用PCR法扩增其H、F基因序列。利用DNAStar软件分析H、F基因序列碱基组成;利用Clustal X、MegAlign软件进行变异位点和遗传多样性分析;运用Clustal X、PhyML 3.0软件,采用最大似然法(ML)对怀化地区犬瘟热病毒进行遗传进化分析,并用FigTree v 1.3.1软件构建遗传进化树。【结果】30株怀化地区犬瘟热病毒均为Asia-Ⅰ型,其H、F基因序列长度分别为1 778和1 850 bp,其AT含量分别为56.8%～57.9%和54.9%～56.1%,GC含量分别为42.2%～43.0%和44.1%～44.9%。H基因的种内差异为0～3.1%,种间差异为51.36%～60.15%;F基因的种内差异为0～2.4%,种间差异为39.60%～53.09%。基于H、F基因序列所构建的遗传进化树发现,来源于怀化地区的30株犬源犬瘟热病毒全部位于遗传进化树的同一分支上。【结论】来源于怀化地区犬瘟热病毒之间虽存在一定程度的基因变异和遗传多样性...     

中国沿海互花米草遗传多样性及其遗传结构

扩增互花米草(Spartina alternifora)叶绿体trnT-trnL和线粒体nad1两个基因片段,采用PCR产物直接测序法,测定中国沿海地区20个样点的基因序列,并根据互花米草的表型差异将中国沿海互花米草划分为南部、中部和北部3个种群,探讨不同种群互花米草的遗传结构和遗传多样性。结果表明,这两个基因片段的3个多态性位点可将中国沿海地区互花米草分为4种单倍型,种群的单倍型多样性指数(Hd)为0.189,Indel单倍型多样性指数(Indel Hd)为0.542,多样性全部来自种群内部;各种群的遗传距离平均值为0.028,南部种群和北部、中部种群之间基因分化系数(Gst)分别为0.015 82、0.004 15,固定指数(Fst)均为0。本研究表明,中国沿海地区互花米草遗传多样性低,具有明显的瓶颈效应,南部、中部和北部3大种群没有发生遗传分化,推测可能是表型可塑性在3大种群的表型变异上起了更大作用。另外,本研究还指出上海崇明岛互花米草种群在遗传水平上具有一定的特殊性。     

陕西省榆林地区犬弓首蛔虫的流行情况调查及其遗传多样性与种系发育关系分析

为了调查陕西省榆林地区犬弓首蛔虫的流行情况，并研究其基因变异、遗传多样性及种系发育关系，试验采用饱和盐水漂浮法对采自该地区的402份犬粪便进行虫卵检查，利用IBM SPSS Statistics 22软件对虫卵检测数据进行统计和分析，并采用χ²检验分析各地区、各类型犬感染犬弓首蛔虫的差异性；PCR扩增犬弓首蛔虫的cox1、18S rRNA基因序列并测序；运用Clustal X与DNAStar软件分析2个基因的碱基组成与遗传多样性；运用Clustal X及PhyML 3.0软件分析犬弓首蛔虫的种系发育关系。结果表明：陕西省榆林地区犬对弓首蛔虫的总感染率为20.65%,其中宠物犬的感染率为8.42%,而流浪犬的感染率为33.00%,各地区、各类型犬感染犬弓首蛔虫的情况存在一定差异；cox1基因序列长度为1 044 bp, A+T含量为61.5%～62.2%,G+C含量为37.8%～38.5%,种内差异为0～1.3%,种间差异为9.87%～14.37%;18S rRNA基因序列长度为598 bp, A+T含量为50.0%～50.5%,G+C含量为49.5%～50.0%,...     

新疆部分地区屠宰场羊源细粒棘球蚴分子鉴定及其遗传多样性分析

[目的]了解新疆维吾尔自治区部分规模化屠宰场羊的细粒棘球蚴感染情况及其分子遗传特征。[方法]收集屠宰场羊肝脏组织内经肉眼观察鉴定为细粒棘球蚴的包囊样本96份,全部提取基因组DNA后,基于细粒棘球绦虫cox1基因位点和nad1基因位点进行PCR扩增和测序。通过序列比对数据鉴定其基因型,构建遗传进化树解析其分子遗传特征。[结果]在cox1基因位点上,有81份样本呈PCR扩增阳性（84.37%,81/96）,经序列分析鉴定,所有阳性样本均为细粒棘球蚴G1基因型（n=81）,存在15个单倍型（Hap＿1～15）;在nad1基因位点上,有67份样本呈PCR扩增阳性69.79%(67/96),经序列分析鉴定出2种基因型,分别为细粒棘球蚴G1基因型（n=66）和G3基因型（n=1）,存在19个单倍型（Hap＿1～19）。种系发育分析显示,获得的细粒棘球蚴G1基因型和G3基因型序列,与国内外已报道的多种宿主源的G1基因型和G3基因型序列均处于同一个进化支。[结论]新疆部分地区羊源细粒棘球蚴呈现遗传多样性分布特征,研究结果为该地区羊包虫病的防治提供了基础数据。     

金丝猴毛首线虫线粒体cox1基因序列分析

为阐明金丝猴毛首线虫线粒体细胞色素c氧化酶Ⅰ亚基（cox1）基因部分（pcox1）序列的遗传变异情况,以长沙生态动物园金丝猴体内分离的毛首线虫作为研究对象,根据cox1序列构建其与其他毛首线虫的进化发育关系。使用PCR方法扩增金丝猴毛首线虫线粒体cox1,然后将所测得的序列应用Clustal X 1.81程序进行比对,最后用Mega 5.0程序NJ法绘制种系发育树。结果显示,本实验扩增获得的6条毛首线虫分离株cox1序列长度一致,均为411 bp,种内变异为0。种系发育分析结果表明,这6条毛首线虫分离株位于同一分支。鉴于金丝猴毛首线虫的cox1基因种内保守,而种间差异大（24.0%~34.1%）,因此可以作为种间鉴定检测研究的遗传标记。本研究结果为进一步研究金丝猴毛首线虫的群体遗传结构奠定了基础。     

西藏牦牛mtDNA ND6遗传多样性及系统进化分析

为从分子水平上探究西藏牦牛的序列多态性、遗传多态性及其系统进化关系,对西藏15个牦牛类群150个个体的mtDNA ND6基因全序列进行了测定,确定了多态位点和单倍型数目,计算了单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi),并构建了分子聚类关系图和单倍型系统发育树。结果表明:西藏牦牛mtDNA ND6基因全序列长度均为528bp,T、C、A和G 4种碱基的平均比例分别为42.2%、7.6%、20.9%、29.3%,存在一定的碱基组成偏倚性。序列变异中存在转换、颠换2种核苷酸变异类型,其中转换37次,颠换2次,表现出较强的转换偏倚性。根据序列间核苷酸变异共确定7种单倍型,其中Hap_1为西藏牦牛类群的主流单倍型,其余6种单倍型为部分类群所特有。平均单倍型多样性(Hd)、平均核苷酸多样性(Pi)分别为0.2978、0.00191,揭示西藏牦牛mtDNA ND6遗传多样性较贫乏。根据遗传距离构建了分子聚类关系图,表明西藏15个牦牛类群可分为2大类;根据7种单倍型序列构建了单倍型系统发育树,表明西藏牦牛存在2个母系起源。     

基于ITS基因分析蛇源曼氏迭宫绦虫种系发育关系

为了开展曼氏迭宫绦虫(Spirometra mansoni)种系发育分析,本试验基于18S rRNA和5.8S rRNA基因保守区设计引物用于扩增包含18S rRNA、5.8S rRNA及核糖体内部转录间隔1区(ITS-1)的靶片段,对蛇体内分离的绦虫进行基因组DNA提取,然后采用PCR方法扩增目的基因,将所得序列进行测序比对并构建进化树分析。PCR结果显示,扩增片段大小为737 bp,序列经分析发现包括18S rRNA 17 bp,5.8S rRNA 421 bp,ITS-1片段为304 bp。同源性分析显示,其与猬迭宫绦虫同源性最高,高达86%;遗传进化树表明,其与猬迭宫绦虫广州株(FJ886754.1)最为接近,与微小膜壳绦虫(AF461124.1)关系最远。综上所述,本次分离的绦虫为曼氏迭宫绦虫,ITS-1基因可作为良好的分类工具区别不同种的迭宫绦虫。     

基于线粒体12S基因全序列分析我国绵羊痒螨(兔亚种)的遗传多样性

为了探讨我国绵羊痒螨(兔亚种)的遗传变异情况及群体遗传结构,采用PCR测序技术测定我国5个地区(华北、华东、华中、西北、西南)绵羊痒螨(兔亚种)线粒体12S基因的全序列,并进行遗传多样性分析。结果共获得89条序列,长度均为657bp,核苷酸变异位点76个,单倍型50个(H1～H50),单倍型多样性(Hd)与核苷酸多样性(π)分别为0.931 05和0.005 59。进一步分析发现5个地理种群遗传分化程度较弱(Fst=0.042 322),基因交流非常频繁(Nm=5.657 372)。中性检验结果均为负值(Tajima’s D=-0.928 31,Fu’s Fs=-7.066 71),并且差异性不显著(P0.05)。构建的NJ树和单倍型网络图均显示绵羊痒螨(兔亚种)5个地理种群的50个单倍型散在分布于不同的支系内,未形成明显的地理分布格局。我国绵羊痒螨(兔亚种)具有较高的遗传多样性,且有一定的遗传分化,基因交流频繁,但未形成以兔品种、温度带和地域来源划分的种群遗传结构。     

基于线粒体Cytb基因的贵州野猪(Sus scrofa)群体遗传多样性分析

【目的】评估贵州地区野猪(Sus scrofa)的遗传多样性和遗传结构,为进一步开展保护遗传学研究和种群生态管理提供理论依据,进而为研究野猪的保护生物学及其对环境的适应奠定基础。【方法】对野猪线粒体Cytb基因进行PCR扩增及测序,结合从GenBank中下载的国内其他9个地区的55条野猪线粒体Cytb基因序列,利用Mega 7.0软件进行碱基组成和遗传距离分析,并使用DnaSP 6.0软件进行遗传多样性分析。【结果】贵州野猪Cytb基因(1 140 bp)碱基组成与其他地区野猪种群相似,AT含量高于GC含量;贵州采集的11头野猪的Cytb基因共有6个变异位点,4种单倍型,单倍型多样性为0.600,核苷酸多样性为0.00118;单倍型多样性与核苷酸多样性仅高于江西和东北地区的野猪种群;种内遗传距离较小,亲缘关系较近;中性检验Tajima’s D值和Fu’s Fs值均为负值且差异不显著,错配分布分析呈单峰分布,表明贵州野猪种群在历史上较为稳定。使用Network构建单倍型网络图,结合Mega 7.0软件构建的单倍型系统发育树分析结果表明,贵州野猪单倍型与其他地区种群存在共享单倍型(Hap＿...     

陕西省榆林地区鸡蛔虫核糖体18S rRNA与ITS-2序列分析及种系发育关系研究

为了探究陕西省榆林地区鸡蛔虫核糖体18S rRNA、ITS-2基因序列特征及其种系发育关系，试验以采集于该地区的28条鸡蛔虫为样品，PCR扩增其18S rRNA、ITS-2基因的部分序列，测序后分别对鸡蛔虫18S rRNA、ITS-2基因序列的碱基组成进行分析，计算A、T、G和C的含量，并对这两个基因的遗传多样性进行分析，比较其种内、种间差异，构建种系发育树。结果表明：测序所获得的鸡蛔虫18S rRNA、ITS-2基因序列的长度分别为637,350 bp;其中18S rRNA基因序列的A、T、G和C的含量分别为24.5%～25.2%、26.1%～26.4%、28.3%～28.7%和20.3%～20.9%,A+T含量为50.6%～51.6%,G+C含量为48.6%～49.6%,种内差异为0～1.6%;与猪蛔虫(MF358962)、人蛔虫(LC422643)、犬弓首蛔虫(FJ418788)及狮弓蛔虫(JF837179)种间差异为5.18%～61.38%;ITS-2基因序列中的A、T、G和C的含量分别为28.9%～29.1%、38.0%～38.6%、19.1%～19.7%与12.9%～13....     

青海东方蜜蜂贵德种群的遗传分化地位

对青海东方蜜蜂贵德种群(QHGD)进行全基因组测序,并结合现有其他地区东方蜜蜂的分子序列信息,分析QHGD种群的遗传分化地位。测序、组装和比对后得到Cytb、tRNAIle~ND2、16S rRNA、EF1-α、COI~COII序列对应的比对文件。单倍型分析显示,QHGD种群的Cytb、EF1-α、COI~COII序列与国内其他种群有重叠,但tRNAIle~ND2、16S rRNA序列则形成特有的单倍型。基于tRNAIle~ND2、16S rRNA、EF1-α合并序列的Network分析显示,QHGD种群与四川九寨(SCJZ)、四川马尔康(SCMEK)等地方种群成辐射状与一个median vector节点(mv1)连接。本研究的结果表明,青海贵德种群是较为独特的一个进化分支单元,需要在未来的保护和开发利用过程中予以关注。