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1.
试验旨在获取胚胎滞育期与激活期水貂卵巢组织的转录组信息,挖掘滞育的胚胎激活前后水貂卵巢差异表达基因(DEGs)及其功能信息,为探讨卵巢信号调控水貂胚胎滞育的分子机制提供参考。随机采集8只健康雌性水貂(胚胎滞育期和激活期各4只)的卵巢组织为样本,利用Illumina HiSeq平台RNA-Seq技术对其进行转录组测序,筛选在水貂胚胎滞育期和激活期卵巢中的DEGs并进行生物信息学分析。结果显示,测序获得661 195 568个raw reads,经过滤后获得650 834 900个clean reads,组装后得到389 895个unigenes,通过与Nr、GO、KOG和KEGG数据库比对,对unigenes进行注释,其中Nr数据库注释了156 419个unigenes;GO数据库注释了122 657个unigenes;KOG数据库注释了58 320个unigenes;KEGG数据库注释了72 653个unigenes。滞育期和激活期卵巢中有1 797个DEGs,与胚胎滞育期水貂卵巢相比,激活期卵巢有1 298个DEGs显著上调,499个DEGs显著下调。GO功能分析发现,DEGs显著富集的生物学过程主要有跨膜信号受体活性、信号受体活性、G蛋白偶联受体活性、酶联受体蛋白信号通路、细胞表面受体信号通路、细胞周期阻滞、芳香酯酶活性。KEGG通路分析发现,水貂滞育期和激活期卵巢中的DEGs显著富集于神经活动配体-受体相互作用信号通路。本研究利用高通量测序技术获得水貂胚胎滞育期与胚胎激活期卵巢的转录组信息,为深入探究水貂卵巢调节胚胎滞育的分子机制奠定了基础。  相似文献   

2.
本研究旨在通过转录组测序数据库筛选牦牛和犏牛附睾体部之间的差异表达基因(DEGs),了解DEGs对犏牛不育转录调控的影响。分别采集3头牦牛和犏牛的附睾体部,利用RNA测序分析(RNA-seq)技术,通过GO、KEGG富集等生物信息学方法分析筛选DEGs。结果表明,牦牛和犏牛附睾体部DEGs总数有82个,其中54个DEGs显著上调,28个DEGs显著下调;通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证了8个DEGs,与转录组测序结果一致;通过GO和KEGG对DEGs进行分析,SLC22A20、T2R65A、TKTL1的下调与精子获能、运动和抗氧化活性相关;磷酸戊糖通路和嗅觉转导是显著富集通路,OR9K2、OR1E1、OR10AG1、TKTL1的下调可能与犏牛不育相关。本研究揭示了牦牛和犏牛附睾体部基因区域特异性表达与功能特异性表达的密切关系,进而为探索雄性犏牛不育的分子机制以及提高高原哺乳动物繁殖力提供基础数据。  相似文献   

3.
《中国兽医学报》2017,(6):1134-1138
卵巢颗粒细胞在卵母细胞生长和卵泡发育过程中起着重要作用,为卵母细胞提供营养,分泌孕酮和雌二醇,与膜细胞一起调控卵泡的增殖和分化。卵巢颗粒细胞也具有干细胞特性,可以作为核移植的替代物,用卵泡刺激素受体(FSHR)抗体能很快地鉴定颗粒细胞。本研究通过对梅花鹿卵巢颗粒细胞进行体外培养,旨在探索梅花鹿颗粒细胞长期体外培养的条件,描述颗粒细胞的形态和表型特征,为进一步研究颗粒细胞的功能奠定基础。试验结果表明,梅花鹿卵巢颗粒细胞呈多角形或梭形,并伸出伪足,呈放射状生长,FSHR抗体鉴定结果为颗粒细胞纯度>90%。用含15%胎牛血清和1%双抗的DMEM/F12培养液培养,可获得生长活性好、细胞纯度高的梅花鹿卵巢颗粒细胞,HE染色和FSHR免疫荧光染色可以简便快速地鉴定梅花鹿卵巢颗粒细胞。  相似文献   

4.
试验旨在通过高通量测序技术获得驯鹿的遗传信息和鹿茸组织的转录组特征,并进一步挖掘其中与鹿茸经济性状相关的关键基因信息。对驯鹿鹿茸组织提取RNA,检测RNA纯度、完整性及是否有污染,合格后构建文库,文库构建成功需要进行库检,库检合格后使用Illuminanovaseq平台进行转录组测序分析。利用Diamond、HMMER、KAAS、Blast2GO等软件对驯鹿鹿茸转录组序列进行了功能注释、基因丰度分析和其他分析。结果显示,测序获得47 818 202条raw reads,经过滤和质量检查得到了46 964 478条clean reads,组装后得到49 171个Unigenes,表明本次测序获得了高质量的鹿茸转录组。基于序列一致性分析,Unigenes与NR、Swiss-Prot、KOG、KEGG、Pfam、GO数据库比对注释成功总共占89.54%,共44 029条序列。Corset聚类后得到49 171个Unigenes,在这些Unigenes中共找到13 795个SNPs位点和18 446个SSRs位点。GO注释结果显示22 955个Unigenes得到注释,占总注释结果的46.68%。与KEGG数据库进行比对分析,发现49 171个Unigenes可能参与或涉及代谢途径,其中20 258个Unigenes共注释到32个KEGG代谢通路。此外,在转录组结果中发现了一些高丰度的基因,如OPNTMSB4、TMSB10等,它们的功能可能与驯鹿生茸有关。本试验结果不仅对驯鹿的基因组数据进行了补充,而且还初步揭示了生长期驯鹿鹿茸的基因特征,为驯鹿分子遗传学研究、资源保护与利用及种群资源恢复提供了参考。  相似文献   

5.
为了探究毛壳素对绒山羊脂肪间充质干细胞(gADSCs)组蛋白甲基化修饰差异的影响。本研究采用不同浓度的毛壳素对gADSCs进行不同时间的处理,以期筛选出对细胞活性影响最低且能够最大程度抑制gADSCs组蛋白甲基化的药物处理浓度及时间。以最适药物浓度和时间处理组为试验组,无药物处理组为对照组,通过实时荧光定量PCR检测H3K9 me2和H3K9 me3甲基化相关酶和胚胎发育多潜能基因mRNA表达水平的改变,并检测毛壳素对组蛋白H3K9 me2和H3K9 me3蛋白表达水平的影响。结果显示,20 nmol·L-1的毛壳素处理gADSCs 48 h时对细胞活性影响较小,组蛋白甲基化转移酶G9A的表达显著降低(P<0.05),为最适处理浓度和时间。实时PCR结果显示,试验组H3K9 me2和H3K9 me3甲基化转移酶EHMT1、EHMT2、SUV39H1、SUV39H2表达显著降低(P<0.05),H3K9 me2和H3K9 me3去甲基化酶KDM3A、KDM3B、KDM4B、KDM4D表达显著增高(P<0.05),多潜能性相关基因SOX2、OCT4、NANOG表达量增高。免疫荧光和WB结果显示,处理组H3K9 me2蛋白水平无明显变化,而H3K9 me3蛋白水平显著降低(P<0.05)。20 nmol·L-1的毛壳素处理gADSCs 48 h后可以显著降低组蛋白H3K9 me2和H3K9 me3的甲基化修饰作用,提高多潜能性相关基因的表达。  相似文献   

6.
试验旨在通过高通量测序技术获得驯鹿的遗传信息和鹿茸组织的转录组特征,并进一步挖掘其中与鹿茸经济性状相关的关键基因信息。对驯鹿鹿茸组织提取RNA,检测RNA纯度、完整性及是否有污染,合格后构建文库,文库构建成功需要进行库检,库检合格后使用Illuminanovaseq平台进行转录组测序分析。利用Diamond、HMMER、KAAS、Blast2GO等软件对驯鹿鹿茸转录组序列进行了功能注释、基因丰度分析和其他分析。结果显示,测序获得47 818 202条raw reads,经过滤和质量检查得到了46 964 478条clean reads,组装后得到49 171个Unigenes,表明本次测序获得了高质量的鹿茸转录组。基于序列一致性分析,Unigenes与NR、Swiss-Prot、KOG、KEGG、Pfam、GO数据库比对注释成功总共占89.54%,共44 029条序列。Corset聚类后得到49 171个Unigenes,在这些Unigenes中共找到13 795个SNPs位点和18 446个SSRs位点。GO注释结果显示22 955个Unigenes得到注释,占总注释结果的46.68%。与KEGG数据库进行比对分析,发现49 171个Unigenes可能参与或涉及代谢途径,其中20 258个Unigenes共注释到32个KEGG代谢通路。此外,在转录组结果中发现了一些高丰度的基因,如OPN、TMSB4、TMSB10等,它们的功能可能与驯鹿生茸有关。本试验结果不仅对驯鹿的基因组数据进行了补充,而且还初步揭示了生长期驯鹿鹿茸的基因特征,为驯鹿分子遗传学研究、资源保护与利用及种群资源恢复提供了参考。  相似文献   

7.
基于高通量测序的海滨雀稗转录组学研究   总被引:1,自引:0,他引:1  
采用新一代高通量测序技术Illumina HiSeq 2000对海滨雀稗叶片转录组进行测序,结合生物信息学方法开展基因表达谱研究和功能基因预测。通过测序,获得了47520544个序列读取片段(reads),包含了4752054400个碱基序列(bp)信息。对reads进行序列组装,获得81220个单基因簇(unigene),平均长度1077 bp,序列信息达到了87542503 bp。另外从长度分布、GC含量、表达水平等方面对unigene进行评估,数据显示测序质量好,可信度高。数据库中的序列同源性比较表明,46169个unigene与其他生物的已知基因具有不同程度的同源性。海滨雀稗转录组中的unigene根据GO功能大致可分为细胞组分、分子功能和生物学过程三大类48个分支,其中有大量unigene与代谢进程、结合活性和细胞进程相关。将unigene与COG数据库进行比对,根据其功能大致可分为25类。KEGG 数据库作为参考,依据代谢途径可将unigene定位到112个代谢途径分支,包括苯丙氨酸代谢通路、植物与病原物互作、植物激素生物合成和信号转导、黄酮类化合物合成、萜类骨架生物合成、脂类代谢、RNA降解等。SSR位点查找发现,从81220个unigene中共找到22721个SSR位点。SSR不同重复基序类型中,出现频率最高的为A/T,其次是CCG/CGG和AGC/CTG。本研究首次对海滨雀稗转录组进行了分析,为草坪草的分子生物学研究提供了宝贵的基因组数据来源。  相似文献   

8.
通过对9头不同月龄的安格斯母牛下丘脑组织进行转录组测序和生物信息学比较分析,筛选和挖掘与肉牛生长、繁殖活动相关候选基因和信号通路。通过转录组测序,进行表达基因分析、GO和KEGG富集分析以及信号通路筛选。结果显示,共获得59.74 Gb clean data,各组的样品clean data均达到6.64 Gb, Q30碱基百分比平均在94.60%及以上。有18 979个基因在所有组织中都有表达,有1 706个基因只在2个月龄段下丘脑组织中共同表达,有2 149个基因只在其中的1个月龄段下丘脑组织中表达。在所有下丘脑所表达的基因中,GO、KOG和KEGG数据库得到注释的分别为2 621,12 930和13 453个。在所有KEGG通路中,血管内皮生长因子信号通路、Notch信号通路和Hippo信号通路在各年龄段下丘脑组织中检出频率最高,说明这些信号通路可能通过下丘脑和性腺轴对母牛生殖活动产生影响。  相似文献   

9.
【目的】获得牦牛(Bos grunniens)皱胃全长转录组数据库,深入挖掘牦牛皱胃功能基因。【方法】采用PacBio Sequel高通量测序系统,使用单分子实时(single molecular real time, SMRT)测序技术对成年牦牛皱胃全长转录组进行测序,对原始数据进行质控和去冗余分析,再比对参考基因组获取过滤后的非重复序列(Unigenes),使用多种生物信息软件对牦牛皱胃全长转录本数据进行功能注释、转录因子注释、编码区预测、简单重复序列(simple sequence repeats, SSR)分析及可变剪接分析。【结果】通过测序共获得14 467 420条子序列,平均子序列长度为3 344.23 bp,质控得到循环一致性序列(CCS)有296 840条,全长非嵌合(FLNC)序列有277 402条,过滤和去冗余后对比参考基因组最终获得8 556条Unigenes。通过与NR、Swiss-Prot、KEGG、KOG、eggNOG、GO和Pfam数据库比对,对Unigenes进行注释,其中NR数据库注释了8 544条Unigenes; Swiss-Prot数据库注释了...  相似文献   

10.
为了探究过表达H3K9me3的组蛋白去甲基化酶4(KDM4)家族基因对猪克隆胚胎体外发育效率的影响,试验采用pc-KDM4A~D质粒构建、酶切鉴定、细胞转染、定量PCR扩增及体外转录等方法制备过表达KDM4A~D的猪胎儿成纤维细胞和KDM4A~D mRNAs,通过体细胞核移植和显微注射的方式制备过表达KDM4A~D的猪克隆胚胎。将供体细胞过表达KDM4A~D的猪克隆胚胎分为1个对照组和5个试验组,分别为pcDNA3.1(+)组、pc-KDM4A组、pc-KDM4B组、pc-KDM4C组、pc-KDM4D组及4质粒组;将注射KDM4A~D mRNA的猪克隆胚胎分为1个对照组和5个试验组,分别为H2O组、KDM4A组、KDM4B组、KDM4C组、KDM4D组及4mRNA组。统计各组的卵裂数、囊胚数和囊胚细胞数;利用免疫荧光检测4质粒组和4mRNA组4-细胞期猪克隆胚胎中H3K9me3的表达水平。结果表明:pc-KDM4A~D质粒构建成功,质粒转染的猪胎儿成纤维细胞可过表达KDM4A~D和降低细胞内H3K9me3水平。与pcDNA3.1(+)组比较,4质粒组可显著提高猪...  相似文献   

11.
《中国兽医学报》2017,(4):671-675
为了系统了解斯氏副柔线虫的转录组特征并构建其转录组图谱,以不同发育阶段的斯氏副柔线虫为研究对象,应用Illumina Nextseq 500高通量测序技术平台对其进行转录组测序及生物信息学分析,结果每个样本均得到3GB的原始数据,经质量控制和拼接组装后,共获得128 454个Unigene,序列片段的平均长度与N50值分别为634和1 037bp;将Unigenes与COG,Nr,Trembl等数据库进行比对,结果表明有35 324个Unigene比对到COG数据库,根据蛋白种类大致分为25类;通过GO功能分类,5 227个Unigene映射到GO不同的功能节点上;通过KEGG pathways分析,共有13 424个Unigene参与了8 155个代谢通路。该研究结果为斯氏副柔线虫病的基础理论、诊断方法及防治研究奠定基础。  相似文献   

12.
基于转录组测序生物信息学分析的研究进展   总被引:1,自引:0,他引:1  
随着DNA双螺旋结构的发现,基因组研究开始进行,中心法则也成为了研究生命科学的核心。这对近年来分子生物学及检测技术的迅猛发展提供了良好的开端,随之而来的是基因测序研究成为了生物学上一个新的热点话题。虽然通过转录组测序可以获得海量基因数据,但是数据的深入探索还需要进一步研究,而这些深入的挖掘,需要生物信息学分析手段,从而建立了多组学,通过对其进行不断完善,使得现代生物科学形成了一个完整的系统。这使得生物基因学的研究可以成为一个逐层的分析,将通过整合分析出的信息数据来描述生命活动。因此,功能基因组的研究已经成为了动植物基因组研究的重要方向,特别是对转录组的研究尤为重要。作者通过对转录组学的时代背景、转录组研究的复杂性、DNA测序技术的发展史以及转录组学研究方法进行归纳,简述了转录组学的发展历程,并对转录组研究内容做了一个简单系统的介绍,为更加深入地了解转录组测序奠定了基础。  相似文献   

13.
随着DNA双螺旋结构的发现,基因组研究开始进行,中心法则也成为了研究生命科学的核心。这对近年来分子生物学及检测技术的迅猛发展提供了良好的开端,随之而来的是基因测序研究成为了生物学上一个新的热点话题。虽然通过转录组测序可以获得海量基因数据,但是数据的深入探索还需要进一步研究,而这些深入的挖掘,需要生物信息学分析手段,从而建立了多组学,通过对其进行不断完善,使得现代生物科学形成了一个完整的系统。这使得生物基因学的研究可以成为一个逐层的分析,将通过整合分析出的信息数据来描述生命活动。因此,功能基因组的研究已经成为了动植物基因组研究的重要方向,特别是对转录组的研究尤为重要。作者通过对转录组学的时代背景、转录组研究的复杂性、DNA测序技术的发展史以及转录组学研究方法进行归纳,简述了转录组学的发展历程,并对转录组研究内容做了一个简单系统的介绍,为更加深入地了解转录组测序奠定了基础。  相似文献   

14.
本研究通过分析不同光色条件下京海黄鸡卵巢转录表达谱,筛选出与光色影响卵泡发育的相关基因。选择红光(660 nm)和白光(400~760 nm)条件下300日龄京海黄鸡各3只,采集卵巢组织,利用高通量测序,构建红光和白光条件下京海黄鸡的卵巢基因表达谱并进行分析。将测序获得的结果与数据库进行比对,获得40.79G高质量数据,与参考基因组比对率在93.01%以上。利用DESeq软件分析显示,与白光组相比,获得416个DEGs,其中上调和下调的分别279个和137个。GO分析显示DEG显著富集在生物控制类别、细胞过程类别、细胞类别和结合功能类别亚类中所占比例最高。KEGG分析显示,DEG显著富集到GnRH信号通路、Wnt信号通路、钙离子信号通路、细胞粘黏分子通路、细胞因子与细胞因子受体相互作用通路等信号通路。利用qRT-PCR对随机挑选的8个差异基因进行验证,结果与测序结果一致。通过构建PPI蛋白互作网络关系,进一步筛选出FGF7、IGFBP1、PRL、PTK2B和POMC 5个与卵泡发育相关的候选基因,为进一步阐明红光影响京海黄鸡产蛋性能的分子作用机制提供了重要基础。  相似文献   

15.
【目的】研究miR-449b对绵羊早期胚胎发育的影响。【方法】采用Percoll密度梯度离心法获得纯化绵羊精子,将绵羊卵丘-卵母细胞复合体(COCs)在培养箱中培养16~18 h获得成熟卵母细胞,从1月龄纯种萨福克绵羊耳组织分离成纤维细胞,通过实时荧光定量PCR比较绵羊精子、成熟卵母细胞与成纤维细胞中miR-449b的相对表达量;给成熟卵母细胞分别显微注射0.9%生理盐水(Con组)、miR-449b模拟物对照(NC mimic)与miR-449b模拟物(miR-449b mimic),注射后进行孤雌激活,分别于激活的第2、7天统计胚胎卵裂率与囊胚率;将成熟卵母细胞进行体外受精(IVF),收集IVF、Con、NC mimic与miR-449b mimic组2-细胞胚胎,采用免疫荧光法比较组蛋白H3K9me3的变化。【结果】miR-449b在精子中的表达显著高于成熟卵母细胞和成纤维细胞(P<0.05);与Con组相比,miR-449b mimic和NC mimic组胚胎的卵裂率均显著降低(P<0.05),NC mimic组胚胎卵裂率显著低于miR-449b mimic组(P&...  相似文献   

16.
为了探究近交对繁殖效应的影响,本研究以国家级地方鸡种基因库保存的狼山鸡为素材,结合分子标记和系谱信息,组建高、低近交两个试验组,记录高、低近交组的繁殖性能数据。选取高、低近交组中正常个体各3只,采取卵巢组织进行RNA-seq测序,并对差异基因进行功能注释。结果在高、低近交组中共获得差异转录本1 114个,其中783个基因获得注释,307个上调,476个下调。GO和KEGG分析表明,差异基因主要富集在核糖体的生物合成、炎性反应、繁殖、生长、免疫系统过程、代谢过程等生物学过程,Pathway显著富集在叶酸的生物合成、卵母细胞成熟和代谢等生物学通路。功能分析发现,筛选出的差异基因(如GGH、CPEB1、GNMT和PIWIL等)与繁殖功能相关。此外,还包括一些与应激和免疫相关的基因(如APOC3、HSP70、CD38和LGMN等)。研究结果有助于了解狼山鸡繁殖性状近交衰退相关的基因及其调控机制,为家禽特定性状近交衰退分子机理提供参考。  相似文献   

17.
周玲芳  尚骁尧  张铁军  晁跃辉 《草地学报》2021,29(10):2158-2168
为探究蒺藜苜蓿(Medicago truncatula)叶片衰老过程中相关基因的分子机制及代谢通路,本研究以其成熟叶片和衰老初期、中期、末期叶片为研究对象。通过转录组测序,比较4个发育阶段样品之间的转录组差异。结果表明,与成熟叶片相比,共筛选出2 990个差异表达基因(DEGs),在所有衰老样本中表达水平均发生显著变化,其中有2 684条(89.77%)可进行基因功能注释;同时利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)结果证实了转录组测序的可靠性。进一步分析发现,DEGs涉及高等植物转录因子33个家族,包括ERF、WRKY、bHLH、MYB、NAC和bZIP。此外,还发现了837个与叶片衰老相关的基因。本研究发现了蒺藜苜蓿叶片衰老过程中大量差异表达的基因,为进一步分析蒺藜苜蓿叶片发育和衰老的调控机制提供参考。  相似文献   

18.
19.
[目的]探究随着绵羊体内胎儿的发育,母体卵巢转录组表达水平的变化。[方法]试验绵羊为苏格兰黑面羊和特克赛尔羊F1代杂交品种,3个妊娠时间分别为妊娠23 d、妊娠35 d和妊娠100 d。从NCBI的高通量测序数据SRA存储库下载3个妊娠时期绵羊卵巢转录组的18个样本数据。使用Z-Score方法对转录组数据进行标准化处理。将妊娠23 d、妊娠35 d的绵羊卵巢组织进行比对,妊娠35 d、妊娠100 d的绵羊卵巢组织进行比对,使用R语言的limma包进行基因差异表达分析,筛选DEGs,以P-Value<0.05和|logFC|≥2作为筛选DEGs条件。利用DAVID在线软件对DEGs进行注释及功能富集分析,并以P-Value<0.05作为信号通路显著富集标志。[结果]在妊娠23 d与妊娠35 d组绵羊卵巢中筛选出54个DEGs,妊娠35 d与妊娠100 d组绵羊卵巢中筛选出68个DEGs,两组均包含HSP90AA1、HSP90AB1、MMP2和HSP90B1基因。妊娠23 d与35 d组绵羊卵巢的54个DEGs显著富集到包括内质网蛋白质加工信号通路、核糖体信号通路、雌激素信号通路、癌症蛋白聚糖信号通路、扩张型心肌病信号通路、肥厚型心肌病信号通路6条通路;妊娠35 d、妊娠100 d组绵羊卵巢的68个DEGs显著富集到包括癌症相关信号通路、黏着斑信号通路、抗原加工与提呈信号通路、细胞外基质受体相互作用信号通路、细菌侵袭上皮细胞信号通路、内质网蛋白质加工信号通路、核糖体信号通路、雌激素信号通路、PI3K-Akt信号通路、癌症蛋白聚糖信号通路和前列腺癌信号通路11条通路。[结论]在妊娠期间雌激素信号通路上的HSP90AA1、HSP90AB1、MMP2和HSP90B1基因表达有很大变化,这些基因可能对绵羊妊娠维持有着重要的作用。  相似文献   

20.
本研究旨在利用RNA测序(RNA-Seq)方法探究饲粮维生素E(VE)调控山羊皮下脂肪中脂肪酸代谢机理。试验选取40只健康的初始平均体重[(16.39±0.59) kg,P>0.05)]相近的灵丘青背山羊断奶公羔,随机分为4组,每组10个重复。各组VE(DL-α-生育酚乙酸酯)的添加水平分别为0(CON组)、100(VE100组)、250(VE250组)和500 IU/(只·d)(VE500组)。预试期10 d,正试期92 d。结果表明:1)饲粮中添加VE对山羊生长性能无显著影响(P>0.05)。2)与CON组相比,饲粮中添加VE显著提高了山羊皮下脂肪组织中VE含量(P<0.05)。3)与CON组相比,VE500组皮下脂肪组织中总饱和脂肪酸(SFA)含量显著减少(P<0.05),总单不饱和脂肪酸(MUFA)含量显著升高(P<0.05)。4)在CON组和VE500组中共筛选出866个差异表达基因(DEGs),包括429个上调基因和437个下调基因。GO功能分析表明,DEG...  相似文献   

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