甘肃马鹿MyoG基因5'UTR单核苷酸多态性检测及其序列变异分析

为了初步探索肌细胞生成素(MyoG)基因在鹿科动物上的遗传多态性,试验采集56头甘肃马鹿的血液样品,采用PCR-SSCP和克隆测序的方法对MyoG基因(GenBank登录号:FJ746497)5'UTR部分序列进行了单核苷酸多态性(SNPs)检测及序列变异分析.结果表明:①引物P1的PCR扩增片段存在多态性,经克隆测序分析,在5'UTR-237 bp处存在G→A的转换变异,该位点表现为AA、AB和BB 3种基因型,由A和B 2个等位基因控制;对基因型,等位基因频率及群体遗传多态性分析结果发现,AA基因型频率最高,A基因为优势等位基因,该位点多态信息含量(PIC=0.194)为低度多态(PIC<0.25);经TFSEARCH 1.3分析软件预测发现,该变异可能减少了1个Sp1转录因子.②引物2的PCR扩增片段检测到1个SNP多态位点(-46 bp,G→A),表现为CC、CD和DD 3种基因型,基因型频率分布为CC>CD>DD,该位点多态信息含量(PIC=0.266)为中度多态(0.25相似文献   

广西巴马小型猪MyoG基因克隆及外显子3多态性分析

为了解RT-PCR扩增广西巴马小型猪肌细胞生成素(MyoG)cDNA序列,并分析与其他物种间的聚类关系,试验采用PCR-SSCP技术分析广西巴马小型猪、长白猪、杜洛克猪、大约克猪MyoG基因外显子3多态性,根据GenBank中已发表的猪MyoG基因序列设计PCR引物,以广西巴马小型猪肌肉组织总RNA为模板进行RT-PCR,所得目的片段经纯化、克隆、鉴定和测序;从4个猪种的耳组织中分别提取30个个体的基因组DNA,采用PCR的方法扩增出外显子3并进行SSCP分析。结果表明:克隆得到广西巴马小型猪MyoG基因编码区长675 bp,与四川野猪、人、奶牛、小鼠同源序列相似性分别为99.7%、93.8%、91.7%、90.5%,且不同物种间保守性较强;与四川野猪相比,克隆得到的广西巴马小型猪MyoG cDNA序列在第233位点及第642位点上发生基因突变;广西巴马小型猪MyoG基因的基因型只有AA型,而长白猪、杜洛克猪、大约克猪MyoG基因的基因型只有AB型,各群体内无多态性。     

MyoG和A-FABP基因多态性与鹅肉品质性状的相关性研究

为了检测MyoG基因和A-FABP基因单核苷酸多态性(SNP)与鹅肉品质性状的相关性,以太湖鹅为研究对象,测定肌内脂肪含量和相关组织学指标特性,利用PCR-SSCP和测序技术研究MyoG基因外显子1和A-FABP基因内含子2 SNPs,并进行相关分析.研究结果表明:(1) MyoG基因外显子1扩增序列大小为420 bp...     

MyoG和A—FABP基因多态性与鹅肉品质性状的相关性研究

为了检测MyoG基因和A-FABP基因单核苷酸多态性（SNP）与鹅肉品质性状的相关性,以太湖鹅为研究对象,测定肌内脂肪含量和相关组织学指标特性,利用PCR—SSCP和测序技术研究MyoG基因外显子1和A—FABP基因内含子2SNPs,并进行相关分析。研究结果表明：（1）MyoG基因外显子1扩增序列大小为420bp,共有1个突变,突变位点在64bp处,为C—T突变,不同基因型之间肌纤维密度、直径差异显著（P〈0．05）;（2）A—FABP基因扩增序列大小为482bp,共发现3个突变位点,在第187bp处发生C—T突变,在第235bp处发生C—A突变,在第372bp处发生A—C突变;（3）A—FABP基因内含子2扩增产物经SSCP分析后发现两种基因型,不同基因型之间脂肪含量有一定差异。比对发现其与家鸭同源性达91％,与家鸡的同源性为85％。本研究结果为进一步分析MyoG和A—FABP基因的遗传变异及其与肉质性状的相关性以及将该分子标记应用于育种计划奠定一定的理论基础。     

阳原驴MSTN基因5′UTR多态性分析

为探究MSTN基因5′UTR多态性及其对阳原驴体尺指标(体高、体长、胸围)的影响,试验测量了舍饲的70头2岁以上阳原驴的体尺指标,用PCR-SSCP技术进行MSTN基因5′UTR多态位点检测,并对不同基因型个体的体尺性状进行差异分析。结果表明：阳原驴MSTN基因5′UTR存在g.229T>C突变,产生TT、CC和TC三种基因型,不同基因型个体之间的体高、体长差异不显著(P>0.05),而CC基因型个体胸围显著大于其他两个基因型(P<0.05)。说明第229位点可以作为阳原驴选择育种的候选标记。     

贵州白山羊MyoG基因启动子区序列克隆及生物信息学分析

【目的】本研究旨在解析肌细胞生成素(MyoG)基因启动子区序列的结构特性及其转录调控机制。【方法】以贵州白山羊血液基因组DNA为模板,设计2对引物,采用PCR扩增、Sanger测序技术获得MyoG基因启动子区序列,通过DNAStar和Mega 5.0软件分别进行不同物种MyoG基因启动子区序列相似性比对及系统进化树构建,利用生物信息学软件预测分析该序列核心启动子区、转录因子结合位点、顺式作用元件、CpG岛等结构特征。【结果】贵州白山羊MyoG基因启动子区序列长2 334 bp,包括2 092 bp的5′-侧翼序列和242 bp的外显子1,GC含量略低于AT含量。通过不同物种比对分析,贵州白山羊MyoG基因启动子区序列与绵羊、牛、猪、人、小鼠和鸡同源序列相似性分别为98.34%、96.15%、77.76%、74.15%、57.63%和43.04%。系统进化树结果表明,贵州白山羊与绵羊和牛的亲缘关系较近,与鸡的亲缘关系最远。生物信息学结构预测发现,贵州白山羊MyoG基因转录起始位点位于翻译起始密码子ATG上游50 bp, 5′-侧翼区存在1个潜在的启动子区域和1个CpG岛,含有1个TATA...     

鹅IGF-Ⅰ基因5′调控区单核苷酸多态性分析

以皖西白鹅和朗德鹅为素材,设计引物对鹅的IGF-Ⅰ基因5′端非编码区序列克隆测序,运用PCR-SSCP方法检测IGF-Ⅰ基因5′调控区的单核苷酸多态性。检测发现该区域存在4个SNP位点,分别是：A-26T、A-215G、A-314G、A-325T。     

7个品种鸭MSTN基因5’-调控区单核苷酸多态性研究

为了研究肌肉生长抑制素(MSTN)基因在鸭群体中的遗传变异情况,试验以莆田黑鸭、连城白鸭、绍兴鸭、攸县麻鸭、建昌鸭、高邮鸭及北京鸭为材料,采用连接酶检测反应(LDR)的方法对MSTN基因5’-调控区第1 024位点单核苷酸多态性(SNP)进行基因分析,并统计该位点在群体中的基因型频率、等位基因频率和Hardy-Weinberg平衡情况。结果表明:在7个品种鸭中,检测MSTN基因第1 024位点均含CC、CG和GG 3种基因型。在连城白鸭、攸县麻鸭和高邮鸭中,CC基因型占优势,且以连城白鸭最高(0.72);在高邮鸭和建昌鸭中,CG基因型占优势;在北京鸭中,GG基因型占优势;在绍兴鸭中,CC基因型、CG基因型出现的频率相同。建昌鸭和北京鸭等位基因G的频率高于等位基因C的频率,其他品种鸭均为等位基因C的频率大于等位基因G的频率。莆田黑鸭、连城白鸭、绍兴鸭、攸县麻鸭、北京鸭和高邮鸭MSTN基因在第1 024位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),仅有建昌鸭不符合Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.05)。     

不同品种牛MyoG基因Exon 1多态性比较分析

为探讨地方肉牛品种MyoG基因的多态性,本试验以草原红牛和延边黄牛为研究对象,以红安格斯×西杂和利木赞×西杂2个二元杂交群体为对照,采用PCR-SSCP和DNA测序技术对牛MyoG基因Exon 1进行多态性检测。PCR-SSCP结果显示上述牛群中主要存在AA和AB两种基因型,BB纯合型极为稀少。测序结果显示该基因型在cDNA的42位和53位分别有T→C和G→A突变,且cDNA的53位G→A突变导致MyoG蛋白18bp的亮氨酸变成了脯氨酸。分析显示草原红牛和延边红牛在53bp处均处于哈代-温伯格平衡状态(P≥0.05),而对照组处于哈代-温伯格不平衡状态,提示草原红牛和延边黄牛相对较弱的选择压力。PIC分析结果显示4个群体牛该基因座位均含有中等多态信息含量,说明尚有选择提升的空间。最小二乘法分析表明,草原红牛中AA基因型个体的体高、体斜长和十字部高均显著高于BB基因型个体(P0.05)。综合以上研究结果说明草原红牛和延边黄牛与国外品种比较处于较低改良阶段,且仍有进一步提升的空间。     

牛Ankrd2基因启动子遗传多态性及启动效率分析

采用限制性片段长度多态性聚合酶链反应(PCR-RFLP)技术,检测462头中国西门塔尔牛Ankrd2基因启动子区域的单核苷酸多态(single nucleotide polymorphisms,SNPs)位点,分析了SNP位点与牛肉质和胴体性状的关联性,利用生物信息学网站和软件对启动子序列进行预测分析;另一方面,采用点突变构建含有SNP位点不同基因型的双荧光素酶报告基因载体,分别瞬时转染293T细胞和牛胎儿成纤维细胞,测定荧光素酶的相对活性并进行统计学分析。结果显示:牛Ankrd2基因启动子区域(-2101～+436 bp)中存在1个SNP位点:g.-171G>T,该位点在检测的牛群体中仅存在2种基因型:GG和GT,其中G为优势基因,且该位点对牛肺和气管重影响达到显著水平(P<0.05),当G突变为T时,启动子序列减少2个ZF5转录因子结合位点,增加了1个FACB转录因子结合位点,pGL4-Ankrd2-TT启动子启动效率极显著低于野生型载体pGL4-Ankrd2-GG(P<0.01)。结果表明,在中国西门塔尔牛群体Ankrd2基因启动子区存在g.-171G>T,位点与牛胴体性状存在相关性,且该位点可能通过改变转录因子结合位点,从而影响基因的启动子转录活性。     

利用DNA池对3个山羊品种CXCL10基因多态性的研究

为了研究3个山羊品种(黔北麻羊、内蒙古绒山羊、关东奶山羊)CXCL10基因多态性,试验采用构建DNA池并直接对其测序的方法进行分析。结果表明:快速筛查到2个与繁殖性能相关的单核苷酸多态性(T-131-C,G-661-A)。进一步利用测序图中的SNP等位基因峰高的比值估算各山羊品种等位基因的频率。     

山羊MyoG基因内含子Ⅱ变异及其在体质量上的遗传效应分析

旨在研究M yoG基因内含子Ⅱ多态性与波尔山羊及其级进杂交后代部分生长性状的关系.以纯种波尔山羊及波尔山羊与唐山奶山羊级进杂交一代(F1)、二代(F2)和三代(F3)为研究对象,采用测序和PCR-RFLP方法对山羊MyoG基因遗传多态性进行分析,并研究基因型对初生体质量、1月龄体质量和断奶体质量的影响.结果在MyoG基因内含子Ⅱ的1 823 bp处(依据序列号:FJ607135)发现了1个SNP(C→T),且存在3种基因型(AA、AB和BB),这3种基因型在波尔山羊和波唐级进杂交后代4个群体中的分布基本一致,B等位基因为优势等位基因.通过对有效等位基因数(Ne)、群体杂合度(H)、Shannon's信息指数(Ⅰ)和多态信息含量(PIC)等群体遗传参数的计算,发现此SNP是1个中、低多态位点.最小二乘分析结果表明,AA基因型与其它2种基因型比较有较小的初生体质量且达到显著水平(P＜0.05),而对于1月龄体质量和断奶体质量,3种基因型间虽未达显著水平(P＞0.05),但具AA基因型个体的表型值明显低于具其它2种基因型个体的表型值,AA、AB和BB 3种基因型在这3个生长性状的大小排列顺序均为BB＞ AB＞ AA.推测MyoG基因对山羊生长性状存在一定影响,提示选择带有B等位基因的个体有望提高山羊体质量相关的生长性状.     

甘肃马鹿血液蛋白多态性及其与产茸量关系的研究

采用垂直板聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,分析了66头甘肃马鹿的8个血液蛋白位点的基因频率、基因型频率和群体遗传变异指标,建立了产茸量与多态位点之间的线性相关模型.结果表明:甘肃马鹿各蛋白位点中,Tf、Hb、Alb、Pa、Prt1、Prt2、血清ES分别有3、1、1、2、2、2和3种基因型.未检测到红细胞ES;Tf和Prt2的基因型频率偏离Hardy-Wein-berg平衡;Tf的变异程度最大(杂合度为0.586 3),杂合度的大小顺序为Tf>Prt2>ES>Pa>Prt1>Hb=Alb.群体的平均杂合度为0.350 5;各多态住点中仅有Prt1与产茸量之间存在显著正相关(P<0.05),而且Prt1的AA型产茸量明显高于其他各位点基因型.由此可见,Prt1位点的AA型可用来标记甘肃马鹿的品种特征.     

鸭催乳素基因内含子1单核苷酸多态性分析

研究通过PCR-SSCP和测序的方法检测我国8个地方鸭种共476个个体的PRL基因内含子1的单核苷酸多态性,分析不同群体的等位基因频率和基因型频率并对其遗传特性进行统计分析。结果表明:所检测的8个地方鸭种均呈现多态,比较测序结果发现,多态性是由位于PRL基因内含子1一个核苷酸碱基由A到C的突变造成的。除连城白鸭以外,其他各群体中等位基因A为优势等位基因。除连城白鸭和绍兴鸭外,其他各群体在该位点的基因频率均处于Hardy-Weinberg平衡(P0.05)。     

绵羊MyoG基因外显子1的多态性及其与肉质性状的关联分析

肌细胞生成素（myogenin,MyoG）基因在肌细胞分化过程中起着中心调节作用,直接影响着动物的产肉能力。本研究以大尾寒羊、小尾寒羊、豫西脂尾羊、兰州大尾羊、蒙古羊、同羊6个绵羊品种为试验材料,利用非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测MyoG基因外显子1的多态性,并与绵羊的肉质性状进行关联分析,探讨MyoG基因外显子1对绵羊肉质性状的影响。结果表明,MyoG基因外显子1在6个绵羊群体中均检测到3种基因型（AA、BB、AB）和2个等位基因（A、B）,在小尾寒羊、大尾寒羊、豫西脂尾羊、兰州大尾羊、蒙古羊、同羊群体中检测到MyoG基因外显子1的A等位基因频率分别为：0.5167、0.2500、0.4375、0.6500、0.5750和0.7125,MyoG基因外显子1的B等位基因频率分别为：0.4833、0.7500、0.5625、0.3500、0.4250和0.2875。MyoG基因外显子1主要对羊肉的水分和色泽有影响,主要表现为BB基因型水分极显著高于AB基因型（P< 0.01）,显著高于AA基因型（P< 0.05）;AB基因型的色泽极显著高于BB基因型（P< 0.01）,显著高于AA基因型（P< 0.05）。     

中国红牛苹果酸酶(ME1)基因3′UTR的克隆及多态性分析

试验鉴定了牛苹果酸酶(ME1)基因3′UTR的选择性转录及单核苷酸多态性(SNPs),并对其与中国红牛肉质性状和胴体性状的相关性进行了分析。试验克隆了ME1基因3′UTR的2个转录体(片段大小不同)。ME1-DraI酶切分析结果发现3′UTR存在1个SNP,且该位点与中国红牛蒸煮损失、pH24h、眼肌面积显著相关(P<0.05)。因此,该位点可作为中国红牛肉质性状和胴体性状的分子标记辅助常规育种位点。     

鹅IGF-Ⅰ基因5'调控区单核苷酸多态性分析

以皖西白鹅和朗德鹅为素材,设计引物对鹅的IGF-Ⅰ基因5'端非编码区序列克隆测序,运用PCR-SSCP方法检测IGF-Ⅰ基因5'调控区的单核苷酸多态性.检测发现该区域存在4个SNP位点,分别是:A-26T、A-215G、A-314G、A-325T.     

鸡Nramp1基因第9外显子的单核苷酸序列多态性分析

以文昌鸡、安卡鸡及藏鸡为试验动物,利用PCR-SSCP方法检测Nramp1基因部分区域的单核苷酸多态性(SNP)。结果发现,该区域存在2个突变,分别为C315G、C357T;共出现4种基因型,分别为GG、GT、TT及AA型,在文昌鸡和藏鸡群体内,T为优势等位基因,而安卡鸡中G为优势等位基因。3个群体该座位均处于哈代-温伯格平衡(PO.05),且3个群体间基因型分布无显著差异(P0.05)。     

鹅Myostatin基因单核苷酸多态性检测及群体遗传分析

肌肉生长抑制素是TGF-β超家族的新成员，其主要在骨骼肌中特异性表达，且对骨骼肌的生长发育起负调控作用。本研究采用PCR-SSCP和DNA测序的方法检测了鹅Myostatin基因的单核苷酸多态性，并对浙东白鹅、五龙鹅、扬州鹅、朗德鹅、莱茵鹅、豁眼鹅、吉林农大白鹅、狮头鹅、皖西白鹅、籽鹅等不同品种（系）鹅单核苷酸多态性进行了群体遗传分析。结果表明：（1）在检验的12对Myostatin基因的引物中，发现3对引物的扩增片段具有多态性，分别为启动子区域T769G、C543T的突变，内含子1的A1632G突变。（2）不同鹅品种（系）群体遗传学分析表明，启动子区域引物P3扩增片段多态性位点在各群体中等位基因A的频率均高于B，且等位基因频率均高于0．77，表现为优势等位基因；引物P4扩增片段多态性位点在扬州鹅、朗德鹅、狮头鹅群体中等位基因D的频率均高于C的频率，等位基因D的频率分别为0．6250、0．5488、0．6474，而在其余群体中均表现为等位基因C的频率高于D的频率。     

中国美利奴羊DLX3基因3′UTR的多态性及其与羊毛品质性状的关联分析

为探讨DLX3基因的多态性与绵羊羊毛品质及生长性状的关系,本研究以5个品系的中国美利奴羊(新疆军垦型)为试验材料,采用PCR-RFLP方法开展了DLX3基因3′UTR区4个SNPs的多态性检测。通过卡方检验分析了4个SNPs在各品系绵羊中的等位基因频率,采用连锁不平衡分析构建了这4个SNPs的单倍型,最后将单位点和单倍型分别与绵羊羊毛品质和生长性状进行关联分析。结果表明:4个SNPs在5个品系间的等位基因频率均存在极显著差异(P<0.01);超细毛绵羊品系与其他4个品系间的基因型分布均存在极显著差异(P<0.01),2个多胎品系与其他3个品系间的基因型分布同样存在极显著差异(P<0.01);相关分析显示,这4个SNPs及其单倍型均对羊毛卷曲度有显著影响(P<0.05),而对其他羊毛性状及生长性状无显著影响(P>0.05)。由此可见,中国美利奴羊(新疆军垦型)DLX3基因3′UTR区的多态性与绵羊毛发卷曲度性状显著相关,可以尝试使用这些SNPs开展高品质细毛羊的分子标记辅助选择。