利用16S rRNA序列鉴定分离自开菲尔粒的一株乳杆菌

对菌株H13的16S rRNA序列进行克隆和测序,并以此为基础构建菌株H13的系统发育树,对菌株H13进行鉴定。应用PCR技术,扩增H13菌株的16S rRNA基因,将其与pEASY-T载体相连接,用Sanger双脱氧链终止法测定序列并将16S rRNA序列与GenBank所选择的同属及非同属的菌进行同源性比较。结果表明：H13菌株16S rRNA基因序列同源性与乳杆菌属10株菌均在89%以上,与所选的植物乳杆菌和类植物乳杆菌的同源性高达99.5%和99.2%,与其他8株乳杆菌属菌株的同源性都小于97%,可进一步确定其为植物乳杆菌或类植物乳杆菌。系统发育进化树结果表明,H13与植物乳杆菌的同源性最为接近。H13最终鉴定为植物乳杆菌,该菌株现在已被中国微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心收录保存,编号为CGMCC 1357。     

类开菲尔粒的发酵特性及强产酸乳酸菌的分离鉴定

株ZX1-3和ZX5-5具有一定的耐酸性,预示着菌株在乳制品发酵及饲料青贮中有潜在的开发前景.     

开菲尔粒中一株醋酸菌的分离鉴定

[目的]从开菲尔粒中分离并鉴定醋酸菌,为研究醋酸菌在开菲尔饮品发酵及开菲尔粒形成机理提供理论及技术基础。[方法]将开菲尔粒粉碎后制备成不同稀释浓度的菌悬液,涂布于筛选培养基上,37℃条件下培养7d,挑选单菌落进行形态观察、生理生化试验,并扩增其16SrRNA基因,测序鉴定。[结果]筛选到一株醋酸菌——KAB7。[结论]根据该菌形态观察、生理生化试验结果以及16SrRNA测序比对,鉴定为巴氏醋杆菌巴氏亚种。     

泡菜中一株植物乳杆菌的分离筛选及鉴定

泡菜是中国传统的一种发酵蔬菜制品.泡菜的制作是利用食盐的高渗透压作用,以乳酸菌发酵为主,分解蛋白质的微生物发酵为辅的冷加工方法.     

一株植物乳杆菌的分离鉴定及特性研究

从泡菜中富集培养分离到12株乳酸菌,经测定发酵液pH值筛选到一株产酸性能较好的菌株PS-9,结合菌落形态特征、生理生化特性及菌株特异性序列分析等手段,确定其分类归属,并对其特性进行了研究。结果表明PS-9为植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum),菌株PS-9在pH值2.0环境中的存活率为85.2%,0.4%胆盐浓度环境中存活率为37.2%,对鸡大肠杆菌O78和金黄色葡萄球菌C56011的抑菌圈直径均超过18 mm。     

传统肉制品中一株植物乳杆菌的分离筛选及鉴定

从传统发酵酸肉中分离出一株乳酸杆菌(XC10001),利用API鉴定系统、16S rDNA同源性分析以及recA基因多重PCR特异性扩增3个方法对该菌株进行鉴定,API鉴定结果和16S rDNA同源性分析结果都表明该菌株同植物乳杆菌的同源性最高;多重PCR扩增后发现一条约300 bp的recA基因特异扩增片段,对该片段测序后发现同植物乳杆菌ATCC14917序列完全相同,因此将该菌确定为植物乳杆菌.菌株XC10001的16S rDNA序列的国际基因序列注册号为HM446157.     

开菲尔粒中发酵优势菌混合发酵生产开菲尔饮品的研究

[目的]考察各菌株对酸乳各项发酵指标的影响,为开发稳定的开菲尔饮品生产工艺提供理论基础。[方法]采用从开菲尔粒中筛选获得的6株优势菌进行单菌及混合发酵,以1×104个/ml的接种量,分别接种单菌或多种菌以等比例混合至新鲜牛奶中,30℃培养30 h后于4℃储存10 h,测定各项发酵指标。[结果]利用2种菌混合发酵过程中,高加索乳杆菌与德氏乳杆菌混合发酵所得的酸乳风味最佳,高加索乳杆菌与肠膜明串珠菌混合发酵和肠膜明串珠菌与克鲁维酵母混合发酵的风味较好。3种菌混合发酵过程中,利用克鲁维酵母、乳酸乳球菌和肠膜明串珠菌混合发酵所得的酸乳风味最佳,利用假丝酵母、乳酸乳球菌和肠膜明串珠菌混合发酵以及利用克鲁维酵母、高加索乳杆菌和德氏乳杆菌进行发酵所得的酸乳风味较好。[结论]利用酵母菌和乳酸菌混合发酵能有效提高牛奶中脂肪的降解率,但是抑制发酵乳中芳香物质的产生。2种菌混合发酵条件下所得酸乳的乳酸含量及黏度显著高于3种菌混合发酵,这可能与菌的共生过程中各菌的生长、代谢之间的相互作用有关。     

利用16S rRNA快速鉴定双歧杆菌的研究

为了建立从生物制品和人粪便中快速分离鉴定双歧杆菌的方法,利用双歧杆菌16S rRNA特异性扩增引物,通过PCR技术对双歧杆菌制剂和人粪便中分离菌种进行快速鉴定;同时结合革兰氏染色、穿刺实验、糖发酵实验等技术对分离的双歧杆菌的生理生化等特征进行了研究。琼脂糖电泳结果表明,利用特异性扩增引物的扩增产物在1 500 bp处出现特异性条带,革兰氏染色、糖发酵试验等也验证了分离菌种为双歧杆菌。说明利用16S rRNA的PCR方法鉴定双歧杆菌具有快速、灵敏、操作简单等优点,可以直接将双歧杆菌快速鉴定到属。     

奶牛子宫内膜炎致病菌的16S rRNA序列鉴定

【目的】对奶牛产后子宫内膜炎致病菌进行16S rRNA序列鉴定。【方法】从产后子宫内膜炎患牛子宫分泌物中分离致病菌,通过细菌培养、纯化、分离、革兰氏染色和生化试验进行初步鉴定。选取代表性菌株11株,利用细菌通用引物,通过PCR方法,对其16S rRNA基因的核苷酸序列进行扩增,将扩增产物与pMD19-T载体连接构建克隆载体,经PCR和双酶切鉴定正确后测序,测序结果与GenBank中已注册菌株的16S rRNA基因序列进行比对。【结果】共分离到致病菌株60株,有代表性的11株细菌归类为:SD01为琼氏不动杆菌,SD02为粪肠球菌,SD03为金黄色葡萄球菌,SD04为中间葡萄球菌,SD05为溶血葡萄球菌,SD06为鲁菲不动杆菌,SD07为无乳链球菌,SD08为芽孢杆菌,SD09为枯草芽孢杆菌,SD10为大肠杆菌,SD11为假单胞杆菌。【结论】通过国际公认的16S rRNA序列鉴定技术,准确鉴定出引起奶牛子宫内膜炎的致病菌种类,为临床治疗该病提供了理论依据。     

基于12S rRNA和16S rRNA序列的龟鳖类系统进化特征研究

[目的]研究龟鳖类的系统进化关系,为龟鳖类资源的保护和合理开发利用提供理论依据.[方法]采用PCR扩增和测序的方法,获得小鳄龟(Chelydra serpentina)的12S rRNA和16S rRNA序列,分别结合NCBI中其他龟鳖的同源性序列进行比对分析;基于Kimura双参数模型计算龟鳖类种间、属间、科间的遗传距离;采用邻接(NJ)法、最大简约(MP)法和最大似然(ML)法构建分子系统进化树.[结果]经比对后得到394 bp的12S rRNA-致序列和544 bp的16SrRNA一致序列,二者合并得到938 bp的联合序列.其中,可变位点327个,序列总变异率为34.9%,简约信息位点222个,单变异多态位点105个.T、C、A、G的平均含量分别为23.6%、24.1%、33.5%和18.7%,A+T含量为57.1%,G+C含量为42.8%.在327个可变位点中,转换数为61,颠换数为24,转换/颠换比率(R)为2.54.拟水龟属间的遗传距离为0.021~0.060,平均为0.467;淡水龟科8属之间的遗传距离为0.022~0.110,平均为0.0724;曲颈龟亚目7科(除平胸龟属外)间的遗传距离为0.071~0.123,平均为0.105.分子系统进化树显示,木纹龟属首先和陆龟科聚在一起,然后再与淡水龟科汇聚;中华花龟、大头乌龟与拟水龟属的成员相互镶嵌,聚成一支;鳄龟科、海龟科、棱皮龟科聚为一支;动胸龟科独成一支.[结论]应将龟亚科、淡水龟亚科提升为龟科、淡水龟科,并将大头乌龟、中华花龟并入拟水龟属,而平胸龟应从鳄龟科中分离出来,独立自成平胸龟科.     

16S rRNA鉴定乳酸片球菌分离株

根据乳酸片球菌的16S rRNA基因序列,设计2条特异性引物,以PCR方法扩增从酸白菜中分离得到的具有抑制单核细胞增多症李氏杆菌作用的乳酸片球菌菌株的16S rRNA基因序列,经克隆和测序后,与以往发表的基因序列进行比较,同源性99%,从基因水平上进一步证明该菌株为乳酸片球菌。     

开菲尔粒中醋酸菌的分离鉴定

从开菲尔粒中分离出2株醋酸菌FJAT-13764和FJAT-13780.利用形态学观察、生理生化和16S rDNA方法对菌株进行分类鉴定.菌株FJAT-13764和FJAT-13780的菌体形态均为圆端直杆菌,单个或成对,无芽孢,其生理生化特征与醋杆菌属Acetobacter基本一致.经16S rDNA基因序列同源性比较和系统发育分析,鉴定菌株FJAT-13764为Acetobacter orientalis(东方醋酸菌),菌株FJAT-13780为Acetobacter syzygii.     

嗜盐菌HBCC-4的16S rRNA基因克隆与系统发育学分析

从盐田样品中分离到1株中度嗜盐菌HBCC-4,为革兰氏阴性,杆状.采用原核生物16S rRNA基因通用引物对分离纯化的HBCC-4进行16S rRNA基因扩增、克隆及序列分析.PCR扩增目的片段长约1.5 kb,测序后得到1条长度为1466 bp的核苷酸序列,并登陆GenBank(序列号:EU409294).利用Clustalx1.8、MEGA 4.0软件对其进行同源性比较和系统发育学分析,结果表明,HBCC-4与志贺氏菌属(Shigella)中的痢疾志贺氏菌Shigella dysenteriae FBD013T 亲缘关系最近,序列相似性为99%.     

一株芽孢杆菌16S rRNA的基因序列测定和系统进化分析

从河南黄河稻区土壤中分离出一株具有较强稻瘟病菌拮抗活性的芽孢杆菌菌株BS501,经过形态观察、生理生化特性检测和电镜技术,确定其为芽孢杆菌属细菌,为进一步确定其分类学地位,扩增了 BS501基因组的16S rDNA.并将测序结果提交GenBank数据库(登录号:FJ755787).利用BLAST软件将该序列与枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌等芽孢菌属细曲及大肠杆菌16S rDNA序列进行同源性比对.系统进化树表明,BS501与芽孢菌属细菌存进化关系上组成一个大的分支,与枯草芽孢杆菌最为接近,与大肠杆菌较远.同源性分析表明该序列与枯草芽孢杆菌PRE23同源性达99%,证实该菌株的分类学地位为枯草芽孢杆菌.     

产生伴胞晶体的芽胞杆菌CTC菌株的16S-23SrRNA间隔区分析

根据能形成伴胞晶体的特征，芽胞杆菌CTC菌株被鉴定为苏云金芽胞杆菌幕虫亚种。但该菌株明显不同于典型的苏云金芽胞杆菌，因为其伴胞晶体蛋白并不是由杀虫晶体蛋白基因编码，而是编码细胞表面S-层蛋白基因的产物，且伴胞晶体蛋白没有检测到对昆虫的毒性。本研究基于对CTC菌株及参照菌的16S-23S rRNA间隔区、编码S-层蛋白的基因进行扩增并测序，从系统发育水平检测到CTC菌株明显与苏云金芽胞杆菌幕虫亚种典型菌株T02存在差异，表明芽胞杆菌CTC菌株更接近蜡状芽胞杆菌。     

植物乳杆菌LP-7501S冻干保护剂优化研究

为探究从自然发酵泡菜中筛选出的1株有高效降解亚硝酸盐功能的植物乳杆菌LP-7501S的冷冻干燥保护工艺,以乳酸菌冻干存活率为指标,通过单因素试验筛选得到对LP-7501S具有较好保护效果的保护剂种类,再结合响应面优化试验确定LP-7501S最佳冷冻干燥保护剂配方.结果 表明:脱脂乳、山梨醇、蔗糖3种保护剂对LP-750...