一种叶片直接用作PCR扩增的新方法及其应用

以水稻为模式植物研究了利用碱处理叶片直接用作PCR扩增的模板,并应用于水稻品种种性和纯度鉴定以及分子标记辅助田间育种材料的选择中。该方法具有快速、简便、结果可信度高,重复性好,对待测植株的损伤小等特点,它无需高速冷冻离心机及相应的提取DNA的试剂,故试验成本低,检测所需的时间短。尤其是群体较大时,此种方法更是显得经济有效,利用此种方法在1 d内可检测300份样品。     

一种可用于PCR分析的水稻DNA简易提取法

 以水稻黄化苗为材料，用NaOH溶液抽提DNA，对其用于基于PCR技术的DNA标记中的效果进行了分析。结果发现，用0.5 mol/L NaOH对黄化苗进行直接处理，并用等量1 mol/L Tris-HCl进行稀释、中和，离心所得的上清液即可直接用于各种PCR扩增和随后的DNA标记鉴别，包括转基因PCR片段检测、微卫星标记多态性分析(琼脂糖电泳法或毛细管电泳法)，用这种方法提取的DNA可以在短期内保存，在PCR分析中其效果与用常规CTAB法提取的DNA相当。     

一种同时适用于水稻种子叶片的简单快速DNA提取方法

本文报道了一种同时适用于水稻种子和叶片的简单快速DNA提取方法。该方法通过简单的碾磨、加热、离心等步骤便能制备适合PCR的DNA模板。用该方法单人每小时可以提取48个样品的DNA模板。本研究用该方法提IRT132个水稻种子DNA样品及1096个不同生长阶段的水稻叶片DNA样品,用13对PCR引物进行扩增,种子DNA样品PCR扩增成功率为91．0％,3个不同时期取材的叶片DNA样品PCR扩增成功率均在97．0％以上。该方法提取的DNA也可以进行高分辨率熔解曲线分析。     

一种鉴定4种根结线虫的PCR方法

根结线虫(Meloidogyne spp.)是威胁全球农业生产的重要病原物,每年给农业生产造成巨大的经济损失.利用两对引物#C2F3/#1108和MI-F/MI-R建立了一种适用于4种根结线虫分子鉴定的技术.结果表明:引物#C2F3/#1108可将根结线虫分为南方根结线虫或爪哇根结线虫、花生根结线虫和北方根结线虫;引物MI-F/MIR可用于特异性区分南方根结线虫和爪哇根结线虫.     

一种用于水稻点突变检测的PCR引物设计方法

介绍了一种用于水稻点突变检测的PCR引物设计方法。利用该方法根据12个候选基因序列设计了12对引物,其中10对引物可以正常工作,能从基因组中扩增出特异性条带,合格率为83%,并且成功地在突变体中检测到点突变。这一方法不仅可以用于水稻,也可以用于其他动植物。同时,对引物设计过程中常见问题进行了讨论并给出了解决办法。     

一种高效便捷的水稻DNA提取法及其应用

 以水稻叶片、根和种子为材料,采用高通量快速法提取基因组DNA,用稻瘟病Pita基因分子标记进行检测,获得与预期片段大小一致的特异性条带,对165份育种材料的检测结果与稻瘟病接种鉴定一致。操作方法如下：将少量水稻叶片、根或种子放入 200 μL PCR盘中,加入70 μL 缓冲液A (含NaOH和Tween20),在PCR仪中加热到95℃,保持 10 min,再加入70 μL 缓冲液B (Tris HCl和EDTA),该提取液可以直接用于PCR扩增。该方法具有几个优点：1）成本低,仅用4种化学试剂,共140 μL 提取液;2）操作简便,仅需3步,每人每天可以提取上千份样品;3）仪器设备简单,只用常规的PCR仪;4）可直接提取干种子的DNA;5）DNA质量好,能检测出水稻中的抗稻瘟病单基因Pita,并且与稻瘟病接种鉴定结果一致;6）用量少,只需要 5~20 mg 叶片、20 mg 根或半粒籽粒。尤其是检测大量样本的基因型时, 此种方法更显得高效便捷。     

PCR一步法检测水稻蜡质基因第一内含子剪接供体+1位碱基

 报道了一种利用PCR快速检测水稻蜡质基因第一内含子剪接供体+1位碱基的方法，并用这种方法分析了一批广东籼稻材料。结果显示，该方法简便易行，结果可靠，可广泛用于育种筛选中的直链淀粉含量选择。     

利用聚合酶链式反应技术研究单粒古代稻谷(公元800年)离体DNA片段的扩增

 在东南亚地区已发掘出很多古代稻谷，如果能从这些古稻谷中把DNA提出加以分析，可以得到有关栽培稻的系统分化和地理传播方面的直接信息。古代稻种的基因型相当复杂，必须要能从单粒种子开始分析，方能得到有价值的资料。为此，我们进行了从单粒古稻谷中提取DNA的研究工作。本研究采用通常提取植物组织中DNA的方法，从在日本挖掘出的古代稻谷单粒种子中提取出了50-100 ng左右的DNA片段。以这些DNA作为模扳，用聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction，PCR)技术将DNA加以扩增．由其中几个DNA片段初步合成了相当于水稻光敏色素基因的DNA序列。     

分子标记在杂交水稻种子纯度鉴定中的应用

对杂交水稻种子纯度鉴定的蛋白质指纹鉴定法和DNA分子标记法的研究与应用作了介绍，讨论了各种方法的优缺点，并指出SSR技术将是最有潜力的杂交水稻种子纯度鉴定方法。     

利用聚合酶链式反应技术研究单粒古代稻谷(公元800年)离体DNA片段的扩增

在东南亚地区已发掘出很多古代稻谷,如果能从这些古稻谷中把DNA提出加以分析,可以得到有关栽培稻的系统分化和地理传播方面的直接信息。古代稻种的基因型相当复杂,必须要能从单粒种子开始分析,方能得到有价值的资料。为此,我们进行了从单粒古稻谷中提取DNA的研究工作。本研究采用通常提取植物组织中DNA的方法。从在日本挖掘出的古代稻谷单粒种子中提取出了50—100ng左右的DNA片段。以这些DNA作为模板,用聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction,PCR)技术将DNA加以扩增。由其中几个DNA片段初步合成了相当于水稻光敏色素基因的DNA序列。     

随机扩增多态性DNA（RAPD）及其在茶叶科学领域的应用

随机扩增多态性ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）是用于作物种质资源鉴定及育种的分子标记。近年发展非常迅速，应用范围很广。本文就茶叶科学的几个方面论述了ＲＡＰＤ标记在茶叶科学研究的应用及前景：（１）茶树品种遗传连锁图谱的绘制，（２）茶叶种质资源鉴定及分类；（３）茶树目标性状基因的标记研究。     

一种新的水稻香味基因功能标记的开发与应用

香味是影响稻米品质的一个重要性状,Badh2基因突变是水稻产生香味的主要原因,水稻香味产生主要有Badh2基因第2、4、5、7、8外显子突变类型,其中研究最多的是第7外显子突变类型.为了提高水稻香味性状检测的准确性、安全性和效率,本研究根据水稻Badh2基因突变(第7外显子8 bp缺失、3 bp突变)的序列设计开发了3...     

分子标记在杂交水稻种子纯度鉴定中的应用

对杂交水稻种子纯度鉴定的蛋白质指纹鉴定法和DNA分子标记法的研究与应用作了介绍,讨论了各种方法的优缺点,并指出SSR技术将是最有潜力的杂交水稻种子纯度鉴定方法.     

一种利用菠萝蜜叶片提取高质量DNA 的方法

以菠萝蜜的干胞和湿胞类型的叶片为试材,用CTAB法初提DNA后,经过苯酚-氯仿纯化,并在高盐条件下4℃盐析、离心去多糖,乙醇沉淀,成功地从菠萝蜜叶片中提取出了可用于PCR扩增和限制性酶切分析的高质量DNA,产量在300 ugk 左右。     

高粱稻GLR与受体9311的遗传多态性比较

采用"穗茎注射法"将高粱BTx623基因组DNA导入超级杂交稻亲本9311,获得了高着粒密度的大穗变异系"高粱稻"GLR。用225对In Del分子标记对原始变异株及其自交3代株系与供体和受体进行多态性检测,发现两者与受体9311相比分别有20.4%和10.7%的多态位点,并在原始变异株及其自交3代株系中发现受体9311不存在而与供体高粱同源的片段,从分子水平证明了供体高粱DNA片段向受体水稻基因组的转移。比较分析5个已克隆的穗部性状相关基因在变异系与受体9311中的多态性,发现DEP3、D1和Gnla 3个基因共存在35个SNP和6个In Del,其中9个SNP和2个In Del位于外显子。     

一种水稻香味基因功能标记的开发

为了提高水稻香味基因的分子标记辅助选择的准确性,根据水稻隐性香型品种与非香型品种的BAD2基因（即香味基因）序列之间存在8 bp碱基缺失,设计出香味基因fgr的InDel功能标记GRFM04。利用该标记对粤丰B（香型）/振丰B（非香型）的F2分离群体和其他16份香稻品种和6份非香稻品种进行检测验证。依据其PCR扩增产物电泳带型,可以准确地区分出香型纯合基因型、非香型纯合基因型和杂合基因型3种带型,且3种带型与其植株或品种相应的香味性状表现完全呈一一对应关系。     

一种基因编辑位点特异性PCR方法的开发和应用

为了对基因组编辑产品进行精准定性和定量检测,以水稻SP1 基因的编辑植株为材料,在编辑位点上下游设计通用引物,在编辑位点处设计基因编辑位点特异性TaqMan探针,建立了编辑位点特异性PCR方法。利用该方法可准确鉴定特异基因组编辑产品,检测灵敏度达到5~10拷贝,可在实时荧光PCR（qPCR）和微滴数字PCR（ddPCR）平台上对基因组编辑产品进行定量检测。由于数字PCR的微反应单元可消除野生型DNA对通用引物的竞争性消耗,与qPCR的定量结果相比,ddPCR定量结果具有更高的定量准确性。     

利用SSR分子标记构建Y58S及部分重要两系杂交水稻亲本的DNA指纹图谱

以优良光温敏核不育系Y58S及其杂交组合Y两优1号和生产中广泛应用的部分光温敏核不育系和恢复系等18个水稻品种为材料,利用SSR分子标记进行了DNA指纹图谱的构建。聚类分析表明,18个供试水稻品种的遗传相似度为0.672-0.945;利用筛选到的RM164、RM18和RM258等3对引物扩增出的14条多态性片段初步构建了18个供试水稻品种的DNA指纹图谱,每个品种的DNA指纹图谱具有特异性,可互相鉴别;引物RM164可在超级杂交稻组合Y两优1号、两优培九中扩增出父母本的互补带型,从而可鉴别其杂交种子中混杂的母本杂株。     

一种适于PCR扩增的荞麦DNA大量提取及纯化方法

为满足对大批量材料进行分子标记检测的需要,以荞麦叶片为材料,针对荞麦叶片中黄酮含量高,提取荞麦基因组DNA时采用改良的CTAB方法,该方法提取的DNA经琼脂糖凝胶电泳和检测,获得的DNA条带较亮、无RNA、无拖尾现象;经分光光度计检测获得数据证明酚类、蛋白质较少。利用ISSR引物对提取的荞麦基因组DNA进行PCR检测,能获得清晰稳定的条带,说明该方法提取的荞麦基因组DNA能满足PCR反应的需要。     

一种水稻种质资源创制方法的研究

结合目标性状和SSR分子辅助标记选择,在BC1F1代筛选出携带目标性状且与轮回亲本遗传相似度高于90%的BC1F1代单株,再通过1次回交和多次自交,建立了一种水稻种质资源创建方法。利用该方法与传统种质创建方法分别创建了携带黑色种皮特征的种质资源Y26和Y25。结果表明,创建Y26工作量较少,Y26种皮的黑色覆盖度较高且株系较稳定。该方法实现了快速高效地导入目标性状,加快了种质资源创新的选育速度,为水稻遗传育种提供了新方法。