基于核糖体18S和ITS2序列探讨胰阔盘吸虫的分子进化地位

为了研究胰阔盘吸虫的分子进化地位,应用PCR方法扩增胰阔盘吸虫的核糖体18S和ITS2序列,并以其为标记基因,采取最大简约法(MP)构建系统发生树,分析该虫与相关吸虫的进化关系。结果扩增得到的胰阔盘吸虫部分18S序列长度为1 200 bp,ITS2序列全长为231 bp;两种基因构建的进化树结果相似,每科虫体均形成一个独立分支,在双腔科的分支中,阔盘属吸虫聚集在一起与双腔属吸虫关系密切,与传统形态学分类结果一致。表明核糖体18S和ITS2序列为吸虫分子进化分析的良好标记基因。     

东方次睾吸虫PCR检测方法的建立及初步应用

为了快速准确地检测鸭、犬等动物东方次睾吸虫的感染情况,根据Gen Bank中发表的东方次睾吸虫ITS序列设计一对特异性引物,以粪便样品中虫卵DNA为模板,优化PCR反应条件,经过敏感性、特异性和重复性实验,建立检测动物粪便中东方次睾吸虫虫卵的方法。结果,阳性样品可扩增得到260 bp的特异性条带,华支睾吸虫、卷棘口吸虫、纤细背孔吸虫DNA样品检测均为阴性,检测到的最低虫卵数为0.031 25个/克粪便,表明研究建立的PCR检测方法具有较高的特异性和灵敏性。临床检测87份鸭粪样本,其中6份为阳性,阳性率为6.9%,结果显示大庆地区鸭子存在东方次睾吸虫感染,所建立的方法适合于鸭子及其他家禽东方次睾吸虫的检测。     

基于线粒体rrnS和rrnL序列探讨宫川棘口吸虫的分子进化地位

宫川棘口吸虫是家禽常的寄生虫,偶尔也感染人。为了研究宫川棘口吸虫的分子进化地位,应用PCR方法扩增宫川棘口吸虫线粒体rrnS和rrnL序列,并以两个串联序列为标记基因,采取最大简约法(MP)构建系统发生树,探讨宫川棘口吸虫与其它吸虫的进化关系。结果扩增获的宫川棘口吸虫rrnS和rrnL序列序列长度分别为754 bp、992 bp;进化分析显示,除棘科吸虫外,其它虫体每科均形成一个独立分支。在棘口科吸虫的分支中,宫川棘口吸虫与除圆圃棘口吸虫外的其它棘口属吸虫聚集在一起,与传统形态学分类结果一致。表明线粒体rrnS和rrnL序列为吸虫分子进化分析的良好标记基因。     

枝睾阔盘吸虫凉山州分离株nad4基因部分序列测定与种系发育分析

为探究山羊源枝睾阔盘吸虫的种内遗传变异和系统发育关系,对采集自四川省凉山州的5个吸虫样品nad4基因部分序列进行PCR扩增、序列测定及分析,并构建种系发育树。测序结果显示,所测得的5个山羊源枝睾阔盘吸虫nad4基因部分序列长度均为789 bp,核苷酸同源性为99.5%～100.0%,共检测到4个单倍型、4个变异位点。系统发育树显示,5个山羊源枝睾阔盘吸虫凉山州分离株聚在同一小支上,未与胰阔盘吸虫聚类在一支上,能与其他吸虫相鉴别。本研究结果为枝睾阔盘吸虫的分子分类和种群遗传的进一步研究奠定了基础。     

江苏连云港沿海蛤蜊科贝类18S-ITS1序列分析

利用PCR技术扩增了江苏连云港海域3种贝类(西施舌、中国蛤蜊,四角蛤蜊)核糖体RNA基因18S-ITS1区域序列.用DNAStar和MEGA 3.1软件分析序列的碱基组成、进行序列比对,构建系统发育树.结果显示,西施舌、中国蛤蜊、四角蛤蜊18S-ITS1部分序列长度分别为1 052 bp、1 017 bp、1 013 bp,ITS1部分序列长度分别为910bp、875 bp、871 bp,G+C含量为58.90%～60.23%;18S区序列保守,种间仅存一个碱基变异位点.序列分析显示,中国蛤蜊与四角蛤蜊的ITS1同源性为70.1%～71.1%.西施舌与中国蛤蜊、四角蛤蜊的同源性为44.7%～46.3%;18S-ITS1序列适于蛤蜊科种间特别是蛤蜊属内种间的分子系统发育分析.     

进境黄盖鲽鱼寄生的异尖科线虫rDNA-ITS序列的PCR扩增及分析

以俄罗斯进境的冻黄盖鲽鱼体内分离出的异尖科线虫为研究对象,采用寄生虫通用引物NC5和NC2 PCR扩增其核糖体DNA(rDNA)的内转录间隔区(ITS)序列,并进行克隆,转化、测序和序列分析,对样品进行分子鉴定。结果表明,扩增的异尖科线虫样品的ITS序列片段大小为1 034 bp。包含部分的18S、28S及全部的ITS1(431 bp)、5.8S(157 bp)和ITS2(349 bp)序列,ITS1和ITS2序列与GenBank已登记的Hysterothylacium aduncum同源性均在99.5%以上,与其他科线虫的相似性较低。由ITS1和ITS2序列构建的系统进化树可知,从黄盖鲽鱼中分离到的线虫ITS1和ITS2均与H.aduncum处于同一分支。研究结果为异尖科线虫种属的确定及进一步分子生物学研究奠定基础。     

银杏核糖体DNA内转录间隔序列初步分析

为研究银杏Ginkgo biloba种内核糖体DNA内转录间隔（ITS）区序列的多样性，以具有代表性的10个银杏嫩叶样本为材料，提取基因组DNA后用特异性引物进行PCR扩增，并直接测定其ITS区序列。结果表明，银杏ITS区（内含5．8S）总长度为1224～1226bp，其中ITS-1长度为821—823bp，5．8S长度为162bp，ITS-2长度为241bp。在全序列范围内，可变位点有28个，占总核苷酸的2．3％，但简约信息位点仅6个，变异量仅有0．5％。银杏的不同样本之间ITS区序列表现出高度一致。     

犬华支睾吸虫病的诊断与防治

犬华支睾吸虫病是由后睾科 (Opisthochiidae)支睾属(Clonorchis)的中华分支睾吸虫 (C .Sinensis)寄生于犬的胆囊及胆管内而引起的一种寄生虫病。本病在我国分布较广 ,已有 2 0多个省市有本病报道 ,以南方各省流行最为严重。辽宁省辽北地区对此病发生少有报道。自 2 0 0 1年夏、     

几种槭属植物亲缘关系的ITS序列分析

为了选择适宜挪威槭"皇家红"嫁接的砧木,笔者对槭属植物的8个种(含变种)核糖体DNA内转录间隔区(ITS)序列进行了PCR扩增和序列分析,扩增出约750bp左右的的序列(包含完整的ITS1、5.8S和ITS2序列及部分18S和26S rRNA基因片段.各样品的ITS1长度为221～236bp,ITS2为231～237bp,含有多个特异性信息位点.并利用ITS序列为依据对8种槭属植物系统发育进行分析,从分子水平上阐明了8种槭属植物的亲缘关系,为挪威槭"皇家红"嫁接生产中适宜砧木的选择提供了理论依据.     

甜橙核糖体DNAITS序列分析

以18个甜橙品种为材料,采用克隆测序法对其核糖体 DNAITS进行序列测定,并用 DNAStar软件进行序列分析.结果显示,甜橙ITS序列的长度为693~694bp,其中ITS1长272bp,5.8S长度为164bp,ITS2长度为257~258bp.甜橙品种间ITS序列的相似性较高,相似率为97.7%~100%.同时发现18个甜橙品种ITS序列中存在20个碱基变异位点,其中ITS1和ITS2序列中各含10个,而5.8S序列中没有碱基变异.根据这些碱基变异位点可鉴别出供试材料中的12个甜橙品种.     

福州地区家鸭次睾吸虫流行病学的调查研究

调查了5366只家鸭,次睾吸虫总感染率为19.6%,其中,东方次睾吸虫(Metorchisorientalis Tansbe,1921)感染率为9.3%,台湾次睾吸虫(M.taiwanensis Morishta etTseuchimochi,1929)为11.7%,混合感染率为1.4%.这两种吸虫的最高感染月份分别为9月(21%)和8月(32%).东方次睾吸虫感染度低于台湾次睾吸虫(P<0.01).从螺类调查和人工感染试验确证次睾吸虫的第一中间宿主是纹沼螺(Parafossarulus stritulus(Benson)).次睾吸虫尾蚴主要在白天逸出,呈明显的日周期变化,水温与光照是影响逸出的主要因子.实验条件下,东方次睾吸虫完成一个生活史至少需128d,其中螺内88d,鱼体30d,鸭体15d.     

犬华支辠吸虫病的诊断与防治

犬华支睾吸虫病是由后睾科(Opisthochiidae)支睾属(Ciomrehis)的中华分支睾吸虫(C．Sinensis)寄生于犬的胆囊及胆管内而引起的一种寄生虫病。本病在我国分布较广，已有20多个省市有本病报道，以南方各省流行最为严重。辽宁省辽北地区对此病发生少有报道。自2001年夏、秋季以来，笔者注意到该病在本地区时有发生，应引起重视。     

亚洲系百合九个品种的亲缘关系研究--来自nrDNA ITS证据

对亚洲系百合9个品种的nrDNA的内转录间隔区（ITS）进行了PCR扩增和产物直接测序，扩增出约670bp的序列（ITS1、5．8S和ITS2及部分18S和26S rRNA基因片段）。选取亚洲系百合祖先种泸定百合和岷江百合等6个野生种序列为参考外类群，确定其ITS全序列（ITS1、5．8s和ITS2）的长度约为627bp。并根据nrRNA ITS区碱基序列差异计算品种间的遗传距离和构建UPGMA系统树，探讨了9个百合品种之间的亲缘关系。     

细胞核rDNA序列分析5种罗非鱼的亲缘关系

[目的]探索五种罗非鱼的亲缘关系。[方法]从尼罗罗非鱼、奥利亚罗非鱼、杂交种尼奥罗非鱼、莫桑比克罗非鱼和红罗非鱼基因组中提取DNA,通过PcR扩增其ITS1基因序列及18S、5．8S部分序列并进行序列分析。[结果]扩增片段大小约700bp。测序结果显示获得的序列包括完整的ITSI区以及18S和5．8S部分序列。序列长度变异主要在ITS1区,18S和5．8S片段的序列长度没有发生变化。罗非鱼5个种的ITS1序列的碱基组成差别不大。从UPGMA聚类结果上看,尼罗罗非鱼与尼奥罗非鱼聚为一支;莫桑比克罗非鱼与奥利亚罗非鱼聚为一支,红罗非鱼再与莫-奥聚合。[结论]五种罗非鱼的ITS1及18S、5．8S部分序列分析结果表明,尼罗和尼奥罗非鱼亲缘关系较近,奥利亚与莫桑比克罗非鱼亲缘关系较近,红罗非鱼可能与奥利亚和莫桑比克罗非鱼有一定的亲缘关系。     

狮体内蛔虫的分子生物学鉴定

对采自哈尔滨北方森林动物园美洲狮体内蛔虫进行分子生物学鉴定。首先提取狮体内蛔虫基因组DNA,以特异性引物扩增虫体核糖体DNA(rDNA)的内转录间隔区(ITS)序列并进行测序,然后与其他蛔科线虫比对,分析亲缘关系。结果显示狮体内蛔虫ITS及5.8S rDNA序列总长为925 bp,其中ITS1序列长为423 bp,5.8S序列长为157 bp,ITS2序列长为345 bp。与狮弓蛔虫、犬弓首蛔虫、猫弓首蛔虫和犊弓首蛔虫间的同源性分别为96%,70.7%,70.7%,75.2%,因此鉴定该虫为狮弓蛔虫。     

人蛔虫和猪蛔虫线粒体nad5基因的序列分析

以采自中国不同地方的人蛔虫与猪蛔虫为研究对象,PCR扩增其线粒体烟酰胺脱氢酶亚基Ⅴ基因(nad5)的部分序列(pnad5)并进行序列测定,应用ClustalX 1.81程序对序列进行比对。结果显示:所获得的pnad5序列长度一致,均为556 bp;人蛔虫和猪蛔虫的pnad5序列差异仅为0.0%~2.6%,本研究结果支持人蛔虫与猪蛔虫是同一个种的结论。     

患病北极红点鲑的病原分离与鉴定

对2004年5月四川省某养殖基地养殖的北极红点鲑患病鲑进行了病理学检查和病原分离,从病灶处分离到细菌和真菌。分离到的细菌经API生化鉴定为杀鲑气单胞菌杀鲑亚种(Aeromonas salmonicidasubsp.salmonicida)。用引物AP1和AP2对纯化后的细菌进行PCR扩增,结果扩增出长度为421 bp的DNA片段,对扩增片段进行克隆、测序,用NCBI-BLASTn在GenBank中搜寻相似序列,结果与杀鲑气单胞菌各株A层蛋白部分编码基因有99%以上的序列同源性。用引物EUS-F和EUS-R对分离到的真菌进行PCR扩增,结果扩增出长度为755 bp的DNA片段,对扩增片段进行克隆、测序,用NCBI-BLASTn在GenBank中搜寻相似序列,结果与水霉属各株的DNA片段(包括18S核糖体RNA基因部分序列、内转录间隔区1全序列、5.8S核糖体RNA基因全序列、内转录间隔区2全序列和28S核糖体RNA部分序列)有93%-100%的同源性;而与属于丝囊霉菌属的EUS各株相对应的DNA片段仅有60%的序列同源性。因此判定所分离的真菌为水霉。杀鲑气单胞菌是引起疖疮病和溃疡病等病的病原菌,而水霉广泛存在于水中,当鱼受伤后,水霉孢子容易从患病部位侵入鱼体,加重感染。因此判断该病主要是由杀鲑气单胞菌引起,而水霉则引起继发感染。     

粘虫核糖体蛋白S11基因cDNA的克隆和序列分析

【目的】克隆和鉴定粘虫核糖体蛋白S11(Ribosomal Protein S11,RPS11)基因,为昆虫核糖体蛋白功能的研究提供基础资料。【方法】运用RT-PCR和RACE技术,以粘虫cDNA为模板,对RPS11基因进行克隆,获得其全长cDNA序列,并利用生物信息学方法,对RPS11基因全长cDNA序列及推测得到的RPS11蛋白氨基酸序列进行分析,构建其系统进化树。【结果】获得的粘虫核糖体蛋白S11基因(RPS11)cDNA序列长度为521 bp,其中包括26 bp的5′非编码区、36 bp的3′非编码区和459 bp的开放阅读框,编码一个由152个氨基酸组成的蛋白,其具有核糖蛋白S17蛋白家族典型特征。推测得到的粘虫RPS11蛋白的理论分子质量为17.737 9 ku,等电点为10.63,富含6种类型的特定功能位点,与同属夜蛾科的烟芽夜蛾(Heliothis virescens)的RPS11蛋白相似性高达97%。用Neigh-bor-joining(NJ)法构建基于RPS11氨基酸序列的系统发育树,结果显示,粘虫RPS11与烟芽夜蛾(H.virescens)、草地贪夜蛾(Spodoptera frugiperda)和家蚕(Bombyx mori)等3种鳞翅目昆虫的亲缘关系较近。【结论】成功获得了粘虫RPS11基因全长序列(GenBank登录号为GQ222274),由其编码的核糖体蛋白RPS11属于核糖蛋白S17蛋白家族。     

米氏凯伦藻18S rDNA和转录间隔区序列分析

对赤潮多发藻米氏凯伦藻(Karenia mikimotoi)核糖体18S rDNA及其转录间隔(ITS) 区序列PCR扩增并测序,获得18S rDNA和ITS基因序列长度分别为1 690 bp和654 bp.结合12种甲藻和1种硅藻作序列比较分析,分别在ITS1、ITS2序列寻找到适宜设计特异性引物探针区域,并用邻接法构建系统进化树,研究各藻种间亲缘关系.遗传距离分析结果显示米氏凯伦藻与短凯伦藻(Karena brevis)、微小卡罗藻(Karlodinium micrum )等分类学上较近的藻种18S rDNA序列相似度为97%～99%,远大于微小原甲藻(Prorocentrum minimum)、海洋原甲藻(P.micans)、塔玛亚历山大藻(Alexandrium tamarense)等在分类学上相距较远的藻种,各藻种间的ITS序列平均相似度明显低于18S rDNA序列.以18S rDNA与ITS序列构建的进化树拓扑结构相一致,18S rDNA序列相对保守,适合进行属以上关系的系统进化分析,而ITS序列变异较大,适合种属间鉴别分析,且ITS1和ITS2是变异很大的区域,适合种间的分子特异性鉴定,这为快速鉴别赤潮多发藻米氏凯伦藻提供了依据,进而为治理赤潮提供帮助.     

云南省东方蜜蜂线粒体16S rRNA基因的扩增及序列分析*

 扩增、测定和分析了云南省东方蜜蜂16个地理居群线粒体16S rRNA基因部分序列,并结合从GenBank获得的蜜蜂科3个其它种的16S rRNA序列,以离颚细蜂科的Vanhornia eucnemidarum为外群,利用邻接法、最大简约法和最大似然法重构了它们的种系发生关系。结果显示,云南省东方蜜蜂16S RNA基因部分序列很保守,不同地理居群均得到435bp完全一致的基因序列;通过对蜜蜂科4个种的种系发生关系分析发现,东方蜜蜂与西方蜜蜂位于一个姊妹枝,而熊蜂与无刺蜂位于一个进化枝,4个种得到了有效的区分。因此,16S rRNA可以作为一个理想的分子遗传标记用于蜜蜂科种间鉴定和种系发生关系分析。