应用动物模型对牙鲆不同日龄生长性状的遗传分析

以中国水产科学研究院北戴河中心实验站2006至2009年间建立的38个牙鲆Paralichthys olivaceus选育家系为实验材料,根据对180、240、360日龄生长性状共3 742个个体的测定记录,应用REML方法和动物模型BLUP方法估计不同日龄牙鲆体重、体长、体高的遗传力和个体育种值,对不同家系和个体进行遗传评定。结果表明,180、240、360日龄牙鲆生长性状的遗传力分别为0.30⁰.35、0.300.35、0.30⁰.39、0.130.39、0.13⁰.37,属于中等遗传力。对不同日龄生长性状育种值选择和表型值选择效率进行比较,结果表明,不同日龄生长性状依据育种值选择与依据表型值选择的结果存在较大差异。在360日龄,两种选择方法之间的差异达到最小,依据育种值选留的家系和个体比依据表型值选留的家系和个体分别提高:体重为93.92%和28.97%,体长为465.22%和124.49%,体高为176.00%和157.80%,育种值选择效率明显高于表型值选择效率。     

应用动物模型BLUP方法估计猪个体育种值研究

利用华中农业大学养猪科学研究所的中国瘦肉猪新品系DⅣ系 1986～ 1992年期间测定资料 1747条、繁殖性能资料 5 2 0条和系谱资料 ,对日增重、背膘厚、边膘厚、总产仔数、产活仔数、初生窝重 6个性状进行了详细的遗传统计分析。用非求导的REML方法 (MTDFREML软件 )估计了这些性状的不同遗传模型条件下的遗传力及性状间的遗传相关系数和表型相关系数。用BLUP方法 (PEST软件 )估计这些性状的育种值 ,并计算遗传进展。日增重、背膘厚和边膘厚遗传力分别为 0 .41、0 .47和 0 .42 ,日增重和背膘厚两性状间表型相关和遗传相关分别为 0 .0 2和 - 0 .0 2 ,背膘厚和边膘厚遗传相关为 0 .99。而繁殖性状总产仔数、产活仔数、初生窝重的遗传力分别是 0 .0 9、0 .12和 0 .2 1。日增重、背膘厚、边膘厚、总产仔数、产活仔数、初生窝重遗传进展分别为 3g/d、- 0 .14mm、- 0 .13mm、0 .0 13头、0 .0 2头和 0 .0 3kg。中国瘦肉猪新品系DⅣ系采用群体继代选育法 ,经 6个世代的选育 ,主要性能指标均取得一定遗传进展     

应用动物模型BLUP估计猪育种值的简介

畜禽的多数经济性状受到环境和微效多基因的控制.其中环境因素不能传递给后代,如果人们从个体的测验成绩、谱系(祖先)成绩、同胞测验成绩和后裔测验的成绩中,剔除非遗传的环境因素,并将充分利用所有资料来源来评定种畜--进行正确的选种,这一直是育种工作者多年来努力探讨的问题.在过去的几十年中育种值估计的理论和方法不断更新、发展和完善.50年代末美国学者Henderson提出了BLUP方法,即最佳线性无偏预测法,并已成为多数国家牛育种值估计的常规方法.80年代中期,一些国家开始把这一方法应用于猪的育种值估计中,有效地提高了猪的遗传改良速度,如在加拿大,从 1985年应用BLUP方法以来,背膘厚的改良速度提高了50%,90kg体重日龄的改良速度提高了近 100%～200%,目前在加拿大、丹麦、荷兰、西班牙等国 BLUP已成为猪育种值估计的常规方法.随着计算技术和计算机技术的发展与普及,BLUP已成为当今世界范围内种畜遗传评定的主要方法.     

牙鲆体质量和形态性状异速生长的遗传分析

为了对牙鲆Paralichthys olivaceus进行品种选育,运用联合异速生长尺度模型,对牙鲆多个部分体大小相对整体体大小的异速生长进行了遗传分析。结果表明:体长、头长、尾柄长、体高、尾柄高5个形态性状相对体质量的异速生长遗传力为0.251⁰.755,除尾柄长和尾柄高的表型相关为正值外,其余性状的表型相关均为负值;而相对体长的异速生长中,除了尾柄高的遗传力很高(0.871)外,大多数形态性状表现为中等遗传力,且这些异速生长尺度的遗传相关大多数为负值。本研究对牙鲆形态性状相对于体质量和体长的遗传参数分析结果可为牙鲆的品种选育提供一定的理论基础。     

牙鲆家系的建立及早期生长比较

以东海舟山海域野生牙鲆群体为亲本,采用人工授精技术,共构建14个牙鲆家系,分别测定了各家系120日龄30个个体的全长、体长和体重,对家系间的生长和家系内的个体体重变异进行了比较。结果表明：不同家系间的全长、体长和体重的差异均极显著（P〈0.01）。家系1、3、4、10、11和14为生长较快家系,按体重大小依次排列为3〉10〉11〉1〉14〉4,按全长长短依次顺序为3〉14〉1〉4〉11〉10。家系2内个体体重变异最大。家系3个体体重变异小,其体重平均值要高出体重最小家系35%,表现出明显的生长优势。这一研究为进一步通过家系选育方法培育适合浙江沿岸生长的优良品系奠定基础。     

不同体色牙鲆生长性状的通径分析

随机选取正常体色牙鲆(Paralichthys olivaceus)和白化牙鲆各55尾,测定其全长(TL)、体长(BL)、头长(HL)、尾柄高(CPW)、体高(BH)5个生长性状和体质量(BW)。运用相关分析和通径分析方法,分析了各个生长性状对体质量的影响效果,并且建立了以生长性状为自变量、体质量为因变量的多元回归方程。结果表明,正常体色牙鲆中全长是影响体质量的最重要的生长性状,其次是体高;白化牙鲆中体长是影响体质量的最主要的生长性状。建立的多元回归方程分别为:正常体色牙鲆BW=-27.6+13.96TL+3.8BL+65.4HL-240.7CPW+80.9BH,白化牙鲆BW=145.1-302.6TL+176.44BL+214.5HL+187.04CPW+152.37BH。试验结果为牙鲆养殖过程中优势性状的选择提供了理论参考。     

牙鲆微卫星分子标记与生长性状的相关性分析

研究利用30对牙鲆微卫星标记,对牙鲆雌核发育家系91个个体基因组DNA进行检测,在30对微卫星标记中,共检测到124个等位基因。其中,各座位的等位基因数3～8个,等位基因片段大小为80～170bp,平均有效等位基因数3.257。其中poli11座位的等位基因数目最多为8。平均多态信息含量为0.6197,平均杂合度为0.6672。利用SAS8.2中的一般线性模型(GLM)对30个微卫星标记与牙鲆的生长性状进行连锁显著性检验。发现在30个微卫星座位中,有8个座位分别与体重、体长、体高显著相关。其中,poli6TUF位点与体重相关;poli30TUF、poli107TUF、poli108TUF、poli116TUF、poli123TUF、poli130TUF6个座位与体长显著相关;poli145TUF与体重、体长显著相关,而与体高相关性不显著。poli9-8TUF与体重、体长、体高3个性状均显著相关(P<0.05)。将基因型与生长性状进行Duncan多重比较,找到4种与生长性状相关的基因型。     

基于双单倍体牙鲆挖掘与生长性状连锁的微卫星标记

利用中国水产科学研究院北戴河中心实验站2007年制备的双单倍体牙鲆为材料,根据生长性状表型值分成快速生长组(Fast growth group,FGG)和慢速生长组(Slow growth group,SGG),进行微卫星标记与生长性状的连锁分析.从牙鲆遗传连锁图谱选择40个高多态性的微卫星标记,覆盖了24个连锁群中的...     

用BLUP法估计公猪繁殖性状育种值

用BLUP法对36头二花脸公猪、19头姜曲海公猪的女儿1～4胎的繁殖性状进行了育种值估测;并用秩相关法比较了最小二乘、带与不带亲缘相关矩阵的BLUP三种方法的估测效果。结果表明,最小二乘分析法的估测最不理想,与二种BLUP法的秩相关系数都很低(从0.230～0.726),带亲缘相关阵的BLUP法由于所含信息量最多,因而估测效果最可靠;对二个猪种的公猪育种值名次进行了系谱跟踪,父子间相关在二个猪种间有着较大的差异:2、4胎产仔存活性状姜曲海猪呈父子负相关(-0.224～0.491),而二花脸猪则为中或强的正相关(0.431～0.683)。     

几种简化动物模型评定种畜育种值的BLUP法计算效率比较

本文论述了利用简化动物模型评价种畜育种值的最佳线性无偏预测(BLUP)法的计算效率。根据本文的模拟数据示例和国外文献资料分析表明,包括父亲和外祖父的简化动物模型与通常的动物模型的BLUP计算比较,对于缩小方程组的大小、节省计算机的内存和减少计算时间等方面的效率都较高,而包括父亲和母亲的简化动物模型的效率不如前者。因此,生产能力测验评价种畜育种值需用较大系列方程时,以采用包含父亲和外祖父的简化动物模型的BLUP法为宜。     

牙鲆继饥饿后的摄食和生长的研究

对牙鲆Paralichthys olivaceus（体重5.93 g±1.20 g）继饥饿后的摄食和生长进行了研究。牙鲆饥饿5d（S5）、10 d（S10）和15 d（S15）后恢复喂食20 d,对照组持续喂食20 d,测定恢复喂食期间牙鲆的摄食率（FR）、食物转化效率（FCE）、吸收率（AE）和排粪率（DR）,同时测定饥饿和恢复喂食期间牙鲆的全长、体重、特定生长率（SGR）、比肝重（HSI）、肝胰脏和肌肉中的RNA/DNA。结果表明：恢复喂食过程中,牙鲆的FR先升高后下降,而FCE则均先下降后升高;S5和S10组牙鲆的总吸收率（TAE）高于对照组,而S15组则低于对照组;S5组牙鲆的全长和体重接近对照组,而S10和S15组则不如对照组;饥饿处理组牙鲆的SGR在恢复喂食后先升高后降至对照组水平;饥饿时间越长,牙鲆的HSI越小,在恢复喂食过程中HSI逐渐接近对照组;饥饿时间越长,肝胰脏和肌肉中的RNA/DNA越小,在恢复喂食过程中RNA/DNA迅速升高,接近或超过对照组;在20 d的恢复喂食过程中,S5组出现完全补偿生长,S10和S15组出现部分补偿生长。研究表明,牙鲆在恢复喂食过程中,通过先提高FR后再提高FCE的方式产生补偿生长。     

牙鲆纤维蛋白原相关蛋白(FREP1)基因的克隆和表达分析

利用RACE-PCR技术获得了牙鲆FREP1(fibrinogen-related protein)基因1 131 bp cDNA全长序列,其中开放阅读框786 bp,所编码的蛋白C端含有纤维蛋白样结构域标签(WWYSRCGSAGLNG).RNA整体原位杂交检测发现只在孵化后2d和5 d(2 dph、5 dph)仔鱼的肠道中有FREP1基因表达,而在9 dph和13 dph仔鱼胸鳍、肠道、鳃和皮肤中均有表达.荧光定量PCR检测显示该基因主要在成鱼的肠、鳃、皮肤和鳍条上表达,而脾脏、心脏、肾脏、肝脏和肌肉表达量很低或没有表达.鳍条和皮肤较其他组织均有极显著差异(P＜0.01),鳃和肠相比其他组织具有显著差异(P＜0.05).由于该基因主要在鳍条、皮肤、肠和鳃中表达,提示FREP1基因可能和牙鲆先天性免疫相关.研究亮点:FREP在鱼类免疫方面的报道很少,本研究所克隆的牙鲆FREP1,不管是牙鲆仔鱼还是成鱼,其仅在与外界直接接触的皮肤、鳃、肠道等组织中表达,提示其与牙鲆的先天免疫相关.     

牙鲆不同家系早期形态性状差异比较

通过测定牙鲆(Paralichthys olivaceus)11个家系后裔不同时期的生长资料,对全长、体长、头长、尾柄长、眼后头长、体高和尾柄高等7个形态性状进行相关分析和主成分分析,并对全长、绝对增长率、生长指标和体型指数进行方差分析,建立7个性状的生长方程。结果表明,7个形态性状之间均呈高度正表型相关,全长贡献率是形态性状中最高的。家系I33I03、I08I09和GBI09在全长方面具有明显优势,其中家系I08I09为绝对增长率和生长指标最优的家系,需加强选育。在体型指数分析结果中,家系C64I03在全长/体高指标上表现最好,而I19I03和I32I03是尾柄长/尾柄高指标最优的家系,这3个家系是选择牙鲆优良体型的重点对象。用Logistic生长方程进行了7个形态性状的拟合,其中5个性状的生长方程拟合度达到了0.93以上。     

雌核发育牙鲆家系的生长比较和形态分析

跟踪测定9个雌核发育牙鲆Paralichthys olivaceus家系后裔150、240、360 d时的生长资料,对体重、体长、绝对增重率、绝对增长率和体型指数（头长/体长、尾柄长/尾柄高）进行方差分析,对体重和体型指数进行相关分析,并建立了体重-体长的回归方程。结果表明：家系C11847的体重、体长及头长/体长与尾柄长/尾柄高指标在各阶段均有明显的生长优势,可作为重点家系加强选育。不同生长阶段绝对增重率和绝对增长率最优家系不一致,且家系间的生长差异主要发生在240 d前。各日龄体型指数均与体重呈极显著负表型相关（P〈0.01）。不同日龄体型指数间差异显著（P〈0.05）。雌核发育牙鲆的体重与体长之间呈曲线相关关系,且该关系在不同日龄间无显著差异（P〉0.05）。     

温度对牙鲆幼鱼消化率日变化和生长的影响

研究了不同温度(18、23、28℃)对牙鲆Paralichthys olivaceus幼鱼(4.25 g±0.19 g)消化率日变化和生长的影响。结果表明:(1)摄食率随温度的升高有增加的趋势,但各组之间的差异均不显著(P>0.05);特定生长率随温度上升显著提高(P<0.05),饲料转化率和蛋白质效率均先增大后减小,但各组之间的差异均不显著(P>0.05);(2)18℃组、23℃组和28℃组牙鲆幼鱼的干物质表观消化率(Ddm)日变化分别为64.91%~80.84%、62.05%~82.78%和69.76%~81.69%,日变化表现为1~2 d的高消化率,之后有1~2 d的低消化率;(3)18℃组、23℃组和28℃组牙鲆幼鱼的蛋白质表观消化率(Dp)日变化分别为89.38%~93.39%、87.86%~93.82%和88.25%~93.34%,日变化表现为1~3 d的高消化率,之后有1~3 d的低消化率;(4)随温度的升高,牙鲆幼鱼的平均干物质表观消化率与平均蛋白质表观消化率均没有显著变化(P>0.05);(5)随着温度的升高,牙鲆幼鱼体水分含量显著下降(P<0.05),粗脂肪含量显著提高(P<0.05),粗...     

牙鲆EST资源的SSR信息分析

应用生物信息学方法,对牙鲆EST-SSRs的分布频率及碱基重复特点进行了归纳与分析。结果表明,5 927条牙鲆非冗余EST序列通过在线搜索共检索出471个SSRs,分布于390条EST中,出现频率为7.95%,平均分布距离为7.9 kb。包括了112种重复基元,其中二核苷酸重复基元占主导地位,占总SSR的59.02%。AC是二核苷酸中的优势基元,占二核苷酸重复类型的16.91%。三核苷酸重复基元、四核苷酸重复基元和六核苷酸重复基元分布比较分散,三核苷酸重复基元中GAG数量最多,但仅占三核苷酸重复类型的7.26%。研究结果为牙鲆EST-SSR标记的开发及应用奠定了理论基础。     

牙鲆稚鱼对几种化学消毒剂的敏感性研究

研究了6种化学消毒剂对牙鲆Paralichthys olivaceus稚鱼的最低致死浓度范围、死亡速度、半致死浓度（LC50）和安全浓度。牙鲆稚鱼对6种化学消毒剂的敏感性依次为：孔雀石绿＞次氯酸钠＞二氧化氯＞净水剂1号＞硫酸铜合剂＞高锰酸钾。依据本试验结果，作者对牙鲆疾病防治中消毒剂的使用进行了探讨。     

牙鲆epigen基因的克隆以及在变态过程中的表达

为了调查表皮细胞分裂原epigen基因是否与牙鲆变态发育有关,分析了从变态期牙鲆仔鱼cDNA文库中测序得到的epigen基因。发现epigen基因编码162个氨基酸,具有信号肽序列,一个跨膜结构域和EGF-like结构域。EGF-like结构域包含有可形成3个二硫键的6个半胱氨酸残基,是表皮生长因子家族的结构特征。此外,利用荧光实时定量RT-PCR,调查了epigen基因在牙鲆眼睛移动过程中的变化。相比眼睛移动之前(17DAH,day after hatching),epigen基因在眼睛移动初期(19DAH)表达明显增强,为17DAH时的2.363倍;而在眼睛移动过程的高峰期(23DAH),表达量明显回落,相对19DAH的表达量降低了80%;变态结束后(27DAH)epigen基因的表达没有重新增强或进一步的回落,提示epigen基因可能与眼睛移动初期的变态发育事件有关,而与变态高峰期和变态后期的发育事件关系不明显。