单核苷酸多态性的发掘、鉴定及其在果树上应用的研究进展

单核苷酸多态性(SNP)作为第三代遗传标记,已在主要模式植物和作物中大规模开发研究。在果树中,SNP研究起步相对较晚,但进展不小。对以果树为主的SNP鉴定、开发状况,SNP在遗传多样性分析、系统进化分析、分子标记与遗传作图、基因定位及功能研究中的最新进展进行了综述。展望了SNP研究在果树上的利用前景。     

AFLP技术在蔬菜作物遗传育种研究上的应用

综述了AFLP技术在蔬菜作物遗传图谱构建、遗传多样性和物种亲缘关系分析、重要基因的定位、基因的表达调控研究、蔬菜作物品种(系)的指纹图谱构建和杂种纯度鉴定、分子标记辅助选择等研究领域上的应用.并对该技术在蔬菜作物遗传育种研究上的应用前景进行了探讨.     

《中国蔬菜》2011·20 学术论文导读

ISSR标记技术在马铃薯遗传育种研究中的应用 基于PCR基础上发展起来的SSR分子标记技术具有共显性、多态性高、重复性好、稳定性好、操作简单等优点。本文简述了SSR分子标记技术的基本原理与特点，重点对马铃薯SSR引物的开发及其在马铃薯品种鉴定、遗传图谱构建与数量性状基因定位、分子标记辅助选择育种的研究现状进行了分析，并对其应用前景进行了展望。     

ISSR和SRAP标记技术在兰花植物种质资源研究中的应用

分子标记技术在兰花种质资源的亲缘关系鉴定与遗传多样性分析、分子遗传图谱的构建与目的性状基因的标记定位、基因库的构建和基因克隆、辅助育种选择及品种纯度鉴定等研究领域被广泛利用与推广.现从简单重复序列间扩增(Inter-simple sequence repeat,ISSR)和相关序列扩增多态性(SRAP)分子标记技术的基本原理、方法、特点以及在兰花植物种质资源的遗传育种中的应用现状和前景进行了综述与探讨.     

菠菜雌雄同株性状的全基因组关联分析

菠菜为典型的雌雄异株植物,少数植株表现为雌雄同株。为了挖掘控制菠菜雌雄同株的基因位点,对82份菠菜高代自交系的性型进行调查分析,同时进行测序深度为10×的重测序。重测序共获得了3 420 496个SNP,过滤后得到1 621 970个多态性高的SNP位点。利用高质量的SNP对菠菜雌雄同株的性状进行了全基因组关联分析(GWAS)。利用压缩混合线性模型(compress mixed linear model,cMLM)在菠菜4号染色体上检测到1个强关联区域。基于强关联信号SNP位点LD值(31.2kb)的大小,将控制菠菜雌雄同株的基因X~m定位在64.6kb的区间内。该范围内存在3个基因:Spo24600、Spo24601和Spo24602。该研究在关联区域内开发了KASP标记,可以有效用于菠菜雌雄同株的鉴定。     

SSR分子标记及其在植物遗传育种中的应用

分子标记技术是基于生物体基因组的遗传分析方法,在植物的亲缘关系分析、遗传多样性分析、遗传图谱构建、分子辅助育种、品种鉴定等研究中已有广泛应用。其中微卫星分子标记(Simple sequence repeats,SSRs)技术作为一种新世纪遗传学研究工具,以其信息量大,重复性好、可靠性高和多态性丰富等优点,在植物遗传育种研究中表现出很大的优势。本文简要介绍了简单重复序列(SSRs)标记的分布、功能、技术优缺点和产生多态性的机理,并对SSR标记在植物遗传多样性、遗传图谱构建、基因定位与克隆、分子标记辅助育种等研究中的应用情况进行了综述,为植物资源利用、开发和保护等研究领域的应用提供参考。     

瓜类蔬菜矮生性状的遗传学研究进展

瓜类蔬菜是重要的蔬菜种类,广泛种植于世界各地。瓜类蔬菜多为蔓生作物,生产中通过设立支架提高产品的产量与品质。近年来,随着分子生物学的快速发展和基因工程技术的深入研究,对作物矮生性状及其相关基因的研究也愈加深入,应用基因工程技术对作物株高进行遗传改良已成为提高作物产量的有效途径,培育合理株型已成为作物育种的重要目标。矮生性状作为瓜类蔬菜育种中的一个重要的结构性状,也是当前瓜类蔬菜育种工作的热点。笔者综述了瓜类蔬菜矮生性状的遗传学研究进展,特别是黄瓜、西瓜、南瓜和甜瓜等主要瓜类蔬菜矮生性状相关基因的遗传学分析、基因定位以及基因克隆等方面的研究进展,并对瓜类蔬菜矮生性状在作物分子育种中的应用和发展趋势进行了展望。     

SSR标记及其在园艺植物育种中的应用

SSR是基于PCR技术上的一种DNA分子遗传标记,具有含量丰富、多态性高、重复性好、共显性遗传等优点。对SSR标记技术的基本原理、特点作了简要介绍,从亲缘关系、遗传多样性、品种鉴定、构建遗传图谱、种质资源的保存和利用、基因定位及分子辅助育种等方面概述了SSR标记在园艺植物育种中的应用进展,并对其应用前景进行了展望。     

SSR标记技术在马铃薯遗传育种研究中的应用

基于PCR基础上发展起来的SSR分子标记技术具有共显性遗传、多态性高、重复性好、稳定性好、操作简单等优点，本文简述了SSR分子标记技术的基本原理与特点，重点对马铃薯SSR引物的开发及其在马铃薯品种鉴定、遗传图谱构建与数量性状基因定位、分子标记辅助选择育种的研究现状进行了分析，并对其应用前景进行了展望。     

菜薹KASP-SNP指纹图谱构建及品种鉴定

利用前人已开发的200个芸薹种KASP-SNP分子标记对89份菜薹品种进行基因分型，共有131个标记分型成功，转化率为65.50%，缺失率为0.06，次要等位基因频率（MAF）为0.21，观测杂合度为0.21，多态性信息含量（PIC）为0.27，并将这些标记用于系统进化树构建及群体结构分析。进一步基于次要等位基因频率大于0.25，多态性信息含量大于0.35，缺失率小于0.03，杂合率小于0.6等参数，筛选出18个核心KASP-SNP分子标记，并构建了89份菜薹品种的SNP指纹图谱，证明了KASP技术在菜薹品种鉴定中的可行性。     

数量性状关联分析及其在蔬菜中的应用

关联分析是在植物数量性状研究和植物育种中应用的一种新的分析方法,它以连锁不平衡(LD)为基础鉴定某一群体内性状与遗传标记或候选基因间的关系。这一方法也为蔬菜作物中数量性状的研究提供了新思路。本文主要介绍了关联分析的基础、研究策略,简述了关联分析在蔬菜研究中的应用和进展,并对其未来发展和在蔬菜育种研究中的应用进行了展望。     

萝卜Ogura-CMS育性恢复基因Rfo的高通量SNP标记开发及其应用

利用萝卜Ogura-CMS保持系和恢复系育性恢复基因Rfo的序列,开发了基于高通量竞争性等位基因特异性PCR(KASP)分型技术的SNP标记:Rfo-SNP1。利用该标记对24个萝卜品种的304个单株进行了育性恢复基因Rfo的基因型鉴定,其中289株获得基因分型结果,占整个群体的95.07%。从分型结果看,育性恢复基因Rfo的基因型为rfrf的有110株(占36.18%),基因型为Rf Rf和Rfrf的分别为156株(占51.32%)和23株(占7.57%)。在12个品种中获得基因型为rfrf的单株,可作为保持系并用于不育系转育。利用PCR-RFLP标记和回交群体单株育性鉴定,进一步证实Rfo-SNP1标记不但能够实现高通量检测,而且能够实现萝卜Ogura-CMS育性恢复基因Rfo基因型的精准鉴定。目前利用该方法已成功转育了6套稳定遗传的雄性不育系及保持系。     

中国加工番茄资源遗传多样性分析

基于构建的加工番茄核心种质,从3 026份自交系中选择了代表50年育种历程的615份,分别利用16个表型性状和81个(13对SSR、24对In Del、44个SNP)不同类型的多态性分子标记,对其遗传多样性进行了分析。结果表明,无论是基于表型还是基因型数据,供试自交系聚类结果基本一致,均分为两大群。其中表型聚类包括7个亚群,基因型聚类包括6个亚群。综合分析表型和基因型聚类结果,发现大多数早期(2010年以前)育成的自交系聚为一类,近年(2010年以后)育成的自交系不同程度地分布在两类中,说明近年育成的自交系遗传多样性更为丰富。在不同类型标记中,SNP在亚群中呈现更好的多态性,等位基因数、基因多样性、多态性信息量均明显高于SSR和In Del。     

分子标记技术在黄瓜遗传育种中的研究应用

从基因定位、分子标记遗传图谱的建立、亲缘关系与种质资源遗传多样性评价、作物品种纯度鉴定、分子标记辅助育种几个方面综述了分子标记技术在黄瓜遗传育种中的研究应用情况,旨在为今后黄瓜育种提供理论指导。     

分子标记技术在西瓜甜瓜上的应用

近十几年来,AFLP、RAPD和SSR等分子标记技术的应用,加速了瓜类作物遗传和育种的步伐。根据有关文献介绍了分子标记技术在西瓜甜瓜遗传图谱构建、遗传多样性和物种亲缘关系、分子标记辅助选择、品种(系)指纹图谱构建及杂种纯度鉴定等研究领域的应用进展,其中,RAPD技术是一种高效的基因组DNA多态性分析技术,有快速、简便、高效等优点,主要综述了RAPD技术在西瓜、甜瓜遗传育种研究中的广泛应用,并探讨了该技术在使用中存在的问题及应用前景。     

基于梨贝壳杉烯氧化酶基因PpKO 序列的功能性SNP 标记

 基于基因序列的功能性标记是基因分型、图谱定位和相关性状标记辅助选择的理想标记。以‘矮生梨’ב茌梨’的梨杂交分离群体和9个梨栽培品种为试材,以梨赤霉素合成代谢途径的关键酶基因--贝壳杉烯氧化酶基因（PpKO）的cDNA序列为基础,设计5对PCR引物,通过高通量熔解曲线（high resolution melting,HRM）分析,筛选到可对基因进行良好分型的1对引物。通过对杂种后代和测试品种的测序分析表明,此对引物的扩增子是一个位于PpKO第8外显子上的长度为200 bp的序列,从中共检测到两处单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP）变化,且均为非同义cSNP。这两处SNP标记均可以作为适合高通量分析的遗传标记在遗传作图、基因定位或资源鉴定中加以利用。     

南瓜属作物育种研究回顾和展望

针对南瓜属作物育种研究现状,对国内外南瓜属作物传统育种中的新品种选育、品质育种、抗性育种、农艺性状育种及分子育种中的种质亲缘关系、遗传图谱构建、质量与数量性状基因定位、基因克隆等进行了系统阐述。同时,提出了南瓜属作物育种中存在的问题,并对育种前景进行了展望。     

葡萄SNP 标记的CAPS 和TSP 分析

 为了建立起葡萄SNP 标记分析的一般方法和探索EST-SNP 标记在葡萄中的应用，对前期开 发的葡萄EST-SNP 位点进行了筛选，设计了28 对CAPS（cleaved amplified polymorphic sequences，酶切 扩增多态性序列）标记引物和22 对TSP（Temperature-switch PCR，温度转变PCR）标记引物，并在31 份葡萄材料中进行了分析，其中20 对CAPS 引物和10 对TSP 引物电泳条带较清晰，多态性较好。基 因分型统计显示：所有的SNP 位点均含有2 个等位基因，平均多态性信息含量（PIC）为0.336，平均 Shannon’s 信息指数为0.511。基因分型和葡萄材料聚类结果均显示这两种方法所获结果提供的信息量大且 结果可靠。本方法简便、成本低，可作为SNP 分型有效方法用于葡萄品种鉴定、基因分型和遗传多样性 分析等。     

跳枝碧桃花色性状的全基因组关联分析

跳枝碧桃(Prunus persica f. versicolor)在同一植株上可产生二色花和嵌合花,具有很高的观赏价值。以南京3个观赏桃集中分布区的57株跳枝碧桃为材料,利用简单重复序列(SSR)标记研究其遗传背景。通过PCR扩增,筛选出6对多态性引物,共计扩增出17个多态性条带,平均有效等位基因2.83个。SSR标记基因分型结果表明,供试材料可分为3种基因型,各采样地均具有2～3种基因型,同一植株的不同分枝基因型完全一致。基于基因分型结果,选取3种基因型跳枝碧桃各1株进行基因组重测序,结合公开发表的数据,进行位点变异分析,并构建系统发育树。结果显示3种基因型的跳枝碧桃聚在一个分支,其中B20、T3基因型与‘洒红桃’聚在一起,W5基因型相对独立。3种基因型的跳枝碧桃在起源上比较接近,但不同基因型之间存在一定的遗传差异。通过整合单核苷酸多态性(SNP)信息和花色表型开展全基因组关联分析(GWAS),鉴定出5个SNP与花色跳枝性状显著关联(P值<10^-100),均位于7号染色体。在显著SNP位点的邻近基因组区段发掘3个DICER-LIKE2(DCL2)基因,揭...     

番茄抗病基因Tm-2、Pto、Sw-5和Ve1的SNP标记检测

针对番茄4个抗病基因Tm-2、Pto、Sw-5和Ve1,根据其序列的碱基差异设计引物,经过引物特异性检测和PCR产物克隆测序比对之后,采用高分辨率熔解曲线（High resolution melting,HRM）技术进行多态性检测,共开发了5个SNP标记。经过验证,所开发的标记均能将抗病基因型不同的番茄材料分型,并且分型结果与已知材料的抗病性状完全一致。这些标记可以作为功能标记在番茄抗病育种中应用。