家蚕基因组中的分子标记遗传图谱

遗传标记既是基因组研究的重要内容，又是构建遗传图谱、研究生物多样性、育种、基因定位与克隆等的基因。目前，已有多项分子标记技术用于家蚕基因组的研究，并构建了多种分子标记遗传图谱，包括限制性酶切片段长度多态性（简称RFLP）、DNA随机扩增多态性（简称RAPD）、扩增片段长度多态性（简称AFLP）、简单重复序列PCR（简称SSR－PCR）等。本文就分子标记技术构建的家蚕基因组分子标记遗传图谱进行了讨论。     

家蚕来源肠球菌DNA多态性的RAPD分析

运用随机扩增多态性DNA(randomamplifiedpolymorphicDNA,RAPD)技术,对从家蚕消化道中分离的表现为生理生化特性多样性的14个肠球菌分离菌株和3个标准菌株进行了DNA多态性研究。应用筛选的8条随机引物,共扩增出625个位点,其中997%为多态性位点,表明供试菌株具有丰富的DNA多态性。对扩增结果进行聚类分析,供试菌株分为Entfaecalis、Entfaecium、Entcasseliflavus、Entavium等4个类群,与其数值鉴定结果呈相同趋势。     

家蚕品种遗传分化的随机扩增多态性DNA分析

对广东现行家蚕生产品种9·芙×7·湘杂交亲本的基因组进行随机扩增多态性DNA(RAPD)分析。统计了932、7532、芙蓉、湘晖、9·芙、7·湘品种的蚕卵70个随机引物的RAPD扩增标记数,经计算其遗传相似系数,作遗传距离分析,同一系统内的品种间遗传差异小,系统间的品种遗传差异大,与传统的家蚕系统分类的结果完全相符。因此RAPD作为有效的跗标记。可适用于研究家蚕品种的遗传多样性、起源以及系统的演变分化。     

阿维菌素对家蚕血细胞DNA变异的影响

利用RAPD标记技术检测杀虫剂阿维菌素对家蚕血细胞DNA的损伤,作为评价其对蚕体毒性的依据。分别用1、2、4、8μg/L阿维菌素药液处理的桑叶给4龄起蚕添食,96 h后对家蚕血细胞的基因组DNA进行RAPD分析。24条RAPD引物对5个样品基因组DNA扩增产生的清晰条带数为143条,其中多态性片段19条,多态性带数比率为13.29%。用Ntsyspc 2.1软件计算出不同处理样品血细胞DNA间的遗传相似系数分布在0.867～0.993,树状聚类图显示正常样品与1、2、4μg/L阿维菌素药液处理的3个样品聚为一类,而8μg/L阿维菌素药液处理的样品单独聚为一类,说明该样品血细胞DNA的变异最大。研究结果提示,RAPD标记作为杀虫剂对家蚕的毒性检测标志技术,可准确预警蚕区农药使用对养蚕生产存在的潜在危害。     

DNA甲基化与基因组印记

综合论述了DNA甲基化与基因组印记的最新研究进展,论述了它们的生物学意义,并阐述了两者的关系.     

狼山鸡下丘脑和卵巢组织全基因组DNA甲基化分析

为了获得狼山鸡性腺轴组织基因组DNA甲基化水平和模式等表观遗传信息,试验采用全基因组重亚硫酸盐测序（whole genome bisulfite sequencing,WGBS）技术检测狼山鸡下丘脑和卵巢组织基因组DNA甲基化状态,分析两组织DNA甲基化水平及特异甲基化模式。结果表明,狼山鸡下丘脑和卵巢基因组整体甲基化水平分别为4.35%和3.48%,差异显著（P<0.05）;下丘脑和卵巢中分别检测到6 150 000和10 320 000个甲基化胞嘧啶（mC）位点,其中mCG类型位点分别占69.99%和87.88%,下丘脑中非mCG位点占比约为卵巢中的2.5倍;与各染色体不同,两组织线粒体基因组中mCHH位点占比最高,其次是mCHG位点;卵巢基因组启动子区DNA甲基化水平极显著低于内含子和外显子区（P<0.01）,极显著高于基因间区（P<0.01）;下丘脑基因组启动子区DNA甲基化水平与内含子和外显子区相比差异不显著（P>0.05）,却显著高于基因间区（P<0.05）;下丘脑基因组各功能元件DNA甲基化水平均显著或极显著高于卵巢基因组（P<0.05;P<0.01）。综上,狼山鸡下丘脑和卵巢组织具有不同的DNA甲基化模式和特征,下丘脑中较高的非mCG位点比例可能在中枢神经系统发育中发挥重要作用,本研究结果为进一步分析鸡卵巢和下丘脑基因组DNA甲基化对其繁殖性能调控机制提供参考依据。     

家蚕不同化性品系间DNA甲基转移酶基因转录特性及胚胎早期甲基化水平差异分析

DNA甲基化修饰参与昆虫胚胎发育。家蚕是典型的胚胎滞育昆虫,为探明家蚕DNA甲基化在胚胎发育及滞育调控中的作用,以不同化性家蚕品系为材料,包括一化性品系安康4号(V¹AK4)和鲁一(V¹Lu1)、二化性品系秋丰(V²QF)和P50(V²P50)、有滞育多化性品系四海(V³SH)、无滞育多化性品系Nistari (V³Nistari),利用qRT-PCR技术分析家蚕甲基化酶基因BmDnmt在家蚕不同化性品系的表达水平,并利用免疫荧光法测定胚胎发育早期DNA甲基化水平。结果显示,在胚胎发育早期BmDnmt1和BmDnmt2在V¹AK4、V²P50和V³Nistari品系中表达水平较高,在V³Nistari品系中BmDnmt1的表达水平显著高于V³SH品系;在幼虫期,BmDnmt1和BmDnmt2在多化性家蚕卵巢或精巢组织中表达水平显著高于二化性家蚕,且...     

两种抽提家蚕基因组DNA方法的比较

基因组DNA是开展分子生物学研究的基础工作,而抽提方法繁多.为此,本研究主要对蛋白酶K、CTAB法进行了系统的分析比较,结果发现两种方法抽提的DNA均能满足一般的PCR分析,CTAB法抽提耗时较短,但的蛋白酶K抽提法DNA得率更高,且不同的缓冲液对抽提效果有一定影响.这为今后广泛开展家蚕分子生物学研究有一定的参考作用.     

长白猪×蓝塘猪及其杂种基因组DNA甲基化分析

本研究旨在分析猪基因组DNA胞嘧啶甲基化模式和程度以及父母代猪与其杂种F1代之间的甲基化差异.应用甲基化敏感扩增多态性(MSAP)技术对6头长白公猪、50头蓝塘母猪及长×蓝51头杂交F1代3个群体共107个个体耳组织基因组DNA胞嘧啶甲基化模式和程度进行评估.应用筛选的20对引物扩增,总共得到1074条带(CCGG位点),共得到415个甲基化位点(条带),其中79条带为甲基化多态性条带,平均甲基化多态性比率(p)达7.4%.结果显示,3个猪群中DNA甲基化程度高,且亲代和F1代杂种之间的甲基化水平存在差异,父母代及其杂交F1代3个群体基因组DNA甲基化总体水平分别是27.7%、27.8%和25.1%,且3个猪群中CCGG序列发生单链DNA外部胞嘧啶甲基化现象(20.8%)比单双链DNA内部胞嘧啶甲基化现象(17.9%)多.结果提示,使用MSAP技术检测猪种基因组甲基化多态性非常有效,且猪基因组甲基化多态性丰富,杂种F1代与其父母代之间的基因组甲基化水平存在差异.     

家蚕胚胎期单卵基因组DNA的快速抽提

本文对用磁珠法抽提家蚕单粒蚕卯基因组DNA进行了探讨。结果表明从催青24h后到收蚁前一天的单卵中所提取的DNA断裂少、纯度高,能够满足特异性引物或随机引物进行PCR扩增的需要。每粒卯可获得100ng以上的DNA,能够进行多次重复检测,完全能够满足蚕种鉴定及纯度检测的需要。     

中国野桑蚕和家蚕的AFLP分析

利用AFLP技术和统计学分析原理 ,对我国具有代表性的 10个不同地区野桑蚕和 33个家蚕品种以及 5个作为外群对照的柞蚕品种进行了分子系统学研究。研究结果表明 ,不同地区野桑蚕之间的遗传距离 (0 0 0 0～0 419)与家蚕品种之间的遗传距离 (0 0 0 0～ 0 40 6 )相似 ,而家蚕与野桑蚕之间的遗传距离为 (0 35 5～ 0 5 32 ) ,明显地小于家蚕与柞蚕 (0 76 1～ 0 86 5 )和野桑蚕与柞蚕 (0 776～ 0 839)之间的遗传距离 ,进一步证明了家蚕起源于中国野桑蚕。聚类分析发现 ,中国一化种与二化种聚类在一起 ,中国二化种与热带种聚类在一起 ,热带种不与一化种聚在一个类群 ,这一结果证明中国二化种在进化上介于一化种和热带多化种之间     

家蚕与中国野桑蚕的RAPD标记遗传多样性比较分析

对家蚕品种C10 8及江苏地区野桑蚕进行了RAPD分析 ,并利用已有的不同家蚕品种及其它地区野桑蚕的RAPD数据 ,比较了家蚕品种内和野桑蚕地理种群内个体间、家蚕品种间和野桑蚕地理种群间的遗传多样性。家蚕品种内的多态位点比率、Shannnon信息指数、Nei基因多样性指数等都远较野桑蚕地理种群内个体间的小 ,2 5个家蚕品种在分组和未分组时的遗传多样性指数仅有一组例外 ,其余均较野桑蚕地理种群间的大。由此说明家蚕品种内的遗传多样性比野桑蚕地理种群内个体间的低 ;而家蚕品种间的遗传多样性水平却比野桑蚕地理种群间的高。未分组家蚕品种间的遗传多样性指数略大于分组后的 ,表明分析比较的样本数不同对结果也有一定影响。     

家蚕微卫星标记的筛选及其在遗传多样性分析中的应用

利用插入片段长度在 7kb以上的家蚕基因组文库 ,采用目标重复序列杂交法筛选微卫星位点 ,获得了 8个微卫星标记。用这 8个微卫星标记对 6个家蚕品种 (菁松、兰 10、C10 8、P5 0、5 4A、法 5 0B)进行多态性研究 ,共产生 2 3个等位基因 ,平均每个位点近 3个等位基因 ,杂合度范围 0～ 0 .75 0 ,平均杂合度为 0 .5 0。表明微卫星标记能反映各品种之间丰富的多态性 ,品种间的聚类结果较好地反映了家蚕品种的化性和地理分布特性。     

SSR标记在中国野桑蚕和家蚕的遗传多态性分析中的应用

采用25个微卫星标记(SSR)对中国5个不同地区的野桑蚕及2个家蚕品种进行了多态性分折,共产生58个等位基因,平均每个位点多于2个等位基因。表明微卫星标记能反映各品种之间丰富的多态性,品种间的聚类结果较好地反映了家蚕和野桑蚕之间的遗传特性。     

一种导入蚕限性标记基因的有效方法

介绍了一种回交结合标记基因选择 ,转移蚕限性品种标记基因的方法。利用这种方法可以较快地把一个限性系统中性别控制基因导入普通蚕品种 ,且能基本上保持原来蚕品种的性状特点     

人工诱导家蚕ZZWW型三倍体的细胞遗传学分析

试验以探讨ZZWW型四倍体雌蚕在减数分裂中性染色体行为为目的 ,用玉泽的过冷却处理方法诱发的四倍体雌蚕 (ZZWW )与带有伴性赤蚁基因的二倍体雄蚕 (ZschZsch)交配 ,发现有ZZWW型三倍体发生。根据ZZWW型三倍体发生 ,分析四倍体雌蚕减数分裂中形成配子的种类和比例、遗传学行为及ZZWW型三倍体蚕的形成机制     

家蚕裸蛹基因(Nd)的SSR定位

家蚕裸蛹是自然突变产生的,裸蛹基因(Nd)与丝素重链基因(Fib-H)同处于第25染色体上,二者紧密连锁。利用家蚕雌性不交换的特点,以家蚕正常茧品种P50和裸蛹品种Nd为亲本获得P50×(P50×Nd)和(P50×Nd)×P50回交群体(分别记为BC1M和BC1F),再用已经构建的家蚕SSR分子标记连锁图谱对Nd基因进行定位,共筛选出7个与Nd基因连锁的SSR标记。BC1F群体中的所有裸蛹个体均表现出与(P50×Nd)F1相同的杂合型带型;而所有正常茧个体带型与亲本P50一致,为纯合型。利用另一个群体BC1M构建了Nd基因的遗传连锁图,连锁图的遗传距离为96.8 cM,Nd基因位于60.8 cM。同时得到了2个与Nd紧密连锁的SSR标记S2511及S2513,与Nd基因的距离分别为0.1 cM和1.1 cM。     

家蚕不同品种与个体的血液胰凝乳蛋白酶抑制剂差异研究

胰凝乳蛋白酶抑制剂 (Chymotrypsininhibitor,CI)是家蚕血液中主要的蛋白酶抑制因子 ,为其正常生长发育所不可缺少 ,研究CI对阐明家蚕正常生理以及害虫防治等都具有重要意义。采用pH 8 3、4 0聚丙烯酰胺凝胶电泳和CI活性染色法 ,对 6个家蚕品种血液中的蛋白质含量和CI活性进行了测定 ,并对各品种CI活性的个体差异性进行了分析。结果表明 :结合pH 8 3和pH 4 0的电泳条件 ,可检测出Ict D ,Ict E ,Ict A ,Ict B ,Ict H基因所支配的 15种CI;6个品种中有 3个具有CI个体差异性 ,而且Ict E和Ict B在有的品种或个体无活性 ,为非必需种类     

采用单碱基延伸法检测家蚕单核苷酸多态性位点

单核苷酸多态性(SNP)分型可以作为丰富的分子标记用于家蚕群体遗传学、基因组注释以及功能基因研究。利用SNaPshot试剂盒的SNP分型方法,对以单碱基延伸法检测家蚕SNP位点进行了探索。首先对SNP位点进行PCR扩增,然后以PCR产物为模板,以4种荧光标记ddNTPs为底物,采用延伸引物扩增SNP位点处的一个碱基,最后用377测序仪进行基因分型。通过对家蚕2个SNP位点的分析结果表明,利用单碱基延伸法可以准确地检测SNP位点,并且可以知道该位点的碱基。由于单碱基延伸法可以通过多重PCR在1个反应体系检测多至10个位点,因此该方法不仅方便快捷,并且可以实现高通量检测SNP位点。