建兰花香物质合成相关基因RT-qPCR内参基因筛选

为筛选适用于建兰(Cymbidium ensifolium)花香物质合成相关基因表达分析的内参基因,本研究从建兰‘小桃红’转录组测序结果中筛选出ACT、GAPDH、EF1α、TUA、TUB、CYP、UBQ和ADF这8个常用的内参基因作为候选内参基因。以建兰‘小桃红’的不同花期(小蕾期,中蕾期,大蕾期,初开期,盛花期,衰败期)和盛花期不同花器官(萼片,花瓣,唇瓣,合蕊柱)为实验材料,利用RT-qPCR技术分析候选内参基因在不同样品中的表达量,并结合内参基因稳定性分析软件对候选基因表达稳定性进行分析。结果表明：在候选内参基因中,TUB的稳定性最高,可作为建兰‘小桃红’花香物质合成相关基因表达分析的最适内参基因。     

彩色马蹄莲不同品种和组织qRT-PCR内参基因筛选

为筛选出彩色马蹄莲不同品种和组织最佳内参基因,以彩色马蹄莲不同品种和不同组织为研究材料,运用实时荧光定量PCR技术(qRT-PCR)结合3个内参基因稳定性分析软件(geNorm, NormFinder和BestKeeper),对彩色马蹄莲6个候选内参基因(18S rRNA, ACT, EF1α, GAPDH, LEU和TUB)的表达稳定性进行了分析。通过geNorm软件计算出彩色马蹄莲不同品种和组织的最适内参基因数目均为3个;综合3个软件的分析结果,筛选出彩色马蹄莲不同品种中稳定性最好的3个基因为18S rRNA、LEU和GAPDH;不同组织中稳定性最佳的3个基因为ACT、EF1α和18S rRNA。本研究为彩色马蹄莲品种间叶片表型差异、种球发育、赤霉素敏感差异等机理研究提供参考依据。     

‘紫叶’酢浆草感夜性运动最适内参基因的筛选

‘紫叶’酢浆草(Oxalis triangularis ’Purpurea’)为酢浆草科(Oxalidaceae)酢浆草属(Oxalis)多年生草本植物,除具有极高观赏价值外,也是研究植物感夜性运动的理想材料。为了筛选适合于研究‘紫叶’酢浆草感夜性运动的内参基因,根据白天和夜间状态下叶枕转录组测序结果,选取6个常用内参基因ACT、EF-1α、TUA、TUB、UBC和UBQ作为候选内参基因,以‘紫叶’酢浆草的叶枕、叶柄、小叶和花4个部位白天和晚上的组织为试验材料,通过RT-qPCR对各候选内参基因的表达情况进行检测,利用3个常用内参基因分析软件geNorm、NormFinder和BestKeeper对候选内参基因的稳定性进行评估。结果表明：UBC在3个软件和稳定性综合排名中均在第二,且与各个软件的第一稳定性相近,综合稳定性最高,是研究‘紫叶’酢浆草感夜性运动最适内参基因。同时也为其他‘紫叶’酢浆草基因表达量相关研究提供参考。     

百合体胚诱导、发育及不同组织实时定量PCR内参基因筛选

本研究筛选观赏百合(Lilium oriental×Trumpet hybrid)体胚诱导、发育不同时期及不同组织中稳定表达的内参基因,以观赏百合品种‘Conca D'Or’为研究对象,采用实时荧光PCR分析百合8个候选内参基因(18S,ɑ-TUB,GAPDH,UBQ,b HLH,ACT,EIF,EF1)在体胚诱导不同时期、体胚发育不同阶段及不同组织中的扩增效果,并采用Genorm、Norm Finder和Best Keeper三种软件对候选内参基因在百合中的表达稳定性进行综合评价。结果表明:b HLH在体胚诱导、发育及不同组织中的稳定性优于其他基因;GAPDH及ACT在观赏百合‘Conca D'Or’上扩增效果差。将体胚诱导不同时期、体胚发育不同时期及不同组织的扩增数据放在一起分析,Ge Norm和Norm Finder软件评估最适内参基因为b HLH和EIF,Best Keeper软件评估最适内参为EF1和b HLH。本研究建立了观赏百合实时荧光定量PCR内参基因的筛选体系并选出观赏百合体胚诱导、发育及不同组织表达最稳定的前三个内参基因分别为b HLH、EIF和EF1。     

药用植物内参基因研究进展

随着荧光定量PCR技术广泛应用,内参基因稳定性作为影响定量实验结果准确性的关键因素而逐渐成为学者研究热点。植物候选内参基因稳定性评价已有诸多研究报道,候选内参基因的选择也不再局限于传统的管家基因,基因芯片及转录组测序技术发展也使一些新的基因作为候选内参基因成为可能,有学者也选择mi RNA作为候选内参基因。而评价这些候选内参基因的方法也由原来单一的软件评价,发展为结合各个不同的软件综合分析,使内参基因的评价更加可靠、准确。本综述主要研究了近几年来药用植物候选内参基因的选择、稳定性分析等研究进展,旨在为后续开展药用植物育种相关研究提供一定的参考与借鉴。     

翼首草实时荧光定量PCR内参基因筛选

本研究以传统藏药翼首草为材料,利用翼首草转录组数据库和RT-qPCR技术分析6个植物常用的候选内参基因(Actin,18S,TUBa,TUBb1,TUBb2和GAPDH)。选用geNorm、NormFider和BestKeeper 3款分析软件进行候选内参基因稳定性分析,以期筛选出翼首草不同组织中表达稳定的内参基因。内参基因Ct值分析、geNorm和NormFider软件分析结果表明Actin基因表达量最高,表达最稳定。BestKeeper软件分析结果表明GAPDH和Actin基因表达最稳定。综合分析结果说明,运用RT-qPCR技术研究翼首草关键基因表达量时,可选用Actin基因作为内参基因。翼首草合适内参基因的确定,可为今后其相关基因表达研究的开展提供依据。     

梨花芽休眠进程中microRNA实时定量PCR内参基因的筛选

本研究通过分析候选内参基因的表达稳定性,筛选出适合梨花芽休眠进程中microRNA实时荧光定量PCR(qRT-PCR)的内参基因。本研究以休眠不同时期的砂梨花芽为材料,挑选了15个候选内参基因,用qRT-PCR技术检测候选基因在休眠不同时期的表达量,利用geNorm、Norm Finder和Best Keeper软件进行表达稳定性综合分析。研究结果表明,梨花芽休眠不同时期中表达最稳定的单个内参基因是miR3.0_22782,最稳定的内参基因组合是miR3.0_22782和miR171。本研究为准确探究梨花芽休眠进程中miRNAs的表达及进一步研究提供科学依据。     

黄麻内参基因筛选及次生细胞壁合成相关基因的表达分析

选择合适的内参基因进行校正和标准化,既能提高实时定量荧光PCR的准确性,也为分析黄麻次生细胞壁合成相关基因的表达模式奠定基础。本研究通过常用的内参基因,结合课题组已有的基因组数据和转录组数据,初步筛选出8个内参基因(CcTUBα、CcACT、CcDnaJ、CcTUBβ、CcUBQ、CcEF1α、CcUBC和CcUBI)。为验证这些候选内参基因的稳定性,以优良品种‘黄麻179’为材料,对种子萌发后14 d的根、茎、叶进行qRT-PCR分析。经Ct值的变异系数、软件geNorm和NormFinder的综合分析,确定表达最稳定内参基因为CcDnaJ,最佳内参基因组合方式为CcDnaJ+CcUBQ+CcUBI。通过种子萌发后10 d下胚轴、60 d和90 d茎皮的转录组数据分析次生细胞壁合成相关基因的表达模式,发现木质素合成基因Cc4CL1、CcCCoAOMT1的表达量在种子萌发后60d茎皮最高,而种子萌发后90 d茎皮表现为下降;纤维素合成酶基因CcCesA4、CcCesA7、CcesA8和木聚糖合成基因CcIRX8、CcIRX9、CcFRA8的表达量在种子萌发后10 d下胚轴最高,而种子萌...     

栝楼实时荧光定量PCR内参基因的筛选与验证

栝楼是葫芦科栝楼属雌雄异株植物,为了解雌雄株差异基因表达水平,需要筛选稳定表达的内参基因。本研究根据3个栝楼品种苗期雌雄株叶片的转录组测序结果,筛选出12个候选内参基因。通过荧光定量PCR (RT-qPCR)检测内参基因的表达量,并利用geNorm、NormFinder和BestKeeper 3个软件评价候选内参基因的稳定性。结果显示,12个候选内参基因的表达量在所有样本间的变化幅度存在差异,综合分析3个评估软件结果得到Actin和GAPDH基因在所有样品中的表达最为稳定。栝楼雌、雄株部分差异基因的RT-qPCR分析结果与转录组结果相吻合,说明Actin和GAPDH基因适合作为栝楼基因表达研究的内参基因。本研究筛选出的最稳定的内参基因将为栝楼后续的基因表达研究提供校准依据。     

铁线莲属萼片荧光定量PCR内参基因的筛选和评价

以不同花色的铁线莲属(Clematis L.)栽培品种‘恬美’(C.‘Sympatia’)、‘罗兰’(C.‘Rooran’)、‘仙女座’(C.‘Andromeda’)‘、阿拉贝拉’(C.‘Arabella’)‘、普鲁吐斯’(C.‘Proteus’)以及‘路易斯罗维’(C.‘Louise Rowe’)初花时期的萼片为研究材料,利用RT-qPCR技术检测Atpb、Arp7、Ubc34、Wit1、Cxip4、Cyp71a1和Cyp35a1等7个候选内参基因的mRNA表达情况,并利用软件geNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder对7个候选内参基因的稳定性进行综合评估。结果表明,内参基因表达差异显著;利用geNorm软件计算结果为基因Atpb与Cxip4最稳定;利用NormFinder软件计算结果为基因Cxip4最稳定;而BestKeeper软件计算出的最稳定的候选内参基因为Arp7,其次为Atpb;按这3个软件的计算结果,Cyp71a1与Cyp35a1的稳定性均最差,不适合作为内参基因;RefFinder软件分析的最佳的候选内参基因为Arp7。经综合分析,这几...     

芒果细菌性角斑病菌在侵染芒果叶片过程中内参基因筛选

为筛选芒果细菌性角斑病菌在侵染芒果叶片过程中稳定表达的内参基因,采用实时荧光定量聚合酶链式扩增反应技术检测和分析病原细菌的16S rRNA、gyrB、GAPDH、dan K和rpo D这5个看家基因的表达量。结果表明,经过PCR扩增效率筛选,5个基因均扩增出单一条带,且条带大小与预期产物相符,特异性较好,符合基本稳定性要求。利用ge Norm软件分析发现,GAPDH和rpo D稳定性最高,M值均为0.122。其余3个基因的表达稳定性依次为gyr B (M=0.17)dan K (M=0.325)16S rRNA (M=0.542)。在5个候选内参基因中,GAPDH和gyr B为病原细菌侵染芒果叶片下表达最稳定的基因,且不需要引入第三个基因(V_(2/3)=0.063)。NormFinder软件分析5个候选内参基因稳定性数值顺序依次为:gyr B (0.092)dan K (0.169)GAPDH(0.188)rpo D (0.235)16S rRNA (0.581)。Bestkeeper程序分析5个候选内参基因的标准差(SD)值都在0.86～0.79之间。综合以上结果发现GAPDH和gyr B基因的表达稳定性最好,能够作为病原细菌在侵染芒果叶片时的内参基因,更准确地校正定量结果。     

白叶枯病菌侵染下的水稻内参基因稳定性

水稻白叶枯病是由黄单胞菌水稻致病变种引起的一种细菌性枯萎病害,严重危害水稻产量。水稻受白叶枯侵染后,通过对相关基因表达变化进行检测,是研究水稻-白叶枯病菌分子互作机理的一种重要手段。为了筛选出稳定表达的内参基因,以确保后续基因表达分析结果的可靠性,本研究以接种了白叶枯病菌PXO61、PXO99的水稻叶片为研究材料,在侵染后不同时间点取样,对6个常用的水稻内参基因(TUB,EF1α,UBQ5,ACT,18Sr RNA和GAPDH)的表达进行qRT-PCR检测并用ge Norm、Norm Finder和Best Keeper三种软件对6对常用内参基因的稳定性进行了分析。结果发现:6个内参基因在两种白叶枯病菌侵染后的表达量变化均有差异;综合三种软件算法,受白叶枯PXO61和PXO99侵染后水稻叶片中表达最稳定的基因为EF1α、ACT和TUB,为水稻响应白叶枯病菌基因表达及其进一步的功能研究提供了参考和借鉴。     

沙地云杉种子内参基因的筛选与验证

为筛选出沙地云杉(Picea mongolica)种子成熟过程中均可稳定表达的内参基因,本研究以沙地云杉种子不同发育时期的样本为研究对象,采用RT-qPCR技术,检测沙地云杉种子转录组数据库中GAPDH、EF1α、CYC、Actin等8个候选内参基因在种子发育过程中呈现的综合表达水平,并通过内参基因分析软件(geNorm, NormFinder, BestKeeper)对其稳定性统一评估。结果表明,候选内参基因中稳定性最好的是CYC、EF1α和GAPDH。分别以CYC、EF1α和GAPDH作为内参基因对沙地云杉胚胎发育关键调控基因LEA1(Late embryogenesis abundant protein)和WOX9 (WUSCHEL related homebox)进行了定量分析,其表达趋势基本一致。本研究结果将对沙地云杉及近缘物种的分子育种研究提供参考。     

核桃(Juglans regia L.)MicroRNA实时荧光定量RT-PCR内参基因的筛选

RT-qPCR是目前应用最广泛的基因表达分析方法,选择合适的内参基因对数据进行标准化至关重要。结合geNorm、Normfinder和RefFinder 3个软件分析了8个候选miRNA内参基因在核桃不同分化期花芽与叶芽、不同组织及不同品种中的表达稳定性。结果显示,jre-miR394a,jre-miR159a和jre-miR159c可作为不同分化期花芽中基因表达分析的内参;5.8S rRNA和jre-miRn3可作为不同分化期叶芽中基因表达分析的内参;5.8S rRNA,jre-miRn3、jre-miR159b-3p和jre-miR159c可作为不同组织中基因表达分析的内参;jre-miR159b-3p,jre-miR159c和jre-miR159a可作为不同品种中基因表达分析的内参。5.8S rRNA不适合作为不同分化期花芽和不同品种中基因表达分析的内参。本研究为核桃miRNA表达分析中的数据标准化提供数据支持和理论参考。     

高温胁迫香葱内参基因筛选与稳定表达分析

香葱(Allium fistulosum L. var. Caespitosum Makino)响应高温胁迫过程中,差异表达基因的鉴定及表达验证对深入了解香葱的高温应答分子响应机理具有重要意义。为筛选高温胁迫下香葱稳定表达的内参基因,本研究以香葱耐热品种‘AF60’和不耐热品种‘AF35’的叶片为材料,分别进行高温胁迫不同时间处理,选取13个候选内参基因(Ac18S, Af18S, Af28S, AcActin, AcActin, AfTUA, AfTUB, AsSAND, AfMYH, AfGAPDH,AfUBQ, AfEF1α, AfCYC),利用实时荧光定量RT-qPCR技术检测香葱高温胁迫处理候选内参基因的表达,采用GeNorm、NormFinder、BestKeeper软件评价其稳定性,并进行综合分析。结果表明：13个内参基因在不同高温处理下的表达稳定性存在差异,综合分析香葱内参AcActin表达最稳定,其次为AfEF1α、Af28S;而AcActin表达最不稳定;同时,结果显示利用香葱转录组开发的内参基因普遍稳定性高于葱属其他作物开发的内参。该结果为香葱基因的表达分析提供了...     

大蒲莲猪不同发育阶段组织RT-qPCR分析中适宜内参基因筛选

利用适宜数量且表达稳定的内参基因对目的基因的表达量进行标准化是获得准确、可靠RT-qPCR数据的重要条件。以不同日龄大蒲莲猪8种组织(心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、肠组织、肌肉、血液)为试验材料,使用ge Norm、Norm Find软件对8个常用候选内参基因(ACTB、B2M、GAPDH、RPL4、SDHA、TBP、YWHAZ、PPIA)的表达稳定性进行分析,筛选适宜内参基因及其组合。ge Norm、Norm Find软件联合分析结果表明,不同日龄大蒲莲猪心脏中表达最稳定的内参基因为TBP、PPIA和YWHAZ,肝脏、肾脏、肠组织和肌肉中最稳定的内参基因均为TBP和PPIA,脾脏中表达最稳定内参基因为TBP和RPL4,肺脏中表达最稳定内参基因为TBP、RPL4、PPIA和ACTB,血液中表达最稳定内参基因为ACTB、YWHAZ和GAPDH。由于大蒲莲猪8种体组织中最适宜内参基因组合和数量不同,因此内参基因筛选是进行RT-qPCR数据分析的必要条件。结果可为研究大蒲莲猪目的基因表达时适宜内参基因的选择提供帮助。     

地黄实时定量PCR内参基因的筛选

本文通过RT-qPCR分析了地黄中7个传统内参基因18S、EF-1?、ACT11、UBQ10、UBQ5、TUB5、GAPDH和4个新报道的内参基因PP2A、RPⅡ、HSP90、TIP41的mRNA表达差异情况,分别利用Ct值比较,GeNorm、NormFiner和BestKeeper软件分析它们在两个发育时期、八种不同组织器官中表达稳定性。结果表明：在地黄花器官中（花瓣、花托、雄蕊、雌蕊、子房）,TIP41和UBQ10表达稳定;在地黄生殖生长期和营养生长期不同器官中（根、茎、叶）,TIP41和UBQ5表达稳定。因此,以上两组基因分别适宜作为不同营养器官的内参基因。     

茎点枯病菌诱导下芝麻内参基因的筛选

用CodeHop方法设计简并引物克隆得到了GAPDH、β-actin、α-tubulin、UBQ5、RPL4、eIF4A和eEF1α 7个看家基因的部分序列,将这7个基因和GenBank中已公布的18S rRNA、NADHD 2个基因共9个基因作为候选内参基因,利用实时荧光定量PCR技术,分析其在茎点枯病菌诱导下芝麻中的表达稳定性。经BestKeeper、NormFinder和GeNorm软件分析可知,UBQ5、eIF4A、α-tubulin 3个基因表达均较稳定,eEF1α变化最大。当使用多基因作为内参基因时,选择这3个最稳定的候选内参基因即可准确矫正定量结果。     

影响葡萄果皮颜色的MYB类转录因子的研究进展

在葡萄品种中,果皮颜色从白色到黑色存在广泛的差异,花青素苷的合成和积累是形成果皮颜色的直接原因,MYB类转录因子是调控花青素苷合成的一类重要的转录因子。为了进一步探究不同种果皮颜色同MYB转录因子之间的关系,本研究列出了花青素的结构和种类以及花青素苷生物合成途径,归纳了葡萄色泽与花青素苷的关系,列举了调控植物花青素苷合成的相关基因的功能,并着重分析了葡萄MYB类转录因子在花青素苷合成过程中的功能,以期为今后改良葡萄果皮颜色提供指导。     

干旱和盐胁迫中大麦实时定量PCR内参基因的筛选

为筛选大麦中干旱和盐胁迫条件下适宜的实时定量PCR内参基因,我们对栽培大麦23-19和野生大麦4-3进行了3种不同的胁迫处理:不浇水自然干旱、30%PEG干旱胁迫、0.4 mol/L Na Cl盐胁迫,用内参分析软件Ge Norm和Norm Finder分析比较了6种常用内参基因ubiquitin、a-tubulin 2、Actin、ARF1、EF1a、SAM在不同组织部位的表达稳定性,并以筛选到的稳定内参分析了胁迫诱导表达基因DHN1的表达情况。结果显示:筛选内参基因时,将所有实验数据综合在一起分析,未能找到稳定表达的内参基因及其组合;按根、茎、叶进行内参基因的筛选发现不同的组织部位、在不同的胁迫处理下,稳定表达的内参基因不完全相同;叶片中内参基因的表达稳定性最为一致,ubiquitin、Actin和ARF1在3种不同的胁迫处理下均有较为稳定的表达。以筛选到的内参基因ubiquitin、Actin和ARF1分析DHN1的表达情况,结果与植物的生长表现吻合。研究结果表明同时考虑太多的变量组合(如不同胁迫,不同组织)不易筛选到稳定表达的内参基因,建议在进行实时定量PCR研究之前根据具体的实验条件先对内参基因进行筛选。叶片适宜作为组织材料、ubiquitin、Actin和ARF1适宜作为内参基因组合对干旱和盐胁迫下野生大麦和栽培大麦进行实时定量PCR研究。