miR-146a过表达羊驼黑色素细胞内转录组图谱分析

miR-146a在一些癌症生理学过程如肺癌、肝癌、黑色素瘤中具有重要的调节作用。为了揭示miR-146a在羊驼黑色素细胞中的生物学功能,利用RNA-Seq的高通量测序技术从基因组转录水平解析miR-146a可能的分子作用机制,经Illumina sequencing平台测序并进行生物信息学分析。结果表明,miR-146a转染组和对照组羊驼黑色素细胞的转录表达谱,各样品纯数据均达到6.34 Gb,Q30碱基百分比在87.44%以上;组装后共获得161 666条序列,其中长度在1 kb的序列有20 019条。对序列进行功能注释,包括与NR、Swiss-Prot、KEGG、COG、KOG、GO和Pfam数据库的比对,结果显示,共获得25 867条序列的注释结果,其中,SSR分析共获得10 963个SSR标记。功能分析结果表明,这些表达基因涉及多种GO分类及KEGG通路且与黑色素相关的GO分类和KEGG通路占有较大比例。结果显示,研究miR-146a在黑色素细胞中的功能及其分子机制,并获得了黑素细胞转录组图谱,可为进一步研究控制羊驼毛色生理和色素生成的基因表达网络提供宝贵的资源。     

低剂量恩诺沙星对SPF小鼠肠道菌群的影响研究

 采用SPF小鼠动物模型研究了低剂量恩诺沙星对肠道菌群细菌数量、细菌耐药性和定植抗力的影响。连续饮水给药（1、10 和100 mg·L-1）48 d后，恩诺沙星对SPF小鼠肠道菌群的主要影响为：10和100 mg·L-1恩诺沙星可抑制部分需氧和兼性厌氧菌的生长（P＜0.05或P＜0.01）；100 mg·L-1恩诺沙星可抑制肠球菌和部分拟杆菌的生长（P＜0.05或P＜0.01）；1、10 和100 mg·L-1恩诺沙星使需氧和兼性厌氧菌对环丙沙星的耐药率增加（P＜0.05或P＜0.01）；100 mg·L-1恩诺沙星使拟杆菌对环丙沙星的耐药率增加；1、10 和100 mg·L-1恩诺沙星可降低部分SPF小鼠肠道菌群的定植抗力，使菌群对外源细菌的屏障作用下降。低剂量恩诺沙星对肠道菌群数量和定植抗力影响不大；恩诺沙星对肠道菌群的主要影响是使需氧和兼性厌氧菌的耐药率增加；中国现行规定的恩诺沙星和环丙沙星的日允许摄入量（ADI）可能也会对人体肠道菌群产生影响，主要为选择出耐药需氧和兼性厌氧菌。     

葛根素对正常小鼠肠道微生物活度及消化酶活性的影响

为探讨葛根素对正常小鼠肠道微生物活度及消化酶活性的影响,对12只SPF级雄性昆明小鼠进行了无菌水(常规组)和葛根素(葛根素组)喂养试验。结果表明：与常规组相比,葛根素组小鼠肠道微生物活度显著降低;蔗糖酶、蛋白酶及淀粉酶的活性升高,纤维素酶的活性显著降低;此外,葛根素的干预并未显著改变小鼠的摄食量及脏器系数,但体重增长率较常规组降低,说明葛根素能降低小鼠体重增长率,有助于控制小鼠体重,其机制可能是通过调节小鼠肠道消化酶活性(降低纤维素酶活性,升高蔗糖酶、蛋白酶和淀粉酶活性)从而促进体内碳水化合物的消化和代谢。     

复合有机酸对大肠杆菌攻毒小鼠免疫功能及肠道菌群的影响

【目的】旨在探究饲粮中添加复合有机酸对大肠杆菌攻毒小鼠生长、免疫功能及肠道菌群的影响。【方法】选取7周龄健康雌性昆明小鼠90只,随机分为5组,每组6个重复,每个重复3只小鼠。对照组（CON组）和大肠杆菌组（ETEC组）饲喂基础饲粮,3个有机酸化剂组（OA组）分别饲喂在基础饲粮中添加1.5%,3.0%,6.0%复合有机酸的试验饲粮。试验第15天,对照组小鼠腹腔注射PBS溶液,其余4组小鼠均腹腔注射大肠杆菌培养液（2×108CFU/mL）,试验期为21 d。【结果】（1）攻毒后,饲料中添加有机酸对小鼠的心脏、肝脏和脾脏等器官指数无显著影响（P>0.05）。（2）与CON组相比,ETEC组小鼠血清中炎症相关因子（TNF-α、IL-6、D-LA和DAO）水平升高（P<0.05）,空肠组织中炎症相关基因（IL-6、TNF-α、MyD88和MCP-1）mRNA表达升高（P<0.05）,添加1.5%有机酸可显著降低血清炎性因子含量并下调炎症相关基因mRNA表达量（P<0.05）。（3）与CON组相比,ETEC组小鼠空肠绒毛高度和绒毛高度/隐窝深度显著降低（P<0.05）...     

普洱茶对apoE基因敲除小鼠血脂的影响

[目的]为了验证普洱茶对apoE基因敲除小鼠动脉粥样硬化的作用。[方法]选取55只4周龄雄性apoE基因敲除小鼠,按照体重随机分成正常对照组、降脂药组、模型组、生茶组、熟茶组共5组,用普洱茶汤进行干预性试验90 d后,空腹12 h,摘眼球采血,采用全自动生化仪测血清中的总胆固醇(TC)、甘油三酯(TG)、低密度脂蛋白(LDL-C)、高密度脂蛋白(HDL-C)等血脂指标。[结果]普洱茶(生、熟)均可显著控制小鼠体重增长(P<0.05);普洱生茶可显著降低小鼠血清中TG、LDL-H含量,升高HDL-C含量(P<0.05),可显著降低AI系数(P<0.05)。[结论]普洱茶对apoE基因敲除小鼠的抗动脉粥样硬化有一定的调节作用。     

Aldh3a2a敲除对斑马鱼体色的影响

本研究探讨了Aldh3a2a在斑马鱼色素细胞发育中的意义及其对醛代谢和肝脏健康的影响。利用CRISPR/Cas9技术,我们成功敲除斑马鱼体内的aldh3a2a,导致黑色素细胞、黄色素细胞和虹彩细胞合成数量减少。转录组分析揭示了基因表达谱的变化,特别是与钾通道和类固醇生物合成途径相关的基因表达谱。我们的研究结果表明,aldh3a2a和aldh1a2之间存在调控关系,对视黄酸受体信号传导有影响。GO和KEGG富集分析强调了对色素细胞发育以外的细胞过程的更广泛影响。此外,aldh3a2a基因敲除会导致醛积累,导致肝脏异常,类似于Sj?gren-Larsson综合征,本研究揭示了aldh3a2a在斑马鱼中的多方面作用及其与人类遗传疾病的相关性。     

苏云金芽孢杆菌BtZ01对胚后小鼠生长、肠道发育和微生物菌群的影响

试验旨在研究苏云金芽孢杆菌（Bacillus thuringiensis,Bt）BtZ01对胚后小鼠生长、肠道发育及微生物菌群的影响。选取妊娠0 d的孕鼠48只,随机分为4组：对照组饮用灭菌水,试验组分别饮用添加106,108,5×109 cfu·mL-1 浓度BtZ01菌的灭菌水,试验从母鼠妊娠起至胚后小鼠成年,试验期66 d。结果表明：1）饮水中添加BtZ01菌对胚后小鼠体重、体长及料重比没有显著影响（P>0.05）。2）饮水中添加5×109 cfu·mL-1水平的BtZ01菌显著降低了胚后小鼠断奶时空回肠和结直肠的相对重量（P＜0.05）;饮水中添加106,108 cfu·mL-1水平的BtZ01菌对胚后小鼠断奶与成年时小肠的相对重量和体重校正长度没有影响（P>0.05）。3）饮水中添加108,5×109 cfu·mL-1水平的BtZ01菌显著增加了胚后小鼠成年时的空肠绒毛长度及绒毛长度/隐窝深度（V/C）值（P＜0.05）。4）饮水中添加108,5×109 cfu·mL-1 水平的BtZ01菌极显著降低了胚后小鼠肠道中大肠杆菌数（P<0.01）。由此可见,高浓度的BtZ01菌对胚后小鼠幼年肠道发育具有一定的抑制作用,但从长期饲养效果来看,饮水中添加BtZ01菌能够促进小肠绒毛的增长,提高消化吸收和抑制有害菌群定植的能力。     

羊栖菜酵素对小鼠肠道菌群结构和粪便差异代谢物的影响

为探究羊栖菜Sargassum fusiforme酵素对小鼠肠道菌群结构及粪便差异代谢物的影响,每日一次使用剂量为0.2 mL/10 g(体质量)的羊栖菜酵素对体质量为(25±2)g的雄性小鼠连续灌胃45 d后,同时设灌胃相同剂量生理盐水的空白组,收集2组小鼠粪便,采用16S rRNA高通量测序技术对各组小鼠肠道菌群进行分析,同时采用UPLC-TOF-MS代谢组学对小鼠粪便代谢产物进行分析,确定代谢通路,并研究羊栖菜酵素与肠道微生物菌群之间的关系.结果表明:基于Illumina MiSeq平台,与灌胃生理盐水的空白组相比,羊栖菜酵素灌胃组小鼠粪便中乳杆菌属Lactobacillus、双歧杆菌属Bifidobacterium等有益菌丰度升高,拟杆菌属Bacteroides、幽门螺杆菌属Helicobacter等有害菌丰度降低;采用UPLC-TOF-MS代谢组学分析确定了正负离子模式下,有14个与羊栖菜酵素灌胃相关的粪便显著差异代谢物,涉及7个主要相关代谢通路,分别为嘌呤代谢,丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢,嘧啶代谢,半乳糖代谢,精氨酸和脯氨酸代谢通路,甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢,精氨酸的生物合成,其中对前5个代谢通路的影响最为显著.研究表明,小鼠肠道中有益菌与致病菌比例在两组之间差异显著,羊栖菜酵素组中有益菌群比例均大于空白组,代谢产物也存在明显差异,羊栖菜酵素对小鼠的肠道菌群多样性具有调节作用.     

川秋葵微粉体外降血脂作用及对小鼠肠道菌群的影响

研究川秋葵微粉体外降血脂的能力及其对小鼠肠道菌群的影响。小鼠肠道菌群试验中,将小鼠随机分为4组灌胃6周,即对照组(等体积的生理盐水[10 mL/(kg·d)]、川秋葵微粉低剂量组[450 mg/(kg·d)]、川秋葵微粉中剂量组[900 mg/(kg·d)]、川秋葵微粉高剂量组[1 800 mg/(kg·d)]),采用16S rDNA高通量测序技术分析小鼠肠道菌群的组成及其变化。体外降血脂试验中,研究不同质量浓度的川秋葵微粉对体外胆固醇、牛磺胆酸钠、甘氨胆酸钠的吸附能力。结果显示,川秋葵微粉各剂量组的小鼠肠道菌群组成的相似度较高,中剂量组的盲肠内容物菌群的OTUs数量最高,说明中剂量组小鼠盲肠菌群的特异性高;低剂量组的结肠内容物菌群的OTUs数量最高,说明低剂量组小鼠结肠菌群的特异性高;此外,秋葵微粉能提高小鼠肠道中的益生菌比例,降低有害菌比例。通过体外胆固醇吸附试验以及体外胆酸盐吸附试验,初步证实秋葵微粉具有良好的吸附胆固醇、牛磺胆酸钠以及甘氨胆酸钠的能力,且呈明显的剂量效应关系,随着质量浓度的增加其吸附量逐渐上升;秋葵微粉对牛磺胆酸钠的吸附量较甘氨胆酸钠的吸附量多,即秋葵微粉与牛磺胆酸钠的结合能力更强。结果表明,川秋葵微粉具有体外降血脂的能力,且对小鼠肠道内环境健康具有改善调节作用,低剂量更具有实际应用价值。     

miR-20a在pk15细胞的过表达及其对炎症细胞因子的影响

炎症反应是机体应对外界刺激的自我保护机制,近年发现一些miRNA与机体的炎症因子存在相互调控关系,试验利用人工合成的miR-20a模拟物及抑制剂,建立了脂质体转染最佳体系,检测了miR-20a在pk15细胞中对炎症因子的调节作用。结果表明:60 pmol/μL和80 pmol/μL为最佳转染浓度,36 h为最佳转染时间,抑制miR-20a的表达会显著提高干扰素和白细胞介素的表达(P0.05)。这一结果揭示了miR-20a在机体免疫过程中对炎症反应起到负调控作用,在一定程度上可以预防过度炎症反应的发生。     

溶葡萄球菌素对小鼠肠道菌群结构的影响

【目的】研究溶葡萄球菌素对小鼠肠道菌群结构的影响,为溶葡萄球菌素的食用安全性评估提供参考。【方法】将24只7周龄ICR小鼠随机分为3个试验组和对照组,3个试验组分别提供溶葡萄球菌素含量为1 μg/mL（低剂量）、5 μg/mL（中剂量）和15 μg/mL（高剂量）的饮水10 mL/(只·d),于饮用第0(饮用前),1,3,7,14,21天以及停饮第3,7,14天采集小鼠新鲜粪便样品,采用PCRDGGE技术检测小鼠肠道菌群结构变化。【结果】DGGE图谱显示,各组小鼠试验前后不同时间肠道内的优势菌种相似;经UPGMA聚类分析,与对照组相比,低、中剂量溶葡萄球菌素对小鼠肠道菌群结构影响较小,高剂量溶葡萄球菌素对小鼠肠道菌群结构影响较大;差异性分析结果显示,试验组饮用各阶段带谱与试验前的相似性与对照组相应阶段的相似性差异均不显著（P＞0.05）,溶葡萄球菌素低、中和高剂量组在停饮后第7天带谱与饮用前的相似性分别达到了70.8%,66.9%和63.8%;对图谱中主要条带进行测序和比对分析,结果表明,高剂量溶葡萄球菌素对小鼠肠道中Lactobacillus taiwanensis和1株不可培养细菌有促进作用。【结论】溶葡萄球菌素对小鼠肠道菌群结构的改变具有浓度依赖性,且停饮后小鼠肠道菌群结构有一定程度的恢复。     

鸡miR-18la靶基因的生物信息学分析

对鸡miR-18la的靶基因进行了预测及相关生物信息学分析,为深入研究miR-18la生物学功能提供理论指导.利用TargetScan 5.1与PicTar 2种计算方法对miR-18la进行靶基因预测,交集的基因集合分别进行GO富集分析和KEGG分析.结果预测到交集靶基因有137个下游靶基因,GO富集分析结果表明,1...     

ETV5基因敲除对小鼠肌肉基因表达谱的影响

【目的】与野生型小鼠相比较,采用CRISPR/Cas9技术制备的ETV5基因纯合敲除小鼠在表现出内源性精原干细胞消融的同时伴随着体型和体质的明显弱势,本研究的目的是探究ETV5基因敲除对小鼠肌肉表达谱的影响。【方法】采集6周龄的3只野生型公鼠和3只ETV5纯合敲除公鼠的肌肉组织并抽提RNA,进行转录组测序,并对测序结果进行生物信息学分析,对2组小鼠肌肉样品的差异表达基因进行聚类分析、GO和KEGG富集分析。【结果】2组小鼠的肌肉组织共筛选出了574个差异表达基因,其中,上调基因292个,下调基因282个。发现了多个基因影响ETV5敲除小鼠的生长发育,其中,包括影响小鼠肌肉发育的基因Amd1和影响脂肪累积的基因Chrna2。GO和KEGG分析富集到的通路大多与脂肪代谢和生长发育相关。【结论】本研究结果为ETV5敲除小鼠生长发育缓慢和延迟的分子机制提供了解释,为研究ETV5在生理和病理上的相关功能提供了参考。     

鸡miR-181a组织的表达谱及其转录调控区域

【目的】分析鸡miR-181a的转录起始位点,并分析其在1日龄和成年鸡不同组织中的表达谱,以期为研究miR-181a的功能奠定基础。【方法】采用qPCR技术构建miR-181a 在1日龄和成年鸡肝脏、脾脏、肺、小肠、大脑、小脑、下丘脑、脑干、胸腺、心脏和肾脏组织中的表达谱。用version(1.83)分析miR-181a的保守性,并采用ENCODE数据库进行miR-181a转录起始位点和启动子区域的分析。【结果】①采用qPCR检测miR-181a在鸡下丘脑中的表达量和高通量测序的结果一致,1日龄下丘脑中的表达量显著低于成年鸡的表达量（P＜0.05）;②miR-181a 在11个组织中均有表达,且在1日龄和成年鸡脾脏、肺、小肠、大脑、小脑、下丘脑、脑干、胸腺、心脏和肾脏组织的表达量差异显著（P＜0.05）,而在肝脏中表达量的差异不显著（P＞0.05）;③miR-181a的前体miR-181a-1上游区域有一个启动子区和一个潜在的转录起始位点;④miR-181a-1的转录调控区域内存在的多个转录因子,转录因子主要有NFKB,c-Fos等。【结论】鸡miR-181a的表达有组织和时序差异,其成熟序列在脊椎动物中十分保守,上游有一个转录起始位点及启动子区。     

两色金鸡菊乙酸乙酯提取物对2型糖尿病小鼠肠道菌群的影响

为研究两色金鸡菊乙酸乙酯提取物对糖尿病小鼠肠道菌群的影响,初步判断它们之间的关系,收集正常组、模型组、二甲双胍对照组以及两色金鸡菊乙酸乙酯提取物高、中、低剂量组粪便样本,采用实时荧光定量PCR技术检测粪便样本中球形梭菌与多形拟杆菌的水平;运用Pearson分析,对目标菌属水平与各组小鼠的空腹血糖(FBG)做相关性分析。结果表明:(1)与正常组比较,模型组中球形梭菌与多形拟杆菌水平均增高(P=0.017,P=0.002);(2)两色金鸡菊乙酸乙酯提取物低剂量组与模型组相比,球形梭菌与多形拟杆菌的水平下降,且有统计学差异(2周:P=0.010,P=0.002;4周:P=0.001,P=0.002);(3)球形梭菌水平、多形拟杆菌水平均与FBG水平呈正相关。可见2型糖尿病小鼠肠道菌群球形梭菌与多形拟杆菌水平较正常组增高;两色金鸡菊乙酸乙酯提取物可降低模型组群球形梭菌与多形拟杆菌水平。     

大蒜溶液对小鼠小肠黏膜结构、上皮内淋巴细胞和杯状细胞的影响

用组织学和组织化学方法研究不同浓度的大蒜素溶液对小鼠小肠黏膜结构及部分黏膜免疫相关细胞分布与数量的影响.试验选用8周龄BALB/C雄鼠50只,分为5组,每组10只,每组分别饲喂5种不同浓度的大蒜素溶液,每天80ml,实验期为10天.结果显示,1%大蒜素溶液对小鼠小肠肠绒毛长度、V/C比值、黏膜厚度,黏膜免疫相关细胞数量影响最大,对改善和增强小鼠小肠的消化吸收功能,提高肠道的防御能力效果最佳.     

HMGCS1基因对猪肌肉生长发育的影响及 miRNA-18a/b对HMGCS1基因的调控

【目的】研究HMGCS1基因对猪骨骼肌生长发育的影响及其靶标的验证。【方法】采用real-time PCR对通城猪不同组织以及背最长肌不同发育时间点的HMGCS1基因的表达变化进行检测。【结果】①HMGCS1基因在成年猪肺组织中的表达量最高;②在背最长肌发育中,该基因分别在胚胎期33 和65 d高表达,出生后20、30、40和60 d低表达;③双荧光素酶试验显示,转染miR-18a/b minics组荧光素酶活性低于对照组。【结论】HMGCS1参与了猪骨骼肌生长发育过程,并受miR-18a/b的调控,是猪的产肉性状的潜在候选基因。     

基于微生物16SrRNA测序技术对ICR小鼠传代后肠道菌群变化的分析

为探讨不同代次雄性ICR小鼠生长发育与其肠道微生物的关系,本研究通过对16SrRNA基因V3~V4区测序,分析F0到F3代雄性ICR小鼠肠道菌群多样性和菌种组成。结果显示:1)从F0到F3代,组间微生物的Alpha多样性中的Chao1指数,Observed-species指数和香侬指数(Shannon)指数随代次积累显著降低(P<0.05),Simpson指数无显著差异(P>0.05)。2)从F0到F3代的优势菌门均为厚壁菌门(Firmicutes)(F0、F1、F2和F3丰度分别为83.3%、79.0%、81.8%和90.3%)和拟杆菌门(Bacteroides)(F0、F1、F2和F3丰度分别为6.0%、5.1%、4.0%和3.2%)。3)F0,F1和F2代三组的优势菌属均为乳酸菌属(Lactobacillus)(F0、F1和F2丰度分别为83.1%、62.8%和38.2%),但F3代的一些未确认分类的菌属占比较高,丰度约为45.3%;从F0到F3代在属水平上微生物组成上存在显著差异(P<0.05),各组的乳酸菌属丰度随代次的积累显著降低(P<0.05)。4)对差异菌属进行了KEGG差异代谢通路预测,发现乙醛酸盐代谢、胰岛素信号通路、苯丙氨酸,色氨酸和酪氨酸生物合成途径,萜类化合物生物合成途径,肽聚糖生物合成和糖酵解糖异生作用在F3代中显著降低,表明F3代氨基酸合成、糖类代谢等多条基础代谢通路受损。综上,本研究基于微生物16SrRNA测序技术对ICR小鼠传代后肠道菌群变化进行了一系列分析和功能预测,发现微生物多样性发生改变,F0至F2代优势菌门未发生明显变化,但在F3代出现了较多的为确认分类菌属,并且在属水平上各组的乳酸菌属丰度随代次的积累显著降低,F3代氨基酸合成、糖类代谢等多条基础代谢通路受到影响。本研究有助于从肠道微生物与宿主间的相互作用角度解释ICR雄性小鼠传代后出现的体重偏低等现象产生的原因。