黔北麻羊RERGL基因cDNA克隆与生物信息学分析

选择与羊同源性较高的牛RERGL基因组序列设计特异性引物,提取黔北麻羊脾脏总RNA,通过RT-PCR技术对RERGL基因进行克隆测序及序列分析.结果表明,成功克隆了黔北麻羊RERGL基因,其cDNA序列646 bp,GenBank登录号JN 671919,编码205个氨基酸.生物信息学分析表明,黔北麻羊RERGL基因蛋白二级结构α-螺旋占40.68％,延伸链占16.18％,无规则卷曲占43.14％;没有跨膜螺旋结构域且没有糖基化位点.     

新疆早实核桃FLOWERING LOCUS C同源基因的克隆与序列分析

[目的]通过克隆得到新疆早实核桃FLC同源基因,对其相关生物信息学进行分析,为在分子生物学水平上揭示早实核桃成花机理奠定基础.[方法]通过RT-PCR法克隆获得早实核桃FLC的同源基因cDNA全长.采用生物信息学手段对该基因的保守结构域、疏水性和二级结构进行分析.[结果]该基因命名为Pw-FLC基因,在GenBank注册,登记号为KF729795.PwFLC基因含开放阅读框612 bp,编码203个氨基酸,具有典型的MIKC型MADS-box结构域.[结论]该片段与其他植物的FLC同源基因序列同源性达48;～ 97;.推测该蛋白分子量为23.779 kD,理论等电点为5.96.     

纹枯病菌诱导水稻表达的WRKY基因克隆及分析

[目的]克隆纹枯病菌诱导的水稻上调表达基因。[方法]对应用抑制差减杂交技术（SSH）获得的纹枯病菌诱导水稻表达的EST序列K16进行电子克隆,根据电子克隆产物设计引物进行RT—PCR、克隆测序,利用生物信息学技术对克隆产物进行功能预测。[结果]克隆出一个长度为1079bp的序列,结构功能分析显示该基因编码236个氨基酸的蛋白,存在多个功能位点,含有2个典型的WRKY结构域和1个C2H2锌指型结构,该基因与水稻WRKY8、WRKY24和WRKY30基因有较高的同源性。[结论]经电子克隆获得的纹枯病菌诱导表达的基因为典型的WRKY家族基因,该基因可能在水稻抗纹枯病中起重要作用。     

纹枯病菌诱导水稻表达的WRKY基因克隆及分析（摘要）

[目的]克隆纹枯病菌诱导的水稻上调表达基因。[方法]对应用抑制差减杂交技术（SSH）获得的纹枯病菌诱导水稻表达的EST序列K16进行电子克隆,根据电子克隆产物设计引物进行RT-PCR、克隆测序,利用生物信息学技术对克隆产物进行功能预测。[结果]克隆出一个长度为1079bp的序列,结构功能分析显示该基因编码236个氨基酸的蛋白,存在多个功能位点,含有2个典型的WRKY结构域和1个C2H2锌指型结构,该基因与水稻WRKY8、WRKY24和WRKY30基因有较高的同源性。[结论]经电子克隆获得的纹枯病菌诱导表达的基因为典型的WRKY家族基因,该基因可能在水稻抗纹枯病中起重要作用。     

MAPK 信号级联通路参与Alternaria alternata对梨果表皮信号分子的识别与应答

【目的】研究促分裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)信号通路对Alternaria alternata响应梨果皮蜡质疏水性、化学组分及乙烯信号的调控作用.【方法】采用药理学方法,以MAPK信号通路专一性抑制剂SB203580处理A.alternata孢子悬浮液,研究了MAPK在A.alternata致病性中的作用,同时结合体外试验,分析了MAPK信号通路在A.alternata响应疏水性、梨果蜡质提取物和外源乙烯等刺激进而启动后孢子萌发和附着胞形成中的作用.【结果】SB203580处理显著地抑制损伤接种梨果黑斑病的扩展.体外试验表明,外源信号均能显著地诱导A.alternata孢子萌发和附着胞的形成,而SB203580处理显著地抑制了其诱导作用,尤其对A.alternata附着胞形成的抑制更为明显,处理后8 h,抑制剂对A.alternata在高疏水表面、梨果蜡质提取物及外源乙烯等外源信号处理表面的附着胞形成的抑制率分别为22.85%、20.71%和17.61%(P0.05).【结论】通过药理学方法得知MAPK信号通路可通过调控A.alternata孢子萌发和附着胞形成,进而识别和响应梨果皮物理化学信号.     

不结球白菜BrLOS2基因cDNA全序列克隆及结构特征分析

利用RT-PCR和5‘/3‘RACE方法,从不结球白菜冷诱导12 h的根中,克隆到1个冷适应相关基因BrLOS2,GenBank登录号DQ334724,其cDNA全长1 666 bp,含有1 335 bp的完整开放阅读框,编码444个氨基酸.BrLOS2基因与芜菁、甘蓝型油菜、拟南芥等物种的烯醇酶基因有80%以上的同源性,有1个烯醇酶N端结构域、1个烯醇酶结构域和保守的DNA结合域.二级结构及三维结构分析表明,BrLOS2具有许多其他LOS家族的共同特性.     

不结球白菜BrLOS2基因cDNA全序列克隆及结构特征分析

利用RT-PCR和5'/3'RACE方法,从不结球白菜冷诱导12 h的根中,克隆到1个冷适应相关基因BrLOS2,GenBank登录号DQ334724,其cDNA全长1 666 bp,含有1 335 bp的完整开放阅读框,编码444个氨基酸.BrLOS2基因与芜菁、甘蓝型油菜、拟南芥等物种的烯醇酶基因有80%以上的同源性,有1个烯醇酶N端结构域、1个烯醇酶结构域和保守的DNA结合域.二级结构及三维结构分析表明,BrLOS2具有许多其他LOS家族的共同特性.     

甜荞花同源异型基因FeMADS1的克隆和序列结构分析

采用同源克隆方法,并结合RACE技术,从甜荞花芽分离得到1个A类MADS-box基因FeMADS1的cDNA全长,GenBank登录号为KM386627,其cDNA全长1 107bp,包括1个编码234个氨基酸、长为705bp的开放阅读框。序列同源比对和分子系统发生分析表明,其蛋白与拟南芥AGL8(FUL)的相似性最高,属A类MADS-box基因亚家族中的euFUL进化系,含MADS、I、K和C末端4个明显的结构域,并且K结构域包含K1、K2和K3共3个保守的富含疏水氨基酸残基的亚结构域,C末端结构域含FUL型基因2个特有的模体:FUL motif和paleoAP1motfi。     

植物细菌型磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶基因的生物信息学分析

采用生物信息学方法对GenBank中的拟南芥、油菜、大豆、花生和水稻等11种植物细菌型磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶(PEPC)基因的核苷酸和氨基酸序列进行了比对分析,进而对其基因结构、系统进化、理化性质、亚细胞定位、疏水性、功能结构域及蛋白质三级结构等重要参数进行了预测和分析.     

小鼠胚胎干细胞核心转录因子nanog靶基因Zbtb9的生物信息学分析

通过特异性引物用RT-PCR方法扩增Zbtb9基因。利用生物信息学对小鼠的Zbtb9基因启动子进行生物信息学分析,预测Zbtb9基因启动子位置和启动子区内含有的转录因子结合位点,以及nanog在Zbtb9基因转录调控中的作用及Zbtb9蛋白的基本性质。Zbtb9基因启动子区可能定位于转录起始点上游790 bp至1024 bp之间。启动子区内含有15个转录调控因子结合位点,nanog的作用靶序列位于Zbtb9基因启动子区与转录起始位点之间,提示nanog在Zbtb9基因转录调控中起作用,小鼠Zbtb9蛋白二级结构可能以螺旋为主,富含疏水性氨基酸;对Zbtb9基因疏水区的氨基酸进行跨膜区分析,提示可能是跨膜蛋白。经SMART分析,Zbtb9蛋白含有BTB/POZ结构域。     

吡虫啉对链格孢菌生长和繁殖的影响

为了探究杀虫剂吡虫啉是否能直接作用于植物病原菌,通过将其添加至培养基中培养链格孢菌,然后定期测量菌落生长直径、显微观察菌丝生长形态和检测分生孢子的产生,结果显示链格孢菌在添加吡虫啉培养时菌丝生长变慢、菌丝形态纤细,且产孢子较少。这些结果表明吡虫啉对链格孢菌的生长和繁殖均有抑制作用,为其以后用于植物抗病提供一定理论基础。     

50%戊唑醇纳米可溶性粉剂对苹果斑点落叶病菌活性及田间防效的影响

采用菌丝生长速率法,测定50%戊唑醇纳米可溶性粉剂对苹果斑点落叶病菌(Alternaria alternata f.sp.mali)的室内毒力,并在2013年进行2个不同试验地的田间药效试验。室内毒力测定结果表明,50%戊唑醇纳米可溶性粉剂对苹果斑点落叶病菌具有很好的抑制效果,其EC50值为6.53mg/L。田间试验结果表明,50%戊唑醇纳米可溶性粉剂对苹果斑点落叶病有显著的防治效果,用质量浓度125mg/L处理苹果植株,在春梢和秋梢停止抽生期防效达90%左右。供试药剂对苹果树生长发育无不良影响,使用安全。     

烟草赤星病生防菌的鉴定及其抑菌机理

由交替链格孢（Alternaria alternata）引起的烟草赤星病是烟草生长中后期重要的叶部病害，直接影响烟叶的产量和品质。为开发烟草赤星病的生防制剂，对生防菌XNB-01进行了多相分类鉴定，并通过盆栽试验、粗提物的抑菌机理等研究，进一步阐明了XNB-01的生防机理。皿内对峙结果表明，XNB-01对交替链格孢的抑菌半径达到 11.0 mm。菌株XNB-01短杆状，与Paenibacillus polymyxa ATTCC 842相似性为98.63%。次生代谢产物检测结果表明，XNB-01可以分泌多种真菌细胞壁降解酶，并具有溶解有机磷、解钾的能力。盆栽试验结果表明，XNB-01在 1×10⁴_{8 CFU/mL的施用浓度下显著增加了烟草幼苗的株高、鲜质量和干质量；在1×10⁹ CFU/mL的施用浓度下显著降低了烟草赤星病的病情指数，防效为60.94%，与菌核净（65.33%）相当。此外，XNB-01 的胞内粗提物可抑制交替链格孢菌丝的生长和孢子萌发，使菌丝膨大，孢子皱缩。经200 μg/mL XNB-01 胞内粗提物处理后，峰值处的胞外电导率、核酸和蛋白质泄漏量分别是对照组的2.97、1.83、8.28倍，丙二醛含量比对照升高1.36倍。综上所述，P.polymyxa XNB-01 具有防治烟草赤星病的生防潜力。}     

交链格孢菌EST-SSR信息分析与分子标记通用性评价

为了弄清交链格孢菌(Alternaria alternata) EST数据库中的SSR信息资源,并开发可用于研究近缘种细极链格孢(Alternaria tenuissima)遗传多样性的EST-SSR分子标记。从NCBI数据库下载A.alternata表达序列标签(Expressed sequence tag,EST)共727条,经过研究分析发现,A.alternata EST中SSR含量非常丰富,每5.343 kb含有1个SSR位点。根据SSR两端保守序列,设计合成13对EST-SSR引物,对来自新疆不同地区不同寄主的38株A.tenuissima进行通用性检测。检测结果显示共有5对引物能扩增出多态性条带,扩增多态率为55.56%。因此,基于A.alternata EST数据库开发的SSR分子标记,在开展近缘种A.tenuissima遗传多样性研究时具有较好的通用性。     

两种弧菌感染大黄鱼免疫相关基因的SNP位点分析

为了探究大黄鱼(Larimichthys crocea)免疫相关基因的SNP与弧菌抗性关系,分别利用鳗弧菌(Vibrio anguillarum)和副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)人工感染大黄鱼。对感染前后抗感群体的转录组进行高通量测序、筛选并分析其抗病差异:(1)筛选氨基酸的非同义突变SNP位点在抗鳗弧菌组有17个,而抗副溶血弧菌组的有28个;(2)一代测序验证结果发现,染色体NW_011323507.1上白细胞介素6受体基因(IL-6R)第91 196位碱基G突变为C,导致缬氨酸突变为亮氨酸,该位点G/C在抗鳗弧菌组、对照组样本之间突变基因型CC频率分别为12.5%和0,呈显著性差异(P0.05);(3)补体C1q/肿瘤坏死因子相关蛋白9(CTRP9)基因在染色体NW_011323975.1上的35 665位碱基突变(A-G),在副溶血弧菌抗感易感群体中突变位点基因型GG频率分别为37.5%和0,呈极显著性差异(P0.01)。结果表明,IL-6R-91196-G/C位点突变与大黄鱼抗鳗弧菌有关联,CTRP9-35665-A/G位点突变与大黄鱼抗副溶血弧菌有关联,这为大黄鱼抗弧菌群体的选育提供了理论依据。     

Occurrence and pathogens of fruit shrink disease in Ziziphus jujuba Mill.

The occurrence of fruit shrink disease in Ziziphus jujuba Mill. ‘Linyilizao’ was investigated from 2006 to 2009 in Cangxian of Hebei Province, Taiyuan, and Taigu of Shanxi Province, and the pathogens were isolated from the diseased fruits sampled from both Cangxian and Taiyuan in 2006 and 2007. The pathogens in leaf, fruit, and shoot collected from Cangxian were isolated from June to October in 2008 at 30-day intervals. The incidence of the disease varied significantly with location and year, and the highest incidence was observed in Cangxian during 2006. Three kinds of key pathogens were isolated from the fruits from July to September, i.e., Alternaria alternata Keissler (mainly in July), Phoma destructiva Plowr. (mainly in September), and Fusicoccum sp., of which A. alternata was the most dominant. In leaves, both A. alternata (much more dominant) and P. destructiva could be isolated throughout June to October, but no Fusicoccum sp. was found. At the white-ripening stage of fruit, the isolation rate of A. alternata was the highest in leaves (36.67%), followed by extension shoot (6.67%) and fruit (1.11%) while that of P. destructiva was the highest in extension shoot (31.11%), followed by fruit (13.33%) and leaf (12.22%), with Fusicoccum sp. isolated only in extension shoot (2.22%). The frequency of isolating two or three kinds of above three pathogens together was very low, with the highest rate (19.30%) found in A. alternata and P. destructiva from leaves in July.     

Salicylic acid induces the accumulation of defense-related enzymes in Whangkeumbae pear and protects from pear black spot

The ability of salicylic acid (SA) to induce disease resistance was studied with Whangkeumbae pears affected by Alternaria kikuchiana Tanaka. SA (0.02, 0.2 and 2 mmol·L⁻¹ active ingredient) protected Whangkeumbae pear leaves from artificial infection when applied before inoculation. When the concentration of SA reached 0.2 mmol·L⁻¹, the disease-infected index was the lowest, and the rate of induced resistance reached 59.0%. The protection of Whangkeumbae pear leaves was associated with the activation of three defense-related enzymes, SOD, POD and PAL. Accumulation of three enzymes was induced locally in treated leaves and systemically. These results suggested that SA could induce systemic resistance in Whangkeumbae pear leaves by increasing defense-related compounds.     

Effects of salicylic acid on the behavior of Yali pear infected by <Emphasis Type="Italic">Alternaria kikuchiana</Emphasis> Tanaka

To investigate the inductive effect of salicylic acid (SA) on the resistance of Pyrus bretschneider cv Yali to black spot disease (Alternaria kikuchiana Tanaka), the physiological and biochemical characteristics of detached pear leaves at the age of 5 to 10 days were measured after application of SA. The results showed that exogenous SA significantly improved the resistance of Yali pear (Pyrus bretschneider cv Yali) leaves to black spot disease. For the SA treatment at 0.02 mmol·L⁻¹ SA concentration, the disease index was the lowest, and the induced resistance reached up to 63.9%. Furthermore, SA induced local and systemic resistance of Yali pear against the black spot disease. Expression of systemic resistance in leaves was detectable 3 d after SA treatments and lasted for 10 d. POD, PPO, and PAL activities of Yali pear leaves increased by SA treatment. It is suggested that exogenous SA solution as a chemical activator could induce the resistance of Yali pear to black spot disease.     

羌活地上部位化学成分及其对农业病原真菌的作用

利用气相色谱-质谱联用及液相色谱仪,对羌活地上部位的乙醇浸提物进行分析,明确其挥发性及部位特征非挥发性成分和含量,考察提取物对3种重要农业病原真菌的抑制作用。结果表明,羌活地上部位挥发性成分复杂,与标准谱比对,得到匹配度90%以上化合物40种,主要包括长链脂肪酸类、化学结构带环或桥的烯、酮、醇类化合物以及甾醇类化合物。其中,石竹烯、异龙脑、柠檬烯等化合物具备芳香气味和杀菌活性;非挥发性成分包含东莨菪内酯、补骨酯素、羌活醇等香豆素类成分,其中羌活醇质量分数可达1.24mg/g。抑菌试验表明,提取物对尖孢镰刀菌、番茄早疫病病原菌和灰葡萄孢菌3种真菌均表现出明显抑制作用,并得到其毒力回归方程,对尖孢镰刀菌、番茄早疫病病原菌、灰葡萄孢菌的EC_(50)值分别为4.97、7.29、14.14mg/mL。     

梨S基因与S基因型鉴定的研究进展

梨是由单一位点S等位基因控制的典型配子体自交不亲和性果树,其自交授粉结实率低,品质差,需配置授粉品种。因此,对梨品种S基因及品种授粉树合理配置进行深入研究具有重要意义。有鉴于此,详细介绍了梨S等位基因的研究现状,并对迄今国内外鉴定出的500多个梨品种的S基因型进行汇总,对应用较为广泛的PCR-RFLP技术和S基因DNA序列分析法以及梨S基因芯片杂交技术进行系统介绍。