鲤鱼Sox9基因HMG保守区的克隆及序列分析

为研究鲤鱼中与性别决定及骨组织发育相关基因Sox 9的特征及功能,从大量常见养殖鲤鱼品种及黄河野生鲤鱼个体中克隆得到了多个版本CcSox 9基因的HMG保守区序列,并对这些序列及国内外的其他鲤鱼Sox基因进行了启动子、多态性等序列分析.结果显示,鲤鱼中至少存在5个版本的活性Sox 9基因及1个Sox 9假基因.这些基因...     

鸡IL—1βcDNA片段的克隆及序列分析

本文以鸡外周血单个核细胞总ＲＮＡ为模板,据已报道的８种哺乳动物ＩＬ－１β核酸序列保守区设计合成１对引物,反转录合成ｃＤＮＡ链,经ＰＣＲ扩增,回收扩增后ＤＮＡ片段,用ｋｌｅｏｎｏｗ酶处理,与Ｐ＾ｕｃ１９／ＳｍａＩ连接构成重组质粒,转化宿主菌大肠杆菌ＪＭ１０９,筛选出含有插入片段的重组质粒,用ＰＣＲ及酶切分析鉴定,结果表明获得了带有鸡了ＩＬ－１β片段的ｃＤＮＡ克隆,再经序列分析测定,得知此片段长为２７     

鲤鱼白细胞介素10(IL-10)基因cDNA克隆及序列分析

[目的]获取鲤鱼全长IL-10(interleukin 10)cDNA,并对其序列进行分析。[方法]利用DD-RTPCR(differential display RT-PCR)方法获得差异表达IL-10 cDNA片段,以地高辛标记做为探针,对有丝分裂原刺激的鲤鱼外周血白细胞cDNA文库进行核酸杂交筛选,克隆鲤鱼IL-10全长cDNA,并对该序列进行序列分析和同源性比较。[结果]鲤鱼全长IL-10 cDNA共1 117 bp,包含55 bp的5'端非编码区,一个540 bp的编码179个氨基酸的开放阅读框及522 bp的3'端非编码区,其中,3'非编码区包含3个mRNA不稳定基序"ATTTA";该蛋白序列具有IL-10家族的典型序列特征;序列同源性比较表明,所获得的序列与GenBank上登录的鲤鱼IL-10基因同源性为89.1%。[结论]该试验为进一步研究IL-10在体内的表达方式、功能特点、调控机理及其在炎症反应和免疫应答中的作用机制奠定了基础。     

3个品种鸡α干扰素基因的克隆与序列分析*

 根据GenBank中鸡α干扰素（IFN-α）基因序列设计1对引物,应用PCR技术直接从鸡肝组织基因组中扩增罗曼鸡、海兰鸡及固始鸡α干扰素基因,并进行克隆和测序。结果表明,获得了3个品种鸡IFN-α全基因序列,长度均为582bp,编码193个氨基酸残基。3个品种鸡IFN-α基因及推导的氨基酸序列比较结果显示,海兰鸡和罗曼鸡IFN-α基因序列完全一致,而固始鸡与海兰鸡和罗曼鸡IFN-α基因核苷酸同源性99.3%,有4个碱基发生非同义变异,氨基酸同源性为97.9％。克隆的3个品种鸡IFN-α基因序列与GenBank上发表的7条鸡IFN-α基因序列进行比较分析发现,核苷酸同源性在98.1%～100%之间,氨基酸同源性在96.9%～100%之间。     

鲤鱼干扰素γ-2β 全长cDNA的克隆及序列分析

[目的]进行鲤鱼干扰素γ-2β(IFNγ-2β)全长cDNA的克隆、鉴定及序列分析。[方法]以鲤鱼外周血白细胞干扰素γ-2β(inter-feronγ-2β,IFNγ-2β)EST序列为基础,以地高辛标记作为探针,对有丝分裂原刺激的鲤鱼外周血白细胞cDNA文库进行核酸杂交筛选,克隆鲤鱼IFNγ-2β的全长cDNA,并进行序列分析。[结果]获得了3个阳性克隆,对其进行序列分析,结果显示,该序列包含119 bp的5'非编码区,218 bp的3'非编码区,开放阅读框ORF长537 bp,共编码178个氨基酸,在其3'非编码区存在几个ATTTA不稳定基序;序列同源性比较结果表明,所获序列与GenBank上登录的鲤鱼IFN基因的同源性达97%;蛋白质序列和结构分析发现,该序列具有IFN家族的典型序列特征。[结论]为进一步研究IFNγ-2β在体内的表达方式、功能特点和调控机理以及在炎症反应和免疫应答中的作用机制奠定了基础。     

鲤鱼白细胞介素10(IL-10)基因cDNA克隆及序列分析(英文)

[目的]获取鲤鱼全长IL-10(interleukin 10)cDNA,并对其序列进行分析。[方法]利用DD-RTPCR(differential display RT-PCR)方法获得差异表达IL-10cDNA片段,以地高辛标记做为探针,对有丝分裂原刺激的鲤鱼外周血白细胞cDNA文库进行核酸杂交筛选,克隆鲤鱼IL-10全长cDNA,并对该序列进行序列分析和同源性比较。[结果]鲤鱼全长IL-10cDNA共1117bp,包含55bp的5’端非编码区,一个540bp的编码179个氨基酸的开放阅读框及522bp的3’端非编码区。其中,3’非编码区包含3个mRNA不稳定基序"ATTTA";该蛋白序列具有IL-10家族的典型序列特征;序列同源性比较表明,所获得的序列与GenBank上登录的鲤鱼IL-10基因同源性为89.1%。[结论]该试验为进一步研究IL-10在体内的表达方式、功能特点、调控机理及其在炎症反应和免疫应答中的作用机制奠定了基础。     

鲤鱼干扰素γ-2β全长cDNA的克隆及序列分析(英文)

[目的]进行鲤鱼干扰素γ-2β(IFNγ-2β)全长cDNA的克隆、鉴定及序列分析。[方法]以鲤鱼外周血白细胞干扰素γ-2β(interferon γ-2β,IFNγ-2β)EST序列为基础,以地高辛标记作为探针对有丝分裂原刺激的鲤鱼外周血白细胞cDNA文库进行核酸杂交筛选,克隆鲤鱼IFNγ-2β的全长cDNA,并进行序列分析。[结果]获得了3个阳性克隆。对其序列分析结果显示,该序列包含119bp的5’非编码区,218bp的3’非编码区,开放阅读框ORF长537bp,共编码178个氨基酸,在其3’非编码区存在几个ATTTA不稳定基序。序列同源性比较结果表明,所获序列与GenBank上登录的鲤鱼IFN基因的同源性达97%;蛋白质序列和结构分析发现,该序列其具有IFN家族的典型序列特征。[结论]为进一步研究IFNγ-2β在体内的表达方式、功能特点和调控机理以及在炎症反应和免疫应答中的作用机制奠定了基础。     

布尼亚病毒科全基因组序列比对分析*

 布尼亚科病毒（Bunyaviridae）是一类医学和农业上的重要病毒。本文从NCBI数据库下载具有完整基因组序列的布尼亚科病毒的5个属20种病毒的序列,用生物学软件DNAman,DNAstar进行比对分析,发现布尼亚科病毒属中的植物病毒在核酸序列及蛋白结构上与动物病毒有很大差异：（1）只有植物病毒的M基因组能编码NSm运动蛋白;（2）植物病毒和动物病毒在核酸序列和蛋白质序列长度均有差异,表明该科病毒是进化速度较快的病毒;（3）植物病毒核酸序列的GC含量低于动物病毒;（4）通过SMART网络软件进行蛋白质拓扑结构分析发现植物病毒和动物病毒在糖蛋白G_nG_c的结构上存在显著差异;（5）植物病毒糖蛋白结构较为复杂,有较多的紊乱区域,除INSV外,其他病毒都具有N端信号肽。这将对以后分子生物学检测中引物的设计及病毒的鉴定等方面的研究起到积极的作用。     

鲤白细胞介素-8基因组DNA的克隆及序列分析

在白细胞介素-8(IL-8)cDNA全长序列的两侧——非翻译区设计一对引物,以提取的鲤脾脏基因组DNA为模板进行PCR扩增,并将扩增产物回收、纯化,连接到pMD18-T载体上,再转化到DH5α大肠杆菌感受态细胞中,并对插入片段进行测序,获得了鲤IL-8基因组DNA的全长序列。结果表明:鲤IL-8DNA全长为943 bp,由4个外显子和3个内含子组成,与已知其它物种的排列非常相近,说明在进化过程中其拼接位点非常保守,符合GT-AG规则;对系统发生的分析证明,鲤与斑马鱼的亲缘关系较近,与哺乳动物亲缘关系较远;将鲤的IL-8基因组结构与人、猪、狗、虹鳟的基因组结构进行比较,发现IL-8基因在由鱼类到哺乳动物的分子进化过程中较为保守,外显子基本保持稳定,而内含子的变化较大。     

马铃薯及番茄晚疫病菌的核糖体DNA-ITS区段序列分析*

 取3个不侵染马铃薯的番茄晚疫病菌菌株和3个不侵染番茄的马铃薯晚疫病菌菌株，以及2个可交叉侵染马铃薯和番茄的菌株，提取DNA全基因组后， 用引物ITS1和ITS4进行扩增，得到约850 bp左右的扩增产物并进行测序，比较同源性，结果显示这些菌株的全基因组DNA序列与Genebank上登录的3个序列AF228084，AF228083，AY269995.1的同源性均为100%。3个番茄菌株之间的同源性大小为98.22%,3个马铃薯菌株之间的为99.52%，较番茄菌株的同源性高。不可交叉的两类菌株间的同源性为98.28%，可交叉侵染的番茄菌株和马铃薯菌株之间的同源性为99.17%，比不可交叉侵染的菌株间的同源性高,说明相似的序列使得生物学特性也很相似,反之,同源性有差异的,在生物特性上也表现出一定差异。     

虾青素对锦鲤血液及抗氧化指标的影响

以初始体重为(7.31±0.12)g的红白锦鲤幼鱼为试验对象,研究虾青素不同添加量(0、100、400、700、1 000、1 300、1 600 mg.kg-1)对锦鲤血液和免疫指标的影响。每组设3个平行,每个平行饲养10尾鱼,表观饱食投喂60 d。结果表明,在饲料中添加700~1 600 mg.kg-1(X3~X6组)虾青素,可显著提高锦鲤血红蛋白含量和红细胞数,在此范围对谷丙转氨酶(ALT)活力无显著影响,添加700 mg.kg-1(X3组)虾青素,可以显著提高锦鲤血糖(GLU)含量,同时,碱性磷酸酶(AKP)活性显著高于对照组。超氧化物歧化酶(SOD)活力在虾青素添加量为400 mg.kg-(1X2组)时,显著低于对照组和除100 mg.kg-(1X1组)外的其他试验组(P<0.05)。添加虾青素没有对锦鲤乳酸脱氢酶(LDH)和过氧化氢酶(CAT)产生影响。上述研究说明,在饲料中添加虾青素可提高锦鲤免疫功能,综合经济效益角度建议,饲料中虾青素的适宜添加量为700 mg.kg-1。     

框镜鲤维氏气单胞菌CY0806株鞭毛flaA基因的克隆与生物信息学分析

以框镜鲤Cyprinus carpio维氏气单胞菌Aeromonas veronii CY0806株细菌基因组DNA为模板,经PCR扩增,获得flaA基因,将其克隆并测序,测序结果与气单胞菌属的不同菌株进行相似性分析,并对flaA基因编码蛋白质进行生物信息学分析.结果显示:获得框镜鲤维氏气单胞菌鞭毛flaA基因,长915 bp,编码304个氨基酸,系统进化树分析,其与其他维氏气单胞菌flaA基因处于同一分支,相关生物信息学分析显示,flaA基因编码的蛋白质相对分子质量32 098.66,等电点5.57,半衰期30 h,不稳定系数为32.31,脂肪系数81.05,不存在信号肽和跨膜区,二级结构预测:flaA基因以α螺旋和β折叠为主,同时,以同源建模法预测了flaA基因编码蛋白的三维立体结构.     

银狐Gdf8基因cDNA的克隆与序列分析

根据已报道的犬科狗的Gdf8基因cDNA编码序列设计一对引物,利用RT—PCR技术扩增银狐的Gdf8基因cDNA的编码序列,将PCR产物连接到质粒pMD18-T载体上,然后转化到JM109大肠杆茵中,得到阳性克隆,同时进行序列的测定和分析。测序结果与已报道的Gdf8基因cDNA编码序列的大小相同,为1128bp。该序列与狗的同源性为99．2％,仅有9个核苷酸差异,推断的氨基酸序列仅有3个差异。     

大豆GmAGL8基因的克隆及生物信息学分析

通过同源扩增从大豆中克隆得到与拟南芥AGL8基因相似的基因GmAGL8,并对该序列进行了测定。同时对GmAGL8进行了生物信息学分析,通过比对GmAGL8与桃PpMADS6和拟南芥FUL的核酸序列,相似度分别为80%和77%,三者的氨基酸序列同源性为74%。通过亲疏水性分析预测GmAGL8基因编码的蛋白为亲水性蛋白。在GmAGL8中发现与MADS基因家族相似的MEF2并找到可能对多聚体的形成有关的K-box基因。     

花生谷氨酸脱氢酶基因AhGDH1的克隆与生物信息学分析

运用电子克隆技术获得花生1个谷氨酸脱氢酶基因cDNA序列,同时设计引物以花生cDNA为模板进行扩增,经测序得到证实,命名为AhGDH1,GenBank登录号:KT933119。采用生物信息学方法,对该基因编码蛋白从氨基酸组成、基本理化性质、亚细胞定位、跨膜结构域、信号肽导肽、二级结构和三级结构等方面进行了预测和分析。结果表明:该基因cDNA序列长度为1 713bp,包含1个1 236bp开放阅读框,编码411个氨基酸;该编码蛋白含有谷氨酸脱氢酶两个典型的保守结构域。同源比对分析显示,该基因编码的氨基酸序列与鹰嘴豆等植物的谷氨酸脱氢酶基因具有高度的相似性,进一步确定该蛋白为谷氨酸脱氢酶。     

水稻TWH1基因启动子的克隆及表达分析

启动子是基因表达的重要调控元件。利用PCR方法克隆了控制水稻颖壳发育的候选基因TWH1的启动子,并将启动子片段与GUS报告基因融合构建了重组表达载体。通过农杆菌介导的方法将其导入水稻愈伤组织,转基因植株经GUS染色分析显示,各个发育时期的茎秆、叶片、叶鞘、雌雄蕊和孕穗期的颖壳中都有GUS活性表达,但在根和抽穗后的颖壳中未检测到GUS活性。该结果对进一步研究TWH1基因的功能奠定了基础。     

小麦TaLTR基因的克隆及初步表达分析

以小麦山融3号为试验材料,克隆了TaLTR cDNA序列(Low temperature-responsive RNA-bind-ing protein)。序列分析表明,TaLTR序列包含完整的ORF区,编码蛋白含有162个氨基酸,其氨基端包含一个RRM(RNA recognition domain)超家族保守的结构域,羧基端则富含甘氨酸;经半定量RT-PCR分析,表明TaLTR参与低温、干旱、盐胁迫逆境反应。     

花生AhFAD2A基因启动子的克隆与序列分析

利用染色体步移技术,从花生品种鲁花14中克隆到716 bp的AhFAD2A基因启动子片段。序列分析表明,该启动子中含有多种种子特异性表达的元件,如GCN4基序、AGCCCA序列元件、Skn-1基序等,可能与AhFAD2A基因在种子中有较高的表达水平有关。启动子中预测的调控元件的功能还需进一步实验验证。     

植酸酶对鲤钙磷等营养物质利用率的影响

从营养学角度出发，初步研究了添加植酸酶的饲料经不同温度（常温、６０℃，70℃、80℃、90℃；100℃）处理对鲤钙磷营养物质利用率的影响。通过10d的饲养，收集粪便分析发现：与对照组相比，添加植酸酶可以使钙的利用率提高132％以上，总磷利用率提高105－122％，74．86％－89．04％的植酸磷得以使用，蛋白质和脂肪的利用率约提高11％和12％。     

鲤Myf-6基因的克隆及其表达分析

根据斑马鱼(Danio rerio)Myf-6基因序列设计引物,用鲤(Cyprinus carpio)肌肉组织总RNA,经RT-PCR扩增获得Myf-6基因开放阅读框(ORF序列)720 bp,GenBank登陆号为GU339054。编码239个氨基酸,与斑马鱼、大西洋鲑、刀鱼、河豚等同源性分别为90%、76%、76%和72%,但与哺乳动物如人、牛、兔、小鼠和绵羊的同源性较低,为59%~60%。利用半定量RT-PCR分析鲤Myf-6基因的mRNA表达特性,结果在心脏、肾脏、脂肪、肝胰脏、肌肉和脾脏中均检测到Myf-6基因的表达,并且在肌肉组织中表达量显著高于其他组织(P0.05)。Myf-6基因表达随着生长发育变化呈下降趋势,在较大规格试验鱼(500 g)的表达极显著低于其他两种规格(50~60 g1、20~130 g)试验鱼的表达(P0.01)。