秦岭地区野生山丹遗传多样性表型及ISSR分析

对采自秦岭地区的9个山丹野生居群材料,采用表型结合内部简单序列重复(inter-simple sequence repeat,简称ISSR)分子标记进行遗传多样性分析。结果表明,9个山丹居群5个表型性状中,除茎粗指标在9个居群之间差异不显著外,花柱长度、花丝长度、株高及鳞茎最宽直径4个表型性状中部分居群之间差异显著(P0.05);用ISSR标记筛选获得的重复性好、条带清晰的3条引物进行PCR扩增,共扩增获得235个多态性位点,多态性比率为45.0%,居群内多态性位点率在36.5%~55.2%之间,居群的遗传多样性与居群地理位置相关性不显著。     

不同居群款冬种质资源SRAP遗传多样性分析

采用SRAP分子标记技术和UPGMA法对16个款冬居群进行遗传多样性和聚类分析,构建聚类树状图。结果表明,从99对SRAP引物中筛选出11对多态性稳定、清晰的引物,共扩增出121条条带,其中,79条呈现多态性,平均每对引物组合产生11个DNA位点和7.2个多态性位点;各居群间遗传相似系数变化范围为0.342~0.810。聚类分析结果显示,16份材料可以分为5个类群,遗传多样性丰富。     

利用SSR分子标记分析苎麻居群的取样策略

[目的]研究我国重要纤维植物苎麻的遗传多样性,确定苎麻居群的合理取样策略。[方法]以不同生境的5个居群为研究对象,每个居群分单株采集24株,分为4、8、12、16、20、24株6个取样梯度,利用8对SSR引物进行遗传多样性分析。[结果]①分布于不同生境的苎麻居群的等位基因数和遗传多样性指数各不同;②随着分析单位个体数目从4株增加到20株,各居群的多态位点数和遗传多样性指数均表现增大的趋势,但当分析单位的个体数目在加株以上时,多态位点数和遗传多样性指数基本不再发生变化;⑧当分析单位个体数目为20株时,各居群的多态住点数和遗传多样性指数分别包含了各自居群95％以上的遗传变异。[结论]在利用SSR技术进行苎麻居群遗传多样性研究中,以单个居群随机采集20株苎麻为最少分析单位个体数目。     

雄性榧树遗传多样性的SSR荧光标记分析

  目的  旨在利用SSR荧光标记对榧树雄株5个野生居群的121个单株进行遗传多样性及群体遗传结构分析,为榧树雄株遗传背景、种质资源评价和优良种质筛选提供参考。  方法  采用CTAB法提取榧树基因组DNA,设计引物,通过荧光引物PCR扩增方法,利用毛细管电泳检测技术检测榧树雄株的多态位点。  结果  24对引物共检测到85个等位基因,变幅为2~7个,平均每个标记有3.542个,其中平均有效等位基因有1.915个。5个居群的平均Nei’s遗传多样性指数为0.365,平均Shannon’s信息指数为0.608。5个居群中,多态位点百分比为75.00%~95.83%,平均为82.50%,居群遗传多样性从大到小依次为嵊州居群、临安居群、富阳居群、黄山居群、淳安居群。居群间的基因流为4.172,遗传分化系数为0.096,遗传分化程度很低。聚类分析结果表明:5个居群的遗传相似度为0.865~0.978,平均为0.932。  结论  雄性榧树居群的遗传多样性较丰富。榧树雄株的遗传变异主要存在于居群内,但居群间也存在一定的基因交流。5个居群可以分为3大类群,这与表型的遗传多样性分析结果比较相似。图4表6参32     

山西草地早熟禾种质资源遗传多样性ISSR分析

[目的]本文旨在评价山西本土草地早熟禾(Poa pratensis L.)种质资源的遗传多样性和遗传结构。[方法]本研究利用10对ISSR引物对采集于10个野生居群的49份种质资源样品和1份商品种‘爱美(Aimyth)’进行遗传差异分析,利用PopGen1.32软件计算各居群间及样品间的遗传相似系数、基因多样性指数、香农信息指数等遗传参数,利用GenAlEx 6.5软件计算居群间多态位点比例,利用NTSYSpc-2.10e软件构建亲缘关系聚类图。[结果]10条ISSR引物共扩增出250条谱带,引物多态性比率为94.80%。11个居群间的遗传相似系数为0.580 0～0.946 7。据UPGMA聚类分析,在遗传相似系数0.75处,11个居群共分为5类。其中与大部分供试样品地理位置较远的右玉居群、屯留居群和商品种‘爱美’为单独一类。在11个居群中,其中样品数较丰富的7个居群基因多样性指数介于0.097 1～0.247 0之间,而香农信息指数介于0.139 8～0.368 3之间,多态位点比例介于22.80%～70.00%之间。此7个居群内的遗传多样性水平差异较大,其中芽庐山居群内的遗传多样性水平最高,五台山居群内的遗传多样性水平最低。[结论]山西地区草地早熟禾具较高的遗传多样性,不同居群间的遗传多样性水平存在差异,野生居群与商品种‘爱美’间均存在较大的遗传距离。     

西藏披碱草属野生牧草种质资源的遗传多样性分析与分子聚类研究

【目的】了解西藏披碱草属野生牧草的遗传多样性及其数量、分布规律。【方法】以披碱草基因组DNA为模板,利用微卫星(Microsatellite)分子标记对搜集到的9份西藏披碱草属野生牧草及8份对照材料进行遗传多样性研究,统计了不同引物对供试材料的扩增结果,分析了西藏的9个披碱草居群间的遗传距离、遗传相似系数,并对所有17个居群进行了UPGMA聚类。【结果】试验共筛选32对引物,其中14对引物有扩增条带,具有多态性且扩增效果较好的引物有8对。用筛选出的8对引物对供试的17份材料进行微卫星分析,共检测出69个等位基因,平均每对引物所产生的等位基因数为8.6个;西藏9个居群间的遗传相似系数为0.273~0.900。UPGMA聚类分析表明,在相似系数阈值为0.58时,9份材料可大致分为3类。【结论】西藏披碱草属野生牧草种质资源具有较高的遗传多样性。     

人参种源遗传多样性和遗传关系的AFLP分析

【目的】阐明不同种源人参的遗传关系和遗传多样性。【方法】用AFLP分子标记对来自我国吉林、辽宁2省及韩国、朝鲜的24份人参种源的多态性、亲缘关系和居群遗传多样性进行分析。【结果】从36对AFLP引物组合中,筛选出8对扩增条带清晰、多态性高的引物组合,用这8对引物共扩增出188个位点,其中138个位点为多态位点,多态位点百分率为73.4%;通过聚类分析,可将24个人参种源聚为4类;在集安、抚松和韩国的3个人参居群中,集安居群的Nei’s基因多样度、Shannon’s信息指数均最高,分别为0.1689和0.2738。【结论】AFLP分子标记研究结果能较好地揭示人参种源间的遗传多样性和遗传关系。     

粤北普通野生稻表型多样性研究

参考《野生稻种质资源描述规范和数据标准》,对保存于广东省农科院水稻研究所国家种质野生稻圃的174份5个居群粤北普通野生稻进行表型多样性分析,共调查21个质量性状和数量性状,利用SPSS、popgene软件进行相关、聚类、遗传多样性分析。结果表明,粤北普通野生稻在表型性状上存在丰富的遗传变异,19个有差异的表型性状间171对组合中,50对性状呈极显著相关,14对性状呈显著相关。聚类分析在卡方距离41.33内均不能将5个居群材料聚成规则类群,推测各居群材料之间有较大的遗传相似性,没有发生种的变异,可能是由一个大居群演化而来的。     

12份不同地理居群野菊的遗传多样性分析

结合形态学性状和分子标记对12份不同地理居群野菊进行了遗传多样性研究。结果表明:不同地理居群野菊各形态性状存在不同程度的变异(14.06%～67.50%),叶柄长、叶长/叶柄长、花序径、舌状花长、舌状花宽和舌状花长/舌状花宽可能是造成野菊不同地理居群间表型差异的主要因素。25个ISSR引物共扩增到246条扩增带,其中229条呈多态性,多态性带比率平均为92.5%;29对SRAP引物组合共产生651条扩增带,其中638条呈多态性,多态性带比率平均为98.0%,从分子水平揭示了野菊丰富的遗传多样性。12个居群间的Nei's遗传距离分布在0.211 7～0.494 9之间;聚类分析表明,南京野菊和四川野菊遗传关系较近,武夷山野菊独立成一组,与其他地理居群野菊遗传关系较远,不同地理居群野菊的遗传变异与地理分布相关性不明显。     

应用微卫星标记分析东乡野生稻遗传多样性初探

 利用SSLP标记对东乡野生稻进行多样性分析。结果表明 ,在 14对SSLP标记引物中 ,12对引物扩增的产物呈现多态 ,多态性探针百分率为 85 .71% ,共扩增出 70条多态性带 ,平均每对引物扩增出多态性带 5 .83条 ,表明东乡野生稻具有较丰富的遗传多样性。聚类分析结果表明 ,东乡野生稻 9个居群内及居群间存在一些差异较大的材料 ,同时也存在一些相同或遗传距离很小的材料 ;居群内平均遗传距离为 0 .2 3～ 0 .4 7,居群间平均遗传距离为0 .4 0～ 0 .5 5 ,居群间的遗传距离略大于居群内的遗传距离 ,为此 ,必须对东乡野生稻现有居群进行严格的保护。     

珍稀濒危植物长序榆遗传多样性的ISSR分析

本文对采自3省市的5个居群67个样本开展ISSR分子标记分析,通过用8个l SSR引物对长序榆DNA进行扩增,所得条带经POPGEN 3.2分析,结果显示:长序榆遗传多样性处于较低水平,且主要遗传分化源于居群内部。其中古田山居群(G)遗传多样性水平最高,松阳何山头居群(H)遗传多样性水平最低。浙江省内居群间遗传多样性水平比浙江省外高。5个长序榆居群间各位点平均Ht为0.4221,居群内平均Hs为0.3262,居群间平均遗传分化系数(Gst)为0.2271,说明其居群间遗传变异程度达22.71%;各居群间平均基因流(Nm)为0.7015,表明长序榆居群间的基因交流程度有限。     

基于EST-SSR标记的野生榧树居群遗传多样性分析

对野生榧树居群进行遗传多样性分析,有利于榧树野生资源的开发和利用。利用基于榧树(Torreya grandis)种仁转录组开发的36对多态性EST-SSR引物,对5个野生榧树居群共142个单株的遗传多样性进行分析。通过聚类分析、STRUCTURER遗传结构分析、分子方差分析(AMOVA)和主坐标分析(PCoA)等方法分析居群遗传结构。结果表明,5个居群的平均等位基因数(N_a)为4.285 7～6.638 9,Shannon’s指数(I)为1.015 0～1.373 6,Nei's遗传多样性指数(H)为0.532 7～0.656 1。36个SSR位点的平均遗传分化指数F_(st)为0.261 9,平均近交系数F_(is)为0.398 1,平均基因流(N_m)为0.704 7。居群成对分析显示,除黄山-嵊州居群间以及嵊州-松阳居群间,其他居群间F_(st)均大于0.15,基因流大于1。分子方差分析表明5个榧树居群的遗传差异主要存在于居群内(72%)。居群的遗传结构分析显示,黎川与松阳居群的遗传结构比较相似,而诸暨居群、嵊州居群及黄山居群等3个居群的遗传结构差异较大。5个野生榧树居群具有较高的遗传多样性,居群遗传结构的分析结果与各居群的地理分布基本一致。     

野生大麻居群遗传多样性ISSR分析的取样策略

[目的]分析野生大麻居群的合理取样样本量,为全面了解我国大麻资源的遗传多样性及制定野生大麻保护策略提供参考依据.[方法]随机抽取96个辽宁科尔沁沙地野生大麻自然居群个体,采用计算机模拟方法从中随机抽取不同样本量(分别为5、10、15、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90和96个个体)的抽样群体各20次,利用ISSR分子标记对其遗传多样性进行分析,确定合理的取样样本量.[结果]利用从60条ISSR引物中筛选出的9条引物对随机抽取的96个野生大麻个体进行PCR扩增,共获得76个位点,其中多态位点48个,多态率达63.16%,观测等位基因数(Na)为1.632,有效等位基因数(Ne)为1.250,Nei's基因多样性指数(H)为0.156,Shannon's信息指数(I)为0.245.由各遗传参数拟合曲线变化趋势分析结果可知,初始的4种抽样群体(分别为5、10、15和20个个体)遗传多样性水平呈急速增加趋势,之后随着样本量的加大,遗传多样性水平增加趋势明显变缓.当抽样群体样本量超过25个个体时,Na、Ne、H和I均包含了野生大麻居群90%以上的遗传变异.[结论]采用ISSR分子标记评估野生大麻群体遗传多样性时,群体取样样本量不宜小于25个个体才能较好地反映该居群总体的遗传多样性水平.     

广西普通野生稻的遗传多样性及分布特征

 【目的】对广西境内普通野生稻居群遗传多样性进行研究,明确广西普通野生稻遗传多样性分布与地理特征的关系。【方法】利用36对分布于水稻12条染色体上的微卫星引物对来自广西14个区域（县级行政区域）的27个居群690份普通野生稻材料进行遗传多样性分析。【结果】所有个体平均等位基因数A=9.86,有效等位基因数Ae=5.05,总遗传多样度Ht=0.74,基因分化系数Gst=0.49,说明广西普通野生稻遗传多样性丰富,且居群内与居群间的多样性对总遗传多样性的贡献相当。通过不同区域遗传多样性检测和聚类分析,在遗传一致度为0.5处可把广西普通野生稻分为3个类群。【结论】结合广西的地形及野生稻居群的分布情况,3个类群的形成与山脉的阻隔、水系的分布以及地质结构等影响基因传播途径的特征关系密切。     

不同地理居群野生菊资源的遗传多样性分析

利用ISSR和SRAP分子标记对11份不同地理居群野生菊的遗传多样性进行了分析。结果发现:25个ISSR引物共扩增到203条扩增带,其中有187条呈多态性,多态性比率平均为91.9%;29对SRAP引物组合共扩增到446条扩增带,其中有435条呈多态性,多态性比率平均为97.5%;11个居群间的Ne′is遗传距离分布在0.088 7~0.615 5之间。聚类分析表明,紫花野菊、野路菊及其变种能很好地区分开来,但是野生菊资源的遗传变异与地理分布相关性似乎并不明显。     

基于EST-SSR标记的珠子参野生种质资源遗传多样性分析

【目的】利用EST-SSR标记分析云南省珠子参野生资源的遗传多样性。【方法】利用17对人参属EST-SSR引物对云南省珠子参主要分布区的19个珠子参野生居群进行遗传多样性分析。【结果】在物种水平,17对人参属EST-SSR引物在19个珠子参居群中共检测到346个位点,其中多态位点296个,平均为17. 4个,珠子参的等位基因数(A)为1. 8555,Nei’s基因多样性(H)为0. 2023、Shannon指数(I)为0. 3230;在居群水平,19个居群的等位基因数(A)为1. 0954～1. 2977,Nei’s基因多样性(H)为0. 1043～0. 1387,Shannon指数(I)为0. 0309～0. 1077,多态位点数(PPB)为8. 67%～29. 77%。居群间的遗传分化系数(Gst)为0. 6357,居群每代迁移数(Nm)为0. 2866。遗传相似度和聚类分析的结果表明,19份珠子参居群被划分为2个大类群,其中第二类群16个居群被分为4个小类群。【结论】珠子参总体上具有丰富的遗传多样性,但各个居群的遗传多样性不高,居群间缺乏基因交流;居群间遗传分化水平高,遗传差异主要存在于居群间;聚类分析显示,不同表型的珠子参虽然形态差异较大,但遗传差异不大。     

基于EST-SSR标记的贵州野生刺梨居群遗传多样性分析

【目的】通过分析评价贵州野生刺梨(Rosa roxburghii Tratt)资源居群遗传多样性和遗传结构,为刺梨资源的保护和发掘利用提供科学依据。【方法】从刺梨EST-SSR引物中筛选扩增效果好、多态性较高的10对引物,对收集的12个野生刺梨自然居群(共255份资源)的遗传多样性及遗传结构应用POPGENE 1.31软件进行分析,并根据Nei’s标准遗传距离,利用NTSYS-pc2.10e软件对各居群进行聚类分析,同时进行Nei’s遗传距离与地理距离的Mantel相关性检验。【结果】居群内Shannon信息指数(I)为0.62—0.88,基因多样性指数(Nei’s)为0.40—0.52,且除福泉(FQ)和晴隆(QL)居群外,其余10个居群的多态位点百分率均为100%。此外,卡方检验显示12个居群在大多数位点上等位基因显著偏离Hardy-Weinberg平衡(P0.05),且居群内近交系数(F_(it))、总近交系数(F_(is))均为负值,居群间分化系数F_(st)平均值0.0403,居群间基因流N_(em)平均值为5.9484、遗传一致度GI为0.9068—0.9926、最大Nei’s遗传距离为0.0978。各自然居群间Nei’s遗传距离与地理距离存在显著相关性(r=0.2498,P=0.9512)。【结论】10对EST-SSR引物具有高度的多态性,可作为有效的遗传标记用于刺梨居群遗传多样性和遗传结构评价。贵州省野生刺梨自然居群内的遗传多样性较高,存在杂合度过剩的现象,且绝大多数的遗传变异发生在居群内;居群间具有基因交流频繁、遗传一致度高、Nei’s遗传距离小等特点。     

广东乳源县大桥镇野生大豆自然居群遗传结构分析

【目的】粤北山区的野生大豆是全世界分布最南端的野生大豆自然居群,本研究对来源于广东乳源县大桥镇的一个自然居群的遗传多样性进行分析,为该自然居群的原位保护和异位保护提供理论依据.【方法】在广东乳源县大桥镇发现的1个野生大豆自然居群中根据地形等距离采集了98株野生大豆样本,分别用22和73对微卫星(SSR)引物对其遗传结构进行了分析.【结果和结论】在98个样品中分别检测到27和85个等位变异,平均位点等位变异数分别为1.23和1.02个,居群期望杂合度(He)平均为0.02.聚类结果表明,可将居群分为3个部分,沿坪乳公路两侧分布的野生大豆表现出相对较高的遗传多样性.综合各指标表明,广东乳源县大桥镇居群的遗传多样性较低,在保护和利用时选取部分单株即可代表该群体;在对居群遗传多样性初步评价时,用均匀分布的30对引物即可.     

玉龙雪山不同海拔急尖长苞冷杉遗传多样性分析

利用4对SSR引物对玉龙雪山内5个海拔梯度的急尖长苞冷杉居群进行遗传多样性和遗传结构的研究。在物种水平上,Shannon信息指数(I)和Nei基因多样性(He)分别为0.971 9和0.556 7,表现出较高的遗传多样性;玉龙雪山不同海拔梯度上急尖长苞冷杉居群的遗传多样性有差异,且随着海拔梯度的递增,居群的遗传多样性除海拔3 350 m外,其他居群的遗传多样性随海拔的增加而增加,并在海拔3 700 m处达到最大值;急尖长苞冷杉居群间的基因流(N_m)为4.778 0,群体分化系数(Fst)为0.049 7,且基于AMOVA软件分析结果显示有3.55%的变异发生在居群间,表明急尖长苞冷杉群体间分化低,且大部分变异存在于居群内。研究结果表明海拔梯度对急尖长苞冷杉遗传多样性影响甚微。     

半夏SSR分子标记开发与遗传多样性

对半夏转录组数据进行分析,设计开发SSR引物,利用筛选出的SSR引物分析不同居群间半夏的遗传多样性,为半夏分子标记辅助育种提供支撑。结果显示:筛选出的19对多态性较高的引物在17个半夏居群中共检测到49个多态性位点,具有较高的多态性;利用UPGMA作图共将17个半夏居群分为3个类群;通过分子方差分析(AMOVA)发现半夏居群内的变异达到88%,说明群体与群体间的差异相对较小,遗传变异主要来源于个体间;居群间平均分化系数Fst为0.124,居群间基因流Nm值为1.765,表明居群间能正常地进行基因交流,且居群间遗传分化受基因流的影响较大。本研究利用SSR技术开发的19对SSR引物在不同半夏居群间具有一定的通用性、多态性,能将17份半夏材料明确区分。