奶牛乳房炎抗性基因的反向Northern斑点杂交差异筛选

分别用地高辛标记患乳房炎奶牛和健康奶牛外周血白细胞cDNA探针,对已构建的奶牛乳房炎抗性相关cDNA文库应用反向Northern斑点杂交技术进行差异筛选,筛选出的50个差异表达克隆测序后获得48个EST序列.根据在GenBank非冗余核酸数据库(nr)和EST数据库中Blastn序列比对结果,将这些EST分为3类:第一类代表已知基因,共35个;第二类代表已知EST,共5个;第三类为新EST,共3个.35个代表已知基因的ESTs按照基因功能分为八类:信号转导与细胞间通信(8.57%)、细胞结构与运动(11.43%)、细胞凋亡(5.72%)、细胞与机体防御(20.00%)、物质转运(8.57%)、翻译与表达调控(20.00%)、代谢(14.20%)及其它(11.43%).结合相关文献初步探讨了部分患乳房炎奶牛外周血白细胞差异表达基因的功能和意义,其中BNBD5、IgJ、MIP-3、MnSOD、AHCY、WIP等基因可能在奶牛乳房炎抗性中发挥重要作用.     

奶牛乳房炎抗性基因的反向Northern斑点杂交差异筛选

分别用地高辛标记患乳房炎奶牛和健康奶牛外周血白细胞cDNA探针,对已构建的奶牛乳房炎抗性相关cDNA文库应用反向Northern斑点杂交技术进行差异筛选,筛选出的50个差异表达克隆测序后获得48个EST序列。根据在GenBank非冗余核酸数据库(nr)和EST数据库中Blastn序列比对结果,将这些EST分为3类:第一类代表已知基因,共35个;第二类代表已知EST,共5个;第三类为新EST,共3个。35个代表已知基因的ESTs按照基因功能分为八类:信号转导与细胞间通信(8.57%)、细胞结构与运动(11.43%)、细胞凋亡(5.72%)、细胞与机体防御(20.00%)、物质转运(8.57%)、翻译与表达调控(20.00%)、代谢(14.20%)及其它(11.43%)。结合相关文献初步探讨了部分患乳房炎奶牛外周血白细胞差异表达基因的功能和意义,其中BNBD5、IgJ、MIP-3、MnSOD、AHCY、WIP等基因可能在奶牛乳房炎抗性中发挥重要作用。     

家蚕泛素结合酶新基因的克隆与基因组结构及5′调控区分析

在家蚕丝腺cDNA文库测序过程中,发现一个编码家蚕泛素结合酶的EST序列,利用3′RACE方法克隆了一个新的家蚕泛素结合酶基因cDNA全长序列,命名为BmUCE2 I(GenBank登录号为DQ219874)。家蚕BmUCE2 I基因全长cDNA由465 bp的开放阅读框序列(ORF)、97 bp的5′端非翻译区序列(5-′UTR)和237 bp的3′端非编码区序列(3-′UTR)组成,其编码的154个氨基酸与其他真核生物间具有较高的同源性。利用BmUCE2 I的EST片断作探针,通过筛选家蚕噬菌体基因组文库,获得了家蚕BmUCE2 I基因组序列和5′调控序列。BmUCE2 I基因由4个外显子和3个内含子组成,在5′端上游调控区域没有类似TATA盒元件,但在-219~-268 bp的区域存在一个50bp的启动子序列,此外还存在CF2-Ⅱ、FTZ、DFD、BRCZ2、DL、STAT、PRD-HD等多个转录因子结合位点。家蚕泛素结合酶新基因的克隆、基因结构及5′调控区的分析为进一步研究泛素蛋白水解酶复合通路相关基因的调控规律提供了重要依据。     

猪CTSD全长cDNA的克隆和表达分析

以人CTSD mRNA全长序列为基序,在db EST库中搜索同源性大于80%、重叠大于40个碱基的猪EST下载经Seqman软件装配后,利用RT-PCR扩增到猪CTSD基因部分cDNA序列,进一步通过RACE技术获得cDNA全长（GenBank登录号为DQ018727）,猪CTSD基因cDNA全长2032 bp包括93 bp 5′UTR区、706 bp 3′UTR区和1 233bp ORF,编码410个氨基酸残基。其编码区与人、鼠、牛、羊CTSD编码区同源性分别为87.9%、78.2%、86.6%和85.0%,其氨基酸序列与人、鼠、牛、羊氨基酸序列同源性分别为86.6%、80.1%、86.0%和84.7%。疏水性分析和信号肽预测发现猪CTSD氨基酸序列存在至少7个疏水性区域,信号肽位点为第1-20个氨基酸残基。在NCBI进行Blast P搜索结果显示猪CTSD氨基酸结构中含有Asn（Asparagine,天门冬酰胺）结构域,与天冬氨酸蛋白酶3D结构同源性高达99.7%,具有真核生物天冬氨酸蛋白酶的典型结构。以猪多组织RNA池为模板,以1026 bp部分cDNA序列作为杂交探针进行Northern杂交,得到一条2000 bp左右特异条带,从而验证了RACE产物为全长cDNA并揭示该基因只有一个转录本。为了研究猪CTSD基因在体内不同组织内表达的特点,采用半定量RT-PCR对CTSD基因在猪10个组织中的表达进行研究,结果表明在10个组织中均有表达,且表达量与-βactin内参接近。     

波尔山羊MyoG基因的鉴定和序列分析

为了探明山羊MyoG基因的序列结构及其对肌肉的分化调控机制,用PCR产物直接测序的方法获得了波尔山羊MyoG基因2 363 bp长的DNA序列,并对该序列进行了分析.结果表明,波尔山羊MyoG基凶包括3个外显子、2个内含子及部分5'UTR(74 bp)和3'UTR(260 bp)区,编码序列长675 bp,共编码224个氨基酸.结构分析表明,该序列所编码的肽链没有信号肽,第1～138个氨基睃为波尔山羊MyoG基因的bHLH结构域.通过比对分析波尔山羊与已知的GenBank中的人类及其它物种MyoG基因发现,该基因编码区核苷酸以及推测的氨基酸同源性和物种间的亲缘关系相一致,无根系统进化树的聚类结果与这些物种本身的生理特性以及传统分类学中已知的生物分类结果相一致.波尔山羊MyoG基因的鉴定及序列分析为山羊肌肉发育调控的机理以及肉质改良等的研究提供了很好的生物学基础信息.     

鹅肌肉生长抑制素基因5′-调控区序列特征和组织表达分析

根据鸡的Myostatin基因序列设计引物,从鹅的基因组DNA中扩增到了Myostatin基因的5′-调控区,克隆并测序后获得了1．3kb片段序列。与其他物种的序列比较发现,鹅Myostatin基因的该调控序列与鸭同源性为94．8％,与鸡同源性为69．2％,而与小鼠仅为14．3％。通过生物信息学方法,分析确定了其启动子和转录起始位点,发现在转录起始位点上游-34bp处存在1个TATA盒,-77bp处存在1个CAAT盒。还发现在该片段中包含5个E框、2个MEF2结合位点、1个MSX2盒和1个MTATA盒等肌肉特异性转录因子结合位点。采集鹅肝脏、胸肌、腿肌、心脏、肺、肠、肾和脑等8种组织并提取总RNA,用Northernblot方法检测了Myostatin基因mRNA在8种组织中的表达情况,发现其只在胸肌和腿肌中表达,而在其他几种组织中没有检测到表达信号。     

EST规模测序在家蚕功能基因组中的应用

EST(Expressed Sequence Tag)指的是一组cDNA的部分序列，一般长度为300-500bp，是由大规模随机取出的cDNA克隆一次测序得到的组织或细胞基因组的表达序列标签。一个EST代表生物某一时期的某种组织或细胞的一个表达基因。对整个基因组表达基因的功能及调控研究就称为功能基因组研究。     

关岭牛解偶联蛋白3基因5’侧翼区克隆和生物信息学分析

本试验对贵州关岭牛解偶联蛋白3（uncoupling protein,UCP3）基因5'侧翼区进行克隆,并利用生物信息学软件对其1080 bp的克隆序列进行分析,以研究UCP3基因5'侧翼区特异性转录调控元件的调控机制。软件分析发现关岭牛UCP3基因5'侧翼区含有6个可能的转录起始点和33个潜在转录因子结合位点,与东北虎、家猫、印度水牛、藏羚羊、山羊、绵羊UCP3基因5'侧翼区（-196～+100 bp）序列相似性分别为82%、82%、98%、95%、96%和98%;该区域保守性较强,推测转录起始点上游-200～+1 bp可能是其核心启动子区域,该区域在调控基因转录和翻译方面具有共同的作用。试验成功克隆了UCP3基因5'侧翼区序列1080 bp,初步预测了该基因的核心启动子区。     

鹅卵泡选择过程中差异表达基因的初步探索

采用银染mRNA差异显示技术筛选并克隆鹅卵泡选择过程中差异表达的基因片段,测序后在Genbank中进行Blast检索分析其同源性.共获得5个差异片段(EST,表达序列标签),经Blast同源性分析发现1个与人甲硫氨酸腺苷基转移酶Ⅱβ亚基(MAT Ⅱβ)同源,同源性为95%,另一个与鸡mKIAA0840基因同源,同源性为94%,其余3个与已知基因或序列无任何同源性,可能是尚未发现的新基因.本研究结果显示鹅卵泡选择过程中的基因表达存在差异,筛选出的5个EST的全序列和功能有待于进一步深入研究.     

鸭圆环病毒ORF3基因的克隆及序列分析

为了解鸭圆环病毒(DuCV)不同分离株ORF3基因变异情况及分析其同源性,本研究从临床病料中分离10株DuCV,扩增ORF3基因并测定其序列.通过与已知序列比对分析发现,DuCV ORF3基因分为两种基因型,大小分别为237 bp和297bp.ORF3基因同一基因型之间的核苷酸同源性为95.8％～100％,氨基酸同源性为88.6％～100％,而不同基因型之间的核苷酸同源性仅为87.8％～91.6％,氨基酸同源性仅为72.2％～81.0％.