基于ISSR及SSR标记的苜蓿遗传多样性分析

探究苜蓿种质资源亲缘关系,为苜蓿品种鉴定和新品种选育提供理论依据。采用ISSR和SSR分子标记方法对30份苜蓿材料进行遗传多样性分析。12条ISSR标记引物共扩增出125条带,多态性条带117条,多态性条带比率(PPB)为93.01%。有效等位基因数(Ne)、Nei′s基因多样性指数(H)和香农多样性指数(I)均值分别为1.465 9,0.281 3,0.431 4;12条SSR标记引物共扩增出152条带,多态性条带144条,多态性条带比率(PPB)为94.05%。有效等位基因数(Ne)、Nei′s基因多样性指数(H)和香农多样性指数(I)均值分别为1.542 7,0.313 9,0.470 1。2种标记遗传相似系数及聚类分析表明,材料Zxy2010p-7900、Zxy2010p-7740可单独分为一类,与其他材料亲缘关系较远;清水紫花苜蓿、陇东紫花苜蓿、甘农4号杂花苜蓿可分为一类,其品种间遗传相似系数较大,亲缘关系较近。2种标记方法客观真实地检测出供试苜蓿种质的亲缘关系。     

基于ISSR标记分析豌豆农家品种遗传多样性

为掌握内蒙古部分地区种植的农家豌豆品种的亲缘关系,本研究通过ISSR分子标记技术,对来自内蒙古自治区部分地区及甘肃省张掖市的29份豌豆农家品种的遗传多样性进行分析。结果显示,从19个ISSR引物中筛选出多态性明显、条带清晰、反应稳定的引物共7个。29份DNA材料共扩增出118条条带,其中116条为多态性条带,平均每个引物扩增出的条带数为16.9条,多态性比率为98.31%。Shannon多样性指数平均为0.505 9,每个位点的有效等位基因数为1.569 6,品种间遗传相似系数变幅为0.370 4～0.928 6,表明本研究的29个豌豆农家品种具有丰富的遗传多样性。利用UPGMA聚类分析,以遗传相似系数0.69为界限,将29份材料划分为5类,聚类结果与豌豆种群地域性分布规律关联性较高,表明ISSR分子标记技术的遗传多样性分析能够将地理来源相近的居群进行聚类划分,其研究结果可运用于豌豆种质资源保护及育种工作中。     

豇豆种质资源SSR标记遗传多样性分析

从46对备选的豇豆SSR引物中鉴定筛选出扩增带单一、稳定清晰且多态性强的13对引物。用这13对引物,对来自中国、非洲和亚洲其他国家的共316份栽培豇豆[Vigna unguiculata (Linn) Walp.]资源的DNA进行SSR扩增,以研究其遗传多样性。结果共检测到47个等位位点,平均每对引物扩增出3.692个等位位点,有效等位基因平均2.003个;5对SSR引物VM16、VM26、VM20、VM25和VM23,对于检测豇豆遗传变异最为有效。UPGMA聚类图显示,13对SSR引物即能将其中的260份参试资源区分开,其中国内、外资源差异明显,被划为2大类群;国内资源类群又可分为与地理来源的气候生态区明显关联的2个北方组群、4个南方组群和2个混合组群,8个组群间相对独立又相互渗透;国内育种高代材料的遗传多样性狭窄。     

不同品种玉米SSR遗传多样性分析的研究

本研究利用SSR分子标记技术对辽宁省主推玉米品种进行遗传多样性分析。结果表明,利用扩增条带清晰、具明显多态性的SSR引物,能将全部供试玉米品种区分开来,且亲缘关系远近一目了然。其中,遗传距离最大的是东单335和铁单10,为0.64;遗传距离最小即亲缘关系最近的为东单60和东单16,为0.1724。总体来说,辽宁省玉米品种仍在集中使用少数骨干亲本,远缘杂交品种较少,有必要进一步拓展玉米种质遗传基础,以满足相关行业的发展需求。     

利用SSR标记分析云南保山玉米遗传多样性

本研究利用农业标准(NY/T1432-2014)推荐的SSR核心引物,以云南保山推广种植的15个玉米品种为研究材料,进行遗传多样性分析。结果表明,共有17对引物在玉米品种间产生72个多态性片段,每对引物扩增出3～6个多态性片段,平均每个引物4.3个;有效等位基因数为1.219～1.750,平均为1.448;Nei's遗传多样性指数为0.176～0.418,平均为0.283;Shannon信息指数为0.315～0.605,平均为0.444;SSR多态信息量(PIC)平均值为0.686,变幅为0.512～0.812。聚类分析结果显示,遗传相似系数平均0.632,变幅为0.417～0.819;在遗传相似系数0.65处可将15个品种划分为五类。本研究可以为云南省保山玉米品种的选育和推广提供理论和技术支持。     

应用ISSR分子标记分析裸大麦的遗传多样性

为研究裸大麦的遗传多样性,利用筛选得到的16条ISSR引物对收集的国内外102份裸大麦材料和1份皮大麦材料进行了遗传多样性分析,并分析了裸大麦地理分布与遗传多样性的关系。结果表明,16条ISSR引物共扩增出133条条带,大小在100~2000bp。不同引物扩增的条带数在3?15条,平均每条引物扩增出8.31条,多态性条带为113条,多态性的平均百分率为85.1%,103份材料的遗传相似系数(GS)在0.2817~6,提示裸大麦的遗传多样性较高。利用NTsys 2.1软件进行聚类分析,103份材料分为四大类,第一大类只分布在中国青海,第二大类分布在亚洲、欧洲、北美洲和非洲,第三大类分布在亚洲、北美洲和南美洲,第四大类仅分布在亚洲和北美洲,表明亚洲,尤其中国地区具有较高的遗传多样性。裸大麦的遗传多样性与其地理来源的相关性,为进一步研究裸大麦尤其是青稞起源提供了参考。     

基于SSR标记的制干辣椒品种资源遗传多样性分析

本研究采用SSR分子标记方法,分析了36份制干辣椒品种资源间的遗传关系。从36对SSR标记中筛选出12对进行电泳分析,这12对引物扩增条带清晰且多态性丰富。分析结果表明:12对SSR引物共获得87条谱带,平均每对引物7.3条谱带,多态性位点58个,平均多态性比率66.67%;供试材料间的遗传相似系数介于0.277 8~0.805 6之间;遗传相似系数以0.76为阀值时,可将36个制干辣椒品种分为3大类群;进一步的群体结构分析表明3个类群间种质资源相互渗入情况非常明显,这可能是由于受到强烈的人工选择的影响。     

基于ISSR标记的5个蓼蓝居群遗传多样性分析

旨在分析5个不同居群蓼蓝的遗传多样性及亲缘关系,为蓼蓝种质资源的保护和开发利用提供分子依据。以5个不同居群的蓼蓝为实验材料,利用简单重复序列(ISSR)分子标记技术进行遗传多样性分析;使用Popgene 32软件对扩增结果进行分析;使用NTsys2.10e软件按非加权配对算数平均法(UPGMA)构建居群间遗传距离聚类图。结果表明,23条引物共扩增出155个位点,其中148个为多态性位点;Nei′s基因多样性指数(H)为0.3538,Shannon多样性指数(I)为0.5234,基因分化系数(Gst)为0.4096,基因流(Nm)为0.7206;以遗传距离0.234为阈值可将5个居群分为三类,其中日本居群和其他居群间显示出较大差异。本研究结果显示蓼蓝居群间遗传差异与地理距离呈现一定相关性,对蓼蓝遗传多样性及种质资源的保护利用提供了理论基础。     

基于SSR标记的华南野生蓖麻遗传多样性分析

国内外研究表明蓖麻是一个遗传多样性很低的物种,利用野生材料拓宽遗传基础对蓖麻育种至关重要。本研究用72对多态性SSR标记对从广东、广西和海南三省(区)收集的240份野生蓖麻材料进行了的遗传多样性分析。结果表明,平均每个SSR位点检测到等位基因4.819个、有效等位基因2.410个,平均多态性信息含量(PIC)为0.481,平均Shannon's信息指数(I)为1.007,平均期望杂合度(He)为0.525,均高于以往报道结果。按地理来源分析,来自广东的材料遗传多样性最高,广西的次之,海南的最低。群体遗传结构分析将240份材料划分为3个类群,每个类群遗传背景独特,与地理分布基本一致,类群间存在一定程度的基因交流。聚类分析在遗传相似系数为0.404时,将240份材料分为4个组,组间亲缘关系与地理分布没有直接联系,但随着遗传相似系数的增大,同一地区的材料有聚到一起的趋势。以上结果证明中国华南野生蓖麻材料遗传多样性较为丰富,是比较独特的一类蓖麻种质资源,应进一步加强保护、研究和利用。本研究对华南野生蓖麻的高效保护和研究利用提供了数据参考。     

利用ISSR分子标记分析29个风信子品种的遗传多样性

现代栽培的所有园艺风信子都是由原种风信子(Hyacinth orientalis)培育驯化而来,其遗传基础相对较窄,但经过几个世纪栽培选育,已经发生很大变化。为研究风信子品种之间的遗传关系,本研究利用12条引物对29个风信子品种进行ISSR分子标记研究,扩增获得109条谱带,多态性条带有103条,占条带总数的94.5%,表明风信子具有较高的遗传多样性。29个风信子品种的遗传距离范围为0.018 5~0.820 1,平均遗传距离为0.449 8。其中‘Atlantic’与‘Gipsy Queen’遗传距离最大为0.820 1,亲缘关系最远;‘Blue star’与‘Delf Blue’遗传距离最小,两品种之间相似度较大,亲缘关系最近。使用软件NTSYS-pc(2.10e版)获得UPGMA聚类树形图,以相似系数0.635为阈值,29个风信子品种可聚为两大类。聚类分析发现相同色系的品种几乎聚为一类,说明同色系风信子品种亲缘关系较近。因此,在杂交育种时可选择不同花色的品种作亲本,进行新品种的选育。     

野生稻不同基因组的SSR多样性分析

本研究应用SSR标记分析了 18份野生稻不同基因组材料的遗传多样性。结果表明 :18份野生稻不同基因组材料可分为 3大组 ,即AA和BCD为一组、FF和GG为一组和HHJJ为一组 ;同一基因组内的野生稻亲缘较近 ,不同基因组间的亲缘较远 ;不同基因组的平均遗传多样性和亲缘关系远近的顺序为AA >BCD >BBCC >CCDD >CC >FF ,其中CC和CCDD基因组、FF、GG和HHJJ基因组间的亲缘性较高 ,并推测CC基因组中的药用野生稻 (O officinalis)和宿根野生稻 (O rhizomatis)可能是CCDD基因组的高秆野生稻 (O alta)、阔叶野生稻 (O latifolia)和重颖野生稻 (O grandiglumis)的共同母系亲本。     

15份葡萄种质遗传多样性的SSR分析

本研究利用SSR标记对15份葡萄种质进行了遗传多样性分析。从30对SSR引物中筛选出11对多态性引物,共扩增出107条带。每对引物可检测到等位位点数为4～22,多态率为75%～100%。根据SSR扩增结果,利用NTSYSpc2.10e软件进行Jaccard相似性系数分析,15份葡萄种质的遗传相似系数在0.20～0.98,平均遗传相似系数为0.398。UPGMA聚类分析结果表明,在遗传相似系数0.29处,15份葡萄材料可分为2大类群。第一类包含7份山葡萄资源,2个山欧杂交品种,第二类包含3个欧亚种品种、2个欧美杂种品种和1个美洲杂种品种。由此可见,山葡萄与欧亚种、美洲杂种的亲缘关系较远,欧亚种与美洲种之间亲缘关系较近。此外,引物Vmc9a2.1、VMC4F3、VMC4A1、Scu14vv分别在欧亚种‘无核白’、‘山葡萄雄株’(雄1-2,雄1-3)、山葡萄‘左山二’、山葡萄‘双丰’扩增出一条特性条带,这为利用SSR标记鉴定葡萄品种或品系提供了基础数据。     

应用SSR标记对小豆种质资源的遗传多样性分析

利用24对SSR引物对158份栽培小豆及18份野生小豆资源进行遗传多样性分析。结果表明,栽培小豆的遗传变异水平显著低于野生小豆,其中18对引物在栽培小豆中能检测到多态性,平均等位变异数为3.0个,21对引物在野生小豆中能检测到多态性,平均等位变异数为2.6个。栽培小豆种质间平均遗传相似性系数为0.724,野生小豆间为0.605。基于类平均法的聚类分析可以将栽培小豆和野生小豆区分开,这与主坐标分析的结果基本吻合。不同来源的栽培小豆群体间也有一定的遗传分化。SSR分析不仅验证了小豆品种间的遗传背景与其系谱来源相吻合,而且揭示了同名种质天津红小豆之间的遗传差异。本研究为我国小豆种质资源育种及SSR标记在小豆多样性分析、基因标记、品种鉴定等工作提供了信息。     

我国茶树无性系品种遗传多样性和亲缘关系的ISSR分析

利用ISSR分子标记分析了我国36个主要茶树无性系品种的遗传多样性和亲缘关系。结果表明20个ISSR引物在供试品种中共扩增出368条谱带,其中多态性条带占总条带的99.7%,引物的多态性信息指数（PIC）平均达0.90。供试品种的基因多样性（H）和Shannon信息指数（I）分别为0.23和0.38。茶区内茶树品种的遗传多样性低于总体水平,江南和华南茶区主栽无性系品种的多样性高于西南茶区。AMOVA分析表明区域因素引起的变异（占5.6%）远小于品种因素（占94.4%）。供试品种间的相似系数介于0.58~0.84,平均为0.69,显示出我国茶树主栽品种的遗传基础已相对比较狭窄。ISSR聚类分析表明,中国台湾品种金萱与大陆品种的遗传距离较远,形成单独的个类。35个大陆品种聚成一个大类群,其中除宜红早形成独立的个类外,其他品种又聚为3个亚类群。亲缘关系树状图在分子水平上显示了我国主要茶树无性系品种间的亲缘关系,为今后茶树育种亲本的选配提供了理论依据。     

Genetic Diversity of Cultivated Chinese Chive Germplasm by ISSR and RAPD Markers

利用RAPD(Random Amplified Polymorphic DNA)和ISSR(Inter-simple Sequence Repeat)两种分子标记技术对20份韭菜栽培品种进行了遗传多样性研究。结果表明，筛选后选用的12个ISSR引物和15个RAPD引物分析分别产生了258和101条扩增产物带，其中多态性条带(即20个韭菜品种中一个或多个但不是全部具有的带)分别为132和40条，分别占总数的51.2%和39.6%。，也就是说12个ISSR引物和15个SSR引物对韭菜不同品种的扩增可分别产生51     

云南糯稻遗传多样性的SSR分析

用24对单序列重复（simple sequence repeat,SSR）引物分析云南省63个糯稻品种的遗传多样性,结果显示云南糯稻总体遗传多样性水平较高。24个SSR位点共检测到153个等位基因,均为中度或高度多态位点。总群体平均香农指数为1．4493,平均Nei’s基因多样性指数为0．7187。滇西南、滇南和滇东南是目前云南省糯稻遗传多样性中心,是保护糯稻资源时应重点关注的区域。AMOVA分析表明糯稻的遗传变异主要存在于地区内品种间（79％）,只有5％遗传变异存在于地区间,品种内的遗传变异占16％,保护糯稻遗传多样性需要保护较多的品种。聚类分析显示Nei’s遗传相似系数为0．22时云南糯稻品种分为籼糯和粳糯2个类群,但是不能区分地理组。     

基于SSR标记的高原粳稻品种遗传多样性分析

利用中国农业行业标准(NY/T 1433-2014)推荐的48对SSR引物,对81个高原常规粳稻推广品种进行遗传多样性分析。结果表明:37对SSR引物在81个品种间具有多态性,共检测到139个等位基因(分子量变异范围为89~288 bp),每对引物检测到的等位基因数(Na)为2~10个,平均3.76个。Nei基因多样性指数(He)为0.025~0.769,平均为0.438。SSR多态信息量(PIC)分布范围为0.024~0.727,平均为0.416。遗传相似系数变幅为0.42~1.0,平均为0.65。2007-2016年育成的品种遗传多样性低于2007年前育成的品种,两个时期育成的品种有15个SSR位点的等位基因存在差异。聚类分析表明,遗传相似系数为0.62时,81个品种划分为4个类群,其中第Ⅰ类、第Ⅱ类和第Ⅲ类分别包括4个、5个和12个品种,第Ⅳ类包括60个品种,占供试品种数的74.1%。表明大多数品种间遗传距离近,遗传基础较窄。在今后的水稻育种中,应加强有利基因发掘、引进和创新利用,以拓宽高原粳稻的遗传基础。     

SSR标记应用于烟草品种遗传多样性研究

SSR标记是进行植物遗传多样性研究的理想技术。本研究应用最近公布的烟草SSR标记分析了13个云南省烟草主栽品种的遗传多样性。对92对分布于烟草24个连锁群的SSR标记引物筛选发现20对在这些品种之间存在多态性。20个SSR位点上共检测到52个等位基因,平均每对引物等位基因数为2.6个。根据SSR标记多态性计算了不同品种之间的遗传距离（GD）,13个品种之间遗传距离介于0.0090-0.4286之间,平均距离为0.2237,说明品种间遗传差异较小。SSR标记技术将在烟草的基因标记定位及分子辅助育种中发挥重要的作用。     

基于SSR标记的云南腾冲水稻的遗传多样性分析

利用中国农业行业标准（NY/T 1433-2014）推荐的SSR核心引物分析腾冲本地糯谷和推广种植的多个品种间的遗传多样性。结果表明：18对SSR引物在20个品种间具有多态性,共扩增出了82个多态性片段,平均每对引物检测到4.6个多态性片段,变幅为2~8个;Nei′s多样性指数为0.155~0.384,平均为0.248;Shannon′s信息指数为0.280~0.567,平均为0.398;SSR多态性指数（PIC）平均值为0.63,变幅为0.26~0.84。遗传相似系数平均0.710,变幅为0.410~0.976。聚类分析结果显示,在遗传相似系数0.70处可将20个品种划分为4类,其中第Ⅰ类和第Ⅱ类分别包括4和5个品种,腾冲糯谷为第Ⅲ类,第Ⅳ类包括10个品种。研究结果表明腾冲糯谷与推广种植水稻品种间遗传基础丰富,多态性好,为腾冲市水稻种质改良和新品种选育提供了参考依据。     

黑稻资源遗传多样性的SSR分析

利用24对SSR引物比较了来自中国6个省市的29个黑稻品种的遗传多样性。结果表明,24对引物在上述品种中共检测到76个多态位点;多态位点的等位基因丰度、遗传多样性指数和平均香农指数分别为3.17、0.5287和0.9058,品种间遗传相似系数变异在0.0833-0.9583之间,说明黑稻中存在丰富的遗传多样性。利用品种间的遗传相似系数进行聚类分析,可将29份材料分为3个类群,其SSR分子标记分析表现出一定的地域相关性。