亲本未知的棉花F1杂种及其F2单株的SSR分子鉴定

在棉花品种区域试验中,杂交种纯度的分子检测一直是比较困难的课题,尤其是在亲本未知的情况下,杂交种的纯度的分子检测研究尚未见报导。本研究利用17对SSR核心引物对参试品种邯6402的F1进行纯度检测,SSR标记纯度达100%,17对引物中有12对呈现共显性,5对引物为非共显性。同时,构建了F1的SSR指纹图谱,以此可以鉴定邯6402的真实性。继续用这些引物对F2的44株棉苗进行检测,F2群体棉苗均有不同程度的分离,绝大部分基因型为杂合体,许多位点显示共显性,且共显性位点互不相同,在分子水平上验证了F2群体的杂合状态。应用这一套SSR核心引物,能够在室内鉴定棉花杂交种的真实性和纯度,还能够鉴别是F1杂交种还是F2分离群体,比对杂交种的指纹图谱能检测出F1中掺杂成分。     

基于表型性状和SSR分子标记构建甘薯核心种质

为更好地保存、研究和利用甘薯种质资源,本研究以国家甘薯种质资源圃(广州)保存的1091份甘薯种质为材料,分别采用欧氏距离和Nei’s距离进行NJ聚类分组,组内随机取样,构建核心种质。利用均值、方差、香农多样性指数、变异系数等指标对核心种质的表型性状数据进行代表性评价,以及利用有效等位基因、Nei’s遗传多样性指数、Shannon’s多样性指数等指标对核心种质的SSR分子标记数据进行代表性评价;并利用主成分分析对核心种质进行确认。结果表明,构建的甘薯核心种质包含289份材料,占全部种质的26.49%;在P<0.05概率下,核心种质中表型性状以及SSR分子标记的相关指标与全部种质无显著差异,且二者的表型频率分布基本一致;主成分分析表明核心种质具有与全部种质相似的遗传多样性和群体结构。建立的甘薯核心种质很好地代表了全部种质的遗传变异和群体结构,可为甘薯的品种改良、优良基因挖掘以及种质创新奠定良好基础。     

基于表型和SSR标记的金平草果遗传多样性分析

草果是常见中药材和调味料,主产于云南。以主产地云南省红河州金平县的草果为研究对象,利用表型和SSR标记分析草果遗传多样性。结果表明：13个数量性状的变异系数为7.64%~50.00%,Shannon-Weaver多样性指数为1.74~2.16,其中挂果率的变异系数最大,鲜果长的多样性水平最高;提取的前4个主成分可解释81.615%的变异,第1主成分可解释37.369%的表型变异,与产量密切相关的干果重、鲜果重、干果皮重和单果种子数等指标荷载量较高。5对SSR标记在44份草果样本中共扩增出23个条带,平均每对引物可检测到4.6个多态性位点,多态位点百分率为100%,Shannon’s信息指数和平均多态信息含量分别为1.266和0.672;聚类分析可将44个样本分为2大类,第1类包含34个样本,第2类由10个样本构成。本研究表明金平草果具有丰富的表型变异和较高的分子遗传多样性。     

利用SSR分子标记进行海岛棉遗传多样性研究

中国农科院棉花所陈光等利用SSR分子标记，对20世纪50年代我国引入海岛棉以来培育的45个国内品种（系）及8个国外品种的遗传多样性进行研究。通过256对SSR引物的筛选，选择24对扩增效果好的引物对53个海岛棉种质资源进行遗传多样性的检测分析，共检测出106个等位位点，每对引物等位位点数在2～8之间，平均为4.4。     

利用SSR标记评价普通菜豆种质遗传多样性

利用36对SSR引物对332份国内普通菜豆、16份国外普通菜豆和29份野生菜豆的遗传多样性进行了分析,等位变异数和多样性指数的计算结果显示,3种生态型普通菜豆遗传多样性由大到小的顺序为国内普通菜豆、野生菜豆和国外普通菜豆;我国贵州、云南、黑龙江等省普通菜豆的遗传多样性较为丰富。基于SSR数据,对377份普通菜豆种质资     

基于产量相关性状SSR分子标记的大豆杂种优势群划分

利用杂种优势可显著提高大豆单产,但亲本的创制及杂交组合的配制缺乏有效的理论指导,导致杂交种组配工作存在盲目性,强优势大豆杂交种的产出周期较长。针对上述问题,以中国东北部和国外的43份亲本为材料,利用经过筛选的14个大豆产量性状相关SSR分子标记进行遗传多样性分析和杂种优势类群划分。结果发现,所用SSR标记共扩增出31个等位变异位点,平均每个标记检测到2.2143个等位变异位点,变幅为2.0000~4.0000;主效基因频率为0.4419~0.9302,平均为0.6817;基因遗传多样性指数为0.1298~0.6101,平均为0.4043;多态性信息含量为0.1214~0.5272,平均为0.3280。根据遗传距离将43份亲本材料划分为2个类群;25个杂交种的35份亲本材料分属于2个类群;且27个杂交种的39份亲本材料为国内和国外材料之间配制的杂交组合,反映出中国东北与国外材料之间存在较强的杂种优势。对本研究所用的杂交种亲本间遗传距离分析发现,遗传距离在0.4~0.6时杂种优势利用效率较高。上述结果为优异亲本的选育方向和强优势杂交种亲本的合理组配提供参考。     

观赏樱属植物基因组SSR分子标记开发及鉴定

为了开发樱属植物的基因组SSR(简单重复序列)分子标记,本研究在IlluminaNovaSeq PE平台上进行喜马拉雅樱花(Cerasus cerasoides)基因组序列勘测。利用Perl脚本MISA识别微卫星序列,并随机合成100对引物进行引物多态性筛选。选择易扩增、多态性高的引物,采用荧光标记毛细管电泳法在45种樱属植物中进行检测和遗传多样性分析。结果表明,喜马拉雅樱花基因组共存在113 571个SSR位点(≥5个重复),其中包含53.31%单核苷酸基序,36.64%二核苷酸基序,其余基序类型占比10%。在此基础上共筛选出21个SSR标记,并将其用于观赏樱属植物的遗传多态性评估,结果共检测到215个等位基因,平均每个位点10.24个等位基因,平均杂合度为0.38。采用SSR标记构建的进化树较好地反映了45种供试樱属植物之间的亲缘关系。本研究开发了全新的樱花基因组SSR分子标记,可用于樱属植物的遗传多样性分析和分子标记辅助育种。     

基于SSR标记的牡丹杂交子代真实性鉴定

SSR分子标记技术在杂交后代真实性的鉴定中具有重要意义。本试验以湖南本土牡丹‘宝庆红’为亲本,通过常规人工杂交育种得到5个不同杂交组合共69株杂交子代实生苗为材料,利用SSR分子标记技术对其进行早期真伪性鉴定。结果发现,4对SSR引物从69株杂交子代中筛选出5个单株具有父母本特异性互补条带,鉴定为真杂种。研究表明,SSR分子标记技术在对牡丹杂交子代真实性鉴定中具有准确、高效等特点,在后续牡丹种质资源创新以及新品种的选育过程中具有应用价值。     

基于SSR分子标记的龙眼种质资源遗传多样性分析及其指纹图谱构建

旨在为龙眼资源的分子鉴定和变异分析提供技术支持。以85份龙眼种资资源为试材,利用荧光标记的毛细管电泳技术对龙眼资源进行SSR检测、群体多样性和指纹图谱分析。7对SSR引物检测到29个等位基因,每对引物的等位基因数在3～7之间,平均为4.14个。有效等位基因数(Ne)范围在1.52～3.133之间,平均2.175,有效等位基因所占比例为52.49%。群体平均Shannon遗传多样性指数(I)为0.877;观测杂合度(Ho)的变化范围为0.341～0.782,平均值为0.51,期望杂合度(He)的变化范围为0.342～0.681,平均值为0.514,He的平均值大于0.5。85份龙眼资源遗传距离范围为0.00～0.635,平均为0.299。85份龙眼资源指纹图谱的构建,为生产上同名异物或同物异名的乱象鉴定提供了有效手段。     

基于SSR标记的冬瓜种质资源遗传多样性分析

为了加强冬瓜种质资源的保护和评价,明确资源间的亲缘关系,本研究利用SSR标记在分子水平上对111份冬瓜种质资源进行遗传多样性分析。结果表明,19对SSR引物共扩增出182条条带,其中多态性条带169条,多态率92.86%;通过POPGENE 1.31软件计算每对引物的平均有效等位基因数(Ne)为1.393 2,平均Nei's遗传多样性指数(He)为0.260 1,平均Shannon's信息指数(I)为0.418 7。采用Jaccard相似系数进行种质间的聚类分析,在遗传距离为0.70的位置可将全部种质分为6个类群。通过聚类结果可知,种质材料未按照地理来源划分,但相同果型、籽型的种质资源间亲缘关系较近。本研究基于SSR标记分析冬瓜种质资源遗传多样性并进行亲缘关系的聚类,将为冬瓜种质的保存和利用提供理论依据。     

基于SSR标记的云南腾冲水稻的遗传多样性分析

利用中国农业行业标准（NY/T 1433-2014）推荐的SSR核心引物分析腾冲本地糯谷和推广种植的多个品种间的遗传多样性。结果表明：18对SSR引物在20个品种间具有多态性,共扩增出了82个多态性片段,平均每对引物检测到4.6个多态性片段,变幅为2~8个;Nei′s多样性指数为0.155~0.384,平均为0.248;Shannon′s信息指数为0.280~0.567,平均为0.398;SSR多态性指数（PIC）平均值为0.63,变幅为0.26~0.84。遗传相似系数平均0.710,变幅为0.410~0.976。聚类分析结果显示,在遗传相似系数0.70处可将20个品种划分为4类,其中第Ⅰ类和第Ⅱ类分别包括4和5个品种,腾冲糯谷为第Ⅲ类,第Ⅳ类包括10个品种。研究结果表明腾冲糯谷与推广种植水稻品种间遗传基础丰富,多态性好,为腾冲市水稻种质改良和新品种选育提供了参考依据。     

利用SSR标记分析云南保山玉米遗传多样性

本研究利用农业标准(NY/T1432-2014)推荐的SSR核心引物,以云南保山推广种植的15个玉米品种为研究材料,进行遗传多样性分析.结果表明,共有17对引物在玉米品种间产生72个多态性片段,每对引物扩增出3～6个多态性片段,平均每个引物4.3个;有效等位基因数为1.219～1.750,平均为1.448;Nei's遗...     

基于表型和SSR标记筛选海岛棉优异种质资源

【目的】筛选海岛棉某一性状特别突出的优异种质资源,加快其新品种的选育进程。【方法】本研究以178份海岛棉核心种质资源为试验材料,通过调查和测定铃重、单株铃数、衣分、纤维长度、纤维比强度和马克隆值6个性状的表型数据,开展变异度和遗传多样性分析。每个性状表型值按10%最优取样策略,初步筛选海岛棉优异种质资源;同时利用120对simple sequence repeat (SSR)引物对178份海岛棉核心种质进行多态性分析,并开展群体结构分析及基因型聚类分析,依据聚类结果对初选海岛棉优异种质进一步筛选,鉴定出最终的海岛棉优异种质资源。【结果】海岛棉核心种质资源中上述6个性状的变异度和遗传多样性较丰富。120对SSR引物在178份海岛棉种质中共检测出262个等位变异位点,平均值为2.18;多态信息含量(Polymorphism information content, PIC)为0.067 8～0.630 0,平均为0.296 0,属于中度多态。聚类分析将178份海岛棉核心种质划分为2大类群。基于表型值和SSR标记的聚类分析结果,最终筛选出23份单一性状特别突出的海岛棉优异种质资源。【结论】基于表型和SSR标记能较好地分析与评价海岛棉种质资源、发掘海岛棉优异种质资源,为海岛棉遗传育种提供材料基础,同时也为作物优异种质资源的筛选与鉴定提供重要参考和依据。     

基于转录组SSR的三角梅遗传多样性分析

为揭示三角梅的遗传背景,本研究采用软件MicroSAtellite搜索其苞片转录组SSR位点,使用Primer Premier 5软件设计50对SSR引物,将筛选出的多态性引物用于55份三角梅材料的聚丙烯酰胺凝胶电泳,采用Popgene 32、PowerMarker V3.25和Structure V2.3.4等软件分析三角梅遗传多样性。结果显示,从50对SSR引物中筛选出25对条带清晰且多态性好的引物,25对SSR引物共检测到76个等位基因,平均每对引物有3个等位基因,平均有效等位基因数为2.30,引物多态性信息量(PIC)在0.01～0.66之间,均值为0.38。55个三角梅材料间的遗传距离为0.01～0.92,平均遗传距离为0.43;在遗传距离0.44处,聚类分析将55份材料分为3个群体。与印度三角梅栽培种比较而言,本实验研究的三角梅材料的遗传多样性水平不高,结果可为三角梅品种鉴定、保护及进化提供一定参考价值。     

SSR分子标记在棉花遗传育种中的应用及进展

SSR（Simple Sequence Repeat）是在PCR（Polymerase Chain Reaction）基础上发展起来的一种新的分子标记技术,具有高度多态、共显性、保守性、且仅需少量的DNA、操作简便、重复性好、稳定可靠等优点,在动物、植物、微生物等研究领域中得到了广泛应用。简述了SSR分子标记技术在棉花上的DNA提取方法、引物开发、PCR反应体系、扩增后检测方法优化上的进展及其在棉花遗传育种中的遗传图谱的构建、遗传多样性的鉴定、功能基因和QTLs的定位、标记辅助育种和品种、杂种、突变体、亲缘关系的鉴定及种子纯度的检测方面的应用情况,从而为相关工作者在这方面的研究提供参考。     

利用SSR分子标记分析彩色小麦的亲缘关系与遗传多样性

为探讨彩色小麦的亲缘关系和遗传多样性, 利用305对多态性SSR引物检测了18个彩色小麦品种(系)。共检测到1 084个等位变异, 平均每对引物检测到3.6个。红粒、紫红粒小麦的等位变异数在7个部分同源群的排序为HG3>HG2>HG1>HG4>HG5>HG7>HG6, 黑粒和蓝粒小麦的排序为HG3>HG2>HG1和HG4>HG5>HG7>HG6。不同粒色小麦的SSR标记多态信息含量相近, 其中红粒和紫红粒小麦为0.525~0.543, 黑粒和蓝粒小麦为0.517~0.545。18个品种(系)的遗传差异极显著(P=0.0001), 遗传相似系数在0.41~0.76之间。UPGMA聚类分析将18份材料分为6群,类群分布与亲缘关系及其地域相关。     

利用SSR分子标记分析茶树地方品种的遗传多样性

正确评价茶树地方品种的遗传多样性是有效保护和利用茶树地方品种的前提条件。本研究从西湖龙井群体种中选取91个单株,用SSR分子标记分析其遗传多样性。采用计算机模拟方法,探讨了抽样群体样本量、SSR引物等位基因数影响茶树地方品种的主要遗传多样性参数值的变化规律。结果表明,样本量对茶树地方品种的遗传多样性参数值有不同程度的影响,当样本量达到15个单株时,各遗传参数值趋于稳定;SSR引物等位基因数对茶树地方品种各遗传多样性参数值的影响很大,而且达到总体遗传多样性90%所需的样本量也很不一样。当SSR引物等位基因数为5时,24个茶树单株才能达到茶树地方品种总体90%以上的遗传变异。本研究为茶树地方品种遗传多样性的评价和采用合理的保护策略提供了科学依据。