丝状支原体丝状亚种SC型中国不同地区分离株脂蛋白Q基因的分子特征

根据已发表的丝状支原体丝状亚种SC型（MmmSC）脂蛋白Q（LppQ）基因序列设计并合成一对引物，利用PCR扩增方法，从我国不同省区的MmmSC分离株HVRI—X、BenI、QingI、MuI和模式株PG1中获得了LppQ基因1303 bp的片段，将该片段克隆到PMD18-T载体上，通过对所得到的重组质粒进行酶切分析、PCR鉴定，证明得到了含有目的基因片段的阳性重组质粒。采用Sanger’s双脱氧末端终止法对插入片段进行核苷酸序列测定，获得了HVRI-X、Ben Ⅰ、oing Ⅰ、Mu Ⅰ株和模式株PG1 LppQ基因核苷酸序列。核苷酸序列比较结果显示，国内4个MmmSC分离株与GenBank公布的LppQ基因核苷酸序列同源性均在99．7％以上，氨基酸序列同源性均在99％以上；与模式株PG1的核苷酸序列同源性在99．7％以上，氨基酸序列同源性均在99．3％以上。，国内4个MmmSC分离株之间的核苷酸序列同源性均在99．7％以上，氨基酸序列同源性均在99．3％以上。对HVPI X株LppQ基因氨基酸亲私陛和蛋白表面可能性进行了分析，证实LppQN末端富含亲水氨基酸，比C末端更有可能定位在蛋白表面。     

丝状霉形体丝状亚种SC型脂蛋白LppQ基因的序列分析

根据基因库发表的丝状霉形体丝状亚种SC型(MmmSC)脂蛋白LppQ基因序列设计引物，采用PCR对国内MmmSC分离株HVRI-X株的脂蛋白LppQ基因进行扩增，将扩增产物与pMDl8-T载体连接并测序。核苷酸序列比较结果显示，HVRI-X株的LppQ基因序列与基因库发表的核苷酸序列同源性为99．8％；由其推导的氨基酸序列同源性为99．3％。     

丝状霉形体丝状亚种SC型脂蛋白LppQ N末端基因克隆与序列分析

脂蛋白LPPQ是丝状霉形体丝状亚种SC型(MmmSC)非洲株、欧洲株和疫苗株所特有的。LPPQ N末端域具有良好的免疫原性，在牛体内可诱导产生强大、特异、早期、持续的免疫反应。本研究根据已发表的LPPQ基因序列设计引物，用Pyrobest^TM高保真DNA聚合酶从MmmSC HVRI X株中扩增出了LPPQ N末端基因序列，并进行了克隆与序列测定。核苷酸序列比较结果显示，HVRI X株的LPPQ N末端基因序列与国外发表的序列同源性为99．7％，由其推导的氨基酸序列同源性为99，1％，为脂蛋白LPPQ N末端基因体外表达奠定了基础。     

丝状支原体丝状亚种SC生物型PCR检测方法的建议

建立了一个可以识别丝状支原体丝状亚种SC生物型（MmmSC)的PCR方法。根据丝状支原体丝状亚种SC生物型（MmmSC)相关核苷酸序列，设计合成了MC1、MC2和SC1、SC2两对引物。MC1、MC2是一对簇特异性引物，用于鉴别丝状支原体族6个成员，对MmmSC、MmmLC扩增出与预期结果相符的462bp片段；而SC1、SC2是针对MnnSC的一对特异性引物，只能对MmmSC扩增出277bp的片段，经过VspI、Bsp143I和Dral三种限制性内切酶鉴定与预期结果相符，而不能扩增出MmmLC型Y－goat代表株，说明具有非常好的特异性。对MmmSC进行的敏感性试验显示SC1、SC2引物能够检测到100个CFU，具有非常高的敏感性。     

丝状支原体丝状亚种SC型脂蛋白Q的N末端定点突变及表达载体的构建

根据已发表的丝状支原体丝状亚种SC型（MmmSC）LppQ基因序列设计引物，从MmmSC HVRIx株中扩增出了LppQN末端基因，并将其分别克隆到pUC18和pUC19上，利用一步重叠延伸PCR突变方法将其66位的TGA突变为TGG，经克隆与序列测定证实突变成功后，将已突变的LppQN末端基因插入原核表达载体pET32a的多克隆位点，成功地构建了LppQN末端基因原核表达载体pET32a-LppQ，为其下一步体外表达奠定了基础。     

丝状支原体丝状亚种SC型LppC基因的表达纯化

丝状支原体丝状亚种SC型是A类烈性传染病牛传染性胸膜肺炎的病原体。脂蛋白LppC是重要的免疫优势抗原,LppC基因是MmmSC的特异性基因。本研究通过PCR方法,扩增MmmSC标准株PGI的LppCN末端基因。将该序列克隆到pMDT-18载体上并测序,用pET32a为载体构建重组质粒进行诱导表达。LppCN末端基因长度为644bp,将其与NCBI上发布的Afade株、欧洲群代表株L2比较,它的核酸序列同源性为100％,表明LppC基因在种内高度保守。原核表达结果得到大小为45ku的目的蛋白,用Ni-NTA系统进行纯化得到高纯度的蛋白。Westernblot结果表明,重组蛋白能与牛传染性胸膜肺炎阳性血清反应,具有免疫学活性,为进一步与LppQ融合表达奠定基础。     

基于丝状支原体丝状亚种P35反应原性的验证及其间接ELISA方法的建立

为建立检测丝状支原体丝状亚种(Mmm)的间接ELISA方法,本研究利用生物信息学软件对Mmm的全基因组序列进行了分析,选定大小为540bp的0584基因,该基因是编码分子量为35ku的脂蛋白,并对其免疫反应原性进行研究。利用原核表达系统获得了0584基因的重组蛋白rP35,以牛传染性胸膜肺炎(CBPP)阳性血清为一抗进行western blot分析,试验结果为阴性,但Dot-blot试验结果为阳性,证明该蛋白可能是Mmm特有的一种构象依赖性免疫相关蛋白且具有反应原性。以rP35蛋白为包被抗原,通过反应条件优化初步建立了检测CBPP血清抗体的间接ELISA方法,特异性为88.0%,敏感性为89.8%,批内和批间变异系数均小于10%,与商品化试剂盒符合率为84.8%。本研究为研制CBPP血清检测试剂盒提供了一种候选蛋白。     

IBRV DQ分离株gI基因的克隆与序列分析

通过PCR扩增得到牛传染性鼻气管炎病毒大庆分离株(IBRV-DQ)gI基因上一个398 bp的片段.扩增产物经克隆、测序,所得到的核苷酸序列与GenBank上已发表的此病毒其他分离株的核甘酸序列相比,其同源性在95.5%～99.3%,表明IBRV gI基因非常保守.在系统进化树中IBRV-DQ株与U14106.1、U14107.1株亲缘关系较近,属于同一个分支.     

IBV安徽分离株膜蛋白基因的克隆及序列分析

利用设计的1对特异性引物,通过RT-PCR方法扩增出4株鸡传染性支气管炎病毒(IBV)安徽地方分离株膜蛋白M基因全长片段并进行了克隆测序。将各IBV安徽地方分离株与GenBank中注册的一些毒株M基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列进行比较和系统进化关系分析,发现毒株间核苷酸序列同源性为88.5%~100%,其相应的氨基酸序列同源性为90.3%~100%;不同毒株间存着重组、缺失、插入及点突变等变异,从ATG至第140 bp区段的核苷酸序列变异频率最高;4株分离毒株属于同一个进化群的2个不同进化亚群,与我国常用疫苗毒株H120、M41和W 93不属同一个进化亚群。     

猪轮状病毒中国分离株JL94 VP7基因的克隆与序列分析

用MA104细胞培养增殖了轮状病毒地方分离株JL94,利用一对根据Genebank中已发表的轮状病毒VP7基因cDNA序列而设计并合成的引物，通过反转录-聚合酶链反应(RT—PCR)从JL94毒株扩增出VP7基因全长cDNA。将其插人pMD18-T载体中，构建了重组质粒pMD18-T—JL94／VP7，并对其进行了Hind Ⅲ，HindⅡ和BamH I的单、双酶切初步鉴定及其核苷酸序列测定，证明克隆的pMD18-T—JL94／VP7为轮状病毒的VP7基因。通过核苷酸序列比较，JL94／VP7与A群猪轮状病毒C134／VP7、OSU／VP7、ICB2185／VP7、YM／VP7核苷酸序列同源性分别为87％、99％、74％和83％。     

鸡传染性支气管炎病毒SC株S1基因的序列分析

用RT-PCR扩增了鸡传染性支气管炎病毒(IBV)SC株S1基因，连接到pMD 18-T载体上，克隆后进行了核酸序列分析，证实SC株S1基因与基因库中收录的国外毒株H120和M41的同源性较低，分别为81．1％和80．0％，而与国内JX9901株的同源性达到91．3％，初步证实国内存在IBV新毒株。     

8株牛支原体分离株P81表面膜蛋白基因的克隆与序列分析

本研究对我国采集自8个省份患有牛呼吸道疾病的肺脏组织病料进行了病原分离鉴定,得到8株牛支原体(M.bovis)分离株。参考GenBank中已发表的M.bovisPG45株的P81基因序列,设计引物扩增P81基因,将其克隆到pMD-18T上,筛选重组质粒并对其进行序列测定及分析。结果显示,P81基因全长2097bp,含有1个开放性阅读框,编码699个氨基酸。这8株M.bovis分离株的P81同源性为99.4%～99.9%,与PG45株同源性94.6%～94.9%,与无乳支原体(M.agalacia)PG2株同源性仅为73.8%～74%,结果表明,M.bovisP81基因基因高度保守,种间差异较大,具有研究前景。     

IBRV内蒙古分离株NM06gE基因的克隆与序列分析

参考GenBank发表的牛疱疹病毒Ⅰ型全基因序列设计gE基因PCR扩增引物,以牛传染性鼻气管炎病毒内蒙古分离株NM06提取的DNA为模板,运用PCR的方法扩增gE基因,扩增产物经克隆、序列测定和拼接,结果表明:测定序列全长为2086 bp,包含gE基因1793 bp,其中有1728 bp组成的完整开放阅读框,编码576个氨基酸.将NM06株gE基因序列与GenBank发表的参考毒株核苷酸序列相比,与4株BHV-1病毒的同源性在99.3%～99.9%;与2株BHV-1.1型分离株同源性高达99.5%、99.6%;与BHV-1.2型分离株同源性为93.4%.从进化树中也可以看出:NM06株与BHV-1.1型分离株属于同一个进化分支,而BHV-1.2 BH83株属于另一个进化分支,可以推测IBRV NM06分离株属于BHV-1.1型.NM06株与牛疱疹病毒5型N569病毒的同源性为82.9%,与鹿疱疹病毒2型Norway4病毒的同源性为72.6%.     

鸡传染性支气管炎病毒中国地方分离株膜蛋白基因的克隆及序列分析

本研究选取有代表意义的9株鸡传染性支气管炎病毒（IBV）国内分离株．利用所设计的一对特异引物，通过RT—PCR的方法成功地扩增了膜蛋白基因即M基因全长片段．通过克隆、序列测定获得了9个分离毒株M基因的全长核苷酸序列。并将各IBV国内分离株与GenBank中注册的一些毒株的M基因核苷酸序列及推导的氨基酸序列进行比较、系统进化关系分析发现：IBV中国地方分离毒株大部分属于Mass型；不同毒株间存着重组、缺失、插入及点突变等变异，从ATG至第150bp区段的核苷酸序列变异频率最高；IBV中国地方分离株M基因的变异属于高频率的同义突变；国内的IBV分离株分为两个基因群，1群分离毒株与GenBank中Mass型的毒株亲缘关系较近．毒株间核苷酸序列同源性为95．7%～100％，其相应的氨基酸序列同源性为98．2%～100%；Ⅱ群分离毒株与众多参考毒株的亲缘关系都比较远，毒株间彼此核苷酸序列同源性为89．7％～91．9%，氮基酸序列同源性为92．0-96．0%。     

传染性支气管炎DN-1分离株S1基因的克隆与序列分析

根据已发表的鸡传染性支气管炎病毒(IBV)S1基因序列设计了1对引物,通过RT-PCR特异性扩增出DN-1株的S1基因,产物为1.7 kb,与设计相符.同源性比较结果显示,DN-1株与H52、H120株的S1基因核苷酸序列的同源性分别为99.7%、99.2%,表明IBV DN-1分离株与疫苗株的S1基因具有高度的同源性.     

鹅副粘病毒YG97分离株HN蛋白基因的克隆与序列分析

鹅副粘病毒分离株YG97经10日龄鸡胚增殖后纯化，提取病毒的基因组RNA，采用RT－PCR一次性扩增出与预期设计的1.9kb大小相符合的特异性条带。将扩增产物提纯后克隆入pGEM^R-T载体，经转化、筛选及酶切鉴定后，初步获得了含鹅副粘病毒HN基因的阳性克隆，进一步进行了序列测定。序列分析表明所扩增的病毒的HN基因片段的长度为198bp，共编码571个氨基酸。同源性分析表明，YG97与LaSota毒株核苷酸同源性为79％，氨基酸的同源性为87％。与台湾1995年分离株Taiwan/95核苷酸和氨基酸的同源性分别为93％、96％，说明YG97与Taiwan/95亲缘关系较近，具有较高的相似性。与国内外部分发表的其它NDV毒株的核苷酸同源性在80％－84％之间，氨基酸的同源性在87％－91％之间。同源性分析表明YG97相对于经典的NDV在HN基因上发生了较大的变异。     

汉坦病毒长春分离株YZG-Changchus S基因片段克隆和序列分析

肾综合征出血热（Hemorrhagic Fever with RenalSyndrome，HFRS）和汉坦病毒肺综合征（Hantavirus Pulmonary Syndrom．HPS）是由布尼亚病毒科汉坦病毒属中的病原体引起的一种病情重、病死率高的自然疫源性急性传染病。目前发现汉坦病毒有20多种血清型，在我国主要流行汉滩病毒（Hantaan virus，HT-NV）和汉城病毒（Seoul virus，SEOV）2种型别病毒。     

鸡肾型传支病毒黑龙江省分离株Mk株、K株和Mg株S1基因的克隆与序列分析

鸡传染性支气管炎(IB)是由冠状病毒科(coronavriridae)冠状病毒属(Coronavirus)的禽传染性支气管炎病毒(Avian infectious bronchitis virus,IBV)引起的一种急性、高度接触性传染病,临床上主要呈现呼吸道、生殖道和肾脏病变及腺胃肿大等.以往的研究发现,IBV的S基因容易发生变异,尤其是S1基因的变异导致了IBV出现了多种血清型.     

9株鸡毒支原体29 Ku多肽基因的克隆与序列分析

根据已发表的鸡毒支原体(MG)S6株29Ku多肽基因序列设计了1对引物,以9株(广西分离株5株、标准株4株)DNA为模板进行PCR扩增,均得到802bp的特异性片段,将9株MG PCR产物纯化后克隆到pMD18-T载体上,得到重组质粒.重组质粒经PCR法和EcorⅠ、SalⅠ双酶切等方法鉴定后,测定了9株29 Ku多肽基因序列,并在基因库中S6标准株的29 Ku多肽基因序列进行分析比较.结果表明,5株分离株与5株标准株29Ku多肽基因核苷酸序列同源性分别为94.4%～99.9%,推导的氨基酸同源性分别为89.7%～99.2%.从各毒株的进化分析表明,5个分离株与标准强毒株S6、A5969、K1501和PG31强毒株间遗传距离较近,而5个分离株与标准株F疫苗株间遗传距离则较远.