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随着林木功能基因组学的发展,如何快速高效地提取高质量的核酸变得越来越重要。本研究基于Kingfisher Flex全自动磁珠提取纯化系统,以细叶桉叶片为材料,利用5种磁珠法RNA提取试剂盒(A/B/C/D/E)比较提取RNA的质量和纯度,筛选出试剂盒C为最佳试剂盒。在试剂盒C默认提取程序基础上,利用正交设计L9(34),研究Kingfisher Flex全自动磁珠提取纯化系统上不同洗涤速度、洗脱速度及时间等机器参数对提取RNA的浓度和纯度的影响。正交试验结果表明,对提取RNA的浓度和纯度影响最大的机器参数是洗涤速度,正交试验最优程序组合下提取RNA的纯度稍优于试剂盒C,但是得率仅为试剂盒C的1/3,综合比较后确认试剂盒C默认程序为提取细叶桉叶片RNA的最优提取程序。另外利用试剂盒C也分别对降香黄檀、大果紫檀、油楠、檀香、黑木相思和柚木这六个树种的叶片RNA进行提取,结果表明提取出的RNA均满足cDNA建库以及转录组测序实验的要求。本研究建立了Kingfisher Flex全自动磁珠提取纯化系统上树木叶片RNA的高效提取方法,对树木叶片高通量RNA提取有重要的应用价值,并为其他树种在提取RNA程序上对相关参数进行优化和设置提供了参考。 相似文献
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植物总RNA的提取方法很多,但是多数步骤烦琐,耗时较长,而且最后RNA的提取质量不高。采用Trizol法虽然所提RNA的质量较高,但是价格昂贵。本实验室在长期实践中摸索出一套快速高质量的植物总RNA的提取方法,现介绍如下:[第一段] 相似文献
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剑麻不同组织RNA提取方法比较分析 总被引:6,自引:0,他引:6
本研究以剑麻茎尖、花和成熟叶片为材料,比较了SDSⅠ、SDSⅡ、CTABⅠ、CTABⅡ共4种提取缓冲液组成以及Promega公司RNA提取试剂盒、Qiagen植物RNA分离试剂盒、改良Trizol法、改良SDSⅠ法、改良CTABⅠ法以及优化后的改良CTABⅠ法等6种RNA提取方法提取RNA的效果,结果表明:不同缓冲液组成对实验结果影响很大,其中缓冲液CTABⅠ提取的RNA质量和产率均较理想。6种RNA提取方法提取的RNA差异明显,其中优化后的改良CTABⅠ法可同时适合于剑麻茎尖、花和成熟叶片RNA的提取,不仅产率高,而且RNA的质量也较好,无DNA污染,OD260/OD280分别为1.87、2.04和1.98,OD260/OD230分别为2.46、2.10和2.15,产率分别为84.7μg/gFW、65.8μg/gFW和4μg/gFW。用该方法提取的RNA可满足下一步文库构建及基因克隆等分子生物学研究。 相似文献
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一种植物总RNA的快速提取方法 总被引:3,自引:0,他引:3
为验证NaAc/无水乙醇沉淀法提取植物总RNA的质量,本研究对小麦不同组织及其他不同种属植物花的总RNA进行提取和检验,结果表明,该方法提取的植物总RNA完整性好、纯度高。以Tubulin为参照对其余4个持家基因GAPDH、Actin、Rubisco和Ubiquitin的表达情况进行分析。扩增结果表明,选定的各持家基因在叶锈菌侵染不同时间的小麦叶片中的表达量并不一致,且各基因在小麦叶片中的丰度也存在差异。通过对几种基因的扩增,进一步证实该方法能够满足一般分子生物学下游操作的要求,是一种理想的植物总RNA提取方法。 相似文献
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为提高操作效率,本研究开发出一种简洁有效的作物总RNA提取方法。研究以油菜、棉花、花生、小麦、马铃薯、玉米、大豆、西葫芦等作物的不同组织为试材,通过CTAB法、改良CTAB法及TanSzol Reagent试剂盒法提取总RNA,检测结果发现,经过改良后的CTAB法提取的总RNA质量较高。在油菜花瓣、小麦、花生、西葫芦叶片中,该方法获得了较高的总RNA得率,分别为24.5、23.7、26.4、17.35μg/mL;OD260/280和OD260/230值分别为1.90、1.73、1.72、1.80和2.10、1.50、2.01、1.70。综合比较以上3种方法,改良后的CTAB法适用于油菜、小麦、花生、西葫芦等作物的总RNA提取,为后续分子生物学检测奠定了基础。 相似文献
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魔芋叶片中4种总RNA提取方法的比较 总被引:4,自引:0,他引:4
本研究分别利用TRIzol法、异硫氰酸胍法、改良的CTAB法及试剂盒这4种方法提取魔芋叶片的总RNA,并用紫外光谱和琼脂糖凝胶电泳对各个提取效果进行鉴定。反复试验的结果表明:TRIzol法难以提取魔芋叶片总RNA,异硫氰酸胍法提取的总RNA浓度低、杂质较多且有部分降解,这两种方法不适宜用于魔芋叶片总RNA提取;试剂盒方法提取的总RNA产率和纯度较高,但稳定性差、成功率低且成本较高;改良的CTAB法利用PVP和β-巯基乙醇去除酚类物质,水饱和酚-氯仿去除蛋白质,醋酸钾去除多糖,该方法提取得到的总RNA的纯度较高,OD260/OD280值为1.893,而且效果稳定,有良好的可重复性。因此,我们认为改良的CTAB法是一种简便、快速且经济的提取魔芋叶片总RNA的方法。 相似文献
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利用CTAB法、SDS法、Trizol法,从绿豆叶片中提取了总RNA:利用改进的GT法从绿豆叶、茎和子叶中提取了总RNA,提取结果通过凝胶电泳和紫外吸光光度值检测。结果显示:用改良的GT法提取的总RNA,凝胶电泳图上28S条带是18S条带亮度的两倍以上:而用其它3种方法提取的总RNA电泳条带不如GT法提取的总RNA清晰。用GT法从绿豆叶片中提取的总RNA的A260/A280值为1.94,可以用于RT-PCR、DDRT-PCR和Northern杂交等实验。通过RT-PCR,得到绿豆钙调蛋白基因约450bp,从而进一步检验了提取的总RNA的质量。改良的GT法可以认为是一种简便、快速的提取绿豆RNA的方法。 相似文献
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比较了暗处理48 h和150 mg·L^-1赤霉素浸泡24 h两种前处理方式对5种绿绒蒿种子萌发的影响以及不同浓度MS培养基为萌发基质对多刺绿绒蒿种子萌发的影响。结果表明:多刺绿绒蒿(Meconopsis horridula)、总状绿绒蒿(M.racemosa)、尼泊尔绿绒蒿(M.napaulensis),草甸绿绒蒿(M.prattii),萌发指标均表现为暗处理比150 mg·L^-1 GA 3处理更有利于种子的萌发。贝利叶绿绒蒿(M.baileyi)经150 mg·L^-1 GA 3处理能达到优于暗处理的萌发情况。1/2 MS培养基对多刺绿绒蒿种子萌发具有明显的促进作用。 相似文献
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为明确威氏绿绒蒿花色变化的机制,本研究以威氏绿绒蒿(Meconopsis wilsonii)为实验对象,选择花蕾期、开裂期及全展期3个阶段的花瓣进行转录组测序,根据各发育期基因差异表达的特点,筛选出与花色变化相关基因。采用荧光定量RT-qPCR对差异表达基因进行验证,结果显示,花瓣转录组测序共生成153 596个unigene,平均长度为1 372 bp。通过KEGG、GO数据库的注释,有134条基因注释到与花色相关的合成通路—类黄酮代谢通路中。针对unigene完成相关序列预测工作,产生的CDS总量为80 240个。花蕾期、开裂期及全展期间两两比较显示,开裂期相对于花蕾期有15 064个基因上调,49 153个基因下调、全展期相对花蕾期有19 732个基因上调,42 890个基因下调、全展期相对开裂期有19 215个基因上调,9 510个基因下调。通过对差异表达基因的代谢通路进行分析,发现在威氏绿绒蒿蓝紫色花色形成过程中不存在飞燕草素合成途径。除此之外还筛选了花青苷合成途径中与花色相关的7个基因,经RT-qPCR实验也表明这些基因在整个过程中的表达模式与RNA-Seq数据呈现出一致性... 相似文献