草鱼呼肠孤病毒分离株HZ08基因组L节段的全长克隆与序列分析

从浙江省湖州地区采集发病草鱼(Ctenopharyngodon idellus)样品,取症状明显病鱼的肝、脾、肾组织,经过滤除菌处理后接种草鱼肾脏细胞(CIK)进行病毒分离.盲传8代,CIK细胞未出现明显细胞病变,但感染细胞固定后经电镜观察发现,细胞质内有大量病毒聚集,病毒无囊膜,近球形,直径约70nm,形态与已报道的草鱼呼肠孤病毒(Grass Carp Reovirus,GCRV)相似.十二烷基磺酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)结果显示,病毒基因组由11个dsRNA组成,呈现水生呼肠孤病毒基因组典型特征.为了从分子水平上进一步了解该病毒的特性,应用单引物扩增技术获得了该病毒基因组L节段的全长.序列分析结果表明:完整的L1、L2、L3节段分别由3 927、3 870、3 753个碱基对组成,每个节段正链RNA仅含有1个开放阅读框,通过同源性比较,推测分别编码病毒的结构蛋白VP1、VP2、VP3,其中VP1推测为病毒RNA转录的鸟苷酸转移酶和甲基化酶,VP2为病毒的RNA依赖性RNA聚合酶(RdRp),VP3为病毒NTP酶及解旋酶.3个推测结构蛋白的序列与GCRV 873株的同源性最高,分别为31%、45%、36%,并且具有与具他呼肠孤病毒相同的基序(motif).各节段都具有相同的5'端和3'端保守序列,即5'GUAAUUU……UUCAUC-3'.利用RdRp构建系统进化树,HZ08株与水生呼肠孤病毒聚为一簇,但单独列为1支,应为水生呼肠孤病毒属新成员.     

鸭呼肠孤病毒的RT-PCR检测方法的建立

为快速检测临床鸭呼肠孤病毒的感染情况,根据鸭呼肠孤病毒σC蛋白的基因序列设计1对特异性PCR引物,并以呼肠孤病毒基因组为模板,建立了鸭呼肠孤病毒的特异性RT-PCR检测方法。采集江苏省多地疑似呼肠孤病毒感染病料,提取基因组DNA进行RT-PCR扩增,产物经测序鉴定后判断建立的方法对临床样品的检出率。结果显示,该方法可以特异性扩增鸭呼肠孤病毒σC基因保守区438 bp的序列,与其他鸭病毒无交叉反应,最低可检测1 fg基因组DNA,对于临床样品检出率为100%。该方法可以用于临床快速诊断鸭呼肠孤病毒感染。     

异育银鲫呼肠孤病毒的分离与鉴定

【目的】发现异育银鲫Carassius auratus gibelio新病原,为其病害防控提供理论基础。【方法】从吉林省某养殖场采集异育银鲫出血病疑似病样,对其进行细菌分离及寄生虫观察、鲤疱疹病毒Ⅱ型的PCR检测和人工感染试验,然后用感染滤液接种鲤上皮瘤细胞(EPC),并对其进行电镜观察。对病毒基因组进行SDS-PAGE电泳分析、RT-PCR鉴定及序列测定。【结果】发病异育银鲫无细菌及寄生虫感染,鲤疱疹病毒Ⅱ型的PCR检测无特异性条带,将过滤后的患病鱼组织滤液感染健康异育银鲫,7 d内死亡率高达86.7%。盲传4代后出现明显的细胞病变。负染后电镜下可观察到病毒粒子,直径约70 nm,病毒颗粒近球形,无囊膜结构,初步判断为呼肠孤病毒(暂命名JL-4)。SDS-PAGE结果揭示,JL-4基因组由11条dsRNA组成,呈现水生呼肠孤病毒基因组典型特征。将RT-PCR扩增产物的序列进行聚类分析,结果显示,JL-4与呼肠孤病毒HZ08株S6序列相似性高达99%,证明该分离株为呼肠孤病毒。【结论】从患病异育银鲫中分离到1株呼肠孤病毒。     

肉鸡呼肠孤病毒的分离鉴定及致病性研究

【目的】从临床发病的疑似感染鸡呼肠孤病毒的白羽肉鸡病料中分离鉴定获得1株鸡源呼肠孤病毒SD18,对SD18株进行致病性及传播特性研究,为该病毒的深入研究和综合防治奠定基础。【方法】无菌采集疑似感染鸡呼肠孤病毒发病鸡跗关节处的肌腱和渗出物,分离病原物,在LMH细胞上培养,并连续盲传3代,经无菌生理盐水倍比稀释,采用Reed-Muench法测定病毒鸡胚半数致死量(ELD_(50))和组织细胞半数感染量(TCID_(50));对分离毒株进行理化特性和血凝特性测定;利用设计的鸡呼肠孤病毒L1和S1基因特异性引物,对提取的病毒总RNA进行RT-PCR扩增,经PCR鉴定为阳性的菌落进行基因测序以及核苷酸同源性比对和系统遗传进化分析;用该分离株病毒对SPF鸡和白羽肉鸡进行动物回归试验,并用酶联免疫吸附试验(ELISA)测定攻毒后的SPF鸡血清中呼肠孤病毒抗体滴度。【结果】从疑似感染鸡呼肠孤病毒发病鸡跗关节处的肌腱和渗出物中分离获得1株鸡源呼肠孤病毒SD18,其ELD_(50)为10~(-6.5)/0.1 mL,TCID_(50)为10~(-7.36)/0.1 mL。RT-PCR结果显示,目的基因片段长度分别为1 100,750,265 bp,依次为鸡呼肠孤病毒的S1、σC和L1基因片段。核苷酸同源性比对结果显示,该分离株SD18与Ⅴ群鸡源呼肠孤病毒TW-918(台湾株)的S1基因序列同源性达92.7%,与Ⅰ群鸡病毒性关节炎疫苗S1133株的同源性仅为59.0%。核酸序列遗传进化分析表明,该分离株SD18与Ⅴ群鸡源呼肠孤病毒TW-918(台湾株)处于同一进化分支上,与Ⅰ群鸡源呼肠孤病毒S1133株处于不同的进化分支上,说明新分离的肉鸡呼肠孤病毒SD18株属于基因Ⅴ群,可能是Ⅰ群经典鸡源呼肠孤病毒S1133株的变异毒株。SPF鸡和白羽肉鸡回归试验表明,SD18株病毒能够引起鸡病毒性关节炎,与临床发病一致,并能水平传播。接种试验表明,病毒SD18能致死鸡胚,打开死亡鸡胚可见其绒毛尿囊膜增厚、尿酸盐沉积、胚体出血等症状,符合呼肠孤病毒的致病特点。【结论】该分离株SD18为新型肉鸡呼肠孤病毒,能够引起鸡发生病毒性关节炎。     

一株鹅源呼肠孤病毒的分离鉴定及致病性研究

【目的】从疑似感染鹅呼肠孤病毒的病料中分离鉴定一株鹅源呼肠孤病毒JS-01,并对病毒分离株的致病性进行初步研究,为开展该病毒的进一步研究奠定基础。【方法】取病死鹅的肝、脾组织冻融3次后充分匀浆,8 000r/min离心15min取上清,接种10日龄鹅胚的卵黄囊,收集24~144h死亡的鹅胚尿囊液,并提取病毒RNA。根据鹅呼肠孤病毒基因的保守序列设计特异性引物,利用该引物对所提取的病毒RNA进行RT-PCR,回收后与pMD18-T载体连接,将重组载体转化到DH5α大肠杆菌并在AMP+/LB培养基中培养,对阳性菌落测序,对测得的序列进行核苷酸及氨基酸同源性比对,并绘制系统遗传进化树。【结果】分离病毒JS-01的RT-PCR显示,其基因序列长度380bp,为鹅呼肠孤病毒σC基因片段;系统遗传进化分析表明,分离株JS-01与水禽源呼肠孤病毒处于同一分支,同源性为94.8%~96.5%,而与鸡呼肠孤病毒的同源性仅为40.6%~52.2%;在雏鹅上进行的动物回归试验表明,病毒JS-01可使雏鹅肝、脾、肾等器官发生病变。【结论】分离毒株为鹅呼肠孤病毒,该分离株对雏鹅有一定致病性,应注意本病的防控。     

柑橘采后青霉病原中寄生病毒的筛选与鉴定

【目的】从采后霉烂柑橘上分离青霉病原菌，并筛选和鉴定病原中寄生的青霉病毒。【方法】以柑橘园腐烂的柑橘为材料，挑取分生孢子在PDA培养基上进行划线分离，根据总基因组电泳图谱筛选具有基因组额外核酸片段的病毒菌株，并使用RT-PCR扩增额外片段测序鉴定相应病毒。【结果】根据菌落形态初步分组，分离到两类菌落特征差异明显的青霉菌(共25株),其中具灰绿色菌落的青霉16株，具暗黄绿色菌落的青霉9株。扩增两类青霉的代表菌株(DY10和DY18)的ITS并测序，鉴定结果显示，DY10和DY18分别为意大利青霉(Penicillium italicum)和指状青霉(P.digitatum)。青霉菌株总基因组电泳筛选发现，DY9、DY11、DY12、DY17菌株中存在约6000 bp的基因组额外片段，推测可能为指状青霉病毒1 (PdV1)同种不同病毒株的基因组。根据PdV1基因组设计特异性引物，RT-PCR扩增出约500 bp的条带，测序序列与PdV1基因组同源序列的一致性高达99.7%,将所分离的病毒鉴定为PdV1同种的不同病毒株。【结论】本研究从腐烂柑橘上分离鉴定意大利青霉16株和指状青霉9株，并从指...     

番鸭呼肠孤病毒的分离与鉴定

从番鸭肝“白点病”患鸭的肝脾匀浆中分离到 7个病毒分离株 .在电镜下观察到病毒粒子呈球形 ,无囊膜 ,有可见的双层衣壳结构 ,外壳直径 75nm,内核直径 50 nm;病毒核酸型为 RNA;不凝集鸡、鸭、兔、豚鼠红细胞 ,与禽呼肠孤病毒有一定的抗原相关性 ;对番鸭胚和鸡胚成纤维细胞可致感染细胞圆缩、融合 ,出现多核细胞和巨细胞 ,胞浆内有近核包涵体 ;试验感染 1日龄敏感雏番鸭死亡率达 10 0 % ,临床及病理变化与自然感染发病的番鸭基本一致 ,并可回收到该病毒 .结果表明 ,目前国内流行的番鸭肝“白点病”病原为呼肠孤病毒科正呼肠孤病毒属番鸭呼肠孤病毒     

番鸭呼肠孤病毒通用RT-PCR检测方法的建立

根据经典和新型水禽呼肠孤病毒σA基因的保守序列设计一对PCR引物,通过优化病毒RNA提取方法和PCR条件,建立了番鸭呼肠孤病毒通用RT-PCR检测方法。该方法可自1株经典型或4株新型水禽呼肠孤病毒特异性扩增出436 bp条带,其最低病毒检出量为3.6 TCID50,而对鸭甲肝病毒、鸭瘟病毒、新城疫病毒、坦布苏病毒、番鸭细小病毒、产蛋下降综合征病毒和H9N2亚型禽流感病毒扩增均为阴性。对2011~2012采集的224份(番鸭74、鹅68、鸭82)疑似临床病料进行检测,结果 56份为阳性,番鸭、鸭和鹅阳性率分别为59.5%(44/74),11.0%(9/82)和4.4%(3/68),表明水禽呼肠孤病毒主要在番鸭中流行。     

番鸭呼肠孤病毒分子流行病学研究

选取1998～2009年福建省不同地区番鸭中分离到番鸭呼肠孤病毒分离株中具有代表性的10株,用RT-PCR技术扩增其S1和S4基因的功能区片段,进行序列测定.序列分析表明所扩增的S1基因的目的片段为819bp,S4基因目的片段为992 bp.参照国内外已发表的部分毒株S1和S4基因序列,构建番鸭呼肠孤病毒的遗传进化树,分析遗传进化关系.国内各分离株S1基因同源性为92.2％～96.7％,与国外89026株同源性为88.5％～92.8％,与禽呼肠孤病毒S1133株同源性为76％～78％.国内各分离株S4基因同源性为95.2％～99.3％,与国外89026株同源性为92.3％～94.5％,与禽呼肠孤病毒S1133株同源性为21.2％～21.5％.通过遗传进化树可以看到MDRV与同属的ARV序列形成了2个大分支,而MDRV序列分为2个小分支:一支为10株分离株和国内分离株,说明国内分离株没有明显差异;一支为国外分离株89026株,这说明国内分离株与国外毒株存在地域差异.     

番鸭呼肠孤病毒的分离与鉴定

从番鸭肝“白点病”患鸭的肝脾匀浆中分离到7个病毒分离株。在电镜下观察到病毒粒子呈球形，无囊膜，有可见的双层衣壳结构，外壳直径75nm，内核直径50nm；病毒核酸型为RNA；不凝集鸡、鸭、兔、豚鼠红细胞，与禽呼肠孤病毒有一定的抗原相关性；对番鸭胚和鸡胚成纤维细胞可致感染细胞圆缩、融合，出现多核细胞和巨细胞，胞浆内有近核包涵体；试验感染1日龄敏感雏番鸭死亡率达100％，临床及病理变化与自然感染发病的番鸭基本一致，并可回收到该病毒。结果表明，目前国内流行的番鸭肝“白点病”病原为呼肠孤病毒科正呼肠孤病毒属番鸭呼肠孤病毒。     

草鱼病毒性出血病流行性病学及防控措施

草鱼生长速度快、养殖产量高、经济效益好,其养殖规模居中国所有养殖鱼类首位。草鱼病毒性出血病由草鱼呼肠孤病毒(Grass carp reovirus, GCRV)感染引起,是危害草鱼养殖最严重的疾病。该病发病期长,传染性强,防治困难,无特效药,一旦发病,其死亡率可达80%以上。本文从典型症状、组织病理学特征、基因型、病因等角度对草鱼病毒性出血病的流行情况进行剖析,并就该病的生态预防、免疫预防提供参考建议,对推动草鱼健康养殖具有积极的意义。     

传染性囊病病毒VP5及非编码区基因的序列分析

以反转录 -聚合酶链反应 (RT PCR)方法从传染性囊病病毒 (IBDV)CJ80 1、LX、HK46基因组中扩增出VP5及 5’端非编码区基因序列 ,然后克隆到质粒pBssk中 ,用于序列测定和分析 .报道了IBDVCJ80 1、LX毒株的VP5及 5’端非编码区基因序列 .结果表明 :IBDVVP5及 5’端非编码区基因序列是高度保守的 .一般毒株VP5由 145个氨基酸组成 ,只有 1个亲水区 .vvIBDV、变异株VP5由 149个氨基酸组成 ,有 2个亲水区 ,这可能与毒力变化有关     

草鱼羧肽酶A4基因部分序列多态性及生长性状关联分析

[目的]筛选出更多与草鱼生长相关的SNP位点标记,为草鱼分子育种研究提供理论依据.[方法]根据草鱼EST数据库中属于消化酶的羧肽酶A4基因的cDNA序列设计引物,采用PCR产物直接测序法,对含预计SNP位点的cDNA序列进行扩增、测序,并寻找新的SNP位点.[结果]cDNA上预计的SNP位点不存在,但在内含子3上检测到两个SNP位点,分别位于内含子的第40、241个碱基处,命名为A40G位点和G241T位点.经创造酶切位点的限制性片段长度多态检测(CRS-RFLP),发现A40G位点AA型占50.3%、AG型占23.8%、GG型占25.9%,G241T位点的GG型占48.6%、GT型占47.9%、TT型占3.5%.利用一般线性模型(GLM)将两个SNP位点与草鱼6个生长性状进行关联分析,结果表明,A40G位点的GG型个体在体重、体长、体高均高于AA型和AG型,但差异不显著(P>0.05);G241T位点TT型个体最重,GG型最轻,但差异不显著( P>0.05);A40G和G241T两个位点组成的7种双倍型个体的体重、体长、体高、尾柄高等重要生长性状差异也不显著(P>0.05).[结论]在草鱼羧肽酶A4基因的内含子3上发现两个SNP位点(A40G位点和G241T位点),每个SNP位点都可分为3种基因型,但两个SNP位点的不同基因型以及由其组成的双倍型与草鱼的重要生长指标均不存在显著相关.     

重庆辣椒上烟草轻型绿花叶病毒的分子检测及全基因组克隆分析

辣椒是重庆重要的经济作物,烟草轻型绿花叶病毒(Tobacco mild green mosaic virus, TMGMV)引起的病毒病对辣椒生产造成了严重影响.为明确TMGMV在重庆辣椒上的发生、分布情况及其基因组特征,从重庆北碚、石柱、潼南和九龙坡4个区县采集29份疑似病毒病样品进行了RT-PCR鉴定,通过分段扩增测序的方法拼接获得病毒基因组全序列并进行了系统进化分析.检测结果表明:29份样品中有9份检测到TMGMV,检出率为31.03%,其中石柱县的检出率最高,为60.00%.序列分析发现,重庆辣椒分离物TMGMV-TN29基因组全序列具有烟草花叶病毒属(Tobamovirus)病毒典型基因组结构特征,由6 356 nt构成.系统进化分析得出,该分离物与TMGMV厦门分离物Xiamen (JX534224)具有较近的亲缘关系,核苷酸序列相似性达到99.75%.     

一种自制的RNA分离试剂及其在鱼组织总RNA提取中的应用

【目的】尝试自制一种价格低廉的RNA分离试剂,并检验其应用效果。【方法】以商业化的TRizol Reagent为对照,使用自制RNA分离试剂提取草鱼皮肤组织总RNA,采用分光光度计法、变性琼脂糖凝胶电泳法和RT-PCR检测其品质,并用提取的总RNA合成草鱼皮肤cDNA。同时使用自制RNA分离试剂提取斑马鱼总RNA,通过RT-PCR进行E2F5基因全长（1 092 bp）的克隆,构建其真核和酵母表达载体并测序。【结果】使用自制RNA分离试剂提取草鱼皮肤组织总RNA的品质与用TRizol Reagent提取的总RNA品质相当,用之成功地合成了草鱼皮肤cDNA。使用自制RNA分离试剂提取得到了更高品质的斑马鱼总RNA,用之成功地克隆了斑马鱼E2F5基因,构建了其真核表达载体pcDNA3.1-flag-Zf E2F5和酵母表达载体pGAD GH-Zf E2F5。【结论】自制RNA分离试剂能够用于鱼类组织总RNA的提取,提取的总RNA能满足后续cDNA合成及RT-PCR克隆特定基因的需要。     

草鱼四联疫苗在网箱养殖中的试验

草鱼养殖面积广,是我国传统的优质养殖鱼类,但在养殖过程中病害较为严重。除病毒性出血病外,还流行细菌性烂鳃、赤皮、肠炎、败血症等,苗种期还经常受到车轮虫等寄生虫的侵袭,它们通常交织并发,严重困扰草鱼养殖业的健康发展。     

一种实用的双链RNA病毒基因组克隆方法

以克隆水稻矮缩病毒(Rice dwarf virts,RDV)基因组片段S11、S12为例,报道一种克隆植物dsRNA病毒基因组的方法.具体过程为:利用T4 RNA连接酶将5′-磷酸、3′-氨基修饰的引物Primer 1连接到RDV病毒基因组第11、12片段dsRNA的3′-OH端,经逆转录、退火、补齐形成全长双链cD-NA,使用单一的互补引物Primer 2进行PCR扩增,扩增产物克隆在pMD 18-T载体上,对重组子进行两次限制性内切酶分析,结合序列测定分离鉴定S11、S12.结果表明,这种方法能同时克隆RDV基因片段S11、S12,是一种有效实用的dsRNA病毒基因组克隆方法.     

普通草鱼与脆化草鱼的肌肉特性比较

以9尾体重为（1 295.7±37.2）g的普通草鱼和9尾体重为（706.8±6.5）g脆化草鱼（脆肉鲩）为实验对象,对其肌肉理化及质构特性进行比较研究。结果显示：脆化草鱼肌肉粗蛋白含量高于普通草鱼（P<0.05）,粗脂肪和铁含量比普通草鱼低（P<0.05）,二者肌肉水分、粗灰分及钙、铬含量无显著差异;脆化草鱼肌肉pH、肌纤维密度和胶原蛋白含量均大于普通草鱼（P<0.05）;脆化草鱼在2 h和4 h的肌肉滴水损失低于普通草鱼（P<0.05）,但8 h后差别不大;脆化草鱼肌肉硬度和咀嚼力均比普通草鱼高（P<0.05）。对肉质性状指标分析表明,在一定范围内,肌纤维密度、pH、胶原蛋白有提高肉质品质的作用趋势;肌肉脂肪含量与肌肉硬度,肌纤维密度与肌肉滴水损失之间均呈显著负相关（P<0.05）。     

草鱼胰岛素样生长因子结合蛋白IGFBP-1基因的全长cDNA克隆及表达

克隆了草鱼(Ctenopharyngodon idellus）胰岛素样生长因子结合蛋白 1(IGFBP-1)基因的全长cDNA,并对草鱼不同时期的胚胎和成鱼不同组织进行了RT-PCR分析,以探索草鱼IGFBP-1基因的生物学功能。结果显示：(1)草鱼IGFBP-1基因cDNA全长为1 135 bp,包含一个789 bp阅读框,编码262个氨基酸残基;草鱼与鲤、斑马鱼、沟鲶、大鳞大麻哈鱼、虹鳟、五条、小鼠和人的IGFBP-1氨基酸序列相似度分别为94%、93%、69%、60%、58%、56%、40%和38%;草鱼IGFBP-1蛋白的N端和C端序列负责与胰岛素样生长因子(IGF)结合,其保守性较高。(2)RT-PCR分析结果表明,草鱼胚胎期IGFBP-1 mRNA的表达水平很低,在受精后4 hrs和8 hrs胚胎未能检测到转录本,受精12 hrs后,仅能检测到微量表达;草鱼IGFBP-1mRNA在肝脏、肾脏、肠和心脏组织中具有表达活性。鉴于IGFBP-1基因在IGF信号通路中的重要作用,又是一个低氧诱导基因,上述结果可为进一步探索IGFBP-1基因的功能奠定基础。     

唐鱼生长激素基因的克隆及序列分析

[目的]为开展唐鱼转自源基因研究提供基本构架。[方法]采用RT-PCR和RACE技术分离唐鱼生长激素基因(GH)全长cD-NA序列,同时利用PCR克隆了唐鱼生长激素基因的基因组(gDNA)序列。[结果]序列分析表明:唐鱼GH cDNA的5非编码区为64bp,3非编码区为448 bp,开放阅读框(ORF)633 bp,共编码210个氨基酸,包括22个氨基酸的信号肽和188个氨基酸的成熟肽。应用MEGA 3.1软件进行序列同源性比较分析的结果显示,唐鱼GH cDNA所编码的氨基酸序列与近缘鱼种(草鱼、青鱼、鳙鱼、鲤鱼、斑马鱼等)的生长激素氨基酸序列有很高的同源性,其中与草鱼和鳙鱼的同源性高达98%。该研究获得的唐鱼生长激素基因的gDNA序列共有1403 bp,包括4个外显子和3个内含子,外显子大小分别150、117、162、204 bp;3个内含子都以GT开头、AG结尾,符合GT-AG法则。[结论]该研究为下一步构建自源GH基因构件,进行唐鱼的转自源GH基因研究,培育出生长快、体型大的唐鱼新品系奠定了基础。