云南文山黄牛mtDNA D-loop区遗传多样性分析

为了从母系遗传角度深入阐明云南文山黄牛的群体遗传背景,采用PCR直接测序法测定了24头文山黄牛的线粒体DNA D-loop区全序列.结果表明:文山黄牛D-loop区全序列中,A,C,T和G平均含量分别为33.1%,25.1%,28.3%和13.5%;共检测到核苷酸变异位点50个,核苷酸多样度为0.02416;D-loop区序列存在11种单倍型,单倍型多样度为0.822±0.061,表明云南文山黄牛品种的遗传多样性较丰富.聚类分析显示文山黄牛聚为两大支,一支与普通黄牛聚在一起,另一支与瘤牛聚在一起,说明云南文山黄牛同时含有普通黄牛和瘤牛的血统.     

西畴乌骨鸡mtDNA D-loop区遗传多样性分析*

 为了从母系遗传角度深入阐明西畴乌骨鸡的群体遗传背景,采用PCR直接测序法测定了36只西畴乌骨鸡的线粒体DNA D-loop区第I高变区520 bp序列。结果表明：在所分析的西畴乌骨鸡D-loop区序列中,T,C,A和G平均含量分别为30.3%,29.7%,27.4%和12.6%;共检测到核苷酸变异位点26个,核苷酸多样度为0.01452±0.00098;D-loop区序列存在12种单倍型,单倍型多样度为0.884±0.027,表明西畴乌骨鸡遗传多样性较丰富。聚类分析显示西畴乌骨鸡聚为A,B两大支,其中,A世系分为3小支,B世系分为2小支,说明西畴乌骨鸡在母系血统上存在较大遗传分化。     

青海骆驼线粒体DNA D-loop区遗传多样性研究

旨在研究青海骆驼遗传多样性,揭示青海骆驼的母系起源进化。采集柴达木地区3个青海骆驼类群耳组织样品88份并提取基因组DNA,利用PCR扩增和基因测序分析线粒体DNA D-loop序列,并与蒙古、内蒙古双峰驼进行比较。结果表明：D-loop序列中共检测到96个多态位点,定义了27种单倍型。3个青海骆驼类群占有16个单倍型,而蒙古双峰驼独有7个单倍型,内蒙古双峰驼独有4个单倍型。系统发育分析显示出两个独立的分支：第一支为青海骆驼3个类群与蒙古双峰驼,且德令哈双峰驼与其他两个类群间存在明显界限;第二支为内蒙古双峰驼。青海骆驼与内蒙古双峰驼的遗传距离均较远,但与蒙古双峰驼的遗传距离较近。因此,青海骆驼母系起源更倾向于蒙古双峰驼而非内蒙古双峰驼。     

涪陵水牛mtDNA D-loop区遗传多样性研究

利用测序技术和生物信息学分析技术,对涪陵水牛27个个体的线粒体DNA D-loop 915 bp全序列的遗传多样性及系统进化进行分析,检测到16种单倍型,其核苷酸多态位点48个,约占所测核苷酸总长的5.24%,其中有43个转换,5个颠换。涪陵水牛mtDNA D-loop区核苷酸多样度(π值)为0.0196±0.0020,单倍型多样度(H)为0.9060±0.0460,表明涪陵水牛mtDNA遗传多样性丰富。根据单倍型构建了涪陵水牛的NJ分子系统树,发现存在沼泽型水牛支系A和B,表明涪陵水牛具有2个母系起源。     

昭通牛mtDNA D-loop区遗传多样性分析

【目的】阐明昭通牛群体遗传背景信息。【方法】采用PCR产物直接测序技术对98头昭通牛样品的mtDNA D-loop区全序列变异进行检测,进一步将昭通牛的数据与已发表的云南文山牛、德宏高峰牛、滇中牛和迪庆牛的mtDNA数据进行联合分析。【结果】昭通牛mtDNA D-loop区序列共检测到73个核苷酸替换位点和3个插入/缺失。核苷酸替换位点约占检测核苷酸位点总数的8.13%,其中18个为单一信息位点,55个为简约信息位点,碱基替换主要为转换。在昭通牛群体中共确定36种单倍型,其中38.78%的个体属于H01～H09单倍型,源于瘤牛已发现的2个mtDNA世系,I1世系占37.76%,I2世系占1.02%;其余61.22%昭通牛个体分布于H10～H36单倍型中,都源于已发现的普通牛mtDNA世系,其中T2世系占5.10%,T3世系占43.88%,T4世系占12.24%。昭通牛群体的单倍型多样度为0.880±0.027,核苷酸多样度为0.024 43±0.000 94,群体内遗传距离为0.026±0.004,群体内遗传多样性指数为0.027±0.004。昭通牛与迪庆牛间的遗传距离和遗传分化最小,...     

姜曲海猪mtDNA D-loop序列遗传多样性研究

为研究姜曲海猪保种群线粒体DNA遗传多样性及种质特性,选取姜曲海猪保种群中58个体进行mtDNA D-loop高变区序列扩增测序,获得的长度为427 bp有效序列基因片段,然后对有效序列遗传多样性进行了分析.结果表明:(1)姜曲海猪的mtDNA D-loop高变区扩增测序的有效序列基因片段中,碱基A+T含量为63.2％...     

云南文山黄牛mtDNA D-loop区遗传多样性分析*

 为了从母系遗传角度深入阐明云南文山黄牛的群体遗传背景,采用PCR直接测序法测定了24头文山黄牛的线粒体DNA D-loop区全序列。结果表明：文山黄牛D-loop区全序列中,A,C,T和G平均含量分别为33.1%,25.1%,28.3%和13.5%;共检测到核苷酸变异位点50个,核苷酸多样度为0.02416;D-loop区序列存在11种单倍型,单倍型多样度为0.822±0.061,表明云南文山黄牛品种的遗传多样性较丰富。聚类分析显示文山黄牛聚为两大支,一支与普通黄牛聚在一起,另一支与瘤牛聚在一起,说明云南文山黄牛同时含有普通黄牛和瘤牛的血统。      

贵州关岭黄牛线粒体DNA D-loop区全序列遗传多样性分析

为了解贵州关岭黄牛的遗传多样性及遗传背景,测定了22个个体的线粒体DNAD—loop区全序列。结果表明,关岭黄牛D—loop区全序列中,A T平均含量为61．5％,G c含量为38．5％。经比对,共检测到关岭黄牛D—loop区14种单倍型,核苷酸多态位点54个,其中12种为普通牛血统的单倍型,2种为瘤牛血统的单倍型,说明关岭黄牛同时受到普通牛和瘤牛的影响。在关岭黄牛22个个体中,其单倍型多样度为0．909,核苷酸歧异度(π值)为2．29％,表明关岭黄牛品种的遗传多样性丰富。     

安徽东流水牛线粒体D-Loop区遗传多样性与系统进化分析

【目的】分析安徽东流水牛群体的分子遗传特性,为今后开展我国地方水牛品种研究提供科学依据。【方法】采用测序技术测定安徽东至县31头东流水牛线粒体DNA(mtDNA)D-Loop序列,结合GenBank数据库中已报道的22个群体的471条中国水牛D-Loop序列进行联合分析,利用DnaSP 5.1软件统计核苷酸多样性和单倍型多样性,利用MEGA 5.10软件构建N-J系统发生树,利用Network 4.60软件构建单倍型的media-joining网络。【结果】在22个中国水牛群体中发现163个变异位点,180个单倍型,其核苷酸多样性为0.018 23±0.002 21,单倍型多样性为0.877 40±0.013 80,其中在东流水牛D-Loop序列中发现70个变异位点,构成35种单倍型,其核苷酸多样性为0.013 31±0.002 08,单倍型多样性为0.944 00±0.023 00,群体变异性水平与中国其他水牛群体接近。N-J系统发生树和media-joining进化网络显示,中国水牛分为沼泽型和江河型,前者又分为A和B支系,B支系包括b1和b22个亚支系,东流水牛分布于A和B支系中。【结论】东流水牛群体遗传多样性丰富,且线粒体具有2个母系来源。     

用RAPD及mtDNA D-loop区序列揭示长江下游长春鳊遗传多样性

应用RAPD和mtDNA D-loop区序列对长江下游长春鳊群体的遗传多样性进行分析.从40个随机引物中筛选出扩增条带清晰的28个引物,对24尾采自长江下游常熟江段长春鳊的基因组DNA进行扩增,共检测到178个位点,扩增片段大小在0.2～2 kb之间,其中多态位点有83个,占46.63%;个体间最大的遗传距离为0.132 6,最小的遗传距离为0.047 6,平均遗传距离为0.088 5;群体的Shannon多样性指值为0.098 6.RAPD结果表明该长春鳊群体的遗传多样性处于中等水平.对其中8尾长春鳊mtDNA D-loop区序列(938 bp)进行了分析,发现了8种单倍型,检测出17个多态性核苷酸变异位点,多态位点比例为1.81%,变异位点为15个转换,2个颠换;单倍型多态性(h)为1.000,核苷酸多态性(pi)为0.006 2,平均核苷酸差异数(K)为5.821,单倍型间平均遗传距离为0.006 3.结果说明长春鳊mtDNA D-loop区在个体间的遗传差异较小.     

合作猪和迪庆猪的微卫星遗传多样性分析

采用5个微卫星位点对合作猪和迪庆猪的遗传多样性进行了分析。结果表明,2个猪种在5个微卫星位点的有效等位基因数分别为4.510 4,3.069 6;位点平均杂合度分别为0.771 3,0.602 2;位点平均多态信息含量分别为0.740 2,0.565 6;估计的群体平均近交系数分别为0.115 2,0.091 3。表明合作猪和迪庆猪遗传多样性高,近交程度低。     

合作猪、迪庆藏猪和成华猪的血清运铁蛋白多型性

采用水平板淀粉凝胶电泳法测定了55头合作猪、52头迪庆藏猪和40头成华猪的皿清运铁蛋白座位的多型性,将所测结果与其它39个亚欧非地方猪群体相比较发现,TfB基因在所有地方猪群体中都存在,TfA基因在中国地方猪群体中常见,TfC基因在亚洲地方猪群体中有从北到南逐渐增多的趋势。     

合作猪SLA-DQB基因第3外显子多态性分析

以合作猪为试验材料,采用PCR-SSCP检测442只合作猪SLA-DQB基因第3外显子的多态性,克隆测序群体内变异产生的各等位基因序列,构建系统发育树以明确合作猪SLA-DQB基因等位基因之间的遗传关系.结果表明:合作猪SLA-DQB基因第3外显子中表现了7个基因型,其中有4个新等位基因,分别命名为B、C、D、E,序列分析中发现了11个核苷酸多态位点,这些多态位点主要由点突变形成,其中转换9个(占81.82%),颠换2个(占18.18%).表明合作猪SLA-DQB基因第3外显子具有丰富的遗传多态性,群体中可能蕴藏着更多的抗性遗传资源.     

合作猪血液蛋白多型性研究

以简单随机抽样法 ,应用淀粉凝胶电泳技术对 55头合作猪 1 3个血液蛋白座位的多型性进行了分析。结果表明 :合作猪在运铁蛋白 ( Tf)、淀粉酶 ( Am)、6-磷酸葡萄糖酸脱氢酶 ( 6PGD)及碳酸酐酶 ( Ca) 4个座位表现多型 ,分别受 4,4,2 ,3个共显性等位基因支配 ,其中 Ca C基因为首次发现。其余 9个座位即 Cp、Hp、CEs、Pa、Es D、PHI、G6PD、PGM、MDH未发现多型。     

'合作猪'TDRP基因的克隆及生物信息学分析

[目的]丰富猪TDRP1基因研究的基础数据.[方法]以猪NM_001198925序列为参考,设计特异性引物,通过克隆测序获得'合作猪'TDRP1基因完整CDS序列,并进行生物信息学分析,同时采用实时荧光定量PCR方法检测TDRP1基因在不同组织中的表达特性.[结果]获得了TDRP1基因完整的CDS序列(GenBank登录号:KU743254),共684bp,其编码186个氨基酸多肽.与参考序列相比,在编码区第33、348位点处发生了同义突变(C→G、C→T).TDRP1基因分子式为C897H1421N259O287S2,理论等电点(PI)为5.86,不稳定系数为62.66,疏水指数为64.03,平均亲水性为-0.939,属不稳定可溶性酸性蛋白质.二级结构以无规则卷曲和α-螺旋为主,属混合类蛋白质.亚细胞定位结果显示,TDRP1编码的蛋白质在遗传物质复制和转录、翻译过程中发挥功能的可能性分别为26.3%、14.3%,明显高于发挥其它功能的可能性.mRNA表达分析表明,TDRP1基因在垂体和睾丸中高表达,肺、肾、小脑、卵巢中度表达,肝、脾、大脑、胃、小肠中低表达,心脏组织中不表达.[结论]成功克隆了'合作猪'TDRP1基因的完整CDS区序列,并发现了2个SNP位点;多组织转录表达分析表明TDRP1在垂体和睾丸中表达较高,可为深入研究TDRP1基因的功能提供参考.     

河北省4个黑猪群体的遗传多样性分析

为合理利用地方猪遗传资源,随机选取河北省4个市的4个黑猪群体,采用FAO-ISAG联合推荐的8个微卫星标记对各样本群体的等位基因数、有效等位基因数、杂合度、多态信息含量及F-统计量进行检测。结果显示,8个微卫星座位共检测到66个等位基因。有效等位基因数(3.103~5.349),观察杂合度(0.346~0.437),期望杂合度(0.638~0.790)和多态信息含量(0.578~0.762)4个指标,表明4个猪群体具有丰富的多样性。所检测的微卫星位点均偏离平衡状态,主要是由于起始群体规模小或公猪家系少所致。F统计量结果表明,4个猪群体都存在一定程度的近交。依据对4个猪群的分析结果,群体1、2可通过扩大血统数,以减缓近交程度;群体3、4应开展选育,以提高群体一致性。     

西藏青稞地方品种主要农艺性状的遗传多样性

【目的】解析西藏青稞地方品种的表型变异和遗传多样性,为提高西藏青稞育种组合选配的针对性和育种效果提供参考。【方法】从国家作物种质资源库提供的1 700份青稞地方品种中选取覆盖西藏青稞种植区域的代表性品种310份,2020-2021年在西藏自治区农牧科学院农业研究所试验地种植供试的310份青稞种质,调查抽穗期、成熟期、株高、穗长、穗粒数、千粒质量,采用Shannon-Weaver多样性指数分析其农艺性状的多样性,利用生物信息学方法进行遗传力、主成分分析、综合评价及聚类分析。【结果】参试310份青稞品种6个主要农艺性状的遗传力为0.43～0.95,其中抽穗期的遗传力最高,而株高的遗传力最低;Shannon-Weaver多样性指数为1.30～1.42,均值为1.38,其中千粒质量和抽穗期的遗传多样性最高,穗长和穗粒数的变异系数最大。西部地区（日喀则、阿里）的青稞品种表现为早熟、矮秆、穗粒数少、千粒质量高;东部地区（昌都、林芝）的青稞品种表现为晚熟、高秆、穗粒数多和千粒质量低。前4个主成分成熟期、穗长、穗粒数和千粒质量代表青稞种质资源表型性状88.67%的遗传信息量。按表型性状的综合得分（F值）大小,筛选出排名前10位的青稞种质分别为ZDM06930、ZDM06926、ZDM06859、ZDM06732、ZDM06631、ZDM06590、ZDM05468、ZDM05131、ZDM04747和ZDM04727,其中来自西藏林芝的ZDM06930品种F值最高（66.49）,综合表现最好。聚类分析将农艺性状采集齐全的291份参试材料分为4个类群,聚类结果与材料地理来源较吻合。【结论】西藏青稞地方品种遗传多样性较为丰富,且地区间遗传差异明显,以其为亲本或拟改良亲本育成的后代对西藏地区自然环境的适应性强。     

‘合作猪’TDRP1基因的克隆及生物信息学分析

【目的】丰富猪TDRP1基因研究的基础数据.【方法】以猪NM_001198925序列为参考,设计特异性引物,通过克隆测序获得‘合作猪’TDRP1基因完整CDS序列,并进行生物信息学分析,同时采用实时荧光定量PCR方法检测TDRP1基因在不同组织中的表达特性.【结果】获得了TDRP1基因完整的CDS序列(GenBank登录号:KU743254),共684bp,其编码186个氨基酸多肽.与参考序列相比,在编码区第33、348位点处发生了同义突变(C→G、C→T).TDRP1基因分子式为C_(897)H_(1421)N_(259)O_(287)S_2,理论等电点(PI)为5.86,不稳定系数为62.66,疏水指数为64.03,平均亲水性为-0.939,属不稳定可溶性酸性蛋白质.二级结构以无规则卷曲和α-螺旋为主,属混合类蛋白质.亚细胞定位结果显示,TDRP1编码的蛋白质在遗传物质复制和转录、翻译过程中发挥功能的可能性分别为26.3%、14.3%,明显高于发挥其它功能的可能性.mRNA表达分析表明,TDRP1基因在垂体和睾丸中高表达,肺、肾、小脑、卵巢中度表达,肝、脾、大脑、胃、小肠中低表达,心脏组织中不表达.【结论】成功克隆了‘合作猪’TDRP1基因的完整CDS区序列,并发现了2个SNP位点;多组织转录表达分析表明TDRP1在垂体和睾丸中表达较高,可为深入研究TDRP1基因的功能提供参考.     

应用30个微卫星标记分析枫泾猪和小梅山猪的遗传多样性

为丰富枫泾猪与小梅山猪的种质特性,评价其保种效果,制订有效的保种方案,对枫泾猪与小梅山猪群体的遗传多样性进行分析,采用ISAG/FAO联合推荐的30个微卫星标记,分析2个猪群的遗传多样性。结果表明:枫泾猪的有效等位基因数(ne)、多态信息含量(PIC)、基因杂合度(He)、基因丰度(R)分别为(3.012 9±0.875 5)、(0.568 4±0.161 8)、(0.635 6±0.157 3)、(4.266 7±1.337 4),小梅山猪的遗传多样性参数中除平均观察等位基因数(na)与基因丰度外,其余均低于枫泾猪;2个群体间的遗传分化系数(Fst)与遗传距离(D)分别为0.005 3、0.008 7;枫泾猪与小梅山猪的遗传多样性较丰富,遗传分化程度小,均出现杂合子过剩现象,建议加强纯种繁育。     

合作猪Nramp1基因第六内含子多态性分析

采用PCR-SSCP方法检测了135头合作猪Nramp1基因第六内含子的多态性.结果表明:序列比对分析发现10个新的核苷酸多态位点,其中,转换7个,颠换2个,插入1个;试验群体发现5个基因型,即AA、AB、BB、CC、AC,其中B等位基因为优势等位基因,AB基因型为优势基因型;经χ2适合性检验,该群体处于Hardy-Wein-berg平衡状态(P0.05);Nramp1基因遗传多态指数中,杂合度为0.617 4,多态信息含量为0.537 3,有效等位基因数为2.613 7.