贵州白山羊ALK6基因6个外显子的多态性分析

活化素受体样激酶(Activin receptor-like kinases 6,ALK6)是转移生长因子β超家族成员的受体,具有介导细胞发育和分化等重要功能。以人的ALK6蛋白结构域分析为依据,设计了6对特异性引物,再以贵州白山羊血液基因组DNA为模板,扩增出ALK6基因外显子5至外显子10相应的DNA片段。对6个外显子进行SSCP和RFLP分析,结果表明:ALK6基因外显子5至外显子10中没有发现单碱基突变,说明在绵羊、人等ALK6基因中发现的碱基突变在贵州白山羊中的自然发生率极低,该基因在贵州白山羊群体中很保守,其保守性对山羊的发育调控具有重要的意义。     

贵州白山羊FHL3基因多态性与生长性状关联分析

筛选贵州白山羊FHL3基因单核苷酸变异位点(SNPs),并分析基因多态性与生长性状的关联性，为培育贵州白山羊优良品系提供参考依据，也为进一步研究FHL3基因生物学功能奠定基础。通过混合池测序对116只不同地区贵州白山羊FHL3基因进行SNPs鉴定，以188只贵州白山羊进行关联性分析。采用PopGene32.0软件计算等位基因频率、基因型频率、遗传纯合度(H_o)、期望杂合度(H_e)、有效等位基因数(N_e),应用PIC软件计算群体多态性信息含量(PIC),以卡方(χ²)检验分析基因Hardy-Weinberg平衡状态；应用MINTAB软件中的一般线性混合效应模型分析核苷酸变异与生长性状关联性。结果表明，贵州白山羊FHL3基因的6个检测区域中，仅在P3区域检测到1个核苷酸变异位点g.215 C/T,且该位点的H_o低于H_e,PIC检测为中度多态，χ²检验结果表明，该位点偏离Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.05)。关联分析结...     

贵州白山羊PRDM16基因变异及生物信息学分析

为探究贵州白山羊PRDM16基因的分子特征及编码蛋白的结构特征。本研究以贵州不同类群贵州白山羊为研究对象,采集128份血液并提取DNA。根据NCBI中GengBank的山羊PRDM16基因序列(登录号：NC＿030823),应用Premier 5.0软件设计特异性引物,用PCR技术进行混合测序检测基因多态性,利用相关生物信息学分析软件预测分析PRDM16基因的理化性质、疏水性、跨膜结构、亚细胞定位、信号肽、结构域、磷酸化位点、编码蛋白的二级和三级结构、系统进化树构建及蛋白互作信息。结果表明,PRDM16基因序列中存在g.342 G/A突变,生物信息学分析发现PRDM16基因CDS区全长3814bp,共编码1271个氨基酸,分子式为C₆₁₃₃H₉₅₄₅N₁₇₁₇O₁₉₀₄S₅₇,原子总数为19356个,相对分子质量为139624.04kU,带负电荷的残基总数为172个,带正电荷的残基总数为143个,不稳定指数为58.72,理论等电点(PI)为5.93,为酸性不稳定蛋白,亲水性平均...     

贵州黑山羊FSHR基因第1外显子遗传多态性分析

以贵州黑山羊为对象,研究促卵泡素受体（FSHR）基因的遗传多态性。测定表明FSHR基因第1外显子,没有任何突变,显示在15只母羊中的FSHR基因第1外显子661bp核苷酸系列中不存在多态性,本研究为探索该受体基因在繁殖中的作用打下基础。     

猪MB基因外显子3的多态性分析

以MB基因作为影响猪肉肉色的候选基因,利用PCRS-SSCP技术,以野猪、野家杂种猪、民猪、大白猪、长白猪5个猪种为研究对象.根据GenBank上猪的MB序列设计了3对引物,对此基因的3个外显子进行SNPs检测.基因型检测结果表明:MB基因在第1、第2外显子上没有发现多态,在第3外显子上检测到了多态.在第3外显子上的第437 bp处存在一个T→C的碱基突变,该突变未导致氨基酸的改变,属沉默突变.经计算各基因型频率、基因频率和试验统计表明:随野猪、野家杂种猪、民猪、长白猪、大白猪肉色的变浅,等位基因N的基因频率也呈下降趋势.     

贵州黑山羊BMP15基因多态性及生物信息学分析

为探究BMP15在贵州黑山羊上的基因多态性,本研究以102只贵州黑山羊为试验对象,采用PCR产物直接测序技术对贵州黑山羊BMP15基因进行SNP多态位点检测。检测结果表明,BMP15存在1个SNP位点在第二外显子6 260 bp处发生C→G突变,通过对其生物信息学分析发现,BMP15基因的等位基因频率、mRNA二级结构、蛋白质二级结构和三级结构预测在突变前后均有差异,翻译的蛋白质为亲水性的具有跨膜结构的不稳定性蛋白。本研究发现的BMP15基因在第二外显子上的突变,可为今后与性状相关联研究提供理论依据。     

家兔UCP1 第3外显子基因多态性研究

为了解兔肉质性状特征,给兔的品种选种选育提供理论依据,选择UCP1基因设计1对引物扩增其第3外显子及第2内含子部分序列,采用DNA池PCR反应,直接测序法快速检测比利时兔、新西兰兔和加利福尼亚兔3个兔品种UCP基因多态性.结果在新西兰兔中发现1个多态性位点(T387C),多态位点对UCP1基因的RNA结构产生影响,其最小自由能由-917.51 kJ/mol变为-927.12 kJ/mol,而其他2个品种没有检测到该突变.     

獭兔Tyr基因外显子3多态性检测及序列分析

以不同獭兔群体为研究对象,采用PCR-SSCP技术检测了Tyr基因外显子3的多态性,针对獭兔Tyr基因外显子3中的碱基突变,进行了生物信息学预测比较分析,以期为獭兔毛色形成机制提供分子生物学基础。结果表明,外显子3存在2个等位基因、3种基因型,A1118C的突变导致编码的赖氨酸变成了苏氨酸。白色和青紫蓝色獭兔各基因型和基因型频率的卡方适合性检验结果显示,BB基因型频率在青紫蓝色獭兔和白色獭兔中均较高,说明等位基因B是青紫蓝色獭兔群体和白色獭兔中的优势等位基因。Hardy-Weinberg平衡检验结果表明,两个群体均处于平衡状态。青紫蓝色獭兔群体的多态信息含量为中度多态(0.25PIC0.50),白色獭兔群体的多态信息含量为低度多态(PIC0.25)。青紫蓝色獭兔杂合度较高,白色獭兔杂合度较低。生物信息学分析结果表明,外显子3中A1118C的突变未改变TYR蛋白质的理化性质、二硫键、跨膜结构、信号肽、磷酸化位、二级结构和三级结构,但改变了TYR蛋白质的糖基化位点,从而有可能影响到TYR蛋白质的功能。     

威宁绵羊IGF-1基因外显子多态性分析

为了更好地保护和开发利用威宁绵羊这一优良地方品种,本实验利用威宁绵羊构建DNA池,设计4对引物扩增威宁绵羊IGF-1基因外显子及部分内含子序列。将PCR产物纯化并进行双向测序,通过DNAStar生物软件分析确定多态性位点。利用在线生物信息学软件分析多态位点对IGF-1基因RNA的二级结构、类胰岛素生长因子1的二级和三级结构的影响。结果表明,在扩增的IGF-1基因中筛选到3个SNPs:Intron1-A4387C、Exon2-T87C、Exon4-A27T,其中Exon4-A27T为错义突变,导致编码的精氨酸(Arg)变为丝氨酸(Ser);Exon2-T87C多态位点均未改变氨基酸的编码,为同义突变;Intron1-A4387C在内含子区,不参与氨基酸编码。     

贵州小香羊ESR基因外显子1和4的多态性

为贵州小香羊的产羔数标记辅助选择提供科学依据,利用PCR-SSCP分析了贵州小香羊雌激素受体(estrogen receptor,ESR)基因外显子1和4的多态性。结果表明:贵州小香羊ESR基因外显子1和4的SSCP均呈现一种带型,命名为AA基因型(野生型),不存在多态性。贵州小香羊ESR基因外显子1和4序列的保守性高,该基因序列与贵州小香羊繁殖力的相关性有待进一步研究。     

鸭脂蛋白脂酶基因多态性及其对脂肪酸组成的效应

为探明脂蛋白脂酶(LPL)基因多态对鸭脂肪酸组成的影响,采用PCR-SSCP法和DNA直接测序相结合对鸭LPL基因内含子5和外显子8多态性进行检测,并分析其与鸭脂肪酸组成的关联性。结果表明:在内含子5中有4个SNP位点,分别位于243位(T→A)、244位(A→T)、265位(G→A)和269位(G→A);外显子8中有1个SNP位点,位于1 251位(T→C),为沉默突变。2个多态座位产生3种聚合基因型:AA/TT、AB/TC和BB/CC;经关联分析,等位基因A/T的脂肪酸月桂酸(C12:0)、豆蔻酸(C14:0)、棕榈酸(C16:0)、棕榈烯酸(C16:1)、十七烷酸(C17:0)、亚油酸(C18:2)、花生一烯酸(C20:1)、花生三烯酸(C20:3)、多不饱和脂肪酸(PUFA)和必需脂肪酸(EFA)含量与等位基因B/C间存在显著加性效应(P0.05),不饱和脂肪酸(UFA)间存在显著显性效应(P0.05)。等位基因A/T的脂肪酸组成更有利于人体健康。     

贵州黑山羊和黔北麻羊MSTN基因DraI酶切多态性分析

以贵州黑山羊和黔北麻羊为材料,根据山羊MSTN基因序列(GenBank登录号:EF588035)设计1对引物,用PCR-RFLP法对该序列进行多态性分析。结果表明:PCR扩增片段207 bp处存在TTTTA的插入,导致出现1个DraI酶切多态性位点,黑山羊纯合野生型(AA)为优势基因型,杂合型(AB)和纯合突变型(BB)为非优势基因型,A等位基因为优势基因;黔北麻羊纯合野生型(CC)为优势基因型,杂合型(CD)和纯合突变型(DD)为非优势基因型,C等位基因为优势基因。     

伏牛白山羊mtDNAD—loop序列多态性和系统进化分析

为研究河南省伏牛白山羊的遗传多样性和系统进化,试验测定了该品种8个个体的线粒体控制区全序列,结果表明,山羊控制区线粒体控制全序列长度为1212bp或1213bp,A T含量占60.1%,其中40个核苷酸位点存在变异(约占3.30%),核苷酸多样度为1.562%,这些差异共定义了7种单倍型,单倍型多样性为0.964,表明中国山羊品种遗传多样性丰富。根据伏牛白山羊序列和GENBANK两条野山羊序列构建了NJ分子系统树,聚类表明,伏牛白山羊和角骨羊单独聚在一枝上,二者亲缘关系较近,伏牛白山羊可能起源于角骨羊。     

贵州德江白山羊血液生理生化指标的测定及分析

对10只贵州德江白山羊血液的常规生理生化指标进行了测定。结果表明,大多数指标都在正常范围内,但呼吸频率高于正常值、血糖值的波动较大,总蛋白值比山羊的正常值要高。经过与其他山羊比较可知,贵州德江白山羊具有较强的抗逆能力和适应能力,免疫能力跟黑山羊差不多,板皮质量好,肉质好,可以大力推广。     

贵州小香羊MSTN基因内含子2和外显子3的多态性

为贵州小香羊选育及进一步研究MSTN基因与贵州小香羊生长性状的相关性提供理论依据,采用PCR-RFLP方法对67只贵州小香羊MSTN基因内含子2和外显子3进行了多态性分析。结果表明,所扩增内含子2中存在Bsp1286I酶切多态位点,杂合型(AB)为优势基因型,无纯合野生型(AA)和纯合突变型(BB);所扩增内含子2和外显子3中存在BstBI酶切多态位点,杂合型(CD)为优势基因型,纯合野生型(CC)和纯合突变型(DD)为非优势基因型,D等位基因为优势基因,且含有2个TatI正常酶切位点,但不存在多态性,不存在BsmFI酶切位点。