椰子SSR分子标记筛选

[目的]筛选可用的SSR分子标记,加快椰子分子辅助育种进程。[方法]采用改良CTAB法提取椰子基因组DNA,以基因组DNA为模板,对36对SSR引物进行筛选,以条带清晰、多态性丰富为引物筛选原则。[结果]共筛选出7对具有多态性的引物,其中2对多态性较丰富,可用于后续SSR分子标记分析。[结论]该研究为开展椰子种质资源遗传多样性系统分析提供了SSR引物。     

陆地棉多标记基因系SSR分析

对陆地棉品种T582和T586两个多标记基因系及其杂交后代F1进行了SSR分析。结果表明,从50对SSR引物中筛选出6对引物具有多态性,占总引物数的12%。SSR序列位点多数呈共显性标记,少数为显性标记。SSR序列的扩增与两端设计引物有很大关系。     

中国榛属植物SSR反应体系的建立

榛子鲜叶组织中富含酚类、糖类及其他次生代谢物,致使鲜叶易发生褐变,从而严重影响基因组DNA的提取质量。为了探讨适合中国榛属植物基因组DNA的提取方法,建立SSR反应体系,以榛属植物叶片为材料,通过对CTAB法的改良,摸索出了适于中国榛属植物基因组DNA提取的方法,并以核酸产量、纯度、片断分布情况等指标来评价基因组的质量。结果表明,获得的基因组质量较高,能够满足SSR反应体系的建立。并对影响榛属基因组DNA提取的因素进行了简要的分析讨论。     

棉花SSR分子标记体系优化研究

研究以陆海杂交棉为试材,研究了SSR检测体系中PCR扩增的各主要成分对检测结果的影响,确立了适宜的退火温度和反应体积,改进了PCR扩增程序,进一步优化了适用于棉花的SSR检测体系.同时,对聚丙烯酰胺凝胶银染程序作了调整,优化后的棉花SSR检测程序可得到条带强度适中、对比度好的结果.     

陆地棉动态株高与SSR标记的关联分析

【目的】分析185份陆地棉品种(系)的开花期株高(PH-ST₁)和吐絮期株高(PH-ST₂)关联度,发掘动态株高的优异等位变异,为进一步棉花高产分子辅助育种提供参考。【方法】利用185份陆地棉品种(系)的基因型,将137对简单重复序列(simple sequence repeat, SSR)多态性引物开发出的355个多态性位点,并结合5个环境下两个时期的株高表型数据,采用一般线性模型(general linear model, GLM)和混合线性模型(mixed linear model, MLM)进行关联分析。【结果】使用GLM模型和MLM模型,分别检测到54、12个与PH-ST₁显著相关的位点和62、12个与PH-ST₂显著相关的位点;其中,31个位点在3个或3个以上的环境都与株高显著相关。【结论】挖掘了多个可重复检测到的与陆地棉株高相关联的分子标记位点。定位到与株高性状相关的位点有24个。     

棕榈科植物SSR分子标记反应体系的建立

以棕榈科植物的DNA为材料,通过对SSR反应体系中模板DNA、dNTPs、引物、Taq聚合酶和MgCl25个因素采用单因素试验法设定5个梯度,并比较不同的浓度、不同的用量对扩增效果的影响,建立最佳反应体系。研究最终确定了20μLPCR反应体系的最佳条件为：模板DNA2μL,dNTPs0．2μL,引物1．0μL,Taq聚合酶O．2μL,MgCl22．0μL。该优化体系稳定可靠,适合应用于棕榈科植物SSR分析。     

早熟陆地棉基于性状主成分和SSR分子标记的遗传距离分析

[目的]为早熟陆地棉杂交亲本选配提供参考.[方法]将12个品种初步划分成两组亲本,对基于表现型和基因型差异的遗传距离进行分析.[结果]对17个性状进行主成分分析结果表明,前5个特征根和相应的特征向量累积贡献率达86.443;,可以反应所有性状的绝大部分变异信息.用5个主成分因子得分计算两组亲本间的遗传距离,发现P1.1与P2.5,P1.4与P2.3、P2.5,P1.5与P2.2、P2.4的遗传距离最远;P1.1、P1.2与P2.1、P2.6,P1.6与P2.6的遗传距离最近.用SSR扩增结果计算两组亲本间的遗传距离,发现P1.1与P2.1、P2.2、P1.2与P2.1、P2.2,P1.3与P2.4的遗传距离最远;P1.1与P2.3、P2.6、P1.2、P1.6与P2.6,P1.6与P2.1的遗传距离最近.这两组遗传距离之间无显著相关性(R=0.115).[结论]早熟陆地棉基于主要性状主成分和SSR分子标记结果的遗传距离差异较大,建议在选配亲本时同时考虑亲本间的表现型和基因型差异.     

光皮桦SSR分子标记体系的建立

采用十六烷基三甲基溴化铵（CTAB）-硅珠法提取光皮桦Betula luminifera嫩叶DNA,利用近缘种日本白桦B. platyphylla var. japonica和欧洲白桦B. pendula的引物,建立光皮桦简单重复序列标记（SSR）反应体系。在体系建立过程中,采用单因素法分别对影响聚合酶链式反应（PCR）反应的因素进行分析。结果表明：在20 μL反应体系中,模板DNA用量、Mg²⁺浓度、脱氧核糖核苷酸（dNTPs）浓度、引物浓度、T_aq DNA聚合酶用量分别为60 ng,1.500 mmol·L^－1,0.175 mmol·L^－1,2.500 mmol·L^－1,1.0 × 16.67 nkat时结果最好;引物退火温度比日本白桦扩增时提高1 ℃时效果佳。PCR扩增产物经聚丙烯酰胺凝胶电泳后随机挑取其中3对引物扩增的多态性片段进行克隆测序,对引物的通用性做进一步检验,序列经比对后得到的与原物种序列相似度（max ident值）均在95.0%以上。可见,近缘种日本白桦和欧洲白桦的SSR引物可以在光皮桦上应用。图7表2参17     

新疆早熟陆地棉SSR标记遗传多样性分析及指纹图谱构建

采用SSR分子标记对41份北疆地区早熟陆地棉品种进行遗传多样性分析,并构建其DNA指纹图谱。最终100对引物筛选出8对多态性较好引物,共检测50条带,其中多态性33条,多态性比率66%,每对引物平均扩增到6.25条条带。多态信息含量(PIC)为0.568 0~0.784 6,平均值为0.646 2。聚类分析表明,供试材料在遗传距离为0.42时可划分为3类,第3大类又可以划分为2大亚类,多数品种属于第3大类。利用其中7个特异性标记引物获得的数据构建供试材料的分子指纹图谱。新陆早系列在选育过程中亲本的来源较为广泛,遗传背景较复杂,获得的SSR分子指纹图谱能够用于新疆早熟陆地棉品种及相关材料的鉴定。     

马铃薯DNA提取及SSR标记分析

快速、准确地鉴定马铃薯品种和进行纯度分析,对于马铃薯种子质量标准化、品种审定、假种辨别等均具有重要作用。试验利用SDS提取液提取的马铃薯DNA,质量好、无降解,满足SSR分子标记的要求。利用4对引物(STM001、STM002、STM003、STM004)对黑龙江省7个主栽品种进行SSR标记,共获得144条多态性条带,平均每对引物扩增出36条特异性条带,每个样品平均有20.6条目的条带。4对引物PIC值均在0.8以上,STM001、STM003、STM0043对引物对7个马铃薯品种的区分率为100%,STM002的区分率为85.7%,能区分6个马铃薯品种。相似度分析表明,荷兰15与克新1号品种简单匹配系数最高,为0.788,荷兰15与早大白、早大白与黄麻子间遗传相似程度最低。试验重复性测试结果表明,SSR标记试验重复性好、结果稳定可靠,可以作为马铃薯品种纯度鉴定的方法在实践中应用。     

槟榔SSR反应体系的建立

以鸡心槟榔为试材,用QIAGEN公司的DNeasy Plant Mini Kit提取基因组DNA,对SSR反应体系进行建立与优化,探讨了槟榔SSR技术中PCR体系的主要成分对扩增结果的影响。最终确定了引物C7549的最佳退火温度为56℃,在PCR反应体系中最佳条件:Mg2+浓度为3.0 mmol/L,dNTPs浓度为0.1 mmol/L,Taq酶量为1.5 U,引物浓度为0.8μmol/L,DNA模板为2.0 ng/μL。利用此反应体系对部分槟榔品种进行PCR扩增并Page胶电泳检测,扩增结果清晰且有较高的多态性,表明该体系适合槟榔的亲缘关系分析。     

SSR分子标记在棉花中的应用

SSR分子标记以其多态性高、重复性好、共显性、易用PCR分析并在基因组中分散分布等优点而在许多领域中被广泛应用。对SSR分子标记在棉花遗传图谱构建、遗传多样性测定、品种鉴定、种子纯度检测以及标记辅助育种等方面的应用进行了介绍,为该技术在棉花遗传育种中更好的应用提供理论参考依据。     

影响紫花苜蓿SSR分析因素的研究

以我国紫花苜蓿地方品种为研究材料，利用1对微卫星引物进行SSR扩增反应体系探讨，确立了最佳SSR反应体系。     

大蒜SSR体系的建立与优化

为建立适宜大蒜(Allium sativum L.)的SSR反应体系和扩增程序,应用L16(45)正交设计对影响SSR-PCR的主要参数进行优化。结果表明,适宜大蒜的SSR反应体系总体积为20μL,其中含TaqDNA聚合酶0.02 U/μL、引物为0.2μmol/L、Mg2+2.0 mmol/L、dNTP 0.2 mmol/L、DNA 30 mg/L;PCR适宜扩增程序为:94℃预变性3 min,94℃变性30 s,55℃45 s,72℃延伸90 s,35次循环,94℃变性30 s,53℃45 s,72℃延伸1 min,10次循环的最后一个循环延伸增加为10 min。并优化引物最适合退火温度为53.5~58.5℃。利用此反应体系对40份大蒜品种进行SSR扩增并电泳检测,扩增谱带清晰且多态性较好,证明此体系稳定可靠。在此基础上,利用优化的SSR反应体系对100对大葱SSR引物进行筛选,从中筛选出1对扩增谱带清晰稳定性好的SSR引物,并对40份大蒜品种进行遗传多样性分析。这一对SSR引物共检测出3个多态性条带可将供试材料聚为2大类,大部分品种(系)都按照其地理来源和遗传背景进行聚类。     

东北山葡萄SSR反应体系的建立及优化

以东北山葡萄(左山二)叶片为材料,对SSR反应体系中的主要影响因子进行了优化。研究了模板浓度、引物浓度、dNTP浓度、TaqDNA聚合酶量对扩增的影响。结果表明,在20μL SSR体系中各组分的适宜浓度为:1×PCR buffer,引物0.3μmol/L,模板DNA 30 ng,dNTP 0.2 mmol/L,TaqDNA聚合酶1.0U。应用该SSR体系,用3对引物对5份山葡萄材料进行了扩增,证实了该体系的适用性和稳定性。     

树莓SSR体系的建立及优化

为建立适宜树莓(Rubus idaeus L.)的SSR分析体系,设计Taq DNA聚合酶、Primer、Mg2+、dNTP和DNA的5因素4水平正交试验,对SSR反应体系进行筛选和优化.结果表明:适宜树莓的SSR分析体系为15μL反应体系中含Taq DNA聚合酶0.5U.Primer 0.21μmol·L-1,Mg2+0.9mmol·L-1,dNTP 0.25 mmol·L-1,DNA 60ng;Primer Rubus285a的最佳退火温度为54～59℃.利用此反应体系对部分树莓品种进行SSR-PCR扩增并电泳检测,扩增谱带清晰且多态性较好,证明此体系稳定可靠.     

扁桃SSR反应体系的优化

以南疆部分扁桃品种为试材,利用CTAB法提取基因组DNA,将PCR的主要成分设定4个梯度,优化了扁桃SSR技术中PCR反应体系,试验结果表明,适宜扁桃SSR技术体系为:在20μL反应体系中TaqDNA聚合酶和DNA最适用量分别为1U和100 ng;Mg2 、dNTP和引物最适终浓度分别为1.5 mmol/L、0.20 mmol/L和0.2μmol/L。利用18个扁桃品种验证此反应体系,非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测结果显示,扩增产物大多在100~300 bp,多态性高,且反应体系的稳定性和可重复性好。