中国鹿亚科动物mtDNA控制区序列差异及其遗传分化

[目的]探讨中国鹿亚科动物的遗传分化。[方法]通过PCR直接测序的方法获得我国鹿亚科物种线粒体DNA控制区（D-loop）全序列,结合GenBank检索到的鹿亚科其它动物同源序列,用生物软件进行统计分析。[结果]我国鹿亚科动物D-loop区序列全长在921～1072bp,碱基T、A、C、G的平均含量分别为32.1%、30.2%、22.7%及15.0%,各物种间的遗传距离范围在0.062～0.106,处于属间差异。系统进化树结果表明梅花鹿、马鹿和白唇鹿亲缘关系较近,它们与水鹿构成一组进化枝,坡鹿与麋鹿构成一组进化枝,豚鹿单独构成一个进化枝。[结论]支持麋鹿和豚鹿并入鹿属的观点,我国的鹿亚科动物的分化时间约为155～260万年。     

中国鹿亚科动物mtDNA控制区序列差异及其遗传分化

[目的]探讨中国鹿亚科动物的遗传分化。[方法]通过PCR直接测序的方法获得我国鹿亚科物种线粒体DNA控制区(D-loop)全序列,结合GenBank检索到的鹿亚科其他动物同源序列,用生物软件进行统计分析。[结果]我国鹿亚科动物D-loop区序列全长在921～1 072 bp,碱基T、A、C、G的平均含量分别为32.1%、30.2%、22.7%及15.0%,各物种间的遗传距离范围在0.062～0.106之间,处于属间差异。系统进化树结果表明梅花鹿、马鹿和白唇鹿亲缘关系较近,它们与水鹿构成一组进化枝,坡鹿与麋鹿构成一组进化枝,豚鹿单独构成一个进化枝。[结论]该研究支持麋鹿和豚鹿并入鹿属的观点,我国的鹿亚科动物的分化时间约为155～260万年。     

基于线粒体控制区部分序列的大青鲨种群遗传结构研究

基于线粒体DNA ( mtDNA)控制区部分序列对采集自太平洋、大西洋、印度洋的5个大青鲨Prion-ace glauca群体165尾成鱼样本进行遗传多样性与遗传结构分析。结果表明：165尾大青鲨的mtDNA控制区片段长为694 bp,共得到110个变异位点,定义了145个单倍型,碱基组成中A为33.46%, T为36.40%, C为18.61%, G为11.53%, G+C含量为30.14%;单倍型多样性指数( Hd )在各个采样点都较高,平均值为0.9973±0.0014,核苷酸多样性指数(π)为0.01510±0.00091,这表明大青鲨群体的遗传多样性水平很高,遗传资源丰富;分子方差分析表明,99.28%的遗传变异出现在种群内,0.72%的遗传变异来自于种群间;采用邻接法构建的系统发育树表明,5个群体间未形成显著的遗传结构,群体间的高基因交流值( Nm )和低遗传分化指数( Fst )揭示了三大洋的大青鲨群体间基因交流频繁,不存在显著的遗传分化。     

基于线粒体控制区部分序列的大青鲨种群遗传结构研究

基于线粒体DNA(mtDNA)控制区部分序列对采集自太平洋、大西洋、印度洋的5个大青鲨Prionace glauca群体165尾成鱼样本进行遗传多样性与遗传结构分析。结果表明:165尾大青鲨的mtDNA控制区片段长为694 bp,共得到110个变异位点,定义了145个单倍型,碱基组成中A为33.46%,T为36.40%,C为18.61%,G为11.53%,G+C含量为30.14%;单倍型多样性指数(Hd)在各个采样点都较高,平均值为0.997 3±0.001 4,核苷酸多样性指数(π)为0.015 10±0.000 91,这表明大青鲨群体的遗传多样性水平很高,遗传资源丰富;分子方差分析表明,99.28%的遗传变异出现在种群内,0.72%的遗传变异来自于种群间;采用邻接法构建的系统发育树表明,5个群体间未形成显著的遗传结构,群体间的高基因交流值(Nm)和低遗传分化指数(Fst)揭示了三大洋的大青鲨群体间基因交流频繁,不存在显著的遗传分化。     

鸟类线粒体DNA控制区研究进展

控制区是线粒体DNA的非编码区,进化速度快,是研究鸟类种系发生最常用的分子标记之一。笔者综述了近年来鸟类线粒体DNA控制区的长度变异、结构分区、重复控制区及控制区基因排列顺序4个方面的研究进展,为相关研究提供了参考。     

基于线粒体DNA全序列11个蛋白编码基因拼接序列的鳞翅目昆虫系统发育研究

目前已测定线粒体DNA全序列的鳞翅目昆虫有12种。由于高变异性和强核苷酸组成偏好性,去除了两个蛋白基因和两个物种,最终以10个鳞翅目物种的11个蛋白编码基因拼接序列对鳞翅目分子系统发育关系进行了研究。与前人的结果一致,基于11个蛋白编码基因拼接序列数据所构的最大似然树支持鳞翅目,鳞翅目内各总科和各科均为单系群。与MINET[1]基于形态学数据的结果相同,各总科的系统发育关系为{卷蛾总科+[螟蛾总科+(尺蛾总科+蚕蛾总科)]}。蚕蛾总科内各科系统发育关系类似于REGIER等[2]的结论。     

利用mtDNA d-loop分析石迁野生鸳鸯在系统发育中的定位

采用PCR产物直接测序主法测定鸳鸯线粒体DNA(mtDNA)控制区的全序列,测定其与GenBank上已知雁形目28个物种的遗传距离,并构建系统发育树 结果表明,试验样品鸳鸯(采白贵州石阡县)mtDNA d-loop序列全长为1 035 bp,与欧洲鸳鸯(GenBank登录号AY112953)的遗传距离最近、为0.002,NJ分子系统树也显示两者同属一个分支,即鸳鸯为雁形目鸭科柄鸭族鸳鸯属,这与传统分类学方法一致.     

中国近海真鲷遗传变异的线粒体控制区序列分析

测定了辽宁东港、广东大亚湾和广西东兴3个海域各15尾真鲷的线粒体控制区5′端660bp的核苷酸序列,发现91个可变位点,64个简约信息位点。在45尾样品中共检测到43个单倍型,3个群体的平均单倍型多样性和核苷酸多样性分别为(0.99～1)和(0.02522～0.02579),表现出较高的单倍型多样性和核苷酸多样性。在真鲷个体NJ树上出现3个谱系,各谱系中不同地理来源的个体比例相当,不呈现明显的地理聚群,推测各谱系大约形成于晚更新世的末期。Tajima’sD呈负值但不显著(P0.08),表明真鲷历史上没有发生快速扩张,种群大小稳定。群体间遗传分化指数Fst都为负值(-0.0001～-0.0188)但不显著(P0.1);AMOVA分析显示遗传变异主要集中在群体内的个体间(100.49%),而群体间的遗传变异很小(-0.49%);表明我国近海真鲷群体有可能是同一种群。     

基于线粒体DNA全序列11个蛋白编码基因拼接序列的鳞翅目昆虫系统发育研究*

 目前已测定线粒体DNA全序列的鳞翅目昆虫有12种。由于高变异性和强核苷酸组成偏好性,去除了两个蛋白基因和两个物种,最终以10个鳞翅目物种的11个蛋白编码基因拼接序列对鳞翅目分子系统发育关系进行了研究。与前人的结果一致,基于11个蛋白编码基因拼接序列数据所构的最大似然树支持鳞翅目,鳞翅目内各总科和各科均为单系群。与MINET ^［1］基于形态学数据的结果相同,各总科的系统发育关系为{卷蛾总科＋［螟蛾总科＋（尺蛾总科＋蚕蛾总科）］}。蚕蛾总科内各科系统发育关系类似于REGIER等［2］的结论。     

基于线粒体Co Ⅰ基因的鸫亚科14种鸟类的系统进化

基于鸫亚科(Turdinae)6属14种鸟类的线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(CoⅠ)基因部分序列(1176bp),以雪松太平鸟(Bombycilla cedrorum)为外群,采用邻接法、最大简约法、最大似然法和贝叶斯法分别构建鸫亚科的系统发生树。结果表明鸫亚科鸟类分为2个大的支系。第1个支系包括鸫属(Turdus)和地鸫属(Zoothera),第2个支系包括红尾鸲属(Phoeicurus)、鸲属(Tarsiger)、燕尾属(Enicurus)和啸鸫属(Myiophonus)。宝兴歌鸫(Turdus mupinensis)独立于鸫属而与虎斑地鸫(Zoothera dauma)形成最近的亲缘关系;灰翅鸫(Turdus boul-boul)和乌灰鸫(Turdus cardis)、赤颈鸫(Turdus ruficollis)和斑鸫(Trudus naumanni)分别聚为姐妹群关系;红尾鸲属的两个种互聚为姐妹群后再与鸲属的红胁蓝尾鸲(Tarsiger cyanurus)形成一个支系。乌鸫(Turdus merula)、紫啸鸫(Myiophonus caeruleus)、黑背燕尾(Enicurus leschenaulti)在鸫亚科鸟类分子进化树中的位置尚不稳定。     

福建黄兔线粒体基因组全序列测定与分析

福建黄兔是中国优良的小型兼用品种,从线粒体水平分析福建黄兔在兔形目动物中的系统发育地位,对探究其起源、进化和种群分类具有重要意义。利用PCR高保真扩增技术和生物信息学软件对福建黄兔线粒体基因组进行获取、拼接与注释。结果发现福建黄兔线粒体基因组全长17 000 bp(Genbank No.MN518689),主要包括tRNA基因（22个）、rRNA基因（2个）、蛋白编码基因（13个）和控制区（1个）4 部分,基因排列紧密。除控制区,共存在37个编码基因,有9个基因由轻链（L链）编码,其余28个编码基因均由重链（H链）编码。22个tRNA基因中,除 tRNA-Ser(AGY)基因由于缺失DHU臂不能形成三叶草结构外,其余21种tRNA基因均可折叠形成经典的三叶草结构。控制区含有3种结构域：延长终止序列区（ETAS1和ETAS2）、中央保守区、保守序列区（CSB1、CSB2和CSB3）,其中,CSB1和CSB2间存在200 bp的短重复序列,CSB3和tRNA-Phe间存在306 bp的长重复序列。基于线粒体基因组控制区序列构建10 种兔形目动物的系统进化树,结果表明福建黄兔起源于穴兔,支持将福建黄兔划归为穴兔属。     

基于 cox1基因全序列的癞蝗科部分类群系统发育关系分析

该研究测定了我国癞蝗科7属11种昆虫细胞色素氧化酶 I（cox1）基因全序列,并联系从 GenBank下载的贺兰短鼻蝗、红缘疙蝗的 cox1基因全序列进行序列分析,结果表明,除宽纹蠢蝗外 cox1基因全序列均为1534 bp,其中有326个变异位点,211个简约信息位点;A+T平均含量为67.1%,碱基组成具有AT偏斜;遗传距离分析发现,遗传距离0.08可以将癞蝗科很好的分为4个组。以飞蝗为外群,用 NJ、MP、ML和贝叶斯法重建了癞蝗科的系统发育树,结果显示,锯癞蝗亚科的短鼻蝗属、突鼻蝗属、疙蝗属和贝蝗属4属8种蝗虫聚为一支,但短鼻蝗属的单系性未得到支持,癞蝗亚科的2种笨蝗聚为一支,蠢蝗亚科的宽纹蠢蝗为一支,与形态分类学将我国癞蝗科分为3个亚科的结果一致。锯癞蝗亚科的2种波腿蝗组成一支,没有和锯癞蝗亚科的其他种类聚在一起,波腿蝗属的分类地位有待进一步研究。     

五指山猪线粒体基因组全序列测定与分析

采用PCR及TA克隆测序技术,获得五指山猪线粒体基因组全序列(KJ909516),并对其特征进行具体分析。结果表明,五指山猪线粒体基因组序列全长16 689bp,碱基组成为A(34.7%)、C(26.2%)、G(13.3%)、T(25.8%),包含13个蛋白编码区,2个rRNA,22个tRNA和1个非编码控制区(D-Loop区)。13个蛋白质编码基因中,ND2、ND3和ND5起始密码子为ATA,ND4L起始密码子为GTG,其余均为ATG。蛋白编码基因ND1和ND2终止密码子为TAG,Cyt b终止密码为AGA,COXⅡ、COXⅢ、ND3和ND4的终止信号为不完全密码子T,其余均为TAA。22个tRNA中除tRNASer(AGY)缺少DHU臂外,其余tRNA均可形成典型三叶草结构。线粒体控制区全长1 254bp,含有22个长度为10bp的串联重复序列ACGTGCGTAC。5种中国小型猪蛋白质编码基因的比对结果说明,五指山猪在ND2和ND5基因上与其他4个猪种存在明显差异,可为能量代谢差异研究提供分子学依据。     

陕西省羚牛mtDNA控制区序列结构和种群遗传多样性分析

为给羚牛(Budorcas taxicolor)秦岭亚种的保护和管理提供有用的信息,调查陕西省秦岭羚牛3个野生种群线粒体DNA(mtDNA)控制区357bp片段的遗传多样性和种群结构。结果显示,67个羚牛个体碱基组成为A+T的平均含量(56.3%)高于G+C含量(43.7%),3个群体mtDNA控制区的变异位点为60个(约占总位点数的17.29%)。核苷酸多样性(Pi)为0.007 48,平均核苷酸差异数(K)为2.052。67个个体分属4个单倍型,单倍型间的平均遗传距离(P)为0.127。说明秦岭羚牛群体mtDNA控制区序列遗传多样性较低,群体间的基因交流较少,有可能出现近亲繁殖的情况。     

青海骆驼线粒体DNA D-loop区遗传多样性研究

旨在研究青海骆驼遗传多样性,揭示青海骆驼的母系起源进化。采集柴达木地区3个青海骆驼类群耳组织样品88份并提取基因组DNA,利用PCR扩增和基因测序分析线粒体DNA D-loop序列,并与蒙古、内蒙古双峰驼进行比较。结果表明：D-loop序列中共检测到96个多态位点,定义了27种单倍型。3个青海骆驼类群占有16个单倍型,而蒙古双峰驼独有7个单倍型,内蒙古双峰驼独有4个单倍型。系统发育分析显示出两个独立的分支：第一支为青海骆驼3个类群与蒙古双峰驼,且德令哈双峰驼与其他两个类群间存在明显界限;第二支为内蒙古双峰驼。青海骆驼与内蒙古双峰驼的遗传距离均较远,但与蒙古双峰驼的遗传距离较近。因此,青海骆驼母系起源更倾向于蒙古双峰驼而非内蒙古双峰驼。     

基于CO II全基因的差翅亚目昆虫分子系统学研究

[目的]对基于CO Ⅱ全基因的差翅亚目昆虫的分子系统学进行研究。[方法]设计蜻蜓目昆虫CO Ⅱ全基因的非特异性引物,获得差翅亚目5科6属8种共8条CO Ⅱ全序列。采用CluxtalX1.8、ContigExpress、MEGA2.1、PHYLIP3.6a以及MrBayes V3.0等生物学软件及简约法和最大似然法对其进行分析并构建分子系统树。[结果]CO Ⅱ的A＋T含量较低（68.6%）,说明蜻蜓目是一比较原始的类群;每条序列均含有2个半胱氨酸,这一点有别于其他类群昆虫;不支持将大蜻亚科上升为科的观点;支持将大蜓科和蜓科归入蜓总科,而将春蜓科上升为总科的观点;差翅亚目5科之间的进化关系由慢到快依次为：春蜓科→大蜓科→蜓科→伪蜻科→蜻科。[结论]为蜻蜓目分子系统学研究提供相关依据。     

新疆小家鼠控制区序列分析

[目的]研究新疆地区小家鼠控制区的序列多样性。[方法]对14只来自新疆于田、和丰和乌鲁木齐的小家鼠个体进行基因组DNA提取,控制区PCR扩增和序列测定,并分析其遗传多样性,构建系统进化树。[结果]14只小家鼠基因组大小均在20000bp以上;小家鼠控制区序列中A、T、G、C的平均含量分别为：T：29．0％;C：25．2％;A：33．9％;G：11．9％,个体间碱基组成几乎无差别;14只小家鼠个体与M.m.musculus的亲缘关系较近,在系统进化树中共享1个分支,且该分支中2225、2228和2226具有相同的支长,2242和2243具有相同的支长,2249、2247和2251具有相同的支长。[结论]供试14只新疆小家鼠个体属于M.m.musculus亚种。