HpaG_(Xoo)蛋白的结构与功能分析(英文)

[目的]分析HpaGXoo蛋白的结构与功能,为研究两者的关系提供理论依据。[方法]利用ISREC(http://www.isrec.isb-sib.ch/software/SAPS_form.html)中提供的工具SAPS进行分子量、分子式、等电点、氨基酸所占比例、带电荷情况等参数的在线分析,并利用瑞士生物信息学研究所提供的ProtParam(http://us.expasy.org/cgi-bin/protparam)程序进行氨基酸残基数目、组成、蛋白质相对分子质量、理论等电点及平均可塑性、疏水性等参数的分析;利用NPSA(http://npsa-pbil.ibcp.fr)中的MLRC程序在线分析α-螺旋、无规则卷曲以及延伸链等的预测;利用TMHMM2.0Server(http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/)和TMpred(http://www.ch.embnet.org/software/TMPRED_form.html)2个软件同时对HpaGXoo蛋白序列的跨膜区域进行分析,用SignalP(http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/)服务器预测HpaGXoo的信号肽;用PSORTWWWServer(http://psort.nibb.ac.jp/)中的PSORTPrediction工具进行细胞定位;利用网站Expasy(http://au.expasy.org/tools/)中SwissModel程序可同源建模,推测HpaGXoo蛋白的三维结构或用Phyre(前身3D-PSSM)(http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/～phyre/)软件预测蛋白质三级结构;通过确定一些保守区域的氨基酸,预测蛋白质的功能。[结果]HpaGXoo蛋白由139个氨基酸组成,分子量为13726.7Da,理论等电点为4.07。该蛋白分子式为C569H896N174O212S5,酸性氨基酸残基总数(Asp+Glu)为10,碱性氨基酸残基总数(Arg+Lys)为3;疏水性的总平均值(GRAVY)为-0.553。HpaGXoo二级结构中,α-螺旋与无规则卷曲的数量与所占百分比分别为34与105、24.46%与75.54%。可见,该蛋白富含无规则卷曲和α-螺旋结构。HpaGXoo跨膜区域为零,且在跨膜区域中的氨基酸序列期望值为0.03331,该结果在大于18时才有跨膜区域,故该蛋白没有跨膜区域。HpaGXoo蛋白没有信号肽存在。HpaGXoo蛋白存在于细胞质中的可能性为21.4%,而在细菌壁膜间隙、外膜、内膜都无法确定是否有该蛋白的存在。HpaGXoo蛋白的二级结构中主要为α-螺旋和无规则卷曲,并且占相当比例,而无β-折叠存在。HpaGXoo蛋白分子量小,只有139个氨基酸残基,属于结构简单的蛋白,故推测其全蛋白可能就是一个功能结构域,或是一部分功能结构域。[结论]该研究为深入研究HpaG的分子结构及其结构与功能的关系奠定了基础。     

HrpN_(Ea)蛋白的结构与功能分析

Harpins是由革兰氏阴性植物病原细菌产生的一类蛋白激发子,对蛋白酶敏感,在非寄主植物叶片上可以诱导hypersensitive response（HR）或hypersensitive cell death（HCD）。HrpNEa是Harpins蛋白的一种,是从梨火疫病菌（Erwinia amylovora）中分离得到的。大量试验证明,HrpNEa蛋白在引起植物过敏反应的同时,能诱导植物获得性系统抗性及刺激植物生长发育。从分子生物学角度,利用国际互联网上的相关生物信息学分析软件NPSA、Swiss-Model、SAPS、InterPro Scan等对HrpNEa蛋白进行了结构和功能的预测分析。HrpNEa蛋白由403个氨基酸组成,有较多的β折叠和无规卷曲结构;HrpNEa蛋白无N端信号肽,不形成跨膜结构,定位于细胞质中。     

山羊FSHR基因编码蛋白的结构及功能分析

通过Prot Param和ProtScale等在线软件对山羊FSHR基因编码蛋白的理化性质、亚细胞定位及功能进行分析,分别使用Chou-Fasman和同源建模方法对二级、三级结构进行预测,并对采用邻近法构建的不同物种FSHR基因编码蛋白的系统发育树进行分析。结果显示,山羊FSHR基因编码蛋白由695个氨基酸残基组成,包含7个跨膜域和1个G蛋白耦合受体,属于不稳定蛋白,具有较高的亲水性;亚细胞定位结果显示,FSHR基因编码蛋白分布在内质网、液泡和线粒体内;二级结构主要是α螺旋,三级结构富含helix螺旋结构域和长链卷曲。对不同物种FSHR基因编码蛋白进行系统发育分析发现,与其他物种相比,山羊与绵羊、家牛、野猪亲缘关系较近,系统发育分析结果与其动物学分类结果一致。     

小反刍兽疫病毒P基因的克隆及其结构与功能分析

 【目的】对小反刍兽疫病毒P基因进行克隆,并对其结构和功能的关系进行分析,为研究小反刍兽疫病毒P蛋白的功能及其在病毒增殖过程中的作用奠定基础。【方法】利用RT-PCR的方法对小反刍兽疫P基因全长进行克隆,通过生物学软件对其核苷酸序列和氨基酸序列进行了比对,利用I-TASSER进行三级结构预测,然后分析其结构和功能之间的关系。【结果】P基因和MV、CDV、RPV、DMV和PDV的P基因的相似性分别为62.9%、63.3%、64.4%、65.1%和60.4%,氨基酸的相似性分别为45.9%、46.2%、50.6%、50.3%和47.0%。三级结构表明该蛋白由3个结构域构成,中间是由多个α-螺旋构成的结构域,主要行使与L大蛋白和RNA结合的功能,两边分别是N-端和C-端结构域,C-端结构域含有3个α-螺旋,分别位于458—468aa、492—499aa和503—505aa位,主要作为N蛋白α-螺旋的结合位点。【结论】本研究成功地克隆小反刍兽疫病毒P基因,分析和预测了p蛋白的结构和功能的关系,为其进一步的生物学功能研究及其应用奠定了基础。     

真菌免疫调节蛋白结构与功能的研究进展

真菌免疫调节蛋白是一类具有多种生物学功能的小分子蛋白质。介绍了已发现真菌免疫调节蛋白的序列特性及结构,并对其生物学功能的最新研究进展进行了综述,最后对其今后的发展趋势进行了展望。     

植物细胞的结构与功能分析

本文对植物细胞的结构进行了细致的分析,并从细胞壁、细胞膜、细胞质及细胞核等方 面,对植物细胞结构的功能进行了分析与阐述,以期为促进高中阶段生物知识的学习之中,更好 对关于植物细胞方面的知识内容加以掌握提供参考。     

拟南芥钴胺素合成相关蛋白CSRP基因克隆及其功能分析

以拟南芥为研究对象,根据已知的生物信息数据,通过反向遗传学的方法,对与钴胺素合成相关蛋白CSRP基因进行分子克隆,得到该基因的基因组序列和cDNA序列,构建二元重组质粒,利用根癌农杆菌介导的花浸泡转基因方法分别转化突变体和野生型植株,进行互补试验和过表达试验,筛选转基因植株,并进一步预测其编码蛋白的亚细胞定位于叶绿体中.结果表明,在突变体中转入该基因后,转基因植株恢复野生型的表型,而在过表达的转基因植株中表型更为明显,即生长旺盛,晚花.说明该基因对于拟南芥的营养生长起促进作用,由于其功能预测与钴胺素合成相关的蛋白,推测其可能在植物营养生长中起作用.     

液泡膜转运蛋白结构与功能的研究进展

液泡为植物细胞中营养物质贮存和代谢的主要细胞器,而液泡膜转运蛋白对营养物质进出液泡起着至关重要的作用。近年来对液泡膜转运蛋白结构、功能和调节机制的研究进展较快,发现其在植物的生长发育、信号转导、糖分积累、次级代谢物的运输和胁迫适应过程中均发挥着重要的作用。为此,综述了植物细胞液泡膜转运蛋白的结构和功能研究进展。     

2C类蛋白磷酸酶的结构与功能研究进展

2C类蛋白磷酸酶(PP2C-type protein phosphatases,PP2C)是一类丝氨酸/ 苏氨酸残基蛋白磷酸酶,在细胞内以单体形式存在,酶催化活性依赖于Mg2 或Mn2 .PP2C通过去磷酸化作用负调控蛋白激酶级联信号系统,参与细胞周期、胁迫信号转导、基因转录、蛋白质翻译及翻译后修饰等细胞活动过程.H2O2、不饱和脂肪酸、Ca2 /CaM、脂质信号分子等均可调节PP2C的活性.     

2C类蛋白磷酸酶的结构与功能研究进展

2C类蛋白磷酸酶(PP2C-type protein phosphatases,PP2C)是一类丝氨酸/ 苏氨酸残基蛋白磷酸酶,在细胞内以单体形式存在,酶催化活性依赖于Mg2+或Mn2+.PP2C通过去磷酸化作用负调控蛋白激酶级联信号系统,参与细胞周期、胁迫信号转导、基因转录、蛋白质翻译及翻译后修饰等细胞活动过程.H2O2、不饱和脂肪酸、Ca2+/CaM、脂质信号分子等均可调节PP2C的活性.     

不同植物查尔酮合成酶CHS基因的生物信息学分析

采用生物信息学方法对GenBank中已登录的10种不同植物中的查尔酮合成酶基因的核苷酸序列及所推测的氨基酸序列的理化性质、信号肽、跨膜结构、亲/疏水性、功能结构域以及其二级结构进行了详细的分析,构建了不同植物CHS的系统进化树。结果表明,10种植物中CHS基因的开放阅读框的全长在1.2 kb左右,大约编码399个氨基酸;不同植物中的CHS的氨基酸序列均包括1个N-糖基化位点(32NMSS),4个蛋白激酶c磷酸化位点(69TIR、158SVK、202TFR、359SAK)和1个查尔酮合成酶活性位点(161RLMMYQQGCFAGGTVLR),均不存在信号肽、无跨膜结构域,是一个疏水性蛋白。     

城郊型生态农业结构、功能与多样性分析

 分析了云南省个旧市郊区小甸头村生态农业结构、功能与多样性6年的动态变化。结果表明:(1)结构从传统单一种粮型转变为猪-沼气-粮-林-果-菜商品经济型;(2)经济效益和价值产投比逐年增加;(3)人工输入增加物质和能量输出,但过多的输入会降低物质和能量产投比;(4)系统多样性与其结构、功能密切相关,并随结构、功能的改善而逐渐增强。提出了系统持续发展的对策。     

鸭瘟病毒TK基因及其编码蛋白的生物信息学分析

运用生物信息学方法,对鸭瘟病毒TK基因的基本元件和TK蛋白的理化性质、结构、功能进行分析。明确了TK基因启动子、转录起始位点、编码区P、olyA的位置;发现TK蛋白的二级结构以α螺旋为主,属于混合型蛋白,在结构和功能上与疱疹病毒胸苷激酶高度相似。生物信息学分析结果说明,鸭瘟病毒TK蛋白具有疱疹病毒胸苷激酶的活性,鸭瘟病毒TK基因可能为鸭瘟病毒的非必需毒力基因。     

乙酰辅酶A羧化酶(ACC)的结构与功能

乙酰辅酶A羧化酶(ACC)催化乙酰辅酶A形成丙二酸单酰辅酶A的羧化作用,是在脂肪酸合成和代谢中起重要作用的中间代谢物。ACC包括ACCα和ACCβ两种形式,被不同的基因编码。ACC(α265 kDa)主要在脂肪生成活跃的肝脏、脂肪组织和乳腺中表达。ACC(β275 kDa)主要在β-氧化作为主要能量来源的骨骼肌和心脏中表达。对ACC的结构特点和基本功能进行了探讨。     

乙酰辅酶A羧化酶的结构·功能及基因的研究进展

乙酰辅酶A羧化酶（Acetyl-CoA carboxylase,ACCase）属于生物素包含酶类型Ⅰ,在生物体内催化乙酰辅酶A形成丙二酰辅酶A。在植物中乙酰辅酶A羧化酶主要有异质型和同质型2种;在动物中乙酰辅酶A羧化酶属同质型,分为ACC1和ACC2 2种类型。主要介绍了分布于双子叶植物以及非禾本科单子叶植物的质体中的异质型ACCase的亚基组成、结构、功能及其编码基因。ACCase由生物素羧化酶（Biotincarboxylase,BC）亚基、生物素羧基载体蛋白亚基（Biotincarboxyl Camer Protein,BCCP）、羧基转移酶的α-CT亚基和β-CT亚基4种亚基构成,有3个功能结构域,即BC功能结构域、BCCP功能结构域以及CT功能结构域。除β-CT亚基由质体基因编码外,其他亚基由核基因编码,在细胞质中合成后转运到质体中组成功能蛋白,参与脂肪酸的合成。     

信号蛋白14-3-3分子结构及功能研究现状

介绍信号蛋白14-3-3的分子结构、功能及其作用机制。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒非结构蛋白2的生物信息学分析

[目的]为临床上构建PRRSV的拮抗性小肽及相关疫苗设计提供理论参考。[方法]对NCBI上国内分离的PRRSV毒株(FJ175688.1)Nsp2的氨基酸序列进行生物信息学方法分析,并对其组分、理化性质、跨膜结构域、二级结构、糖基化位点、磷酸化位点和B细胞抗原表位进行预测。[结果]Nsp2含有7段的跨膜区域,二级结构中自由卷曲含量最高(57.64%),同时含有4个糖基化位点和76个磷酸化位点。综合分析表明,Nsp2具有大量的抗原决定簇。[结论]通过对Nsp2的生物信息学分析,可为PRRSV疫苗设计提供理论基础。