H1N2亚型猪流感病毒A／Swine／Guangdong／1／06分离鉴定和对猪致病性研究

2006年5月从广东某大型猪场采集具有流感症状保育猪鼻拭子共98份,无菌常规处理猪鼻拭子后接种MDCK细胞,分离到4株流感病毒.用血凝抑制和PCR方法鉴定均为H1N2亚型.挑选其中一株A/Swine/Guangdong/1/06(H1N2),进行全基因组测序,并与GenBank中相关序列进行比较.核苷酸同源性分析表明:A/Swine/Guangdong/1/06(HIN2)与A/Swine/Guangxi/13/06不同基因之间同源性为96.6%～98.1%.以106EID50的剂量,将H1N2病毒鼻腔感染35日龄仔猪,结果表明H1N2亚型流感病毒可以感染猪上呼吸道.但不表现临床症状.本研究结果对于揭示H1N2亚型猪流感流行规律和病毒的致病机理具有一定的意义.     

宁夏地区H1N1亚型猪流感病毒基因组遗传进化分析

对宁夏地区2011年分离到的5株H1N1亚型猪流感病毒进行了基因组测定和遗传进化分析。结果显示:宁夏地区H1N1亚型猪流感病毒具有多样性,5株分离株可分为3类,其中1株为类人H1N1猪流感病毒,2株为经典猪流感病毒,另外2株为重组猪流感病毒,其PB2、PB1、PA、NP、NS基因来源于北美三元重组猪流感病毒,HA、NA、M基因来源于经典猪流感病毒;HA蛋白裂解位点附近氨基酸分析显示5株H1N1亚型猪流感分离株均为低致病性毒株;序列分析结果显示5株病毒在HA蛋白受体结合位点、抗原位点,以及NA蛋白潜在糖基化位点处氨基酸存在差异,这些差异具有分支特异性。5株病毒在NA和M2蛋白上均未出现与神经氨酸酶抑制剂和金刚烷胺耐药性相关的氨基酸变异,但其中3株病毒的PB2蛋白基因具有哺乳动物适应性变异E627K。     

H9N2亚型猪流感病毒A／Swine／Shandong／1／02分离株的基因序列分析

从有肺炎症状的病猪中分离到1株H9N2亚型猪流感病毒（SIV）A／Swine／Shandong／1／02，对其进行了全病毒基因序列分析。结果表明，该毒株8个基因片段的核苷酸序列均来自禽流感病毒（AIV），与我国目前家禽中流行的H9N2亚型AIV毒株具有很高的同源性，与A／Duck／Hong Kong／Y280／97（H9N2）的同源性为94．1％～98．9％，与A／Chicken／Beijing／1／94（H9N2）的同源性为94．5％～98．2％；推导的其血凝素（HA）裂解位点处的氨基酸序列为P—A-R—S-S-R，完全符合H9亚型AIV欧亚分支中的类A／Chicken／Beijing／1／94亚分支的特征；基因分析结果表明，该分离株的所有基因片段均来源于H9N2亚型AIV，它可直接感染猪，并导致发病，但它并未在猪体内发生重组。     

H9N2亚型猪流感病毒对小鼠的致病性及其分子特性研究

本实验从河北地区疑似流感发病猪体内分离到一株病毒,经鉴定为H9N2亚型猪流感(SIV)病毒.将该分离株经滴鼻、点眼途径感染小鼠,观察临床症状和病理变化,同时对血凝素(HA)、神经氨酸酶(NA)、核蛋白(NP)和基质蛋白基因(M)进行克隆和序列测定,与GenBank中登录的相关序列进行比对并绘制系统发育进化树.致病性结果显示:感染小鼠出现精神不振,体重下降,并引起以弥漫性肺泡损伤为主的临床症状和病理变化.序列分析结果显示:该分离株与禽流感病毒(AW) A/chicken/Hebei/4/2008 (H9N2)(简称CK/HB/4/08)参考株的HA、NA、NP和M基因的核苷酸序列和推导的氨基酸序列的同源性最高.HA蛋白的裂解位点序列为PARSSR↓GLF,属于低致病性流感病毒的裂解位点.HA、NP、NA和M基因的遗传进化分析均显示该分离株与AIV的CK/HB/4/08株位于同一分支,具有较近的亲缘关系;由此推测该分离株可能是由CK/HB/4/08演化而来,并在跨物种传播的过程中发生了部分变异.     

H1N1亚型猪流感病毒中国分离株血凝素基因分子演化的研究

对2001年中国华南及东北地区的15株H1N1亚型猪流感病毒(SIV)分离株的血凝素(HA)基因进行了序列测定和分析,并绘制了进化树.研究结果表明,15株H1N1 SIV和HA基因核苷酸全长为1 778bp,共编码566个氨基酸;而且,15株H1N1亚型SIV的HAI蛋白在10、11、23、87、287位都存在高度保守的糖基化位点,此外,在276位多了一个"-NTT-"糖基化位点,与参考毒株SW/IW/93/01一致,这可能是近期H1N1亚型SIV的一个分子特征.本研究进一步发现,15株H1N1亚型SIV的HA基因切割位点氨基酸组成为IPSIQSR↓G,具有非高致病力毒株分子特征;而其受体结合位点在HA蛋白上第226位是Q,第228位是G,可能具有感染禽的潜力.经同源性比较,15株H1N1亚型SIV的HA基因与古典型H1N1猪谱系中的WIS/4754/94的同源性相对最高,核苷酸和氨基酸序列同源性分别达到95.7%～96.1%和96.5%～97.2%.由同源性比较结果和进化树分析可见,15株H1N1亚型SIV的HA基因皆属于古典型H1N1猪谱系.     

实时荧光定量PCR检测H1N1亚型猪流感病毒

根据GenBank中H1N1亚型猪流感病毒NP基因的序列（DQ889686）,利用Premier express设计并合成1对引物和相应的TaqMan探针,从猪流感病毒HN407株接种的鸡胚尿囊液中提取总RNA,经RT-PCR扩增NP基因。将鉴定正确的NP基因片段克隆入pGEM-T Easy载体中,转化大肠杆菌JM109,经PCR及测序鉴定后得到阳性重组质粒。以该阳性重组质粒为荧光定量PCR标准品模板建立标准曲线。对探针浓度、引物浓度、镁离子浓度和退火温度进行优化,建立了最佳的荧光定量PCR反应体系和扩增程序。经临床应用表明荧光定量PCR的建立为早期诊断猪流感病毒、定量分析猪流感病毒感染程度奠定了基础。     

猪流感病毒H1、H3、N1、N2亚型分型 RT-PCR方法的建立

根据GenBank中H1N1和H3N2亚型猪流感病毒(SIV)血凝素(hemagglutinin,HA)、神经氨酸酶(neuraminidase,NA)和M基因保守序列,分别设计合成了5对特异性引物,利用RT-PCR技术对SIV的型和亚型进行鉴定。结果表明,该方法的型RT-PCR可以检测出10⁴ EID₅₀病毒量所提取的RNA;H1、H3、N1和N2的亚型RT-PCR均可以检测出10⁴ EID₅₀病毒量所提取的RNA。除每对特异性引物所对应的亚型外,对其他亚型及猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)和猪瘟病毒(CSFV)的检测均为阴性,应用该方法对临床样品进行检测,其结果与病毒分离结果符合率为100%。结果表明,该方法特异性好、敏感性高,有望成为SIV的一种特异、敏感、快速的分型检测方法,为猪流感分子流行病学的调查奠定了良好的基础。     

一株H1N1亚型猪流感病毒全基因克隆及遗传特性分析

为快速获知流感病毒的全基因组序列,及时得知其遗传演化特性。设计11对通用条形码引物,采用RT-PCR法扩增A\swine\Shandong\01\2009(H1N1)株的8个基因节段,进行克隆测序和遗传进化分析。核酸序列测定结果显示,全基因组序列完整无缺失,但是基因组内2个位点突变导致PB1-F2、NS-1蛋白表达不完整,HA切割位点处氨基酸序列PSIQSR/GLF,无多个连续的碱性氨基酸,符合非致病性切割位点的特征。从绘制的各个片段进化树分析,此毒株与11株近5年在人和猪中流行的H1N1相似度高,HA的同源性达98.1%~99.7%,NA同源性98.6%~99.8%,与2009年暴发的A型H1N1流行株A/California/07/2009(H1N1)8个片段进行比对,核酸同源性高达99.1%~99.6%。     

一株H1N1亚型猪流感病毒的分离鉴定与进化分析

为探究猪流感病毒（SIV）的流行情况,本实验室2020年11月从广州市某养殖场采集病猪鼻拭子30份,将鼻拭子接种9日龄SPF鸡胚,增殖后分离到1株具有凝血特性的病毒,经特异性PCR鉴定为流感病毒,通过进一步测序发现该病毒为H1N1亚型,命名为A/swine/Neimeng/03/2020 （H1N1）。通过NCBI进行各基因片段的同源性比对,发现该病毒的基因与2000年左右的人H1N1亚型病毒同源性较高。通过构建系统遗传进化树发现,确认病毒株是由人流感病毒A/Dunedin/2/2000 （H1N1）演化而来。通过HA基因推导发现该病毒HA1蛋白与2009年墨西哥流感的流行毒株以及经典的H1N1毒株具有较大的抗原性差异,该病毒呈现较低的致病性,与其HA裂解位点基序（PSIQSRGLF）表现一致,呈低致病性特征。     

一株H1N1亚型猪流感病毒的分离鉴定及小鼠致病性的研究

为了初步了解从江苏某屠宰场分离鉴定出的一株猪源H1N1亚型猪流感病毒(SIV)A/Swine/Jiangsu/1070/2019(H1N1)的致病性,对该分离株纯化后进行全基因序列分析,测定其生物学特性,并以10⁶ EID₅₀病毒感染BALB/c小鼠。序列分析结果显示,该病毒HA基因的裂解位点为³³⁹PSIQSR↓G³⁴⁷,符合低致病性SIV的分子特征,与A/Swine/Jiangsu/J006/2018(H1N1)同源性最高达到98.94%,NA基因与A/Swine/Shandong/LY142/2017(H1N1)同源性最高达到98.79%,内部基因PB2、PB1、PA、M、NP和NS分别与2018年出现的不同猪源H1N1亚型具有高同源性,因此该病毒是一株在猪体内重组的病毒;病毒在鸡胚上的半数感染量(EID₅₀)为10^-8.5/0.1 mL,在MDCK细胞上的半数感染量(TCID₅₀)为10^-5.22/0.1...     

H5N1亚型猪流感病毒A／Swine／Fujian／1／01感染性克隆构建及其对小鼠致病性研究

2001年从福建某猪场分离到1株H5N1亚型猪流感病毒(SIV)A/Swine/Fujian/1/01(SW/FJ/1/01).SW/FJ/1/01对小鼠具有强致病性,致死率为100%,为进一步研究SW/FJ/1/01对BALB/c小鼠致病性的分子基础,本研究构建了SW/FJ/1/01的8个节段重组质粒构成的反向基因操作系统,成功拯救了病毒(R-SW/FJ/1/01).R-SW/FJ/1/01和野生型SW/FJ/1/01对BALB/c小鼠致病性没有差别.SW/FJ/1/01反向基因操作系统的建立为进一步阐明H5N1亚型SIV对哺乳动物模型BALB/c小鼠的致病机制等方面的研究奠定了基础.     

Reassortant H1N1 influenza virus vaccines protect pigs against pandemic H1N1 influenza virus and H1N2 swine influenza virus challenge

Influenza A (H1N1) virus has caused human influenza outbreaks in a worldwide pandemic since April 2009. Pigs have been found to be susceptible to this influenza virus under experimental and natural conditions, raising concern about their potential role in the pandemic spread of the virus. In this study, we generated a high-growth reassortant virus (SC/PR8) that contains the hemagglutinin (HA) and neuraminidase (NA) genes from a novel H1N1 isolate, A/Sichuan/1/2009 (SC/09), and six internal genes from A/Puerto Rico/8/34 (PR8) virus, by genetic reassortment. The immunogenicity and protective efficacy of this reassortant virus were evaluated at different doses in a challenge model using a homologous SC/09 or heterologous A/Swine/Guangdong/1/06(H1N2) virus (GD/06). Two doses of SC/PR8 virus vaccine elicited high-titer serum hemagglutination inhibiting (HI) antibodies specific for the 2009 H1N1 virus and conferred complete protection against challenge with either SC/09 or GD/06 virus, with reduced lung lesions and viral shedding in vaccine-inoculated animals compared with non-vaccinated control animals. These results indicated for the first time that a high-growth SC/PR8 reassortant H1N1 virus exhibits properties that are desirable to be a promising vaccine candidate for use in swine in the event of a pandemic H1N1 influenza.     

猪流感病毒H1N1分离株HA基因的克隆与序列分析

无锡某猪场发生不同程度的猪呼吸系统疾病.对发病猪采集鼻拭子,经双抗处理后,接种鸡胚,收集24 h后死亡的鸡胚尿囊液.对一株具有血凝性的病毒分离株进行RT-PCR鉴别,结果为H1亚型流感病毒.利用RT-PCR扩增尿囊液中的流感病毒HA基因.经pGEM-T easy载体克隆、序列测定和进化树分析,结果表明,在该猪群中分离获得的该株SIV为古典型H1N1.     

H3N2亚型猪流感病毒HA1基因的序列分析

猪流感(SI)是由猪流感病毒(SIV)引起的猪的一种急性、热性、高度接触性呼吸道传染病.单纯感染SI时死亡率低,继发或混合感染其他病原体时,死亡率显著升高,给养猪业造成巨大的经济损失;另外,由于猪呼吸道上皮细胞同时具有结合人流感病毒和禽流感病毒(AIV)的唾液酸受体(α-2,6和 α-2,3),这也赋予了猪可能具有充当禽流感病毒和哺乳动物流感病毒中间宿主和产生新重组株的"混合器"的作用[1],已有资料显示,猪流感病毒可直接感染人类,并可导致人死亡[2-4],中国是个养殖大国,及时监测猪流感的动态,分析其分子进化情况,不仅可为猪流感疫苗的及时更新提供基础理论依据,也可为人类流感和禽流感的监测与防制提供参考资料,具有重要的兽医传染病学和公共卫生学意义.     

猪流感病毒分离株A/swine/Shanghai/3/2014(H1N1)分子特性研究

采用套式PCR检测方法,结合鸡胚分离鉴定,从20份患呼吸道疾病猪的鼻咽拭子样品中分离到1株流感病毒。经亚型鉴定及全基因组序列分析,证实该分离株为H1N1流感病毒,命名为A/swine/Shanghai/3/2014(H1N1)。遗传进化分析表明该分离株与类禽猪流感病毒(Avian-Like H1N1)相似性最高。蛋白序列分析发现,该分离株具有低致病性流感病毒特征,即其HA蛋白的裂解位点为PSIQSR↓GLFGAI。此外,该基因中有7个潜在的糖基化位点,受体结合位点为108(Y)、148~152(GVTAA)、167(W)、197(H)、204~212(DQQ SLYQNA)和238~243(RDQEGR);其中225~228EQAG显示该分离株具有结合SAα2,6Gal受体的能力,证明该分离株具有感染哺乳动物的能力。同时PB2蛋白的627E、701N及NS蛋白的92D位点均证明了该分离株的低致病性和感染哺乳动物的能力。     

Pandemic A/H1N1/2009 influenza virus in swine, Cameroon, 2010

Although swine origin A/H1N1/2009 influenza virus (hereafter "pH1N1″) has been detected in swine in 20 countries, there has been no published surveillance of the virus in African livestock. The objective of this study was to assess the circulation of influenza A viruses, including pH1N1 in swine in Cameroon, Central Africa. We collected 108 nasal swabs and 98 sera samples from domestic pigs randomly sampled at 11 herds in villages and farms in Cameroon. pH1N1 was isolated from two swine sampled in northern Cameroon in January 2010. Sera from 28% of these herds were positive for influenza A by competitive ELISA and 92.6% of these swine showed cross reactivity with pandemic A/H1N1/2009 influenza virus isolated from humans. These results provide the first evidence of this virus in the animal population in Africa. In light of the significant role of swine in the ecology of influenza viruses, our results call for greater monitoring and study in Central Africa.     

Novel H1N2 swine influenza reassortant strain in pigs derived from the pandemic H1N1/2009 virus

Swine influenza monitoring programs have been in place in Italy since the 1990 s and from 2009 testing for the pandemic H1N1/2009 virus (H1N1pdm) was also performed on all the swine samples positive for type A influenza. This paper reports the isolation and genomic characterization of a novel H1N2 swine influenza reassortant strain from pigs in Italy that was derived from the H1N1pdm virus. In May 2010, mild respiratory symptoms were observed in around 10% of the pigs raised on a fattening farm in Italy. Lung homogenate taken from one pig showing respiratory distress was tested for influenza type A and H1N1pdm by two real time RT-PCR assays. Virus isolation was achieved by inoculation of lung homogenate into specific pathogen free chicken embryonated eggs (SPF CEE) and applied onto Caco-2 cells and then the complete genome sequencing and phylogenetic analysis was performed from the CEE isolate. The lung homogenate proved to be positive for both influenza type A (gene M) and H1N1pdm real time RT-PCRs. Virus isolation (A/Sw/It/116114/2010) was obtained from both SPF CEE and Caco-2 cells. Phylogenetic analysis showed that all of the genes of A/Sw/It/116114/2010, with the exception of neuraminidase (NA), belonged to the H1N1pdm cluster. The NA was closely related to two H1N2 double reassortant swine influenza viruses (SIVs), previously isolated in Sweden and Italy. NA sequences for these three strains were clustering with H3N2 SIVs. The emergence of a novel reassortant H1N2 strain derived from H1N1pdm in swine in Italy raises further concerns about whether these viruses will become established in pigs. The new reassortant not only represents a pandemic (zoonotic) threat but also has unknown livestock implications for the European swine industry.     

一株H9N2亚型猪流感病毒的遗传进化和致病性分析

本研究从有流感症状的病猪中分离到一株H9N2亚型猪流感病毒(SIV),命名为A/swine/Jiangsu/1/2015(SW/JS/1/15)。为探究其遗传特征和生物学特性,本研究采用RT-PCR技术扩增其全部基因节段后测序并进行遗传分析,并研究了其对鸡和豚鼠的致病特性。遗传进化分析显示,分离病毒SW/JS/1/15株是由BJ/94系、DK1系、G1系和F/98系4个分支病毒重组而成,8个基因节段均属于G57基因型。分离株HA蛋白裂解位点为PSRSSR*GL,符合低致病性流感病毒的特征。HA蛋白有9个潜在糖基化位点,其中218位糖基化位点缺失,145位与313位各新增一个糖基化位点。与疫苗株SH/F/98、SD/6/96、GD/SS/94相比,分离病毒HA抗原位点发生了G^90E、S^127R、S^145N、D^153G、N^167S、A^168N、A^198T、T^200R、N^201D、和Q^235M(H9numbering)突变;NA蛋白发生6个氨基酸突变:K^367R、K/E^368N、D^369N、D^401E、K^143N和T^434P。同时NA蛋白颈部缺失aa63~aa65。分离病毒的8个基因节段与2株禽源H9N2病毒的相应基因高度同源,其6个内部基因与两株人源H7N9病毒的内部基因高度同源。致病性试验结果显示分离病毒可以感染鸡和豚鼠,但不能在豚鼠群内水平传播,且可能作为H7N9等新型流感病毒内部基因供体,同时表明猪可以感染禽流感病毒(AIV),且可能是AIV获得感染哺乳动物能力的过渡宿主。本研究为H9N2亚型SIV的致病性以及遗传特征的研究提供科学依据。