两种双酶切组合在细鳞鱼AFLP体系中的比较分析

采用Tru9Ⅰ/EcoRⅠ和TaqⅠ/PstⅠ两种限制性内切酶酶切组合对细鳞鱼Brachymystax lenok pallas的遗传多样性进行研究,探索适合其AFLP的双酶切体系。每种双酶切组合体系分别选用20对选择性扩增引物进行扩增。结果表明：采用Tru9Ⅰ/EcoRⅠ组合共扩增出了739个位点,其中多态性位点为336个,每对引物组合扩增的位点为21-45,位点多态性百分比为45.47%,平均Shannon氏指数为0.2739;而采用TaqⅠ/PstⅠ组合共扩增出了759个位点,多态性位点为405个,每对引物组合扩增的位点为29-53,位点多态性百分比为53.36%,平均Shannon氏指数为0.3144。表明,对细鳞鱼进行AFLP分析时,TaqⅠ/PstⅠ的酶切体系呈现出更大的多态性,能提供更多的可供分析研究的数据,更适用于细鳞鱼基因组分析。     

两种双酶切组合在细鳞鱼AFLP体系中的比较分析

采用Tru9Ⅰ/EcoRⅠ和TaqⅠ/PstⅠ两种限制性内切酶酶切组合对细鳞鱼Brachymystax lenok pallas的遗传多样性进行研究,探索适合其AFLP的双酶切体系。每种双酶切组合体系分别选用20对选择性扩增引物进行扩增。结果表明:采用Tru9Ⅰ/EcoRⅠ组合共扩增出了739个位点,其中多态性位点为336个,每对引物组合扩增的位点为21⁴5,位点多态性百分比为45.47%,平均Shannon氏指数为0.2739;而采用TaqⅠ/PstⅠ组合共扩增出了759个位点,多态性位点为405个,每对引物组合扩增的位点为2945,位点多态性百分比为45.47%,平均Shannon氏指数为0.2739;而采用TaqⅠ/PstⅠ组合共扩增出了759个位点,多态性位点为405个,每对引物组合扩增的位点为29⁵3,位点多态性百分比为53.36%,平均Shannon氏指数为0.3144。表明,对细鳞鱼进行AFLP分析时,TaqⅠ/PstⅠ的酶切体系呈现出更大的多态性,能提供更多的可供分析研究的数据,更适用于细鳞鱼基因组分析。     

AFLP分子标记技术及应用研究进展

扩增片段长度多态性技术A(FLP)是一项新发展的分子标记技术,它基于选择性扩增完全酶切消化后的基因组D NA片段,包括酶切与连接、选择性扩增和检测分析3个步骤。该技术综合了RFLP的可靠性和RA PD的高效性,可适用于任何来源和各种复杂度的DNA。在此论述了该技术的基本原理、特点和技术流程,及近年来的发展与应用研究。     

马铃薯EcoRⅠ/MseⅠ内切酶组合AFLP反应体系的优化与引物筛选

以2个马铃薯品种为材料,对AFLP反应过程中的关键因素(DNA浓度、酶切体系、扩增体系等)进行了优化,旨在建立适合马铃薯的EcoRⅠ/MseⅠ内切酶组合的AFLP反应体系和筛选扩增条带丰富的引物。结果发现,优化的马铃薯AFLP反应体系为37℃酶切4 h,37℃连接4 h,连接产物稀释10倍用于预扩增,预扩增产物稀释30倍用于选择性扩增。利用建立的优化反应体系,以10个甘肃省主栽马铃薯品种为材料,从256对引物组合中筛选出24对扩增条带多、条带清晰、多态性好的引物组合。     

花生DNA三种不同限制酶切组合的AFLP多态性标记分析

利用扩增片段长度多态性(Amplified fragment length polymorphism,AFLP)标记技术,3种不同的酶切组合,其中EcoRⅠ/MseⅠ240对引物、PstⅠ/MseⅠ96对引物、PstⅠ/TaqⅠ96对引物,对汕油162×Sunoliec95R作图亲本进行分析,统计了不同酶切组合的扩增总带数、多态性位点及多态性率。多态性位点、多态性率及扩增总带数都有不同程度的差异,说明尝试不同的限制酶组合可以揭示出花生品系间更为丰富的遗传变异。有望开发AFLP分子标记,为花生分子育种打下基础。     

食用菌纤维素内切酶的分子建模与分析

采用SWISS-MODEL、Discovery Studio等生物信息方法预测和分析食用菌纤维素内切酶(EG)分子的三级结构.结果显示:草菇(V.volvacea)和云芝(T.hirsuta)EG的分子外形呈“桶”状,由外层的alpha -螺旋和内层的beta-折叠组成,无规卷曲位于其2个底面;草菇EG的R129作为盐键形成中心,参与形成6个盐键,其催化残基E215和E248参与形成5个氢键,而里氏木霉(T.reesei) EG II的催化残基参与形成3个氢键.基于EG连接区和催化相关序列氢键分析,认为草菇和云芝的该区域相关碱基或氨基酸可进行突变和优化.目前未见对草菇和云芝EG的分子建模的研究报道.此研究对于食用菌纤维素内切酶结构的深入了解和结构优化及应用具有重要的意义和价值.     

小麦锈菌AFLP分子标记技术体系的建立*

 以小麦条锈菌、杆锈菌、叶锈菌的夏孢子为材料，通过DNA提取、酶切、PCR扩增、凝胶电泳等系列程序摸索和优化，建立了锈菌的AFLP分子标记体系如下: 40μL酶切体系中采用了EcoRI,TrulI各5U,37℃3h,65℃3h双酶切4μL100ng/μL的DNA; 然后加入10μL连接混合液22℃连接3h,16℃10h; 连接产物5μL,10μmol/LEcoRI,10μmol/LTru1I预扩引物各1.5μL,PCR反应液25μL,ddH₂O17μL进行预扩;预扩产物稀释20倍后取 5μL,50ng/μL EcoRI,Tru1I选扩引物各1μL,PCR反应液10μL,ddH₂O3μL体系进行选择性扩增。为研究小麦锈病和其他真菌性病害的分子标记克隆及抗病育种的辅助选择提供了有力工具。     

油茶AFLP分子标记体系的建立

以油茶DNA为材料,对AFLP分析中的基因组DNA酶切用量、连接液稀释倍数、预扩增产物稀释倍数、Mg(2+)浓度等4个因素进行优化比较.结果表明,用EcoR I和Mse I双酶切500ng基因组DNA效果最好,酶切产物加接头后稀释10倍进行预扩增效果较好.在Mg(2+)浓度为50μmol/L时,预扩增产物稀释90倍作为...     

花生DNA分子标记的研究Ⅲ不同限制酶组合AFLP分析效果比较

采用了28对EcoR I/Mse I AFLP选择性扩增引物、64对Pst I/Taq I AFLP选择性扩增引物,对 作图亲本24-3、B4及其杂种F1进行了分析,统计了两种限制酶组合的扩增总带数、多态性带数及多 态性率。秩和检验结果说明,两种限制酶组合AFLP每对引物扩增出的总带数无显著差异,而多态性条 带数目以及多态性率均有极显著的差异。证明尝试不同的限制酶组合可望揭示出花生品系材料间更 为丰富的遗传变异性。     

花生DNA分子标记的研究 III 不同限制酶组合AFLP分析效果比较

 采用了28对EcoR I/Mse I AFLP选择性扩增引物、64对Pst I /Taq I AFLP选择性扩增引物，对作图亲本24-3、B4及其杂种F1进行了分析，统计了两种限制酶组合的扩增总带数、多态性带数及多态性率。秩和检验结果说明，两种限制酶组合AFLP每对引物扩增出的总带数无显著差异，而多态性条带数目以及多态性率均有极显著的差异。证明尝试不同的限制酶组合可望揭示出花生品系材料间更为丰富的遗传变异性。     

绿色木霉AS3.3711的葡聚糖内切酶Ⅰ基因的克隆与表达

采用RTPCR方法克隆到绿色木霉AS3.3711的葡聚糖内切酶Ⅰ(EGⅠ)的cDNA序列,测序后构建到酿酒酵母诱导型表达载体pYES2上,转化酿酒酵母,转化子用2%的βD半乳糖进行诱导,用Northern杂交、刚果红染色法和CMC糖化力法分别对目的基因的转录和表达产物的葡聚糖内切酶活性进行检测.结果表明,EGⅠ的cDNA基因开放阅读框长度为1377bp,编码459个氨基酸,推测蛋白质分子量为48.1kD.刚果红染色显示,转化子可产生明显的水解圈;CMC酶活检测显示该基因能在酿酒酵母中表达有生物活性的EGⅠ并分泌到胞外.发酵液中的酶活在培养60h达到最高0.06UmL,最适酶解温度为50℃,最适pH值为5.4.     

大竹蛏AFLP分子标记反应体系的建立与优化

[目的]建立一套适合大竹蛏的AFLP分子标记反应体系,为大竹蛏的遗传多样性研究提供技术支持。[方法]采用比较实验法,以大竹蛏基因组DNA为模板,对其AFLP体系中的酶切时间、预扩产物稀释倍数及选扩引物E＋3/M＋3的配比等进行优化。[结果]优化的AFLP体系为：酶切时的DNA模板浓度为100 ng/μl,双酶切2 h;预扩模板最佳用量1.0μl;预扩产物的最适稀释倍数为40倍;选扩引物浓度配比为1∶4。同时,筛选出12对引物组合,可用于大竹蛏的AFLP分析。[结论]采用优化的AFLP反应体系及筛选后的引物,对大竹蛏群体进行了初步扩增,得到了清晰的电泳图谱。     

椰子AFLP分子标记反应体系的建立

以椰子叶片为试材,通过对AFLP反应体系中的几个关键因素进行优化,建立了适宜椰子的AFLP分子标记反应体系。本研究最终确定了20μL PCR反应体系的最佳条件为:预扩增产物稀释20倍液2μL,dNTPs 0.5μL,引物1.0μL,Taq聚合酶0.2μL,MgCl22.0μL。该优化体系稳定可靠,适合应用于椰子AFLP分析。     

木霉AFLP分子标记技术体系的建立

以摇床培养的木霉菌丝为材料,采用液氮研磨等方法提取到高质量的基因组DNA,能够用于AFLP实验分析,探索和优化酶切-连接反应、预扩增和选择性扩增反应过程中的关键因素,建立了适合木霉AFLP的最佳试验体系和反应条件。利用该技术体系对不同时期保存的菌株及融合子进行AFLP指纹分析,发现不同时期保存的同一菌株指纹相同,融合子指纹兼有亲本菌株的特性。通过对木霉AFLP条件的探索和研究,建立了木霉基因组AFLP反应体系,得到的扩增多态性条带完全能够用于木霉遗传稳定性和多样性分析。     

芒果AFLP分子标记体系的建立

[目的]构建我国芒果主要栽培品种的AFLP分子标记体系。[方法]供试31个芒果品种为：Banganapalli、台农1号、桂热10号、Carabao、Nang Klang wun、泰国506、紫花、Keitt、粤西1号、斯里兰卡811、龙井大芒、红象牙、小菲、泰国504、Spooner、R2E2、串芒、鹦鹉芒、Irwin、金煌、Kent、海豹、Haden、Dashehari、Neelum、桂香、Ono、白象牙、Bambaroo、Macheso、Zill。以粤西1号芒果幼嫩叶片为材料探索提取高质量DNA的方法,为了获得更高质量和数量的基因组DNA,对曾杰的方法进行了下列改良：A、用2％的CTAB提取液,其他不变;B、用3％的CTAB提取液,但在提取后只用氯仿异戊醇提取2次;C、用3％的CTAB提取液,但在提取后用氯仿异戊醇提取1次;D、用3％的CTAB提取液,但在提取后用酚氯仿异戊醇提取1次。用供试品种中的台农1号、Carabao、Keitt、Kent对64对引物组合进行筛选,其中8个EcoRI引物分别是E—AAC、E—AAG、E—ACA、E—ACT、E—ACC、E—ACG、E—AGC、E;AGG,8个MseI引物分别是M-CAA、M-CAC、M-CAG、M-CAT、M—CTA、M-CTC、M-CTG、M-CTT。利用AFLP分子标记在DNA水平上对芒果进行遗传多样性研究。[结果]4种方法提取的DNA较完整,均可得到明亮清晰的主带。且综合比较,用B方法（即采用较高浓度的提取液,提取后用氯仿异戊醇提取2次）可获得高质量、高纯度DNA,可用于芒果AFLP标记分析。供试64对引物组合中适用于芒果种质资源AFLP分析的引物组合共14对,分别是E—ACC／M-CAC、E—AAC／M-CAT、E—AAG／M-CAC、E-AAG／MoCAT、E—ACA／M-CAC、E—ACA／M-CAG、E—ACA／M-CAT、E—ACA／M-CTA、E．ACT／M-CAC、E—ACC／M—CTC、E—ACC／M—CTG、E-AG＆M-CAG、E．AGC／M—CTA、E—AGC/M-CTC。这14对引物组合在31份芒果种质中共扩增出1761条带,其中多样性带比例为97％。平均每对引物产生125．8条带和121．6条多样性带。14对引物均可将上述31个品种完全区别开来,其中E—ACA／M-CAT和E-AGC／M-CTC引物组合多态性最大,达100％,可用于芒果品种指纹图谱构建。[结论]利用AFLP可以高效检测芒果种质资源分子标记多样性。     

利用AFLP分子标记鉴定苹果梨的分类地位

苹果梨是梨属中优良的抗寒种质资源,但关于其分类地位一直存在争议。利用AFLP分子标记技术对其进行研究,通过聚类分析和遗传相似系数分析,重点探讨了苹果梨在DNA水平上的分类地位,认为将苹果梨归为白梨系统较为适宜。     

分子标记技术新进展——以几种新型标记为例

DNA分子标记是基于DNA序列变异的遗传标记,自诞生至今已开发出几十种分子标记,各有优缺点,尽管容量差异显著,但都具有一个共同点,即必须使用分子杂交、聚合酶链式反应、电泳等检测手段,要么效率低,要么成本高。海量平行测序技术已广泛应用于基因组测序,同时也在逐步影响高通量、低成本新型分子标记的开发和应用。简要介绍了几种新型分子标记及其在遗传学研究上的应用。     

AFLP分子标记技术及其在家蚕遗传育种中的应用

AFLP(Amplified Fragment Length Polymorphism)技术是一种高效的基因组DNA多态性分析技术,具有在一次实验中可同时观察到大量限制性片段的优点.阐述了AFLP的基本原理和实验操作方法,综述了AFLP技术在家蚕分类和亲缘关系分析、品种(杂种)鉴定、构建遗传图谱、基因定位及分子标记辅助育种等方面的应用.展望了AFLP标记技术在蚕业科研中的应用前景.     

高丹草AFLP分子遗传连锁图谱的构建

【目的】对高丹草低氢氰酸含量及产量等重要性状进行QTL定位,构建其AFLP分子遗传连锁图谱,为分子标记辅助育种等研究奠定基础。【方法】以散穗高粱×红壳苏丹草杂种F2代305个分离单株为作图群体,利用AFLP分子标记技术先从供试AFLP引物中筛选适宜引物对,再用这些引物对对其供测群体进行PCR扩增;根据扩增原始数据,利用Join Map 3.0作图软件进行高丹草分子遗传连锁图谱构建。【结果】从113对AFLP引物组合中筛选出了25对多态性丰富、重复性好、条带清晰的适宜引物,对高丹草F2分离群体305个单株的基因组DNA扩增,得到444个AFLP分子标记位点,据此构建的高丹草遗传图谱包含10个连锁群,覆盖的基因组总长度为1 468.12cM,各连锁群的长度变幅为114.24~189.34cM,标记间平均图距为3.38cM。【结论】成功构建了一张密度较高的高丹草分子遗传连锁图谱。     

一种基于Xcm Ⅰ酶切的pUC19-T载体的构建（摘要）

[目的]构建以pUC19质粒为基础可利用XcmⅠ内切酶制备的T载体。[方法]化学合成2条含有双XcmI酶切位点的互补寡聚核苷酸链,经过变性、复性后克隆入pUC19质粒的HindⅢ和BamHⅠ位点之间,通过XcmI酶切后得到一个线性化的带有3末端突出一个T碱基的T载体。[结果]经TA克隆验证,制备的pUC19-HB-T载体对PCR产物的克隆率达到95%以上。[结论]所构建的pUC19-HB-T载体可用于PCR产物的克隆、测序及后续分子生物学操作。