蒙古羊Hoxc8基因甲基化与胸椎数量的关系

为了研究蒙古羊Hoxc8基因的甲基化与胸椎数的关系,试验采用亚硫酸氢盐测序PCR方法进行检测.结果表明:蒙古羊的14枚胸椎个体(T14)占26.1%,7枚腰椎个体(L7)占69.5%,其中Hoxe8 exon-1含27个CpG.T13型个体的甲基化CpG分别为6,3,6;T14型个体的甲基化CpG分别为23,20,21...     

蒙古羊Hoxc8基因甲基化与胸椎数量的关系

为了研究蒙古羊Hoxc8基因的甲基化与胸椎数的关系,试验采用亚硫酸氢盐测序PCR方法进行检测。结果表明:蒙古羊的14枚胸椎个体(T14)占26.1%,7枚腰椎个体(L7)占69.5%,其中Hoxc8 exon-1含27个CpG。T13型个体的甲基化CpG分别为6,3,6;T14型个体的甲基化CpG分别为23,20,21。T13和T14的甲基化比例平均值分别为(18.500±0.064)%和(79.030±0.056)%(P=0.002)。T14蒙古羊Hoxc8 exon-1的甲基化功能区(120～142个碱基)的CpG胞嘧啶全部甲基化,而T13则相反。说明蒙古羊Hoxc8 exon-1甲基化CpG的密度和数量影响Hoxc8基因的表达,并且调控胸椎的发育。     

多脊椎蒙古羊Hoxc8 exon-1甲基化分析

研究旨在探索多脊椎蒙古羊多脊椎性状与Hoxc8 exon-1的甲基化比例是否可以成为多脊椎蒙古羊早期选种的DNA分子标记。克隆多脊椎蒙古羊(14个胸椎)和正常蒙古羊(13个胸椎)的Hoxc8 exon-1,超声波破碎基因组DNA并变性。用5-甲基胞嘧啶抗体做选择性免疫反应,经抗体结合磁珠免疫沉淀,分离纯化甲基化DNA。设计2对多脊椎蒙古羊Hoxc8exon-1引物进行实时定量PCR,分别分析免疫沉淀后的甲基化DNA浓度。引物P2扩增,6只多脊椎蒙古羊和4只正常蒙古羊样本校正后的甲基化DNA浓度分别为11.50%、11.00%、5.28%、4.49%、2.89%、2.41%和1.20%、0.60%、0.35%、0.03%,两实验组差异显著(P<0.05)。引物P1扩增,两实验组甲基化DNA浓度差异不显著(P>0.05)。P2引物扩增Hoxc8exon-1的甲基化DNA浓度可以作为多脊椎蒙古羊早期选种的DNA分子标记。     

绵羊前体脂肪细胞分化过程中HOXC8 DNA甲基化的研究

为阐明小尾寒羊HOXC8DNA甲基化程度在前体脂肪细胞分化过程中的作用,本研究以小尾寒羊皮下前体脂肪细胞为实验材料,利用生物信息学软件和亚硫酸氢盐测序(Bisulfite Sequencing PCR,BSP)分析HOXC8启动子区和第1外显子区序列的CpG岛和甲基化水平;采用qPCR技术检测在绵羊前体脂肪细胞分化过程...     

绵羊FUT8基因多态性及其与生长性状的关联分析

【目的】研究岩藻糖基转移酶8(fucosyltransferase 8,FUT8)基因g.74522417 C>T位点多态性及其对绵羊生长性状的影响,为绵羊分子育种筛选新的遗传标记。【方法】采用Sequenom MassARRAY~? SNP分型技术、Illumina OvineSNP 600K BeadChip及Illumina OvineSNP 50K BeadChip芯片检测技术对湖羊(n=992)和乌珠穆沁羊群体(n=333)FUT8基因g.74522417 C>T位点进行分型,并将其多态性与湖羊和乌珠穆沁羊的生长性状进行关联分析。【结果】FUT8基因g.74522417 C>T位点在乌珠穆沁羊和湖羊群体中均检测出3种基因型：CC、TC和TT。群体遗传分析表明,g.74522417 C>T位点在乌珠穆沁羊和湖羊群体中均处于中度多态(0.25T位点在乌珠穆沁羊和湖羊群体中均处于哈代-温伯格平衡状态(P>0.05)。关联分析结果表明,FUT8基因g.7452241...     

兰坪乌骨绵羊SLC17A8基因生物信息学分析

根据NCBI收录的绵羊SLC17A8(Solute Carrier Family 17 Member 8)基因序列设计特异性引物,利用PCR技术扩增兰坪乌骨绵羊SLC17A8基因外显子区,经测序后拼接序列,并对编码区序列以及翻译后蛋白序列进行蛋白结构预测.结果显示,兰坪乌骨绵羊SLC17A8基因编码区长为1770 bp...     

SLC7A11基因与动物色素的形成

黑色素广泛分布于微生物、植物和动物体内并扮演了重要的生理功能.SLC7A11基因是新近发现的功能新基因控制脱黑色素合成从而影响到真黑色素与总黑色素的比例,进而改变了动物的毛色和肤色.综述了黑色素的形成过程,并详细分析总结了SLC7A11基因特征及其变异对动物肤色的影响,为研究乌骨绵羊和乌骨鸡乌质性状形成的分子基础提供依据.     

河南地方绵羊品种LHR基因的多态性分析

本研究采用聚合酶链式反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)分析方法检测3个绵羊的促黄体素受体(LHR)基因第11外显子的多态性.结果表明,促黄体素受体(LHR)外显子11在小尾寒羊、大尾寒羊和豫西脂尾羊中存在3种基因型,记为AA、BB和AB.小尾寒羊、大尾寒羊和豫西脂尾羊的AA、BB和AB基因型频率分别为:0.045...     

SLC7A11基因与动物色素的形成

黑色素广泛分布于微生物、植物和动物体内并扮演了重要的生理功能。SLC7A11基因是新近发现的功能新基因控制脱黑色素合成从而影响到真黑色素与总黑色素的比例,进而改变了动物的毛色和肤色。综述了黑色素的形成过程,并详细分析总结了SLC7A11基因特征及其变异对动物肤色的影响,为研究乌骨绵羊和乌骨鸡乌质性状形成的分子基础提供依据。     

乌珠穆沁羊生长分化因子11基因外显子1序列CpG位点的甲基化模式分析

为了探讨乌珠穆沁羊生长分化因子11 (growth differentiation factor 11,GDF11)基因外显子1的甲基化模式,本研究采用亚硫酸氢盐测序PCR (BSP)的方法对普通乌珠穆沁羊和多脊椎乌珠穆沁羊GDF11基因外显子1的甲基化水平进行检测,通过检测发现普通乌珠穆沁羊GDF11基因外显子1的平均甲基化率为0.123,多脊椎乌珠穆沁羊的平均甲基化率为0.569,差异显著性检验表明这两组数据间差异极显著(P<0.01),即多脊椎乌珠穆沁羊GDF11基因外显子1中的CpG甲基化率极显著高于普通乌珠穆沁羊(P<0.01).通过分析GDF11基因外显子1的13个CpGs位点发现,多脊椎乌珠穆沁羊CpG_11和CpG_13位点的甲基化率值最高,达到90%,推测这两个位点的甲基化可能与乌珠穆沁羊的脊椎数增加有关,是导致多脊椎发生的主要原因.     

Analysis of the CpG Methylation Pattern on GDF11 Gene Exon 1 in Ujumqin Sheep

In order to investigate the methylation patterns on growth differentiation factor 11 (GDF11) gene exon 1 in Ujumqin sheep,we compared the level of methylation of GDF11 gene exon 1 in common Ujumqin sheep (CUS) and multi-vertebrae Ujumqin sheep (MUS) using the bisulfite sequencing PCR (BSP) method.The results showed that the average methylation rate of GDF11 gene exon 1 for MUS was extremely significantly higher than that for CUS (P<0.01),the average methylation rate of common Ujumqin sheep and multi-vertebrae Ujumqin sheep were 0.123 and 0.569.Analysis of 13 CpGs of GDF11 gene exon 1 showed that the CpG_11 and CpG_13 methylation sites had the highest methylation rate with a combined methylation value of 90% for MUS.Our results suggested that differential DNA methylation of GDF11 gene exon 1,in particular at these two sites,might cause the increase in the number of vertebrae in Ujumqin sheep.     

绵羊、山羊内源肺腺瘤病毒启动子甲基化修饰检测

为分析绵羊和山羊内源性肺腺瘤病毒启动子甲基化修饰状况,参照绵羊、山羊内源性肺腺病毒gag基因上游非编码区序列CpG岛设计特异性甲基化引物,采用甲基化特异性PCR（MSP）方法检测了5只绵羊和5只山羊胎儿的肺脏、皮肤、血液基因组内源性病毒基因启动子区甲基化情况.结果表明：山羊和绵羊肺脏、皮肤、血液基因组中均存在甲基化和非甲基化的内源性肺腺瘤病毒启动子.     

蒙古羊Hoxd11基因CpG位点分布特征分析

蒙古羊的Hoxd11基因全长1 772 bp。其中exon-1为778 bp,exon-2为236 bp,内含子为758 bp(Gen-Bank Accession No.GU059862)。Hoxd11 exon-1序列共有120个CpG,其中位于密码第1～2位的CpG共8个,全都编码精氨酸。位于密码第2～3位的CpG共47个,占所有CpG的39.17%(47/120),分别编码5个丝氨酸,18个脯氨酸,2个苏氨酸,22个丙氨酸。Hoxd11 exon-1的CpG数量明显高于第2外显子(12个)。Hoxd11exon-1序列中的高密度CpG,提示这个序列有可能是甲基化的高发区。这对于进一步分析这个基因对调控腰椎发育的作用,具有重要意义。     

Analysis of DNA Methylation and mRNA Expression Level of MSTN Gene in Xinjiang Bashiby Sheep

In order to investigate DNA methylation and expression levels of myostatin (MSTN) gene in mscule and fat, 5 months of age of Bashiby sheep were selected, the promoter region and exon 1 methylation levels of MSTN gene was analyzed using bisulfite sequencing PCR (BSP). Real-time PCR was used to detect the expression level of MSTN gene in biceps femoris, femoral triceps, semitendinosus, semimembranosus, longissimus dorsi muscle and tail fat of Bashiby sheep. The results showed that the methylation probability of muscle was higher than fat, the methylation probability of biceps femoris, femoral triceps, semitendinosus, semimembranosus, longissimus dorsi muscle and tail fat were 74.2%, 74.2%, 83.2%, 83.7%, 82.1% and 25.3%, respectively. The expression levels of MSTN gene in biceps femoris, femoral triceps, semitendinosus, semimembranosus, longissimus dorsi muscle were significantly lower than tail fat in Bashiby sheep (P < 0.05), but there were no significant difference among biceps femoris, femoral triceps, semitendinosus, semimembranosus and longissimus dorsi muscle (P > 0.05).The DNA methylation was negatively correlated with the expression levels in muscle and fat of Bashiby sheep (r=-0.886, P < 0.05).     

新疆巴什拜羊肌肉生长抑制素基因DNA甲基化与mRNA表达量分析

为了探究肌肉生长抑制素（myostatin,MSTN）基因在肌肉和脂肪中的DNA甲基化模式及mRNA表达水平,试验以5月龄巴什拜羊羔羊为研究对象,采用亚硫酸氢盐测序法（bisulfite sequencing PCR,BSP）检测MSTN基因启动子区和第1外显子甲基化模式,并通过实时荧光定量PCR检测MSTN基因在巴什拜羊股二头肌、股三头肌、半腱肌、半膜肌、背最长肌和尾脂中的mRNA表达水平。结果显示,肌肉组织甲基化概率高于脂肪组织,其中,股二头肌、股三头肌、半腱肌、半膜肌、背最长肌和尾脂的甲基化概率分别为74.2%、74.2%、83.2%、83.7%、82.1%和25.3%,MSTN基因在股二头肌、股三头肌、半腱肌、半膜肌、背最长肌中的表达水平显著低于尾脂（P < 0.05）,股二头肌、股三头肌、半腱肌、半膜肌和背最长肌之间差异不显著（P > 0.05）,巴什拜羊肌肉和脂肪MSTN基因DNA甲基化水平与MSTN基因表达量呈显著负相关（r=－0.886,P < 0.05）。     

Whole Genome Methylation Variation Analysis of Longissimus Dorsi Between Tan Sheep and Hu Sheep

It aimed to identify the differential methylation region (DMR) and differential methylation gene (DMG) through the analysis of the genome-wide methylation difference of the longest muscle of the sheep's back of different breeds of sheep,and laid the foundation for the analysis of the differences in sheep skeletal muscle development.In this study,one-year-old sheep(Tan sheep and Hu sheep and Tan-Hu F2) were sanned by the whole genome bisulfite sequencing method(WGBS).The degree of methylation and differentially methylated region in the whole genome DNA of longissimus dorsi(LD) muscle were studied to explore the difference of DNA methylation in level in sheep.The results showed that the methylation (mC) rates of cytosine (C) were 3.55%,3.18% and 3.56% in Tan sheep,Hu sheep and Tan-Hu F2,respectively.A total of 97 731 DMRs and 10 784 related DMGs were detected.In CG,CHH and CHG sequences,the methylation levels of the three groups were not significantly different.419 GO terms and 20 related signal pathways were detected by GO and KEGG analysis,respectively,which were showed to be significantly enriched in cellular process,cell part,binding,long-term depression,and so on.Five candidate genes,ACTA2、ROCK1、CALD1、MYH3 and MYH10 were sreened out in muscle tissues.This study provided genome-wide methylation of pattern of three groups (Tan sheep and Hu sheep and Tan-Hu F2).The results provided reference information for the epigenetic study of Tan sheep and screened candidate genes related to muscle development and meat quality.     

滩羊和湖羊背最长肌全基因组甲基化差异分析

本研究旨在通过不同品种绵羊背最长肌的全基因组甲基化差异分析,鉴定差异甲基化区域（DMR）和差异甲基化基因（DMG）,为解析绵羊骨骼肌发育差异奠定基础。采用全基因组重亚硫酸盐测序（WGBS）技术开展了周岁龄滩羊、湖羊和滩湖F2代背最长肌全基因组DNA的甲基化水平检测和差异甲基化区域分析,探讨品种间DNA甲基化水平的差异。结果显示,全基因组范围内滩羊、湖羊和滩湖F2代胞嘧啶（C）甲基化（mC）率分别为3.55%、3.18%和3.56%,3个群体的甲基化水平基本一致。对滩羊和湖羊的甲基化水平进行比较,在不同序列环境下共检测到97 731个DMRs和10 784个DMGs。在CG、CHH、CHG序列环境下3个群体甲基化水平无显著差异。对DMGs通过基因本体（GO）和相关信号通路（KEGG）分析,共检测到419个GO条目和20个信号通路,显著富集在细胞过程、细胞组分、结合、长期抑制等相关条目中。筛选出5个与肌肉调控有关的候选基因ACTA2、ROCK1、CALD1、MYH3、MYH10。本研究绘制了滩羊、湖羊和滩湖F2代全基因组甲基化图谱,为表观遗传调控肌肉发育研究和肉质候选基因的筛选提供理论参考。     

ITGB2基因在苏博美利奴羊不同细度皮肤组织中的DNA甲基化及mRNA表达水平分析

本研究旨在分析ITGB2基因在苏博美利奴羊不同细度皮肤组织中的DNA甲基化和mRNA表达水平。以苏博美利奴羊周岁母羊为试验动物,以不同细度的皮肤组织样为试验样本,对ITGB2基因（GenBank登录号：NC_040252.1）启动子区CpG岛进行预测并设计BSP引物,并对ITGB2基因（GenBank登录号：NM_001009485.1）、GAPDH基因（GenBank登录号：NM_001190390.1）mRNA序列设计引物,采用重亚硫酸盐测序法（BSP法）进行扩增纯化后将其连接pMD19-T载体,转化JM109细胞过夜培养,形成单菌落,筛选阳性克隆菌进行测序,对所获序列进行分析,分析ITGB2基因启动子区CpG岛在周岁母羊皮肤组织的甲基化模式,并运用实时荧光定量PCR检测ITGB2基因在苏博美利奴羊不同细度皮肤组织中的mRNA表达水平。结果显示,极细组苏博美利奴羊CpG岛甲基化率（94.29%）高于极粗组苏博美利奴羊的CpG岛甲基化率（87.62%）,其中,极细组苏博美利奴羊CpG2、CpG3、CpG4、CpG7甲基化率（100%、100%、100%和80.00%）均高于极粗组（86.67%、93.33%、80.00%和73.33%）;ITGB2基因在苏博美利奴羊极粗皮肤组织中的表达量极显著高于极细皮肤组织的表达量（P < 0.01）,且ITGB2基因的DNA甲基化水平与mRNA表达量呈明显负相关。研究表明,DNA甲基化对皮肤生长发育有一定作用,可作为一个候选的表观遗传标记用于苏博美利奴羊。