适体SELEX筛选中单链DNA的制备

探讨建立适体SELEX筛选中单链DNA(ssDNA)的制备方法,生成适体筛选的次级库,为适体SELEX筛选奠定基础.将PCR扩增后带生物素标记的双链DNA(dsDNA)连接在链霉亲和素标记的凝胶上,用NaOH变性解链制备ssDNA.利用荧光法分析dsDNA与凝胶结合所需的时间及NaOH对生物素与链霉亲和素标记凝胶结合的...     

氨基甲酸酯类农药适体筛选技术的建立

体外构建1个长度为91个核苷酸、内含30个随机序列的单链DNA(ssDNA)文库,运用指数富集的配基系统进化技术(SELEX),以氨基甲酸酯类农药的混合药剂作为靶分子,基于核酸分子与靶分子结合时构象会发生改变的原理,分离与靶分子结合的适体,并利用碱裂解法制备ssDNA次级文库.此方法优点在于不需要对农药小分子进行改造.经过9轮循环筛选,对氨基甲酸酯类混合农药的筛选效率从0.70上升到13.32,获得了有特异性的适体.本研究建立了一种非改造型农药小分子适体筛选的新方法,为农药残留快速检测提供条件.     

一种适用于SELEX技术的单链DNA制备方法

为了建立一种简单、高效制备高纯度单链DNA方法,用于SELEX技术筛选过程中次级文库的筛选,对制备链霉亲和素磁珠的实验条件进行了优化,确定了对称PCR产物与链霉亲和素磁珠偶联的最佳时间和饱和度,并验证了不同浓度NaOH对解链效果的影响,建立了适于SELEX技术的单链DNA制备体系。利用荧光法和聚丙烯酰胺凝胶电泳对本实验所建立方法及传统不对称PCR法制备单链DNA的回收效率和纯度进行了比较,结果表明在最优实验条件下用磁性分离法制备的单链DNA纯度及回收效率均显著高于不对称PCR法。     

运用SELEX技术筛选嗜水气单胞菌适配子

以嗜水气单胞菌为研究对象,采用适体筛选技术（ SELEX, system evolution of ligands by exponential enrichment）,利用体外合成的长度为J8个核苷酸的随机ssDNA文库,以嗜水气单胞菌为靶目标进行12轮的筛选,利用生物素一抗地高辛碱性磷酸酶显色系统检测DNA适配子与嗜水气单胞菌的亲和力．研究结果表明：随着筛选轮数的增加,DNA适配子与嗜水气单胞菌结合后显色,A（absorbance）值逐渐增加,亲和力由最初的0．32升到第9轮的0．72．研究已初步筛选到与嗜水气单胞菌具有高亲和力的DNA适配子,为嗜水气单胞菌的二级结构研究及其检测试剂盒的研发提供了基础．     

SELEX技术及其应用前景

SELEX技术又称指数级富集的配体系统进化技术,其原理是从随机寡核苷酸文库中筛选到能特异性结合靶物质的寡核苷酸配体(称为适配子).由于适配子与靶物质结合的特异性和亲和力可与抗体媲美,SELEX技术已经被广泛应用于生命科学各个领域的研究工作中,显示出良好的应用前景.     

降解毒死蜱菌株筛选及特性初探

为分离筛选对毒死蜱具有降解作用的菌株,为微生物修复有机磷农药污染土壤提供理论依据。采用富集分离法从农药仓库粉尘和农药生产企业排污沟土壤中进行筛选。并对所筛选出的菌株进行形态学和革兰氏染色的初步鉴定。结果表明：从中筛选出菌株97株,其中球状菌株有78株,占80．％,革兰氏阴性58株。占59．8％,菌落以圆形、扁平、边缘整齐、乳白色等形态居多;从农药仓库粉尘筛选出83株,从农药厂排污沟土壤中筛选出14株;所筛选出的菌株均能在高浓度毒死蜱的培养基中生长．菌株对毒死蜱的降解性能有待于进一步筛选研究。     

甲乙基毒死蜱毒性研究

在毒死蜱基础上经过化学修饰设计,合成出一种me-too高效新型杀虫剂--甲乙基毒死蜱.通过对甲乙基毒死蜱与毒死蜱进行毒性测试,以期为毒死蜱类药物开发提供试验依据.     

毒死蜱降解菌的驯化筛选及高活性毒死蜱降解菌群的构建

[目的]通过对3种活性污泥的长期驯化、微生物多样性分析及优势菌筛选与复配,构建一种对毒死蜱具有高降解活性的菌群.[方法]以农药公司的3种不同废水处理工序的污泥为材料,利用毒死蜱长期胁迫驯化以获得高效降解毒死蜱的活性污泥;随后,在驯化后的3种活性污泥中筛选优势菌株,并以筛选的菌株构建复合菌群用于毒死蜱的降解.[结果]以毒死蜱为碳源,在驯化后的活性污泥中筛选到3株具有毒死蜱降解活性的菌株(Paracoccus MLCa-1、Klebsiella MLCp-2、Serratia MLCs-1),并对3种菌株进行复配,构建了复合菌群MLCF7.复合菌群MLCF7对100 mg/L毒死蜱降解率达82.84％.[结论]复合菌群对毒死蜱具有高降解活性,表明其在农药污染生物修复中具有应用潜力.     

毒死蜱降解菌的筛选及其特性的研究

［目的］筛选对毒死蜱具有良好降解作用的菌株,为利用微生物进行有机磷农药土壤修复提供理论依据。［方法］采用富集分离法从喷施毒死蜱的土壤中分离出4株对毒死蜱有良好降解作用的菌株,经复筛最终得到1株能够高效降解毒死蜱农药的微生物菌株D12,在充分供氧的条件下,研究菌株降解毒死蜱的降解过程、生长条件及其影响因素,并在纯培养的条件下测定该菌株对毒死蜱的降解效果。［结果］当接种量为菌浓度OD560=0.179,最适pH值为7.0,温度为30 ℃,毒死蜱浓度为100 mg/L时,该菌株D12培养6 d后的降解率达到50.4％。该菌生长的最佳毒死蜱浓度为1000 mg/L,对毒死蜱的最大耐受浓度为3 000 mg/L。［结论］试验筛选的菌株D12在基础培养基中对毒死蜱有较强的降解能力。     

毒死蜱降解菌的筛选·鉴定·降解特性

[目的]筛选毒死蜱降解菌,了解其特性。[方法]从常年施用毒死蜱农药的水稻田土壤中筛选出1株能以毒死蜱为唯一碳源和能源的降解菌。[结果]降解菌DC1对浓度100 mg/L毒死蜱15 d的降解率可达到83.3%。通过16S r DNA序列同源性和系统发育分析,将该毒死蜱降解菌鉴定为枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)。系统发育表明,该菌和枯草芽孢杆菌的分支特基拉芽孢杆菌(Bacillus tequilensis)的亲缘关系最近。[结论]降解菌DC1来源于土壤,适应性强,对解决土壤中毒死蜱残留有一定的应用价值。     

特异性识别草鱼呼肠孤病毒感染细胞的ssDNA核酸适配体筛选与鉴定

[目的]筛选出能高特异性和高亲和性识别草鱼呼肠孤病毒(GCRV)感染细胞的核酸适配体,为研发操作便捷、成本低、耗时短、准确度高的GCRV检测技术打下基础,同时为提高水产疫病检测及防控效率提供技术支持.[方法]以草鱼呼肠孤病毒I型(GCRVI)感染的宿主细胞为靶标,采用指数富集的配体系统进化技术(SELEX)进行特异性核酸适配体筛选,并通过激光共聚焦显微技术和流式细胞术对筛选获得的核酸适配体性质进行系统分析.[结果]筛选获得的核酸适配体GVIK1能特异性识别并结合在GCRVI感染的草鱼肾脏组织细胞系(CIK)表面,但不识别正常的CIK细胞及石斑鱼神经坏死病毒广西株(GNNV)感染的石斑鱼脾细胞(GS);其二级结构具有独特复杂的茎环结构,吉布斯自由能(△G)为-32.93 kJ/mol,无细胞毒性.核酸适配体GVIK1结合靶标细胞的亲和常数(Kd)为148.22 nmol/L,即核酸适配体GVIK1与靶标细胞间的亲和力极强,达纳摩尔级别.核酸适配体GVIK1在靶标细胞表面的结合位点是细胞膜蛋白或膜蛋白相关结构,其在靶标细胞表面的结合位点出现在病毒感染后的第5h.临床试验结果表明,筛选获得的核酸适配体GVIK1可作为高特异性分子探针用于诊断GCRV感染所致的草鱼出血病.[结论]基于SELEX技术筛选获得能特异性识别GCRVI感染宿主细胞的核酸适配体GVIK1,可作为核酸分子探针用于研发操作便捷、成本低、耗时短、准确度高的GCRV快速检测技术,实现实时监测和有效防控.     

2种不同方法制备玉米赤霉烯酮单克隆抗体适配子的ssDNA文库的比较

体外合成全长为71个碱基的随机ssDNA文库,采用SELEX技术,以玉米赤霉烯酮单克隆抗体为靶蛋白,微孔板为筛选介质进行筛选。通过对比不对称PCR法和生物素-链霉亲和素磁珠2种分离方法制备ssDNA文库的效果,确定了以生物素-链霉亲和素磁珠分离方法制备ssDNA为优选方法。ssDNA文库扩增为双链DNA(dsDNA)文库的PCR反应条件为:退火温度50℃,循环数20次。不对称PCR退火温度为50℃,最佳循环数为30次,引物Ⅰ与引物Ⅱ的比例为80∶1。此反应条件下,ssDNA文库PCR扩增的条带清晰、稳定、特异性高。生物素-链霉亲和素磁珠法为有效筛选特异性强的玉米赤霉烯酮单克隆抗体适配子的优选技术方案,为适配子SELEX筛选奠定基础。     

基于核酸适配体的纳米金淬灭罗丹明B荧光法检测氨苄青霉素

研究利用核酸适配体与氨苄青霉素的特异性结合效应以及纳米金对罗丹明B的荧光淬灭反应,通过改变反应体系荧光信号的强弱,从而实现氨苄青霉素的定量检测,建立了氨苄青霉素快速检测的新方法。最佳反应体系条件为适配体终浓度20nmol/L,盐溶液NaCl终浓度0.12mol/L,最优反应为温度30℃。在10mmol/L的3-吗啉丙磺酸(MOPS)缓冲溶液(pH 6.0)的条件下,该方法可检测氨苄青霉素的浓度范围是0.494~2 000nmol/L,其最低检测限为0.494nmol/L,远低于国际相关检测标准。该方法具有检测时效性强、成本低廉、操作简便、反应灵敏等优点,有着良好的推广应用潜能。     

In vitro Selection of DNA Aptamers and Fluorescence-Based Recognition for Rapid Detection Listeria monocytogenes

Aptamers are specific nucleic acid sequences that can bind to a wide range of nucleic acid and non-nucleic acid targets with high affinity and specificity. Nucleic acid aptamers are selected in vitro from single stranded DNA or RNA ligands containing random sequences of up to a few hundred nucleotides. Systematic evolution of ligands by exponential enrichment (SELEX) was used to select and PCR amplify DNA sequences (aptamers) capable of binding to and detecting Listeria monocytogenes, one of the major food-borne pathogens. A simplified affinity separation approach was employed, in which L. monocytogenes in exponential (log) phase of growth was used as the separation target. A fluorescently-labeled aptamer assay scheme was devised for detecting L. monocytogenes. This report described a novel approach to the detection of L. monocytogenes using DNA aptamers. Aptamers were developed by nine rounds of SELEX. A high affinity aptamer was successfully selected from the initial random DNA pool, and its secondary structure was also investigated. One of aptamers named e01 with the highest affinity was further tested in aptamer-peroxidase and aptamer-fluorescence staining protocols. This study has proved the principle that the whole-cell SELEX could be a promising technique to design aptamer-based molecular probes for dectection of pathogenic microorganisms without tedious isolation and purification of complex markers or targets.     

In vitro Selection of DNAAptamers and Fluorescence-Based Recognition for Rapid Detection Listeria monocytogenes

Aptamers are specific nucleic acid sequences that can bind to a wide range of nucleic acid and non-nucleic acid targets with high affinity and specificity. Nucleic acid aptamers are selected in vitro from single stranded DNA or RNA ligands containing random sequences of up to a few hundred nucleotides. Systematic evolution of ligands by exponential enrichment （SELEX） was used to select and PCR amplify DNA sequences （aptamers） capable of binding to and detecting Listeria monocytogenes, one of the major food-borne pathogens. A simplified affinity separation approach was employed, in which L. monocytogenes in exponential （log） phase of growth was used as the separation target. A fluorescently-labeled aptamer assay scheme was devised for detecting L. monoeytogenes. This report described a novel approach to the detection of L. monocytogenes using DNA aptamers. Aptamers were developed by nine rounds of SELEX. A high affinity aptamer was successfully selected from the initial random DNA pool, and its secondary structure was also investigated. One of aptamers named e01 with the highest affinity was further tested in aptamer-peroxidase and aptamer-fluorescence staining protocols. This study has proved the principle that the whole-cell SELEX could be a promising technique to design aptamer-based molecular probes for dectection of pathogenic microorganisms without tedious isolation and purification of complex markers or targets.     

混剂中噻嗪酮和毒死蜱的气相色谱分析方法研究

以5%OV-101为色谱柱固定相,邻苯二甲酸双环己酯为内标物,利用GC-FID对噻嗪酮.毒死蜱混配制剂中2种组分进行测定。结果表明,噻嗪酮.毒死蜱混配制剂中2种组分及杂质得到了有效分离,毒死蜱和噻嗪酮的变异系数分别为0.74%和0.93%;回收率分别为99.52%～101.28%、99.23%～101.42%;线性相关系数分别为0.999 7和0.999 5。表明该方法测定噻嗪酮.毒死蜱混配制剂中2种有效成分的质量分数时分离效果好、准确度、精密度高、线性关系好、符合定量分析要求,是一种可行、实用的分析方法。     

3种挺水植物对水体中毒死蜱去除的过程和效率分析

以水培试验为基础,比较了3种挺水植物在抑菌和不抑菌条件下对培养液中毒死蜱的降解作用。结果表明,植物处理系统中毒死蜱的去除率显著高于无植物对照,不抑菌条件下的显著高于抑菌条件下(P<0.05);不同植物处理系统,植物和微生物对毒死蜱的降解贡献差异较大。水生鸢尾、水葱和菖蒲的去除贡献分别为67.70%、62.37%和65.29%,微生物的去除贡献分别为13.56%、17.92%和13.79%,植物的贡献起主导作用。抑菌条件下植物生物量增量低于不抑菌条件下的,微生物对植物生长有促进作用。     

苹果中毒死蜱农药残留的GC-NPD测定方法

通过对传统方法的改进,建立了苹果中毒死蜱残留量的气相色谱简捷测定方法。该方法采用乙腈代替丙酮作为提取溶剂,提取液杂质较少;在玻璃衬管内填入石英玻璃棉用于样品净化,用该方法测定的毒死蜱样品添加回收率为92.55%~101.67%,变异系数为1.75%~10.20%,最小检出限为96.6 pg,最小检出浓度为19.3μg/kg,说明该测定方法的灵敏度、准确度和精密度完全可以满足苹果农药残留检测的技术要求。用该方法测定了施用过毒死蜱果园富士和嘎拉苹果的农药残留,结果与传统方法相符。