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1.
猪的UDP-N-乙酰半乳糖胺转移酶(UDP-N-acetylgalactosamine transferase,UDP-Gal NAc)是负责转移一分子的N-乙酰-D-半乳糖胺基(NAc Ga1)到H底物上形成A抗原,从而决定A型血的转移酶,AO血型系统的A基因编码A转移酶。采用PCR技术和直接测序的方法对版纳微型猪近交系UDP-Gal NAc基因外显子7和外显子8进行多态性分析,均仅检测到1种基因型。通过序列比较发现,版纳微型猪近交系UDP-Gal NAc基因外显子7和外显子8与NCBI数据库中14个其他物种的ABO血型基因存在较高的同源性。与人相比,猪外显子7第92~97位缺失编码两个氨基酸的6个碱基。构建的基因进化树分析结果显示版纳微型猪近交系与牛、羊、鲸亲缘关系最近。  相似文献   

2.
【目的】克隆版纳微型猪近交系(Banna mini-pig inbred line,BMI)细胞色素P450家族基因CYP1A1的编码区序列,并对其进行生物信息学分析。【方法】利用RT-PCR方法获得CYP1A1基因的全长CDS序列,运用生物信息学对其核酸及蛋白序列进行分析,构建系统进化树。【结果】获得的BMI CYP1A1 CDS长度为1551 bp,编码516个氨基酸,蛋白质分子量为58.39 ku,等电点为7.83,位于内质网的概率是94.1%。CYP1A1蛋白质含有1个细胞色素P450半胱氨酸血红素配体位点,1个N-豆蔻酰化位点,1个酰胺化作用位点,2个N-糖基化位点、6个蛋白酶C磷酸化位点和5个蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点。11个物种构建的系统进化分析表明,BMI(猪)CYP1A1与牛和山羊的关系最近。【结论】以上结果将为进一步研究版纳微型猪近交系CYP1A1基因功能奠定基础。  相似文献   

3.
【目的】获得猪FANK1基因CDS序列、组织表达和蛋白质功能信息。【方法】以GenBank下载的猪及近缘物种的FANK1 mRNA序列为参考序列,设计特异引物从版纳微型猪近交系(BMI)睾丸组织中扩增FANK1基因完全编码序列及部分侧翼序列。应用实时荧光定量PCR技术检测BMI 15个重要组织的FANK1 mRNA转录表达水平,并对FANK1翻译的蛋白质序列进行多种功能生物信息学分析,预测FANK1蛋白质的功能,最后构建FANK1多物种氨基酸系统进化树。【结果】获得了BMI FANK1编码区序列长1 041 bp,编码346个氨基酸,序列已提交GenBank,基因登录号为KU705617和KU705618,对应的氨基酸登录号为AOC89035和AOC89036。基因组结构分析表明FANK1基因定位于猪14号染色体,有11个外显子和10个内含子。多组织相对荧光定量表达分析表明FANK1基因在睾丸、尿道球腺和精囊腺中呈高表达水平;在其他组织中呈中低表达水平。功能生物信息学分析表明FANK1蛋白质含有2种保守结构域FN3和ANK,无跨膜螺旋结构,无N端信号肽序列,二级结构以无规卷曲为主,N末端和C末端均亲水,有4类功能活性位点。系统进化分析表明,FANK1基因在进化中高度保守,且与牛、羊的亲缘关系最近,符合物种的系统分类学。【结论】成功克隆了版纳微型猪近交系FANK1基因的CDS序列并进行了多种组织表达分析,为后续研究FANK1基因在小型猪精细胞分裂及调节信号通路方面的作用及功能奠定基础。  相似文献   

4.
【目的】以版纳微型猪近交系(Banna mini-pig inbred line, BMI)为材料,初步研究STRA8基因的功能,为该基因在猪精子形成过程的作用研究奠定基础。【方法】以GenBank下载的猪STRA8基因序列JQ965783及多条猪EST序列为参考序列,设计特异性引物扩增版纳微型猪近交系(BMI) STRA8基因。对STRA8蛋白质进行理化特性和功能生物信息学分析,包括二级结构、蛋白功能域、疏水性、跨膜结构、信号肽、亚细胞定位、磷酸化位点以及蛋白质功能分析;搜索并下载其他物种的STRA8蛋白质序列构建多物种系统进化树。应用实时荧光定量PCR技术检测BMI STRA8在版纳微型猪近交系15个组织中的mRNA转录表达水平。【结果】获得了包含编码序列1 101 bp的全长序列1 316 bp,编码366个氨基酸,序列已提交GenBank,基因登录号KU705622,蛋白质分子量(Mw) 41.06 ku,等电点(pI) 4.52。STRA8二级结构中α螺旋含量最高,占52.19%;含有1个蛋白功能域;在氨基端有1个HLH结构域和1个卷曲螺旋区域,在羧基端有2个低复杂度区域;疏水性结果表明STRA8基因N末端、C末端均亲水;无跨膜结构,无信号肽序列;该蛋白质位于细胞核中的概率是56.5%;STRA8蛋白共有34个磷酸化位点;系统进化结果表明:BMI与羊、水牛的相似度最高。STRA8基因mRNA在检测的BMI 15个组织中呈现差异表达现象,睾丸中表达量最高。【结论】结果将为进一步研究STRA8基因在猪精子发生方面的作用及功能提供参考。  相似文献   

5.
LRWD1基因在精子形成过程中起重要作用。从Gen Bank下载猪及近缘物种的LRWD1 mRNA序列作为参考序列,设计特异引物扩增版纳微型猪近交系(BMI)LRWD1基因。对蛋白质序列进行功能生物信息学分析,构建多物种系统进化树。研究获得了BMI LRWD1 1 944 bp的编码区序列(Gen Bank登录号:KU705639,对应的氨基酸登录号:AOC89057),编码647个氨基酸,蛋白质分子量(Mw)为71.40 k D,等电点(p I)为7.52。功能生物信息学分析表明LRWD1蛋白质存在2个保守结构域,无跨膜结构,无信号肽序列;N末端和C末端均疏水;有6类功能活性位点,位于细胞质的概率是70.6%。系统进化分析表明,BMI与狗、大熊猫的亲缘关系最近。研究结果将为进一步研究LRWD1基因在猪精子发生方面的作用及功能奠定基础。  相似文献   

6.
以GenBank中登载的普通猪FABP4基因为参考序列,设计特异性引物,采用RT-PCR技术从版纳微型猪近交系卵巢组织中扩增FABP4基因的编码区序列,经直接测序后采用生物信息学软件对编码区序列和蛋白质结构进行生物信息学分析和结构预测.结果表明:版纳微型猪近交系(BMI)FABP4基因编码区序列长399bp,编码132个氨基酸;BMI FABP4基因同普通猪比对同源性为100%,未发现碱基突变;生物信息学分析表明不同物种FABP4基因编码区核苷酸序列与氨基酸序列具有较高的保守性;蛋白结构预测显示,FABP4蛋白空间结构为由2个α螺旋和10个反向平行的β折叠围成的桶状结构.  相似文献   

7.
为探讨猪雄激素受体(Androgen receptor,AR)基因的序列、结构、表达和功能,以版纳微型猪近交系(Banna mini-pig inbred line,BMI)睾丸组织为材料,用RT-PCR技术获得猪AR基因cDNA序列,进行生物信息学分析,应用荧光定量技术明确其mRNA的多组织表达特征。结果表明:BMI AR基因cDNA长3 257bp(GenBank登录号:KU705631),包含2 688bp的全长编码区,位于猪X染色体,含有9个外显子和8个内含子;推导出的BMI AR蛋白含有1个核定位信号、1个DBD结构域和1个LBD结构域,无信号肽,无跨膜螺旋;与黄牛、山羊、人、猩猩、大鼠和小鼠的AR蛋白依次有94.2%、94.0%、90.2%、89.0%、88.1%和87.5%的同源性;其二级结构中以无规则卷曲和α螺旋为主,延伸链和β转角只在局部出现;在二级结构预测结果的基础上利用同源建模构建了其三级结构;AR基因mRNA在被检测的BMI 15个组织中呈现差异表达现象,表达量最高的组织为睾丸。该研究结果为进一步研究AR基因在BMI中的生理功能及调节机制提供了依据。  相似文献   

8.
BARD1基因在精子形成过程中起重要作用。以Gen Bank下载的牛、鼠BARD1基因序列以及猪EST序列克隆猪BARD1基因,设计特异引物克隆版纳微型猪近交系(BMI)BARD1基因。应用q PCR分析15个重要组织的mRNA表达谱,并对蛋白质序列进行功能生物信息学分析,构建多物种系统进化树。研究获得了BMI BARD1 2 334 bp的编码区序列(Gen Bank登录号KU705640,对应的氨基酸登录号AOC89058),编码777个氨基酸,蛋白质分子量(Mw)为86.15 ku,等电点(p I)为8.84。多组织荧光定量表达分析表明:BARD1基因在睾丸和尿道球腺中高表达,在肝脏、脾脏、肺、十二指肠、结肠中中度表达,在心脏、肾脏、胃脏、脑、肌肉、精囊腺、前列腺、附睾中低表达。功能生物信息学分析表明,BARD1蛋白质存在3个保守结构域,无跨膜结构,无信号肽序列;N末端疏水,C末端亲水;有6类功能活性位点,位于细胞核的概率是94.1%。系统进化分析表明,BMI与牛、羊的亲缘关系最近。  相似文献   

9.
【目的】抑制蛋白5 (ARRDC5)的功能尚不清楚,前期发现其可能与公猪繁殖力有关,本研究旨在克隆猪ARRDC5基因以及确定猪ARRDC5蛋白的亚细胞定位。【方法】通过NCBI下载猪近缘物种ARRDC5基因序列,在线BLAST比对获得猪EST序列,电子克隆猪ARRDC5基因编码区及部分侧翼序列。构建真核融合表达载体并瞬时转染猪睾丸细胞系ST,利用倒置荧光显微镜检测蛋白表达。【结果】获得版纳微型猪近交系(BMI) ARRDC5基因的c DNA序列1 045 bp,包含1 014 bp的CDS区,编码337个氨基酸,与牛及人的同源性高。成功构建了表达载体pEGFP-C1-ARRDC5,ARRDC5蛋白主要定位于细胞质中,部分细胞核中也有分布。【结论】研究结果为进一步研究该蛋白功能奠定基础。  相似文献   

10.
RNF4基因调节精细胞分化和增殖过程,文章以Gen Bank下载的猪及近缘物种RNF4 mRNA序列为参考序列,设计特异引物扩增版纳微型猪近交系(BMI)RNF4基因。应用qPCR分析15个重要组织mRNA表达谱,并对蛋白质序列作功能生物信息学分析,构建多物种系统进化树。研究获得BMI RNF4 573 bp编码区序列(Gen Bank登录号:KU705638,对应氨基酸登录号:AOC89056),编码190个氨基酸,蛋白质分子质量(Mw)为21.43 ku,等电点(pI)为6.95。多组织荧光定量表达分析表明RNF4基因在尿道球腺、睾丸、肝、肺中高水平表达;在其他11个组织中呈中低水平表达。功能生物信息学分析表明RNF4蛋白质存在1个保守结构域,无跨膜结构,无信号肽序列;N末端疏水,C末端疏水;有4类功能活性位点,位于细胞核概率为94.1%。系统进化分析表明,BMI与狗亲缘关系最近。结果为研究RNF4基因在猪精细胞分化和增殖方面作用奠定基础。  相似文献   

11.
【目的】细胞质型天冬氨酸氨基转移酶又称谷草转氨酶,由细胞核GOT1基因编码,催化天冬氨酸的氨基转移到α-酮戊二酸形成草酰乙酸和谷氨酸,在物质代谢调控中起重要作用。本研究以版纳微型猪近交系(Banna mini-pig inbred line, BMI)为材料,克隆GOT1基因,并对其进行生物信息学及组织mRNA表达分析。【方法】利用RT-PCR技术扩增猪GOT1基因,并进行生物信息学分析,同时应用半定量RT-PCR技术明确其mRNA的组织表达特征。【结果】获得了BMI GOT1基因全长1 484 bp的cDNA序列(GenBank登录号:KU705636.1),包含1 242 bp的开放阅读框。生物信息学分析表明:猪GOT1基因位于14号染色体,包含9个外显子和8个内含子;猪GOT1蛋白无信号肽,无跨膜螺旋,有36个磷酸化位点和1个O连接的糖基化位点,定位于细胞质的概率是94.1%,与水牛、黄牛、黑猩猩、人、食蟹猴、大鼠和小鼠的GOT1蛋白依次有95.6%、95.4%、93.0%、92.7%、92.5%、90.3%和90.1%的同源性;二级结构中以α螺旋为主,无规则卷曲和延伸链含量中等,β转角只在局部出现;三级结构同源建模成功。组织表达分析表明:GOT1 mRNA在检测的15个组织中差异表达,肌肉中表达量最高。【结论】为进一步了解该基因的生理功能及调控机制积累了资料。  相似文献   

12.
胞苷磷酸-N-乙酰神经氨酸羟化酶(CMAH)在免疫应答、炎症及肿瘤转移过程中起着重要的作用。前期发现其在版纳微型猪近交系(BMI)颌下腺、脾脏和舌下腺中高表达,且均显著高于其他组织,提示该基因可能在免疫排斥反应中发挥作用。本研究通过前期已成功扩增并且确定的编码区序列,设计带有酶切位点的引物并进行克隆,酶切连接法构建其真核表达载体,通过脂质体法转染猪肾上皮细胞系PK15,通过倒置荧光显微镜检测蛋白表达情况。获得BMI CMAH基因的包含有酶切位点的CDS序列1 746 bp,并且成功构建真核表达载体pEGFP-C1-CMAH。结果表明,该基因编码蛋白主要定位于PK15细胞的细胞质中,部分细胞核中也有表达。上述结果为进一步研究该基因编码蛋白的功能奠定了基础。  相似文献   

13.
【目的】研究KITLG基因在猪生殖细胞发育过程中的作用。【方法】从Gen Bank下载猪KITLG序列作为参考序列,设计特异引物从版纳微型猪近交系(BMI)附睾组织中扩增KITLG基因完全编码序列及部分侧翼序列;应用半定量PCR技术检测BMI 10个重要组织的KITLG m RNA转录表达水平,并对KITLG翻译的蛋白质序列进行多种功能生物信息学分析,预测KITLG蛋白质的功能,最后构建KITLG的多物种氨基酸系统进化树。【结果】扩增得到BMI KITLG编码区序列长825 bp,编码274个氨基酸,序列已提交Gen Bank,基因登录号KU705624,对应的氨基酸登录号AOC89042。多组织相对半定量表达分析表明:KITLG基因在附睾、心、脾、肺、肾、胃中高表达,在大脑、肝、小肠和睾丸中低表达。功能生物信息学分析表明:KITLG存在1个保守结构域SCF,有1个跨膜螺旋结构,存在N端信号肽序列,N末端和C末端均亲水,二级结构以α螺旋为主,有5类功能活性位点。系统进化分析表明:KITLG在进化中高度保守,且与牛、羊的亲缘关系最近。【结论】研究结果为探索BMI KITLG基因在生殖细胞发育过程中的作用及功能奠定基础。  相似文献   

14.
\t\t\t\t\t目的\t\t\t\t\t抑制蛋白5 (ARRDC5)的功能尚不清楚,前期发现其可能与公猪繁殖力有关,本研究旨在克隆猪ARRDC5基因以及确定猪ARRDC5蛋白的亚细胞定位。\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t方法\t\t\t\t\t通过NCBI下载猪近缘物种ARRDC5基因序列,在线BLAST比对获得猪EST序列,电子克隆猪ARRDC5基因编码区及部分侧翼序列。构建真核融合表达载体并瞬时转染猪睾丸细胞系ST,利用倒置荧光显微镜检测蛋白表达。\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t结果\t\t\t\t\t获得版纳微型猪近交系(BMI)ARRDC5基因的cDNA序列1 045 bp,包含1 014 bp的CDS区,编码337个氨基酸,与牛及人的同源性高。成功构建了表达载体pEGFP-C1-ARRDC5,ARRDC5蛋白主要定位于细胞质中,部分细胞核中也有分布。\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t\t结论\t\t\t\t\t研究结果为进一步研究该蛋白功能奠定基础。\t\t\t\t  相似文献   

15.
目的以版纳微型猪近交系(Banna mini-pig inbred line, BMI)为材料,初步研究STRA8基因的功能,为该基因在猪精子形成过程的作用研究奠定基础。方法以GenBank下载的猪STRA8基因序列JQ965783及多条猪EST序列为参考序列,设计特异性引物扩增版纳微型猪近交系(BMI) STRA8基因。对STRA8蛋白质进行理化特性和功能生物信息学分析,包括二级结构、蛋白功能域、疏水性、跨膜结构、信号肽、亚细胞定位、磷酸化位点以及蛋白质功能分析;搜索并下载其他物种的STRA8蛋白质序列构建多物种系统进化树。应用实时荧光定量PCR技术检测BMI STRA8在版纳微型猪近交系15个组织中的mRNA转录表达水平。结果获得了包含编码序列1 101 bp的全长序列1 316 bp,编码366个氨基酸,序列已提交GenBank,基因登录号KU705622,蛋白质分子量(Mw) 41.06 ku,等电点(pI) 4.52。STRA8二级结构中α螺旋含量最高,占52.19%;含有1个蛋白功能域;在氨基端有1个HLH结构域和1个卷曲螺旋区域,在羧基端有2个低复杂度区域;疏水性结果表明STRA8基因N末端、C末端均亲水;无跨膜结构,无信号肽序列;该蛋白质位于细胞核中的概率是56.5%;STRA8蛋白共有34个磷酸化位点;系统进化结果表明:BMI与羊、水牛的相似度最高。STRA8基因mRNA在检测的BMI 15个组织中呈现差异表达现象,睾丸中表达量最高。结论结果将为进一步研究STRA8基因在猪精子发生方面的作用及功能提供参考。  相似文献   

16.
[目的]获得版纳微型猪近交系(Banna mini-pig inbred line,BMI)精子发生相关基因PHF7的分子特征,构建其转录调控网络.[方法]通过RNA-seq技术对BMI睾丸进行全转录组测序;利用RT-PCR技术从BMI睾丸分离PHF7全长编码序列并分析其分子特征和蛋白功能;进一步基于睾丸全转录组测序数...  相似文献   

17.
CRISP2作为弱精子症发生的重要候选基因,为深入研究CRISP2与精子活力的关系及其在体内的调节与功能提供基础资料,本研究以版纳微型猪近交系(BMI)不育和可育公猪为试验动物,通过RT-PCR方法扩增得到CRISP2基因全长编码区序列,不育和可育公猪序列无差异,提交Gen Bank数据库,获得登录号为"KP780059"。生物信息学分析显示,该基因编码244个氨基酸,蛋白分子量为27.05 ku,等电点为6.76。蛋白质结构分析得出,CRISP2存在2个保守域,无跨膜结构,存在信号肽及1个亮氨酸富集的核输出信号,N端、C端均疏水;亚细胞定位显示该蛋白分泌到细胞周质的概率为94.1%。系统进化分析表明,猪与牛、绵羊的亲缘关系较近。同时,利用荧光定量PCR法确定了CRISP2 mRNA在BMI不育及可育公猪14个组织中的表达量,发现其在睾丸中特异表达,CRISP2基因在不育公猪睾丸中的表达量明显低于可育公猪,两组之间的表达量有显著的统计学差异(P0.05),表明CRISP2表达的减少可能导致精子活力下降。本研究为进一步研究猪CRISP2基因在精子发生方面的作用奠定研究基础。  相似文献   

18.
【目的】以版纳微型猪近交系(BMI)为材料克隆CPN10基因,从亚细胞、m RNA水平及生物信息学方面初步探索其结构及功能特性,为该基因在猪—人异种器官移植免疫排斥中的作用研究奠定基础。【方法】采用RT-PCR方法获得CPN10基因c DNA序列,应用分子克隆技术构建目的基因和报告基因EGFP的重组真核表达载体pEGFP-C1-CPN10,将其转染猪肾细胞PK15进行瞬时表达,通过EGFP示踪CPN10在PK15细胞中的表达和定位。进一步应用荧光定量技术明确其mRNA的多组织表达特征。最后利用生物信息学分析CPN10蛋白质的结构特征。【结果】得到BMI CPN10 CDS 309 bp序列(GenBank登录号:KM098149),成功构建了BMI CPN10基因的绿色荧光蛋白融合表达载体pEGFP-C1-CPN10,转染PK15细胞且主要在细胞质中检测到绿色荧光蛋白表达。多组织荧光定量表达分析表明:BMI CPN10 mRNA在皮肤中具有最高表达量,在肝和肾上腺中的表达量较高,在其余各组织中呈中低度表达或几乎不表达。生物信息学分析表明:CPN10编码102个氨基酸,其蛋白分子量为10.93 ku,等电点为8.89,含1个CPN10保守结构域和5个磷酸化位点,二级结构以延伸链结构为主,无跨膜螺旋结构和信号肽。【结论】CPN10基因定位在细胞质中,在皮肤中高表达,该研究结果为进一步研究该基因在免疫排斥方面的功能奠定了理论基础。  相似文献   

19.
利用电子克隆技术,以人脂多糖结合蛋白(LBP)基因(NM004139)为种子序列,克隆猪LBP基因。结果表明:所克隆的LBP基因开放阅读框长为1 446bp,编码481个氨基酸。推导其氨基酸序列与人、小鼠、大鼠、牛、狗的相似性分别为74.2%、64.8%、63.2%、77.1%和74.6%。进化树分析显示,猪与牛LBP基因进化距离最近,与大鼠最远。生物信息学分析表明,所克隆的猪LBP蛋白分子大小为53.036 7ku,理论等电点为6.43;亚细胞定位预测猪LBP属于分泌蛋白,主要在线粒体(44.4%)和高尔基体(22.2%)中表达;N端存在信号肽,且在25~26位氨基酸可能存在裂解位点。N端的疏水性较强,且位于信号肽处,最大疏水性值为2.478,最大亲水性值为1.956;由胞外区(1~6位氨基酸)、跨膜区(7~29位氨基酸)和胞内区(30~481位氨基酸)3个部分组成的膜蛋白,有9个Ser、8个Thr和2个Tyr,可能成为蛋白激酶磷酸化的位点;LBP膜外区蛋白由多个α螺旋,膜内区由多个β折叠构成,α螺旋和β折叠平行交替排列,构成一个弯曲螺旋状结构;在33~256和271~474位氨基酸残基之间分别有1个BPI1和BPI2的保守结构域。  相似文献   

20.
指环蛋白RNF148与睾丸形成和精子发生密切相关。本研究以猪及其他近缘物种的RNF148 mRNA为参考序列,设计特异引物从版纳微型猪近交系(Banna mini-pig inbred line,BMI)睾丸组织中扩增RNF148基因完全编码序列;对RNF148蛋白质序列进行生物信息学分析,预测其功能,并构建RNF148的多物种系统进化树;应用实时荧光定量PCR技术检测BMI 15个重要组织的RNF148 mRNA转录表达水平;构建真核表达载体,转染猪睾丸细胞系,并进行亚细胞定位分析,检测该蛋白在细胞中的表达部位。结果表明:扩增得到BMI RNF148编码区序列长912bp,编码303个氨基酸;RNF148包含3个保守结构域PA_GRAIL_like、RING_Ubox和zf-rbx1超家族,存在1个跨膜螺旋结构,有N端信号肽序列,二级结构以α螺旋为主,N末端和C末端均疏水,有4类功能活性位点,在进化中高度保守,91.4%位于细胞质中;在睾丸中特异高表达,在心、肝等其他14个组织中相对低表达;成功构建了融合的绿色荧光蛋白真核表达载体,并确定RNF148多在细胞质中表达。研究结果为探索RNF148基因在BMI公猪繁殖性能方面的作用奠定了基础。  相似文献   

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