Genetic Diversity of Chinese and CIP Potato (Solanum tuberosum L.) Germplasm Assessed by Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) Markers

The genetic diversity of 123 potato clones, consisting of 103 clonal accessions from the International Potato Center (CIP) and 20 Chinese cultivars, was assessed using amplified fragment length polymorphism (AFLP) markers. Ten polymorphic primer combinations were selected to analyse and compare the diversity of the two sources of clones. A total of 521 reproducible bands were amplified, of which 488 were polymorphic. These AFLP markers were analysed to estimate the genetic distance (GD) and genetic similarity (GS) coefficient of all clones. The GD between pairs of clones ranged from 0.03 to 0.48. Nei’s gene diversity index was between 0.236 and 0.387, with an average of 0.330. The index of Shannon’s information varied from 0.361 to 0.567 with an average of 0.498. A high degree of polymorphism was observed with an average of 93.6% loci found to be polymorphic. Cluster analysis showed that the CIP accessions were grouped together at the GS 0.59 clustering line, whereas most Chinese cultivars grouped at the GS 0.82 clustering line. The diversity in CIP potato resources was found to be higher than that of the Chinese cultivars, indicating that the genetic base of Chinese potato cultivars is narrow and may benefit from broadening.     

89份油菜区试品种的AFLP指纹图谱分析

以2004-2005年度全国冬油菜区试的89份参试品种为材料，运用筛选确定的4对AFLP核心引物对这些品种进行分子标记分析，共获得67个多态性片段，其中多态性位点占总扩增位点的27.80％，利用67个多态性片段初步构建了这些品种的AFLP指纹图谱。聚类结果显示，在相似系数为1.00时，89份区试品种完全区分开；同一单位育成的品种的遗传距离较近。对不同类型品种（品系）遗传多样性指数分析, 结果显示，三系杂种的遗传多样性程度最高，常规种居中，两系杂交种最低。     

Molecular analysis of genetic variation in potato (Solarium tuberosum L.). I. German cultivars and advanced clones

Summary The genetic variation of 69 potato cultivars and advanced clones from a commercial German breeding programme were analysed by using 6 AFLP primer combinations or 26 microsatellite (SSR) primer pairs. Available pedigree information was reflected in genetic distances. Cluster and principal coordinate analysis showed clear patterns of related genotypes with slight differences dependent on the marker system used. AFLP analysis, in particular, differentiated groups based on their genetic background: Clones with common ancestors separated from unrelated cultivars. A minimum of 150 polymorphic markers were necessary to obtain reliable results. Diversity index, effective multiplex ratio, and the resulting marker index were calculated for both marker systems. Their use for parent selection is discussed in relation to achieving maximum heterosis.     

凤凰单丛古茶树资源的遗传多样性AFLP分析

采用AFLP技术,选用分辨能力强、多态性高的5对引物组合对34个凤凰单丛古茶树资源进行遗传多样性分析。结果表明,5对引物共扩增出438条带,平均每对引物扩增87.6条带,多态性条带348条,多态性频率为79.3%。34个凤凰单丛古茶资源之间遗传距离的变异范围在0.13~0.49之间,平均为0.33。其中大庵宋茶与棕蓑挟之间的遗传距离最低,为0.13,字茅黄栀香与福南蜜兰、白叶单丛与通天香之间的遗传距离最大,均为0.49。构建的聚类图表明,34个凤凰单丛古茶树资源的遗传关系和它们的生物学特性和香味类型没有必然的联系。     

基于农艺性状和AFLP位点的菜用大豆遗传多样性研究

基于主要农艺性状及AFLP分子标记技术，对40份入选菜用大豆品种进行遗传多样性评价，为拓宽菜用大豆种质资源基础及新品种选育提供理论依据。研究结果表明，基于农艺性状及品质性状的聚类将40份材料划分为3个类群；AFLP标记数据聚类将40个材料划分为3个AGs（AFLP-based groups）分子类群，且聚类结果与材料的地理来源无关。另外，8对AFLP引物共扩增出30条多态性条带，平均每对引物3.75个等位变异；品种间的遗传相似系数变化范围为0.3704－0.9998，平均值变化范围为0.5980－0.7924，总体平均值为0.7094，说明供试材料间的遗传相似系数较高，遗传差异较小，因此必须进一步加强菜用大豆种质资源的筛选和创新工作。     

花生AFLP指纹图谱

ＡＦＬＰ是一种以ＰＣＲ为基础的ＤＮＡ指纹图谱技术。利用ＡＦＬＰ技术对从国际半干旱所（Ｉ－ＣＲＩＳＡＴ）引进的９份花生抗旱品种绘制指纹图谱,通过引物Ｅ—ＡＣＡ和与之匹配的ＭＣＡＧ和Ｍ—ＣＡＴ,在３００～６０００ｂｐ的范围内共获得１５７７条ＡＦＬＰ扩增产物,每个品种有主带和次带至少７１条之多,其中１０条为多态性的带纹。     

茄子及其近缘野生种遗传多样性及亲缘关系的AFLP分析

为了明确茄子育种资源的遗传差异和亲缘关系,对来自国内外的54份栽培种茄子高代自交系以及4份近缘野生种进行了遗传多样性的AFLP分析.结果表明:10对EcoRI/MseI引物组合共扩增出570条多态性条带.平均多态率为57%.其中54份栽培种内扩增出120条多态性条带,平均多态率为16%:各引物组合在栽培种内的平均观测等位基冈数、平均有效等位基因数、平均Nei's基因多样度和平均香农信息指数分别为1.176、1.084、0.0051、0.079.基于Jaccard's相似系数采用Complete linkage法进行聚类分析,结果显示:近缘野生种与栽培种的平均遗传距离由近到远依次为红茄、托鲁巴姆、龙葵:栽培种内不同自交系间的相似系数在0.904以上.在相似系数0.915处.栽培种可以分为两个大类;聚类结果与果实性状(果皮色、肉色、果形)和地理来源存在一定的相关性.     

不同来源花生品种的ISSR分析及亲缘关系研究

利用13对ISSR引物对28个栽培种花生品种进行PCR扩增,研究这些品种的DNA多态性及其亲缘关系。结果表明,有7对引物检测到明显的多态性,从28个花生品种中扩增出90条带,其中多态性带达到79条,多态性比率为87.8%,平均每个引物可扩增出12.86条带,11.29条为多态性条带。品种间的遗传相似系数值在0.411~0.800之间,平均为0.620。在UPGMA聚类分析简单匹配系数值为0.57处,可把28个花生品种分成3个品种群。由此表明,这些不同来源的花生品种具有较高的DNA多态性,亲缘关系不同。     

鹤蕉种质资源遗传多样性的AFLP分析

利用荧光标记AFLP技术研究鹤蕉种质遗传多样性及亲缘关系,为合理利用鹤蕉种质资源、培育观赏价值高的鹤蕉新品种提供依据.采用8对E+3和M+3引物组合对52份鹤蕉种质进行总基因组DNA水平上的多态性检测.检测结果共获得1534条可统计的条带.其中1 520条呈多态性,多态性带百分率达99.09%.揭示了鹤蕉种质具有丰富的遗传多样性.聚类分析结果表明,多数鹤蕉种质资源与其花型的大小表现出较为密切的关系;来源相同的种质基本上可聚在一起,反映出品种间的亲缘关系;在相似系数0.56处将52份种质划分为5大类.8组引物在52份供试材料中检测到数目不等的特异带型,这些特异带型对供试鹤蕉种质具有一定的鉴别价值.     

SSR和AFLP分子标记鉴定巴西橡胶树种质资源的比较研究

选用178份巴西橡胶树种质材料,采用SSR和AFLP分子标记技术对巴西橡胶树种质资源进行鉴定,探讨2种方法的应用效果并加以比较分析。结果显示:利用多态性强的19对SSR引物,检测到92个等位基因;用25对AFLP引物组,检测到702条有多态性的带。SSR位点的平均多态性信息量(PIC)值为0.46,而AFLP多态性带比例是54.88%,AFLP比SSR分子标记具有更高的多态性。结果说明,AFLP标记比SSR标记更适合于巴西橡胶树种质材料的鉴定和保护,同时进一步验证了在作物遗传资源的研究中,采用多种分子标记方法可以获得更加准确的研究数据。     

山东花生主栽品种AFLP指纹图谱的构建

利用MseⅠ和EcoRⅠ酶切和9对引物组合对10个山东花生主栽品种进行AFLP分析,9对引物组合共扩增产生169条带,其中55条为多态性的,其多态性带比率为32.54%。至少两对引物组合的配合如E-ACT/M-CAA//E-AAG/M-CAC和E-ACC/M-CAA//E-AAG/M-CAC可将这10个品种完全区分开。     

花生序列相关扩增多态性(SRAP)标记的研究

研究了分属3个市场型的10个中国花生栽培种的序列相关扩增多态性（SRAP）。结果表明，SARP技术可以揭示花生栽培种的遗传差异。在所试验的51对SRAP引物中，2对只获得了单态性条带，其余49对总共产生了1087条带，其中503条（46．27％）为多态性带，每对引物组合平均获得22．18条总带、10．26条多态性带。在这49对引物组合中，总带数和多态性条带的数目分别为7～63和2～32条。 10个花生栽培种间的简单匹配相似系数为0．7712～0．9250不等，根据SRAP指纹图谱进行聚类分析可将这10个品种分为4类。另外一项采用作图亲本24-3和B4的研究中，40对SRAP引物共计获得了160条多态性带。本研究为花生品种鉴定和遗传研究提供了新的DNA分子标记技术手段。     

不同品种（系）凤凰单丛茶DNA指纹图谱的构建

为能够快速、准确地对不同品种（系）凤凰单丛茶进行鉴定,建立不同品种（系）凤凰单丛茶的DNA指纹图谱,本研究利用ISSR分子标记技术,以4份凤凰单丛茶品种为材料,对UBC802~UBC899等58条ISSR引物进行筛选,得到了12条多态性好的ISSR引物。在确定引物最佳退火温度后,利用这12条ISSR引物对39份凤凰单丛茶进行了扩增,结果显示,从其中筛选出的6条核心引物共扩增出84条带,平均每个引物扩增出14条带,其中多态性条带78条,多态性条带比例为92.86%,多态信息量平均为0.9456,其中引物UBC843多态性最为丰富,品种相似性系数在0.4063~0.9836之间;为将39份凤凰单丛茶品种全部区分开,本研究对6条核心引物进行了组合,发现其中UBC827/UBC846的组合鉴别效率最高;通过综合品种名称、国家地区编号、采样地点、高效核心引物组合名称以及ISSR数据代码,本研究建立了39种凤凰单丛茶的DNA指纹代码。之后,通过整合软件录入如品种指纹图谱代码、香型、海拔、ISSR-PCR扩增数据图片等更多相关信息,形成指纹图谱二维编码,构成凤凰单丛茶的DNA指纹图谱,为凤凰单丛茶品种权益保护及信息平台的建立提供数据支持。     

山蚂蝗属植物遗传多样性的AFLP分析

为探讨山蚂蝗属植物遗传多样性和亲缘关系,利用扩增片段长度多态性(AFLP)标记技术对46份山蚂蝗属植物种质进行遗传多样性分析,从64对引物中筛选出条带清晰、多态性高的2对引物E-AAC/M-CAA、E-AAG/M-CAA,共扩增出172条谱带,其中154条为多态性带,多态性检出率为89.53%,表明在分子水平上山蚂蝗属植物遗传多样性丰富。采用离差平方和法将46个供试材料分为6类,聚类结果与《中国植物志》的分类体系相吻合;其中,卵叶山蚂蝗和糙伏山蚂蝗可能也属于三点金亚属,卵叶山蚂蝗亲缘关系离大叶山蚂蝗较近,糙伏山蚂蝗离假地豆较近,这个结论可以为中国植物志的修订提供一个依据;引种材料CIAT350(29)与其他卵叶山蚂蝗的亲缘关系较远。总体来看,聚类结果与地理来源没有必然联系。此外,从本实验来看,AFLP技术扩增效率高,信息量大、结果稳定、重复性好,可用于山蚂蝗属植物的遗传多样性分析和鉴定。     

104个甘薯品种的cpSSR指纹图谱构建及遗传多样性分析

基于甘薯叶绿体基因组,利用cpSSR分子标记,对104份甘薯栽培品种和地方品种进行遗传多样性分析并构建指纹图谱,为甘薯资源的保护鉴定和遗传改良提供参考。使用了11对cpSSR引物,在104个甘薯材料中总共扩增得到58条条带,多态性条带为47条,单条引物平均扩增的条带数为5.27,平均多态性百分率为81.03%。根据引物在甘薯材料中的扩增结果,构建104个甘薯品种的指纹图谱。对104个甘薯品种的扩增结果进行聚类分析,每个品种间的遗传距离为0.0386~5.2723,平均遗传距离为0.2201,在遗传系数为0.74时将104个甘薯品种分为5组。     

墨兰"达摩"芽变叶艺品种亲缘关系的RAPD分析

利用RAPD分子标记对10个墨兰叶艺品种进行亲缘关系分析。从100个10碱基随机引物中筛选出17个多态性高的引物,共扩增出159条DNA带,其中137条(86.2%)为多态带,平均每个引物扩增DNA带数9.3条。10个叶艺品种之间的Dice相似系数变化范围为0.598-0.813,平均相似系数为0.706。RAPD扩增结果的UPGMA聚类分析的结果表明,墨兰叶艺品种间的亲缘关系与形态学分类结果基本一致,而且还与品种来源地密切相关。     

188份巴西橡胶树种质材料AFLP指纹图谱分析

对188份巴西橡胶树种质材料进行AFLP指纹图谱分析,25对多态性引物在100～1 000 bp内共扩增出1 274条带,其中701条带具多态性,多态性达55.02％.每对引物扩增的谱带数在36～66之间,平均为51条.12份橡胶树种质材料具特征带.大多种质的遗传相似系数都在0.84～0.94之间,占94.6％.说明大多数供试材料的遗传差异相对较小,这与橡胶树种质遗传基础狭窄,遗传差异不丰富相吻合.UPGMA聚类结果将供试材料分为3大类,5个类群,每个类群再细分为若干个小组,橡胶树大部分种质按照类群遗传特性聚集在一起,表明AFLP分子标记指纹图谱结果与表型鉴定种质结果一致,分子标记指纹图谱技术可以作为种质鉴定的辅助方法,从微观方面来进行种质的研究保存,为选育种提供好的育种材料.     

利用RAPD和微卫星标记对协优杂交稻及其亲本进行区别与鉴定

选用400个随机寡核苷酸和40个荧光标记的微卫星引物对,对我国主栽的协优杂交稻组合及其亲本进行多态性分析。RAPD分析显示,400个随机寡核苷酸引物中,有364个能够在供试基因型材料中扩增出肉眼可见的DNA条带,其中28个显示扩增的多态性,这中间9个引物产生的13条多态性条带具有清晰、易分辨的特点,可以在供试的水稻组合与亲本之间,以及杂交组合之间进行区别和鉴定。微卫星分析指出,40对荧光标记引物中,13对引物产生的31条标记带,能够在供试基因型材料中显示稳定的多态性,且杂种表现为双亲的互补型。与RAPD相比,微卫星分析具有多态性强、精确性高和重复性好的特点。     

中国剑麻种质资源的AFLP分析

利用荧光标记AFLP技术研究剑麻种质遗传多样性及亲缘关系。筛选8个多态性高、分辨力强的Pst I/Mse I引物组合对40份供试材料的基因组DNA扩增,共获得条带数785条,多态性条带数507条,扩增效率64.58%,平均每对引物扩增条带数98.13条。其中,以P-GAC/M-CAC引物的扩增效率最高,达到78.63%;其次是P-GTG/M-CTC,达到71.28%;扩增效率最低的引物是P-GTA/M-CTT,为52.94%。表明供试材料在DNA水平上,酶切位点的分布存在广泛的变异。各供试材料相似系数介于0.44～0.83,在相似系数0.51处可将40份种质划分为4大类。8组引物在40份供试材料中检测到数目不等的特异带型,这些特异带型对供试剑麻种质具有一定的鉴别价值。     

龙眼品种SRAP指纹检索系统的开发及遗传多样性研究

应用SRAP技术开发了龙眼指纹检索系统并进行了遗传多样性分析。12对引物组合在16份龙眼及龙荔种质中共扩增出257条DNA带,其中248条为多态带(占96.5%),平均每个引物扩增多态性带20.7条。17份材料间的遗传相似系数范围为0.399~0.871。利用Me6Em7、Me5Em4、Me2Em8等3对引物开发的指纹检索系统,可以区分全部17份种质。根据相似系数进行聚类分析,16个龙眼品种和龙荔分成2大组,龙眼品种间的聚类结果基本反映了供试材料之间的亲缘关系。