猪博卡病毒 N P1 基因特异性的PCR 方法建立及应用

该研究根据Genbank公布的猪博卡病毒Porcine bocavirus,PBoV的核苷酸序列,在其NP1保守区域设计一对特异性引物,建立一种能扩增多种猪博卡病毒亚型的PCR检测方法,并进行特异性试验,敏感性试验,重复性试验及可靠性检测.结果显示:所建立的PCR检测方法对猪瘟病毒、猪细小病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪圆环病毒2型无交叉反应;敏感度可以检测到58pg/μL;经3次重复检测,结果一致,重复性好;对阳性产物测序,与Genbank公布的猪博卡病毒NP1序列同源性在97.3%以上,可靠性强.用建立的PCR方法对2011年重庆部分地区猪场的266份育肥猪血清样本进行检测,结果45份为猪博卡病毒阳性,证明了在重庆地区育肥猪中存在PBoV感染的情况.     

犬细小病毒巢式PCR诊断方法的建立及应用

[目的]以期建立犬细小病毒巢式PCR诊断方法.[方法]根据基因库已发表的CPV VP2基因序列设计二对巢式引物,以临床上疑似CPV感染的犬粪样品中提取的总DNA作为模板,用巢式PCR方法扩增出CPV VP2基因的目的条带.[结果]扩增出的目的基因与国际标准序列的同源性为99.3;～ 100;.特异性试验发现该引物不能启动犬其它常见病毒基因的扩增.敏感性试验表明该引物能检测到10-9的CPV总RNA量.重复性试验显示该引物具有良好的稳定性.对采集的26份样品进行CPV巢式PCR检测,20份样品为阳性,阳性率为76.9;.[结论]建立的CPV的RT - PCR检测方法可于临床CPV的快速诊断和小规模的分子流行病学调查.     

2014~2015年黑龙江牡丹江地区犬博卡病毒的分子流行病学调查

为了调查黑龙江牡丹江地区犬博卡病毒流行情况,在2014年5月至2015年4月,在黑龙江牡丹江地区采集40份腹泻犬的粪便拭子样品,利用PCR扩增方法进行鉴定和混合感染检测,进一步做进化树进行分析。检测结果显示,在40份样品中,8份样品为CBoV阳性（20%,8/40）;在8份CBoV阳性样品中,与CPV-2、CCoV、CaKV混合感染率分别为37.3%（3/8）、25%（2/8）、25%（2/8）。序列分析表明,8个CBoV毒株的NS1片段在核苷酸水平的同源性为94.2%~100%,在氨基酸水平的同源性为91.7%~100%。进化树分析显示,与韩国、美国、德国和中国香港的CBoV毒株相比,8个中国CBoV毒株表现出遗传多样性。研究揭示了黑龙江牡丹江地区流行的CBoV毒株显示出遗传多样性以及与其他肠道病毒的混合感染情况。     

猪博卡病毒1型nPCR检测方法的建立与SXWN20株基因序列分析

建立了检测猪博卡病毒1型(PBoV)的nPCR方法,对陕西省部分猪群PBoV1型感染情况进行流行病学调查。通过优化反应体系与条件,测试了方法的灵敏性和特异性,建立了PBoV1型nPCR检测方法,并对阳性样品进行测序分析。结果表明,建立nPCR方法检测PBoV1型单链DNA的极限为4.742×10^-2 ng/μL,该方法与PCV2、PCV3、PPV、猪链球菌和猪大肠杆菌DNA均无交叉反应,特异性良好。检测了陕西省猪场60份样品,PBoV1型阳性率为3.33%(2/60)。测序获得的SXWN20株VP1/VP2基因序列比对发现,SXWN20株与参比的PBoV1型毒株核苷酸同源性为96.6%～97.5%,与PBoV2/3/4/5型同源性仅为53.8%～59.7%。进化树分析显示,所有参比毒株分为3个大分支,SXWN20株与PBoV1型毒株处在一个进化分支,PBoV2型处在一个进化分支,PBoV3/4/5型处在一个进化分支。     

鹅细小病毒PCR检测方法的建立及初步应用

根据GenBank中鹅细小病毒(GPV)的7株全基因序列,在相对保守的NS区域设计了一对引物,以GPV-98E株鹅胚尿囊液的核酸提取物为模板,经优化反应条件,建立了特异性检测GPV的PCR方法。敏感性试验结果显示,该方法对GPV核酸的最小检出量为4.194 pg,尿囊液的最小检出量为3.09个ELD50;特异性试验结果显示,采用该方法检测GPV能够扩增出与预期大小相符的476 bp的特异性片段,而对作为对照的鸭瘟病毒(DPV)、禽流感病毒(AIV)、鹅副粘病毒(GPMV)的核酸均未扩增出任何条带。在临床检测中,对52份雏鹅的心、肝、肠等组织进行PCR扩增,能够检测到相应的特异性病毒核酸片段,表明建立的鹅细小病毒PCR检测方法具有敏感性高、特异性强的特点,具有潜在的临床应用价值。     

犬巴贝西虫病PCR检测方法的建立

为快速、准确检测犬巴贝西虫病,根据GenBank中收录的犬的巴贝西虫18sRNA基因序列,设计合成1对特异性诊断引物,建立了PCR诊断方法。结果扩增出了犬巴贝西虫18sRNA基因的一段大小为319bp片段,经测序,所扩增序列与报道的序列完全匹配。同时对附红细胞体、巴氏杆菌DNA样品进行扩增没有出现扩增条带。阳性犬全血DNA稀释1 000倍后,依然可以有效地检测出虫体DNA。结果表明,所建立的PCR检测方法,具有极高的敏感性和特异性,可以运用于临床检测巴贝西虫病。     

猪博卡病毒NP1基因的克隆及其生物信息学分析

根据Gen Bank发表的猪博卡病毒主要抗原基因NP1基因设计1对引物,采用降落PCR方法进行扩增,克隆后测序,并对该基因进行生物信息学分析。结果表明:成功克隆到猪博卡病毒NP1基因;NP1蛋白的二级结构中自由卷曲含量最高(51.77%),无跨膜蛋白,含有1个糖基化位点、30个磷酸化位点,有6个线性B细胞优势抗原表位,分别位于NP1蛋白的7—14位、27—50位、59—73位、85—94位、102—108位、151—155位。     

一起猪流行性腹泻病毒与博卡病毒混合感染病例分析

陕西渭南某猪场发生了一起仔猪腹泻病例,通过临床症状观察、病理解剖、细菌分离以及病原RT-PCR检测,确诊为一起流行性腹泻病毒混感博卡病毒病例。针对发病原因提出了防治措施,为防控仔猪腹泻提供参考。     

布鲁菌PCR检测方法的建立及其应用

本文根据已发表布鲁菌BCSP31基因序列,设计1对引物,以布鲁菌19号苗基因组DNA作为模板,建立诊断牛布鲁菌病的PCR方法,并对方法的特异性、敏感性及适用性进行验证.结果显示,PCR能扩增布鲁菌BCSP31基因特定序列.该方法对布鲁菌的最小检出量为9pg,对葡萄球菌26001株、大肠杆菌O78等7种参照菌株的核酸扩增结果均为阴性.建立的PCR方法具有快速简便、特异性强、敏感性高等特点.     

鸭瘟病毒PCR检测方法的建立

根据GenBank 发表的鸭瘟病毒(DPV)的基因序列,设计了针对DPV UL6 UL7保守区1对特异性引物。通过对反应条件的优化,建立了鸭瘟病毒快速鉴别诊断的PCR方法,扩增片段大小为1 293 bp。试验结果表明PCR法具有很强的特异性,且敏感性较高,最低DNA模板检出量为15 pg/mL。对鸭瘟的临床病料检测证明,该方法具有特异、快速和敏感的特点,可有效鉴别DPV。     

毛皮动物犬瘟热RT-PCR方法的建立与应用

根据GenBank上发表的犬瘟热病毒（CDV）核衣壳（N）蛋白基因序列，设计合成了1对寡聚核苷酸引物，建立CDV的RT—PCR检测方法。结果表明，该对引物能够从CDV疫苗株和疑似病例RNA反转录产物中扩增出大小为335bp的核苷酸片段，与理论值一致；该方法特异、敏感，检出率高，可用于CDV临床快速检测。     

刺盘孢属真菌PCR检测方法的建立

【目的】刺盘孢属(Colletotrichum)真菌是重要的植物病原菌,引起植物炭疽病。建立刺盘孢属真菌PCR检测方法。【方法】比对分析刺盘孢属及其近似属的ITS序列,设计刺盘孢属特异性引物,建立PCR扩增体系,验证引物的特异性和灵敏度。【结果】设计出刺盘孢属特异性引物ITS-c3/c4,建立了刺盘孢属常规PCR检测体系。建立的PCR体系能从刺盘孢属菌株中扩增出449 bp的特异性条带,刺盘孢属的近似属菌株未能扩增到条带。灵敏度试验可检测到DNA的浓度为2.2 pg/µL。【结论】用建立的PCR体系对炭疽病梨果实样品进行检测,可从发病组织中检测到刺盘孢属真菌。建立的PCR方法可靠、灵敏度高,能够快速、准确检测出刺盘孢属真菌。     

猪鼻支原体套式PCR诊断方法的建立及应用

为建立猪鼻支原体快速诊断方法,根据猪鼻支原体P69基因序列设计2对引物,建立了猪鼻支原体套式PCR诊断方法,对建立的方法进行特异性、敏感性检测,同时进行临床检测。结果表明,应用建立的套式PCR方法对猪鼻支原体DNA的检出限为1.4×10~(-5)ng/μL,与常见感染猪的细菌、病毒均无交叉反应。利用建立的套式PCR方法对23份临床样品进行检测,阳性检出率为73.9%。本研究建立的猪鼻支原体套式PCR具有特异性强、敏感性高等优点,可用于猪鼻支原体的临床诊断。     

马铃薯黑痣病多重实时定量 PCR 检测方法的建立

为建立快速、准确、可靠的马铃薯黑痣病鉴定和检测方法,以黑痣病病原菌立枯丝核菌核糖体基因簇间的保守序列—转录间隔区（Internal transcribed spacer,ITS）为靶区域,同时引入马铃薯细胞色素氧化酶（cytochrome oxidase gene,Cox）作内参,应用多重实时定量 PCR 技术,建立马铃薯黑痣病病原菌TaqMan RFQ-PCR 多重快速检测方法。结果表明：RFQ-PCR 检测体系的引物-探针具有高度的特异性,灵敏度比普通 PCR 方法高10～100倍;内参基因的引入还可有效避免假阴性的出现。方法特异性强、灵敏度高、简单、快速、可靠。     

牛传染性鼻气管炎病毒PCR检测方法的建立及初步应用

为建立一种快速诊断牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV)病的方法,根据GenBank中登录的IBRV保守基因gB序列,利用分子生物学软件Primer5.0设计1对特异引物,优化反应体系后,建立了IBRV PCR检测方法。特异性试验结果显示该方法可从IBRV DQ株中扩增出398 bp的特异性片段,而对牛呼吸道合胞体病毒、牛副流感病毒、MDBK细胞的扩增结果均为阴性。该方法检测IBRV的敏感性可达10-3 TCID50·mL-1。应用建立的PCR方法能够从发病的临床样品中检测出IBRV且比病毒分离方法更为敏感,操作简便。结果表明建立的PCR方法具有特异、敏感、快速的特点,可用于IBRV的临床检测。     

猴痘病毒荧光定量PCR检测方法的建立

根据GenBank发表的猴痘病毒(AF380138)F3L基因全序列,设计并合成了引物和TaqMan、MGB探针,建立了F3L基因的荧光定量PCR检测方法.应用该方法可从人工合成的猴痘病毒F3L基因片段(48048～48 509 bp)扩增典型的"S"型曲线,25 μL反应体系检测灵敏度可达68拷贝,但不能从鸡痘、山羊痘等病毒中扩增出相应的扩增曲线.结论:本方法可快速、敏感、特异地检测猴痘病毒.     

羊口疮病毒PCR检测方法的建立与应用

根据羊口疮病毒(ORFV)H2L基因序列,设计合成1对引物,通过确定最佳的PCR反应条件,建立了检测羊口疮病毒DNA的PCR检测方法.结果显示,用这1对引物均能扩增出羊口疮病毒507 bp的特异性片段,同时检测口蹄疫病毒和山羊痘病毒,结果均为阴性,最小检出量为5 pg.该方法具有良好的特异性和敏感性,可对临床组织病料中的ORFV进行快速检测.     

鸭疫里默氏杆菌PCR快速检测方法的建立与应用

根据GenBank中16株鸭疫里默氏杆菌(RA)的外膜蛋白A(OmpA)基因序列,在其保守区设计了一对特异性引物,建立了PCR方法,并对已有5个血清型的鸭疫里默氏杆菌纯培养菌和6株临床分离未定型的里默氏杆菌菌株,及病死鸭病料组织进行了检测。结果表明,5个血清型的鸭疫里默氏杆菌纯培养菌和6个未定型的里默氏杆菌的DNA都可扩增出592 bp的特异目的条带,而对鸭源大肠杆菌、鸭源多杀性巴氏杆菌、鸭源沙门氏菌的扩增结果均为阴性,在对11只不同鸭场病死鸭各种组织的检测中,脑的检出率为5/11(高于细菌分离的3/11),肝脏的检出率为4/11(高于细菌分离的3/11),心血的分离率为3/11(等于细菌分离的3/11),其它脏器未检测到里默氏杆菌。分别将鸭疫里默氏菌基因组DNA和菌落提取液进行10倍梯度稀释,基因组DNA的最小检出量为10 pg,菌落最小检出量为10 CFU/m l。此法可用于快速鉴定鸭疫里默氏杆菌,也适用于病料的直接检测。     

鹅细小病毒PCR诊断方法的初步建立

根据GeneBank上已发表的鹅细小病毒(GPV)基因序列,设计合成1对引物,以GPV阳性毒株鹅胚尿囊液及攻毒后死亡的雏鹅组织,提取DNA并进行PCR,结果产物扩增出的片段与预期片段440 bp大小相符,测定序列与GeneBank上GPV B株同源性达99%。试验结果显示用该方法可以特异性地诊断出GPV,比琼脂扩散试验(AGP)敏感性高,可检测最低浓度为102.5GELD50/0.2mL;检测攻毒后死亡的雏鹅组织,在脑、肝、肺、肾、肠等组织中均有GPV的存在,可以用于临床可疑病毒的分离鉴定。所建立的PCR方法具有高度的特异性、敏感性和可重复性。