基于全基因组序列的马铃薯SSR标记开发与连锁图谱加密

本研究检索了马铃薯全基因组范围内的SSR序列,并分析了其分布特点。通过开发设计位于目标染色体上的SSR引物,对连锁图谱进行加密和低温糖化抗性QTL定位。结果表明,马铃薯基因组上分布着28 609条SSR序列,平均分布于12条染色体上。其中2碱基、3碱基和4碱基基序SSR序列分别有15 943、11 053和1 613条,富含A或T的SSR数分别占2碱基、3碱基和4碱基基序SSR总数的88.6%、45.0%和26.0%。根据SSR序列两侧保守的侧翼序列,设计了位于5号染色体（chr05）上的SSR引物40对,其中有35对能有效扩增,20对引物的目标片段有多态性,13对引物的32个多态性位点定位到chr05上,将平均标记间距从9.0 cM缩小为1.7 cM,低温糖化抗性QTL的2 LOD置信区间从26.0 cM缩小为4.0 cM;6号染色体（chr06）上新设计SSR引物59对,有54对能有效扩增,25对引物的目标片段有多态性,12对引物的30个多态性位点被定位到chr06上,将平均标记间距从5.5 cM缩小为3.5 cM,低温糖化抗性QTL区间从9.0 cM缩小为3.7 cM。研究结果为抗低温糖化QTL的图位克隆奠定了良好基础,为马铃薯抗低温糖化分子育种提供了辅助标记。     

甜瓜杂交种SSR指纹图谱的构建

以2个甜瓜杂交品种(系)的种子东方蜜1号和01-31为试材,从63对SSR引物中筛选出10对扩增产物具有稳定多态性的引物,这些引物分布在甜瓜整个基因组,每对引物可以检测到2～4个数目不等的多态性片段(allele),共27个多态性片段,平均为2.7个,片段大小介于85￣270bp之间,并从入选的10对SSR引物中选出7对构建了这2个甜瓜杂交种的指纹图谱。在比较分析各试材图谱的基础上,探讨了品种指纹图谱的统计学方法,并对构建的2个甜瓜杂交种的指纹图谱进行了可信度分析,建立了适于种子检验中使用的标准SSR标记指纹图谱。实验表明,利用SSR技术进行甜瓜杂交种的纯度鉴定是可行的、有效的。     

甜瓜基因组SSR位点分布规律与多态性初探

以3个甜瓜品种"BM7"、"伽师瓜"和"Y8"为试材,选取甜瓜基因组的3个DNA区域进行SSR位点的分布规律分析,进一步通过聚丙烯酰胺凝胶电泳检验甜瓜基因组SSR位点的多态性,以期初步揭示甜瓜基因组中SSR位点的分布规律及其多态性,进而为甜瓜及其它物种开展相关研究提供参考。试验表明:甜瓜基因组中平均每1.9kb就有一个SSR位点,富含A和T的重复基序出现的频率远高于富含C和G的重复基序的频率,没有发现全部由C、G构成的重复基序;二、三、四碱基重复基序的SSR位点占绝大多数(83.3%),五、六碱基重复基序的SSR位点分布较少(16.7%)。二、三、四、五、六核苷酸重复基序SSR位点平均长度依次为21、15、14、16、20bp。设计的82对SSR引物中81对扩增出产物,多态比例最高为48.1%。试验表明,甜瓜基因组中SSR分布具有一定规律,并且可以利用SSR分子标记开展相关研究;试验同时对更好地开展SSR和ISSR分子标记的相关研究奠定了理论基础和依据。     

西州密系列甜瓜SSR指纹图谱构建及聚类分析

为利用SSR标记技术建立西州密系列甜瓜品种的DNA指纹图谱,实现快速准确地鉴定品种.利用18份西州密系列甜瓜品种(系)对73对甜瓜SSR引物进行筛选,获得9对扩增稳定、呈共显性、条带清晰、多态性好的引物,其中每对引物可检测到3～6个等位变异,平均4.33个;多态性信息含量(PIC)平均值为0.45,变化范围为0.20～...     

甜瓜白粉病抗性AFLP连锁标记的初步研究

甜瓜白粉病是危害我国甜瓜(Cucumis melo L.)生产的主要病害之一。以抗病的7-2和感病的7-1、7-3杂交组合与分离群体进行了甜瓜抗白粉病连锁分子标记研究,建立了AFLP标记技术体系,找到了1个与甜瓜白粉病抗病基因紧密连锁的AFLP标记:M60/E25-520。     

SSR标记鉴定甜瓜品种‘红月亮’种子纯度

为明确甜瓜品种‘红月亮’F1代的种子纯度,通过提取甜瓜‘红月亮’子叶DNA,利用SSR（SimpleSe—quenceRepeats）分子标记对甜瓜品种红月亮F。代种子DNA进行了PCR扩增、检测与分析。结果表明,在20个SSR引物组合对亲本及F。代筛选中,共有6对引物组合具有多态性,多态率30％。选择CMBR026用于‘红月亮’F1代种子纯度鉴定,使用该标记共检测118株,其中2株为自交株,种子纯度为98．3％;试验用的‘红月亮’种子田间鉴定纯度为99．5％,鉴定结果一致。SSR分子标记方法更能准确鉴别出‘红月亮’中的不纯株,且大大缩短纯度鉴定周期。     

SSR标记鉴定甜瓜品种‘红月亮’种子纯度

为明确甜瓜品种‘红月亮’F1代的种子纯度,通过提取甜瓜‘红月亮’子叶DNA,利用SSR(Simple Sequence Repeats)分子标记对甜瓜品种红月亮F1代种子DNA进行了PCR扩增、检测与分析。结果表明,在20个SSR引物组合对亲本及F1代筛选中,共有6对引物组合具有多态性,多态率30%。选择CMBR026用于‘红月亮’F1代种子纯度鉴定,使用该标记共检测118株,其中2株为自交株,种子纯度为98.3%;试验用的‘红月亮’种子田间鉴定纯度为99.5%,鉴定结果一致。SSR分子标记方法更能准确鉴别出‘红月亮’中的不纯株,且大大缩短纯度鉴定周期。     

利用AFLP和RAPD标记构建桃的遗传连锁图谱

为了给进一步研究桃的遗传标记的定位打下基础,以毛桃北京2—7[Prunus persica(L．)Batsch．Beijing2-7]、山桃白花山碧桃[Prunus davidiana(Carr．)Franch．Baihuashanbitao]以及2者的F1代为试材,用RAPD、AFLP标记构建了北京2—7和白花山碧桃的遗传连锁图,分别覆盖221．7 cM(7个连锁群)、1238．8 cM(12个连锁群)。其中北京2—7的连锁图包含19个标记,标记间平均距离为11．7 cM;白花山碧桃的连锁图包含103个标记,标记间平均距离为12．0 cM。     

基于形态学标记及SSR 标记的甜瓜主栽品种分类鉴定研究

利用形态学标记、SSR 分子标记技术对市场上广泛种植的甜瓜品种进行分类鉴定。利用形态学聚类分析，得到60份材料间的相似系数为0.73～0.94，在相似系数为0.74 处，60 份甜瓜材料被分为2 类，为薄皮甜瓜和厚皮甜瓜；在相似系数为0.77 处，薄皮甜瓜按照单果质量、熟性、果皮底色、芳香气分为4 组，实现初步分类。经过SSR 标记聚类分析，得到60 份材料间的相似系数为0.75～0.95，当相似系数为 0.77 时，可以将所有供试材料分为6 类。利用SSR 分子标记技术，为60 份不同甜瓜品种构建唯一的指纹图谱。18 对SSR 引物，每对引物可以检测到4～11 条数目不等的多态性条带，平均为8 条。多态性信息含量（PIC）平均为0.71，变化范围为0.58～0.88。采用QR 编码为60 份甜瓜材料构建了唯一的指纹图谱。试验结果表明形态学标记对60 份材料实现初步分类，SSR 分子标记则能够有效地区别60 份材料，并且为建立甜瓜品种的核酸指纹图谱库提供了理论数据，实现对甜瓜品种进行快速、准确的鉴定。     

甜瓜重组自交系群体SSR遗传图谱构建及纯雌性基因定位

 以甜瓜（Cucumis melo L.）纯雌株厚皮甜瓜品系WI998为母本,雌雄异花同株薄皮甜瓜品系3-2-2为父本杂交,通过单粒传得到了含有185个F6︰7家系的重组自交系分离群体,构建SSR分子遗传图谱。1 219对SSR引物在亲本间有多态性的为215对,多态率17.6%,构建的图谱共包含210个SSR标记,分属18个连锁群,覆盖基因组长度为937.1 cM,标记间平均距离为4.4 cM。将与性别表达密切相关的纯雌性基因（g）定位到了第1连锁群上,其两侧标记为NR3和MU8294_1,与g基因的遗传间距分别为1.2 cM和2.6 cM。     

中国红皮砂梨品种的SSR标记分析

采用SSR (Simp le sequence repeat) 标记技术对29个砂梨品种或类型(主要为红皮型) 做了鉴定, 并对其亲缘关系进行了分析。6对SSR引物(BGA35、KU10、BGT23b、NH004a、NH011b和NH015a)均扩增出了较多的等位基因。NH004a位点的等位基因数、有效等位基因、杂合度和香农多样性指数都较高,显示了良好的品种鉴定能力。除3对品种或类型可能为同物异名或芽变类型无法区分开外, 6对引物组合可以成功地鉴定其它品种。聚类分析可以将29个砂梨品种(类型) 明显分成4个组。第Ⅰ组全部来自云南, 其中包括2个绿皮砂梨品种, 其余为红皮砂梨, 说明该组内红皮砂梨的祖先可能与这些绿皮砂梨亲缘关系很近。在第Ⅱ、Ⅲ组中, 来自四川会理的红梨品种和云南的红梨品种交叉组合, 可能是两地间品种交流的历史反映。第Ⅳ组中来自四川会理的‘香酥梨’、‘栽秧梨’, 原产云南弥渡的‘弥渡香酥梨’以及原产云南丽江的‘长水火把梨’相互间及与其它梨的亲缘关系均较远。分布在云南各地的火把梨可能有不同的起源。     

大花蕙兰遗传多样性及亲缘关系的AFLP分析

对来源于日本、韩国和美国的42个大花蕙兰品种和两个国产兰属原生种进行了遗传多样性和亲缘关系的AFLP分析, 9对多态性引物在50～500 bp内共扩增出1 597条带, 其中多态性带1 565条, 多态性比率9810%。单引物对扩增的带数156～193条, 平均每对引物扩增带数177条。42个品种具特征带或缺失带。大花蕙兰品种间的遗传多样性丰富, 品种间的相似系数0.3399 ～0.8223, 平均相似系数0.5783。UPGMA聚类结果将供试品种分为4大类, 与根据花枝类型或花径大小、花色等形态指标分类的结果相吻合, 同一产地来源甚至同一育种公司选育出的品种能基本上聚类在一起, 反映出了品种间的亲缘关系。     

大白菜SSR锚定标记分子遗传图谱的构建

为了将已有的大白菜分子遗传图谱和国际上A基因组参考图谱对应起来,利用国际上发表的大白菜和甘蓝型油菜A基因组特异SSR标记作为锚定标记,以100个DH株系组成的群体为作图群体进行了分子遗传图谱的构建研究。利用双亲和F1对230个SSR标记和8个STS标记进行了筛选,共获得67个多态性分子标记。在此基础上整合了已有的263个AFLP标记、150个RAPD标记、17个SSR标记、3个SCAR标记、14个同工酶标记和1个形态标记,最终构建了一张由10个连锁群组成,包含了497个标记的大白菜高密度分子遗传图谱。该图谱覆盖基因组长度1 086.7 cM,标记间平均图距2.19 cM。此图谱上包含了已在A基因组参考图谱上定位的34个SSR标记和2个STS标记,分布于10个连锁群上,由此可将该图谱按A基因组参考图谱的连锁群进行命名,即A1~A10,并与10条染色体对应起来,A1~A10分别对应3、6、2、8、5、4、7、9、1、10号染色体。     

基于果皮SSR分子标记的二十九个红色酿酒葡萄资源的亲缘关系分析

为了有效区分和合理利用酿酒葡萄种质资源,减少酿酒葡萄育种工作中亲本选配的盲目性,利用SSR分子标记技术对29份酿酒葡萄资源进行了遗传多样性分析。结果表明:10对SSR引物共扩增出90个位点,观测杂合度为0.482 8~0.965 5,期望杂合度为0.592 3~0.893 5,Shannon多样性指数为1.185 7~2.227 9,多态性位点100%。UPGMA聚类分析结果表明,在遗传相似系数0.16处,29份材料分成两大组,其中含有28个品种的组Ⅰ中,2个欧亚种‘红汁加美’和‘晚红蜜’为亚组Ⅱ;亚组Ⅰ中6个欧亚种(‘美乐181’‘品丽珠327’‘赤霞珠169’‘蛇龙珠’‘马瑟兰c980’和‘宝石解百纳’)之间具有亲子关系,为一类(季组Ⅱ);季组Ⅰ分A、B组,其中A组包含14个欧亚种,1个毛欧杂种、1个种间杂种、1个山欧杂种,B组包括1个种间杂种和3个欧山杂种。聚类分析结果与系谱图一致。该研究结果为酿酒葡萄种质资源保护提供了有效信息,并且为酿酒葡萄育种的亲本选择提供了理论指导。     

苹果矮化砧木SH系的SSR标记鉴定

对山西省果树研究所、北京市林业果树研究所和北京市昌平果树研究所保存的28份SH系苹果砧木进行鉴定,结果表明：山西果树所的SH9与北京林果所的SH9,相似性高达100%,属于同名同物;山西果树所的SH17、SH18、SH40与北京昌平的SH17、SH18、SH40的相似性分别为68.9%、55.1%和65.6%,属于同名异物;山西果树所、北京林果所及北京昌平的SH38,三者间最高相似性为61.2%,均为不同材料;山西的SH18与SHb(100%),北京昌平的SH17与山西的SHd,山西的SHa与山西的SHe,山西的SH18(28)与山西的SH40,相似性均在99%以上,属于同一种材料,而相似性比较高的还有昌平的SH18与昌平的SH38（98.4%）,并且山西的SH12与山西的SH17及SH29三者相似性在97.2%~98.9%之间;不同保存地的SH1、SH3、SH6、SH8-11、SH9-hf、SH19、SH28、SH29、SHc、SHd和SHf为异名异物材料。     

黄瓜瓜把长度QTL定位的研究

 本研究的主要目的是利用长瓜把的129 与短瓜把的Z3杂交衍生的F2株系,检测与黄瓜瓜把相关的QTL。DNA从F2株系提取,并且利用SSR引物对其进行扩增。总共有5个呈现清晰、可重复的多态性分子标记用于QTL检测。结合瓜把数据,利用Mapmaker 3.0b构建基因连锁图谱,运用Windows QTL Cartographer V2.0检测QTL。LOD大于2作为QTL存在的阈值。4个来自于同一个连锁群的分子标记CSWGATT01B、CSWGATT01C、CSCT335 和CSWGATT01A与瓜把长度显著相关。Qchl1与分子标记CSWGATT01B, CSWGATT01C 紧密连锁,与二者分别相距3.4 cM 和 18.0 cM,且变异贡献率为18.49%。     

基于EST信息的百合SSR标记的建立

依据已知的百合EST（expressed sequence tags）序列信息,开发新的SSR(simple sequence repeats)标记,在NCBI的EST数据库1 688 EST中检索到98条含有101个SSR的序列, SSR的检出率为5.98%,其中三核苷酸重复类型占主导地位,出现频率为2.84%。EST-SSR的重复基元共搜索到47种,其中三核苷酸重复基元类型最为丰富,大约占重复基元类型总数的一半。利用部分EST-SSRs序列共设计23对SSR引物, 以铁炮百合‘Snow Queen' DNA为模板,对引物进行筛选,其中18对引物有扩增产物,占所设计引物总数的78.26%;进一步用这些引物在5个杂种系列13个百合品种进行多态性测试,显示多态性的引物占可扩增引物的66.7%。本研究结果证明了基于百合EST信息建立SSR标记是一种有效而又可行的方法。     

西瓜重组自交系群体的AFLP 分子图谱构建

 以可溶性固形物含量高、皮薄、感枯萎病的栽培西瓜自交系( Citrullus lanatus var. lanatus)97103 和可溶性固形物含量低、皮厚、抗病的野生西瓜种质( Citrullus lanatus var. citroides) PI296341 为亲本构建获得F₂S₇ 的重组自交系群体, 通过AFLP 技术对该群体进行扩增, 建立了一个包括150 个标记组成的分子图谱。该图谱包括17 个连锁群, 覆盖基因组范围1240.2 cM, 两个标记间的平均图距为8.3 cM。图谱的建立对于西瓜高密度遗传图谱的构建、重要农艺性状的QTL 定位以及重要基因的图谱克隆均具有重要的参考价值。     

番茄遗传图谱构建和抗晚疫病基因Ph-2的QTL分析

以含有抗番茄晚疫病（Phytophthora infestans）基因Ph-2的樱桃番茄（Solanum lycopersicum var. cerasiforme）W.Va.700为父本,感病的普通番茄（Solanum lycopersicum）优良品系04957为母本,构建的260个F2单株为图谱构建群体,通过接种番茄晚疫病病原菌生理小种T1,对Ph-2基因进行了抗病性鉴定和遗传分析。结果表明,抗性基因Ph-2对生理小种T1的抗性呈正态分布,属于数量性状遗传。进一步应用RAPD、SSR和AFLP的方法构建了包含12个连锁群,长度1 154.85 cM,平均图距9.47 cM的分子遗传图谱。检测到5个与抗性基因Ph-2相关的QTL（quantitative trait loci）位点,其中QPh2-1、QPh2-2、QPh2-3和QPh2-4,位于第3连锁群上,表型变异分别为26.95%、16.63%、16.24%和6.69%;QPh2-5位于第1染色体上,与OPK14的距离为0.76 cM,表型变异为33.87%;QPh2-2、QPh2-3和QPh2-4为减效QTL,QPh2-1和QPh2-5为增效和显性QTL     

普通杏品种SSR遗传多样性分析

利用来自杏、桃和扁桃的25对SSR多态性引物对66个普通杏品种进行了PCR扩增及变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,共检测出284个等位位点,每对引物的等位位点数在3～17之间,平均为11.36。通过NTSYS软件计算得到的Dice相似性系数为0.083～0.987,平均值为0.370,表明中国普通杏种质资源的遗传多样性丰富。UPGMA法聚类将66份材料分为5个组。SSR标记反映出的品种间亲缘关系与根据地理生态类型对杏种质的分类结果基本一致。来自四川和贵州的多数品种独立聚成一组,表现出与其它品种较远的亲缘关系,该地区可能存在特异性较高的种质资源。证实了扁桃基因组SSR引物可用在杏SSR标记的研究中。