山羊生长分化因子9基因外显子2 的PCR-SSCP分析

【目的】寻找与产羔数相关的遗传标记，为山羊高繁殖力的标记辅助选择提供科学依据。【方法】以控制Belclare绵羊和Cambridge绵羊高繁殖力的生长分化因子9（growth differentiation factor 9, GDF9）基因为候选基因，根据绵羊GDF9基因序列设计4对引物，采用PCR-SSCP技术检测GDF9基因外显子2在高繁殖力山羊品种(济宁青山羊)以及低繁殖力山羊品种(波尔山羊、文登奶山羊、辽宁绒山羊、北京本地山羊)中的单核苷酸多态性，同时研究该基因对济宁青山羊高繁殖力的影响。【结果】山羊与绵羊的GDF9基因外显子2核苷酸序列同源性为99%(955/965)。引物1和引物4存在多态性。对于引物1扩增片段，5个山羊品种均检测到AA、AB和BB 3种基因型，测序分析发现外显子2第26 bp处有1个G→A的单碱基突变，但没有引起氨基酸改变；济宁青山羊A等位基因频率为0.9128，B等位基因频率为0.0872；AA基因型济宁青山羊产羔数最小二乘均值比AB基因型的多0.54只(P<0.01)，比BB基因型的多0.63只(P<0.01)。对于引物4扩增片段，5个山羊品种均检测到CC、CD和DD 3种基因型，测序分析发现外显子2第792 bp处有1个G→A的单碱基突变并且导致缬氨酸改变为异亮氨酸；济宁青山羊C等位基因频率为0.9266，D等位基因频率为0.0734；CC基因型济宁青山羊产羔数最小二乘均值比CD基因型的多0.57只(P<0.01)，比DD基因型的多0.62只(P<0.01)。【结论】初步表明GDF9基因可能是控制济宁青山羊多胎性能的一个主效基因或是与之存在紧密遗传连锁的分子标记。     

黔北麻羊LHβ基因多态性及其与产羔数的相关性分析

采用直接测序法检测LHβ基因在黔北麻羊中的单核苷酸多态性,以探讨促黄体素β亚基基因多态性与黔北麻羊产羔数的关系,以及该基因对黔北麻羊繁殖力的影响。结果表明:LHβ基因检测到2个突变位点,在外显子2第414位点发生了由C→T碱基突变,导致苏氨酸突变为甲硫氨酸;检测到AA、Aa 2种基因型。A等位基因频率为0.933 4,a等位基因频率为0.066 7,2种基因型之间产羔数差异均不显著(P0.05)。在内含子2第718位点发生了由G→A碱基突变,检测到BB、Bb 2种基因型。B等位基因频率为0.950 0,b等位基因频率为0.0500,2种基因型之间产羔数差异均不显著(P0.05)。     

滩羊群体产羔性状相关基因位点的遗传变异分析

采用PCR-RFLP、PCR-SSCP方法检测滩羊群体中与产羔性状相关基因位点的遗传变异,并分析其与产羔数的关系,为探讨滩羊产羔的分子机制提供依据。结果表明,滩羊群体中存在BMPR IB基因Fec B位点突变A746G,表现出B/+和+/+2种基因型,B/+基因型和+/+基因型的频率分别为0.06和0.94,+/+基因型是群体中的优势基因型;等位基因B和+的频率分别为0.03和0.97,等位基因+是群体中的优势等位基因。在滩羊群体中,未检测到GDF9基因的突变位点,表明该突变位点与滩羊的产羔性能无相关性。因此,BMPR IB基因Fec B位点可能是滩羊高繁殖力的重要调控基因之一,在一定程度上影响母羊的产羔性能。     

贵宾犬FSHβ基因多态性与产仔数的相关性分析

采用PCR-SNP的方法检测贵宾犬FSHβ基因第1内含子、第2外显子中存在的点突变,并分析该基因对产仔数的影响.结果表明:在FSHβ基因内含子和外显子中分别发现了C979G和A257G突变,外显子的A→G突变未影响氨基酸序列.内含子中的突变以CG型的频率最高,为0.488 4,其次为CC型;在群体中C等位基因频率比G等位基因频率高.外显子中的突变以AG型的频率最高,为0.627 9,其次为GG型;在群体中G等位基因频率比A等位基因频率高.贵宾犬群体纯合度为0.509 7,多态信息含量为0.370 1.在内含子中,CG型产仔数比CC型高0.67条;在外显子中AG型产仔数比GG型高0.76条.但2个点突变的基因型与其他基因型相比产仔数差异不显著(P＞0.05),表明FSHβ基因多态与贵宾犬的产仔数不具有显著相关性.     

湖羊GDF9基因多态性和产羔性能的关系

[目的]研究湖羊GDF9基因多态性和产羔性能的关系。[方法]以湖羊为试验对象,对湖羊GDF9基因做PCR-SSCP多态性检测,分析多态性对湖羊产羔性能的影响。[结果]检测出3种基因型,定义为GG、AG、AA。基因型测序显示,在152 bp处发生了A被G碱基替换而发生突变。GG基因型频率、AG基因型频率和AA基因型频率分别为0.107、0.883和0.010。湖羊GG、AG和AA基因型的第1,2胎平均产羔数分别为2.068、2.025和1.500。3种基因型对第1胎产羔数没有影响;第2胎产羔数GG、AG与AA之间有显著性差异,表明GDF9基因对湖羊第2胎产羔数有影响。从第1、2胎的平均产羔数来看,差异不显著,但GG和AG基因型的产羔数相对AA基因型较高。[结论]GDF9基因对绵羊正常的繁殖是必需的,且该基因对湖羊产羔数有一定影响。     

绵羊GDF9基因FecTT突变检测

FecTT是冰岛Thoka绵羊GDF9基因外显子2编码区1279位发生的A→C突变(A1279C),导致编码GDF9蛋白C末端成熟肽第109位丝氨酸改变为精氨酸(S109R),该突变纯合子母羊不育,杂合子母羊产羔数比野生型多0.6只。本研究采用PCR-RFLP方法分析了GDF9基因FecTT突变在小尾寒羊、洼地绵羊、湖羊、考力代、白萨福克、黑萨福克、东弗里生、杜泊绵羊、特克塞尔、多赛特和中国美利奴11个绵羊品种中的分布。结果表明在11个绵羊品种中都没有检测到GDF9基因的FecTT突变,提示GDF9基因影响Thoka绵羊高繁殖力的FecTT突变对以上11个绵羊品种的繁殖力均没有显著影响。     

宗地花猪GDF9基因多态性与繁殖性状关联性分析

为验证GDF9基因SNP位点与宗地花猪繁殖性状的关联性,从而为提高宗地花猪繁殖性能提供有价值的分子辅助标记,推进选育进程进行试验。以贵州宗地花猪经产母猪为试验素材,利用DNA池和DNA直接测序方法检测GDF9基因的多态性,对各突变位点不同基因型个体与总产仔数、产活仔数、仔猪平均初生质量和母猪泌乳力性状进行关联性分析。在受试群体中,发现基因GDF9有2个突变位点,C1009T和T1014C均位于exon2;且都与经产母猪总产仔数、产活仔数差异显著(P0.05);基因型分别为BBABAA、DDCDCC,母猪泌乳力基因型个体之间差异不显著(P0.05)。仔猪平均初生质量的基因型表现为BBABAA、DDCDCC,差异显著(P0.05);母猪总产仔数DD基因型多于DC与CC基因型,DD基因型为优势基因型,D为优势等位基因;BB基因型在总产仔数、产活仔数的繁殖性状中多于基因型AB、AA,BB为优势基因型,B为优势等位基因。因此,研究结果表明推测等位基因D和等位基因B可能为宗地花猪总产仔数、产活仔数的有利等位基因,且DD基因型和BB基因型为有利基因型。     

贵州黑山羊GDF9基因外显子2的多态性分析

通过对贵州黑山羊GDF9基因第二外显子进行PCR、双向测序、比对,以检测研究其遗传多态性,结果表明：在所有检测样本中均未发现GDF9基因的FecGH突变;仅有2只高繁殖力（3羔以上/胎）母羊在767位点发生了C→T的变异,均为杂合体AB型,导致脯氨酸突变为亮氨酸,突变的发生率为14.29%,而在低繁殖力母羊中均未发现该突变,该突变可能与贵州白山羊的高繁殖力有关。     

绵羊高繁殖力候选基因GDF9的多态性分析

为寻找与绵羊产羔数相关的分子遗传标记,根据生长分化因子9(GDF9)基因序列设计引物,采用PCR-SSCP技术检测GDF9基因突变位点的多态性,研究不同基因型和小尾寒羊产羔数间的相关性.检测结果表明:小尾寒羊、白萨福克和特克赛尔绵羊都检测出AA、AB和BB 3种基因型,而在藏羊中只检测到AA、AB 2种基因型.测序结果表明,BB型为突变纯合型,其外显子2的75个碱基发生了C→T的突变(G2突变),没有引起氨基酸的改变,为沉默突变.小尾寒羊产羔数的最小二乘均值关系为AB>AA>BB,但3种基因型间差异不显著(P>0.05).GDF9基因的G2突变对小尾寒羊高繁殖力没有显著影响.     

绵羊GDF9基因G1突变可视化检测方法的建立

为了建立快速可视化检测绵羊生长分化因子9基因(Growth differentiation factor 9,GDF9)G1突变的方法,针对绵羊GDF9基因G1突变设计扩增阻滞突变系统(Amplification refractory mutation system,ARMS)特异性引物,并在其下游引物3′端的第2—4位碱基处设计额外的错配以筛选特异性最佳的引物对,将改良的ARMS与核酸染料SYBR GreenⅠ结合,可视化检测GDF9基因G1突变。结果显示,改良的ARMS特异性引物能够区分突变型和野生型,通过整合改良的ARMS与SYBR GreenⅠ可视化检测G1突变,发现已知突变型样本显示亮绿色,而已知野生型样本显示橙黄色,两者颜色变化明显。采用建立的可视化检测绵羊GDF9基因G1突变的方法检测25个小尾寒羊样本,结果表明,该方法能够准确区分绵羊GDF9基因G1突变的野生型和突变型,其检测结果与测序结果相符,准确度高达100%。可见,建立的可视化检测方法可用于检测绵羊GDF9基因G1突变。     

虾夷马粪海胆CYP51基因cDNA的克隆及其SNPs分析

采用RT-PCR、PCR-SSCP等分子生物学技术和关联分析等方法对虾夷马粪海胆Strongylocentrotus intermedius CYP51基因的cDNA序列进行了克隆和单核苷酸多态性分析.结果表明:虾夷马粪海胆的CYP51基因包括一个1491 bp的开放阅读框,编码496个氨基酸;其开放阅读框的第161个核苷酸处存在1个单核苷酸多态性,即核苷酸发生了A→G突变.关联分析结果表明,该单核苷酸多态性与虾夷马粪海胆的体质量、性腺质量之间存在显著相关性(P＜0.05).本研究中首次克隆了虾夷马粪海胆CYP51基因的cDNA序列并进行了SNPs分析,研究结果可为虾夷马粪海胆的分子标记辅助育种提供参考.     

广西三黄鸡脂蛋白脂酶基因的克隆及蛋白构象分析

【目的】对广西三黄鸡和爱拔益加（AA）鸡的脂蛋白脂酶基因（LPL）进行克隆与蛋白质结构分析,为后期开展LPL基因表达与鸡肌内脂肪含量相关性研究及筛选出与优质肉质相关的分子遗传标记奠定基础。【方法】根据GenBank已公布的鸡“也基因序列设计引物,利用RT-PCR扩增广西三黄鸡和AA鸡的LPL基因cDNA序列,经双酶切鉴定和序列测定比对分析后,应用生物软件进行蛋白质二级结构预测分析。【结果】成功获得广西三黄鸡和AA鸡的LPL基因编码区序列（CDs）,大小均为1473bp,两者的同源性为99．4％;将广西三黄鸡LPL基因序列提交至GenBank获得序列号JX090309。相对于AA鸡,广西三黄鸡LPL基因CDs存在9个位点的碱基突变,其中碱基^503T→C导致氨基酸^168Val→Ala,^606T→G导致^202Asp→Glu,^1066A→G导致^366Thr→Ala,^1277C→T导致^426Ser→Phe,^1420A→G导致^474Arp→Gly,^1432G→A导致^202Glu→Lys,这6个位点为错义突变;第166、372和1305位点的碱基突变为同义突变。蛋白质二级结构预测结果表明,广西三黄鸡与AA鸡LPL的C端结构域存在空间构象差异。【结论】LPL基因突变引起的氨基酸组成变化及蛋白质二级构象改变,可能影响鸡肌内脂肪沉积,进而决定肉质的优劣,即LPL基因可作为研究广西三黄鸡肌内脂肪代谢的主要候选基因。     

5个绵羊品种CAST基因多态性及其与肉品质的相关性

为从分子水平研究甘肃境内典型养殖模式下甘肃高山细毛羊、小尾寒羊、藏羊、蒙古羊和滩羊5个绵羊品种的CAST基因多态性与肉品质的相关性,探讨以CAST为候选基因,提高绵羊肉品质的可能性。采用PCR SSCP技术对5个绵羊品种的CAST基因内含子3多态性进行检测,并就CAST基因多态性与9月龄肉品质进行相关性分析。根据比对结果发现,与等位基因A相比,等位基因B发现G62T以及C110T突变,等位基因C发现C92T突变,形成AA、AB、BB和AC 4种基因型;经检验表明,5个绵羊品种均处于非 Hardy Weinberg 平衡状态;群体遗传多态性分析表明,5个绵羊品种的多态信息含量均为中度多态;关联分析表明,5个绵羊品种 CAST基因变异位点的4个基因型间失水率AC基因型显著高于其他基因型（P<005）,对于剪切力AC基因型显著低于其他3种基因型（P<005）;不同绵羊品种间基因型分析表明,对于5个绵羊品种AC基因型的失水率显著高于其他3种基因型,除蒙古羊外,AC基因型的剪切力显著低于其他基因型;变异对眼肌面积没有显著性影响。这些关联说明CAST 基因可作为候选基因用于绵羊产肉性能和肉品质的分子标记辅助选择。     

茶叶中没食子酸、儿茶素类和生物碱的 HPLC检测方法研究

比较 ZorbaxSB-C18与 TSKgelODS-100Z这2种色谱柱对12个组分的分离效果,从洗脱方式、流动相pH 值、柱温与流速等方面优化色谱条件,并对其进行方法学考查以及茶样测定应用,从而建立了一种同时测定茶叶中没食子酸（GA）、8种儿茶素类（GC、EGC、C、EGCG、EC、GCG、ECG、CG）与3种生物碱（可可碱、茶碱、咖啡碱）的高效液相色谱（HPLC）检测方法。确立的最优色谱条件为：采用 TSKgelODS-100Z （4．6mm×150mm,5μm）色谱柱,流动相为2‰甲酸水溶液（A 相）和甲醇（B相）,洗脱方式为83％A （0 min）→75％A （5min）→73％A （7min）→58％A （16min）→83％A （18min）,柱温为40℃,流速为1．0mL ·min－1,检测波长为280nm。茶叶中各组分回归方程的相关系数均在0．9990以上,保留时间与峰面积的精密度RSD 分别小于0．105％与4．076％,加标回收率在97．767％～104．766％。该方法具有良好的线性关系、精密度和回收率,对待测组分的分离效果好,适用于茶叶中没食子酸、儿茶素类及生物碱含量的准确测定。     

黑番鸭VIPR-1基因单核苷酸多态性与就巢性状的关联性分析

VIPR\|1基因是研究家禽就巢性状的重要候选基因,研究选用处在产蛋期、就巢期的黑番鸭为研究对象,通过PCR\|RFLP和测序的方法,对VIPR\|1基因内含子12进行多态性检测,并分析其与就巢性状之间的关系。结果表明：VIPR\|1基因内含子12存在一个AfaⅠ酶切位点,该位点在内含子12的902 bp处发生了C→T的碱基突变,产生了CC,CT和TT三种基因型。通过对产蛋黑番鸭与就巢黑番鸭个体的研究,发现所测产蛋黑番鸭基因型的分布情况为CC（32）,TT（40）和CT（42）,就巢黑番鸭基因型的分布为CC（18）,TT（40）和CT（18）,经卡方独立性检验,产蛋黑番鸭与就巢黑番鸭两者之间基因型的分布差异显著（P＜005）。表明黑番鸭VIPR\|1基因第12内含子C902T突变与黑番鸭的就巢性状显著相关。     

绵羊BMP15和GDF9基因多态性与产羔性能间的关系

本研究采用PCR-RFLP和PCR-SSCP技术分别对骨形态发生蛋白15（BMP15）基因FecXG突变和FecXL突变、生长分化因子9（GDF9）基因外显子Ⅰ、外显子Ⅱ部分核苷酸多态性及其与小尾寒羊、中国美利奴（新疆型）绵羊多胎品系、肉用品系、体大品系、萨福克、无角陶赛特、中国美利奴（新疆型）和德国肉用美利奴产羔数间的关系进行了分析,结果发现：（1）利用PCR-RFLP技术分析了小尾寒羊等8个品种BMP15 FecXG突变,在该位点未发现多态性;（2）利用PCR-SSCP技术分析了小尾寒羊等8个品种BMP15 FecXL所在区域的多态性,在BMP15基因存在G1047A转换,但并不引起BMP15氨基酸序列的改变,该突变与FecXL（G962A）不同,是在BMP15中新发现的一个突变。G1047A突变对小尾寒羊等7个品种的平均产羔数无显著影响;（3）在小尾寒羊等8个群体的GDF9外显子Ⅰ均未发现多态性;（4）在小尾寒羊等8个群体中发现存在G4突变,该突变对绵羊平均产羔数均无显著影响。以上结果提示：上述2个基因的4个分析区域不宜用于小尾寒羊等7个品种绵羊多羔性状的分子标记位点。     

马氏珠母贝TLRP基因克隆及其功能研究

【目的】明确马氏珠母贝TLRP基因（PmTLRP）的组织表达特征及哈维氏弧菌（Vibrio harveyi）刺激、植核及脂多糖（LPS）刺激后的时序表达特点,为进一步研究TLRs在马氏珠母贝中的免疫机制打下基础。【方法】采用RACE克隆PmTLRP基因c DNA序列,通过ProtParam、ProtScale、SignalP 4.0、TMHMM v.2.0、SMART、SoftBerry Psite和SOPMA等在线软件进行生物信息学分析,并以实时荧光定量PCR检测PmTLRP基因在马氏珠母贝各组织中及经哈维氏弧菌、植核及LPS刺激后的表达情况。【结果】PmTLRP基因cDNA序列全长2214 bp,包含33 bp的5’非编码区（5’-UTR）、135 bp的3’非编码区（3’-UTR）及2043 bp的开放阅读框（ORF）,共编码681个氨基酸残基;其编码蛋白含有信号肽、富含亮氨酸重复序列（LRRs）、跨膜结构域和TIR结构域,符合TLRs家族所具有的特征;PmTLRP氨基酸序列与其他物种的TLRs氨基酸序列存在一定相似性,其中与美洲牡蛎TLP氨基酸序列的相似度较高。PmTLRP基因...     

牦牛CAPN1基因intron 1多态性及其与胴体和肉质性状的关联性

采用PCR SSCP技术检测甘南牦牛、天祝白牦牛及大通牦牛钙蛋白酶1（CAPN1）基因单核苷酸多态性（SNPs）,并分析SNPs对甘南牦牛部分胴体及肉质性状的影响。结果表明,3类群牦牛在CAPN1基因第1内含子区检测到g.100+606G>T突变,形成了AA、BB和AB 3种基因型,检测区域表现为中度多态; CAPN1基因第1内含子突变影响不同年龄段甘南牦牛肌肉嫩度、失水率和眼肌面积,AA基因型个体嫩度剪切力值较低而眼肌面积较高,其中3岁和5岁牦牛AA型个体嫩度剪切力显著低于BB或AB型（P<005）,4岁和5岁牦牛AA型个体眼肌面积显著高于BB或AB型（P<005）;另外6岁牦牛AA型个体失水率显著高于BB和AB型（P<005）。CAPN1基因g.100+606G>T突变可用为甘南牦牛此类性状潜在的遗传标记之一。     

强直性脊柱炎患者中IL-23 R基因rs7517847多态性分析

目的：研究IL-23R基因rs7517847位点的单核苷酸多态性与强直性脊柱炎易感性的关系.方法采用PCR-RFLP方法对100例强直性脊柱炎患者进行IL-23R基因多态性检测,并与35例健康者对照分析.结果 rs7517847位点各基因型频率和等位基因频率在AS组与对照组之间的分布差异均具有统计学意义（P〈0.05）;并在假设遗传方式下,rs7517847位点的纯合突变GG基因型与（ TG＋TT）基因型比较,其频率分布差异在AS组与对照组之间也具有统计学意义（P〈0.05）.结论 IL-23R基因rs7517847位点的多态性与吉林地区人群AS易感性有关;携带G等位基因且为GG基因型的个体患AS的危险性增大,这可能是患AS的易感因素之一.