秦川牛mtDNA全基因组遗传多样性与母系起源研究

[目的]从32头秦川牛全基因组中提取其mtDNA全基因组序列进行分析,以揭示秦川牛mtDNA基因组的遗传多样性与母系起源。[方法]采用mtDNA全基因组序列比对及生物信息学方法。[结果]在32头秦川牛mtDNA全基因组序列中,共检测到30种不同的单倍型,其平均单倍型多样度（Hd±SD）为0.996±0.009,其平均核苷酸多样度（π±SD）为0.0067±0.0010,表明秦川牛具有丰富的母系遗传多样性。构建的mtDNA全基因组系统发育树与单倍型网络图表明,32头秦川牛的mtDNA全基因组序列包括T2、T3、T4、I1共4个不同的支系,其中T2支系占21.88%,T3支系占40.625%,T4支系占9.375%,I1支系占28.125%。说明秦川牛具有普通牛和瘤牛两个支系,其中普通牛支系占71.88%,瘤牛支系占28.12%。[结论]秦川牛具有丰富的母系遗传多样性,有普通牛和瘤牛两个母系起源,但以普通牛起源为主。     

隆林牛与郏县红牛线粒体DNA全基因组遗传多样性比较研究

摘　要：［目的］本研究旨在从基因组水平探究隆林牛和郏县红牛的线粒体DNA（mtDNA）全基因组遗传多样性与母系起源,并对2个黄牛品种的mtDNA全基因组遗传多样性进行比较分析。［方法］采用全基因组重测序及生物信息学方法。［结果］在15头隆林牛和28头郏县红牛mtDNA全基因组序列中,共检测到36种单倍型,其中郏县红牛有26种单倍型,隆林牛仅有8种单倍型,2个黄牛品种共享2种单倍型。郏县红牛和隆林牛的平均单倍型多样度（Hd）分别为1.000和0.943,平均核苷酸多样度（Pi）分别为0.0080和0.0053,表明其遗传多样性丰富。构建的系统发育树表明,隆林牛和郏县红牛具有瘤牛和普通牛两个母系支系。［结论］隆林牛以瘤牛起源为主,郏县红牛为普通牛与瘤牛的混合起源,这2个地方黄牛品种具有独特的母系遗传信息,表现出明显的母系遗传差异。     

温岭高峰牛线粒体DNA全基因组遗传多样性分析

[目的]通过测定温岭高峰牛线粒体DNA全基因组序列以分析温岭高峰牛的母系起源及遗传多样性。[方法]采用DNA提取、测序及生物信息学方法。[结果]通过对19头温岭高峰牛线粒体DNA全基因组序列分析,共发现263个变异位点,定义9种单倍型,单倍型多样度(Hd±SD)为0.778±0.096,核苷酸多样度(Pi±SD)为0.0017±0.0014,表明温岭高峰牛的遗传多样性较低。构建的NJ系统发育树和单倍型进化网络图表明温岭高峰牛有普通牛和瘤牛2种母系起源。[结论]温岭高峰牛线粒体DNA基因组的遗传多样性较低,有瘤牛和普通牛两个母系起源,但主要受瘤牛的影响。     

郏县红牛mtDNA D-loop区遗传多样性与母系起源研究

［目的］探究郏县红牛的mtDNA D-loop遗传多样性与母系起源。［方法］采用生物信息学方法。［结果］在46头郏县红牛mtDNA D-loop区全序列共检测到60个变异位点,定义20种mtDNA D-loop单倍型,平均单倍型多样度(Hd)为0.8530,平均核苷酸多样度(Pi)为0.0254,表明郏县红牛有丰富的母系遗传多样性。构建的IQ系统发育树表明郏县红牛具有瘤牛和普通牛两个母系支系。［结论］郏县红牛具有丰富的母系遗传多样性,有普通牛和瘤牛两个母系起源。     

蒙古牛线粒体DNA全基因组遗传多样性与起源研究

［目的］通过对蒙古牛线粒体DNA(mtDNA)的基因组进行测序,探究蒙古牛的mtDNA基因组遗传多样性与母系起源。［方法］采用DNA提取、三代测序及生物信息学方法。［结果］在36头蒙古牛mtDNA全基因组序列中,共检测到22种不同的单倍型,平均单倍型多样度(Hd)为0.970,平均核苷酸多样度(Pi)为0.00845,表明蒙古牛有丰富的母系遗传多样性。构建的IQ系统发育树发现,蒙古牛具有瘤牛和普通牛两个母系支系。［结论］蒙古牛有丰富的母系遗传多样性,拥有普通牛和瘤牛两个母系起源,以普通牛起源为主。     

西林水牛和富钟水牛mtDNA D-loop序列的遗传多样性研究

该研究旨在探究西林水牛和富钟水牛mtDNA的遗传多样性和母系起源.采用PCR扩增、测序及生物信息学方法,测定了 60头西林水牛和富钟水牛的mtDNA D-loop序列.结合GenBank数据库已公布的25条西林水牛和富钟水牛的mtDNA D-loop序列联合进行多态性分析,共检测到60个多态位点,定义了 38种mtDN...     

甘南州蕨麻猪mtDNA D-环序列的起源及遗传多样性分析

为了研究甘南州蕨麻猪mtDNA D-环序列起源与遗传多样性,利用文献报道的1对引物对蕨麻猪mtDNA D-环序列进行PCR扩增及测序,对所得数据进行单倍型、遗传多样性、系统发育树和网络关系分析.分析结果显示,135头蕨麻猪mtDNA D-环序列表现出3种长度变异,其中4个序列长度为1 199 bp,3个序列长度是1 319 bp,127个序列长度为1 219 bp.对127个长度为1 219 bp的序列进行分析,发现83个单倍型.单倍型比例、单倍型多样度、核苷酸多样度和平均核苷酸差异数在卡加曼蕨麻猪最高,而在夏河蕨麻猪为最低.系统发育树和网络关系分析均将83个单倍型分为2个分支,说明蕨麻猪具有2个母系起源.与其他猪种mtDNA D-环序列比较,蕨麻猪与东南沿海野猪有较近的亲缘关系,没有发现东亚与东南亚野猪对蕨麻猪的起源有贡献的证据.     

青海省门源白牦牛mtDNA D-loop区遗传多样性及母系起源

为从分子水平上探究青海省门源白牦牛的母系遗传多样性及遗传背景,本研究对31头门源白牦牛线粒体DNA(mtDNA)D-loop区序列进行测定和比对分析,确定其多态位点和单倍型数目,计算核苷酸多样度、单倍型多样度及平均核苷酸差异数大小,并构建系统发育树。结果表明,门源白牦牛mtDNA D-loop区序列长度为892～896bp,排除5处插入/缺失后共发现38处多态位点,包括24处单一变异位点和14处简约信息位点;依据序列间核苷酸变异共确定了13种单倍型,单倍型多样度为0.901±0.030,核苷酸多样度为0.006±0.004,平均核苷酸差异数为5.17,提示门源白牦牛具有较丰富的母系遗传多样性。以普通牛为外群,邻接法(NJ法)构建的系统发育树结果显示,13种单倍型分为明显的2个分支,表明门源白牦牛有2个母系起源。综上所述,本研究结果表明门源白牦牛具有较丰富的母系遗传多样性,由2个母系遗传分支组成,具有2个母系起源。     

云南水牛mtDNA D-loop遗传多样性研究

[目的] 探究云南3个水牛品种(德宏水牛、滇东南水牛、盐津水牛)的mtDNA D-loop区的遗传多样性与母系起源。[方法]采用PCR扩增、测序及生物信息学方法。[结果] 本研究共分析了215条云南水牛mtDNA D-loop全序列,检测到107个多态位点,定义了86种单倍型。结果表明,云南3个水牛品种的mtDNA遗传多样性非常丰富,其中,滇东南水牛的遗传多样性最高(Hd: 0.946±0.017,Pi: 0.0162±0.0018),盐津水牛的遗传多样性最低(Hd: 0.805±0.063,Pi: 0.0141±0.0031)。系统发育分析结果表明,在3个云南水牛品种中检测到2个主要支系(A和B支系及其亚支系)及一个稀有支系C,其中A支系为主要支系(79.07%),且经历了强烈的群体扩张。[结论] 云南3个水牛品种具有丰富的mtDNA遗传多样性,主要有A与B两个母系起源。     

Genetic diversity of mtDNA D-loop sequences in four native Chinese chicken breeds

1. To explore the genetic diversity of Chinese indigenous chicken breeds, a 585 bp fragment of the mitochondrial DNA (mtDNA) region was sequenced in 102 birds from the Xichuan black-bone chicken, Yunyang black-bone chicken and Lushi chicken. In addition, 30 mtDNA D-loop sequences of Silkie fowls were downloaded from NCBI. The mtDNA D-loop sequence polymorphism and maternal origin of 4 chicken breeds were analysed in this study.

2. The results showed that a total of 33 mutation sites and 28 haplotypes were detected in the 4 chicken breeds. The haplotype diversity and nucleotide diversity of these 4 native breeds were 0.916 ± 0.014 and 0.012 ± 0.002, respectively. Three clusters were formed in 4 Chinese native chickens and 12 reference breeds. Both the Xichuan black-bone chicken and Yunyang black-bone chicken were grouped into one cluster. Four haplogroups (A, B, C and E) emerged in the median-joining network in these breeds.

3. It was concluded that these 4 Chinese chicken breeds had high genetic diversity. The phylogenetic tree and median network profiles showed that Chinese native chickens and its neighbouring countries had at least two maternal origins, one from Yunnan, China and another from Southeast Asia or its surrounding area.     

陇东地方牛种遗传多样性研究

对陇东地方牛种及其与秦川牛和南德温牛杂交群体共计113个个体线粒体D-loop区461 bp序列进行多态性分析,结果表明,3个群体该区域A+T含量(64.2%)明显高于G+C含量(35.8%),表现出明显的碱基偏倚;3个群体核苷酸变异率介于0.42%和3.27%之间,陇东牛和南德温牛杂交群体核苷酸变异率最高;核苷酸变异类型以转换为主,转换占核苷酸多态位点的90.94%,其次为颠换,占4.59%,同样表现出明显的碱基替换偏倚;3个群体核苷酸岐异度介于0.008 95和0.029 06之间,遗传距离介于0.000 15和0.008 36之间,陇东地方牛及其与秦川牛的杂交群体核苷酸歧异度和遗传距离最小。     

西藏牦牛mtDNA ND6遗传多样性及系统进化分析

为从分子水平上探究西藏牦牛的序列多态性、遗传多态性及其系统进化关系,对西藏15个牦牛类群150个个体的mtDNA ND6基因全序列进行了测定,确定了多态位点和单倍型数目,计算了单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi),并构建了分子聚类关系图和单倍型系统发育树。结果表明:西藏牦牛mtDNA ND6基因全序列长度均为528bp,T、C、A和G 4种碱基的平均比例分别为42.2%、7.6%、20.9%、29.3%,存在一定的碱基组成偏倚性。序列变异中存在转换、颠换2种核苷酸变异类型,其中转换37次,颠换2次,表现出较强的转换偏倚性。根据序列间核苷酸变异共确定7种单倍型,其中Hap_1为西藏牦牛类群的主流单倍型,其余6种单倍型为部分类群所特有。平均单倍型多样性(Hd)、平均核苷酸多样性(Pi)分别为0.2978、0.00191,揭示西藏牦牛mtDNA ND6遗传多样性较贫乏。根据遗传距离构建了分子聚类关系图,表明西藏15个牦牛类群可分为2大类;根据7种单倍型序列构建了单倍型系统发育树,表明西藏牦牛存在2个母系起源。     

建昌马mtDNA D-loop区遗传多样性及系统进化分析

试验旨在以线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)为切入点,研究建昌马的母系遗传多样性与系统进化。从建昌马(n=39)血液中提取基因组DNA,用PCR方法扩增mtDNA D-loop区并直接测序,分析其高变区247 bp序列信息,统计mtDNA D-loop区的单倍型及变异位点,计算单倍型多样性(haplotype diversity,Hd)、核苷酸多样性(nucleotide diversity,Pi)和平均核苷酸变异数(average number of nucleotide differences,K)。构建包括建昌马在内的19个品种马的NJ系统进化树,计算各品种间的遗传距离。结果显示,试验获得了清晰的PCR扩增产物,并通过直接测序方法获得了约1200 bp的序列。39匹建昌马mtDNA D-loop区247 bp序列(其中1个样品缺失1 bp)的AT碱基含量为61.45%,属AT碱基对富集区,检测到33个多态性位点,共显示26种单倍型,其中4种为共享单倍型,且Hap7和Hap1为优势单倍型,单倍型多样性为0.947,核苷酸多样性为0.02399,平均核苷酸变异数为5.901,显示丰富的母系遗传多样性;NJ系统进化树显示,建昌马分布在A、C、D、E、F、G共6个支系中,约50%的样品分布在A支系,显示出复杂的母系起源;建昌马与关中马的遗传距离最小(0.021),其次是三河马、文山马、韩国车巨马(0.024),与韩国济州岛马遗传距离最大(0.032)。本研究结果表明,建昌马的mtDNA D-loop高变区遗传多样性丰富,具有多个母系起源,且A支系占有明显优势,与关中马、文山马可能有共同的母系起源。     

雷琼牛mtDNA D-loop遗传多态性研究

对雷琼牛6个个体的mtDNA D-loop区910 bp进行分析,检测到2种单倍型,其核苷酸多态位点5个,约占所测核苷酸总长的0.55%,其中有2个转换,2个颠换,1个插入/缺失.雷琼牛mtDNA D-loop区核苷酸多样度（π值）为0.15%,单倍型多样度（H）为0.33,表明雷琼牛mtDNA遗传多样性贫乏.经比较分析,雷琼牛起源于瘤牛.