奶山羊POU1F1基因遗传变异及其对泌乳量的影响

利用PCR-SSCP和DNA测序方法,检测西农萨能奶山羊、关中奶山羊和崂山奶山羊3个品种POU1F1基因10个位点的遗传变异,并分析多态位点与泌乳量的关系.结果表明,在3个奶山羊品种中存在4个多态变异位点,共发现12个单核苷酸多态性(SNPs)位点.关联分析表明,Exon 3位点多态与奶山羊第1胎和第4胎产奶量显著关联(P＜0.05);Exon 5位点对平均产奶量有显著影响(P＜0.05);不同位点组合效应表明,Exl-Ex4组合基因型对奶山羊第3胎产奶量有显著影响;Ex3-Ex4组合基因型对平均产奶量有显著影响:Ex3和Ex5位点的互相效应对奶山羊第1胎产奶量有显著影响.暗示POU1F1基因可作为奶山羊泌乳量MAS的重要候选基因.     

伊犁马LTF基因多态性与产奶量相关性分析

本试验以研究伊犁马乳铁转运蛋白(lactotransferrin,LTF)基因多态性及其与泌乳性状的关系为目标,针对伊犁马LTF基因外显子和启动子设计了17对引物,以伊犁马DNA为模板,通过PCR扩增及PCR-RFLP法检测224匹伊犁马LTF基因多态性,并与其中73匹有产奶量记录的伊犁马进行关联分析,研究该基因多态性与泌乳性状之间的关系。结果显示,在伊犁马LTF基因中检测到1个SNP:c.173GA,该SNP位点是发生在CDS区上的错义突变,致LTF编码蛋白第58位精氨酸突变为赖氨酸。与其120d日均产奶量进行关联分析,结果显示,虽然该位点不同基因型个体的日均产奶量差异并不显著(P0.05),但可以发现各基因型的产奶量GGGAAA,由此可为中国乳用马的选育提供一定的参考。     

延边黄牛POU1F1基因PCR-SSCP多态性与生长性状关系的研究

为了研究延边黄牛117个个体的垂体特异转录因子(POU1F1)基因多态性及其与断奶体重、体尺等生长性状间的相关性,试验利用单链构象多态(PCR-SSCP)技术,对延边黄牛POU1F1基因第6外显子序列的SNPs进行检测。结果表明:延边黄牛群体POU1F1基因座位存在多态性,发现了2种等位基因(A/G),基因频率分别为0.515 6和0.484 4;该位点纯合度为0.500 5,杂合度为0.499 5,多态信息含量为0.374 8,属于中度多态,处于Hardy-Weinberg平衡状态。纯合基因型个体的POU1F1基因座位存在突变位点。POU1F1基因多态位点遗传分析表明,AB型个体较多,AA型和BB型个体较少。延边黄牛群体内AB基因型个体体长显著(P0.05)高于AA和BB基因型个体,育肥牛AB型个体胸深显著(P0.05)低于AA型个体,初步认为AB基因型为优势基因型,对选择有正向效应。提示POU1F1基因有可能作为延边黄牛生长性状的候选基因。     

伊犁马MyoG基因外显子1多态性与肉质性状及肌纤维性状关联分析

为寻找伊犁马肉质性能的分子标记,试验以38匹伊犁马为材料,测定肉质性状（失水率、熟肉率、剪切力）和肌纤维性状（肌纤维横截面积、肌纤维直径、肌纤维密度）,利用PCR直接测序法检测肌细胞生成素（meyogenin,MyoG）基因外显子1在伊犁马群体中的多态性,并对MyoG基因SNPs不同基因型与肉质、肌纤维性状进行关联分析。结果表明,MyoG基因外显子1检测出5个突变位点,分别为SNP1（g.31187343 A>C）、SNP2（g.31187333 G>A）、SNP3（g.31187132 C>T）、SNP4（g.31187105 C>G）和SNP5（g.31187099 C>T）,其中SNP1为错义突变,碱基A突变为C使得氨基酸由苏氨酸突变为脯氨酸,其他位点均为无义突变。SNP3和SNP4为中度多态位点,SNP1和SNP2为低度多态位点,这4个位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。MyoG基因外显子1中SNP1和SNP4不同基因型个体失水率、熟肉率、肌纤维横截面积、肌纤维直径、肌纤维密度差异显著（P<0.05）;SNP3不同基因型个体熟肉率、肌纤维横截面积、肌纤维密度差异显著（P<0.05）;SNP2不同基因型个体各指标差异均不显著（P>0.05）。综上,伊犁马MyoG基因外显子1检测到5个多态位点,其中SNP1（g.31187343 A>C）、SNP3（g.31187132 C>T）和SNP4（g.31187105 C>G）位点不同基因型对肉质及肌纤维性状有显著影响,这些位点可作为伊犁马肉质性能潜在分子标记。     

藏鸡、泸宁鸡POU1F1基因外显子2多态性与生长性能的关联研究

为研究POU1F1基因的多态性对鸡生长发育的影响,试验以藏鸡和泸宁鸡为研究对象,采用PCR-SSCP及测序方法对POU1F1基因的外显子2的多态性进行检测,并与其生长性能进行关联分析。结果表明:在藏鸡和泸宁鸡POU1F1基因外显子2处检测到1个多态位点(C/T)变异,呈现出CC、CT、TT三种基因型,其中C基因为优势基因,CC基因型为优势基因型;两个鸡群在该位点基因杂合度均较低,PIC0.25,属低度多态性;经卡方检验,在该位点藏鸡不处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05);泸宁鸡则处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05);泸宁鸡6周龄时,CC基因型个体体重显著高于CT型(P0.05),其他周龄之间无显著差异;藏鸡和泸宁鸡均表现出CT基因型的生长态势较纯合子好;泸宁鸡6~7周龄和10~11周龄CT型个体极显著高于CC基因型个体的周增重率(P0.01);9~10周龄CT基因型个体的周增重率显著高于CC型个体(P0.05);藏鸡和泸宁鸡POU1F1基因外显子2多态位点(C/T)中,C基因为优势基因,而CT基因型是控制泸宁鸡早期生长速度的优势基因型。说明POU1F1基因的多态性是鸡早期生长速度的一个潜在分子标记。     

山羊垂体转录因子POU1F1基因多态性及其与屠宰性状相关性研究

研究采用PCR测序技术对黔东南小香羊和贵州黑山羊的POU1F1基因外显子6进行SNP筛查,并分析其与屠宰性状的关联性。结果表明:在2个山羊群体POU1F1基因外显子6均检测到2个SNPs(T58G和T172C);在黔东南小香羊群体中,POU1F1基因外显子6的T58G位点AA和aa型个体的屠宰率显著高于Aa型(P<0.05),T172C位点Bb型个体的屠宰率显著高于BB和bb型(P<0.05);贵州黑山羊群体中,T58G位点Aa型个体的胴体重、屠宰率、眼肌面积厚和腰部肌肉厚显著低于AA和aa型(P<0.05),瘦肉率显著低于AA型(P<0.05),T172C位点BB型个体的胴体重、屠宰率、眼肌面积、腰部肌肉厚、净肉重、瘦肉率和骨重显著低于Bb和bb型(P<0.05);其他各性状在各位点各基因型之间差异未达到显著性差异(P>0.05),由此推测POU1F1基因外显子6的多态可能对山羊的屠宰性状有显著的遗传效应。     

13/17罗伯逊易位猪POU1F1基因多态性与经济性状的相关分析

利用外周血淋巴细胞培养制备染色体标本,对13/17罗伯逊易位猪的3种杂交组合的394头后代猪进行分群;应用PCR-RFLP技术在POU1 F1基因的扩增片段(1746 bp)中检测到1个RsaⅠ限制性内切酶的多态酶切位点A(3种基因型);应用PCR-SSCP技术检测1个POU1 F1基因第5内含子上的突变E(2种基因型),同时结合生长和胴体品质测定记录研究基因型对生产性状的遗传效应。结果表明,位点A的基因型对生长有显著影响(P<0.05),位点E基因型对生长和眼肌面积有显著影响(P<0.05)。研究结果初步揭示POU1 F1多态性与生长、眼肌面积等存在相关,推测POU1 F1多态性可作为罗伯逊易位杂合优势遗传机制的一种分子水平上的解释。     

中国荷斯坦奶牛EEF1D基因的SNPs检测及其与产奶性状的关联分析

试验旨在研究中国荷斯坦奶牛真核生物翻译延伸因子1 D(eukaryotic translation elongation factor 1delta,EEF1D)基因的多态性及其与产奶性状的相关性。利用Sequenom MassARRAY SNP分型技术对宁夏地区1 252头中国荷斯坦奶牛EEF1 D基因的多态性进行了检测,并对其多态位点不同基因型和组合基因型与产奶性状进行了关联分析。结果显示,EEF1 D基因的5′侧翼区存在2个SNPs位点,即EEF1D-1和EEF1D-3;经检测发现,EEF1D-1存在2种基因型,EEF1D-3存在3种基因型。χ2检验表明,中国荷斯坦奶牛在EEF1D-1位点偏离Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05),在EEF1D-3位点未偏离Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05);EEF1D-1和EEF1D-3位点多态信息含量(PIC)分别为0.10和0.28,分别呈现低度多态和中度多态。在试验群体中,EEF1D-1位点对乳脂率和乳蛋白率性状的效应均达到极显著水平(P0.01),对305d产奶量性状的效应达到显著水平(P0.05);EEF1D-3位点对305d产奶量、乳脂率和乳蛋白率性状的效应均达到极显著水平(P0.01);EEF1 D基因的优势基因型组合GG-AG和GG-GG个体乳脂率均显著高于GG-AA组合个体(P0.05)。说明EEF1 D基因可以作为影响中国荷斯坦奶牛产奶性状的候选基因用于标记辅助选择。     

猪PPARGC1A和CAPNS1基因多态性及其与肉质性状的关联性分析

试验旨在研究猪PPARGC1A和CAPNS1基因多态性及其与肉质性状的相关性。结果发现,PPARGC1A基因存在4个多态位点,CAPNS1基因存在3个多态位点。PPARGC1A基因突变位点c.1288T>A与杜洛克×皮特兰杂交F2代(DuPi,n=313)猪肉质pH和蒸煮损失显著相关(P<0.05),与大白猪(ILW,n=380)和长白猪(ILA,n=158)肉质pH显著相关(P<0.05);CAPNS1基因突变位点c.429A>C与杜洛克×皮特兰杂交猪pH、导电率显著相关(P<0.05),与长白猪肉质色度显著相关(P<0.05)。PPARGC1A基因mRNA表达与蒸煮损失呈极显著相关(P<0.01);CAPNS1基因mRNA表达与蒸煮损失也存在一定相关性,但差异不显著(P=0.06)。CAPNS1基因表达调控中没有发生启动子甲基化。因此,PPARGC1A和CAPNS1基因与猪肉质性状存在显著关联,且由于物种间差异,可作为候选基因用于猪肉质性状的改良。     

杂种奶牛POU1FI、GHR、GHRH-R和CSN1S2基因部分序列PCR-SSCP多态性分析

利用PCR-SSCP技术,对荷斯坦公牛冻精改良的93头杂种奶牛的脑垂体转录因子-1(POU1F1)基因第6外显子、生长激素受体(GHR)基因第10外显子、生长激素释放激素受体(GHRH-R)基因第2外显子和酪蛋白(CSN1S2)基因第18外显子进行了多态性研究.结果表明,在检测的4个基因位点中,只有POU1F1基因第6外显子存在2种基因型,AB、BB基因型频率及A、B基因频率分别为0.0323、0.9677和0.0162、0.9838,未发现AA型个体.该群体在此位点上处于Hardy-Weinberg平衡状态,基因杂合度和多态信息含量分别为0.0318和0.0313.测序显示,与普通黄牛POU1F1基因序列Y15995相比,A等位基因在POU1F1基因第6外显子的第209个碱基处发生了G→C的碱基颠换,导致Thr/Arg替代,其多态的成因及效应需进一步研究.     

五龙鹅GnRH、PRL和FSHβ因多态性与产蛋性状相关研究

本试验对五龙鹅促性腺激素释放激素(GnRH)、催乳素(PRL)和促卵泡激素β亚基(FSHβ)基因进行多态性检测,并分析其与产蛋性状的关系.选产蛋高峰期五龙鹅100只,采取个体圈养方式饲养,记录个体产蛋量.结果显示,FSHβ外显子3存在1个SNP位点产生3种基因型AA、AB、BB,产蛋量呈现AA型＞AB型＞BB型趋势;PRL内含子2上存在1个SNP位点产生3种基因型CC、CD、DD.CC型、CD型、DD型的开产日龄、开产蛋重、平均蛋重之间差异不显著(P＞0.05),CD型、DD型的产蛋总量显著高于CC型(P＜0.05);GnRH基因5′端调控区存在1个SNP位点产生2种基因型EE、EF型,EF型的开产日龄、开产蛋重、平均蛋重都要高于EE型,但是二者之间差异不显著(P＞0.05),EE型的产蛋总量显著高于EF型(P＜0.05).     

荷斯坦奶牛GHR基因F279Y多态位点与产奶性状的关联分析

为了研究GHR基因F279Y多态位点与宁夏地区荷斯坦奶牛产奶性状的关联性,试验采用Sequenom单核苷酸多态性(SNP)分型检测确定768头宁夏地区荷斯坦奶牛的基因型,用最小二乘法对产奶性状进行关联性分析。结果表明:GHR基因F279Y位点A、T等位基因频率分别为0.145 8,0.854 2。AA基因型305 d产奶量优于其他2种基因型(P0.05),TT基因型乳脂率极显著高于其他2种基因型(P0.01),AT基因型与TT基因型乳蛋白率差异极显著(P0.01),因此等位基因A对产奶量有正效应,等位基因T是乳脂率、乳蛋白率的优势基因。     

牛POU1F1-exon6多态性与生长性状的相关性研究

为了研究弗莱维赫牛和蒙贝利亚牛POU1F1-exon6多态性与体重、体尺等生长性状指标的相关性,试验采用PCR-RFLP技术分析其多态性,并采用最小二乘法拟合线性模型,对各标记基因型与部分生长性状指标差异显著性进行检验。结果表明:2个群体POU1F1-exon6基因存在2个等位基因A/G,基因频率分别为0.175 9/0.824 1,0.096 8/0.903 2;在该位点上,弗莱维赫牛处于Hardy-weinberg平衡状态(P0.05),而蒙贝利亚牛处于不平衡状态(P0.05);2个群体中AA基因型体重均值高于AG、GG基因型均值(P0.05),GG和AG基因型个体腹围均值高于AA基因型个体均值(P0.05),但在体高、体长、胸围和管围4个性状上无显著性差异(P0.05)。说明POU1F1基因的A15636G位点可以作为牛的体重和腹围指标的候选遗传标记之一。     

NKA1B2基因intron2上C2343T与产奶性状的关联分析

本研究通过DNA测序和PCR-SSCP分型对930头荷斯坦牛的NKA1B2基因进行群体遗传学分析并测定产奶高峰期的产奶性能指标及体细胞数。在第2内含子检测到新的SNP,C2343T位点存在两种等位基因(C和T)和三种基因型(CC、CT、TT),都处于HardyWeinberg非平衡(P0.05)。C2833T位点的SNP对乳蛋白率存在极显著影响(P0.01),对305 d产奶量存在显著影响(P0.05)。基因T替代C对乳脂率、305天产奶量和体细胞评分都具有正效应,对乳蛋白率具有负效应。TT基因型个体产奶量下降率低,乳腺炎抵抗力高的优良特征。     

NPY和PRL基因SNP位点对如皋黄鸡产蛋性能的组合效应研究

本研究旨在分析鸡神经肽Y(NPY)和催乳素(PRL)基因的SNP位点对产蛋性能的组合效应。实验采用飞行质谱技术对如皋黄鸡NPY基因内含子2的A+1259G(P7位点)突变和PRL基因内含子1的C+79T(P8位点)突变进行单基因和多基因组合效应分析。结果表明:P7位点GG基因型是多态位点上开产日龄和40周龄总产蛋数的优势基因型,5个测定的产蛋性状在P8位点3种基因型间差异均不显著;在9个组合中,GGTT和GGCT组合基因型为优势组合基因型,其中GGCT型个体的开产日龄和开产体重比组合前P7位点GG基因型和P8位点CT基因型个体的均值分别减少了3.7 d、52.6 g,组合效应显著(P0.05),40周龄总产蛋数比组合前增加了9.9枚(P0.05);2个位点间不存在显著的互作效应(P0.05)。     

SLA-DOB及CD4基因新突变显著影响长白妊娠母猪的血常规性状

旨在寻找影响妊娠母猪血常规性状的单核苷酸多态性(SNP)位点及分子标记。选用SLA-DOB、CD4作为候选基因,采集358头长白妊娠母猪外周血血样,检测血常规19项指标,并对候选基因的多态位点与血常规指标进行关联分析。结果发现,在检测到的12个遗传变异位点中,SLA-DOB基因的SNP1、SNP2、SNP3和CD4基因的Ins9(Insertion 9)、SNP10、SNP11为新发现的变异位点。其中,SNP1与血小板平均体积(MPV)关联极显著(P0.01),与红细胞压积(HCT)和红细胞分布宽度SD(RDW_SD)均关联显著(P0.05);SNP2与MPV关联极显著(P0.01);SNP3与平均血红蛋白含量(MCH)和平均血红蛋白浓度(MCHC)均关联显著(P0.05);Ins9与红细胞平均体积(MCV)关联显著(P0.05),与MPV关联极显著(P0.01);SNP10和SNP11均与MCV、MCH及MPV关联极显著(P0.01),并均与RDW_SD关联显著(P0.05),另外,SNP10与MCHC关联显著(P0.05),表明这些新突变为影响妊娠母猪免疫力潜在的重要多态位点。结果提示,SLA-DOB及CD4基因及其突变位点可作为妊娠母猪免疫力性状的重要候选基因及关键分子标记。     

杂种奶牛POU1Fl、GHR、GHRH-R和CSN1S2基因部分序列PCR-SSCP多态性分析

利用PCR-SSCP技术,对荷斯坦公牛冻精改良的93头杂种奶牛的脑垂体转录因子-1（POU1Fl）基因第6外显子、生长激素受体（GHR）基因第10外显子、生长激素释放激素受体（GHRH-R）基因第2外显子和酪蛋白(CSN1S2) 基因第18外显子进行了多态性研究。结果表明,在检测的4个基因位点中,只有POU1Fl基因第6外显子存在2种基因型,AB、BB基因型频率及A、B基因频率分别为0.0323、0.9677和0.0162、0.9838,未发现AA型个体。该群体在此位点上处于Hardy-Weinberg平衡状态,基因杂合度和多态信息含量分别为0.0318和0.0313。测序显示,与普通黄牛POU1Fl基因序列Y15995相比,A等位基因在POU1F1基因第6外显子的第209个碱基处发生了G→C的碱基颠换,导致Thr/Arg替代,其多态的成因及效应需进一步研究。     

山羊VPS13C和EIF4G1基因多态性及其与产奶性状关联性分析

为了探究VPS13C和EIF4G1基因与奶山羊产奶性状的关系,以吐根堡和崂山奶山羊为试验组,辽宁绒山羊、日土白绒山羊、班戈白绒山羊和南疆绒山羊为对照组,采用PCR产物直接测序方法,检测VPS13C基因外显子10、33和内含子10以及EIF4G1基因外显子18和24上的单核苷酸多态性在不同山羊品种中的分布。结果表明,在VPS13C基因外显子10、33和内含子10上分别检测到1、1和3个多态位点。其中,g.22885CA、g.72809GA位点均导致氨基酸变化。在该基因中发现2个在奶用和非奶用山羊群体中共有的单体型,分别为ACAG(奶山羊中63.7%;非奶用山羊中21.2%)和CTGT(奶山羊中36.3%;非奶用山羊中78.1%),说明单体型ACAG可能与山羊的产奶性状相关。在EIF4G1基因外显子18和24上各发现1个多态位点,其中g.12301AG位点导致氨基酸变化,g.9003GA位点不改变氨基酸。g.9003GA位点在崂山奶山羊上存在AA和AG两种基因型,与日均产奶量关联分析显示,AA基因型个体的日均产奶量显著高于AG基因型个体(P=0.021)。研究结果提示:VPS13C和EIF4G1基因均可能是与山羊产奶性状有一定的相关性,EIF4G1基因中g.9003GA位点与奶山羊高产奶量之间存在显著相关性。     

香梅F1代猪PRKAA1基因对肉品质和屠宰性能的影响

为了探究单磷酸腺苷活化蛋白激酶(AMPK)家族PRKAA1基因多态性对香梅F1代猪(从江香猪♂×梅山猪♀)肉品质和屠宰性能的影响,以PRKAA1基因为候选基因,运用PCR扩增结合直接测序法,对香梅F1代猪PRKAA1基因外显子区域SNP位点进行筛选,并分析不同基因型与肉用性状间关联性。结果显示:在试验群体中第7外显子75 bp处存在A/G突变,命名为g.75AG;遗传学分析发现,AG为优势基因型,等位基因A为优势等位基因,g.75AG属于中度多态,处于Hardy-Weinberg平衡状态;关联性分析显示,AG型个体胴体重、棕榈酸指标均显著高于AA、GG型(P0.05),AG和GG型个体瘦肉重显著高于AA基因型(P0.05)。结果表明:PRKAA1基因第7外显子g.75AG位点突变对香梅F1代猪胴体重、瘦肉重及棕榈酸具有一定调控作用。     

荷斯坦奶牛HSF1和GRP94基因多态性与生产性能及乳腺炎抗性的相关性研究

研究旨在搜寻奶牛HSF1和GRP94基因的SNP位点,找到能提高奶牛产奶性能和乳腺炎抗性的分子遗传标记。以299头中国荷斯坦奶牛为研究对象,采用测序、PCR-RFLP和AS-PCR的方法检测SNP位点,并分析各突变位点基因型与生产性能及乳腺炎抗性指标的相关性。结果表明:在HSF1基因内含子上g.18515TG、g.18516TC,在3'-末端g.13809GT,共2个SNP位点,呈连锁关系;在GRP94基因5'-末端g.-81GA,内含子上g.13809TG,共2个SNP位点,也呈连锁关系。关联分析结果显示,HSF1基因SNP位点各基因型与成年当量和乳脂率相关性极显著(P0.01),联合基因型AA型成年当量极显著高于其他型,但AA型乳脂率极显著低于AB型,可将AA型和AB型分别作为提高奶牛产奶量或乳脂率的候选遗传标记。GRP94基因SNP位点各基因型与体细胞分相关性显著(P0.05),联合基因型CC型体细胞分极显著低于CD型,可作为提高奶牛乳腺炎抗性的候选遗传标记。