黑番鸭GH基因的克隆与序列分析

根据GenBank中公布的鸭GH基因序列,设计4对引物,以黑番鸭血液基因组DNA为模板,采用PCR方法,扩增出GH基因4650bp的DNA序列,该序列包含了完整的内含子和外显子序列,由5个外显子和4个内含子组成。进一步将克隆的黑番鸭GH基因编码的氨基酸序列与GenBank中其他物种的该基因氨基酸序列进行同源性分析和聚类...     

猪肌生成抑制素基因的克隆和序列测定

根据文献报道的猪肌生成抑制素基因cDNA序列，分别从第1、第2和第3外显子中设计引物，以大约克猪染色体DNA为模板，分段扩增出含内含子和外显子的序列。将所得各序列回收、克隆到pGEM-easyT载体中，然后进行序列测定。合并所有测得的猪肌生成抑制素因序列，共获得6kb连续序列。分析结果表明，猪肌生成抑制素基因第1内含子长1809bp，第2外显子长374bp，第2内含子长1978bp。所测得的外显子序列与已发表的cDNA序列同源分析比较，没有出现引起氨基酸改变的突变。表明瘦肉型猪（大约克猪）肌生成抑制素基因仍很完整，可通过改变基因结构等降低肌生成抑制素活性的方法提高瘦肉率。     

南江黄羊LHβ基因序列测定及分析

参照GenBank中发表的奶牛、绵羊和猪LHβ基因序列设计引物，以35只南江黄羊为研究对象，利用PCR技术扩增并测定了山羊LHβ基因部分序列（GenBank登录号：AY853264），并利用GenBank中不同物种LHβ基因的部分编码区序列进行了系统发育分析。结果表明：在测定出的929bp序列中，包含LHβ基因5’侧翼区（136bp）、2个内含子全序列（分别为297bp和235bp）、第1和第2外显子全序列（分别为26bp和168bp）以及第3外显子部分序列（67bp）。除第1外显子前11bp为5’非翻译区外，其余外显子序列共编码83个氨基酸，前20个氨基酸为信号肽序列。山羊LHβ基因序列富含GC。在测定的35个个体中共检测到8个单碱基突变位点，位于外显子中的2个突变位点均为同义突变，其余6个突变位点位于5’侧翼区和内含子。系统发育分析结果与物种实际的演化顺序不完全相符，可能是由物种间LHβ基因GC含量的较大差异引起。本研究首次报道了山羊LHβ基因序列，为进一步探明山羊繁殖性能的遗传机理奠定了基础。     

番鸭A-FABP基因部分序列多态性与屠宰、肉质性状和血清甘油三酯含量关系

根据家鸭A-FABPmRNA序列和鸡A-FABP基因组序列设计1对引物扩增番鸭A-FABP基因内含子1序列。同时根据扩增产物设计5对引物,利用PCR-SSCP对番鸭A-FABP基因部分进行多态性研究及多态性与部分屠宰性状、肉质性状、胸肌肌内脂肪含量和血清甘油三酯含量关系。结果显示,克隆序列包含番鸭A-FABP基因外显子1、2部分序列和完整的内含子1序列,与家鸭和鸡A-FABP基因内含子1分别有序列94.43%和72.95%的同源性;经SSCP检测,在引物P3扩增片段上发现2处碱基突变:分别为1074处T-G和1089处A-C突变,这2处突变产生3种基因型AA、BB和AB型,χ2检验显示番鸭群体符合Hardy-Weinberg平衡(P0.05)。最小二乘分析显示,AA、AB型个体在胸肌率、肌肉pH值以及胸肌肌内脂肪含量均存在显著性差异(P0.05)。结果表明,番鸭A-FABP基因内含子1多态性可能对个体生产性能产生重要的影响。     

新疆驴和青海驴MSTN基因多态性分析

 为揭示中国家驴 MSTN 基因的遗传多样性,以新疆驴和青海驴为研究对象,根据GenBank上公布的马的 MSTN 序列,设计9对特异性引物,利用驴混合DNA池为模板对该 MSTN 基因部分序列进行PCR扩增和测序分析。结果显示,扩增出的驴 MSTN 基因部分序列长度为3242 bp,包括5'-UTR区(671 bp)、第一外显子(373 bp)、第一内含子(1825 bp)和第二外显子(373 bp)。在该基因中共发现4个SNPs,分别为65 bp处T→Ｃ（5'-UTR）,872 bp处A→G（第一外显子）,2017 bp处G→A (第一内含子),2395处C→G突变（第一内含子）。利用PCR-RFLP技术对新疆驴和青海驴共计80个样本进行基因分型,4个突变位点共检测到6种单倍型（H1-H6）,其中H1是最主要的单倍型。两个家驴品种 MSTN 基因的遗传多样性很丰富（H=0.6044）,这对中国驴的遗传资源保护具有重要作用。     

20个山羊品种FSHβ基因部分序列测定及与其它8个物种的序列比较分析

利用牛、绵羊等动物FSHβ亚基基因序列设计引物，采用PCR法扩增并测定出20个山羊品种（16个本地品种和4个引进品种）FSHβ亚基基因部分序列（GenBank登录号：AY838283和AY853276）。在测定出的FSHβ亚基基因731bp序列中，包括第1外显子全序列（1～61bp），第1内含子全序列（62～702bp）以及第2外显子部分序列（703-731bp），序列的A＋T含量（66．07％）高于G＋C（33．93％），编码7个氨基酸。在所有测定的序列中共检出3个突变位点，分别是78（-／A）、132（G／A）和343（G／A），这些突变都位于内含子1序列中，它们与产羔率之间的联系需进一步研究。利用山羊以及GenBank中其他8个物种的FSHβ基因内含子1序列进行系统发育分析，部分结果与传统生物分类不一致，可能是由于大部分物种的序列长度不足700bp以及物种之间的关系超过了属阶元的限制。     

山羊催乳素受体基因部分片段的克隆与序列分析

采用PCR技术扩增出济宁青山羊催乳素受体基因长892 bp的片段，该片段含有97 bp的部分外显子8序列（外显子8全长为100 bp）、683 bp的内含子8、70 bp的外显子9及42 bp的部分内含子9。将该片段克隆到pGEM-T Easy质粒中，重组质粒用PCR进行阳性克隆鉴定，然后测定核苷酸序列，并推导其氨基酸序列。该序列与绵羊、母牛、人、大鼠、小鼠的催乳素受体基因mRNA的对应序列的核苷酸同源性分别为99.4 %、97.01%、89.22%、89.22%、88.02%，氨基酸同源性分别为100%、94.55%、81.88%、81.82%、83.64%。     

撒坝猪及长撒二元杂交猪SLA-DQA基因PCR-RFLP多态性分析

根据SLA-DQA基因cDNA序列和已报道的引物序列,在猪中成功扩增了一个731bp的片段,该片段包括猪SLA-DQA基因的大部分第2外显子、完整第2内含子和少部分第3外显子.采用限制性内切酶EcoR1对撒坝猪和长撒二元杂猪SLA-DQA基因的扩增产物进行多态性分析,结果2个猪种在酶切后出现2个等位基因,3种基因型:654 bp/77 bp(AA)、731 bp(BB)和731 bp/654 bp/77 bp (AB).分析发现,A等位基因在群体中占优势,经X2适合性检验,撒坝猪和长撒二元杂交猪SLA-DQA基因在EcoR1酶切位点处于Hardy-Weinberg遗传平衡状态.     

MyoG和A—FABP基因多态性与鹅肉品质性状的相关性研究

为了检测MyoG基因和A-FABP基因单核苷酸多态性（SNP）与鹅肉品质性状的相关性,以太湖鹅为研究对象,测定肌内脂肪含量和相关组织学指标特性,利用PCR—SSCP和测序技术研究MyoG基因外显子1和A—FABP基因内含子2SNPs,并进行相关分析。研究结果表明：（1）MyoG基因外显子1扩增序列大小为420bp,共有1个突变,突变位点在64bp处,为C—T突变,不同基因型之间肌纤维密度、直径差异显著（P〈0．05）;（2）A—FABP基因扩增序列大小为482bp,共发现3个突变位点,在第187bp处发生C—T突变,在第235bp处发生C—A突变,在第372bp处发生A—C突变;（3）A—FABP基因内含子2扩增产物经SSCP分析后发现两种基因型,不同基因型之间脂肪含量有一定差异。比对发现其与家鸭同源性达91％,与家鸡的同源性为85％。本研究结果为进一步分析MyoG和A—FABP基因的遗传变异及其与肉质性状的相关性以及将该分子标记应用于育种计划奠定一定的理论基础。     

欧拉型藏羊CAPN1基因部分序列多态性检测

利用PCR-SSCP方法,设计两对引物(L1、L3)对134只欧拉型藏羊CAPN1基因部分序列进行多态性检测.检测结果分析表明L1引物存在从、AB和BB 3种基因型.不同基因型PCR产物测序结果分析发现在第5内含子和第6外显子上各存在1个单核苷酸多态位点,分别是扩增序列190 bp处的A→G的突变和扩增序列260 bp处的A→G的突变,但外显子的突变为同义突变.L3引物PCR-SSCP检测未发现多态位点.群体遗传学分析表明:该群体在突变位点的多态信息含量为0.345 2,属中度多态,X2检验表明该群体处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05).     

鸭脂肪酸结合蛋白基因的克隆和序列多态性分析

根据鸡脂肪型脂肪酸结合蛋白（A-FABP）基因序列设计1对引物对鸭基因组进行PCR扩增，将扩增出的475bp片段进行克隆和测序，序列分析表明该基因片段包含部分外显子2、3和完整的内含子2序列，与鸡、鹅、猪的A-FABP基因分别有84％、94％和77％的同源性。在此基础上又设计3对引物利用PCR—SSCP方法对获得的序列进行多态性研究。结果引物P3在樱桃谷鸭、山麻鸭等品种中发现4处单碱基突变，分别为：241处“A～T”突变；243处的“T—C”突变；258处的“T—C”突变；299处的“C—T”突变。这些点突变共产生了3种基因型，且基因型分布在各鸭品种间有显著差异。     

北京鸭PRLR基因部分序列的克隆及分析

利用PCR方法克隆了北京鸭催乳素受体(PRLR)基因部分序列,该序列长1325bp。序列分析结果表明,该序列由第9外显子的一部分(57bp)、第9内含子(635bp)以及第10外显子的一部分(633bp)组成;在核苷酸水平上,北京鸭的该序列(除去内含子)与鹅(U07694)、鸡(D13154)、野鸽(DQ209271)、火鸡(L76587)的相似性分别为94.2%、88.7%、86.8%、86.1%;在氨基酸水平上,与鹅(ABA71353)、鸡(BAA02439)、野鸽(AAA20646)、火鸡(AAB01544)的相似性分别为93.5%、84.3%、80.8%、80.9%。     

虎MHC ClassⅠ基因的克隆及测序

根据猫的主要组织相容性复合体Ⅰ类分子cDNA序列设计PCR引物,从基因组上成功扩增并克隆了MHCClassⅠ基因片段,命名为TLA-A。该片段全长2 820 bp,包含MHC ClassⅠ分子基因约85%的长度,包括Exon 1部分序列、intron 1、exon 2、intron 2、exon 3、intron 3、exon 4、intron 4、exon 5、intron 5、exon 6、intron 6和exon 7部分序列。与其他物种的ClassⅠ基因相比,虎与家猫、猎豹、豹猫、大熊猫、狗、马、松鼠猴、人、黄猩猩等物种的同源性依次为93.4%、91.8%、87.3%、86.4%、85.1%、85.1%、84.6%、84.3%、83.7%,种间序列差异主要表现在exon 2、exon 3两个肽结合区。     

鹅类胰岛素样生长因子-Ⅰ基因的克隆与序列分析

类胰岛素样生长因子-Ⅰ是调控动物生长、发育、繁殖、免疫以及癌症、衰老等的重要调节因子。研究根据公开发表的鸡、鸭、鹅等IGF-Ⅰ基因序列设计5对引物,用PCR方法从鹅基因组DNA中分别扩增出IGF-Ⅰ基因的5′调控区部分序列及外显子1、内含子1和外显子4序列。扩增产物在电泳后的琼脂糖凝胶上分别为预期的309、203、549、4413bp和1442bp特异性条带。将扩增产物或扩增产物克隆入pMD19-T载体进行序列测定,比对后发现与鸡、鸭的同源性均大于80%,与鼠、人的同源性也在68%以上。其中内含子1和外显子4的序列已上传至GenBank,基因登录号分别为EU111743和EU072031。     

京海黄鸡IGFBP-3基因外显子1和内含子1部分序列多态性及其与生长繁殖性状的相关性

以京海黄鸡母鸡为材料,采用PCR-SSCP技术对IGFBP-3基因外显子1及内含子1部分序列多态位点进行研究,并计算基因型频率、基因频率、卡方值和部分遗传多态性指标。结果表明,在外显子1上没有检测到多态位点,在内含子1上检测到1个多态位点,该位点为中度多态,在160 bp处发生T到G的突变,导致BB、AB型的56日龄体重显著大于AA型(P＜0.05),AA型的11月产蛋数显著大于BB、AB型(P＜0.05)。由此初步推断,内含子1对产蛋及生长发育很可能有一定的促进作用,A为产蛋的优势基因,B为体重的优势基因。     

绵羊瘦素受体基因部分序列测定及其变异位点分析

试验旨在检测绵羊瘦素受体(leptin receptor,LEPR)基因序列突变位点,为进一步分析LEPR基因多态性与绵羊生长性状的关系奠定基础。选用美利奴羊与阿华西羊杂交群体作为试验材料,利用RT-PCR、测序等方法测定了4只绵羊的LEPR基因cDNA部分序列及内含子7序列,同时利用PCR-RFLP分析两个位点在群体(229只)中的多态性。测定出LEPR基因cDNA序列长2608 bp(包含外显子2-16完整序列及外显子1和17的部分序列)和LEPR第7内含子序列全长160 bp,共发现5个核苷酸变异位点,第2外显子中2个(T240C和A279G),第10、14外显子中各1个(A1683G,T2373C),内含子7中1个(1285+A73G),外显子中的4个变异位点均未引起编码氨基酸的改变。在研究群体中,A279G与A1683G中A的频率分别为0.415、0.467,后者处于非平衡状态,GG和AA是主要的单倍型。不同物种间序列一致性分值均比较高,但LEPR mRNA区序列一致性比内含子高,基于LEPR mRNA序列构建的系统发育树更符合实际情况,且可靠性值更高。结果表明,绵羊LEPR基因的保守性较强,突变形式主要是转换,A279G和A1683G可能是突变热点。     

德州驴心脏脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因的克隆及序列分析

本试验对德州驴心脏脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因进行了克隆测序,并与GenBank中11个物种相应基因编码区核苷酸序列、氨基酸序列进行了比对分析,同时通过最小进化法(ME法)、邻接法(NJ法)和非加权组平均法(UPGMA法)对H-FABP基因编码区核苷酸序列进行了物种间分子系统进化树分析。结果表明,德州驴H-FABP基因由4个外显子和3个内含子组成,外显子1、2、3、4大小分别为73、173、1025、7 bp,内含子1、2、3大小分别为3500、1980、1425 bp。CDS序列全长为405 bp,前体氨基酸数为134个;德州驴与马、野猪、人、牛、山羊、牦牛、大鼠、小鼠、红原鸡、绿头鸭、斑马鱼各物种在H-FABP基因编码区核苷酸序列上有较高的保守性,同源性大小分别为96.79%、91.36%、89.14%、88.89%、88.89%、88.64%、84.07%、83.46%、75.80%、74.81%、67.90%;3种方法构建的物种间分子系统进化树基本一致,并且3种分子进化树结果与动物学分类一致,表明H-FABP基因适合于构建不同物种间的系统进化树。