灰葡萄孢基因中微卫星序列分析

微卫星(SSR)一般是指由单、双、三、四、五和六核苷酸重复单元串联排列的简单重复序列,它广泛分布于生物基因组内,在不同生物中,微卫星DNA的数目、类型及其分布情况存在很大的差异.本研究主要统计了已公布的灰葡萄孢基因序列中的SSR数量及类型,在灰葡萄孢的564个预测基因区域中发现669个微卫星序列,其中大多数基因(477个基因)只含有1个碱基SSR,占含SSR基因总数的71.3％;72个基因含有2个碱基SSR,13个基因含有3个碱基SSR,含4个和5个碱基SSR的基因则各只有1个.所有SSR序列中,出现数量最多的为3个碱基和6个碱基的SSR序列,分别达到了135次和330次,1个碱基、2个碱基、4个碱基和5个碱基的SSR则分别出现了7、41、64和92次.SSR碱基数越多,重复的次数越少,重复次数最少的SSR是6个碱基的AGAGGG重复.重复次数最高的SSR为122次,是3个碱基的AAT重复,这表明,在选择压力下,SSR趋向于密码子的整数倍,这与其他物种的分析结果一致.发现大多数含有SSR的基因并没有明确的功能描述,这可能是由于这些基因受到SSR的影响而在进化上变化较快所致.     

不同物种ATGL基因部分序列的生物信息学分析

[目的]深入了解ATGL基因的遗传多样性以及不同物种ATGL基因间的分子系统进化关系。[方法]应用比较基因组学和生物信息学方法分析了8个物种ATGL基因的遗传多样性和分子系统进化。[结果]32条基因序列共检测到77个多态位点,发现12种单倍型。各物种间核苷酸歧异度和净遗传距离分别在0.005 48~0.197 37和0.004 39~0.197 37。分子系统进化树结果显示,人、猕猴、黑猩猩之间以及挪威鼠和家鼠之间的亲缘关系较近,而狗、牛与家鼠间的亲缘关系较远。人、家鼠和猪的非同义替换位点数明显高于同义替换位点数。各同源ATGL基因的有效密码子数和密码子偏爱指数分别在27.618~38.016和0.643~0.807。[结论]该结果为进一步研究AT-GL基因的生物学功能和确定动物脂肪沉积及肉质性状的候选分子标记提供了基础资料。     

新疆饲料乳酸菌的多样性与系统进化分析

[目的]对新疆吐鲁番地区常用饲料样品(玉米、苜蓿、小麦)的乳酸菌资源进行初步调查及多样性分析。[方法]利用平板分离法分离3种饲料原料中的乳酸菌,再以MRS+CaCO3固体培养基进行筛选。对所分离得到的80株乳酸菌进行形态学观察、生理生化检测生理生化和16S rDNA基因序列鉴定可知8,0株乳酸菌分属于2个属,即乳杆菌属、肠球菌属;7个种,即干酪乳杆菌(lactobacillus casei)、鼠李糖乳杆菌(lactobacillus rhamnosus)、副干酪乳杆菌(lactobacillus paracasei)、肠道球菌(Entercoccus faecium)、耐久肠球菌(Entercoccus durans)、植物乳杆菌(lactobacillus plantarum)、海氏肠球菌(Entercoccus hirae)。3种饲料原料中干酪乳杆菌和肠道球菌普遍存在。除了这2种乳酸菌外,小麦中还有鼠李糖乳杆菌、副干酪乳杆菌、植物乳杆菌。苜蓿内有植物乳杆菌、副干酪乳杆菌、海氏肠球菌、耐久肠球菌。玉米内有植物乳杆菌、耐久肠球菌。[结论]新疆吐鲁番地区不同饲料中乳酸菌存在较大的多样性,干酪乳杆菌、肠道球菌等乳酸菌为饲料发酵的关键菌群,该试验结果为饲料乳酸菌资源开发及饲料乳酸菌应用提供了一定的理论基础。     

新疆饲料乳酸菌的多样性与系统进化分析(英文)

[目的]对新疆吐鲁番地区常用饲料样品(玉米、苜蓿、小麦)的乳酸菌资源进行初步调查及多样性分析。[方法]利用平板分离法分离3种饲料原料中的乳酸菌,再以MRS+CaCO3固体培养基进行筛选。对所分离得到的80株乳酸菌进行形态学观察、生理生化检测及16SrDNA序列分析,探讨其分类学地位。[结果]从苜蓿中得到乳酸菌20株、小麦中得到乳酸菌41株、玉米中得到乳酸菌19株。经生理生化和16SrDNA基因序列鉴定可知,80株乳酸菌分属于2个属,即乳杆菌属、肠球菌属;7个种,即干酪乳杆菌(lactobacilluscasei)、鼠李糖乳杆菌(lactobacillusrhamnosus)、副干酪乳杆菌(lactobacillusparacasei)、肠道球菌(Entercoccusfaecium)、耐久肠球菌(Entercoccusdurans)、植物乳杆菌(lactobacillusplantarum)、海氏肠球菌(Entercoccushirae)。3种饲料原料中干酪乳杆菌和肠道球菌普遍存在。除了这2种乳酸菌外,小麦中还有鼠李糖乳杆菌、副干酪乳杆菌、植物乳杆菌。苜蓿内有植物乳杆菌、副干酪乳杆菌、海氏肠球菌、耐久肠球菌。玉米内有植物乳杆菌、耐久肠球菌。[结论]新疆吐鲁番地区不同饲料中乳酸菌存在较大的多样性,干酪乳杆菌、肠道球菌等乳酸菌为饲料发酵的关键菌群。     

乳酸菌呼吸作用研究进展

乳酸菌是食品发酵工业中常用的重要微生物之一,它主要通过无氧或兼性厌氧发酵方式代谢糖类产生乳酸。最新研究表明,某些乳酸菌如Lactococcus lactis在添加外源血红素的条件下可以进行有氧呼吸代谢。在有氧呼吸代谢中,L. lactis通过电子传递链将氧还原为水,该过程伴随的许多代谢变化有益于菌体,如减少了H⁺及乳酸的产生,提高了菌体能量产生和菌体生物量,减少了菌体生长和储藏过程中的氧胁迫和酸胁迫,在乳酸菌自然生存竞争中具有积极的意义。文章综述了乳酸菌有氧呼吸作用电子传递链的组成、胞内血红素含量的调控、生物信息学（in silico）分析具有有氧呼吸代谢潜力的乳酸菌分布、有氧呼吸对乳酸菌基因表达的影响及其在乳酸菌发酵剂制备中的应用潜力和存在问题。     

蓖麻DNA甲基转移酶序列与基因表达分析

植物DNA甲基化是与调控基因表达、保护基因组免受逆境胁迫等相关的表观遗传现象,其中关键酶DNA甲基转移酶催化DNA序列维持甲基化和从头甲基化。本研究基于蓖麻全基因组、利用生物信息学分析方法、结合转录组数据和RT-PCR半定量表达分析,鉴别出蓖麻DNA甲基转移酶氨基酸序列的结构特征、系统发生和表达形式。结果如下：通过同源序列BLAST从蓖麻基因组数据库中获得8个DNA甲基转移酶基因;系统进化分析将8个蛋白分为4个亚家族：2个MET同源蛋白、2个CMT同源蛋白、3个DRM同源蛋白和1个DNMT2同源蛋白,进一步发现DNA甲基转移酶在系统进化上较为保守,分化发生在单双子叶植物分化之后;亚细胞定位分析发现8个DNA甲基转移酶都定位在细胞核中;蛋白结构域比对结果显示8个蛋白的C端催化结构域都有6个保守motif参与甲基化修饰催化功能,表明蛋白具有基本的催化甲基化功能,而N端调节功能域的差异将蛋白分为四类,其中RcDNMT2缺少N端调节结构域;结合转录组数据和RT-PCR半定量表达分析发现蓖麻DNA甲基转移酶基因（除RcDRM2外）在发育胚乳中相对其他检测组织高表达,推测是该时期的胚乳低甲基化诱导甲基化基因高表达。该结果有助于全面了解蓖麻DNA甲基转移酶特征及为从表观遗传深入开展蓖麻品种改良具有重要理论指导作用。     

乳酸菌在果蔬加工中的应用现状与前景分析

乳酸菌是一种较为常用的发酵菌种,在食品发酵中能够改善风味,同时还具有延长保质期的优势。另外,乳酸菌能将食品风味不断丰富,进而给人增强一定的味觉享受。因此,在食品中具有较好的应用。在果蔬加工中,应用乳酸菌能丰富果蔬种类,进而为人们提供更多的健康食物。并在一定程度上将乳酸菌对果汁及蔬菜汁进行发酵,使原料口味进行了全面的改善,提高了其实际利用价值。     

香蕉Ran家族基因的全基因组分析

Ran是一类在多种基本细胞活动中扮演者重要角色的小GTP酶。从香蕉基因组中鉴定出9个MuRan家族基因成员,并对其染色体分布、基因结构、蛋白理化性质、结构域和系统进化等进行分析。结果表明:MuRan家族基因不均匀的分布在第1、4、5、6号等4条染色体上。MuRan蛋白与其它植物Ran蛋白的氨基酸序列都有很高的同源性,带有GTP水解结构域、Ran GAP结合结构域和酸性尾巴等Ran蛋白的典型结构域,与拟南芥AtRan蛋白亲缘关系较近。为进一步研究香蕉MuRan家族基因的生物学功能提供参考。     

东北野猪线粒体DNA序列的测定与分析

通过PCR扩增获得东北野猪(Northeastern wild boar)线粒体全基因组序列,研究表明东北野猪线粒体全基因组序列全长16581bp,共有13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因和1个D-loop区。利用MEGA4软件构建系统进化树,推测东北野猪在分类上属于亚洲群,是亚洲猪种中最为古老的。     

陆地棉PHYB基因生物信息学分析

[目的]对陆地棉PHYB基因有一个全面的认识和生物信息学分析.[方法]在陆地棉异源四倍体标准系TM-1基因组数据库中共鉴定获得2个PHYB基因,这2个基因分别分布在A10和D10亚基因组.利用生物信息学方法对这两个基因进行初步分析.[结果]棉花的PHYB具有其他植物PHYB相同的基序和结构域,不管是数目还是分部位置都比较一致;不同植物的PHYB氨基酸序列同源性比对及构建的进化树都显示棉花的PHYB同可可的在同源性和进化关系上都是最高的,同水稻、玉米等单子叶植物的同源性及进化关系较低;基因结构的比对结果同样显示植物PHYB基因在进化上比较保守;棉花PHYB存在几十个可能磷酸化的位点,这些位点的磷酸化作用可能影响光敏色素的功能及其介导的信号通路.[结论]该研究结果为陆地棉PHYB基因的克隆和功能研究提供了理论基础.     

我国首次完成益生乳酸菌全基因组序列测定

由内蒙古农业大学“乳品生物技术与工程”教育部重点实验室主持进行的益生乳酸菌L．caseizhang的全基因组序列测定分析历时15个月．近日全部完成。这是我国第一个独立完成、具有完全自主知识产权的乳酸菌基因全序列测定，标志着我国在乳酸菌基因组学方面的研究达到国际水平。     

乳酸菌制剂的研究及发展现状

本文从人体的微生态平衡入手,详细阐述了乳酸菌制剂的特点、类型及其研究、发展现状,为乳酸菌制剂的开发提供参考.     

马鹿线粒体DNA序列多态性分析

采用聚合酶链武反应（PCR）技术对40只马鹿mtDNA细胞色素b序列进行扩增,对所得PCR产物测序,测得405bp的核甘酸片段序列,统计分析了6个品种或类型间的遗传关系,通过遗传关系建立了系统发育树。结果表明：天山马鹿和东北马鹿的亲缘关系较近,塔里木马鹿同天山马鹿、阿尔泰马鹿、甘肃马鹿、东北马鹿、左家马鹿的亲缘关系较远,塔里木马鹿和天山马鹿的亲缘关系最远。将6个马鹿品种（或类型）重新划分为4大类群：东北马鹿和左家马鹿为一类,天山马鹿和阿尔泰马鹿为一类,塔里木马鹿为一类,甘肃马鹿为一类。     

萝卜VQ1基因的克隆与序列分析

利用RT-PCR技术克隆了萝卜（Raphanus sativus L.）VQ1基因CDS序列,并对其进行测序和生物信息学分析。结果表明,Rs VQ1开放阅读框长861 bp,编码286个氨基酸残基,相对分子量为31.3 kD,理论等电点为6.49,脂肪指数为62.69,为不稳定的亲水性蛋白,无跨膜结构和信号肽。RsVQ1蛋白主要由无规则卷曲结构构成,预测其可定位于细胞核。系统发育分析表明该蛋白与十字花科作物VQ蛋白存在较高同源性。本研究为RsVQ1的表达和基因功能研究奠定了基础。     

禽用乳酸菌的筛选与功能鉴定

【目的】从健康鸡肠道中分离筛选优质乳酸菌,为制备禽用微生态制剂提供技术支持。【方法】选用30日龄健康青年鸡,取其盲肠内容物,通过选择性培养基筛选出具有产酸能力的乳酸菌,对其进行耐pH 3.0胃酸和3g/L牛胆盐筛选试验及菌株生长曲线、产酸能力测定,并通过平板抑菌试验筛选出具有较强抑菌效果的菌株。最后对此菌株16SrRNA进行克隆测序,经Blast比对和系统进化树分析,对菌株进行鉴定。【结果】从所取鸡盲肠内容物中分离得到L1~L9 9株乳酸菌,其中L2、L4和L9株耐pH 3.0和3g/L牛胆盐的综合能力较强。经过比较3株菌的生长曲线和产酸曲线,发现L2菌株耐酸耐牛胆盐、生长迅速、产酸能力强,且具有较强的抑制致病性大肠埃希菌的活性。经16SrRNA序列比对和系统进化树鉴定,确定L2为唾液乳酸杆菌。【结论】成功筛选出了1株可用以研制禽用微生态制剂的乳酸菌菌株。     

陆地棉PHYB基因生物信息学分析（英文）

[目的]对陆地棉PHYB基因有一个全面的认识和生物信息学分析。[方法]在陆地棉异源四倍体标准系TM-1基因组数据库中共鉴定获得2个PHYB基因,这2个基因分别分布在A10和D10亚基因组。利用生物信息学方法对这两个基因进行初步分析。[结果]棉花的PHYB具有其他植物PHYB相同的基序和结构域,不管是数目还是分部位置都比较一致;不同植物的PHYB氨基酸序列同源性比对及构建的进化树都显示棉花的PHYB同可可的在同源性和进化关系上都是最高的,同水稻、玉米等单子叶植物的同源性及进化关系较低;基因结构的比对结果同样显示植物PHYB基因在进化上比较保守;棉花PHYB存在几十个可能磷酸化的位点,这些位点的磷酸化作用可能影响光敏色素的功能及其介导的信号通路。[结论]该研究结果为陆地棉PHYB基因的克隆和功能研究提供了理论基础。     

铁皮石斛转录组微卫星序列统计分析

为揭示铁皮石斛全基因组SSRs序列分布规律,采用微卫星序列搜索和统计软件MSDB v2.4对铁皮石斛全基因组中完整型微卫星序列及其特征进行生物信息学分析。结果表明:铁皮石斛微卫星序列总数量为215 661个位点,微卫星序列长度为4.07 Mb,占全基因组总长度的比率为0.44%,其总丰度为213.84个·Mb^-1,总密度为4 031.927 bp·Mb^-1。铁皮石斛全基因组SSRs各重复类型中,单核苷酸SSRs序列出现频率最高(47.49%),其次是二核苷酸SSRs序列>三核苷酸SSRs序列>四核苷酸SSRs序列>五核苷酸SSRs序列>六核苷酸SSRs序列,微卫星重复类型中,富含A和T,而富含G和C碱基的微卫星出现频率较少。研究结果可为后续铁皮石斛遗传多样性的研究及SSR引物筛选提供依据。     

ACLSV山东苹果分离物基因重组及CP序列多样性分析

【目的】明确苹果褪绿叶斑病毒（Apple chlorotic leaf spot virus,ACLSV）山东苹果分离物全基因组的分子特征、潜在重组事件及CP基因的多样性。【方法】采用RT-PCR分段扩增、克隆、拼接获得ACLSV全基因组序列,对其进行分子特征描述,并与已报道的16条全长基因组或近全长基因组序列进行比较和系统发育分析,同时扩增其CP进行多样性分析。【结果】扩增得到ACLSV山东苹果分离物QD-13全基因组序列（GenBank登录号KJ522693）,QD-13全长7 557 nt,包含3个ORF。构建进化树分析表明,QD-13与日本苹果分离物B6聚为一簇,二者相似性最高,为85.9%。17条ACLSV分离物基因组分段比较表明,5′端和3′端差异较大;ORF3保守性相对较高,除分离物Ta Tao 5和MS外,其推导的氨基酸序列相似性均在91.2%以上。ORF1编码区527-665 aa区域保守性差,所比较的17条序列在该区域的相似性为15.4%-59.7%。基因组重组分析以P≤0.05为标准,3种以上算法同时检测到则为有意义重组事件,结果显示,QD-13存在3个重组事件,它们分别发生在6 507-6 247、6 397-6 497和3 851-4 760 nt。扩增QD-15、QD-20和YT-24分离物ACLSV的CP,共获得22条序列,可分为3种类型。对CP氨基酸序列进行比对分析表明,3种类型为不同氨基酸保守位点的组合,分别是Met⁶⁰-Ser⁷³-Ser⁷⁹-Asp⁸²-Asn⁹⁷-Gly⁹⁸、Leu⁵⁹-Met⁸³-Ile¹⁹³和Ala⁴⁰- Leu⁶⁰-Ala⁷²-Phe⁷⁵-Ile⁸⁶-Arg⁸⁸-Ser¹³⁰-Gly¹³⁷-Met¹⁸⁴。【结论】报道了中国ACLSV苹果分离物的完整基因组序列;明确了其基因组分子特点并发现了3个主要的潜在重组事件;ACLSV山东苹果分离物CP存在3种序列类型,具有丰富的多样性。     

产生物胺乳酸菌研究概述

随着对乳酸菌研究的不断深入,乳酸菌的作用越来越受到重视。一些乳酸菌类如肠球菌、片球菌、酒球菌和乳杆菌,通过氨基酸脱羧酶的脱羧作用产生的生物胺类物质,在食品发酵、青贮饲料发酵、生物制剂和公共卫生方面发挥着重要作用。通过对产生物胺乳酸菌的生理生化、代谢产物及生物胺利用和危害三大方面进行总结和阐述,进一步提高人们对产生物胺乳酸菌的认识和利用,这对优良菌种及生物制剂的研发具有重要意义。     

乳酸菌饮料在不同贮存温度下乳酸菌和酸度的变化分析

对于发酵型的乳酸菌饮料来说,储存过程中乳酸菌和酸度的变化与产品质量息息相关。为了明确乳酸菌饮料中乳酸菌和酸度在不同储存温度下的变化规律,选择市售乳酸菌饮料在冷藏（0～4℃）、室温（25℃）条件下贮存,依据GB478935—2010SDGB541334—2010k验方法,检测并分析储存过程中乳酸菌饮料的乳酸菌和酸度的变化趋势。结果显示,乳酸菌饮料在室温条件下储存的前5天、酸度上升的速度和乳酸菌活菌数下降的速度均较快;而冷藏条件下,酸度和乳酸菌活菌数的变化则比较缓慢。